Bioinformática: interfaz web para estudiar el efecto de diferentes condiciones sobre la expresión de los genes

El trabajo realizado se divide en dos bloques bien diferenciados, ambos relacionados con el análisis de microarrays. El primer bloque consiste en agrupar las condiciones muestrales de todos los genes en grupos o clústers. Estas agrupaciones se obtienen al aplicar directamente sobre la microarray los siguientes algoritmos de agrupación: SOM,PAM,SOTA,HC y al aplicar sobre la microarray escalada con PC y MDS los siguientes algoritmos: SOM,PAM,SOTA,HC y K-MEANS. El segundo bloque consiste en realizar una búsqueda de genes basada en los intervalos de confianza de cada clúster de la agrupación activa. Las condiciones de búsqueda ajustadas por el usuario se validan para cada clúster respecto el valor basal 0 y respecto el resto de clústers, para estas validaciones se usan los intervalos de confianza. Estos dos bloques se integran en una aplicación web ya existente, el applet PCOPGene, alojada en el servidor: http://revolutionresearch.uab.es.

ERP recursos humanos con ASP.NET 2.0

Implementación de un ERP (Enterprise Resource Planning) orientado al departamento de recursos humanos, que trata de agilizar las funciones de dicho departamento. Se emplea la tecnología ASP.NET 2.02, los datos se almacenan en una base de datos realizada mediante Microsoft Access, y también se utiliza una librería específíca para la generación de ficheros en formato PDF.

Diseño, desarrollo e implementación de una aplicación web de inventario para la gestión de diferentes ámbitos de estudio (parques, jardines, playas y mobiliario urbano)

El presente documento describe el trabajo realizado para el proyecto final de Máster en Tecnología para la información Geográfica. La aplicación se ha desarrollado en la empresa Seys Semiconductores y Sistemas S.A. El desarrollo del proyecto incluyo dos fases, la primera de creación del sistema informativo y la segunda de desarrollo de la aplicación web. La base de datos se ha implementado su plataforma Oracle® Database 11g. La tecnología SIG utilizada ha sido Autodesk® MapGuide Enterprise 11. La programación de la aplicación ha sido en ASP.NET su servidor web Microsoft® Windows® Server 2003. Como entorno de desarrollo se ha usado Microsoft® Visual Studio® 2008. El resultado ha sido una aplicación web intuitiva, eficiente y atractiva. La funcionalidad ha sido probada sobre un conjunto de datos experimentales relativos a un parque de prueba. Cada elemento puntual del parque puede ser identificado en un formulario con sus atributos y los atributos pueden ser modificados y también añadidos. La aplicación permite también la consulta de la base de datos desde la página web y el posicionamiento en el mapa de los resultados de la consulta

EORTC Radiation Oncology Group quality assurance platform: establishment of a digital central review facility.

OBJECTIVE: Quality assurance (QA) in clinical trials is essential to ensure treatment is safely and effectively delivered. As QA requirements have increased in complexity in parallel with evolution of radiation therapy (RT) delivery, a need to facilitate digital data exchange emerged. Our objective is to present the platform developed for the integration and standardization of QART activities across all EORTC trials involving RT. METHODS: The following essential requirements were identified: secure and easy access without on-site software installation; integration within the existing EORTC clinical remote data capture system; and the ability to both customize the platform to specific studies and adapt to future needs. After retrospective testing within several clinical trials, the platform was introduced in phases to participating sites and QART study reviewers. RESULTS: The resulting QA platform, integrating RT analysis software installed at EORTC Headquarters, permits timely, secure, and fully digital central DICOM-RT based data review. Participating sites submit data through a standard secure upload webpage. Supplemental information is submitted in parallel through web-based forms. An internal quality check by the QART office verifies data consistency, formatting, and anonymization. QART reviewers have remote access through a terminal server. Reviewers evaluate submissions for protocol compliance through an online evaluation matrix. Comments are collected by the coordinating centre and institutions are informed of the results. CONCLUSIONS: This web-based central review platform facilitates rapid, extensive, and prospective QART review. This reduces the risk that trial outcomes are compromised through inadequate radiotherapy and facilitates correlation of results with clinical outcomes.

LiveUpdate : gestor de descargas

La función principal de LiveUpdate será la de descargar actualizaciones mediante un servidor remoto permitiendo tener un control integral de todas las descargas disponibles. El desarrollo del proyecto estará marcado por la tecnología en la que se basa, Windows Presentation Foundation (WPF) para la creación de interfaces gráficas enriquecidas, y el lenguaje en que se sustenta, C#. La metodología utilizada estará caracterizada por el modelo Modelo‐Vista‐VistaModelo (MVVM) y los estándares corporativos que Mitsubishi aplica en su software. Finalmente, el sistema también dispondrá de soporte multiidioma pudiendo visualizar idiomas con caracteres no latinos como el ruso (cirílico) o el japonés (katakana, hiragana).

Sky Net : sistema de sincronización y control de versiones de documentos on-line

La función de la aplicación Sky Net (un sistema de control de versiones y sincronización de documentos on-line) será la de ofrecer un conjunto de herramientas capaces de establecer una comunicación cliente-servidor de forma transparente utilizando carpetas del disco duro. De esta forma el usuario final podrá tener todos sus documentos guardados en un servidor, poderlos recuperar en el momento que se desee, y tener los mismos documentos en todas las estaciones de trabajo que estén conectadas a la aplicación. Además se le añade una función de control de versiones que permitirá guardar el contenido de una carpeta bajo un identificador (nombre o versión), y poderlo recuperar más adelante aunque ya hayamos hecho modificaciones en los documentos de dicha carpeta. El proyecto se compone de dos aplicaciones: Sky Catcher, la aplicación cliente, y Sky Node, la aplicación servidor.

An efficient use of virtualization in grid/cloud environments

Grid is a hardware and software infrastructure that provides dependable, consistent, pervasive, and inexpensive access to high-end computational resources. Grid enables access to the resources but it does not guarantee any quality of service. Moreover, Grid does not provide performance isolation; job of one user can influence the performance of other user’s job. The other problem with Grid is that the users of Grid belong to scientific community and the jobs require specific and customized software environment. Providing the perfect environment to the user is very difficult in Grid for its dispersed and heterogeneous nature. Though, Cloud computing provide full customization and control, but there is no simple procedure available to submit user jobs as in Grid. The Grid computing can provide customized resources and performance to the user using virtualization. A virtual machine can join the Grid as an execution node. The virtual machine can also be submitted as a job with user jobs inside. Where the first method gives quality of service and performance isolation, the second method also provides customization and administration in addition. In this thesis, a solution is proposed to enable virtual machine reuse which will provide performance isolation with customization and administration. The same virtual machine can be used for several jobs. In the proposed solution customized virtual machines join the Grid pool on user request. Proposed solution describes two scenarios to achieve this goal. In first scenario, user submits their customized virtual machine as a job. The virtual machine joins the Grid pool when it is powered on. In the second scenario, user customized virtual machines are preconfigured in the execution system. These virtual machines join the Grid pool on user request. Condor and VMware server is used to deploy and test the scenarios. Condor supports virtual machine jobs. The scenario 1 is deployed using Condor VM universe. The second scenario uses VMware-VIX API for scripting powering on and powering off of the remote virtual machines. The experimental results shows that as scenario 2 does not need to transfer the virtual machine image, the virtual machine image becomes live on pool more faster. In scenario 1, the virtual machine runs as a condor job, so it easy to administrate the virtual machine. The only pitfall in scenario 1 is the network traffic.

Comparación de datos de expresión génica del servidor local con datos de una base de datos remota

En la presente memoria se detalla con precisión las diversas fases del trabajo para construir una aplicación web en el servidor http://revolutionresearch.uab.es que permite enriquecer los clusters de la microarray del usuario con información biomédica de una base de datos remota. Los clusters de origen estadístico (o no) de la microarray del usuario se enriquecen a partir de cruzar sus genes marcadores con la base de datos de genes marcadores de microarrays (base de datos remota) con clusters basados en información biomédica. La base de datos de genes marcadores de microarrays ha sido obtenida a partir de la base de datos de GEO Profiles del NCBI.

Búsqueda de ancentros comunes entre genomas de diferentes especies

La cerca de similituds entre regions de diferents genomes ofereix molta informació sobre les relaciones entre les especies d’aquest genomes. Es molt útil per a l’estudi de la conservació de gens d’una especia a un altre, de com les propietats d’un gen son assignades a un altre gen o de com es creen variacions en genomes diferents durant l’evolució d’aquestes especies. La finalitat d’aquest projecte es la creació d’una eina per a la cerca d’ancestres comuns de diferents especies basada en la comparació de la conservació entre regions dels genomes d’aquestes especies. Per a una comparació entre genomes mes eficaç una part important del projecte es destinarà a la creació d’una nova unitat de comparació. Aquestes noves unitats seran superestructures basades en agrupació dels MUMs existent per la mateixa comparació que anomenarem superMUMs. La aplicació final estarà disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es

MyHits: a new interactive resource for protein annotation and domain identification.

The MyHits web server (http://myhits.isb-sib.ch) is a new integrated service dedicated to the annotation of protein sequences and to the analysis of their domains and signatures. Guest users can use the system anonymously, with full access to (i) standard bioinformatics programs (e.g. PSI-BLAST, ClustalW, T-Coffee, Jalview); (ii) a large number of protein sequence databases, including standard (Swiss-Prot, TrEMBL) and locally developed databases (splice variants); (iii) databases of protein motifs (Prosite, Interpro); (iv) a precomputed list of matches ('hits') between the sequence and motif databases. All databases are updated on a weekly basis and the hit list is kept up to date incrementally. The MyHits server also includes a new collection of tools to generate graphical representations of pairwise and multiple sequence alignments including their annotated features. Free registration enables users to upload their own sequences and motifs to private databases. These are then made available through the same web interface and the same set of analytical tools. Registered users can manage their own sequences and annotations using only web tools and freeze their data in their private database for publication purposes.

WebServer 2.0 : motor de integración

En la empresa Unit4 se dispone de un Web Server codificado en Visual Basic que ha quedado desfasado y obsoleto de forma que lo que se desea es migrarlo a un lenguaje de programación actual y potente y eliminar restricciones de software que tiene ahora, además de mejorar el rendimiento. Este proyecto se refiere al desarrollo de este nuevo servidor.

Módulo de gestión de proyectos para Microsoft Dynamics CRM

El projecte consistirà en instal·lar Microsoft CRM 3.0 en un servidor amb Wndows Server 2003, configurar l'aplicació (establir permisos, introduir la informació de l'empresa...), parametritzar-la (modificacions que es realitzen dintre del propi CRM per tal d'adaptar-lo al negoci com ara crear camps, taules, relacions, vistes...) i desenvolupar nova funcionalitat (callout). A més Microsoft CRM estarà integrat amb Microsoft Office Outlook.

Monitor de servidors JMS

El monitor de servidors JMS és un projecte basat en el disseny i implementacio d'una eina GUI, destinada a programadors i equips de proves que treballin amb la tecnología Java Message Service, multiplataforma i multiservidor, que podrà monitoritzar un nombre variat de servidors JMS des de qualsevol sistema que tingui una màquina virtual de Java instal·lada. L'aplicació té com a principal objectiu visualitzar de forma clara i senzilla l'estat global d'un servidor JMS, mostrant les cues i tòpics creats, juntament amb la possibilitat de realitzar accions sobre les mateixes destinacions (enviament i eliminació de missatges residents al servidor) i la creació de gràfiques sobre el tràfic de missatges.

Gestor de contenidos web ASP.NET

Mediante el presente documento se pretende describir el proceso de creación de una herramienta de tipo CMS (Gestor de contenidos). Concretamente, se desarrollará una herramienta que permita al usuario crear su propio sitio web sin necesidad de tener conocimientos de programación. Debido a la gran variedad de sitios web tanto en su forma como en su contenido y ante la imposibilidad de abarcar todo el espectro desde la primera versión del producto, se centrarán los esfuerzos en obtener una aplicación sencilla pero funcional y, sobretodo, escalable, para que mediante futuras actualizaciones se puedan ir incrementando sus posibilidades y capacidad.

Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support.

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) was created in 1998 as an institution to foster excellence in bioinformatics. It is renowned worldwide for its databases and software tools, such as UniProtKB/Swiss-Prot, PROSITE, SWISS-MODEL, STRING, etc, that are all accessible on ExPASy.org, SIB's Bioinformatics Resource Portal. This article provides an overview of the scientific and training resources SIB has consistently been offering to the life science community for more than 15 years.