ICLARM software projects: back to the future

The different computer softwares developed by the International Center for Living Aquatic Resources (ICLARM) and its functions and uses in fisheries science are presented.

Hardware paralelo reconfigurável para identificação de alinhamentos de sequências de DNA.

Amostras de DNA são encontradas em fragmentos, obtidos em vestígios de uma cena de crime, ou coletados de amostras de cabelo ou sangue, para testes genéticos ou de paternidade. Para identificar se esse fragmento pertence ou não a uma sequência de DNA, é necessário compará-los com uma sequência determinada, que pode estar armazenada em um banco de dados para, por exemplo, apontar um suspeito. Para tal, é preciso uma ferramenta eficiente para realizar o alinhamento da sequência de DNA encontrada com a armazenada no banco de dados. O alinhamento de sequências de DNA, em inglês DNA matching, é o campo da bioinformática que tenta entender a relação entre as sequências genéticas e suas relações funcionais e parentais. Essa tarefa é frequentemente realizada através de softwares que varrem clusters de base de dados, demandando alto poder computacional, o que encarece o custo de um projeto de alinhamento de sequências de DNA. Esta dissertação apresenta uma arquitetura de hardware paralela, para o algoritmo BLAST, que permite o alinhamento de um par de sequências de DNA. O algoritmo BLAST é um método heurístico e atualmente é o mais rápido. A estratégia do BLAST é dividir as sequências originais em subsequências menores de tamanho w. Após realizar as comparações nessas pequenas subsequências, as etapas do BLAST analisam apenas as subsequências que forem idênticas. Com isso, o algoritmo diminui o número de testes e combinações necessárias para realizar o alinhamento. Para cada sequência idêntica há três etapas, a serem realizadas pelo algoritmo: semeadura, extensão e avaliação. A solução proposta se inspira nas características do algoritmo para implementar um hardware totalmente paralelo e com pipeline entre as etapas básicas do BLAST. A arquitetura de hardware proposta foi implementada em FPGA e os resultados obtidos mostram a comparação entre área ocupada, número de ciclos e máxima frequência de operação permitida, em função dos parâmetros de alinhamento. O resultado é uma arquitetura de hardware em lógica reconfigurável, escalável, eficiente e de baixo custo, capaz de alinhar pares de sequências utilizando o algoritmo BLAST.

Análise dinâmica e controle de vibrações de passarelas de pedestres submetidas ao caminhar humano.

Passarelas de pedestres mistas (aço-concreto) e de aço são frequentemente submetidas a ações dinâmicas de magnitude variável, devido à travessia de pedestres sobre a laje de concreto. Estas ações dinâmicas podem produzir vibrações excessivas e dependendo de sua magnitude e intensidade, estes efeitos adversos podem comprometer a confiabilidade e a resposta do sistema estrutural e, também, podem levar a uma redução da expectativa de vida útil da passarela. Por outro lado, a experiência e o conhecimento dos engenheiros estruturais em conjunto com o uso de novos materiais e tecnologias construtivas têm produzido projetos de passarelas mistas (aço-concreto) bastante arrojados. Uma consequência direta desta tendência de projeto é um aumento considerável das vibrações estruturais. Com base neste cenário, esta dissertação visa investigar o comportamento dinâmico de três passarelas de pedestres mistas (aço-concreto) localizadas no Rio de Janeiro, submetidas ao caminhar humano. Estes sistemas estruturais são constituídos por uma estrutura principal de aço e laje em concreto e são destinados à travessia de pedestres. Deste modo, foram desenvolvidos modelos numérico-computacionais, adotando-se as técnicas tradicionais de refinamento presentes em simulações do método de elementos finitos, com base no uso do software ANSYS. Estes modelos numéricos permitiram uma completa avaliação dinâmica das passarelas investigadas, especialmente em termos de conforto humano. As respostas dinâmicas foram obtidas em termos de acelerações de pico e comparadas com valores limites propostas por diversos autores e normas de projeto. Os valores de aceleração de pico e aceleração rms encontrados na presente investigação indicaram que as passarelas analisadas apresentaram problemas relacionados com o conforto humano. Assim sendo, considerando-se que foi detectado que estas estruturas poderiam atingir níveis elevados de vibração que possam vir a comprometer o conforto dos usuários, foi verificado que uma estratégia para o controle estrutural era necessária, a fim de reduzir as vibrações excessivas nas passarelas. Finalmente, uma investigação foi realizada com base em alternativas de controle estrutural objetivando atenuar vibrações excessivas, a partir do emprego de sistemas de atenuadores dinâmicos sintonizados (ADS).

Assobios do boto-cinza, Sotalia guianensis, (Cetacea, Delphinidae) em três áreas de concentração na costa do Rio de Janeiro

A espécie Sotalia guianensis apresenta um variado repertório de assobios que estão ligados a interação social e a diferentes contextos de comportamento. As variações intraespecíficas nas estruturas dos assobios podem indicar diferenças entre populações dessa espécie. O presente estudo caracterizou e comparou o repertório dos assobios de Sotalia guianensis, em três baías do estado do Rio de Janeiro: Baía de Guanabara (BG), Baía de Sepetiba (BS) e Baía da Ilha Grande (BI), utilizando um sistema de gravação com limite superior de frequência de 48 kHz e através da aplicação das análises quantitativas e qualitativas dos parâmetros acústicos. As gravações dos assobios foram realizadas com embarcações de 5,5 e 7m e sistema de gravação composto por um hidrofone High Tech, modelo HTI-96-MIN, e um gravador digital modelo PMD 671 Marantz, com limite superior de frequência de 48 kHz. As análises dos espectrogramas foram realizadas com os softwares Adobe Audition 1.5 e Raven 1.3. Os assobios foram classificados em seis categorias de forma de contorno e 11 parâmetros acústicos foram medidos para cada assobio. Para comparar os parâmetros acústicos de mesma forma de contorno entre as três baías, foram aplicados a análise descritiva e testes estatísticos de comparação de média. Um total de 1800 assobios foi selecionado e 61,38% (N=1105) dos assobios apresentaram forma de contorno ascendente. Assobios com zero ou um ponto de inflexão foram mais frequentes (N=1476), correspondendo a 82%. A amplitude de frequência encontrada variou de 1,03 a 46,87 kHz, maior alcance registrado para essa espécie no Brasil. A média de duração dos assobios da BG foi menor do que as médias encontradas na BS e na BI. Os resultados de todas as comparações realizadas demonstraram que os parâmetros de frequência (FI, FF, FMAX e F3/4) foram os que mais apresentaram diferenças significativas entre as três áreas. A variação encontrada nos assobios de S. guianensis entre as três áreas estudadas pode também estar ligada aos tipos de assobios mais comuns em cada área, representados pelos assobios ascendentes, que apesar de apresentarem a mesma forma de contorno, possuem diferenças em seus parâmetros acústicos, possivelmente ligados a informações individuais. A utilização de um sistema de gravação com limite superior de 48 kHz possibilitou a análise de muitos assobios. Com isso, foi possível verificar a importância do limite de frequência aplicado para caracterizar o repertório acústico dessa espécie, juntamente com as análises qualitativas das formas de contorno e as análises quantitativas dos parâmetros acústicos dos assobios. A aplicação dessa metodologia foi eficaz na comparação intraespecífica dos assobios, e futuramente, estudos mais detalhados da classificação dos assobios, poderá acrescentar informações relevantes sobre a variação desse tipo de emissão sonora no repertório acústico S. guianensis

Análise dinâmica e controle de vibrações de pisos de edificações submetidos a atividades humanas rítmicas.

Um aumento crescente dos problemas estruturais associados à vibração excessiva de pisos de edificações de estruturas mistas (aço-concreto) e de concreto armado devido a atividades humanas rítmicas constitui a principal motivação para o desenvolvimento de uma metodologia de projeto respaldada na obtenção da resposta dinâmica de pisos mistos (aço-concreto) e de concreto armado, quando submetidos a cargas dinâmicas humanas rítmicas. Para tal, os modelos estruturais estudados baseiam-se em pisos de edificações mistas (aço-concreto) e de concreto armado submetidos a aulas de ginástica aeróbica. São empregadas técnicas usuais de discretização, via método dos elementos finitos (MEF), por meio do programa ANSYS. Um estudo paramétrico foi realizado sobre os modelos estruturais investigados e foram obtidos valores elevados para as acelerações de pico violando os critérios de projeto e indicando níveis de vibrações excessivas. Considerando-se os aspectos mencionados anteriormente foi desenvolvida uma estratégia com base em alternativas viáveis para o controle estrutural, objetivando a atenuação das vibrações excessivas a partir da instalação de atenuadores dinâmicos sincronizados (ADS) nos pisos analisados.

Influência da Velocidade, do Espaçamento e do Número de Veículos sobre a Resposta Dinâmica de Pontes Rodoviárias de Concreto Armado.

Nesta dissertação são avaliados os efeitos dinâmicos provenientes da travessia de comboios de veículos sobre o tabuleiro irregular de obras de arte rodoviárias de concreto armado. O modelo matemático empregado para simular o comportamento do sistema veículo-ponte considera a participação da massa e da rigidez das viaturas na definição das freqüências do sistema e, conseqüentemente, a força de interação entre os veículos e a ponte é afetada pela flexibilidade desta. A ponte é modelada a partir do emprego de elementos finitos de barra unidimensionais e discretizado com massas concentradas e flexibilidade distribuída. O modelo de veículo empregado baseia-se no veículo TB-12 preconizado pela norma brasileira NBR 7188. Este veículo é simulado por sistemas de massas, molas e amortecedores sendo descrito por graus de liberdade à translação e rotação no plano. As irregularidades da pista são definidas por um modelo não-determinístico com base na densidade espectral do pavimento. O carregamento sobre a ponte é constituído por sucessões de veículos deslocando-se com velocidade constante sobre a obra. Devido à própria natureza das irregularidades da pista e do comboio de veículos, atenção especial é concentrada na fase permanente da resposta do sistema. São estudadas as respostas de dois modelos estruturais existentes, com base em tabuleiros isostáticos, em concreto armado, com e sem balanços, em seção do tipo T e duplo T, respectivamente, em termos de deslocamentos e esforços nas seções onde ocorrem os efeitos máximos. As conclusões do trabalho versam sobre a influência da velocidade, espaçamento e do número de veículos, referentes a situações distintas de carregamento, no que tange a resposta dinâmica das pontes rodoviárias de concreto armado. A magnitude dos efeitos dinâmicos associados à interação dos veículos com o pavimento irregular também é investigada.

Verificação à fadiga estrutural de ponte em concreto armado.

As pontes rodoviárias de concreto armado estão sujeitas à ações dinâmicas variáveis devido ao tráfego de veículos sobre o tabuleiro. Estas ações dinâmicas nem sempre são corretamente consideradas pelos projetistas. Deste modo, a correta consideração destes aspectos mostra-se de fundamental importância, de forma a se avaliar os esforços dinâmicos oriundos do tráfego de veículos sobre o tabuleiro. De acordo com este contexto, a ponte rodoviária investigada nesta dissertação é constituída por duas vigas longitudinais, três transversinas, sendo uma central e duas sobre os apoios, e por um tabuleiro em concreto armado. O modelo computacional, desenvolvido para a análise dinâmica da ponte, foi concebido com base no emprego de técnicas usuais de discretização através do método dos elementos finitos. Os veículos são representados a partir de sistemas do tipo "massa-mola-amortecedor". O tráfego destes veículos é considerado mediante a simulação de comboios semi-infinitos, deslocando-se com velocidade constante sobre a ponte. As técnicas para a contagem de ciclos de tensões e a aplicação das regras de dano acumulado foram analisadas através das curvas S-N de diversas normas e recomendações internacionais vigentes que versam sobre o tema. As conclusões deste trabalho de pesquisa se referem à análise da resposta dinâmica bem como da vida útil de serviço da obra de arte rodoviária de concreto armado investigada, quando submetida às ações dinâmicas provenientes do tráfego de veículos pesados sobre o tabuleiro.

Dimensionamento e análise numérica de pisos industriais de concreto.

Os pisos industriais devem atender aos critérios de segurança, funcionalidade e durabilidade das estruturas de concreto. A fim de analisar o desempenho de placas de concreto apoiadas sobre base elástica quando submetidas a ações diretas e indiretas, foram elaborados diversos modelos analíticos e empíricos. Com o avanço tecnológico e o advento de softwares desenvolvidos através de processos numéricos como o método dos elementos finitos (MEF), a aplicação desses modelos foi facilitada. Este trabalho aborda os métodos de cálculo existentes e utilizados na execução dos projetos estruturais de pisos industriais de concreto.

Lógica nebulosa aplicada a um sistema de detecção de intrusos em computação em nuvem.

O objetivo deste trabalho é avaliar os riscos de ocorrências de intrusos em um sistema de computação em nuvem para sistemas distribuídos utilizando lógica nebulosa. A computação em nuvem é um tema que vem sendo bastante abordado e vem alavancando discussões calorosas, tanto na comunidade acadêmica quanto em palestras profissionais. Embora essa tecnologia esteja ganhando mercado, alguns estudiosos encontram-se céticos afirmando que ainda é cedo para se tirar conclusões. Isto se deve principalmente por causa de um fator crítico, que é a segurança dos dados armazenados na nuvem. Para esta dissertação, foi elaborado um sistema distribuído escrito em Java com a finalidade de controlar um processo de desenvolvimento colaborativo de software na nuvem, o qual serviu de estudo de caso para avaliar a abordagem de detecção de intrusos proposta. Este ambiente foi construído com cinco máquinas (sendo quatro máquinas virtuais e uma máquina real). Foram criados dois sistemas de inferência nebulosos, para análise de problemas na rede de segurança implementados em Java, no ambiente distribuído. Foram realizados diversos testes com o intuito de verificar o funcionamento da aplicação, apresentando um resultado satisfatório dentro dessa metodologia.

Análise de vibrações e estudo de conforto humano sobre pisos mistos (aço-concreto) submetidos a ações humanas rítmicas.

Este trabalho tem por objetivo avaliar o comportamento dinâmico de pisos mistos (aço-concreto) sob a ação de cargas provenientes das atividades humanas rítmicas, especificamente a prática de ginástica aeróbica, sob o ponto de vista do conforto humano. Tal avaliação torna-se necessária por crescentes problemas estruturais associados às vibrações excessivas, decorrentes da concepção de sistemas estruturais com baixos níveis de amortecimento e com frequências naturais cada vez mais baixas e bastante próximas das faixas de frequência das excitações associadas às atividades humanas rítmicas. O modelo estrutural investigado baseiase em um piso misto (aço-concreto) submetido a aulas de ginástica aeróbica. A modelagem numérica do piso misto investigado foi realizada com base no emprego do programa ANSYS e foram utilizadas técnicas de discretização por meio do método dos elementos finitos (MEF). As cargas aplicadas sobre o piso, oriundas das atividades aeróbicas, são simuladas através de dois modelos de carregamentos dinâmicos distintos. Uma extensa análise paramétrica foi desenvolvida sobre o modelo estrutural investigado e a resposta dinâmica do sistema foi obtida, em termos dos deslocamentos e das acelerações, e comparada com os limites recomendados por normas e critérios de projeto. A resposta dinâmica do piso estudado viola os critérios de projeto relativos ao conforto humano e indica níveis de vibrações excessivas nos casos de carregamento dinâmicos analisados nesta dissertação.

Abordagens estereológica e imunohistoquímica no câncer de próstata: uma reavaliação diagnóstica e possível terapêutica

Os esforços para melhorar o diagnóstico, o prognóstico e a vigilância do câncer de próstata (CaP) são relevantes. A superestimação do Escore de Gleason (GSC) pode submeter os indivíduos a um tratamento agressivo desnecessário. Foi tido como objetivo utilizar a estereologia em avaliações do CaP e investigar se o volume nuclear médio (VNM) correlaciona-se com o padrão primário de Gleason (Gpp), a fim de buscar um método alternativo devido à subjetividade do Escore de Gleason, que seja aquele, um método confiável e objetivo, sem discordância interobservador. Para isso, identificamos 74 amostras de prostatectomia radical, que foram divididos em seis grupos com base no Gpp, de 3 a 5. Controles (C) foram adquiridos em regiões não tumorais pareadas das mesmas amostras. O VNM foi estimado utilizando o método de "intersecção dos pontos amostrados". Diferenças estatísticas do VNM entre os grupos C e os grupos Gpp foram testadas utilizando o teste de Kruskall-Wallis e pós- teste de Dunn. As diferenças entre cada grupo Gpp e seus homólogos foram testados com o teste de Wilcoxon. As correlações foram avaliadas com a correlação de Spearman (R [Spearman]). As correlações entre o antígeno prostático específico (PSA) e o GSC (R [Spearman] de 0,76) e entre o PSA e o VNM (R [Spearman] de 0,78) foram moderadamente forte e altamente significativa, e a correlação entre o VNM e o Gpp (R [Spearman] de 0,53) foi moderada e altamente significativa. O VNM foi significativamente maior em regiões cancerígenas em comparação as regiões de controle-pareado. O planejamento adequado de um estudo, bem como a disponibilidade de equipamentos e softwares para a quantificação morfológica, pode proporcionar incentivo para rapidez e precisão para estimar o VNM como parâmetro auxiliar na avaliação do câncer de próstata. A reprodutibilidade falha interobservador do GSC tem mostrado possíveis conduções equivocadas dos pacientes portadores de CaP. O VNM representa um método reprodutível de classificação objetiva para o câncer de próstata. Portanto, os dados atuais favorecem o uso de VNM associado com GSC e o PSA na avaliação do câncer de próstata.

Investigation of polymorphism by PCR-RFLP method in Cobia fish Rachycentron canadum in the Persian Gulf and Oman Sea

Cobia is a native fish species in Iranian waters in the Persian Gulf and Sea of Oman and has a good internal and foreign market. This fish is a fast growing species and for this reason Iranian Fisheries is considering to go for it culture practices. To go for any utilization such as fishing from wild stocks or culture activities, needs a better understanding of its peculiarities and genetic characteristics of its natural resources. Therefore, this project was discribed and conducted. In this investigation, cuts 2 or 3 cm of fin tissue of  specimen of Cobia obtained from Sistan and Bluchestan, Hormozgan, Bushehr and Khuzestan water provinces, were collected. DNA was extracted by Phenol-chlorophorm method and produced PCR product in length of 1060 and 1450 base pair of two mitochondrial genes COI and NADH2. Using 13 cutting enzymes (4 enzymes were subscriber for both of genes), 205 base pair (from 2510 base pair, equal with %3.8 from gene regains) were directly investigated. But binding patterns of enzymatic digestion of PCR products of both COI and ND genes from electrophoresis were monomorph in all samples and no polymorphism was observed. This may be attributed to the unsuitable choice of COI and ND2 genes for showing of intra specific divergence. But in general non-existence of genetic diversity or noticeable decrease of that among individuals has been reported in regions were fish migration exist and they can freely move between two regions. Therefore, non-observation of polymorphism in the study area might be the case and indicates represents the area. On the other hand, some scientists believe that the distributions of populations in different regions are greatly affected by environmental and physical and ecological factors. Althoug Cobia is a migratory fish, but with regard to the fact that the environmental conditions are different (specially temperature and salinity) between east and west of Persian Gulf and Oman sea, there is a possibility that different genetic groups of this species exist in the regions. Of course It is clear that using more samples and enzymes from other genetically regions could produce better results. Since none of the two investigated genes didn’t show genetic divergence or polymorphism amongst the individuals of one region or between different regions, therefore, statistic analysis for estimating of haplotype diversity or nucleotide diversity and drawing of relationship tree among individuals using available softwares was not possible.

Fem modeling of periodic arrays of multi-walled carbon nanotubes

Multiwalled carbon nanotubes display dielectric properties similar to those of graphite, which can be calculated using the well known Drude-Lorentz model. However, most computational softwares lack the capacity to directly incorporate this model into the simulations. We present the finite element modeling of optical propagation through periodic arrays of multiwalled carbon nanotubes. The dielectric function of nanotubes was incorporated into the model by using polynomial curve fitting technique. The computational analysis revealed interesting metamaterial filtering effects displayed by the highly dense square lattice arrays of carbon nanotubes, having lattice constants of the order few hundred nanometers. The curve fitting results for the dielectric function can also be used for simulating other interesting optical applications based on nanotube arrays.

基于ITS 序列和matK 基因序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定

为了从分子水平对中国药用石斛及其混伪品进行鉴定，本文选取了核rDNA ITS 序列和叶绿体DNA 的matK 基因序列进行研究。采用改良的CTAB 法提取石斛的基因组DNA，PCR 产物直接测序法对17 种（共32 份）药用石斛的核糖体内转录间隔区ITS 全序列进行测定，克隆测序法对12 种（共22 份）药用石斛的叶绿体的matK 基因序列进行测定，运用BioEd it，MEGA4.0 等生物软件分析了石斛属植物的rDNA ITS 序列及叶绿体的matK 基因序列的特征，比较了石斛属间、种间、种内不同居群（品种）间的序列碱基差异及遗传距离，应用邻接法构建分子系统树。主要研究结果如下： （1）建立了17 种（共32 份）药用石斛rDNA ITS 区碱基全序列数据库，其中，ITS1 的长度为228~234 bp，GC 含量为45.7%~53.0%，变异位点167 个，占总位点67.34%，信息位点106 个，占总位点42.74%，ITS2 长度为241~247 bp，GC含量为44.8%~55.7%，变异位点165 个，占总位点66.27%，信息位点115 个，占总位点46.18%。 （2）建立了12 种（共22 份）药用石斛的叶绿体matK 基因全序列数据库，叶绿体matK 基因长1410 bp，变异位点51 个，信息位点11 个。除了存在碱基替换的遗传变异外，还存在碱基的插入和缺失。 （3）通过ITS 序列比较分析了各材料间的遗传距离和碱基差异，属间的遗传距离为0.295，石斛种间的平均遗传距离为0.142，碱基相差2~156 个，种内各居群间的平均遗传距离为0.002，碱基相差1~2 个。属间的遗传距离大于种间的遗传距离，种间的遗传距离大于种内不同居群（品种）间的遗传距离。 （4）根据分析石斛叶绿体的matK 基因序列得到，外类群（密花石豆兰）与石斛属间最小遗传距离为0.027，石斛种间的平均遗传距离为0.008，种间最大的遗传距离0.014， 最小的遗传距离为0.003，碱基相差8~20 个。种内不同居群（品种）遗传距离为0.001，相差1~5 个碱基。 （5）利用17 种石斛的全序列数据库及遗传分析软件，通过对待检种rDNA I TS区进行序列测定，成功地对10 个待检种进行了鉴定，并且在原植物开花后得到了验证。 （6）运用12 种石斛的matK 基因全序列数据库及遗传分析软件，成功地对4个待检种进行了鉴定，同样在原植物开花后得到了验证。 （7）本文利用石斛的核糖体内转录间隔区ITS 序列和叶绿体的matK 基因序列数据库分别构建了NJ 树，外类群与石斛属间石斛种间以及种内不同居群（品种）间均能在NJ 树中明显分化开来，二者构建的分子系统树一致，为石斛的分子鉴定提供了依据。 In order to identify Chinese Herba Dendrobii and its adulterant species on molecular level, we studied the sequences of rDNA ITS and chloroplast matK gene. Genomic DNA of Dendrobium was extracted using the modified cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) method. The PCR products of the rDNA ITS sequences of Dendrobium (32 materia ls) were purified and then sequenced. The PCR products of chloroplast matK gene of Dendrobium (22 materia ls) were purified, cloned and then sequenced. The characteristic of the sequences and the genetic dista nce were compared between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium, Dendrobium interspecies, and different populations. Phylogenetic trees were constructed using the NJ method by the biology softwares including BioEd it, MEGA4.0 etc. The ma in results as follows: (1) It was built up that the database of rDNA ITS sequences of 17 species of Herba Dendrobii (32 materia ls). The ITS1 was 228~234 bp, the GC content accounting for 45.7%~53.0%. Its variable sites were 167, accounting for 67.34%. The Parsim-Informative positions were 106, accounting for 42.74%. The ITS2 was 241~247 bp, the GC accounting for 44.8%~55.7%. The variable sites were 165, accounting for 66.27%. The Parsim-Informative positions were 115, accounting for 46.18%. (2) The database of the chloroplast matK gene sequences was built up, which contained 12 species of Herba Dendrobii (22 materia ls). The matK gene sequences were about 1410bp in length. There were 51 variable sites and 11 Parsim-Informative sites. And there were nucleotides insertions and deletions in some species , in addition to the nucleotides substitutions. (3) The rDNA ITS sequences were compared and analyzed by the biology softwares. The genetic dista nce between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium was 0.295. The avera ge genetic dista nce was 0.142 between Dendrobium species, and there were 2~156 variable nucleotides. The avera ge genetic dista nce between different populations was 0.002, and there were 2~156 variable nucleotides. The genetic dista nce between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium was greater tha n that of Denrobium interspecies. Meanwhile, the genetic dista nce between Denrobium species was also greater tha n that of different populations (variaties). (4) The characteristics of the chloroplast matK gene sequences were obtained after analyzing by the biology softwares. The minima l genetic dista nce was 0.027 between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium . The ma xima l genetic dista nce was 0.014 between Dendrobium species, and there were 20 variable nucleotides. The minima l genetic dista nce between populations was 0.003, and there were 8 variable nucleotides.The genetic dista nce between populations was 0.001, and there were 1~5 variable nucleotides. (5) The molecular Phylogeny tree was constructed on the database of rDNA ITS the sequences of 17 species of Herba Dendrobii using the biology softwares. Then we authenticated 10 materia ls on molecular level. What’s more, they had been proved when these pla nts flowered. (6) The molecular Phylogeny tree was built up on the database of chloroplast matK gene sequences of 12 species of Herba Dendrobii with the biology softwares.Then 4 materia ls were authenticated on molecular level. Moreover, they had also been proved when these pla nts were in flower. (7) The Phylogenetic trees were separately constructed on the sequences of rDNA ITS and chloroplast matK gene B. odoratissimum and Dendrobium all could be distinguished on the Phylogenetic trees. Meanwhile, the Phylogenetic trees based on two groups of sequences were coincident. rDNA ITS and matK gene sequence could be used as molecular markers for authentication of Herba Dendrobii.

基于OSGi的Web容器重构

The OSGi component architecture for software development can better meet the requirements of current Internet environment in scalability, readability and reusability. This paper presents an approach to refactor legacy softwares towards service-oriented systems using the OSGi as the foundation framework. A case study on reconstructing our Web container system is also involved to validate the approach.