Protocol for DNA extraction of Cryptosporidium spp. oocysts in fecal samples

Molecular characterization of Cryptosporidium spp.oocysts in clinical samples is useful for public health since it allows the study of sources of contamination as well as the transmission in different geographical regions. Although widely used in developed countries, in Brazil it is restricted to academic studies, mostly using commercial kits for the extraction of genomic DNA, or in collaboration with external reference centers, rendering the method expensive and limited. The study proposes the application of the modifications recently introduced in the method improving feasibility with lower cost. This method was efficient for clinical samples preserved at -20 °C for up to six years and the low number of oocysts may be overcomed by repetitions of extraction.

Hepatitis C virus infection in hemodialysis patients in Maracaibo, Venezuela

Over a two year period, the incidence of hepatitis C virus (HCV) infection was evaluated in 29 hemodialysis patients, aged between 15 and 75 years (mean ± SD: 45 ± 39.5 years), from the University Hospital Hemodyalisis Unit, Maracaibo, Zulia State, Venezuela. Anti-HCV antibodies were determined using a fourth generation ELISA (Innotest HCV Ab IV) kit and positive blood samples were tested using a recombinant assay kit (Inno-LIA HCV Ab III), both kits from Innogenetics N.V., Belgium. The findings indicate a lack of HCV seroconversion in the hemodialysis patients over the study period, confirmed by the recombinant assay. Risk factors for HCV infection were 0.3270 (95% confidence interval: 0.01323-8.080) in patients undergoing hemodialysis. The findings suggest a lack of significant sources for HCV infection due to the preventive measures to avoid its transmission in the hemodialysis unit.

Amplification of the flgE gene provides evidence for the existence of a Brazilian borreliosis

INTRODUCTION: The symptoms of Brazilian borreliosis resemble the clinical manifestations of Lyme disease (LD). However, there are differences between the two in terms of epidemiological and laboratory findings. Primers usually employed to diagnose LD have failed to detect Borrelia strains in Brazil. OBJECTIVE: We aimed to identify the Brazilian Borrelia using a conserved gene that synthesizes the flagellar hook (flgE) of Borrelia burgdorferi sensu lato. METHOD: Three patients presenting with erythema migrans and positive epidemiological histories were recruited for the study. Blood samples were collected, and the DNA was extracted by commercial kits. RESULTS: The gene flgE was amplified from DNA of all selected patients. Upon sequencing, these positive samples revealed 99% homology to B. burgdorferi flgE. CONCLUSION: These results support the existence of borreliosis in Brazil. However, it is unclear whether this borreliosis is caused by a genetically modified B. burgdorferi sensu stricto or by a new species of Borrelia spp.

Avaliação das melhores técnicas disponíveis relativas à refrigeração industrial e às emissões resultantes da armazenagem

Esta dissertação foi realizada em colaboração com o grupo empresarial Monteiro, Ribas e teve como principais objetivos efetuar uma avaliação das melhores técnicas disponíveis relativas à refrigeração industrial e às emissões resultantes da armazenagem. O primeiro objetivo teve como alvo todas as instalações da Monteiro, Ribas enquanto que o segundo objetivo se debruçou sobre Monteiro, Ribas, Embalagens Flexíveis, S.A.. Para cumprir estes objetivos, inicialmente efetuou-se um levantamento das melhores técnicas disponíveis apresentadas nos respetivos documentos de referência. Em seguida selecionaram-se as técnicas que se adequavam às condições e às instalações em estudo e procedeu-se a uma avaliação de forma a verificar o grau de implementação das medidas sugeridas no BREF (Best Available Techniques Reference Document). Relativamente aos sistemas de refrigeração industrial verificou-se que estão implementadas quase todas as medidas referenciadas no respetivo documento de referência. Isto prende-se com o facto dos sistemas de refrigeração existentes no complexo industrial Monteiro, Ribas serem relativamente recentes. Foram implementados no ano de 2012, e são caracterizados por apresentarem uma conceção moderna com elevada eficiência. No que diz respeito à armazenagem de produtos químicos perigosos, a instalação em estudo, apresenta algumas inconformidades, uma vez que a maioria das técnicas mencionadas no BREF não se encontram implementadas, pelo que foi necessário efetuar uma avaliação de riscos ambientais, com recurso à metodologia proposta pela Norma Espanhola UNE 150008:2008 – Análise e Avaliação do Risco Ambiental. Para isso procedeu-se então à formulação de vários cenários de riscos e à quantificação de riscos para à Monteiro, Ribas Embalagens Flexíveis S.A., tendo-se apurado que os riscos estavam avaliados como moderados a altos. Por fim foram sugeridas algumas medidas de prevenção e de minimização do risco que a instalação deve aplicar, como por exemplo, o parque de resíduos perigosos deve ser equipado com kits de contenção de derrames (material absorvente), procedimentos a realizar em caso de emergência, fichas de dados de segurança e o extintor deve ser colocado num local de fácil visualização. No transporte de resíduos perigosos, para o respetivo parque, é aconselhável utilizar bacias de contenção de derrames portáteis e kits de contenção de derrames. Relativamente ao armazém de produtos químicos perigosos é recomendado que se proceda a sua reformulação tendo em conta as MTD apresentadas no subcapítulo 5.2.3 desta dissertação.

Projeto e desenvolvimento de células robotizadas para soldadura e cladding

A utilização de equipamentos robóticos para o processo de soldadura por arco elétrico teve um forte crescimento nas décadas de 80 e 90, altura em que o custo e fiabilidade da tecnologia passou a permitir a integração de robôs em linhas de produção ou em células de fabrico. Depressa cresceram as exigências de uma produção com qualidade repetitiva e facilmente ajustável, e as restrições ao uso de processos manuais ou de tecnologias com pouca flexibilidade. Desde o início do século XXI que a renovação de uma estação de fabrico de peças soldadas para produção em série, especialmente no setor automóvel, parece forçada à integração de robôs industriais, que assim se tornaram símbolos de produtividade. A KAMAZ encontra-se atualmente a renovar alguns dos seus processos de fabrico, incluindo as áreas de soldadura por arco ou cladding. Esta Dissertação aborda o trabalho elaborado, depois de contratualizada com a ABB Rússia a instalação de novas células de fabrico robotizado nesta empresa. Este projeto tem início com o levantamento das necessidades, a verificação do processo existente, e a procura da solução tecnológica que se adapte a essas condições e cumpra os requisitos acordados. São realizadas modelações e simulações off-line em 3D, usando o software RobotStudio da ABB, que permitiram testar cada solução e analisar a sua adequação e viabilidade. Para maior garantia de se obter a qualidade esperada na fusão e deposição do material por processo com arco elétrico revestido a gás, foram realizados testes reais utilizando equipamento robótico em condições baseadas nos testes feitos no ambiente virtual. Por último, são ajustadas as localizações dos postos de trabalho ao layout existente e é feito o balanceamento do tempo de operação manual com o tempo do processo robotizado. Este projeto de Tese termina com a aceitação do cliente para a solução encontrada e para os resultados dos testes reais de ambos os processos.

EVALUATION OF FOUR DIFFERENT DNA EXTRACTION METHODS IN COAGULASE-NEGATIVE STAPHYLOCOCCI CLINICAL ISOLATES

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.

Melhoria e automação de linhas de montagem

Hoje em dia, e com os avanços tecnológicos a surgirem de forma constante, existem novas áreas que têm de ser consideradas com um foco importante por parte de todas as organizações, sendo uma delas a robótica industrial. Motivada em aumentar o seu output, as condições de trabalho para os seus colaboradores, bem como todas as condições de organização da logística interna, a Grohe Portugal, mais especificamente o departamento da montagem, achou relevante fazer um estudo de métodos e tempos, calculando os ganhos potenciais de aumento de output com introdução de robótica nas linhas dos cartuchos. Os objetivos principais seriam então, fazer uma restruturação de todo o layout dessas linhas, tendo como foco automatizar alguma(s) operação(ões), conseguindo assim uma melhoria significativa do output dessas linhas com o menor payback possível. Posto isto, esta dissertação pretende apresentar o trabalho desenvolvido junto da Grohe Portugal, que teve como objetivo fazer os estudos e a automatização de linhas de montagem de cartuchos, bem como melhorar algumas linhas de montagem tendo em conta fatores ergonómicos. Relativamente à automatização da linha dos cartuchos, foi importante estudar todos os seguintes aspetos:  utilização de unidades robóticas;  ergonomia;  ganhos de produtividade;  automatizar ou semi-automatizar operações;  simplificar processos de montagem;  simplificar setups;  solicitar orçamentos;  elaborar caderno de encargos. Para a realização deste projeto, o trabalho desenvolvido foi decomposto em várias etapas, entre as quais se destacam:  análise e estudo dos métodos e sequências de montagem;  levantamento de todos os componentes e operações de montagem até à obtenção do cartucho final;  estudo de tempos de todas essas operações de montagem;  caraterização de um novo layout para as linhas com a introdução de unidades robóticas, tanto quanto possível, mais adequadas;  elaboração de caderno de encargos para ser enviado a empresas, para estas poderem apresentar uma orçamentação, bem como indicar as unidades robóticas mais adequadas para as tarefas pretendidas;  automatização da linha dos cartuchos. Relativamente ao projeto de novas linhas de montagem tendo em conta fatores ergonómicos, de forma a melhorar os sistemas de abastecimento e as condições de trabalho por parte dos operadores, foram postos em prática diferentes passos, nomeadamente:  identificação de todos os processos de montagem realizados pelos operadores na linha a melhorar;  estudo e definição da disposição dos componentes na nova linha, bem como a sua forma de abastecimento;  projeto da nova linha de montagem em 3D com recurso ao software SolidWorks;  realização prática da linha, acompanhando e ajudando a equipa da ferramentaria. O balanço final do trabalho foi bastante positivo, tanto na automatização das linhas de montagem dos cartuchos, em que todo o seu estudo foi alcançado com sucesso, como no melhoramento ergonómico das linhas de montagem, tendo-se alcançado melhorias em alguns índices de qualidade, tempos de abastecimento, organização das linhas, e nas condições de iluminação, resultando essas melhorias numa avaliação positiva por parte dos colaboradores que nelas trabalham todos os dias.

Desenvolvimento de sistemas automáticos de alimentação e descarga de injectora de plásticos

A indústria de componentes para automóveis necessita de constante inovação, no sentido de manter a elevada competitividade, imprescindível à sobrevivência de qualquer empresa neste sector. A automação e robótica são vias incontornáveis para a prossecução dos objetivos de produtividade desejados. Mesmo dentro da automação, a evolução é constante. Para além disso, a crescente inovação nos produtos fabricados, exige também novas soluções em termos de processos de fabrico. Isto leva a que, soluções válidas até uma determinada altura, passem facilmente a obsoletas, com necessidade premente de se implementarem novos sistemas que correspondam às necessidades atuais. Este trabalho teve por base uma necessidade detetada numa empresa fabricante de acessórios para a indústria automóvel: estruturas para estofo de assento automóvel, entre muitos outros. Atualmente, a estrutura do estofo automóvel assenta numa grelha constituída por um conjunto de arames, que é agregado por uma série de tiras de plástico injetadas em seu redor. As máquinas de injeção responsáveis por este processo têm superfície de apartação horizontal, e necessitam de mão-de-obra adjacente para a colocação dos arames no molde e descarga do conjunto, na razão de uma pessoa para duas máquinas, dependendo do tempo de ciclo da injeção. O trabalho consistiu no desenvolvimento de um sistema automático de alimentação e descarga da máquina de injeção, que tivesse por base um sistema já existente, mas que passasse a comportar outras funções até agora não desempenhadas pelos sistemas antigos, ou seja, que fossem capazes de ultrapassar os problemas colocados pela complexidade atual dos produtos em fabricação. O projeto foi concluído com sucesso, tendo sido validado pela empresa FicoCables, através da construção, teste e colocação em funcionamento de vários protótipos.

SERUM LEVELS OF COPPER AND IRON IN DENGUE FEVER

SUMMARY The role of trace elements in dengue virulence is not yet known. The present study assessed the serum levels of two micronutrients, copper and iron, in cases of dengue fever. The study involved 96 patients of whom 48 had either severe or non-severe forms of dengue (with and without warning signs), and the remaining 48 were patients with other febrile illnesses (OFI), used as controls. Serum levels of copper and iron were evaluated at admission and by the time of defervescence using commercially available kits. At admission, no difference in the level of serum copper was observed between cases and controls. In the group of dengue cases, the copper level was found to be significantly decreased in severe and non-severe cases with warning signs, compared to non-severe cases without warning signs. In contrast, by the time of defervescence the copper level was found to be increased in all dengue cases compared to OFI controls, but no difference was observed among dengue cases. Unlike OFI controls, dengue cases showed an increasing pattern of copper levels from admission until defervescence. On the other hand, no such significant differences were observed in the serum level of iron in the clinical groups, except for a decreased iron level found in severe cases, compared to non-severe dengue without warning signs. The results show that copper is associated with dengue severity and this finding emphasizes the need to investigate the involvement of trace elements in disease severity so as to improve the prognosis of dengue.

A flexible navigation system for autonomous robots operating in heterogeneous environments

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Robots and humans as co-workers? The human-centred perspective of work with autonomous systems

The design of work organisation systems with automated equipment is facing new challenges and the emergence of new concepts. The social aspects that are related with new concepts on the complex work environments (CWE) are becoming more relevant for that design. The work with autonomous systems implies options in the design of workplaces. Especially that happens in such complex environments. The concepts of “agents”, “co-working” or “human-centred technical systems” reveal new dimensions related to human-computer interaction (HCI). With an increase in the number and complexity of those human-technology interfaces, the capacities of human intervention can become limited, originating further problems. The case of robotics is used to exemplify the issues related with automation in working environments and the emergence of new HCI approaches that would include social implications. We conclude that studies on technology assessment of industrial robotics and autonomous agents on manufacturing environment should also focus on the human involvement strategies in organisations. A needed participatory strategy implies a new approach to workplaces design. This means that the research focus must be on the relation between technology and social dimensions not as separate entities, but integrated in the design of an interaction system.

Establishing a cell biology platform: isolation and preservation of human blood products

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Child programming: an adequate domain specific language for programming specific robots

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Study on the development of an autonomous mobile robot

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Eletrotécnica e de Computadores

Prevalence of Epstein-Barr virus antibodies in healthy children and adolescents in Vitória, State of Espírito Santo, Brazil

The prevalence and age distribution of Epstein-Barr virus infection varies in different populations and there is little information about the epidemiology of this infection in Brazil. We studied the prevalence of EBV antibodies in a sample of 283 children and adolescents between 1 and 21 years old. The sample was taken from two neighborhoods in Vitória (capital city of Espirito Santo, Brazil). The São Pedro (SP) neighborhood represented an area with lower socioeconomic status and the Praias (P) neighborhood represented an area with higher SES. Anti-VCA (Virus Capsid Antigen) antibodies were detected by ELISA and anti-EBNA (Epstein-Barr Nuclear Antigen) antibodies were detected by an anti-complement immunofluorescence method, both using commercial kits. The results showed an overall prevalence rates of anti-VCA and anti-EBNA of 71% and 54% respectively. The prevalence for both anti-EBV antibodies was higher and probably the infection occurred earlier in the SP neighborhood. Among the various socioeconomic factors studied only low family income and maternal education level were significantly correlated with a higher frequency of positive serology for anti-VCA. These results demonstrate that there is a high prevalence of EBV antibodies in children and adolescents living in Vitória, that occurs more frequently at a younger age in children from families with low socioeconomic status. In addition, the results demonstrate an intermediate age distribution pattern between those reported in developed and underdeveloped countries.