A simulation model for lean, agile, resilient and green supply chain management: practices and interoperability assessment

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

Tentativa de evidenciar o Trypanosoma cruzi no sangue periférico de pacientes com doença de Chagas, em fase crônica, por meio do Quantitative Buffy Coat (QBC)

Valorizando a sensibilidade do sistema Quantitative Buffy Coat (QBC), documentada em modelo experimental murino, estando os animais com infecção aguda pelo Trypanosoma cruzi houve tentativa de evidenciar esse parasita no sangue periférico de 100 pacientes com doença de Chagas, em fase crônica. Com o emprego desse método, nenhuma positividade ocorreu, evidentemente em virtude das pequenas parasitemias, não reveláveis pela técnica, pelo menos conforme o verificado através da casuística considerada.

Análise comparativa do impacto das ULS (Unidade Locais de Saúde) e dos ACeS (Agrupamentos de Centros de Saúde) no processo de articulação entre os cuidados de saúde primários e os cuidados de saúde hospitalares

RESUMO - Introdução: O presente trabalho, desenvolvido ao longo dos últimos meses, teve como objetivo analisar comparativamente o impacto das Unidades Locais de Saúde e dos Agrupamentos de Centros de Saúde no processo de articulação entre cuidados de saúde primários e hospitais. Para tal, foram avaliadas as seguintes variáveis: frequência de contacto entre médicos de família e especialistas; percentagem de informação de retorno recebida pelos médicos de família; percentagem de recusas recebida pelos médicos de família; e tempo de espera entre o pedido das consultas hospitalares e a efetivação das mesmas para as especialidades mais referenciadas. As instituições escolhidas para o estudo foram a Unidade Local de Saúde de Castelo Branco e o ACeS Cova da Beira. Metodologia: O instrumento de medida utilizado para este estudo foi um questionário, com questões de resposta aberta e fechada, dirigido a médicos de família da Unidade Local de Saúde de Castelo Branco e do ACeS Cova da Beira, pretendendo assim averiguar a perceção que os mesmos têm em relação às variáveis descritas no tópico da Introdução. Resultados: Segundo dados estatísticos, meramente descritivos, os médicos de família da ULSCB apresentaram uma frequência de contacto inferior aos médicos de família do ACeS com os médicos hospitalares, e a percentagem de informação de retorno recebida pelos médicos de família da ULSCB revelou ser também inferior à recebida pelos médicos de família do ACeS. No entanto, as diferenças encontradas não puderam ser confirmadas para a amostra existente, uma vez que o teste Qui-quadrado foi inconclusivo. Quanto à percentagem de recusas recebida pelos médicos de família de ambas as instituições, e aos tempos de espera para a realização das consultas das especialidades mais referenciadas pelo ACeS Cova da Beira e pela ULSCB, a ULSCB não mostrou desvantagem significativa, mas também não revelou superioridade. Conclusão: As principais conclusões extraídas deste estudo vão no sentido de questionar a eficácia do modelo de organização institucional das ULS | Unidades Locais de Saúde no que diz respeito à articulação entre cuidados de saúde primários e cuidados de saúde hospitalares, em particular, no que se refere à partilha de informação clínica e à eficiência do processo de referenciação para consultas hospitalares.

Genetic parameters and mapping quantitative trait loci associated with tibia traits in broilers.

Abstract: Selection among broilers for performance traits is resulting in locomotion problems and bone disorders, once skeletal structure is not strong enough to support body weight in broilers with high growth rates. In this study, genetic parameters were estimated for body weight at 42 days of age (BW42), and tibia traits (length, width, and weight) in a population of broiler chickens. Quantitative trait loci (QTL) were identified for tibia traits to expand our knowledge of the genetic architecture of the broiler population. Genetic correlations ranged from 0.56 +/- 0.18 (between tibia length and BW42) to 0.89 +/- 0.06 (between tibia width and weight), suggesting that these traits are either controlled by pleiotropic genes or by genes that are in linkage disequilibrium. For QTL mapping, the genome was scanned with 127 microsatellites, representing a coverage of 2630 cM. Eight QTL were mapped on Gallus gallus chromosomes (GGA): GGA1, GGA4, GGA6, GGA13, and GGA24. The QTL regions for tibia length and weight were mapped on GGA1, between LEI0079 and MCW145 markers. The gene DACH1 is located in this region; this gene acts to form the apical ectodermal ridge, responsible for limb development. Body weight at 42 days of age was included in the model as a covariate for selection effect of bone traits. Two QTL were found for tibia weight on GGA2 and GGA4, and one for tibia width on GGA3. Information originating from these QTL will assist in the search for candidate genes for these bone traits in future studies.

The use of qualitative and quantitative polymerase chain reactions for diagnosis of cytomegalovirus infections in bone marrow and kidney transplant recipients

The purpose of this work was to test a cytomegalovirus qualitative PCR and a semi-quantitative PCR on the determination of CMV load in leukocytes of bone marrow and kidney transplanted (RT) patients. Thirty three BMT and 35 RT patients participated of the study. The DNA was subjected to a qualitative PCR using primers that amplify part of CMV gB gene. CMV load of positive samples was determined by a semi-quantitative PCR using quantified plasmids inserted with part of the gB gene of CMV as controls. The sensitivity of the test was determined to be 867 plasmid copies/µg DNA. CMV loads between 2,118 and 72,443 copies/µg DNA were observed in 12.1% BMT recipients and between 1,246 and 58,613 copies/µg DNA in 22.9% RT recipients. Further studies are necessary to confirm the usefulness of this CMV semi-quantitative PCR in transplanted patients.

Cohesion decay: quantitative analysis of partial sister chromatid cohesion

Cell division is a highly dynamic process where sister chromatids remain associated with each other from the moment of DNA replication until the later stages of mitosis, giving rise to two daughter cells with equal genomes. The “molecular glue” that links sister DNA molecules is called cohesin, a tripartite ring-like protein complex composed of two Structural Maintenance of Chromosome proteins (Smc1 and Smc3) bridged by a kleisin subunit Rad21/Scc1, that together prevent precocious sister chromatid separation. Accumulating evidence has suggested that cohesion decay may be the cause of segregation errors that underlie certain human pathologies. However it remains to be determined how much cohesin loss abolishes functional sister chromatid cohesion. To answer these questions, we have developed different experimental conditions aiming to titrate the levels of cohesin on mitotic chromosomes in a precise manner. Using these tools, we will determine the minimal amount of cohesin needed to confer functional cohesion. The approaches described here take advantage of a system in Drosophila melanogaster where the Tobacco Etch Virus (TEV) protease can cleave the Rad21 subunit of cohesin leading to precocious sister chromatid separation. Firstly, we tried to express different levels of TEV protease to obtain partial loss of cohesion. However, this approach has failed to produce systematic different levels of sister chromatid separation. Most of the work was therefore focused on a second strategy, for which we established strains with different levels of cohesin sensitive/cohesin resistant to TEV protease. Strains containing different amounts of functional cohesin (TEV resistant) were tested by in vitro cleavage and by in vivo injections in embryos for their ability to promote sister chromatid cohesion. Our results reveal that removal of half of the cohesin complexes does not impair chromosome segregation, implying that chromosome cohesion is less sensitive to cohesin amounts than previously anticipated.

La Réforme des soins en santé mentale en Belgique: analyse d'un modéle

RESUMO: O relatório anual de 2001 da Organização Mundial de Saúde (OMS), anunciou o interesse social dos problemas crescentes em matéria de saúde mental e relativo à necessidade urgente de uma extensão, como também, para uma melhor organização da oferta de tratamento. Sob proposta da Bélgica, esta observação foi traduzida em uma resolução « Mental health :responding to the call for action » (déclaração de intenção do 18 de maio de 2002). Nós notamos que certos países, como os Estados Unidos ou a Grã Bretanha transformam sistematicamente o tratamento residencial em um tratamento mais dirigido para a comunidade. Eles também se concentram na descoberta prematura dos problemas psiquiátricos. Este fenômeno de désinstitutionalisação obteve resultados concretos e traz um ganho certo, tanto para os atores do campo da saúde mental, como também para os candidatos a um tratamento. O tratamento das pessoas dentro do seu meio de vida é muito claramente reconhecido. As evoluções que marcaram os tratamentos em saúde mental na Bélgica durante estes utimos 40 anos mostram que vários paços importantes já foram feitos. A reforma tem como objetivo converter a oferta hospitalar e montar tratamentos dirigidos para e dentro da comunidade pela criação de equipas móveis que se inscrevem no dispositivo comunitário, historicamente muito activo bem que sub-financiado. A reorganização dos sistemas de tratamento está baseada na criação de redes, para construir um dispositivo flexível e contínuo que considera as necessidades dos pacientes. Esta reforma é, ao mesmo tempo, ambiciosa e complexa,. É uma visão nova, uma mudança de cultura, não só, para todos os atores da saúde mental, mas também para os pacientes e suas famílias. A reforma está baseada numa visão global e integrada que associa no mesmo movimento todas as autoridades competentes relativamente a saúde que elas sejam federais, regionais ou comunitárias.-----------ABSTRACT: The World Health Organization’s (WHO) annual report of 2001 identified a social interest for the increasing problems related to mental health and the urgent need of an extension and a better organization of mental health care. On a proposal of Belgium this statement was transformed into a resolution « Mental health: responding to the call for action» (Declaration of Intent, May 18th, 2002). Some countries such as the USA or the UK systematically dismantled in-patient residential care in favor of more community-based care and a focus on early detection of psychiatric problems. This de -institutionalization has clearly and concretely paid off and the value of bringing mental health care to claimants and treating them in their own residence was acknowledged. In Belgium, the evolutions which have shaped mental health care in the last forty years indicate that a number of important steps are already taken. The Reform aims to convert the supply of hospital care into community-based mental health care services through the creation of mobile teams which offer services in everyday life of the user. These teams take place in the community, historically highly active howbeit underfunded. The reorganization of health care system relies upon the creation of networks in order to build a flexible and continuous device which take into account user’s needs. This Reform can be seen as both ambitious and complex. It is a completely new vision, a major cultural shift for all mental health care stakeholders, but also for users and their relatives. The Reform is based on a global and integrated approach which links I, a same movement all relevant health authorities whether they be federal, regional or community. de-institutionalization – community mental health – recovery - users and families involvement - networking.

SDAR: a package for plotting and analyzing stratigraphy data in R

Stratigraphic Columns (SC) are the most useful and common ways to represent the eld descriptions (e.g., grain size, thickness of rock packages, and fossil and lithological components) of rock sequences and well logs. In these representations the width of SC vary according to the grain size (i.e., the wider the strata, the coarser the rocks (Miall 1990; Tucker 2011)), and the thickness of each layer is represented at the vertical axis of the diagram. Typically these representations are drawn 'manually' using vector graphic editors (e.g., Adobe Illustrator®, CorelDRAW®, Inskape). Nowadays there are various software which automatically plot SCs, but there are not versatile open-source tools and it is very di cult to both store and analyse stratigraphic information. This document presents Stratigraphic Data Analysis in R (SDAR), an analytical package1 designed for both plotting and facilitate the analysis of Stratigraphic Data in R (R Core Team 2014). SDAR, uses simple stratigraphic data and takes advantage of the exible plotting tools available in R to produce detailed SCs. The main bene ts of SDAR are: (i) used to generate accurate and complete SC plot including multiple features (e.g., sedimentary structures, samples, fossil content, color, structural data, contacts between beds), (ii) developed in a free software environment for statistical computing and graphics, (iii) run on a wide variety of platforms (i.e., UNIX, Windows, and MacOS), (iv) both plotting and analysing functions can be executed directly on R's command-line interface (CLI), consequently this feature enables users to integrate SDAR's functions with several others add-on packages available for R from The Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Automated quantitative analysis of MCC-IMS spectra

Ion Mobility Spectrometry coupled with Multi Capillary Columns (MCC -IMS) is a fast analytical technique working at atmospheric pressure with high sensitivity and selectivity making it suitable for the analysis of complex biological matrices. MCC-IMS analysis generates its information through a 3D spectrum with peaks, corresponding to each of the substances detected, providing quantitative and qualitative information. Sometimes peaks of different substances overlap, making the quantification of substances present in the biological matrices a difficult process. In the present work we use peaks of isoprene and acetone as a model for this problem. These two volatile organic compounds (VOCs) that when detected by MCC-IMS produce two overlapping peaks. In this work it’s proposed an algorithm to identify and quantify these two peaks. This algorithm uses image processing techniques to treat the spectra and to detect the position of the peaks, and then fits the data to a custom model in order to separate the peaks. Once the peaks are separated it calculates the contribution of each peak to the data.

Walking Through the Revolution: A Spatial Reading of Literary Echoes

This paper presents an embryo of a literary guide on the Carnation Revolution to be explored for educational historical excursions other than leisure and tourism. We propose a historical trail through the centre of Lisbon, city of the Carnation Revolution, called Walk through the Revolution. The trail aims to reinforce collective memory about the major events that occurred in the early moments leading to the coup. The trail is made up by nine places of rememberance, for which literary excerpts are suggested and which are supported by a digital research procedure. A set of seven fixed and observer-independent categories are used to analyse the literary contents of 23 literary works published up to 2013. These literary works refer to events that happened between the eve of April 25 and May 1, 1974. At the same time, literary descriptions are explored using a spatial approach in order to define the literary geography of the most iconic military actions and popular demonstrations that occurred in Lisbon and the surroundings. The literary geography and the cartography of the historical events are then compared. Data analysis and visualization benefit from the use of standardised and quantitative methods, including basic statistics and geographic information systems.

Effects of quantitative easing on the USA economy: A test for policy effectiveness

The catastrophic disruption in the USA financial system in the wake of the financial crisis prompted the Federal Reserve to launch a Quantitative Easing (QE) programme in late 2008. In line with Pesaran and Smith (2014), I use a policy effectiveness test to assess whether this massive asset purchase programme was effective in stimulating the economic activity in the USA. Specifically, I employ an Autoregressive Distributed Lag Model (ARDL), in order to obtain a counterfactual for the USA real GDP growth rate. Using data from 1983Q1 to 2009Q4, the results show that the beneficial effects of QE appear to be weak and rather short-lived. The null hypothesis of policy ineffectiveness is not rejected, which suggests that QE did not have a meaningful impact on output growth.

Clinical practice guidelines in Portugal : quantitative and qualitative evaluation

RESUMO: Introdução As normas de orientação clínica são ferramentas úteis na translação de conhecimentos desde a investigação para a prática clínica diária. Estratégias ativas de implementação de normas de orientação clínica requerem elevado esforço organizacional e financeiro. Quando os recursos são escassos, as estratégias passivas podem ser a única opção de disseminação. Desde 2011 a Direção Geral da Saúde publicou cento e cinquenta e nove normas de orientação clínica. Nesta Tese é feita uma avaliação do impacto que estratégias de disseminação de normas de orientação clínica têm no padrão de prescrição dos médicos e uma avaliação qualitativa do processo das normas de orientação clínica em Portugal. Métodos: O primeiro artigo é um estudo quasi experimental usando uma série de análises temporais interrompida para comparar os níveis observados e esperados de prescrição de inibidores da ciclooxigenasa-2, antes e depois da publicação da norma de orientação clínica sobre a utilização de anti-inflamatórios não esteroides. O segundo estudo é um artigo de opinião e debate no qual numa primeira parte contextualiza o processo das normas da Direcção Geral da Saúde, na segunda parte aponta virtudes e defeitos no processo e a terceira parte constitui uma contribuição com vista à melhoria do processo. Discussão A produção de normas de orientação clínica requer metodologia rigorosa e complexa. A literatura médica revela que a translação de conhecimento é uma tarefa árdua. Estratégias de implementação ativas requerem recursos financeiros e organizacionais sólidos. Estratégias de implementação passivas podem representar uma solução aceitável se os recursos financeiros e organizacionais escasseiam. Pouco é conhecido sobre a eficácia destas estratégias fora do contexto de investigação. Com esta Tese pretendo contribuir para a clarificação desta resposta, outros países e instituições podem ver utilidade nesta informação, bem como pretendo contribuir para a discussão e melhoria do processo das normas de orientação clínica em Portugal. ------------------ ABSTRACT: Introduction Clinical practice guidelines can help address the failure to translate research findings into clinical practice. Active clinical practice guidelines implementation strategies require active efforts from organizations and are resource and financially demanding. Passive implementation strategies may represent the only option if resources are scarce. Out of research environment, real world efficacy of passive implementation strategies is still undetermined. Since 2011 the Portuguese General Health Directorate published one hundred and fifty nine guidelines. In this Thesis I evaluate the impact of passive dissemination of clinical practice guideline in clinician’s prescription behavior and review, from a qualitative point of view, the Portuguese clinical practice guideline process. Methods The first study is a quasi-experimental study using a retrospective interrupted time-series analysis design to compare the observed and expected prescription of cyclooxygenase-2 before and after the non steroidal antiinflammatory guideline publication. The second study is an opinion and debate article in which I firstly review the General Health Directorate guideline process. The second part states positive and negative aspects in the process and the third part is a contribution aimed at improving the process in the future. Discussion Clinical practice guidelines production demands a rigorous and complex methodology. medical iterature reveals that knowledge translation is a difficult task. Active implementation strategies demand solid financial and organizational resources. Passive implementation strategies may represent an acceptable solution if financial and organizational resources are scarce. Little is known about the efficacy of these strategies out of the research context. With this Thesis I intend to contribute to clarify this question, other countries and institutions with similar conditions may find this information useful, and also to contribute for the discussion and general improvement of national clinical practice guidelines process.

A saúde mental global, a depressão, a ansiedade e os comportamentos de risco nos estudantes do ensino superior : estudo de prevalência e correlação

RESUMO: A saúde mental é influenciada pelos comportamentos tanto como estes são influenciados pela saúde mental. Por isso é importante compreender quer a saúde mental quer os comportamentos adoptados pelo indivíduo em qualquer momento do seu ciclo vital para melhor poder actuar quando e sempre que necessário. Nos estudantes universitários, não sendo uma população de risco, a saúde mental e os comportamentos de risco afectam não só o próprio estudante e quem com ele convive mas também as próprias instituições que o acolhem. O presente estudo teve como objectivos: nos estudantes universitários 1) caracterizar a saúde mental global; 2) caracterizar os níveis de sintomatologia depressiva e ansiosa; 3) identificar os padrões de comportamentos de risco; 4) analisar a relação entre saúde mental global, depressão, ansiedade e comportamentos de risco. Para tal realizou-se um estudo quantitativo, descritivo, correlacional, transversal e exploratório com 1968 estudantes do 1º ciclo da Universidade da Beira Interior e dos Institutos Politécnicos da Guarda, Castelo Branco e Portalegre. Foram utilizados como instrumentos de investigação uma ficha de Caracterização Socio-Demográfica; o Mental Health Inventory-5; o Patient Health Questionnaire-9; Generalized Anxiety Disorder-7; e o Questionário de Comportamentos de Risco em Estudantes Universitários. Os principais resultados mostraram que 18,3% (n=360) apresentavam saúde mental negativa; 17,7% sintomatologia depressiva moderada a severa; 15,6% sintomatologia ansiosa moderada a severa; e que apenas 15% dos que apresentavam saúde mental global negativa recorreu a ajuda profissional. As mulheres, os alunos de 1ª e 4º ano, e os alunos dos cursos de Artes e Letras apresentavam níveis de saúde mental global inferiores. O Consumo de álcool foi superior nos homens, nos estudantes das áreas de Ciências e Ciências da Saúde e nos estudantes deslocados. Os estudantes com mais de 3 unidades curriculares em atraso apresentavam maior sintomatologia depressiva e ansiosa. Os resultados mostraram ainda que quanto mais positiva a saúde mental global maior o consumo de bebidas alcoólicas e menor a sintomatologia depressiva e ansiosa. As variáveis Curso e Sexo influenciam significativamente a saúde mental global, a depressão e a ansiedade. Apesar de a maioria dos estudantes inquiridos não revelar problemas de saúde mental nem apresentar comportamentos de risco, as principais conclusões apontam para a necessidade de programas de educação para a saúde assim como de programas de literacia de saúde mental para as instituições poderem identificar precocemente as situações problemáticas e ajudar os próprios estudantes a reconhecer em si o sofrimento psicológico e a necessidade de procurar apoio profissional.---------------------------------- ABSTRACT: Mental health is influenced by behaviours as much as behaviours are influenced by mental health. Thus, it is important to understand not only the mental health but also the behaviours adopted by an individual at any stage of its vital cycle in order to accurately intervene whenever and always deemed necessary. Regarding college students, despite not being deemed as a population at risk, mental health and risk behaviours affect not only the student itself and whoever interacts with him but also the institutions that host them. The main purposes of this study were regarding college students 1) characterize the overall mental health; 2) characterize the levels of depression and anxiety symptoms; 3) identify the risk behaviours patterns; and 4) analyse the relation between overall mental health, depression, anxiety and risk behaviours. With that scope a quantitative, descriptive, correlated, transversal and exploratory study has been conducted with 1968 students of the 1st cycle of the University of Beira Interior and of the Polytechnic Institutions of Guarda, Castelo Branco and Portalegre. The investigation instruments used were a chart of Socio-Demographic Characterization; the Mental Health Inventory-5; the Patient Health Questionnaire-9; the Generalized Anxiety Disorder-7; and one Questionnaire of Risk Behaviours in College Students. The main results showed that 18.3% (n=360) revealed negative mental health; 17.7% moderated to severe depression symptoms; 15.6% moderated to severe anxiety symptoms; and that only 15% of those revealing negative overall mental health have seek for professional help. Females, students of the 1st and 4th years and students of the Artes and Letras courses revealed inferior levels of overall mental health. Alcohol consumption is higher in males, in the Sciences and Health Sciences’ students and on displaced students. Students with more than 3 curricular units in delay revealed higher depression and anxiety symptoms. The results also showed that the more positive overall mental health the higher alcohol consumption and the lower depression and anxiety symptoms. The Course and Sex variations significantly influence the overall mental health, the depression and the anxiety. Although the majority of the enquired students did not reveal mental health issues or present risk behaviours, the main conclusions indicate the need to implement health education and mental health literacy programmes in order to enable the institutions to prematurely identify problematic situations and help students to recognize the psychological suffering and the need to seek for professional help.

Da sobrevivência física à sobrevivência mental : aspectos do funcionamento psíquico em ex-combatentes da guerra colonial portuguesa

Tese de Doutoramento apresentada ao ISPA - Instituto Universitário