Desenvolvimento de um ensaio de hibridação múltipla (MHA-MULTIPLE REGION HYBRIDIZATION ASSAY) para identificação presumível de vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) dos subtipos B, G e de formas recombinantes CRF14_BG e CRF02_AG circulantes em Portugal

A maioria dos métodos utilizados na caracterização genética do HIV-1 baseia-se na análise de regiões específicas do genoma viral, fornecendo informação parcial sobre o mesmo e, por consequência, revelando-se inadequados para a identificação de vírus recombinantes. O único método que permite uma caracterização integral do genoma viral passa pela sua sequenciação completa. No entanto, este é um método dispendioso, laborioso e de difícil implementação quando se pretende a análise de elevados números de amostras. Como alternativa a este último, o conjunto de métodos genericamente designados de MHA (Multiple Region Hybridization Assay) baseiam-se na amplificação, por PCR em tempo-real, de várias regiões ao longo do genoma viral e na sua caracterização com sondas específicas (TaqMan). Tendo este modelo por base, o objectivo deste estudo foi o desenvolvimento de um ensaio de hibridação múltipla (MHABG0214) passível de ser aplicado ao estudo de um elevado número de amostras. Este método foi desenvolvido tendo como objectivo a genotipagem as estirpes circulantes dominantes na epidemia Portuguesa, nomeadamente os subtipos B, G e formas genéticas recombinantes CRF02_AG e CRF14_BG. Com base em alinhamentos de sequências de referência de genoma completo, delinearam-se primers universais e subtipo-específicos para a amplificação de diversas regiões codificantes distribuídas ao longo do genoma do HIV-1 (Gag, Protease, Transcriptase Reversa, Integrase, Rev, Gp120 e Gp41). A optimização foi efectuada, inicialmente, para um conjunto de amostras de referência e seguidamente avaliada num conjunto de 50 amostras clínicas. O MHABG0214 foi implementado numa estratégia de PCR em tempo-real, numa detecção dependente de SYBR® Green I para todas as regiões ou, como alternativa, usando sondas TaqMan (Gp41). Apresentamos ainda uma estratégia em que a análise de resultados se baseia, simplesmente, numa abordagem usando PCR/gel de agarose convencional. Estas abordagens constituem ferramentas úteis na identificação das estirpes de HIV-1 em Portugal.

Polimorfismo de tallas en las cercarias de una cepa venezolana de Schistosoma mansoni

Mediante la impregnación con nitrato de plata, de un lote de 47 cercarias de la cepa C5 de Schistosoma mansoni (Venezuela), se evidenció un polimorfismo de tallas. El morfo estaría conformado por las cercarias mas grandes (entre 152,9 y 218µm), este grupo siempre presente en la población de cercarias en menor porcentaje (29,8%). El grupo constituido por las cercarias de talla normal, menores de 152,8µm es dominante en la población de cercarias (70,2%). La comparación entre el largo de ambos lotes de cercarias resultó con diferencias estadísticamente significativas (t = 5,5; P < 0,001). Para el total de las cercarias estudiadas, el largo promedio del cuerpo cercariano resultó de 143,9µm y el ancho de 68,6µm. Se detectó una correlación positiva y significativa entre el ancho y el largo de las cercarias de l a cepa objeto de estudio (r = 0,83; P < 0,001).

Polimorfismos nos genes IL-2, IL-5, IL-8, IL-12 e IFN-y e a resposta a nematoides gastrintestinais em caprinos.

Resumo: Cinco genes candidatos foram selecionados para identificar polimorfismos de nucleotídeo único e sua associação com a resposta de caprinos a nematoides gastrintestinais. Para isso, o DNA genômico dos animais mais resistentes e mais susceptíveis foi extraído e submetido ao sequenciamento de nova geração. Foram observados 71 SNPs, sendo 4 associados à resistência, o que os tornam alvos de estudos em toda a população de caprinos a fim de se confirmar essa associação. [Polymorphisms in IL-2, IL-5, IL-8, IL-12 e IFN-y genes and the response to gastrointestinal nematode in goats]. Abstract: Five candidate genes were selected to identify single nucleotide polymorphisms and its association with goat response to gastrointestinal nematodes. Genomic DNA from resistant and susceptible animals was extracted and submitted to new generation sequencing. It was observed 71 SNPs with 4 associated with resistance, which make them targets for studies on the entire population goats in order to confirm this association.

Avaliação do polimorfismo no gene da metilenotetrahidrofolato redutase e concentração de folato e vitamina B12 em pacientes portadores do HIV-1 em tratamento com anti-retrovirais

Neste trabalho, investigamos concentração da vitamina B12 e folato, considerando-se a influência dos genótipos da metilenotetrahidrofolato redutase, o perfil imunológico e a terapia antiretroviral utilizada na população brasileira portadora do HIV. Um grupo de 86 indivíduos portadores do HIV-1 e 29 doadores de sangue foram recrutados para compor a casuística. Entre os infectados pelo HIV-1, observou-se menor concentração de B12 no grupo com maior número de linfócitos TCD4+. Não encontramos diferença na distribuição genotípica para as mutações MTHFR C677T e A1298C entre infectados e não infectados pelo HIV-1. Indivíduos portadores do HIV, genótipo C677C, apresentaram concentrações menores de B12 em relação ao grupo controle de mesmo genótipo. A terapia antiretroviral não mostrou qualquer influência nos valores de folato e vitamina B12. Estudos adicionais são necessários para reavaliar a prevalência de menores concentrações de B12 e folato e de hiperhomocisteinemia na população portadora do HIV sob a ótica do uso de HAART e da melhoria na sobrevida dos pacientes.

Schottky principal G-bundles over compact Riemann surfaces

Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT)- PhD grant SFRH/BD/37151/2007; projects PTDC/MAT/099275/2008; PTDC/MAT/119689/2010; PTDC/MAT/120411/2010; PTDC/MAT-GEO/0675/2012

G and P rotavirus genotypes in stool samples from children in Teresina, State of Piauí

A total of 123 stool specimens collected in Teresina, Piauí between 1994 and 1996, from 0 to 2-year-old children with diarrhea, were used for this study. Molecular characterization of the G and P rotavirus genotypes was performed using the reverse transcriptase polymerase chain reaction. The following results were obtained for the P genotypes: P[8] (17. 1%), P[1] (4. 9%), P[4] (3. 3%), P[6, M37] (2. 4%) and mixtures (27. 6%). The P[1]+P[8] mixture was found in 19. 5% of the samples. For the G genotypes, the results were: G1 (25. 2%), G5 (13. 8%), G2 (2. 5%), G4 (2. 5%), G9 (0. 8%) and mixtures (41. 5%). G1+G5 was the mixture most frequently found (12. 1%). Our results showed unusual combinations such as P[1]G5 and P[1]+P[8]G5. The high percentage of mixtures and unusual combinations containing mixtures of human and animal rotavirus genotypes strongly suggests the possibility of gene reassortment and interspecies transmission.

Pesquisa de assinaturas de selecção de malária na região do gene humano TPI (triosefosfato isomerase)

A malária continua a ser a maior causa de doença e mortalidade no Mundo, sobretudo no continente Africano. Das cinco espécies do parasita causador de malária em humanos, Plasmodium falciparum é a mais letal. Em termos evolutivos a malária é um fenómeno recente com cerca de 10 000 anos, período onde tem atuado como importante pressão seletiva no genoma humano, contribuindo para a seleção de inúmeros polimorfismos que propiciam maior resistência ao protozoário parasita. Apesar da interação entre o parasita e o hospedeiro ser foco de inúmeros estudos, é bastante complexa e ainda está longe de ser totalmente compreendida, nomeadamente os fatores de suscetibilidade/resistência à infeção ou à doença. Este estudo teve como principal objetivo contribuir para o estudo dos polimorfismos eritrocitários associados à proteção contra a infeção malárica grave, centrando-se no gene TPI que codifica uma enzima glicolítica. Foi selecionada uma amostra populacional Africana (Moçambique) agrupada de acordo com a gravidade da doença (grupos clínicos). Fez-se o rastreio dos exões do gene TPI por SSCP, na busca de alterações no padrão de migração dos produtos amplificados, indiciadores de alterações na sequência nucleotídica que pudessem ser assinaturas de eventuais efeitos evolutivos exercidos pela malária; caracterizaram-se as variantes do promotor do gene TPI: -5A>G, -8G>A e -24T>G; e analisou-se o polimorfismo intrónico 2262 situado no intrão 5. Esta análise permitiu identificar o polimorfismo -8G>A como possível marcador associado à proteção contra a malária, observando-se diferenças estatisticamente significativas entre doentes com malária grave e não-grave [P = 0,032; OR = 0,230 (CI95%: 0,049-1,081)], quando associado ao haplótipo -5G/-8A/2262G. Através de um estudo de microssatélites nas regiões adjacentes ao gene TPI, estimou-se a antiguidade dos polimorfismos -5G>A e -8G>A, tendo-se obtido a idade de ~20 mil anos e ~14 mil anos, respetivamente. Ao nível bioquímico, o polimorfismo -8G>A poderá estar associado à acumulação celular de metilglioxal citotóxico, um potente inibidor da proliferação parasitária.

G-quadruplex ligands for cancer therapy

DNA may fold into a diversity of structures and topologies such as duplexes and triplexes. Some specific guanine-rich DNA sequences may even fold into a higher order structures denominated guanine G-quadruplexes (G4). These G-quadruplex forming sequences have shown biological interest since were found in telomeres and in promoter region of oncogenes. Thus, these G4 forming sequences have been explored as therapeutic targets for cancer therapy, since G4 formation was demonstrated to inhibit RNA-polymerase and telomerase activity. However, the G4 structures are transient and are only formed under specific conditions. Hence the main objective of this work is to develop new G4-specific ligands which may potentially find applications in the therapeutic area. Several potential G4-binding ligands were synthesized and characterized. The synthesis of these compounds consisted on a procedure based on van Leusen chemistry and a cross-coupling reaction through C-H activation, affording phenanthroline compounds (Phen-1, 50%; Phen-2, 20%), phenyl (Iso-1, 61%; Iso-2, 21%; Ter-1, 85%; Ter-2, 35%), and quinolyl (Quin-1, 85%; Quin-2, 45%) compounds. Screening assays for selecting the potential G4 compounds were performed by FRET-melting, G4-FID, CD-melting and DSF. Qualitative biophysical studies were performed by fluorescence and CD spectroscopy. Two high-specific G-quadruplex ligands, Phen-1 and Phen-2, were found to effectively bind telomeric and c-myc G4 structures. Phen-1 was found to stabilize parallel telomeric 22AG and c-myc sequence by 4.1 and 4.3 ˚C, respectively. Phen-2 also displayed high affinity towards 22AG (

P53 and Rb tumor suppressor gene alterations in gastric cancer

Inactivation of tumor suppressor genes has been frequently observed in gastric carcinogenesis. Our purpose was to study the involvement of p53, APC, DCC, and Rb genes in gastric carcinoma. METHOD: Loss of heterozygosity of the p53, APC, DCC and Rb genes was studied in 22 gastric cancer tissues using polymerase chain reaction; single-strand conformation polymorphism of the p53 gene exons 5-6 and exons 7-8 was studied using 35S-dATP, and p53 expression was detected using a histological immunoperoxidase method with an anti-p53 clone. RESULTS AND DISCUSSION: No loss of heterozygosity was observed in any of these tumor suppressor genes; homozygous deletion was detected in the Rb gene in 23% (3/13) of the cases of intestinal-type gastric carcinoma. Eighteen (81.8%) cases showed band mobility shifts in exons 5-6 and/or 7-8 of the p53 gene. The presence of the p53 protein was positive in gastric cancer cells in 14 cases (63.6%). Normal gastric mucosa showed negative staining for p53; thus, the immunoreactivity was likely to represent mutant forms. The correlation of band mobility shift and the immunoreactivity to anti-p53 was not significant (P = .90). There was no correlation of gene alterations with the disease severity. CONCLUSIONS: The inactivation of Rb and p53 genes is involved in gastric carcinogenesis in our environment. Loss of the Rb gene observed only in the intestinal-type gastric cancer should be further evaluated in association with Helicobacter pylori infection. The p53 gene was affected in both intestinal and diffuse histological types of gastric cancer.

Endemic pemphigus foliaceus (fogo selvagem) and pemphigus vulgaris: immunoglobulin G heterogeneity detected by indirect immunofluorescence

Pemphigus are autoimmune intraepidermal blistering diseases in which immunoglobulin G (IgG) autoantibodies are directed against desmosomal glycoproteins. The aim of this study was to determine the IgG subclass profile of endemic pemphigus foliaceus (fogo selvagem) and pemphigus vulgaris utilizing indirect immunofluorescence. PATIENTS AND METHODS: Twenty-five patients with pemphigus vulgaris, 25 with endemic pemphigus foliaceus (fogo selvagem), and 25 healthy controls were analyzed by indirect immunofluorescence for circulating autoantibodies (total IgG and its subclasses). RESULTS: Our data revealed a significant correlation (P <.05) of disease activity and autoantibody levels in both forms of pemphigus, i.e., negative titers related to clinical remission, whereas positive results related to active disease. Immunoglobulin G subclass analysis in fogo selvagem demonstrated that in patients in remission, 56% showed positive immunoglobulin G4; in active disease, immunoglobulin G4 was the predominant subclass (100% positive in all cases). The IgG subclass profile in pemphigus vulgaris showed that in patients in remission, only 10% were positive for immunoglobulin G4; in active disease, positivity for immunoglobulin G4 was present in 78% to 88% of the cases. CONCLUSION: Subclass characterization of immunoglobulin G autoantibodies is a useful tool for pemphigus follow-up, since immunoglobulin G4 (IgG4) is the subclass that is closely related to recognition of pathogenic epitopes, and consequently with disease activity. Careful monitoring should be performed for fogo selvagem in clinical remission with a homogeneous IgG4 response, since this may indicate more frequent relapses.

Leptospirose e Fasciolose: Interacções imunológicas no polimorfismo do quadro clínico dos doentes de São Miguel (Açores)

O arquipélago dos Açores apresenta nove ilhas vulcânicas, sendo São Miguel a maior e mais populosa. Nesta região insular portuguesa, a Leptospirose é uma zoonose endémica, que afeta acidentalmente o Homem por contacto direto ou indireto com leptospiras patogénicas. Clinicamente, esta patologia apresenta diversos sintomas que podem ser semelhantes a uma gripe ou evoluir até um quadro fulminante, daí a necessidade de um diagnóstico preciso com confirmação laboratorial. A Fasciolose é outra importante doença zoonótica nos Açores que tem sido descrita como endémica neste arquipélago, causada pelo parasita Fasciola hepatica. A infeção humana pode ocorrer devido ao consumo de vegetais e/ou águas contaminados. O diagnóstico não é fácil, pois a infeção pelo parasita pode apresentar uma larga variedade de quadros clínicos. O objetivo deste estudo é contribuir para a clarificação de uma possível interação imunológica, ao nível da resposta humoral observada em indivíduos com diagnóstico clínico de Leptospirose e/ou Fasciolose, em pacientes da ilha de São Miguel que apresentam um quadro clínico e epidemiológico comum a ambas as patologias, contribuindo para um melhor diagnóstico diferencial. A amostra utilizada no estudo é composta por 280 soros de indivíduos residentes na ilha de São Miguel, que foram analisados entre 2005 e 2010 pela TAM (Técnica de Aglutinação Microscópica), para deteção de aglutininas anti-Leptospira interrogans s.l.. Nas amostras de soro com resultado positivo e inconclusivo pela TAM foi aplicada a técnica de rastreio micro-ELISA para o estudo da Fasciolose. Aplicou-se ainda a técnica de Imunoeletrodifusão (IED), como técnica confirmatória, nos soros com resultado positivo e em alguns inconclusivos (n=118) para a técnica micro-ELISA. Os resultados da TAM, previamente conhecidos, para o total de indivíduos estudados foram os seguintes: 124 (44,3%) negativos, 73 (26,1%) inconclusivos e 83 (29,6%) positivos. Estes soros foram submetidos ao teste micro-ELISA, tendo-se obtido 31,1% (n=87) resultados positivos, 31,4% (n=88) resultados inconclusivos e 37,5% (n=105) com resultado negativo para Fasciolose. Foram analisados os inquéritos clínico-epidemiológicos estabelecido para o estudo da Leptospirose humana em São Miguel para as amostras anteriormente referidas, verificando-se que os homens lavradores em idade ativa são o grupo com mais casos positivos para ambas as patologias. Além disso, os sinais e sintomas mais comuns nos doentes com resultado positivo para as duas doenças são semelhantes aos de uma gripe, e analiticamente foi notório que as transaminases, a FA/γGT (apenas nos doentes com Leptospirose) e a leucocitose tinham níveis elevados. Os resultados revelaram uma provável coinfeção em 36 doentes. A técnica de IED foi positiva em 28 amostras de soro, sendo que cinco tiveram resultado positivo para as três técnicas utilizadas. Estes resultados são promissores, demonstrando uma possível relação entre Leptospirose e Fasciolose, sendo que os respetivos agentes etiológicos partilham nichos ecológicos, o que justifica igualmente algumas semelhanças nos aspetos sociodemográficos e clínico-epidemiológicos na população afetada.

COMPORTAMENTO DE LEVEDURAS DO GÊNERO CANDIDA"IN VITRO" A ANTIFÚNGICOS

Estudou-se o comportamento de leveduras do gênero Candida a antifungicos, pela determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM) e da Concentração Fungicida Mínima (CFM) "in vitro"de 30 cepas de Candida frente aos antifungicos: miconazol, cetoconazol e anfotericina B. Empregou-se o método de diluição em meio líquido e os antifungicos foram diluídos visando proporcionar concentrações a partir de 0,06 a 128 μg/mL. O inóculo foi padronizado ajustando-se a suspensão para conter 1X 106 ufc/mL. A concentração para a qual houve maior convergência de cepas foi de 1 μg/mL (26,5%) para anfotericina B. Para miconazol foi de 16 μg/mL (26,0%) e para cetoconazol 32 μg/mL (23,0%). Os valores de CFM foram de 2 μg/mL (23,5%) para anfotericina B, de 16 e 64 μg/mL (26,5%) para miconazol e 32 e 64 μg/mL (30,0%) para cetoconazol. Este imidazólico mostrou os valores de CIM e CFM mais elevados atingindo até 128 μg/mL em algumas espécies. As espécies de Candida mostraram-se mais sensíveis à Anfotericina B, quando comparadas em relação aos antifungicos testados. Sobre o desempenho das espécies de Candida, melhor padrão de comportamento foi verificado para C. albicans com níveis mais baixos de sensibilidade.

Descrição de Syndyas amazonica SP. N., Primeiro registro do gênero na região Neotropical (Diptera, Empididae, Hybotinae)

Uma espécie amazônica de Syndyas é descrita e ilustrada: Syndyas amazonica sp.n.. Este é o primeiro registro do gênero na Região Neotropical.

Descrição de três novas espécies do gênero Melittomma (Coleoptera: Lymexylidae) da região neotropical e considerações sobre Melittomma brasiliense (Castelnau, 1832)

Estudo taxonômico das espécies neotropicais de Melittomma é apresentado, enfatizando as espécies distribuídas no território brasileiro. Discute-se brevemente os caracteres diagnósticos de M. brasiliense com dados de sua distribuição geográfica; descrições e ilustrações de três novas espécies, Melittomma nana sp.n. distribuída pela região Neotropical, Μ. brunnea sp.n. da Amazônia Central e M. panamensis sp.n. do Panamá, são apresentadas.

Fauna parasitológica de Alevinos de Matrinchã Brycon cephalus (Günther, 1869) coletados nos Rios Negro e Solimões, na Amazônia central

Aproximadamente 2500 alevinos de matrinchã com comprimento padrão de 0,8 a 5,0cm foram coletados no lago Catalão, margem direita do rio Negro e no rio Solimões, próximo a ilha da Marchantaria, Estado do Amazonas. Uma subamostra de 136 peixes foi retirada para exames parasitológicos e o restante foi colocado em tanques em uma estação de piscicultura, durante 30 dias. Após esse período uma segunda amostra foi retirada e examinada. Dos 136 peixes: 49 (36%) estavam parasitados com metacercárias de trematódeos; 32 (23,5%) com nematóides Spirocamallanus inopinatus; 26 (19%) com monogenóideos Jainus amazonensis; 3 (2%) com protozoários Trichodina sp.; 1 (0,7%) com acantocéfalo Echinorhynchus sp. e 2 (1,5%) com estágios larvais de cestóides. Dos peixes mantidos nos tanques, após 30 dias foi examinada uma subamostra de 60 peixes: 42 (70%) estavam parasitados com J. amazonensis; 14 (23%) com S. inopinatus; 9 (15%) com metacercárias de trematódeos e 2 (3%) com Echinorhynchus sp. A intensidade média e abundância média foram maiores em J. amazonensis (342 e 65), seguido por cestóides (70 e 1), Trichodina sp. (13 e 0,3), trematódeos (5 e 2), S. inopinatus (1 e 0,3) e Echinorhynchus sp. (1 e 0,007). Na estação de piscicultura a intensidade média e abundância média também foram maiores para o J. amazonensis (222 e 115) em relação aos demais grupos. A espécie J. amazonensis apresentou maior intensidade média e menor prevalência na natureza. Houve variação na composição da fauna parasitógica e nos índices de infestação, após 30 dias de permanência na estação de piscicultura.