Gene-associated markers provide tools for tackling illegal fishing and false eco-certification

Illegal, Unreported and Unregulated fishing has had a major role in the overexploitation of global fish populations. In response, international regulations have been imposed and many fisheries have been 'eco-certified' by consumer organizations, but methods for independent control of catch certificates and eco-labels are urgently needed. Here we show that, by using gene-associated single nucleotide polymorphisms, individual marine fish can be assigned back to population of origin with unprecedented high levels of precision. By applying high differentiation single nucleotide polymorphism assays, in four commercial marine fish, on a pan-European scale, we find 93-100% of individuals could be correctly assigned to origin in policy-driven case studies. We show how case-targeted single nucleotide polymorphism assays can be created and forensically validated, using a centrally maintained and publicly available database. Our results demonstrate how application of gene-associated markers will likely revolutionize origin assignment and become highly valuable tools for fighting illegal fishing and mislabelling worldwide.

Novel tools for conservation genomics: comparing two high-throughput approaches for SNP discovery in the transcriptome of the European hake

The growing accessibility to genomic resources using next-generation sequencing (NGS) technologies has revolutionized the application of molecular genetic tools to ecology and evolutionary studies in non-model organisms. Here we present the case study of the European hake (Merluccius merluccius), one of the most important demersal resources of European fisheries. Two sequencing platforms, the Roche 454 FLX (454) and the Illumina Genome Analyzer (GAII), were used for Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) discovery in the hake muscle transcriptome. De novo transcriptome assembly into unique contigs, annotation, and in silico SNP detection were carried out in parallel for 454 and GAII sequence data. High-throughput genotyping using the Illumina GoldenGate assay was performed for validating 1,536 putative SNPs. Validation results were analysed to compare the performances of 454 and GAII methods and to evaluate the role of several variables (e.g. sequencing depth, intron-exon structure, sequence quality and annotation). Despite well-known differences in sequence length and throughput, the two approaches showed similar assay conversion rates (approximately 43%) and percentages of polymorphic loci (67.5% and 63.3% for GAII and 454, respectively). Both NGS platforms therefore demonstrated to be suitable for large scale identification of SNPs in transcribed regions of non-model species, although the lack of a reference genome profoundly affects the genotyping success rate. The overall efficiency, however, can be improved using strict quality and filtering criteria for SNP selection (sequence quality, intron-exon structure, target region score).

Application of SNPs for population genetics of nonmodel organisms:new opportunities and challenges

Recent improvements in the speed, cost and accuracy of next generation sequencing are revolutionizing the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs). SNPs are increasingly being used as an addition to the molecular ecology toolkit in nonmodel organisms, but their efficient use remains challenging. Here, we discuss common issues when employing SNP markers, including the high numbers of markers typically employed, the effects of ascertainment bias and the inclusion of nonneutral loci in a marker panel. We provide a critique of considerations specifically associated with the application and population genetic analysis of SNPs in nonmodel taxa, focusing specifically on some of the most commonly applied methods.

Evaluating genetic traceability methods for captive-bred marine fish and their applications in fisheries management and wildlife forensics

Growing demands for marine fish products is leading to increased pressure on already depleted wild populations and a rise in aquaculture production. Consequently, more captive-bred fish are released into the wild through accidental escape or deliberate releases. The increased mixing of captive-bred and wild fish may affect the ecological and/or genetic integrity of wild fish populations. Unambiguous identification tools for captive-bred fish will be highly valuable to manage risks (fisheries management) and tracing of escapees and seafood products (wildlife forensics). Using single nucleotide polymorphism (SNP) data from captive-bred and wild populations of Atlantic cod Gadus morhua L. and sole Solea solea L., we explored the efficiency of population and parentage assignment techniques for the identification and tracing of captive-bred fish. Simulated and empirical data were used to correct for stochastic genetic effects. Overall, parentage assignment performed well when a large effective population size characterized the broodstock and escapees originated from early generations of captive breeding. Consequently, parentage assignments are particularly useful from a fisheries management perspective to monitor the effects of deliberate releases of captive-bred fish on wild populations. Population assignment proved to be more efficient after several generations of captive breeding, which makes it a useful method in forensic applications for well-established aquaculture species. We suggest the implementation of a case-by-case strategy when choosing the best method.

Enfermagem Contemporânea. Dez Temas, Dez Debates

Introdução O ebook que aqui se apresenta resulta da compilação das diferentes intervenções que tiveram lugar nas Oficinas Temáticas mensais (no total de nove), que decorreram no ano de 2013, na ESESJDUE. As Oficinas Temáticas definem-se como espaços de discussão pública entre a academia, as diversas organizações de saúde da sociedade civil (públicas, privadas e de solidariedade social) e os agentes sociais da saúde. Com este espaço pretendeu-se promover o debate, a discussão, a reflexão e a confluência de saberes sobre as várias dimensões da enfermagem, da saúde e da doença na sociedade atual. Estas oficinas procuraram colocar em articulação as diferentes perspectivas sobre uma determinada área temática da saúde, desde os conhecimentos científicos pro-duzidos (resultantes da investigação produzida ou em curso nessa área), ao seu en-quadramento pelas políticas públicas, marcando a exploração dos discursos oficiais e as perspetivas de diferentes profissionais sobre a saúde a doença e a enfermagem. Foram, e continuarão a ser, objetivos das Oficinas Temáticas promover um espaço de reflexão, discussão e partilha de saberes aberto aos diferentes atores da academia e da sociedade/comunidade sobre a saúde na atualidade; estimular e possibilitar a refle-xão e discussão fora da sala de aula e incentivar a produção de relatos resultantes da discussão e reflexão, a serem publicados e partilhados na comunidade virtual - este ebook é o resultado do primeiro ano de trabalho. Os temas debatidos neste primeiro ano foram aqueles que habitualmente estão ausentes dos programas curriculares da enfermagem, mas cuja centralidade marca as agendas quer da área clínica, quer do ensino, quer da política de saúde. São disso exemplo as questões da violência doméstica e de género, o conhecimento em enfer-magem, a segurança do doente, as práticas simuladas, a medicalização do parto, os valores éticos, a comunicação em saúde, os cuidadores informais ou a espiritualidade nos cuidados . A heterogeneidade dos temas discutidos, visou colmatar necessidades sentidas de refle-tir, discutir e aprofundar cada uma das referidas temáticas a partir de novas perspetivas e abordagens e simultaneamente captar novos contributos disciplinares para enriquecer o conhecimento em enfermagem. Tendo como referência o relatório Frenk , cada vez mais a enfermagem, tal como todas as disciplinas da área da saúde, deve exercer um papel central nas reformas institucionais e educacionais necessárias à saúde. Para tal, afirma-se a necessidade preparar os futuros profissionais para o trabalho em equipa não só interprofissional (várias profissões que trabalham em conjunto para um objetivo comum) mas essen-cialmente transdisciplinar (várias profissões trabalham em conjunto sob um modelo compartilhado com uma linguagem comum). Neste novo modelo também designado por “profissionalismo transdisciplinar” (Belar, 2013) , cada um não só usa a sua própria experiência, para resolver problemas comum com base num modelo integra-tivo, mas assume ativamente seu papel de agente da mudança, revela-se um gestor competente dos recursos e um promotor de políticas baseadas em evidência, enfati-zando sempre a responsabilidade pelo seu desempenho. Trabalhando em conjunto, os diferentes profissionais da saúde, não só melhoram a saúde dos utentes e comu-nidades como são dignos da sua confiança. Neste contexto, a educação/formação destes profissionais deve ter como objetivos centrais a melhoria dos serviços de saúde, preparando-os para ir de encontro às necessidades dos indivíduos e das popu-lações de uma forma equitativa e eficiente e ainda promover uma visão global e comum da saúde para o futuro. As mudanças propostas, segundo os referidos autores, não cabem em currículos está-ticos e em modelos educativos fragmentados, desatualizados e insensíveis às exigên-cias da saúde na sociedade atual. Para responder a este objetivo, o relatório citado salienta a necessidade de, no processo formativo dos estudantes da área da saúde (enfermagem, medicina, nutrição, serviço social), assumir lugar de destaque o nível transformador da aprendizagem, que inclui competências para liderar e mudar o sistema de saúde, competências de interação e de trabalho em equipa e o conheci-mento sobre a governança do sistema de saúde e dos seus componentes. Neste contexto, cabe à academia um papel central no debate e reflexão necessárias às mudanças que o novo modelo de educação/formação dos profissionais de saúde exige. As Oficinas Temáticas realizadas durante o ano de 2013 foram, a seu modo, e espera-se que continuem a ser, o ponto de partida para a reflexão imprescindível à mudança que se impõe e deseja. O primeiro texto deste ebook centra-se no trabalho em rede no combate à violência doméstica. Apesar da Violência Doméstica ser um fenómeno presente na sociedade desde tempos imemoriais, só nos anos mais recentes ganhou visibilidade pública e mobilizou esforços congregados de diferentes áreas no seu combate. Apesar disso, este é um tema que tem estado ausente dos currículos académicos das diferentes profissões da saúde. O debate e reflexão sobre Violência Doméstica permitiu, não apenas conhecer o trabalho realizado no âmbito da Rede de Intervenção Integrada do Distrito de Évora (RIIDE) e os objetivos que visa alcançar, mas também sensibilizar os docentes para a importância deste tema ser integrado na formação dos futuros enfermeiros, cujo papel no combate à Violência Doméstica, a partir de um trabalho integrado, não pode ser ignorado. A construção do conhecimento em enfermagem na perspetiva do estudantes de licen-ciatura e o raciocínio clínico dos enfermeiros dominaram a reflexão do segundo tema. Quer um, quer outro são fundamentais para a compreensão da enfermagem como disciplina e para a prestação de cuidados, ao permitirem compreender quer como se estrutura esta realidade, quer como se reflete sobre ela. O primeiro texto centra-se na análise das representações sociais dos estudantes sobre a conhecimento em enfermagem e o segundo apresenta uma reflexão profunda sobre as questões que medeiam o processo de raciocínio clínico dos enfermeiros. O terceiro tema debatido e refletido foi a segurança do doente e a qualidade dos cuidados. Em qualquer área da saúde este é um tema incontornável no atual contexto dos cuidados de saúde. A qualidade dos cuidados e os custos associados aos cuidados dominam os mercados e os negócios da saúde e definem a pressão sobre a organiza-ções de saúde, obrigadas a agir e a incorporarem os princípios e os conceitos da segu-rança do doente na prática quotidiana. Neste texto apresentam-se o princípios centrais que devem sustentar o posicionamento de todos os profissionais de saúde face à implementação de uma cultura de segurança na saúde. No quinto texto analisa-se a medicalização do parto a partir de uma investigação (ainda em curso) sobre os motivos subjacentes à opção das mulheres grávidas pelo parto por cesariana. Os avanços nos campos da anestesiologia e da antibioterapia, se vieram tra-zer mais segurança a este ato também contribuíram para a medicalização do parto, no-meadamente através do aumento das taxas de cesariana. A questões debatidas cen-tram-se no papel das enfermeiras especialistas em saúde materna e obstetrícia e o seu papel na informação e formação das grávidas em termos de opção face ao parto. Apesar do avanço da medicalização não atingir todos os fenómenos com o mesmo grau de intensidade, o nascimento é um dos acontecimentos mais medicalizados, desde a indução do parto até ao próprio parto, com os riscos que lhe são inerentes. Este texto questiona e discute os motivos que levam as mulheres a optar por um parto por cesariana e, desta forma, a aderirem à medicalização de um acontecimento ances-tralmente descrito como “natural”. A relação terapêutica como pacto de cuidados na perspetiva de Paul Ricoeur é o tema dominante do texto seis, em que são refletidas e aprofundadas as conceções filosófi-cas e éticas deste autor sobre o pacto de cuidado. A partir das conceções de Ricouer, a autora reflete sobre o significado ético das relações entre quem cuida e quem é cuida-do, salientado a importância da apreciação crítica das questões éticas e do agir, no quotidiano dos cuidados de enfermagem. No texto seguinte analisam-se as questões dos cuidadores informais, que se avolumam na justa proporção em que se assiste ao envelhecimento da população, à complexifi-cação do contexto social caraterizado por alterações nas estruturas familiares, bem como a alteração das políticas sociais que apelam à permanência de idosos e depen-dentes nos seus ambientes familiares e às novas políticas de saúde com valorização dos tratamentos ambulatórios e diminuição dos tempos de demora média de interna-mento. Apesar da complexidade que carateriza a prestação de cuidados informais, é à família que tradicionalmente se atribui a responsabilidade pelo cuidado informal, ignorando-se frequentemente toda a dinâmica que envolve este tipo de cuidado e as implicações que gera na própria estrutura familiar. O tema que encerra este ebook é a espiritualidade em Enfermagem, que congrega dois texto. No primeiro, enquadra-se a espiritualidade no âmbito dos cuidados de saúde e de enfermagem e destaca-se a sua importância nas profissões ligadas ao cuidado humano. Afirma-se que a espiritualidade não pode ser confundida com religiosidade. Ela é uma dimensão de vida do ser humano, que a par da dimensão biológica, inte-lectual, emocional e social, permite que cada um reconheça o sentido que procura para a sua existência e se diferencia de outro ser humano. A espiritualidade, parte integrante da experiência vivencial de cada ser humano, deve assumir também um lugar central na atenção dos profissionais de saúde. O segundo texto, sobre a espiritualidade em enfermagem, centra-se na validação clínica do diagnóstico de enfermagem angústia espiritual, realizado com um grupo de doentes adultos de um serviço de hemato-oncologia. Alerta-se para a prevalência do diagnóstico angústia espiritual e afirma-se a necessidade de os enfermeiros estarem atentos a este diagnóstico que não deve ser confundido com uma situação patológica de depressão e refere-se a importância do aprofundamento concetual da espiritualidade em enferma-gem, através do conhecimento de como os doentes vivenciam a angústia espiritual e quais os significados atribuem a esse estado de sofrimento na sua vida. Por fim, salienta-se que apesar da heterogeneidade dos temas e das diferentes aproxi-mações realizadas pelos autores, os textos aqui reunidos traduzem-se num importante contributo para a reflexão da enfermagem contemporânea e para uma aproximação ao trabalho transdisciplinar na saúde.

Spectral analysis of embolic signals

Tese de dout., Engenharia Electrónica e Computação, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2005

O impacto da experiência de estágio no desenvolvimento vocacional de alunos dos cursos tecnològicos e profissionais do ensino secundário

Tese de dout., Psicologia (Psicologia da Educação), Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Univ. do Algarve, 2011

A herança de Locke

A organização de um colóquio em torno da “herança de Locke” foi uma ideia que nasceu no Centro de Estudos Anglísticos da Universidade de Lisboa, no âmbito do núcleo de investigação dedicado aos estudos de cultura inglesa. Vários textos de Locke são regularmente incluídos nos programas de graduação e de pósgraduação em Estudos Anglísticos, além de objecto de estudo especializado no Centro de Estudos Anglísticos. Assim, fazia todo o sentido comemorar, no ano de 2004, a passagem de mais um centenário sobre a morte de Locke, e celebrar a vitalidade da sua obra ao longo de três séculos reunindo especialistas que, publicamente, apresentassem e discutissem aspectos dessa obra que continuam activos no presente. O volume que agora se publica reúne as comunicações apresentadas em Janeiro de 2004. A variedade dos temas abordados e a manifesta relevância de que se revestem para o estudo da modernidade demonstram que a herança de Locke continua a produzir riqueza, e que constitui património cultural a ser herdado por novas gerações.

Electroanalytical study of the pesticide asulam

The electrochemical behaviour of the herbicide Asulam was studied by cyclic and square wave voltammetry. Asulam may be irreversibly oxidised at a glassy carbon electrode. Maximum currents were obtained at pH=1.9 in aqueous electrolyte solution. Based on the electrochemical behaviour of Asulam, two analytical methodologies were developed for its determination in water samples, using square wave voltammetry (SWV) and flow injection analysis (FIA) coupled with an amperometric detector. Limits of detection of 7.1x10-6 mol L-1 and 1.2x10-8 mol L-1 for SWV and FIA respectively, were achieved. Repeatability was calculated by assessing the relative standard deviation (%) for 10 consecutive determinations of one sample. The found values were 2.1% for SWV and 5.0% for FIA. Validation of the results provided by SWV and FIA methodologies was performed by comparison with results from an HPLC-DAD technique. Good relative deviations were found (<5%). Recovery trials were performed to assess the accuracy of the results and the obtained values were between 84% and 107% for both methods.

Spectroscopic characterization of a novel 2 /[4Fe /4S] ferredoxin isolated from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774

Inorganica Chimica Acta 356 (2003) 215-221

Shared resources and precedence constraints with capacity sharing and stealing

This paper proposes a new strategy to integrate shared resources and precedence constraints among real-time tasks, assuming no precise information on critical sections and computation times is available. The concept of bandwidth inheritance is combined with a greedy capacity sharing and stealing policy to efficiently exchange bandwidth among tasks, minimising the degree of deviation from the ideal system's behaviour caused by inter-application blocking. The proposed capacity exchange protocol (CXP) focus on exchanging extra capacities as early, and not necessarily as fairly, as possible. This loss of optimality is worth the reduced complexity as the protocol's behaviour nevertheless tends to be fair in the long run and outperforms other solutions in highly dynamic scenarios, as demonstrated by extensive simulations.

Results of An International Study of Quantitative BCR/ABL Assays Using Defined RNA Samples

Molecular monitoring of BCR/ABL transcripts by real time quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR) is an essential technique for clinical management of patients with BCR/ABL-positive CML and ALL. Though quantitative BCR/ABL assays are performed in hundreds of laboratories worldwide, results among these laboratories cannot be reliably compared due to heterogeneity in test methods, data analysis, reporting, and lack of quantitative standards. Recent efforts towards standardization have been limited in scope. Aliquots of RNA were sent to clinical test centers worldwide in order to evaluate methods and reporting for e1a2, b2a2, and b3a2 transcript levels using their own qRT-PCR assays. Total RNA was isolated from tissue culture cells that expressed each of the different BCR/ABL transcripts. Serial log dilutions were prepared, ranging from 100 to 10-5, in RNA isolated from HL60 cells. Laboratories performed 5 independent qRT-PCR reactions for each sample type at each dilution. In addition, 15 qRT-PCR reactions of the 10-3 b3a2 RNA dilution were run to assess reproducibility within and between laboratories. Participants were asked to run the samples following their standard protocols and to report cycle threshold (Ct), quantitative values for BCR/ABL and housekeeping genes, and ratios of BCR/ABL to housekeeping genes for each sample RNA. Thirty-seven (n=37) participants have submitted qRT-PCR results for analysis (36, 37, and 34 labs generated data for b2a2, b3a2, and e1a2, respectively). The limit of detection for this study was defined as the lowest dilution that a Ct value could be detected for all 5 replicates. For b2a2, 15, 16, 4, and 1 lab(s) showed a limit of detection at the 10-5, 10-4, 10-3, and 10-2 dilutions, respectively. For b3a2, 20, 13, and 4 labs showed a limit of detection at the 10-5, 10-4, and 10-3 dilutions, respectively. For e1a2, 10, 21, 2, and 1 lab(s) showed a limit of detection at the 10-5, 10-4, 10-3, and 10-2 dilutions, respectively. Log %BCR/ABL ratio values provided a method for comparing results between the different laboratories for each BCR/ABL dilution series. Linear regression analysis revealed concordance among the majority of participant data over the 10-1 to 10-4 dilutions. The overall slope values showed comparable results among the majority of b2a2 (mean=0.939; median=0.9627; range (0.399 - 1.1872)), b3a2 (mean=0.925; median=0.922; range (0.625 - 1.140)), and e1a2 (mean=0.897; median=0.909; range (0.5174 - 1.138)) laboratory results (Fig. 1-3)). Thirty-four (n=34) out of the 37 laboratories reported Ct values for all 15 replicates and only those with a complete data set were included in the inter-lab calculations. Eleven laboratories either did not report their copy number data or used other reporting units such as nanograms or cell numbers; therefore, only 26 laboratories were included in the overall analysis of copy numbers. The median copy number was 348.4, with a range from 15.6 to 547,000 copies (approximately a 4.5 log difference); the median intra-lab %CV was 19.2% with a range from 4.2% to 82.6%. While our international performance evaluation using serially diluted RNA samples has reinforced the fact that heterogeneity exists among clinical laboratories, it has also demonstrated that performance within a laboratory is overall very consistent. Accordingly, the availability of defined BCR/ABL RNAs may facilitate the validation of all phases of quantitative BCR/ABL analysis and may be extremely useful as a tool for monitoring assay performance. Ongoing analyses of these materials, along with the development of additional control materials, may solidify consensus around their application in routine laboratory testing and possible integration in worldwide efforts to standardize quantitative BCR/ABL testing.

L'Écho de Paris

1888/11/10 (Numéro 1693).

L'Écho de Paris

1888/09/10 (Numéro 1632).