Sequencing primate genomes: what have we learned?

We summarize the progress in whole-genome sequencing and analyses of primate genomes. These emerging genome datasets have broadened our understanding of primate genome evolution revealing unexpected and complex patterns of evolutionary change. This includes the characterization of genome structural variation, episodic changes in the repeat landscape, differences in gene expression, new models regarding speciation, and the ephemeral nature of the recombination landscape. The functional characterization of genomic differences important in primate speciation and adaptation remains a significant challenge. Limited access to biological materials, the lack of detailed phenotypic data and the endangered status of many critical primate species have significantly attenuated research into the genetic basis of primate evolution. Next-generation sequencing technologies promise to greatly expand the number of available primate genome sequences; however, such draft genome sequences will likely miss critical genetic differences within complex genomic regions unless dedicated efforts are put forward to understand the full spectrum of genetic variation.

The genome sequencing of an albino Western lowland gorilla reveals inbreeding in the wild

BACKGROUND: The only known albino gorilla, named Snowflake, was a male wild born individual from Equatorial Guinea who lived at the Barcelona Zoo for almost 40 years. He was diagnosed with non-syndromic oculocutaneous albinism, i.e. white hair, light eyes, pink skin, photophobia and reduced visual acuity. Despite previous efforts to explain the genetic cause, this is still unknown. Here, we study the genetic cause of his albinism and making use of whole genome sequencing data we find a higher inbreeding coefficient compared to other gorillas.RESULTS: We successfully identified the causal genetic variant for Snowflake's albinism, a non-synonymous single nucleotide variant located in a transmembrane region of SLC45A2. This transporter is known to be involved in oculocutaneous albinism type 4 (OCA4) in humans. We provide experimental evidence that shows that this amino acid replacement alters the membrane spanning capability of this transmembrane region. Finally, we provide a comprehensive study of genome-wide patterns of autozygogosity revealing that Snowflake's parents were related, being this the first report of inbreeding in a wild born Western lowland gorilla.CONCLUSIONS: In this study we demonstrate how the use of whole genome sequencing can be extended to link genotype and phenotype in non-model organisms and it can be a powerful tool in conservation genetics (e.g., inbreeding and genetic diversity) with the expected decrease in sequencing cost.

Regulació motivacional, satisfacció i rendiment acadèmic dels estudiants de psicologia

Aquest estudi aplica la Teoria de l‟Autodeterminació (Deci i Ryan, 1985, 2000, 2002) i el constructe motivacional d‟Engagement (Schaufeli, Martínez, Marqués, Salanova i Bakker, 2002; Schaufeli, Salanova, González-Roma i Bakker, 2002) per investigar els efectes de la regulació motivacional dels estudiants, l‟Engagement, la Competència percebuda i la Vinculació sobre les Expectatives Acadèmiques i Laborals, la Satisfacció i el Rendiment acadèmic. Els resultats revelen que: (1) els 214 estudiants de Psicologia de la Universitat de Girona que varen participar en la recerca mostren alts nivells d‟autonomia (Regulació Identificada i Intrínseca), però nivells moderats d‟Engagement (Vigor i Absorció, i una mica més alts de Dedicació); (2) les intercorrelacions entre totes les variables motivacionals considerades confirmen les prediccions de la Teoria de l‟Autodeterminació i del model motivacional de l‟Engagement; (3) la Competència percebuda prediu les Expectatives Acadèmiques, mentre que la Motivació Intrínseca i l‟Engagement prediuen les Expectatives Laborals; (4) l‟Amotivació i el Cinisme (en sentit negatiu) i la Motivació Intrínseca i l‟Engagement (en positiu) prediuen la Satisfacció amb la carrera; i (5) l‟Amotivació (en negatiu) i la Competència percebuda (en positiu) prediuen el Rendiment acadèmic

Avaliação de estirpes de rizóbio para a produção de inoculantes para trevo vermelho

No Setor de Microbiologia do Solo, Departamento de Solos, da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brasil, de janeiro de 1994 a março de 1995, quatro estirpes de Rhizobium leguminosarum bv. trifolii foram avaliadas para recomendação para a produção de inoculantes de trevo vermelho (Trifolium pratense). Em experimentos de casa de vegetação, as quatro estirpes apresentaram igual eficiência na fixação do nitrogênio. Contudo, em experimento de mistura de pares de estirpes, a estirpe SEMIA 222 foi mais competitiva na formação de nódulos. Em meio levedura manitol sacarose, a taxa de crescimento foi maior para as estirpes SEMIA 222, T107 e T154 do que a estirpe SEMIA 235. O tempo de geração da estirpe 222 foi mais baixo, seguido da T107 e T154, e maior para a estirpe 235. Em inoculante com veículo de turfa esterilizada, avaliado até seis meses de armazenamento, as estirpes 222 e T154 apresentaram boa sobrevivência, enquanto em inoculante com a mistura das estirpes, a T154 dominou a população. As duas estirpes apresentaram similar sobrevivência nas sementes tratadas por inoculação simples e por peletização.

Seasonality and cyclic tendency of mortality in a Pyrenean population

Las características de la mortalidad Influyen decisivamente en la estructura demográfica de las poblaciones, regida por diferentes factores: internos (rasgos específicos genéticos y culturales), externos (características del ecosistema) e intermedios (capacidad de la población de autoajustarse al ambiente). El estudio de la distribución estacional de las 3313 defunciones registradas en la Villa de El Pont de Suert (Alta Ribagorça, Cataluña) desde 1664 evidencia la importancia de todos estos factores. Los patrones de distribución muestran el Influjo de las condiciones climáticas, de los ambientes epidemiológicos, así como de las transformaciones socioeconómicas y demográficas. El modelo de tendencia cíclica en la mortalidad, común a muchas poblaciones ibéricas de montaña, no se evidencia en esta población.

Discovery of novel arenavirus receptors and entry factors

Arenaviruses are enveloped negative-strand RNA viruses that contain a bi-segmented genome. They are rodent-borne pathogens endemic to the Americas and Africa, with the exception of lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) that is world-wide distributed. The arenaviruses include numerous important human pathogens including the Old World arenavirus Lassa virus (LASV), the causative agent of a severe viral hemorrhagic fever in humans with several hundred thousand infections per year in Africa and thousands of deaths. Viruses are obligatory intracellular parasites, strictly depending on cellular processes and factors to complete their replication cycle. The binding of a virus to target cells is the first step of every viral infection, and is mainly mediated by viral proteins that can directly engage cellular receptors, providing a key determinant for viral tropism. This early step of infection represents a promising target to block the pathogen before it can take control over the host cell. Old World arenaviruses, such as LASV and LCMV, bind to host cells via attachment to their main receptor, dystroglycan (DG), an ubiquitous receptor for extracellular matrix proteins. The engagement of DG by LASV results in a fast internalization and transfer the virus to late endosomal compartment suggesting that the virus binding to DG causes marked changes in the dynamics of the receptor. These events could result in the clustering of the receptor and subsequent induction of signaling that could be modulated by the virus. Recently, numerous findings also suggest the presence of alternative receptor(s) for LASV in absence of the main DG receptor. In my first project, I was interested to investigate the effects of virus-receptor binding on the tyrosine phosphorylation of the cytoplasmic domain of DG and to test if this post-translational modification was crucial for the internalization of the LASV-receptor complex. We found that engagement of cellular DG by a recombinant LCMV expressing the envelope GP of LASV in human epithelial cells induced tyrosine phosphorylation of the cytoplasmic domain of DG. LASV GP binding to DG further resulted in dissociation of the adapter protein utrophin from virus-bound DG. Virus-induced dissociation of utrophin and consequent virus internalization were affected by the broadly specific tyrosine kinase inhibitor genistein. We speculate that the detachment of virus- bound DG from the actin-based cytoskeleton following DG phosphorylation may facilitate subsequent endocytosis of the virus-receptor complex. In the second project, I was interested to characterize the newly indentified LASV alternative receptor Axl in the context of productive arenavirus infection. In a first step, we demonstrated that Axl supports productive infection by rLCMV-LASVGP in a DG-independent manner. In line with previous studies, cell entry of rLCMV-LASVGP via Axl was less efficient when compared to functional DG. Interestingly, Axl-mediated infection showed rapid kinetics similar to DG-dependent entry. Using a panel of inhibitors, we found that Axl-mediated cell entry of rLCMV-LASVGP involved a clathrin-independent pathway that critically depended on actin and dynamin and was sensitive to EIPA but not to PAK inhibitors, compatible with a macropinocytosis-like mechanism of entry. In a next step, we aimed to investigate the molecular mechanism by which rLCMV-LASVGP recognizes Axl. Phosphatidylserine (PS) is the natural ligand of Axl via the adaptor protein Gas6. We detected the presence of PS in the envelope of Old World arenaviruses, suggesting that PS could mediate Axl-virus binding, in a mechanism of apoptotic mimicry already described for other viruses. Whether envelope PS and/or the GP of LASV plays any role in virus entry via Axl is still an open question. The molecular mechanisms underlying host cell-virus interaction are of particular interest to answer basic scientific questions as well as to apply key findings to translational research. Understanding pathogen induced-signaling and its link to invasion of the host cell is of great importance to develop drugs for therapeutic intervention against highly pathogenic viruses like LASV. - Les Arenavirus sont des virus enveloppés à ARN négatifs organisés sous forme de génome bisegmenté. Ils sont véhiculés par les rongeurs et se retrouvent de manière endémique aux Amériques et en Afrique avec l'exception du virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV) qui lui est distribué mondialement. De nombreux pathogènes humains font parti de la famille des Arenavirus dont le virus de l'Ancien Monde Lassa (LASV), un agent responsable de fièvres hémorragiques sévères chez les humains. Le virus de Lassa cause plusieurs centaines de milliers d'infections par année en Afrique ainsi que des milliers de morts. De manière générale, les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires qui dépendent strictement de processus et facteurs cellulaires pour clore leur cycle de réplication. L'attachement d'un virus à sa cellule cible représente la première étape de chaque infection virale et est principalement dirigée par des protéines virales qui interagissent directement avec leur récepteurs cellulaires respectifs fournissant ainsi un indicateur déterminant pour le tropisme d'un virus. Cette première étape de l'infection représente aussi une cible prometteuse pour bloquer le pathogène avant qu'il ne puisse prendre le contrôle de la cellule. Les Arenavirus de l'Ancien Monde comme LASV et LCMV s'attachent à la cellule hôte en se liant à leur récepteur principal, le dystroglycan (DG), un récepteur ubiquitaire pour les protéines de la matrice extracellulaire. La liaison du DG par LASV résulte en une rapide internalisation transférant le virus aux endosomes tardifs suggérant ainsi que l'attachement du virus au DG peut provoquer des changements marqués dans la dynamique moléculaire du récepteur. Ces événements sont susceptibles d'induire un regroupement du récepteur à la surface cellulaire, ainsi qu'une induction subséquente qui pourrait être, par la suite, modulée par le virus. Récemment, plusieurs découvertes suggèrent aussi la présence d'un récepteur alternatif pour LASV en l'absence du récepteur principal, le DG. Concernant mon premier projet, j'étais intéressée à étudier les effets de la liaison virus- récepteur sur la phosphorylation des acides aminés tyrosines se trouvant dans la partie cytoplasmique du DG, le but étant de tester si cette modification post-translationnelle était cruciale pour Γ internalisation du complexe LASV-DG récepteur. Nous avons découvert que l'engagement du récepteur DG par le virus recombinant LCMV, exprimant la glycoprotéine de LASV, dans des cellules épithéliales humaines induit une phosphorylation de résidu(s) tyrosine se situant dans le domaine cytoplasmique du DG. La liaison de la glycoprotéine de LASV au DG induit par la suite la dissociation de la protéine adaptatrice utrophine du complexe virus-DG récepteur. Nous avons observé que cette dissociation de l'utrophine, induite par le virus, ainsi que son internalisation, sont affectées par l'inhibiteur à large spectre des tyrosines kinases, la génistéine. Nous avons donc supposé que le détachement du virus, lié au récepteur DG, du cytosquelette d'actine suite à la phosphorylation du DG faciliterait l'endocytose subséquente du complexe virus-récepteur. Dans le second projet, j'étais intéressée à caractériser le récepteur alternatif Axl qui a été récemment identifié dans le contexte de l'infection productive des Arenavirus. Dans un premier temps, nous avons démontré que le récepteur alternatif Axl permet l'infection des cellules par le virus LCMV recombinant LASV indépendamment du récepteur DG. Conformément aux études publiées précédemment, nous avons pu observer que l'entrée du virus recombinant LASV via Axl est moins efficace que via le récepteur principal DG. De façon intéressante, nous avons aussi remarqué que l'infection autorisée par Axl manifeste une cinétique virale d'entrée similaire à celle observée avec le récepteur DG. Utilisant un éventail de différents inhibiteurs, nous avons trouvé que l'entrée du virus recombinant rLCMV-LASVGP via Axl implique une voie d'entrée indépendante de la clathrine et dépendant de manière critique de l'actine et de la dynamine. Cette nouvelle voie d'entrée est aussi sensible à l'EIPA contrairement aux inhibiteurs PAK indiquant un mécanisme d'entrée compatible avec un mécanisme de macropinocytose. L'étape suivante du projet a été d'investiguer le mécanisme moléculaire par lequel le virus recombinant rLCMV-LASVGP reconnaît le récepteur alternatif Axl. La phosphatidylsérine (PS) se trouve être un ligand naturel pour Axl via la protéine adaptatrice Gas6. Nous avons détecté la présence de PS dans l'enveloppe des Arenavirus du Vieux Monde suggérant que la PS pourrait médier la liaison du virus à Axl dans un mécanisme de mimétisme apoptotique déjà observé et décrit pour d'autres virus. Cependant, il reste encore à déterminer qui de la PS ou de la glycoprotéine de l'enveloppe virale intervient dans le processus d'entrée de LASV via le récepteur alternatif Axl. Les mécanismes moléculaires à la base de l'interaction entre virus et cellule hôte sont d'intérêts particuliers pour répondre aux questions scientifiques de base ainsi que dans l'application de découvertes clés pour la recherche translationnelle. La compréhension de la signalisation induite par les pathogènes ainsi que son lien à l'invasion de la cellule hôte est d'une importance considérable pour le développement de drogues pour l'intervention thérapeutique contre les virus hautement pathogènes comme LASV.

Viatjant a Grècia en cerca de l'ideal hel·lènic

Aquest és un article de síntesi que analitza sobretot l'anomenat Grand Tour i la cerca de l'ideal hel·lenic per part de tot un llarg seguit de personatges. Ells i els seus llibres i textos, anomenats aquí i dels quals se'n recullen nombrosos passatges, han estat veritablement significatius en la història del redescobriment europeu de Grècia: George Wheler, Jacob Spon, marquès de Nointel, James Stuart, Nicholas Revett, Robert Wood, Johann Joachim Winckelmann, Antiquities of Athens, Antiquities of Ionia, Richard Chandler, Lord Elgin, Lord Byron, Konstantinos P. Kavafis, etc.

Viajando a Grecia en busca del ideal helénico

Este es un artículo de síntesis que analiza sobre todo el llamado Grand Tour y la búsqueda del ideal helénico por parte de una larga serie de personajes. Ellos y sus libros y textos, ciados aquí y de los cuales se recogen numerosos pasajes, han sido verdaderamente significativos en la historia del redescubrimiento europeo de Grecia: George Wheler, Jacob Spon, marquès de Nointel, James Stuart, Nicholas Revett, Robert Wood, Johann Joachim Winckelmann, Antiquities of Athens, Antiquities of Ionia, Richard Chandler, Lord Elgin, Lord Byron, Konstantinos P. Kavafis, etc.

World-line condition and the noninteraction theorem

A 6N-dimensional alternative formulation is proposed for constrained Hamiltonian systems. In this context the noninteraction theorem is derived from the world-line conditions. A model of two interacting particles is exhibited where physical coordinates are canonical.

Intramolecular coupling as a mechanism for a liquid-liquid phase transition

We study a model for water with a tunable intramolecular interaction Js, using mean-field theory and off-lattice Monte Carlo simulations. For all Js>~0, the model displays a temperature of maximum density. For a finite intramolecular interaction Js>0, our calculations support the presence of a liquid-liquid phase transition with a possible liquid-liquid critical point for water, likely preempted by inevitable freezing. For J=0, the liquid-liquid critical point disappears at T=0.

Realizations of Poincar group induced by second order differential systems. Non interaction theorem

A generalization of the predictive relativistic mechanics is studied where the initial conditions are taken on a general hypersurface of M4. The induced realizations of the Poincar group are obtained. The same procedure is used for the Galileo group. Noninteraction theorems are derived for both groups.

Classical predictive electrodynamics of two charges with radiation: Energy and 3. momentum balance and scattering crossections-II

We deal with a classical predictive mechanical system of two spinless charges where radiation is considered and there are no external fields. The terms (2,2)Paa of the expansion in the charges of the HamiltonJacobi momenta are calculated. Using these, together with known previous results, we can obtain the paa up to the fourth order. Then we have calculated the radiated energy and the 3-momentum in a scattering process as functions of the impact parameter and the incident energy for the former and 3-momentum for the latter. Scattering cross-sections are also calculated. Good agreement with well known results, including those of quantum electrodynamics, has been found.