Characterization of polymorphisms in the mannose-binding lectin gene promoter among human immunodeficiency virus 1 infected subjects

ABSTRACT: The present study investigated the prevalence of mutations in the -550 (H/L) and -221 (X/Y) mannose-binding lectin (MBL) gene promoter regions and their impact on infection by human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) in a population of 128 HIV-1 seropositive and 97 seronegative patients. The allele identification was performed through the sequence-specific primer polymerase chain reaction method, using primer sequences specific to each polymorphism. The evolution of the infection was evaluated through CD4+ T-lymphocyte counts and plasma viral load. The allele and haplotype frequencies among HIV-1-infected patients and seronegative healthy control patients did not show significant differences. CD4+ T-lymphocyte counts showed lower levels among seropositive patients carrying haplotypes LY, LX and HX, as compared to those carrying the HY haplotype. Mean plasma viral load was higher among seropositive patients with haplotypes LY, LX and HX than among those carrying the HY haplotype. When promoter and exon 1 mutations were matched, it was possible to identify a significantly higher viral load among HIV-1 infected individuals carrying haplotypes correlated to low serum levels of MBL. The current study shows that haplotypes related to medium and low MBL serum levels might directly influence the evolution of viral progression in patients. Therefore, it is suggested that the identification of haplotypes within the promoter region of the MBL gene among HIV-1 infected persons should be further evaluated as a prognostic tool for AIDS progression.

Molecular characterization of human T-cell lymphotropic virus coinfecting human immunodeficiency virus 1 infected patients in the Amazon region of Brazil

ABSTRACT: The present work evaluated the epidemiology of human immunodeficiency virus 1/human T-cell lymphotropic virus (HIV-1/HTLV) coinfection in patients living in Belém (state of Pará) and Macapá (state of Amapá), two cities located in the Amazon region of Brazil. A total of 169 blood samples were collected. The sera were tested by enzyme-linked immunosorbent assay to determine the presence of antibodies anti-HTLV-1/2. Confirmation of infection and discrimination of HTLV types and subtypes was performed using a nested polymerase chain reaction targeting the pX and 5' LTR regions, followed by restriction fragment length polymorphism and sequencing analysis. The presence of anti-HTLV1/2 was detected in six patients from Belém. The amplification of the pX region followed by RFLP analysis, demonstrated the presence of HTLV-1 and HTLV-2 infections among two and four patients, respectively. Sequencing HTLV-1 5' LTR indicated that the virus is a member of the Cosmopolitan Group, Transcontinental subgroup. HTLV-2 strains isolated revealed a molecular profile of subtype HTLV-2c. These results are a reflex of the epidemiological features of HIV-1/HTLV-1/2 coinfection in the North region of Brazil, which is distinct from other Brazilian regions, as reported by previous studies.

Cytogenetic characterization and evaluation of c-MYC gene amplification in PG100, a new Brazilian gastric cancer cell line

Gastric cancer is the fourth most frequent type of cancer and the second cause of cancer mortality worldwide. The genetic alterations described so far for gastric carcinomas include amplifications and mutations of the c-ERBB2, KRAS, MET, TP53, and c-MYC genes. Chromosomal instability described for gastric cancer includes gains and losses of whole chromosomes or parts of them and these events might lead to oncogene overexpression, showing the need for a better understanding of the cytogenetic aspects of this neoplasia. Very few gastric carcinoma cell lines have been isolated. The establishment and characterization of the biological properties of gastric cancer cell lines is a powerful tool to gather information about the evolution of this malignancy, and also to test new therapeutic approaches. The present study characterized cytogenetically PG100, the first commercially available gastric cancer cell line derived from a Brazilian patient who had a gastric adenocarcinoma, using GTG banding and fluorescent in situ hybridization to determine MYC amplification. Twenty metaphases were karyotyped; 19 (95%) of them presented chromosome 8 trisomy, where the MYC gene is located, and 17 (85%) presented a deletion in the 17p region, where the TP53 is located. These are common findings for gastric carcinomas, validating PG100 as an experimental model for this neoplasia. Eighty-six percent of 200 cells analyzed by fluorescent in situ hybridization presented MYC overexpression. Less frequent findings, such as 5p deletions and trisomy 16, open new perspectives for the study of this tumor.

Microbiological and physicochemical characterization of surimi obtained from waste of piramutaba fillet

O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização físico-química e microbiológica do surimi obtido de resíduos da filetagem de piramutaba. Os resultados da caracterização físico-química dos resíduos e surimi foram: umidade (76,37 e 79,11%), lipídios totais (5,35 e 0,74%), proteínas (14,92 e 10,79%), cinzas (3,03 e 2,35%), pH (6,9 e 7,4), valor calórico (109,15 e 77,86 kcal.g^-1) e atividade de água (ambos 0,98), respectivamente. Os resultados dos valores de bases voláteis totais foi de 7,29 mgN/100^-1 g (resíduos) e carboidratos de 7,01% (surimi). Os valores de lipídios totais e proteínas foram reduzidos durante o preparo do surimi, provavelmente, devido a sucessivas lavagens durante o processamento. Os resíduos e o surimi foram analisados microbiologicamente estando em conformidade com os parâmetros exigidos. Os resultados mostraram que houve uma perda da cor vermelha (parâmetro a*) e amarela (parâmetro b*). Por outro lado, o parâmetro L* (luminosidade) aumentou após o processamento do surimi. Conclui-se que os resíduos de piramutaba podem ser empregados como matéria-prima de qualidade na elaboração de surimi e como fonte de nutrientes para a alimentação humana, constituindo-se também como uma alternativa para destino dos resíduos, antes lançados no ambiente.

Characterization of the acute inflammatory response in the hybrid tambacu (Piaractus mesopotamicus male × Colossoma macropomum female) (Osteichthyes)

Este estudo avaliou a resposta inflamatória aguda induzida por injeções de 0,5 mL de solução salina (controle), 500 µg de carragenina e 0,5 mL de tioglicolato a 3% na bexiga natatória de juvenis do híbrido tambacu. Os peixes foram distribuídos em três tratamentos, três repetições e aclimatados durante 10 dias antes do ensaio. A caracterização das células do exsudato inflamatório foi feita após coloração com Giemsa e PAS. Peixes injetados com carragenina apresentaram maior número de células no exsudato inflamatório do que com salina e tioglicolato. A porcentagem de trombócitos no exsudato foi maior nos injetados com carragenina quando comparada com a dos injetados com tioglicolato. Por outro lado, o percentual de granulócitos foi maior em animais injetados com tioglicolato do que em animais injetados com carragenina. A carragenina provocou maior migração de macrófagos para o foco inflamatório. O método de PAS confirmou a presença de três tipos de granulócitos: célula granular eosinofílica (CGE) tipo 1 com as características da célula granulocítica especial encontrada no sangue, CGE tipo 2, menor do que esta última, e de neutrófilos. Este estudo contribui para o melhor entendimento da resposta inflamatória e dos processos infecciosos em peixes nativos.

Chemical and mineralogical characterization of portuguese ceramic tiles in the historic center of São Luís do Maranhão (Brazil): an approximation of the mineralogy and firing temperature of the raw materials

Nesse trabalho, foram caracterizados, pela primeira vez, azulejos históricos portugueses do Centro Histórico de São Luís (CHSL) do Maranhão. A caracterização foi realizada através dos ensaios de microscopia ótica, difração de raios X (DRX) e análise química, visando ao uso dessa informação para a determinação das possíveis matérias-primas utilizadas na sua fabricação, bem como a provável temperatura de queima desses materiais. Os resultados mostraram que a microestrutura desses materiais é constituída por poros de tamanhos variados, apresentando incrustações de calcita e grãos de quartzo de tamanhos inferiores a 500 µm, distribuídos numa matriz de cor rosa-amarelo, onde foram identificadas, por DRX, as fases minerais calcita, gelhenita, wollastonita, quartzo e amorfo. A partir da informação obtida, é possível inferir que as matérias-primas originais estiveram constituídas, provavelmente, por mistura de argilas caoliníticas (Al₂O₃•2SiO,₂•2H₂O), ricas em carbonatos de cálcio e quartzo ou misturas de argilas caoliniticas, quartzo e calcita. Essas matérias-primas originais não atingiram a temperatura de cocção de 950ºC.

Ceramic raw materials from the State of Maranhão, Brazil. Part 1: chemical and mineralogical characterization and technological properties of clays from São Luis, Rosário, Pinheiro and Mirinzal

Nesse trabalho, foram caracterizadas algumas argilas coletadas nos municípios de São Luís, Rosário, Pinheiro e Mirinzal. A caracterização foi realizada através dos ensaios de difração de raios X, massa específica real, capacidade de troca de cátions (CTC), área superficial, distribuição granulométrica, análise química, análise térmica (TG-DTA) e limites de Atterberg. Ensaios tecnológicos de retração linear, antes e após a queima, absorção de água e tensão de ruptura a flexão, em três pontos, foram realizados em corpos de prova prensados uniaxialmente a 20 MPa e tratados termicamente em 850, 950, 1050, 1150 e 1250ºC. Os resultados obtidos permitiram identificar duas argilas de queima branca, constituídas de quartzo, caolim, feldspato e anatásio, com excelentes propriedades para uso em cerâmica branca. As restantes são queima vermelha e possuem composição mineralógica de quartzo, caolim, feldspato, montmorilonita, hematita e goetita. Estas últimas apresentaram valores moderados de plasticidade e são adequadas para aplicações em cerâmica vermelha.

Synthesis and characterization of zeolite NaP using kaolin waste as a source of silicon and aluminum

The synthesis of zeolite NaP using kaolin waste, from the Amazon region, as a predominant source of silicon and aluminum has been studied. The zeolitisation process occurred in hydrothermal conditions using static autoclaving and the effects of time, temperature, and the Si/Al ratio were investigated. The starting material and the phases formed as reaction products were characterized by XRD, SEM and FTIR. The results showed that pure zeolite NaP is hydrothermally synthesized, at 100 °C for 20 hours, using metakaolin waste material in alkaline medium in presence of additional silica. The XRD and SEM analyses indicate that the synthesized zeolite presents good crystallinity.

Characterization of Buriti (Mauritia flexuosa L.) oil by absorption and emission spectroscopies

Amostras de óleo obtido do fruto do Buriti (Mauritia flexuosa L.) foram caracterizadas por espectroscopia de absorção e emissão. O espectro de absorção foi obtido no intervalo de 300 a 2000 nm, enquanto o espectro de emissão foi analisado entre 400 e 800 nm, onde observamos várias bandas. Para melhor entender a complexidade destes espectros, também obtivemos os espectros de absorção e emissão dos componentes majoritários do óleo de Buriti. Correlacionando estes dados, apresentamos uma discussão sobre a origem das bandas observadas.

Integração de informações geológicas para o geoturismo na Bacia do Rio Corumbataí e sua divulgação na Web através do Mapserver

A bacia hidrográfica do Rio Corumbataí, no setor centro oriental do Estado de São Paulo, está inteiramente contida no domínio morfológico da Depressão Periférica Paulista. Nos limites norte, noroeste e oeste, as escarpas arenito-basálticas, as cuestas de derrames basálticos e o Planalto Ocidental Paulista contribuem para a existência de diversas paisagens de beleza cênica. A diversidade geológica da região condiciona parcialmente o seu relevo e guarda registros litológicos e paleontológicos que constituem atrativos geoturísticos. O avanço do conhecimento geocientífico obtido principalmente nas universidades pouco alcança o público em geral devido à especialização dos termos utilizados. Aproveitando a aptidão turística e a diversidade geológica da região propõe-se utilizar o geoturismo como um meio de difusão de conhecimento científico e aumentar o interesse da população para suas riquezas naturais. Para tanto, foram selecionados 16 locais representativos da geologia da área que podem ser utilizados para a prática do geoturismo, sobre os quais foram elaborados textos explicativos em linguagem simplificada. Os textos foram associados a fotografias de afloramentos, figuras e mapas geológicos em um ambiente SIG. Para permitir o amplo e fácil acesso ao público, inclusive de estudantes, órgãos públicos e empresas ligadas ao ramo do turismo, todo este material foi disponibilizado na Internet através da ferramenta Mapserver e Maplab.

Interactive Correlation Environment (ICE) - A Statistical Web Tool for Data Collinearity Analysis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular and phylogenetic characterization based on the complete genome of a virulent pathotype of Newcastle disease virus isolated in the 1970s in Brazil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento de aplicações Web com base em modelagem 3D: módulo Android

This project brings the development of an Android application which will allow users to access 3D models on web. The application developed allows Android devices to access web pages which have code that should use OPENGL to renderize. To demonstrate this functionality, an example web application was build, using technologies such as X3DOM and HTML5, which uses WebGL to get renderized. This web application gives to the user an environment of a virtual city, where he could surf by and interact with the objects. The Android application brings this immersion to the mobile world, also. The access and storage of data was developed a Webserver, which bring to the web application a simple API to give access to the database

ITScan: a web-based analysis tool for Internal Transcribed Spacer (ITS) sequences

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A formação de professores e o uso pedagógico da Web 2.0: a visão de estudantes de licenciatura

The aim of this paper is to discuss the importance of training teachers to use Web 2.0 in the classroom. Its intention was to fi nd out whether students are familiar with the main Web 2.0 resources and know how to exploit their potential in the development of teaching activities. In addition to the literature review, we developed a fi eld exploratory-descriptive research. The research was held in a private university located in the city of Bauru (São Paulo State, Brazil). We selected 213 students enrolled in “Supervised Training III” course, which is part of the teacher training curriculum available for students in the second year of undergraduate course. Results concluded that the students surveyed have access to computers and the Internet, are relatively skilled in handling the available tools and recognize the importance of including them in the teaching and learning process. The students demonstrate diffi culty using the web in a didactic manner, particularly the Web 2.0, which involves a focus on users and collaboration. Therefore, the article points to the need to rethink teacher training courses in order to include practical activities aimed at the use of technology as a teaching resource.