Studio del network metabolico umano: modelli e applicazioni.

Il lavoro di tesi si basa sull'analisi del database pubblico ReconX, il quale costituisce lo stato dell'arte della ricostruzione in silico del metabolismo umano. Il modello che se ne può estrarre è stato impiegato per simulazioni di metabolismo cellulare in condizioni di ossigeno variabile, valutando l'impatto della carenza di ossigeno sulle reazioni e su i pathways metabolici. Le tecniche impiegate appartengono alla systems biology e sono di tipo bioinformatico e riguardano flux balance analysis e flux variability analysis. I risultati trovati vengono quindi confrontati con la letteratura di settore. E' stato inoltre possibile estrarre dei sotto network dal modello principale, analizzando la rete di connessioni esistente fra i metaboliti e fra le reazioni separatamente. Viene estratto e studiato anche il network di interazione fra pathways, su cui è introdotta una misura ad hoc per valutare la forza di connessione fra i vari processi. Su quest'ultimo network viene anche effettuata un'analisi di tipo stocastico, mostrando che tecniche di tipo markoviano possono essere applicate per indagini diverse da quelle più in uso basate sui flussi. Infine viene mostrata una possibile soluzione per visualizzare graficamente i network metabolici così costituiti.

Implementazione di modulatori e demodulatori su piattaforma raspberry-pi

Cattura di un segnale AM e FM stereofonico (radio commerciale) mediante chiavetta NooElec R820T dotata di tecnologia Software Defined Radio (SDR). Implementazione di un codice di demodulazione AM e di algoritmi di modulazione/demodulazione FM stereo attraverso l’ambiente di lavoro MATLAB e lo strumento Simulink- Interfacciamento dei codici con la piattaforma Raspberry-Pi fungente da server TCP/IP la quale permetterà la comunicazione tra chiavetta e PC. Ricostruzione del segnale modulante trasmesso

Ricostruire l'identita: Nuovi scenari urbani per Cavezzo

La tesi si propone di individuare per la città di Cavezzo ed il suo centro urbano, colpito dal sisma del 20 maggio 2012, le strategie per la ricostruzione e la definizione delle proprie forme urbane. In particolare, ci si concentrerà sul nuovo luogo dell'identità urbana, ovvero piazza Matteotti, da sempre spazio pubblico riconosciuto, per il quale si propone un intervento di riqualificazione. Questo avverrà tramite il progetto dello spazio teatrale, che, si inserisce nel contesto, come nuovo elemento di lettura e connessione. Il primo capitolo di questo volume raccoglie alcune informazioni relative al territorio della città di Cavezzo, necessarie alla comprensione delle scelte progettuali, descritte per la scala urbana, nel capitolo secondo. Infine, la seconda parte del volume affronta i temi progettuali per piazza Matteotti e gli approfondimenti, ad essa legati, sullo spazio teatrale, sulle sue forme e sulla sua struttura.

Casa Caldesi. Un'ipotesi di restauro per il complesso architettonico faentino

Il Palazzo è un'architettura ben presente nell’immaginario collettivo soprattutto per il fatto che sia comunemente indicato come l’antica dimora dei Manfredi, signori della città. Tanto importante da sollevare sulla stampa locale periodiche ondate di indignazione per il suo stato di abbandono. Il recente studio di Lucio Donati dimostra come gli antichi proprietari fossero in realtà i Bazolini prima e i Viarani poi. A conclusione dell’articolo proponeva quindi di chiamare il fabbricato secondo il nome dei reali proprietari. In questa tesi ho deciso invece di chiamare il fabbricato con il nome di Casa Caldesi. Il precario stato di conservazione indica l’urgenza di un pronto intervento di restauro. Questa tesi propone una delle possibili ipotesi di progetto. Visto lo stato delle cose ho scelto un progetto di restauro che prevedesse una funzione mista residenziale e ad uffici. Mantenendo lungo via Manfredi le vetrine e quindi la funzione commerciale al dettaglio negli spazi che già una volta ospitavano i negozi. Il progetto si è soffermato in particolare nel disegno delle residenze. L’obiettivo di ripristinare i grandi ambienti decorati è stato rispettato attraverso un paziente lavoro di distribuzione capace di conservare e valorizzare la bellezza dei locali, senza perdere i requisiti di funzionalità e comodità adeguati alle moderne residenze. Questa scelta funzionale anche se può sembrare scontata e compatibile con un palazzo che da sempre è stata una residenza, presenta tuttavia alcune problematiche. L’ipotesi di restauro quindi si pone il problema di organizzare gli spazi del palazzo in appartamenti ed uffici, ripristinare la spazialità di tutti i grandi ambienti decorati e renderli compatibili con le esigenze abitative odierne.

Geometria della visione

La visione è il processo cerebrale mediante il quale l'organismo umano riesce a estrarre informazioni dal dato visivo proveniente dalla retina. Tentare di imitare questo comportamento mediante un elaboratore elettronico, il cosiddetto problema della visione, è una delle maggiori sfide del XXI secolo. In questo contesto lo scopo della tesi è dare una descrizione degli strumenti matematici che permettono di modellizzare la visione stereoscopica ed esporre le condizioni sotto le quali sia possibile effettuare una ricostruzione 3D ambientale a partire da due immagini della stessa scena nell'ipotesi di assenza di errore.

The effect of diffusion gradient direction number on tractography of corticospinal tract in human brain: an along-tract analysis

Nel presente lavoro di tesi ho sviluppato un metodo di analisi di dati di DW-MRI (Diffusion-Weighted Magnetic Resonance Imaging)cerebrale, tramite un algoritmo di trattografia, per la ricostruzione del tratto corticospinale, in un campione di 25 volontari sani. Il diffusion tensor imaging (DTI) sfrutta la capacità del tensore di diffusione D di misurare il processo di diffusione dell’acqua, per stimare quantitativamente l’anisotropia dei tessuti. In particolare, nella sostanza bianca cerebrale la diffusione delle molecole di acqua è direzionata preferenzialmente lungo le fibre, mentre è ostacolata perpendicolarmente ad esse. La trattografia utilizza le informazioni ottenute tramite il DW imaging per fornire una misura della connettività strutturale fra diverse regioni del cervello. Nel lavoro si è concentrata l’attenzione sul fascio corticospinale, che è coinvolto nella motricità volontaria, trasmettendo gli impulsi dalla corteccia motoria ai motoneuroni del midollo spinale. Il lavoro si è articolato in 3 fasi. Nella prima ho sviluppato il pre-processing di immagini DW acquisite con un gradiente di diffusione sia 25 che a 64 direzioni in ognuno dei 25 volontari sani. Si è messo a punto un metodo originale ed innovativo, basato su “Regions of Interest” (ROIs), ottenute attraverso la segmentazione automatizzata della sostanza grigia e ROIs definite manualmente su un template comune a tutti i soggetti in esame. Per ricostruire il fascio si è usato un algoritmo di trattografia probabilistica che stima la direzione più probabile delle fibre e, con un numero elevato di direzioni del gradiente, riesce ad individuare, se presente, più di una direzione dominante (seconda fibra). Nella seconda parte del lavoro, ciascun fascio è stato suddiviso in 100 segmenti (percentili). Sono stati stimati anisotropia frazionaria (FA), diffusività media, probabilità di connettività, volume del fascio e della seconda fibra con un’analisi quantitativa “along-tract”, per ottenere un confronto accurato dei rispettivi percentili dei fasci nei diversi soggetti. Nella terza parte dello studio è stato fatto il confronto dei dati ottenuti a 25 e 64 direzioni del gradiente ed il confronto del fascio fra entrambi i lati. Dall’analisi statistica dei dati inter-subject e intra-subject è emersa un’elevata variabilità tra soggetti, dimostrando l’importanza di parametrizzare il tratto. I risultati ottenuti confermano che il metodo di analisi trattografica del fascio cortico-spinale messo a punto è risultato affidabile e riproducibile. Inoltre, è risultato che un’acquisizione con 25 direzioni di DTI, meglio tollerata dal paziente per la minore durata dello scan, assicura risultati attendibili. La principale applicazione clinica riguarda patologie neurodegenerative con sintomi motori sia acquisite, quali sindromi parkinsoniane sia su base genetica o la valutazione di masse endocraniche, per la definizione del grado di contiguità del fascio. Infine, sono state poste le basi per la standardizzazione dell’analisi quantitativa di altri fasci di interesse in ambito clinico o di studi di ricerca fisiopatogenetica.

Proposta metodologica per acquisizione e verificabilita di dati in rete trasmessi in maniera cifrata

Lo sviluppo di tecnologie informatiche e telematiche comporta di pari passo l’aumento di dispositivi informatici e di conseguenza la commissione di illeciti che richiedono l’uso di tecniche dell’informatica forense. Infatti, l'evoluzione della tecnologia ha permesso la diffusione di sistemi informatici connessi alla rete Internet sia negli uffici che nelle case di molte famiglie: il miglioramento notevole della velocità di connessione e della potenza dei dispositivi comporta l’uso di un numero sempre maggiore di applicazioni basate sul web 2.0, modificando lo schema classico d’uso del mezzo e passando da utente “lettore” a utente “produttore”: si potrebbe quasi porre la domanda “Chi non ha mai scritto un commento su un social network? Chi non ha mai caricato un video su una piattaforma di video sharing? Chi non ha mai condiviso un file su un sito?”. Il presente lavoro si propone di illustrare le problematiche dell’acquisizione del traffico di rete con particolare focus sui dati che transitano attraverso protocolli cifrati: infatti, l’acquisizione di traffico di rete si rende necessaria al fine di verificare il contenuto della comunicazione, con la conseguenza che diventa impossibile leggere il contenuto transitato in rete in caso di traffico cifrato e in assenza della chiave di decifratura. Per cui, operazioni banali nei casi di traffico in chiaro (come la ricostruzione di pagine html o fotografie) possono diventare estremamente impegnative, se non addirittura impossibile, quando non si sono previsti appositi accorgimenti e in assenza di idonei strumenti. Alla luce di tali osservazioni, il presente lavoro intende proporre una metodologia completa di acquisizione e uno strumento software che agevoli il lavoro di ricostruzione, e quindi verifica, dei dati contenuti nel traffico catturato, anche cifrato. Infine, verranno mostrati dei casi esemplificativi nei quali tale metodologia si rende opportuna (o meglio, necessaria) con test di ricostruzione dei dati eseguiti con il tool SSLTrafficReader.

Ina-casa la fiorita. Strategie di rigenerazione urbana per un riuso condiviso.

Gran parte del patrimonio edilizio italiano è costituito da un'edilizia minore realizzata per lo più negli anni successivi al secondo dopoguerra. Una delle più significative esperienze di ricostruzione è rappresentata dai quartieri Ina-Casa, che oltre a rispondere all'elevata richiesta abitativa, hanno contribuito a dare una forma all'espansione disorganizzata delle città e si sono rivelati l'ultima vera occasione per gli architetti di essere protagonisti della storia nazionale. Tuttavia, ad oggi, manca la consapevolezza diffusa del grande valore storico, identitario e patrimoniale di queste porzioni di città e della necessità di un congruo intervento di valorizzazione e riqualificazione. Specialmente nelle piccole realtà, come Cesena, questo ha comportato una forte alterazione dei caratteri originari secondo scelte arbitrarie ed interventi disomogenei. A seguito dell'analisi approfondita della piccola unità di vicinato della Fiorita, si è deciso di adottare un approccio metodologico diversificato tra aspetti urbanistici e relativi al singolo alloggio. Da una parte è stato elaborato un progetto urbanistico che tenesse conto di tutte le specificità del luogo, in particolare della presenza di una popolazione residente molto attiva e determinata nella valorizzazione del proprio quartiere. Dall'altra è stato redatto un manuale di possibili interventi, pensati per rispondere alle attuali esigenze estetiche, prestazionali e funzionali dell'alloggio, corredato da un sistema incentivante a punteggio. Nell'insieme questa esperienza evidenzia le potenzialità di un progetto di rigenerazione urbana che può essere sperimentato anche in altri contesti della città.

Sviluppo di un metodo di radioterapia adattativa tramite immagini portali e Cone-Beam CT

Il presente lavoro, svolto presso il servizio di Fisica Sanitaria dell’Azienda Ospedaliera Universitaria di Parma, consiste nello sviluppo di un metodo innovativo di radioterapia adattativa. Il metodo è stato applicato a pazienti affetti da varie patologie, trattati con tecnica VMAT, (Volumetric Modulated Arc Therapy), altamente conformata al target. Il metodo sviluppato si compone di due fasi: nella prima fase vengono effettuate due analisi su immagini portali, di ricostruzione della dose all'isocentro e l'analisi gamma 2D. Se almeno una di queste fallisce, si interviene con la seconda fase, che vede l'acquisizione della CBCT del paziente e la taratura in densità elettronica della stessa. Si calcola dunque il piano su CBCT, previa operazione di contouring da parte del medico e, infine, si esegue l'analisi gamma 3D sulle matrici di dose calcolate sulla CT e sulla CBCT del paziente, quantificando gli indici gamma sulle strutture PTV, CTV e OAR di interesse clinico. In base ai risultati, se necessario, si può intervenire sul piano di trattamento. Le analisi gamma 2D e 3D sono state svolte avvalendosi di un software toolkit chiamato GADD-23 (Gamma Analysis on 2D and 3D Dose Distributions) implementato e sviluppato appositamente in ambiente Matlab per questo lavoro di tesi; in particolare, la realizzazione di GADD-23 è stata resa possibile grazie all'interazione con due software di tipo open-source, Elastix e CERR, specifici per l’elaborazione e la registrazione di immagini mediche. I risultati ottenuti mostrano come il metodo sviluppato sia in grado di mettere in luce cambiamenti anatomici che alcuni pazienti hanno subìto, di tipo sistematico, in cui è possibile prendere in considerazione una ripianificazione del trattamento per correggerli, o di tipo casuale, sui quali può essere utile condurre l'attenzione del medico radioterapista, sebbene non sia necessario un replanning.

Analisi della correlazione tra i livelli paleo-freatici del sistema carsico dei Piani Eterni e i Terrazzi dell'adiacente Valle del Mis (Parco nazionale delle Dolomiti bellunesi)

Il sistema carsico dei Piani Eterni e la Valle del Mis si trovano in provincia di Belluno, all'interno del parco Nazionale delle Dolomiti Bellunesi. Questi due sistemi geologici sono attualmente in fase di studio e la presente tesi, ha come scopo la correlazione tra i livelli paleo-freatici di grotta dei Piani Eterni e le superfici a bassa pendenza (terrazzi glaciali, kame e superfici di spianamento) dell'adiacente Val del Mis. L'elaborato è stato sviluppato prevalentemente su ArcMap (Gis) e su Excel, mentre su Datagraph sono stati ottenuti i grafici che mostrano i confronti altimetrici e quantitativi tra condotte e superfici. I risultati ottenuti dalla fase di analisi della tesi, mostrano che le correlazioni sono evidenti e grazie alle datazione U-Th di alcuni speleotemi del sistema carsico, sono state avanzate sia una ipotetica ricostruzione dell'antico reticolo di drenaggio della Valle del Mis, sia la causa per la quale questo drenaggio, attualmente, si presenti in maniera estremamente diversa da quello passato.

Analisi dell'evento franoso in località Corbezzi (PT): dalla stabilizzazione di versante all'inserimento nel contesto paesaggistico.

Il presente lavoro di tesi per la Laurea Specialistica in Geologia e Territorio è stato concepito come ricostruzione, approfondimento e verifica dell’insieme di interventi finalizzati alla stabilizzazione di versante che hanno coinvolto il tratto della ferrovia Porretta-Pistoia ubicato tra la progressiva 50 + 730 e la progressiva 50 + 650. In quest’area, alle prime ore del giorno 5 Gennaio 2014, è avvenuto l’innesco di un evento franoso che ha coinvolto il rilevato su cui transita la via ferrata: la causa della mobilizzazione è stata ricondotta fin da subito all’intenso evento piovoso occorso nei giorni precedenti la mobilizzazione. La zona coinvolta nel dissesto è situata nei pressi della frazione di Corbezzi, in località Casciano, nel territorio nord-orientale della provincia di Pistoia: il bacino idrografico è quello del torrente Brana, tributario del Fiume Ombrone. L’urgenza e l’importanza della realizzazione di questi interventi non era da attribuirsi alla pericolosità nei confronti delle vite dei residenti, ma piuttosto al fatto che l’opera ferroviaria è da considerarsi come un bene di importanza strategica non solo per la provincia di Pistoia, ma anche per le regioni Toscana ed Emilia-Romagna, in quanto mezzo efficace di collegamento e spostamento di pendolari e merce tra le due. L’elaborato che viene proposto è il risultato delle analisi dei dati acquisiti in fase di progettazione, dello studio effettuato direttamente in campo e di una fase finale di verifica sulla stabilità del versante a seguito della realizzazione delle opere e sulla correttezza del dimensionamento previsto per le stesse. Infine, ma non di minor importanza, viene proposto un approfondimento della coerenza dell’intervento nei confronti del contesto paesaggistico.

Studio di scintillatori accoppiati a SiPM per un tracciatore di particelle cariche

Negli esperimenti con particelle elementari si rende spesso necessario misurarne l’impulso e discriminare il segno della carica con l’ausilio di campi magnetici. Il lavoro presentato in questa tesi si inserisce nell'attività preliminare per la realizzazione di uno spettrometro per muoni con impulso nell'intervallo 0.5-4 GeV, posto all'interno di un campo magnetico in aria. Il prototipo di tracciatore su cui sono state condotte le misure presentate in questa tesi è costituito da diversi piani di barre di scintillatore plastico accoppiate a fotomoltiplicatori al Silicio. Le misure di laboratorio sono state finalizzate a determinare la risoluzione spaziale del prototipo a partire dai segnali di muoni cosmici nelle barre di scintillatore. Dalla ricostruzione delle tracce dei muoni è stata determinata una risoluzione spaziale migliore di 2 mm, che risulta adeguata per lo spettrometro che si vuole realizzare.

Stratigrafia di Depositi Tardoquaternari dell'Alta Pianura Veneta

Basandoci sugli studi di stratigrafia sequenziale, nel Bacino Padano possiamo identificare tre principali unità sedimentarie: unità basale con FST e LST, unità intermedia con TST e unità superficiale con HST. Lo scopo principale di questo elaborato prevede la ricostruzione di dettaglio delle caratteristiche stratigrafiche del primo sottosuolo, situato nell'alta pianura veneta, in termini di facies, con relativa interpretazione dell'evoluzione paleoambientale. Più nel dettaglio, attraverso la realizzazione e interpretazione di due sezioni stratigrafiche, si analizzerà la distribuzione spaziale e la geometria di corpi sedimentari di natura fluviale nel substrato cercando di ipotizzarne le modalità di formazione.

Relazione tra idrostratigrafia e idrochimica all'interno del Gruppo Acquifero A in Pianura Padana centrale

La realizzazione di cinque sezioni stratigrafiche nel territorio padano, orientate SSW-NNE e con profondità di circa 200 m, ha consentito lo studio della successione sedimentaria tardo-quaternaria della Pianura Padana centrale e dei suoi acquiferi, in particolare quelli più superficiali. La ricostruzione, ottenuta utilizzando le stratigrafie di pozzi per acqua fornite dall’archivio del Servizio Geologico, Sismico e dei Suoli di Regione Emilia-romagna, ha permesso di evidenziare una ciclicità deposizionale del 4° ordine, controllata da fattori glacio-eustatici. Grazie al riconoscimento di cicli trasgressivo-regressivi sono stati individuati cinque subsintemi corrispondenti ad altrettanti complessi acquiferi. La ricostruzione di pattern ciclici all’interno del Bacino Padano ha permesso la ricostruzione geometrica dei corpi sedimentari di channel-belt del Fiume Po, spessi corpi sabbiosi confinati da materiale impermeabile in cui sono contenute le falde acquifere. Alle informazioni stratigrafiche e litologiche si è unito lo studio delle caratteristiche idrochimiche ed isotopiche degli acquiferi, in modo tale da ottenere una chiave di lettura integrata dei depositi padani. Basandosi sulle diverse caratteristiche isotopiche delle acque è possibile risalire alla provenienza delle acque negli acquiferi. In questo modo si ottengono informazioni circa le modalità di ricarica dell'acquifero e la sorgente della ricarica. Un'applicazione secondaria di questo metodo è la verifica della vulnerabilità degli acquiferi padani. Lo studio delle facies idrochimiche è stato sovrapposto a quello dei valori isotopici delle acque, con l'obiettivo di definire una correlazione tra i due fattori chimici all’interno degli acquiferi. L'obiettivo di questa correlazione è quello di identificare la provenienza di un'acqua di ricarica senza la necessità di dati di natura isotopica.

Uso combinato di ecografia e stereofotogrammetria per l'analisi delle variazioni architetturali del muscolo in funzione della posizione articolare

Lo scopo di questo lavoro di tesi è stato quello di indagare come differenti angoli all’articolazione di caviglia possono influenzare l’architettura del muscolo Tibiale Anteriore, architettura che sua volta può influenzare la lettura degli elettromiogrammi superficiali. Questo è stato fatto attraverso l’utilizzo combinato di sistemi ecografici e stereofotogrammetrici, che nel loro complesso permettono la ricostruzione del volume della struttura di interesse. Dalle immagini ecografiche 3D è stato possibile valutare le modifiche dell’angolo di pennazione del muscolo, che ha mostrato differenze significative tra due condizioni di osservazione, ovvero passando dalla condizione con caviglia in posizione neutra a dorsiflessa e passando dalla posizione dorsiflessa a quella plantarflessa. Dalla ricostruzione del volume è stato possibile stimare le variazioni di spessore e larghezza del muscolo. Da queste stime sono state riscontrate differenze significative passando dalla condizione con caviglia in posizione neutra a dorsiflessa e passando dalla posizione dorsiflessa a quella plantarflessa, principalmente nella porzione più mediale del muscolo.