Arrow plot and CA maps on microarray preprocessing methods

Microarray allow to monitoring simultaneously thousands of genes, where the abundance of the transcripts under a same experimental condition at the same time can be quantified. Among various available array technologies, double channel cDNA microarray experiments have arisen in numerous technical protocols associated to genomic studies, which is the focus of this work. Microarray experiments involve many steps and each one can affect the quality of raw data. Background correction and normalization are preprocessing techniques to clean and correct the raw data when undesirable fluctuations arise from technical factors. Several recent studies showed that there is no preprocessing strategy that outperforms others in all circumstances and thus it seems difficult to provide general recommendations. In this work, it is proposed to use exploratory techniques to visualize the effects of preprocessing methods on statistical analysis of cancer two-channel microarray data sets, where the cancer types (classes) are known. For selecting differential expressed genes the arrow plot was used and the graph of profiles resultant from the correspondence analysis for visualizing the results. It was used 6 background methods and 6 normalization methods, performing 36 pre-processing methods and it was analyzed in a published cDNA microarray database (Liver) available at http://genome-www5.stanford.edu/ which microarrays were already classified by cancer type. All statistical analyses were performed using the R statistical software.

Flavoured versus natural waters: macromineral (Ca, Mg, K, Na) and micromineral (Fe, Cu, Zn) contents

Macro (Ca, Mg, K, Na) and micromineral (Fe, Zn, Cu) composition of 39 waters was analysed. Determinations were made by atomic flame spectrophotometry for macrominerals and electrothermic atomisation in graphite furnace for microminerals. Mineral contents of still or sparkling natural waters (without flavours) changed from brand to brand. Mann–Whitney test was used to search for significant differences between flavoured and natural waters. For that, the concentration of each mineral was compared to the presence of flavours, preservatives, acidifying agents, fruit juice and/or sweeteners, according to the labelled composition. The statistical study demonstrated that flavoured waters generally have increased contents of K, Na, Fe and Cu. The added preservatives also led to significant differences in the mineral composition. Acidifying agents and fruit juice can also be correlated to the increase of Mg, K, Na, Fe and Cu. Sweeteners do not provide any significant difference in Ca, Mg, Fe and Zn contents.

Notes sur la géologie et la paleontology du Miocène de Lisbonne; (XXII) une espèce nouvelle, Pokornyella lus/tan/ca (Ostracoda), dans le Miocène inférieur du bassin du Tage

A new species, Pokornyella lusitanica (Ostracoda), from the Lower Miocene (Aquitanian) of the Lisbon area, is described. Some palaeoecological data are presented.

Improving the IEEE 802.15.4 Slotted CSMA/CA MAC for time-critical events in wireless sensor networks

In beacon-enabled mode, IEEE 802.15.4 is ruled by the slotted CSMA/CA Medium Access Control (MAC) protocol. The standard slotted CSMA/CA mechanism does not provide any means of differentiated services to improve the quality of service for timecritical events (such as alarms, time slot reservation, PAN management messages etc.). In this paper, we present and discuss practical service differentiation mechanisms to improve the performance of slotted CSMA/CA for time-critical events, with only minor add-ons to the protocol. The contribution of our proposal is more practical than theoretical since our initial requirement is to leave the original algorithm of the slotted CSMA/CA unchanged, but rather tuning its parameters adequately according to the criticality of the messages. We present a simulation study based on an accurate model of the IEEE 802.15.4 MAC protocol, to evaluate the differentiated service strategies. Four scenarios with different settings of the slotted CSMA/CA parameters are defined. Each scenario is evaluated for FIFO and Priority Queuing. The impact of the hiddennode problem is also analyzed, and a solution to mitigate it is proposed.

A comprehensive simulation study of slotted CSMA/CA for IEEE 802.15.4 wireless sensor networks

In this paper, we analyze the performance limits of the slotted CSMA/CA mechanism of IEEE 802.15.4 in the beacon-enabled mode for broadcast transmissions in WSNs. The motivation for evaluating the beacon-enabled mode is due to its flexibility for WSN applications as compared to the non-beacon enabled mode. Our analysis is based on an accurate simulation model of the slotted CSMA/CA mechanism on top of a realistic physical layer, with respect to the IEEE 802.15.4 standard specification. The performance of the slotted CSMA/CA is evaluated and analyzed for different network settings to understand the impact of the protocol attributes (superframe order, beacon order and backoff exponent) on the network performance, namely in terms of throughput (S), average delay (D) and probability of success (Ps). We introduce the concept of utility (U) as a combination of two or more metrics, to determine the best offered load range for an optimal behavior of the network. We show that the optimal network performance using slotted CSMA/CA occurs in the range of 35% to 60% with respect to an utility function proportional to the network throughput (S) divided by the average delay (D).

On the performance limits of slotted CSMA/CA in IEEE 802.15.4 for broadcast transmissions in wireless sensor networks

The IEEE 802.15.4 has been adopted as a communication protocol standard for Low-Rate Wireless Private Area Networks (LRWPANs). While it appears as a promising candidate solution for Wireless Sensor Networks (WSNs), its adequacy must be carefully evaluated. In this paper, we analyze the performance limits of the slotted CSMA/CA medium access control (MAC) mechanism in the beacon-enabled mode for broadcast transmissions in WSNs. The motivation for evaluating the beacon-enabled mode is due to its flexibility and potential for WSN applications as compared to the non-beacon enabled mode. Our analysis is based on an accurate simulation model of the slotted CSMA/CA mechanism on top of a realistic physical layer, with respect to the IEEE 802.15.4 standard specification. The performance of the slotted CSMA/CA is evaluated and analyzed for different network settings to understand the impact of the protocol attributes (superframe order, beacon order and backoff exponent), the number of nodes and the data frame size on the network performance, namely in terms of throughput (S), average delay (D) and probability of success (Ps). We also analytically evaluate the impact of the slotted CSMA/CA overheads on the saturation throughput. We introduce the concept of utility (U) as a combination of two or more metrics, to determine the best offered load range for an optimal behavior of the network. We show that the optimal network performance using slotted CSMA/CA occurs in the range of 35% to 60% with respect to an utility function proportional to the network throughput (S) divided by the average delay (D).

Esquemas de controlo de acesso ao meio para sistemas CSMA/CA p-persistente

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Imunossensores Eletroquímicos para o Diagnóstico Precoce e Descentralizado do Cancro da Mama

O cancro é uma das principais causas de morte em todo o mundo. Entre as mulheres, o cancro da mama é o mais frequente. A deteção precoce do cancro é de extrema importância na medida em que pode aumentar as possibilidades de cura dos pacientes e contribuir para a diminuição da taxa de mortalidade desta doença. Um método que tem contribuído para a deteção precoce do cancro é a análise de biomarcadores. Biomarcadores associados ao cancro da mama, como o Recetor 2 do Fator de Crescimento Epidérmico Humano (HER2) e o Antigénio Carbohidratado 15-3 (CA 15-3), podem ser detetados através de dispositivos como os biossensores. Neste trabalho foram desenvolvidos dois imunossensores eletroquímicos para a análise de HER2 e CA 15-3. Para ambos os sensores foram utilizados, como transdutores, elétrodos serigrafados de carbono. A superfície destes transdutores foi nanoestruturada com nanopartículas de ouro. Foram realizados imunoensaios não-competitivos (do tipo sandwich) em ambos os imunossensores, cuja estratégia consistiu na (i) imobilização do respetivo anticorpo de captura na superfície nanoestruturada dos elétrodos, (ii) bloqueio da superfície com caseína, (iii) incubação com uma mistura do analito (HER2 ou CA 15-3) e o respetivo anticorpo de deteção biotinilado, (iv) adição de estreptavidina conjugada com fosfatase alcalina (S-AP; a AP foi utilizada como marcador enzimático), (v) adição de uma mistura do substrato enzimático (3-indoxil fosfato) e nitrato de prata, e (vi) deteção do sinal analítico através da redissolução anódica, por voltametria de varrimento linear, da prata depositada enzimaticamente. Com as condições experimentais otimizadas, foi estabelecida a curva de calibração para a análise de HER2 em soro, entre 15 e 100 ng/mL, obtendo-se um limite de deteção de 4,4 ng/mL. Para o CA 15-3 a curva de calibração (em solução aquosa) foi estabelecida entre 15 e 250 U/mL, obtendo-se um limite de deteção de 37,5 U/mL. Tendo em conta o valor limite (cutoff value) estabelecido para o HER2 (15 ng/mL) pode-se comprovar a possível utilidade do imunossensor desenvolvido para o diagnóstico precoce e descentralizado do cancro da mama. No caso do CA 15-3 serão necessários estudos adicionais para se poder avaliar a utilidade do imunossensor para o diagnóstico do cancro da mama.

Construção de um sensor eletroquímico molecularmente impresso para monitorização do cancro da mama

O Cancro da mama é uma doença cuja incidência tem vindo a aumentar de ano para ano e além disso é responsável por um grande número de mortes em todo mundo. De modo a combater esta doença têm sido propostos e utilizados biomarcadores tumorais que permitem o diagnóstico precoce, o acompanhamento do tratamento e/ou a orientação do tipo tratamento a adotar. Atualmente, os biomarcadores circulantes no sangue periférico recomendados pela Associação Americana de Oncologia Clinica (ASCO) para monitorizar os pacientes durante o tratamento são o cancer antigen 15-3 (CA 15-3), o cancer antigen 27.29 (CA 27.29) e o cancer embryobic antigen (CEA). Neste trabalho foi desenvolvido um sensor eletroquímico (voltamétrico) para monitorizar o cancro da mama através da análise do biomarcador CA 15-3. Inicialmente realizou-se o estudo da adsorção da proteína na superfície do elétrodo para compreender o comportamento do sensor para diferentes concentrações. De seguida, estudaram-se três polímeros (poliaminofenol, polifenol e polifenilenodiamina) e selecionou-se o poliaminofenol como o polímero a utilizar, pois possuía a melhor percentagem de alteração de sinal. Após a seleção do polímero, este foi depositado na superfície do elétrodo por eletropolimerização, formando um filme polimérico molecularmente impresso (MIP) à volta da proteína (molde). Posteriormente, foram analisados cinco solventes (água, mistura de dodecil sulfato de sódio e ácido acético, ácido oxálico, guanidina e proteinase K) e o ácido oxálico revelou ser mais eficaz na extração da proteína. Por último, procedeu-se à caraterização do sensor e analisou-se a resposta analítica para diferentes concentrações de CA 15-3 revelando diferenças claras entre o NIP (polímero não impresso) e o MIP.

Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) in Portugal:

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), a human pathogen confined to hospitals (HAMRSA) for over 30 years have been emerging worldwide in the last two decades as a leading cause of severe infections in healthy individuals in the community (CA-MRSA). Despite its clinical significance, in the beginning of our studies no information existed on the prevalence, and population structure of CA-MRSA in Portugal. Moreover, it remained to be clarified how CA-MRSA emerged in our country. In particular, it was not known if CA-MRSA emerged locally by acquisition of the staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) by established methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) in the community, if they were imported from abroad or have escaped from the hospital.(...)

The nares as a CA-MRSA reservoir in the healthy elderly

Abstract:INTRODUCTION:The frequency of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has increased in the community. This study evaluated the prevalence of MRSA and community-acquired (CA)-MRSA in 120 healthy elderly.METHODS:The MRSA were evaluated for the presence of the IS256, mecA, agr, icaA, icaD, fnbB , and pvl genes with PCR. Results: Frequency of S. aureus and MRSA colonization was 17.8% and 19%, respectively. CA-MRSA isolate showed SCC mec IV, fnbB+ , and icaD+ .CONCLUSIONS:CA-MRSA was detected, with genotype determined as SCC mec type IV/IS256/ fnbB+ / icaA / icaD+ / bbp-/agr2 / bap / pvl, characterizing this population as a possible reservoir of this organism in the community.

Preoperative serum levels of ca 72-4, cea, ca 19-9, and Alpha-fetoprotein in patients with gastric cancer

INTRODUCTION: The clinical importance of preoperative serum levels of CA 72-4, carcinoembryonic antigen (CEA), CA 19-9, and alpha-fetoprotein (AFP) was prospectively evaluated in 44 patients with gastric cancer. METHOD: The serum tumor marker levels were determined by commercial radioimmunoassay kits. Positivity for CA 72-4 (>4 U/mL), CEA (>5 ng/mL), CA 19-9 (>37 U/mL), and AFP (>10 ng/mL) were correlated according to the stage, histology, and lymph node metastasis. RESULTS AND DISCUSSION: CA 72-4 showed a higher positivity rate for gastric cancer (47.7%) than CEA (25%), CA 19-9 (25%), and AFP (0%). The combination of CA 72-4 with CEA and CA 19-9 increased the sensitivity to 61.4%. The positivity rates of CA 72-4 in patients at stages I and II (initial disease) and in patients at stages III and IV (advanced disease) were 9% and 60.6%, respectively (P < 0.005). No correlation was found between CEA and CA 19-9 levels and the stage of gastric cancer. There was a tendency of positivity for CA 72-4 to suggest lymph node involvement, but it was not significant (P = 0.075). Serum levels of tumor markers did not show a correlation with the histological types of gastric cancer. CONCLUSION: Preoperative serum levels of CA 72-4 provided a predictive value in indicating advanced gastric cancer.

O programa edificado da vila de Mourão e a persistência de formas do modo clássico na época barroca (ca. 1681‑1750)

No período moderno, tornando‑se a edificação em arte e ciência, alguns dos seus distintos aspectos desenvolveram‑se segundo necessidades sobretudo funcionais, que definiram ciclos identificáveis na arquitectura portuguesa através de formas e concepções sóbrias. Considerando‑se a génese do Classicismo desde meados do século XVI e a influência do fomento de programas de fortificação militar do século XVII na redefinição urbana, apresenta‑ se o caso da edificação da Vila de Mourão (Alentejo), como exemplo de arranjo a partir da nova fortificação sobre o aglomerado medieval entretanto arrasado, que veio a conservar elementos de classicismo depurado, num contexto que é, porém, de viragem para a afirmação do Barroco, mas introduzindo sinais tendentes à concepção que transforma os focos urbanos em cenários de expressão social, a que concorrem traçados de fachadas, ruas e praças.

Influência do chá da caá-heê, Stevia rebaudiana (Bert.) Bertoni, sobre o peso dos órgãos sexuais isolados de camundongos jovens

O chá das folhas secas da Cáa-heê reduziu o peso dos ôrgãos sexuais de comundongos machos e fêmeas principalmente. Este efeito foi mais nítido após administração do chá a 1% por período de 30 dias (nas fêmeas) e 60 dias (testículos dos machos). A influência inibitória da cáa-heê variou com a dose (concentração do chá) e com o tempo de duração do tratamento.

Balanço dos nutrientes Ca+2, Mg+2, Na+, K+e NO3, em uma bacia de primeira ordem com vegetação Natural na Amazônia Central

O estudo foi conduzido em uma bacia hidrográfica experimental de primeira ordem de aproximadamente 3,5 km2 localizada próximo ao km 16 da estrada secundária ZF-02, do km 60 da rodovia BR-174 que liga Manaus - Boa Vista. O principal objetivo foi quantificar o balanço dos nutrientes Ca+2, Mg+2 Na+, K+e NO3 através da entrada via precipitação e saída via deflúvio. As coletas de água e os cálculos do fluxo de nutrientes foram feitos em base mensal por um período de um ano. Observou-se que as concentrações iônicas apresentaram pouca variação ao longo do tempo. As maiores concentrações na precipitação ocorreram em função do acúmulo de aerosóis na atmosfera, após um período longo sem chuva. Aparentemente a vegetação exerceu influência mais evidente sobre o nitrato em relação aos demais nutrientes. O fluxo dos nutrientes foi variável, onde principalmente a entrada total destes deu-se em função de eventos individuais de chuva de grande magnitude. O balanço em kg.ha-1.ano-1 foi positivo para todos os nutrientes com os seguintes ganhos líquidos: Ca+2 (2,33); Mg+2 (1,66); Na+ (2,07); K+ (l,80) e NO3 (5,84).