Identification of microRNAs and their targets in Finger millet by high throughput sequencing

MicroRNAs are short non-coding RNAs which play an important role in regulating gene expression by mRNA cleavage or by translational repression. The majority of identified miRNAs were evolutionarily conserved; however, others expressed in a species-specific manner. Finger millet is an important cereal crop; nonetheless, no practical information is available on microRNAs to date. In this study, we have identified 95 conserved microRNAs belonging to 39 families and 3 novel microRNAs by high throughput sequencing. For the identified conserved and novel miRNAs a total of 507 targets were predicted. 11 miRNAs were validated and tissue specificity was determined by stem loop RT-qPCR, Northern blot. GO analyses revealed targets of miRNA were involved in wide range of regulatory functions. This study implies large number of known and novel miRNAs found in Finger millet which may play important role in growth and development. (C) 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.

Elucidating the cancer-specific genetic alteration spectrum of glioblastoma derived cell lines from whole exome and RNA sequencing

Cell lines derived from tumor tissues have been used as a valuable system to study gene regulation and cancer development. Comprehensive characterization of the genetic background of cell lines could provide clues on novel genes responsible for carcinogenesis and help in choosing cell lines for particular studies. Here, we have carried out whole exome and RNA sequencing of commonly used glioblastoma (GBM) cell lines (U87, T98G, LN229, U343, U373 and LN18) to unearth single nucleotide variations (SNVs), indels, differential gene expression, gene fusions and RNA editing events. We obtained an average of 41,071 SNVs out of which 1,594 (3.88%) were potentially cancer-specific. The cell lines showed frequent SNVs and indels in some of the genes that are known to be altered in GBM-EGFR, TP53, PTEN, SPTA1 and NF1. Chromatin modifying genes-ATRX, MLL3, MLL4, SETD2 and SRCAP also showed alterations. While no cell line carried IDH1 mutations, five cell lines showed hTERT promoter activating mutations with a concomitant increase in hTERT transcript levels. Five significant gene fusions were found of which NUP93-CYB5B was validated. An average of 18,949 RNA editing events was also obtained. Thus we have generated a comprehensive catalogue of genetic alterations for six GBM cell lines.

Elucidating the cancer-specific genetic alteration spectrum of glioblastoma derived cell lines from whole exome and RNA sequencing

Cell lines derived from tumor tissues have been used as a valuable system to study gene regulation and cancer development. Comprehensive characterization of the genetic background of cell lines could provide clues on novel genes responsible for carcinogenesis and help in choosing cell lines for particular studies. Here, we have carried out whole exome and RNA sequencing of commonly used glioblastoma (GBM) cell lines (U87, T98G, LN229, U343, U373 and LN18) to unearth single nucleotide variations (SNVs), indels, differential gene expression, gene fusions and RNA editing events. We obtained an average of 41,071 SNVs out of which 1,594 (3.88%) were potentially cancer-specific. The cell lines showed frequent SNVs and indels in some of the genes that are known to be altered in GBM-EGFR, TP53, PTEN, SPTA1 and NF1. Chromatin modifying genes-ATRX, MLL3, MLL4, SETD2 and SRCAP also showed alterations. While no cell line carried IDH1 mutations, five cell lines showed hTERT promoter activating mutations with a concomitant increase in hTERT transcript levels. Five significant gene fusions were found of which NUP93-CYB5B was validated. An average of 18,949 RNA editing events was also obtained. Thus we have generated a comprehensive catalogue of genetic alterations for six GBM cell lines.

Spatio-temporal Map Formation Based on a Potential Function

We revisit the problem of temporal self organization using activity diffusion based on the neural gas (NGAS) algorithm. Using a potential function formulation motivated by a spatio-temporal metric, we derive an adaptation rule for dynamic vector quantization of data. Simulations results show that our algorithm learns the input distribution and time correlation much faster compared to the static neural gas method over the same data sequence under similar training conditions.

Evaluación temporal y espacial en el bosque de Pinus oocarpa Schiede y su impacto sobre la fijación de carbono en el municipio de Dipilto

El objetivo de este estudio fue a nalizar el cambio de uso de suelo durante un periodo de 18 años en las áreas de bosque de pino y su influencia en la fijación de bióxido de carbono en el Municipio de Dipilto, Nueva Segovia . Se seleccionaron 3 Fincas : San Martín, El Sarrete y Campofresco que presentaron estados de desarrollo: bosque maduro, bosque joven y bosque en regeneración. Se establecieron 9 parcelas temporales (con predominancia P. oocarpa ), utilizándose una parcela temporal para cada es tado d esarrollo. En cada estado de desarrollo se derribó un árbol tipo, se separó en tallo, ramas y follaje. La mayor par te de biomasa seca se encuentra en la finca San Martin con 99.12 Mg/ha estado en desarrollo maduro , estado en desarrollo joven con 77.70 Mg/ ha y estado en desarrollo regeneración 38.63 Mg/ha . El Factor de expansión de biomasa en San Martin 1.59 esta do en desarrollo regeneración, El Sarrete para el estado en desarrollo maduro 1 .40 y finca Campofresco 1.27 estado desarrollo joven . El total de ca rbono almacenado lo presentó San Martín para el estado en desarrollo maduro con 27.13 Mg/ha , joven 22.06 Mg/ha y estado en desarrollo regeneraci ón con 9.82 Mg/ha . El contenido de carbono en el suelo 826.89 Mg/ha regeneración, 503.96 Mg/ha Joven , 294.55 Mg/ ha maduro en San Martín de 0 a 20 cm de profundidad. En un 38.49 % de esa área se emitieron entre 0 - 15 Mg/ha . Emisiones de 26 - 30 Mg/ha se presentaron en un 17.8 1 % del área. Existe un 48.19 % del área total que fijo rangos de 26 - 30 Mg/ha y un 38. 49 % de las áreas fij aron entre 0 - 15 Mg /ha . Se encontró un balance neto positivo de 2925. 2 1 hectáreas, de las cuales 1981.25 hectáreas fijaron rangos de 26 - 30 Mg/ha, 606.06 hectáre as fijaron en un rango entre 0 - 15 Mg /ha y el rango 16 - 25 Mg/ha 337.89 hect áreas .

Accurate sodium bisulfite sequencing in plants.

DNA cytosine methylation is a conserved epigenetic modification frequently correlating with transcriptional silencing in a wide variety of eukaryotic organisms. Sodium bisulfite treatment of DNA converts unmethylated cytosine to uracil, while 5-methylated cytosine is protected. We describe techniques that ensure reliable sequencing data following sodium bisulfite conversion and to avoid common pitfalls such as amplification of unconverted DNA and inclusion of sibling clones.

Numerical Investigation on Laser Transformation Hardening with Different Temporal Pulse Shapes

A 3-D numerical model for pulsed laser transformation hardening (LTH) is developed using the finite element method. In this model, laser spatial and temporal intensity distribution, temperature-dependent thermophysical properties of material, and multi-phase transformations are considered. The influence of laser temporal pulse shape on connectivity of hardened zone, maximum surface temperature of material and hardening depth is numerically investigated at different pulse energy levels. Results indicate that these hardening parameters are strongly dependent on the temporal pulse shape. For the rectangular temporal pulse shape, the temperature field obtained from this model is in excellent agreement with analytical solution, and the predicted hardening depth is favorably compared with experimental one. It should be pointed out that appropriate temporal pulse shape should be selected according to pulse energy level in order to achieve desirable hardening quality under certain laser spatial intensity distribution.

Biomasa y nutrientes de arboles de sombra temporal y permanente en sistemas agroforestales con Coffea arabiga L de cinco años en el Pacifico de Nicaragua

Chavarria, E; Hernández, J. 2,006. Biomasa y nutrientes de árboles de sombra temporal y permanente en sistemas agroforestales con Coffea arabiga L de 5 años en el pacífico de Nicaragua. La presente investigación se realizó en sistemas agroforestales con café (Coffea arábiga L.) en el Municipio de Masatepe, Nicaragua, determinando el aporte de biomasa y los contenidos de N, P, K, Ca y Mg. de la sombra temporal y permanente. Se evaluaron dos factores de estudio en un diseño de bloques completamente al azar con arreglo de parcelas subdivididas: A) Tipo de sombra: temporal estableciéndose de forma homogénea y mixtas, especies de leguminosas más no leguminosas para sombra de café como Cajanus cajan y Ricinus communis y en sombra permanente, especies de árboles leguminosas y/o maderables (Inga laurina, Simarouba glauca, Samanea saman, Tabebuia rosea) y una parcela de café a pleno sol, distribuidas en parcelas grandes; B) Los niveles de insumos: Convencional Intensivo (CI) y Convencional Extensivo (CE), Orgánico Intensivo (OI) y Orgánico Extensivo (OE); relativos a aportes de nutrientes, manejo de enfermedades, malezas e insectos dañinos. La biomasa de sombra temporal se cuantificó en 2,002 por podas y 2,003 por eliminación de la misma. También se cuantificó la biomasa en la sombra permanente por podas en 2,004 y de raleo 2,005. La biomasa total por especie y tratamientos en sombra temporal y permanente, se obtuvieron a partir de los componentes hojas, tallos menores a 2 cm, tallos mayores de 2 cm de diámetro y tronco. Se tomó una muestra de biomasa fresca por tratamiento, se secó al horno a temperaturas de 65 ºC, para obtener el contenido de materia seca. A este mismo material, se procedió a la determinación de las concentraciones de los elementos minerales anteriormente mencionados. Los resultados obtenidos mostraron que la especie de sombra temporal no leguminosa Higuera (Ricinus communis) presentó el mayor aporte de materia seca con 4,356 kg ha-1 en dos años (2,002 + 2,003), representando también los mayores contenidos de N, P, K, Ca y Mg con 82, 28, 165, 68 y 57 kg ha-1 respectivamente. Respecto a las especies de sombra permanente, sometidas al manejo de poda el nivel de sombra Il+Sg produce los mayores aportes de MS con 5,695.66 kg ha-1 a-1 de los cuales el 39 % se recicla en el sistema, este mismo tipo de sombra aporta al sistema los mayores contenidos de N, P, K, Ca y Mg con 64, 55, 55, 66 y 36 % respectivamente. En el manejo de raleo el tipo de sombra que produjo mayor cantidad de MS es Sg+Tr con 9,096.89 kg ha-1 a-1 aportando al sistema el 45 %, este mismo tipo de sombra aporta al sistema las mayores cantidades de N, P, K, Ca y Mg con 67, 54, 70, 80 y 44 % respectivamente. Los porcentaje restante de materia seca y nutrientes tanto en poda y raleo correspondiente a tallos mayores de 2 cm de diámetro, es extraído del sistema como leña y postes respectivamente.

Producción de microtubérculos de papa (Solanum tuberosum L.), cultivar Servane en biorreactores económicos de inmersion temporal

La presente investigación se realizó en el laboratorio de cultivo de tejidos de la Universidad Nacional Agraria de marzo a septiembre de 2015 . Se evaluaron las fases de multiplicación y formación de microtubérculos de papa cultivar Servane en Biorreactores Ec onómicos de Inmersión Temporal (BEIT). En cada fase de estudio se evaluaron 70 plantas inoculadas en cinco variantes de medios de cultivo. Se utilizó un diseño de bloques completos al a zar (BCA) con arreglo unifactorial, y tres réplicas conformada por 3 BEIT, para determinar las diferencias estadísticas entre las medias de los tratamientos se realizó la prueba de medias de diferencia mínima significativa (LSD) ( α= 0.05) . En el medio de cultivo con 0.10 mg l - 1 de GA3 y 1.00 mg l - 1 de BAP la longitud de planta, núme ro de entrenudos, número de hojas y número de brotes axilares registraron diferencias estadísticas significativas. E l medio con 80 g l - 1 de sacarosa indujo el mayor promedio de microtubér culos por planta (1.30). En el medio con 90 g l - 1 de sacarosa se obtu vo los mejores promedios diámetro y longitud de los microtubérculos con promedios respectivos de 0.57 y 0.83 cm. En los medios con concentraciones de sacarosa de 80, 90, 100 y 110 g l - 1 se obtuvo un mayor el porcentaje de m icrotubérculos con peso fre sco me nores de 0.4 g con promedios respectivos de 68, 70, 70 y 68%. Mientras que el peso fresco de 0. 4 a 0. 6 g se presentó el mayor porcentaje (43%) cuando se adicionó 1 20 g l - 1 de sacarosa. En todas las variantes de medios de cultivo la formación de microtubérc ulos con peso fresco mayor es a los 0.6 g fue mínima

Micropropagación tradicional y en biorreactores económicos de inmersión temporal del cultivar de plátano (Musa spp.) CEMSA 3/4

El estudio se realizó en el laboratorio de cultivo de tejidos de la Universidad Nacional Agraria de marzo 2014 - j unio de 2015 . Se evaluó el efecto del AIA y del BAP en el establecimient o d el plátano cv CEMSA ¾ , l a respuesta de los tejidos a los medios de cultivo de consistencia semi - sólida en tres subcultivos sucesivos en la multiplicación y la producción de brotes axilares por efecto de la siembra de 30, 35, 40, 45 y 50 tejidos por BEIT . S e evaluó el efecto del AIA y de los BEIT en la inducción de raíces . Los datos de establecimiento se analizaron en tablas porcentuales, en las fases de multiplicación y enraizamiento el diseño bloques completos al azar y se determinaron los mejores trata mientos mediante el comportamiento estadístico de las medias mediante el análisis de Duncan y Waller. Los ápices respondieron favorablemente cuando se adicionaron concentraciones entre 0.50 y 1 mg l - 1 de AIA o el suministro de 1 mg l - 1 de BAP, la producció n de fenoles se relacionó con el genotipo . Las ma y ores medias de brot ación axilar en el terce r subcultivo cuando se agregó 3 mg l - 1 de BAP con o sin adición de AIA . Con densidades de siembra de 30, 40, 45 y 50 yemas axilares por BEIT no se registraron dife rencias significativas en el número de brotes axilares. La longitud del pseudotallo, el número de hojas y el número de raíces respondieron favorablemente a las sales de MS enriquecidas con concentraciones de 0.25, 0.50 ó 0.75 mg l - 1 de AIA