Comparing clustering solutions: the use of adjusted paired indices

In the present paper we compare clustering solutions using indices of paired agreement. We propose a new method - IADJUST - to correct indices of paired agreement, excluding agreement by chance. This new method overcomes previous limitations known in the literature as it permits the correction of any index. We illustrate its use in external clustering validation, to measure the accordance between clusters and an a priori known structure. The adjusted indices are intended to provide a realistic measure of clustering performance that excludes agreement by chance with ground truth. We use simulated data sets, under a range of scenarios - considering diverse numbers of clusters, clusters overlaps and balances - to discuss the pertinence and the precision of our proposal. Precision is established based on comparisons with the analytical approach for correction specific indices that can be corrected in this way are used for this purpose. The pertinence of the proposed correction is discussed when making a detailed comparison between the performance of two classical clustering approaches, namely Expectation-Maximization (EM) and K-Means (KM) algorithms. Eight indices of paired agreement are studied and new corrected indices are obtained.

Optimização e Validação da Produção de [13n]-Nh3 para Estudos Clínicos de Tomografia por Emissão de Positrões na Avaliação da Perfusão Miocárdica

A par das patologias oncológicas, as doenças do foro cardíaco, em particular a doença arterial coronária, são uma das principais causas de morte nos países industrializados, devido sobretudo, à grande incidência de enfartes do miocárdio. Uma das formas de diagnóstico e avaliação desta condição passa pela obtenção de imagens de perfusão miocárdica com radionuclídeos, realizada por Tomografia por Emissão de Positrões (PET). As soluções injectáveis de [15O]-H2O, [82Rb] e [13N]-NH3 são as mais utilizadas neste tipo de exame clínico. No Instituto de Ciências Nucleares Aplicadas à Saúde (ICNAS), a existência de um ciclotrão tem permitido a produção de uma variedade de radiofármacos, com aplicações em neurologia, oncologia e cardiologia. Recentemente, surgiu a oportunidade de iniciar exames clínicos com [13N]-NH3 para avaliação da perfusão miocárdica. É neste âmbito que surge a oportunidade do presente trabalho, pois antes da sua utilização clínica é necessário realizar a optimização da produção e a validação de todo o processo segundo as normas de Boas Práticas Radiofarmacêuticas. Após uma fase de optimização do processo, procedeu-se à avaliação dos parâmetros físico-químicos e biológicos da preparação de [13N]-NH3, de acordo com as indicações da Farmacopeia Europeia (Ph. Eur.) 8.2. De acordo com as normas farmacêuticas, foram realizados 3 lotes de produção consecutivos para validação da produção de [13N]-NH3. Os resultados mostraram um produto final límpido e ausente de cor, com valores de pH dentro do limite especificado, isto é, entre 4,5 e 8,5. A pureza química das amostras foi verificada, uma vez que relativamente ao teste colorimétrico, a tonalidade da cor da solução de [13N]-NH3 não era mais intensa que a solução de referência. As preparações foram identificadas como sendo [13N]-NH3, através dos resultados obtidos por cromatografia iónica, espectrometria de radiação gama e tempo de semi-vida. Por examinação do cromatograma obtido com a solução a ser testada, observou-se que o pico principal possuia um tempo de retenção aproximadamente igual ao pico do cromatograma obtido para a solução de referência. Além disso, o espectro de radiação gama mostrou um pico de energia 0,511 MeV e um outro adicional de 1,022 MeV para os fotões gama, característico de radionuclídeos emissores de positrões. O tempo de semi-vida manteve-se dentro do intervalo indicado, entre 9 e 11 minutos. Verificou-se, igualmente, a pureza radioquímica das amostras, correspondendo um mínimo de 99% da radioactividade total ao [13N], bem como a pureza radionuclídica, observando-se uma percentagem de impurezas inferiores a 1%, 2h após o fim da síntese. Os testes realizados para verificação da esterilidade e determinação da presença de endotoxinas bacterianas nas preparações de [13N]-NH3 apresentaram-se negativos.Os resultados obtidos contribuem, assim, para a validação do método para a produção de [13N]-NH3, uma vez que cumprem os requisitos especificados nas normas europeias, indicando a obtenção de um produto seguro e com a qualidade necessária para ser administrado em pacientes para avaliação da perfusão cardíaca por PET.

Dynamic and interaction of cytochrome c with Pf1 virus

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em BioOrgânica

Determination of Microcystin-LR in waters in the subnanomolar range by sol–gel imprinted polymers on solid contact electrodes

The present work reports new sensors for the direct determination of Microcystin-LR (MC-LR) in environmental waters. Both selective membrane and solid contact were optimized to ensure suitable analytical features in potentiometric transduction. The sensing layer consisted of Imprinted Sol–Gel (ISG) materials capable of establishing surface interactions with MC-LR. Non-Imprinted Sol–Gel (NISG) membranes were used as negative control. The effects of an ionic lipophilic additive, time of sol–gel polymerization, time of extraction of MC-LR from the sensitive layer, and pH were also studied. The solid contact was made of carbon, aluminium, titanium, copper or nickel/chromium alloys (80 : 20 or 90 : 10). The best ISG sensor had a carbon solid contact and displayed average slopes of 211.3 mV per decade, with detection limits of 7.3 1010 M, corresponding to 0.75 mg L1 . It showed linear responses in the range of 7.7 1010 to 1.9 109 M of MC-LR (corresponding to 0.77–2.00 mg L1 ), thus including the limiting value for MC-LR in waters (1.0 mg L1 ). The potentiometric-selectivity coefficients were assessed by the matched potential method for ionic species regularly found in waters up to their limiting levels. Chloride (Cl) showed limited interference while aluminium (Al3+), ammonium (NH4 + ), magnesium (Mg2+), manganese (Mn2+), sodium (Na+ ), and sulfate (SO4 2) were unable to cause the required potential change. Spiked solutions were tested with the proposed sensor. The relative errors and standard deviation obtained confirmed the accuracy and precision of the method. It also offered the advantages of low cost, portability, easy operation and suitability for adaptation to flow methods.

Investigation on AUTOSAR-Compliant Solutions for Many-Core Architectures

As of today, AUTOSAR is the de facto standard in the automotive industry, providing a common software architec- ture and development process for automotive applications. While this standard is originally written for singlecore operated Elec- tronic Control Units (ECU), new guidelines and recommendations have been added recently to provide support for multicore archi- tectures. This update came as a response to the steady increase of the number and complexity of the software functions embedded in modern vehicles, which call for the computing power of multicore execution environments. In this paper, we enumerate and analyze the design options and the challenges of porting AUTOSAR-based automotive applications onto multicore platforms. In particular, we investigate those options when considering the emerging many- core architectures that provide a more scalable environment than the traditional multicore systems. Such platforms are suitable to enable massive parallel execution, and their design is more suitable for partitioning and isolating the software components.

The effect of water inorganic matrix in ibuprofen adsorption onto activated carbon for water and wastewater treatment

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Química e Bioquímica

Development of new oxygen therapeutics using fluorinated ionic liquids

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau Mestre em Engenharia Biomédica

Revealing fungal activity in the presence of ionic liquids

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemistry

Benefits of membrane electrodes in the electrochemistry of metalloproteins: mediated catalysis of Paracoccus pantotrophus cytochrome c peroxidase by horse cytochrome c: a case study

J Biol Inorg Chem. 2008 Jun;13(5):779-87. doi: 10.1007/s00775-008-0365-8

Application of ionic liquids and enzymes for the removal of proteinaceous layers from polychrome of works of art and evaluation of the cleaning effectiveness

Dissertação Apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Ciências da Conservação, especialização em Pintura

Unusual Solutions for Catheter Placement in Haemodialysis Patients

Background: Although vascular access is essential for adequate haemodialysis delivery, the systematic use of a patient's venous patrimony may eventually lead to exhaustion of suitable sites for placement of a new vascular access. Case Report: We present two cases of such patients. In the first one we inserted a 55cm catheter through the left external iliac vein, and a 40cm translumbar catheter was placed in the second one. Both interventions were performed percutaneously under radiological guidance. Both patients were anticoagulated after the procedure. Conclusion: Unusual sites for haemodialysis catheter placement may be life saving in selected situations and offer safe and viable alternatives for adequate haemodialysis delivery.

Time diversity solutions to cope with lost packets

A dissertation submitted to Departamento de Engenharia Electrotécnica of Faculdade de Ciências e Tecnologia of Universidade Nova de Lisboa in partial fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Engenharia Electrotécnica e de Computadores