Utilização de marcadores moleculares no estudo populacional de Leishmania infantum chagasi no Brasil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Filogeografia e limites inter-específicos em Dendrocolaptes certhia (Aves:Dendrocolaptidae)

A sistemática da espécie politípica Dendrocolaptes certhia (Aves: Dendrocolaptidae) foi estudada até hoje apenas com base em caracteres morfológicos e até então não se conseguiu delimitar as relações e propor diagnoses consistentes para todos os táxons / populações agrupados na espécie. Caracteres moleculares se tornam assim uma ferramenta potencial para fornecer um grau maior de resolução acerca da história evolutiva desta espécie politípica. Para tal, foi utilizado um banco de dados multilocus composto de dois genes mitocondriais e três loci diferentes de genes nucleares, e a partir de análises com diferentes abordagens (bayesianas, coalescentes e genético populacionais) foi então proposta a primeira filogeografia para esta espécie. Os dados moleculares sugerem alterações na taxonomia de Dendrocolaptes certhia em relação a arranjos propostos onde propomos um novo tratamento taxonômico que reconhece sete espécies diagnosticáveis ao invés de uma única espécie politípica reunindo todos os táxons de D. certhia. Estas sete espécies estão distribuídas de maneira a corroborar com as principais áreas de endemismo na Amazônia, e sua diversificação parece estar fortemente correlacionada com a formação da drenagem moderna da Amazônia durante os períodos do Plio-Pleistoceno.

Sistemática molecular e filogeografia do gênero Phoenicircus Swainson, 1832 (Aves: Cotingidae)

Muitas hipóteses já foram propostas na tentativa de explicar a origem e manutenção da grande biodiversidade encontrada na Amazônia, entretanto poucas são passíveis de serem testadas sob um ponto de vista filogeográfico. Nós avaliamos padrões de diversificação temporal e espacial de duas espécies de aves endêmicas da região amazônica, as quais apresentam populações alopátricas restritas a diferentes áreas de endemismo e limitadas pelos principais rios da bacia Amazônica. Sequências de dois genes mitocondriais (ND2 e Cytb) e dois nucleares (βf7 e G3PDH intron 11) foram obtidas a partir de 30 indivíduos, abrangendo a área de distribuição total do gênero Phoenicircus e incluindo as duas espécies atualmente válidas P. carnifex e P. nigricollis. A utilização de ferramentas da filogeografia, aliadas a métodos de genética populacional e de datação molecular, nos permitiu reconstruir os contextos espacial e temporal do processo de diversificação destes táxons na região Amazônica, bem como fazer predições sobre sua história geográfica e ambiental. Nossos dados revelaram a existência de quatro grupos geneticamente distintos, evidenciando o status parafilético de P. carnifex e a monofilia recíproca entre as duas populações alopátricas de P. nigricollis, e sugeriram, portanto, alterações na taxonomia atualmente aplicada ao gênero Phoenicircus. A história de evolução de Phoenicircus parece ter sido delineada por dois tipos de eventos vicariantes, inicialmente pela formação dos principais rios da Amazônia, durante os períodos Plio-Pleistoceno, e mais recentemente por eventos de captura de drenagem resultantes da atividade de placas neotectônicas localizadas na região central amazônica, destacando a importância de processos históricos como estes na modelagem da biota Amazônica atual.

Análise filogeografica e populacional do gênero Corythopis sundevall, 1936 (Aves: Rhynchocyclidae)

O gênero Corythopis pertence à família Rhynchocyclidae e agrupa vários táxons sobre cujos limites e validade ainda deixam dúvidas, o que gera incertezas quanto a real quantidade de unidades evolutivas diagnosticáveis dentro do grupo. Esse gênero possui duas espécies reconhecidas: Corythopis delalandi, monotípica e distribuída nos biomas Mata Atlântica e Cerrado; e C. torquatus (endêmica da Amazônia), na qual são reconhecidas três formas, caracterizadas e distinguíveis uma das outras pelo padrão de tons de marrom na cabeça: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855) e C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. O objetivo deste estudo é tentar reconstruir os contextos temporais e espaciais do processo de diversificação das diferentes linhagens evolutivas de Corythopis, possibilitando inferências sobre a história evolutiva e limites inter e intraespecíficos do grupo. Foram realizadas análises filogeográficas (ML e IB) e populacionais com base em um marcador mitocondrial (ND2), além de uma árvore de espécies com dois marcadores nucleares (MUSK e βf5) e um mitocondrial (ND2). De acordo com os resultados observados, existem cinco filogrupos principais em Corythopis, endêmicos das seguintes regiões (áreas de endemismo): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (norte; a leste do rio Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (sul, a oeste do rio Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. Os resultados das análises filogenéticas e populacionais indicaram a existência de dois clados reciprocamente monofiléticos sustentados por altos apoios de bootstrap (>80%) e probabilidades posteriores (> 0.95), concordando desse modo com a taxonomia atual para o gênero Corythopis, que reconhece uma espécie biológica na Amazônia (C. torquatus) e outra na Mata Atlântica e Cerrado. A árvore de espécie concorda com as demais análises, mostrando que existem apenas duas linhagens reciprocamente monofiléticas em Corythopis bem apoiadas estatisticamente: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) e C. delalandi (F5), reforçando o seu status como espécies biológicas independentes. O padrão biogeográfico de separação entre os diferentes filogrupos Amazônicos de Corythopis é bem diferente daquele reportado até hoje para diferentes linhagens de aves Amazônicas, onde os eventos iniciais de separação envolveram populações dos escudos brasileiros e das Guianas.

Filogeografia de três espécies de Passeiriformes (Suboscines) na região do Baixo Tocantins - Ilha do Marajó - Pará

A região do Baixo Tocantins - ilha do Marajó é excelente local para se realizar um estudo de integração de dados geológicos e biológicos visando-se a compreensão dos processos de diversificação de espécies. Foram estimados parâmetros de genética populacional e realizadas análises filo genéticas das populações amostradas utilizando-se o gene ND2, relacionando-os com o cenário geológico proposto para a evolução da região. Foram utilizadas inferência bayesiana e máxima verossimilhança para reconstrução de filogenias intraespecíficas, redes de haplótipos e o teste de desvio de neutralidade R2, AMOVA, F _ST e Nm para as análises populacionais, para três espécies de aves Passeriformes: Xiphorhynchus spixii e Glyphorynchs spirurus (Dendrocolaptidae) e Willisornis poecilinotus (Thamnophilidae). As populações de X spixii não apresentaram estruturação geográfica, exibindo altos níveis de fluxo gênico entre elas. A árvore filogenética de G. spirurus apresentou um grupo de haplótipos únicos da ilha do Marajó (1M) e um grupo irmão contendo haplótipos pertencentes às áreas de endemismo Xingu (XI), Belém (BE) e 1M. Essa topologia indica um aparente contato secundário recente na 1M entre uma população isolada e endêmica da própria ilha com populações do continente (XI). A árvore obtida para W poecilinotus apresentou uma topologia semelhante àquela de G. spirurus, indicando que a formação da 1M provavelmente atuou de maneira similar em diferentes espécies, com similares capacidades de dispersão, gerando padrões filogeográficos concordantes. Comparando--se as três espécies, concluímos que X spixii possui maior capacidade de dispersão respondendo de maneira distinta ao mesmo efeito vicariante. Estimativas do relógio molecular para o nó que separa o grupo de haplótipos endêmicos da ilha do Marajó mostram que tanto as populações de G. spirurus, quanto às de W. poecilinotus são muito mais antigas que os eventos que levaram à separação total da 1M em relação ao continente (aproximadamente 10.000 anos AP), com uma idade estimada aproximadamente 747.000 anos AP para G. spirurus e 798.000 anos AP para W. poecilinotus, indicando que outros processos vicariantes anteriores à separação total da Ilha do Marajó poderiam ter separado essas populações endêmicas da ilha.

Analysis of propagule pressure and genetic diversity in the invasibility of a freshwater apex predator: the peacock bass (genus Cichla)

Uma importante etapa na biologia da invasão é acessar variáveis biológicas que podem predizer o sucesso de invasão. O estudo da genética, evolução e interações entre invasores e espécies nativas no ambiente invadido pode prover uma oportunidade única para o estudo dos processos em genética de populações e a capacidade de uma espécie ampliar seu habitat. Nesse trabalho, nos utilizamos dados de marcadores de DNA microssatélites para testar se a variação genética é relacionada a pressão de propágulo na invasão bem sucedida do predador de topo (o ciclídeo Amazônico Cichla) nos rios do Sudeste Brasileiro. Populações invasoras de Cichla vem impactando negativamente diversas comunidades de água doce no Sudeste brasileiro deste 1960. A redução da variação genética foi observada em todas populações invasoras, tanto para Cichla kelberi (CK) como Cichla piquiti (CP). Por exemplo, a heterozigose foi menor no ambiente invadido quando comparada com as populações nativas da bacia Amazônica (CP HE = 0.179/0.44; CK HE = 0.258/0.536 respectivamente). Assim, apesar do sucesso da invasão de Cichla no sudoeste do Brasil, baixa diversidade genética foi observada nas populações introduzidas. Nós sugerimos que uma combinação de fatores, como as estratégias reprodutivas de Cichla, o efeito de "armadilha evolutiva" e a hipótese de resistências biótica superam o efeito que a diversidade genética depauperada exerce, sendo aspectos-chave na invasão desse predador de topo de cadeia.

Brazilian genetic database of chromosome X

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Long-term endemism of two highly divergent lineages of the amphibian-killing fungus in the Atlantic Forest of Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

MICROSATELLITE LOCI FOR ORTHOPHYTUM OPHIUROIDES (BROMELIOIDEAE, BROMELIACEAE) SPECIES ADAPTED TO NEOTROPICAL ROCK OUTCROPS

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Development and characterization of 32 microsatellite loci in Genipa americana (Rubiaceae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Microsatellite loci in the oceanic whitetip shark and cross-species amplification using pyrosequencing technology

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Linking genetic and environmental factors in amphibian disease risk

A central question in evolutionary biology is how interactions between organisms and the environment shape genetic differentiation. The pathogen Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) has caused variable population declines in the lowland leopard frog (Lithobates yavapaiensis); thus, disease has potentially shaped, or been shaped by, host genetic diversity. Environmental factors can also influence both amphibian immunity and Bd virulence, confounding our ability to assess the genetic effects on disease dynamics. Here, we used genetics, pathogen dynamics, and environmental data to characterize L.yavapaiensis populations, estimate migration, and determine relative contributions of genetic and environmental factors in predicting Bd dynamics. We found that the two uninfected populations belonged to a single genetic deme, whereas each infected population was genetically unique. We detected an outlier locus that deviated from neutral expectations and was significantly correlated with mortality within populations. Across populations, only environmental variables predicted infection intensity, whereas environment and genetics predicted infection prevalence, and genetic diversity alone predicted mortality. At one locality with geothermally elevated water temperatures, migration estimates revealed source-sink dynamics that have likely prevented local adaptation. We conclude that integrating genetic and environmental variation among populations provides a better understanding of Bd spatial epidemiology, generating more effective conservation management strategies for mitigating amphibian declines.

Indicadores de sustentabilidade para conservação genética de Erythrina velutina Willd., em área de mata ciliar

One of the greatest challenges for the agricultural system is to establish agricultural production combined with the conservation of genetic resources, mainly aiming to protect the Permanent Preservation Areas. In this context, mulungu ( Erythrina velutina Willd), among other native species, has been suffering with anthropogenic pressures in various ecosystems, causing reductions in its genetic basis. This work aims to identify ecological and genetic population parameters as indicators of sustainability in two natural populations of mulungu, located in riparian forest, in the state of Sergipe, and to assess the tendency to their sustainability, aiming genetic conservation of the species. The matrix of Pressure-State-Impact/Effect-Response (PEI/ER) was used with the selection of 13 indicators, from the use of RAPDmolecular markers and biochemical (enzymes) markers in populations, in order to present them as relevant information to measure progress as for sustainability and conservation ofmulungu. The studied populations presented low tendency to sustainability, requiring strategies to change this status.

New loci of Lychnophora ericoides and transferability to Lychnophora pinaster, endangered medicinal species from Brazil

Lychnophora ericoides and Lychnophora pinaster are species used in popular medicine as analgesic or anti-inflammatory agents to treat contusions, rheumatism, and insect bites. In this study, 21 simple sequence repeat loci of L. ericoides were developed and transferred to L. pinaster. Three populations of L. ericoides and 2 populations of L. pinaster were evaluated; they were collected in the State of Minas Gerais. Population parameters were estimated, and the mean values of observed and expected heterozygosity were 0.297 and 0.408 (L. ericoides) and 0.228 and 0.310 (L. pinaster), respectively. Greater genetic variability was observed within populations than between populations of L. ericoides (62 and 37%) and L. pinaster (97 and 2.8%). These results provide information for genetic conservation and taxonomic studies of these endangered species.

Geoffroy's side-necked turtle [Phrynops geoffroanus (Schweigger, 1812), Testudines: Chelidae] as a model for evolutionary ecotoxicology: relationship between environmental contamination, conditions and genetic variability

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)