Exploring the potential of early identification and intervention within a college of applied arts

This study probed for an answer to the question, "How do you identify as early as possible those students who are at risk of failing or dropping out of college so that intervention can take place?" by field testing two diagnostic instruments with a group of first semester Seneca College Computer ,Studies students. In some respects, the research approach was such as might be taken in a pilot study_ Because of the complexity of the issue, this study did not attempt to go beyond discovery, understanding and description. Although some inferences may be drawn from the results of the study, no attempt was made to establish any causal relationship between or among the factors or variables represented here. Both quantitative and qualitative data were gathered during four resea~ch phases: background, early identification, intervention, and evaluation. To gain a better understanding of the problem of student attrition within the School of Computer Studies at Seneca College, several methods were used, including retrospective analysis of enrollment statistics, faculty and student interviews and questionnaires, and tracking of the sample population. The significance of the problem was confirmed by the results of this study. The findings further confirmed the importance of the role of faculty in student retention and support the need to improve the quality of teacher/student interaction. As well, the need for skills assessmen~-followed by supportive counselling, and placement was supported by the findings from this study. strategies for reducing student attrition were identified by faculty and students. As part of this study, a project referred to as "A Student Alert Project" (ASAP) was undertaken at the School of Computer Studies at Seneca college. Two commercial diagnostic instruments, the Noel/Levitz College Student Inventory (CSI) and the Learning and Study Strategies Inventory (LASSI), provided quantitative data which were subsequently analyzed in Phase 4 in order to assess their usefulness as early identification tools. The findings show some support for using these instruments in a two-stage approach to early identification and intervention: the CSI as an early identification instrument and the LASSI as a counselling tool for those students who have been identified as being at risk. The findings from the preliminary attempts at intervention confirmed the need for a structured student advisement program where faculty are selected, trained, and recognized for their advisor role. Based on the finding that very few students acted on the diagnostic results and recommendations, the need for institutional intervention by way of intrusive measures was confirmed.

Examining the potential application of childhood stature in assessing adolescent overweight and obesity

Background: Increasing Overweight and Obesity (OwOb) prevalence in pediatric populations is becoming a public health concern in many countries. The purpose of this study was to determine if childhood stature components, particularly the Leg Length Index (LLI = [height - sitting height]! height), were useful in assessing risk of OwOb in adolescence. Methods: Data was from a longitudinal study conducted in south Ontario since 2004. Approximately 2360 students had body composition measurements including sitting height and standing height at baseline. Among them, 1167 children (573 girls, 594 boys) who had weight and height measured at the 5 th year follow-up, were included in this analysis. OwOb was defined using age and sex specific BMI (kg!m 2 ) cut-off points corresponding to adults' BMI ~ 25. Results: Overall, 34% (n=298) of adolescents were considered as OwOb. The results from logistic regression analysis indicated that with 1 unit increase in LLI the odds of OwOb decreased 24% (Odds Ratio, [95% Confidence Interval], 0.76, [0.66-0.87]) after adjusted for age, sex and baseline waist circumference. Further adjusting for birth weight, birth order, breastfeeding, child's physical activity, maternal smoking, education, mother's age at birth and mother's BMI, did not change the relationship. Our results also indicated that mother's smoking status is associated with LLI. Discussion: Although LLI measured at childhood in this study is related to OwOb risk in adolescents, the underlying mechanism is unclear and further study is needed.

New statistical methods to assess the effect of time-dependent exposures in case-control studies

Contexte. Les études cas-témoins sont très fréquemment utilisées par les épidémiologistes pour évaluer l’impact de certaines expositions sur une maladie particulière. Ces expositions peuvent être représentées par plusieurs variables dépendant du temps, et de nouvelles méthodes sont nécessaires pour estimer de manière précise leurs effets. En effet, la régression logistique qui est la méthode conventionnelle pour analyser les données cas-témoins ne tient pas directement compte des changements de valeurs des covariables au cours du temps. Par opposition, les méthodes d’analyse des données de survie telles que le modèle de Cox à risques instantanés proportionnels peuvent directement incorporer des covariables dépendant du temps représentant les histoires individuelles d’exposition. Cependant, cela nécessite de manipuler les ensembles de sujets à risque avec précaution à cause du sur-échantillonnage des cas, en comparaison avec les témoins, dans les études cas-témoins. Comme montré dans une étude de simulation précédente, la définition optimale des ensembles de sujets à risque pour l’analyse des données cas-témoins reste encore à être élucidée, et à être étudiée dans le cas des variables dépendant du temps. Objectif: L’objectif général est de proposer et d’étudier de nouvelles versions du modèle de Cox pour estimer l’impact d’expositions variant dans le temps dans les études cas-témoins, et de les appliquer à des données réelles cas-témoins sur le cancer du poumon et le tabac. Méthodes. J’ai identifié de nouvelles définitions d’ensemble de sujets à risque, potentiellement optimales (le Weighted Cox model and le Simple weighted Cox model), dans lesquelles différentes pondérations ont été affectées aux cas et aux témoins, afin de refléter les proportions de cas et de non cas dans la population source. Les propriétés des estimateurs des effets d’exposition ont été étudiées par simulation. Différents aspects d’exposition ont été générés (intensité, durée, valeur cumulée d’exposition). Les données cas-témoins générées ont été ensuite analysées avec différentes versions du modèle de Cox, incluant les définitions anciennes et nouvelles des ensembles de sujets à risque, ainsi qu’avec la régression logistique conventionnelle, à des fins de comparaison. Les différents modèles de régression ont ensuite été appliqués sur des données réelles cas-témoins sur le cancer du poumon. Les estimations des effets de différentes variables de tabac, obtenues avec les différentes méthodes, ont été comparées entre elles, et comparées aux résultats des simulations. Résultats. Les résultats des simulations montrent que les estimations des nouveaux modèles de Cox pondérés proposés, surtout celles du Weighted Cox model, sont bien moins biaisées que les estimations des modèles de Cox existants qui incluent ou excluent simplement les futurs cas de chaque ensemble de sujets à risque. De plus, les estimations du Weighted Cox model étaient légèrement, mais systématiquement, moins biaisées que celles de la régression logistique. L’application aux données réelles montre de plus grandes différences entre les estimations de la régression logistique et des modèles de Cox pondérés, pour quelques variables de tabac dépendant du temps. Conclusions. Les résultats suggèrent que le nouveau modèle de Cox pondéré propose pourrait être une alternative intéressante au modèle de régression logistique, pour estimer les effets d’expositions dépendant du temps dans les études cas-témoins

Investigating the role of potential genetic markers that can predict risk for steroid refractory inflammatory bowel disease

Contexte - La variation interindividuelle de la réponse aux corticostéroïdes (CS) est un problème important chez les patients atteints de maladies inflammatoires d’intestin. Ce problème est bien plus accentué chez les enfants avec la prévalence de la corticodépendance extrêmement (~40 %) élevée. La maladie réfractaire au CS a des répercussions sur le développement et le bien-être physique et psychologique des patients et impose des coûts médicaux élevés, particulièrement avec la maladie active comparativement à la maladie en rémission, le coût étant 2-3 fois plus élevé en ambulatoire et 20 fois plus élevé en hôpital. Il est ainsi primordial de déterminer les marqueurs prédictifs de la réponse aux CS. Les efforts précédents de découvrir les marqueurs cliniques et démographiques ont été équivoques, ce qui souligne davantage le besoin de marqueurs moléculaires. L'action des CS se base sur des processus complexes déterminés génétiquement. Deux gènes, le ABCB1, appartenant à la famille des transporteurs transmembraneaux, et le NR3C1, encodant le récepteur glucocorticoïde, sont des éléments importants des voies métaboliques. Nous avons postulé que les variations dans ces gènes ont un rôle dans la variabilité observée de la réponse aux CS et pourraient servir en tant que les marqueurs prédictifs. Objectifs - Nous avons visé à: (1) examiner le fardeau de la maladie réfractaire aux CS chez les enfants avec la maladie de Crohn (MC) et le rôle des caractéristiques cliniques et démographiques potentiellement liés à la réponse; (2) étudier l'association entre les variantes d'ADN de gène ABCB1 et la réponse aux CS; (3) étudier les associations entre les variantes d'ADN de gène NR3C1 et la réponse aux CS. Méthodes - Afin d’atteindre ces objectifs, nous avons mené une étude de cohorte des patients recrutés dans deux cliniques pédiatriques tertiaires de gastroentérologie à l’Ottawa (CHEO) et à Montréal (HSJ). Les patients avec la MC ont été diagnostiqués avant l'âge de 18 ans selon les critères standard radiologiques, endoscopiques et histopathologiques. La corticorésistance et la corticodépendance ont été définies en adaptant les critères reconnus. L’ADN, acquise soit du sang ou de la salive, était génotypée pour des variations à travers de gènes ABCB1 et NR3C1 sélectionnées à l’aide de la méthodologie de tag-SNP. La fréquence de la corticorésistance et la corticodépendance a été estimée assumant une distribution binomiale. Les associations entre les variables cliniques/démographiques et la réponse aux CS ont été examinées en utilisant la régression logistique en ajustant pour des variables potentielles de confusion. Les associations entre variantes génétiques de ABCB1 et NR3C1 et la réponse aux CS ont été examinées en utilisant la régression logistique assumant différents modèles de la transmission. Les associations multimarqueurs ont été examinées en utilisant l'analyse de haplotypes. Les variantes nongénotypées ont été imputées en utilisant les données de HAPMAP et les associations avec SNPs imputés ont été examinées en utilisant des méthodes standard. Résultats - Parmi 645 patients avec la MC, 364 (56.2%) ont reçu CS. La majorité de patients étaient des hommes (54.9 %); présentaient la maladie de l’iléocôlon (51.7%) ou la maladie inflammatoire (84.6%) au diagnostic et étaient les Caucasiens (95.6 %). Huit pourcents de patients étaient corticorésistants et 40.9% - corticodépendants. Le plus bas âge au diagnostic (OR=1.34, 95% CI: 1.03-3.01, p=0.040), la maladie cœxistante de la région digestive supérieure (OR=1.35, 95% CI: 95% CI: 1.06-3.07, p=0.031) et l’usage simultané des immunomodulateurs (OR=0.35, 95% CI: 0.16-0.75, p=0.007) ont été associés avec la corticodépendance. Un total de 27 marqueurs génotypés à travers de ABCB1 (n=14) et NR3C1 (n=13) ont été en l'Équilibre de Hardy-Weinberg, à l’exception d’un dans le gène NR3C1 (rs258751, exclu). Dans ABCB1, l'allèle rare de rs2032583 (OR=0.56, 95% CI: 0.34-0.95, p=0.029) et génotype hétérozygote (OR=0.52, 95% CI: 0.28-0.95 p=0.035) ont été négativement associes avec la dépendance de CS. Un haplotype à 3 marqueurs, comprenant le SNP fonctionnel rs1045642 a été associé avec la dépendance de CS (p empirique=0.004). 24 SNPs imputés introniques et six haplotypes ont été significativement associés avec la dépendance de CS. Aucune de ces associations n'a cependant maintenu la signification après des corrections pour des comparaisons multiples. Dans NR3C1, trois SNPs: rs10482682 (OR=1.43, 95% CI: 0.99-2.08, p=0.047), rs6196 (OR=0.55, 95% CI: 0.31-0.95, p=0.024), et rs2963155 (OR=0.64, 95% CI: 0.42-0.98, p=0.039), ont été associés sous un modèle additif, tandis que rs4912911 (OR=0.37, 95% CI: 0.13-1.00, p=0.03) et rs2963156 (OR=0.32, 95% CI: 0.07-1.12, p=0.047) - sous un modèle récessif. Deux haplotypes incluant ces 5 SNPs (AAACA et GGGCG) ont été significativement (p=0.006 et 0.01 empiriques) associés avec la corticodépendance. 19 SNPs imputés ont été associés avec la dépendance de CS. Deux haplotypes multimarqueurs (p=0.001), incluant les SNPs génotypés et imputés, ont été associés avec la dépendance de CS. Conclusion - Nos études suggèrent que le fardeau de la corticodépendance est élevé parmi les enfants avec le CD. Les enfants plus jeunes au diagnostic et ceux avec la maladie coexistante de la région supérieure ainsi que ceux avec des variations dans les gènes ABCB1 et NR3C1 étaient plus susceptibles de devenir corticodépendants.

Potential of built environment interventions involving deployment of public bicycles to increase utilitarian cycling : the case of BIXI in Montreal, Quebec

Contexte : Les interventions sur l'environnement bâti reliées au transport peuvent contribuer à l'augmentation de la pratique de l'activité physique. En tant qu’intervention, les programmes de vélos en libre-service (PVLS) peuvent contribuer à l’utilisation du vélo. BIXI© (nom qui fusionne les mots BIcyclette et taXI) est un programme de vélos en libre-service implanté à Montréal, au Canada, en mai 2009. Le programme BIXI© met à la disposition des gens 5050 vélos à 405 bornes d’ancrage. Objectif : L'objectif général de cette thèse est d'étudier l'impact d'un programme de vélos en libre-service sur l’utilisation du vélo. Les objectifs spécifiques de la thèse sont de : 1) Estimer la prévalence populationnelle et identifier des variables environnementales, sociodémographiques et comportementales associées à l’utilisation des vélos en libre-service. 2) Estimer l’impact populationnel de l’implantation des vélos en libre-service sur l’utilisation du vélo et les contributions respectives de l’utilisation du vélo pour des fins utilitaires et récréatives à l’utilisation totale du vélo. 3) Estimer l’impact local de l’implantation des vélos en libre-service sur l’utilisation du vélo. Méthodes : Un devis populationnel transversal avec mesures répétées. Des enquêtes ont été réalisées au moment du lancement du programme de vélos en libre-service (4 mai au 10 juin, 2009), à la fin de la première année d’implantation (8 octobre au 12 décembre, 2009), et à la fin de la deuxième année d’implantation (8 novembre au 12 décembre, 2010). Les échantillons se composaient de 2001 (âge moyen = 49,4 années, 56,7 % de femmes), 2502 (âge moyen = 47,8 ans, 61,8 % de femmes) et 2509 (âge moyen = 48,9 années, 59,0 % de femmes) adultes à chaque période de mesure respectivement. Résultats : Globalement, les résultats démontrent le potentiel des PVLS pour augmenter l’utilisation du vélo. Les résultats suggèrent que près de 128 744 habitants ou 8,1 % de la population adulte ont utilisé les vélos BIXI© au moins une fois dans la première saison. Après deux ans d’implantation, ceux qui sont exposés à BIXI© dans leur milieu résidentiel avaient une probabilité significativement plus élevée d’utiliser le vélo par rapport à ceux non exposés. Par contre, il n'y avait aucun impact local de l’implantation du programme BIXI© sur l’utilisation du vélo. Conclusions : L’implantation d'un PVLS à Montréal a augmenté la probabilité d’utiliser le vélo chez les individus habitant près d'une borne d'ancrage. Mots clés : programme de vélos en libre-service, expérience naturelle, santé des populations.

Heuristic solution methods for multi-attribute vehicle routing problems

Le Problème de Tournées de Véhicules (PTV) est une clé importante pour gérér efficacement des systèmes logistiques, ce qui peut entraîner une amélioration du niveau de satisfaction de la clientèle. Ceci est fait en servant plus de clients dans un temps plus court. En terme général, il implique la planification des tournées d'une flotte de véhicules de capacité donnée basée à un ou plusieurs dépôts. Le but est de livrer ou collecter une certain quantité de marchandises à un ensemble des clients géographiquement dispersés, tout en respectant les contraintes de capacité des véhicules. Le PTV, comme classe de problèmes d'optimisation discrète et de grande complexité, a été étudié par de nombreux au cours des dernières décennies. Étant donné son importance pratique, des chercheurs dans les domaines de l'informatique, de la recherche opérationnelle et du génie industrielle ont mis au point des algorithmes très efficaces, de nature exacte ou heuristique, pour faire face aux différents types du PTV. Toutefois, les approches proposées pour le PTV ont souvent été accusées d'être trop concentrées sur des versions simplistes des problèmes de tournées de véhicules rencontrés dans des applications réelles. Par conséquent, les chercheurs sont récemment tournés vers des variantes du PTV qui auparavant étaient considérées trop difficiles à résoudre. Ces variantes incluent les attributs et les contraintes complexes observés dans les cas réels et fournissent des solutions qui sont exécutables dans la pratique. Ces extensions du PTV s'appellent Problème de Tournées de Véhicules Multi-Attributs (PTVMA). Le but principal de cette thèse est d'étudier les différents aspects pratiques de trois types de problèmes de tournées de véhicules multi-attributs qui seront modélisés dans celle-ci. En plus, puisque pour le PTV, comme pour la plupart des problèmes NP-complets, il est difficile de résoudre des instances de grande taille de façon optimale et dans un temps d'exécution raisonnable, nous nous tournons vers des méthodes approcheés à base d’heuristiques.

The effect of oxygen and parenteral nutrition on the redox potential and bronchopulmonary dysplasia in extremely preterm infants

Introduction: Le supplément d’oxygène et la nutrition parentérale (NP) sont les deux sources majeures de stress oxydant chez le nouveau-né. Lors de la détoxification des oxydants, le potentiel redox du glutathion s’oxyde. Notre hypothèse est que le supplément d’oxygène et la durée de la NP sont associés à un potentiel redox plus oxydé et à une augmentation de la sévérité de la dysplasie bronchopulmonaire (DBP). Patients et Méthodes: Une étude observationnelle prospective incluant des enfants de moins de 29 semaines d’âge gestationnel. Les concentrations sanguines de GSH et GSSG à jour 6-7 et à 36 semaines d’âge corrigé étaient mesurées par électrophorèse capillaire et le potentiel redox était calculé selon l’équation de Nernst. La sévérité de la DBP correspondait à la définition du NICHD. Résultats: Une FiO2≥ 25% au 7ième jour de vie ainsi que plus de 14 jours de NP sont significativement associés à un potentiel redox plus oxydé et à une DBP plus sévère. Ces relations sont indépendantes de l’âge de gestation et de la gravité de la maladie initiale. La corrélation entre le potentiel redox et la sévérité de la DBP n’est pas significative. La durée de la NP était responsable de 15% de la variation du potentiel redox ainsi que de 42% de la variation de la sévérité de la DPB. Conclusion: Ces résultats suggèrent que l’oxygène et la NP induisent un stress oxydant et que les stratégies visant une utilisation plus judicieuse de l’oxygène et de la NP devraient diminuer la sévérité de la DBP.

Oxygenation-sensitive cardiovascular magnetic resonance imaging (OS-CMR) : potential confounding factors in use of OS-CMR

La résonance magnétique cardiovasculaire sensible à l'oxygénation (OS-CMR) est devenue une modalité d'imagerie diagnostique pour la surveillance de changements dans l'oxygénation du myocarde. Cette technique offre un grand potentiel en tant qu'outil diagnostic primaire pour les maladies cardiovasculaires, en particulier la détection non-invasive d'ischémie. Par contre, il existe plusieurs facteurs potentiellement confondants de cette technique, quelques-uns d'ordre méthodologique comme les paramètres de séquençage et d'autres de nature physiologiques qui sont peut compris. En raison des effets causés par le contenu tissulaire d'eau, l'état d'hydratation peut avoir un impact sur l'intensité du signal. Ceci est un des aspects physiologiques en particulier dont nous voulions quantifier l'effet confondant par la manipulation de l'état d'hydratation chez des humains et l'observation des changements de l'intensité du signal dans des images OS-CMR. Méthodes: In vitro: Du sang artériel et veineux de huit porcs a été utilisé pour évaluer la dilution en série du sang et son effet correspondant sur l'intensité du signal de la séquence OS. In vivo: Vingt-deux volontaires en santé ont subi OS-CMR. Les concentrations d'hémoglobine (Hb) ont été mesurées au niveau de base et immédiatement après une l'infusion cristalloïde rapide de 1000 mL de solution Lactate Ringer's (LRS). Les images OS-CMR ont été prises dans une vue mid-ventriculaire court axe. L'intensité du signal myocardique a été mesurée durant une rétention respiratoire volontaire maximale, suite à une période d'hyperventilation de 60 secondes. Les changements dans l'intensité du signal entre le début et la fin de la rétention de la respiration ont été exprimés relativement au niveau de base (% de changement). Résultats: L'infusion a résulté en une diminution significative de l'Hb mesurée (142.5±3.3 vs. 128.8±3.3 g/L; p<0.001), alors que l'IS a augmenté de 3.2±1.2% entre les images du niveau de base en normo- et hypervolémie (p<0.05). L'IS d'hyperventilation ainsi que les changements d'IS induits par l'apnée ont été attenués après hémodilution (p<0.05). L'évaluation quantitative T2* a démontré une corrélation négative entre le temps de T2* et la concentration d'hémoglobine (r=-0.46, p<0.005). Conclusions: Il existe plusieurs éléments confondants de la technique OS-CMR qui requièrent de l'attention et de l'optimisation pour une future implémentation clinique à grande échelle. Le statut d'hydratation en particulier pourrait être un élément confondant dans l'imagerie OS-CMR. L'hypervolémie mène à une augmentation en IS au niveau de base et atténue la réponse IS durant des manoeuvres de respiration vasoactives. Cette atténuation de l'intensité du signal devrait être tenue en compte et corrigée dans l'évaluation clinique d'images OS-CMR.

Multisite Research Ethics Review: Problems and Potential Solutions

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Potential public health significance of faecal contamination and multidrug-resistant Escherichia coli and Salmonella serotypes in a lake in India

To assess the prevalence of faecal coliform bacteria and multiple drug resistance among Escherichia coli and Salmonella serotypes from Vembanadu Lake. Study design: Systematic microbiological testing. Methods: Monthly collection of water samples were made from ten stations on the southern and northern parts of a salt water regulator constructed in Vembanadu Lake in order to prevent incursion of seawater during certain periods of the year. Density of faecal colifrom bacteria was estimated. E. coli and Salmonella were isolated and their different serotypes were identified. Antibiotic resistance analysis of E. coli and Salmonella serotypes was done and the MAR index of individual isolates was calculated. Results: Density of faecal coliform bacteria ranged from mean MPN value 2900 -7100/100ml. Results showed multiple drug resistance pattern among the bacterial isolates. E. coli showed more than 50% resistance to amickacin, oxytetracycline, streptomycin, tetracycline and kanamycin while Salmonella showed high resistance to oxytetracycline, streptomycin, tetracycline and ampicillin. The MAR indexing of the isolates showed that they have originated from high risk source such as humans, poultry and dairy cows. Conclusions: The high density of faecal coliform bacteria and prevalence of multi drug resistant E. coli and Salmonella serotypes in the lake may pose severe public health risk through related water borne and food borne outbreaks

“Effect of spice oleoresins in microbial decontamination and their potential application in quality stabilization of Tuna (Euthynnus affinis) during storage”

Unprocessed seafood harbor high number of bacteria, hence are more prone to spoilage. In this circumstance, the use of spice in fish for reduction of microorganism can play an important role in seafood processing. Many essential oils from herbs and spices are used widely in the food, health and personal care industries and are classified as GRAS (Generally regarded as safe) substances or are permitted food additives. A large number of these compounds have been the subject of extensive toxicological scrutiny. However, their principal function is to impart desirable flavours and aromas and not necessarily to act as antimicrobial agents. Given the high flavour and aroma impact to plant essential oils, the future for using these compound as food preservatives lies in the careful selection and evaluation of their efficacy at low concentrations but in combination with other chemical preservatives or preservation processes. For this reason they are worth of study alone or in combination with processing methods in order to establish if they could extend the shelf-life of foods. In this study, the effect of the spices, clove, turmeric, cardamom, oregano, rosemary and garlic in controlling the spoilage and pathogenic bacteria is investigated. Their effect on biogenic amine formation in tuna especially, histamine, as a result of bacterial control is also studied in detail. The contribution of spice oleoresin in the sensory and textural parameters is investigated using textural profile analysis and sensory panel. Finally, the potential of spices in quality stabilization and in increasing the shelf–life of tuna during frozen storage is analysed

In vivo screening of mangrove plants for anti WSSV activity in Penaeus monodon, and evaluation of Ceriops tagal as a potential source of antiviral molecules

The objective of the study was to find out a natural way to fight white spot syndrome virus (WSSV) in cultured shrimps, as the present scenario necessitated an organic remedy for the devastating pathogen in crustaceans. Under this research programme seven mangrove plants were collected, identified and aqueous extracts screened for their protective effect on the giant tiger shrimp Penaeus monodon against WSSV. The experimental design consisted two modes of application, such as exposure of the virus to the extract and injection challenge, and oral administration of the extract coated feed followed by oral challenge. All experimental animals were monitored through a nested diagnostic PCR analysis. Of the seven mangrove extracts screened aqueous extract from Ceriops tagal imparted total protection to shrimp from WSSV when challenged by both methods. Shrimps administered with the aqueous extract from C. tagal were devoid of virions. The HPLC fingerprint of the aqueous extracts from C. tagal showed more than 25 peaks and 7 of them were larger and well separated. Preliminary phytochemical analysis revealed the presence of alkaloids, flavonoids, polyphenolics, cardiac glycosides, saponins and sterols. The study indicated suitability of the aqueous extract of C. tagal as a possible prophylaxis for WSSV infection in shrimp. This is the first report on the anti WSSV property of the mangrove plant C. tagal

In vivo screening of mangrove plants for anti WSSV activity in Penaeus monodon, and evaluation of Ceriops tagal as a potential source of antiviral molecules

The objective of the study was to find out a natural way to fight white spot syndrome virus (WSSV) in cultured shrimps, as the present scenario necessitated an organic remedy for the devastating pathogen in crustaceans. Under this research programme seven mangrove plants were collected, identified and aqueous extracts screened for their protective effect on the giant tiger shrimp Penaeus monodon against WSSV. The experimental design consisted two modes of application, such as exposure of the virus to the extract and injection challenge, and oral administration of the extract coated feed followed by oral challenge. All experimental animals were monitored through a nested diagnostic PCR analysis. Of the seven mangrove extracts screened aqueous extract from Ceriops tagal imparted total protection to shrimp from WSSV when challenged by both methods. Shrimps administered with the aqueous extract from C. tagal were devoid of virions. The HPLC fingerprint of the aqueous extracts from C. tagal showed more than 25 peaks and 7 of them were larger and well separated. Preliminary phytochemical analysis revealed the presence of alkaloids, flavonoids, polyphenolics, cardiac glycosides, saponins and sterols. The study indicated suitability of the aqueous extract of C. tagal as a possible prophylaxis for WSSV infection in shrimp. This is the first report on the anti WSSV property of the mangrove plant C. tagal

Discrimination between organically and conventionally grown winter wheat by means of holistic and selected analytical methods

Die Verordnung des Europäischen Rates (EC) 834/2007 erkennt das Recht des Konsumenten auf eine Entscheidung basierend auf vollständiger Information bezüglich der enthaltenen Zutaten im Produkt und deren Herkunft (Qualität der Verarbeitung). Die primäre Kennzeichnungsverordnung betont „organische“ Produktionsstandards ebenso wie die Notwendigkeit zur Kontrolle und Aufsicht. Jedoch ist zurzeit keine validierte Methode zur analytischen Diskriminierung zwischen „organischer“ und „konventioneller“ Herkunft von angebotenen Lebensmitteln verfügbar. Das Ziel der Dissertationsarbeit war die Überprüfung der Möglichkeit mit ausgewählten analytischen und holistischen Methoden zwischen organisch und konventionell angebautem Weizen objektiv zu unterscheiden. Dies beinhaltete die Bestimmung des Gesamtstickstoff (Protein) nach Dumas, zweidimensionale Fluoreszenzdifferenz Gelelektrophorese (2D DIGE) und die Kupferchloridkristallisation. Zusätzlich wurde die Anzahl der Körner pro Ähre (Kornzahl) bestimmt. Alle Bestimmungen wurden an rückverfolgbaren in den Jahren 2005 – 2007 in Belgien gesammelten Proben des Winterweizen (Triticum aestivum L. cv. Cubus) durchgeführt. Statistisch signifikante (p < 0.05) Unterschiede wurden innerhalb der untersuchten Probengruppen sowohl in der Kornzahl, dem Gesamtsticksoff (Eiweißgehalt), als auch in der Gesamtausbeute gefunden, wobei in den meisten Fällen die konventionellen Proben höhere Kornzahlen und Gesamtsticksoff (Eiweißgehalte) aufwiesen. Eine mit der 2D DIGE kompatible Probenvorbereitungsmethode für Winterweizen wurde entwickelt und auf einen internen Winterweizenstandard sowie die entsprechenden Proben angewendet. Die organischen Proben waren im Vergleich mit den konventionellen Gegenstücken in allen Fällen durch eine kleinere Anzahl von signifikant (p < 0.05) stärker exprimierten Proteinspots gekennzeichnet. Gewisse Tendenzen in Richtung der Bevorzugung bestimmter Regionen von stärker ausgeprägten Proteinspots auf aufeinanderfolgenden 2D Abbildungen in Abhängigkeit von der landwirtschaftlichen Methode konnten zwar beobachtet werden, jedoch konnte kein universelles Markerprotein zur Unterscheidung von konventionell und biologisch angebautem Winterweizen identifiziert werden. Die rechnergestützte Verarbeitung der digitalisierten Kristallisierungsbilder mittels multivariater statistischer Analyse und der Regression partieller kleinster Quadrate ermöglichte eine 100%ig korrekte Vorhersage der landwirtschaftlichen Methode unbekannter Proben sowie der Beschreibung der Kristallisierungsbilder. Diese Vorhersage bezieht sich nur auf den hier verwendeten Datensatz (Proben einer Sorte von drei Standorten über zwei Jahre) und kann nicht ohne weiteres übertragen (generalisiert) werden. Die Ergebnisse deuten an, dass die Quantifizierung der beschriebenen Parameter ein hohes Potential zur Lösung der gestellten Aufgabe besitzt.

Development of mechanical methods for cell-tray propagation and field transplanting of dwarf napiergrass (Pennisetum purpureum Schumach.)

Since dwarf napiergrass (Pennisetum purpureum Schumach.) must be propagated vegetatively due to lack of viable seeds, root splitting and stem cuttings are generally used to obtain true-to-type plant populations. These ordinary methods are laborious and costly, and are the greatest barriers for expanding the cultivation area of this crop. The objectives of this research were to develop nursery production of dwarf napiergrass in cell trays and to compare the efficiency of mechanical versus manual methods for cell-tray propagation and field transplanting. After defoliation of herbage either by a sickle (manually) or hand-mowing machine, every potential aerial tiller bud was cut to a single one for transplanting into cell trays as stem cuttings and placed in a glasshouse over winter. The following June, nursery plants were trimmed to a 25–cm length and transplanted in an experimental field (sandy soil) with 20,000 plants ha^(−1) either by shovel (manually) or Welsh onion planter. Labour time was recorded for each process. The manual defoliation of plants required 44% more labour time for preparing the stem cuttings (0.73 person-min. stemcutting^(−1)) compared to using hand-mowing machinery (0.51 person-min. stem-cutting^(−1)). In contrast, labour time for transplanting required an extra 0.30 person-min. m^(−2) (14%) using the machinery compared to manual transplanting, possibly due to the limited plot size for machinery operation. The transplanting method had no significant effect on plant establishment or plant growth, except for herbage yield 110 days after planting. Defoliation of herbage by machinery, production using a cell-tray nursery and mechanical transplanting reduced the labour intensity of dwarf napiergrass propagation.