Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 May 2009-31 July 2009

This article documents the addition of 512 microsatellite marker loci and nine pairs of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) sequencing primers to the Molecular Ecology Resources Database. Loci were developed for the following species: Alcippe morrisonia morrisonia, Bashania fangiana, Bashania fargesii, Chaetodon vagabundus, Colletes floralis, Coluber constrictor flaviventris, Coptotermes gestroi, Crotophaga major, Cyprinella lutrensis, Danaus plexippus, Fagus grandifolia, Falco tinnunculus, Fletcherimyia fletcheri, Hydrilla verticillata, Laterallus jamaicensis coturniculus, Leavenworthia alabamica, Marmosops incanus, Miichthys miiuy, Nasua nasua, Noturus exilis, Odontesthes bonariensis, Quadrula fragosa, Pinctada maxima, Pseudaletia separata, Pseudoperonospora cubensis, Podocarpus elatus, Portunus trituberculatus, Rhagoletis cerasi, Rhinella schneideri, Sarracenia alata, Skeletonema marinoi, Sminthurus viridis, Syngnathus abaster, Uroteuthis (Photololigo) chinensis, Verticillium dahliae, Wasmannia auropunctata, and Zygochlamys patagonica. These loci were cross-tested on the following species: Chaetodon baronessa, Falco columbarius, Falco eleonorae, Falco naumanni, Falco peregrinus, Falco subbuteo, Didelphis aurita, Gracilinanus microtarsus, Marmosops paulensis, Monodelphis Americana, Odontesthes hatcheri, Podocarpus grayi, Podocarpus lawrencei, Podocarpus smithii, Portunus pelagicus, Syngnathus acus, Syngnathus typhle,Uroteuthis (Photololigo) edulis, Uroteuthis (Photololigo) duvauceli and Verticillium albo-atrum. This article also documents the addition of nine sequencing primer pairs and sixteen allele specific primers or probes for Oncorhynchus mykiss and Oncorhynchus tshawytscha; these primers and assays were cross-tested in both species.

Influence of several non-nutrient additives on nonspecific immunity and growth of juvenile turbot, Scophthalmus maximus L.

The effects of three non-nutrient additives on nonspecific immunity and growth of juvenile turbot (Scophthalmus maximus L.) were studied in this feeding experiment. The five treatments are basal diet alone, basal diets containing three different additives [0.4 g kg(-1) of xylo-oligosaccharides (XOS), 1.3 g kg (-1) of yeast cell wall and 0.8 g kg (-1) of bile acids] individually or in combination. Two hundred and twenty-five turbots (average initial weight 151.3 +/- 11.3 g) were randomly allotted in five treatments with three replicates within each treatment in a 72-day period. Comparing with basal diet group, activities of C3, C4, phagocyte, lysozyme, specific growth rate and feed conversion rate in yeast cell wall, XOS and the combined groups was enhanced significantly (P < 0.05); however, these parameters in bile acid groups were increased slightly (P > 0.05) except for phagocyte (P < 0.05); superoxide dismutase activity in additive groups was not significantly increased (P > 0.05) except for the combined group (P < 0.05). In conclusion, supplementation of yeast cell wall and XOS enhanced the nonspecific immunity of juvenile turbot. Synergistic or additive effect of the three additives was not observed.

Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa.

Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.

Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas.

Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles obtidos pelas principais técnicas para seleção de parâmetros na literatura.Termos para indexação classificação de enzimas,predição de função de proteínas, estruturas de proteínas, banco de dados de proteínas, seleção de parâmetros, métodos para classsificação de dados.

Rotâmeros raros no Java Protein Dossier.

O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.

Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária.

2004

Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS.

Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.

2005

Manejo da fertilidade do solo na implantacao da cultura da mangueira.

2001

Manejo da fertilidade do solo e adubacao no pre-plantio e plantio da gravioleira.

2001

Anais...

2012

Demandas tecnológicas para o sistema produtivo de madeira para móveis no estado do Acre.

O objetivo deste trabalho foi identificar e priorizar as demandas de natureza tecnológica, resultantes de problemas que atuam como entraves ou "gargalos' ao desenvolvimento do sistema produtivo de madeira e móveis.

Amadurecimento e qualidade pós-colheita de kiwis gold3.

2015