Assessment of NDVI, land surface temperature and precipitation anomalies for drought monitoring in Bayankhongor province, Mongolia

During the last decade Mongolia’s region was characterized by a rapid increase of both severity and frequency of drought events, leading to pasture reduction. Drought monitoring and assessment plays an important role in the region’s early warning systems as a way to mitigate the negative impacts in social, economic and environmental sectors. Nowadays it is possible to access information related to the hydrologic cycle through remote sensing, which provides a continuous monitoring of variables over very large areas where the weather stations are sparse. The present thesis aimed to explore the possibility of using NDVI as a potential drought indicator by studying anomaly patterns and correlations with other two climate variables, LST and precipitation. The study covered the growing season (March to September) of a fifteen year period, between 2000 and 2014, for Bayankhongor province in southwest Mongolia. The datasets used were MODIS NDVI, LST and TRMM Precipitation, which processing and analysis was supported by QGIS software and Python programming language. Monthly anomaly correlations between NDVI-LST and NDVI-Precipitation were generated as well as temporal correlations for the growing season for known drought years (2001, 2002 and 2009). The results show that the three variables follow a seasonal pattern expected for a northern hemisphere region, with occurrence of the rainy season in the summer months. The values of both NDVI and precipitation are remarkably low while LST values are high, which is explained by the region’s climate and ecosystems. The NDVI average, generally, reached higher values with high precipitation values and low LST values. The year of 2001 was the driest year of the time-series, while 2003 was the wet year with healthier vegetation. Monthly correlations registered weak results with low significance, with exception of NDVI-LST and NDVI-Precipitation correlations for June, July and August of 2002. The temporal correlations for the growing season also revealed weak results. The overall relationship between the variables anomalies showed weak correlation results with low significance, which suggests that an accurate answer for predicting drought using the relation between NDVI, LST and Precipitation cannot be given. Additional research should take place in order to achieve more conclusive results. However the NDVI anomaly images show that NDVI is a suitable drought index for Bayankhongor province.

Síndromes neuropsiquiátricas pós-estreptocócicas

Nesta revisão narrativa, o nosso objetivo foi descrever as síndromes neuropsiquiátricas pós-estreptocócicas e discuti-las à luz das evidências científicas atuais sobre os possíveis mecanismos patogenéticos envolvidos. Nos últimos anos, uma série de distúrbios do movimento, como tiques, distonia, parkinsonismo, e transtornos psiquiátricos, como o transtorno obsessivo-compulsivo (TOC) e o transtorno de hiperatividade com déficit de atenção (THDA), vem sendo considerada parte do espectro das manifestações pós-estreptocócicas. O termo PANDAS (acrônimo do inglês: pediatric autoimmune neuropsychiatric disorder associated with streptococcus) foi inclusive cunhado para descrever um subgrupo de pacientes com TOC e tiques que exibe flutuação clínica dos sintomas associada a infecção estreptocócica. Entretanto a análise crítica das evidências clinicolaboratoriais não apóia esse espectro ampliado das manifestações pós-estreptocócicas. Apenas na coréia de Sydenham há evidências consistentes de patogênese mediada por processo auto-imune pós-estreptocócico.

Masticatory apparatus in the giant panda and the bears.

v.29:no.4(1944)

Disseny de drivers per a targes de transmissió de senyals

L'objectiu del projecte és poder configurar dues targetes que s'instal∙laran al Sincrotró ALBA. Per a això s'ha desenvolupat un driver per a Linux i una interfície gràfica (GUI). Com a introducció a les targetes, la memòria descriu el Sincrotró, i més específicament el sistema de sincronització (timing) on aquestes s'utilitzaran. També descriu el disseny dels drivers per a Linux2.6 i de la GUI, escrita utilitzant el llenguatge Python amb el framework Qt. Finalment, a la memòria s'exposen els problemes i solucions trobats durant la fase de validació del correcte funcionament de les plaques i dels diferents components del projecte.

Expression analysis of the AtPHO1 gene family in Arabidopsis thaliana and the involvement of AtPHO1 in the regulation of stomatal movements

Résumé Le transfert du phosphate des racines vers les feuilles s'effectue par la voie du xylème. Il a été précédemment démontré que la protéine AtPHO1 était indispensable au transfert du phosphate dans les vaisseaux du xylème des racines chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Le séquençage et l'annotation du génome d'Arabidopsis ont permis d'identifier dix séquences présentant un niveau de similarité significatif avec le gène AtPHO1 et constituant une nouvelle famille de gène appelé la famille de AtPHO1. Basée sur une étude moléculaire et génétique, cette thèse apporte des éléments de réponse pour déterminer le rôle des membres de ia famille de AtPHO1 chez Arabidopsis, inconnue à ce jour. Dans un premier temps, une analyse bioinformatique des séquences protéiques des membres de la famille de AtPHO1 a révélé la présence dans leur région N-terminale d'un domaine nommé SPX. Ce dernier est conservé parmi de nombreuses protéines impliquées dans l'homéostasie du phosphate chez la levure, renforçant ainsi l'hypothèse que les membres de la famille de AtPHO1 auraient comme AtPHO1 un rôle dans l'équilibre du phosphate dans la plante. En parallèle, la localisation tissulaire de l'expression des gènes AtPHO dans Arabidopsis a été identifiée par l'analyse de plantes transgéniques exprimant le gène rapporteur uidA sous le contrôle des promoteurs respectifs des gènes AtPHO. Un profil d'expression de chaque gène AtPHO au cours du développement de la plante a été obtenu. Une expression prédominante au niveau des tissus vasculaires des racines, des feuilles, des tiges et des fleurs a été observée, suggérant que les gènes AtPHO pourraient avoir des fonctions redondantes au niveau du transfert de phosphate dans le cylindre vasculaire de ces différents organes. Toutefois, plusieurs régions promotrices des gènes AtPHO contrôlent également un profil d'expression GUS non-vasculaire, indiquant un rôle putatif des gènes AtPHO dans l'acquisition ou le recyclage de phosphate dans la plante. Dans un deuxième temps, l'analyse de l'expression des gènes AtPHO durant une carence en phosphate a établi que seule l'expression des gènes AtPHO1, AtPHO1; H1 et AtPHO1; H10 est régulée par cette carence. Une étude approfondie de leur expression en réponse à des traitements affectant l'homéostasie du phosphate dans la plante a ensuite démontré leur régulation par différentes voies de signalisation. Ensuite, une analyse détaillée de la régulation de l'expression du gène AtPHO1; H1O dans des feuilles d'Arabidopsis blessées ou déshydratées a révélé que ce gène constitue le premìer gène marqueur d'une nouvelle voie de signalisation induite par l'OPDA, pas par le JA et dépendante de la protéine COI1. Ces résultats démontrent pour la première fois que l'OPDA et le JA peuvent activer différents gènes via des voies de signalisation dépendantes de COI1. Enfin, cette thèse révèle l'identification d'un nouveau rôle de la protéine AtPHO1 dans la régulation de l'action de l'ABA au cours des processus de fermeture stomatique et de germination des graines chez Arabidopsis. Bien que les fonctions exactes des protéines AtPHO restent à être déterminées, ce travail de thèse suggère leur implication dans la propagation de différents signaux dans la plante via la modulation du potentiel membranaire et/ou l'affectation de la composition en ions des cellules comme le font de nombreux transporteurs ou régulateur du transport d'ions. Summary Phosphate is transferred from the roots to the shoot via the xylem. The requirement for AtPHO1 protein to transfer phosphate to the xylem vessels of the root has been previously demonstrated in Arabidopsis thaliana. The sequencing and the annotation of the Arabidopsis genome had allowed the identification of ten sequences that show a significant level of similarity with the AtPHO1 gene. These 10 genes, of unknown functions, constitute a new gene family called the AtPHO1 gene family. Based on a molecular and genetics study, this thesis reveals some information needed to understand the role of the AtPHO1 family members in the plant Arabidopsis. First, a bioinformatics study revealed that the AtPHO sequences contained, in the N-terminal hydrophilic region, a motif called SPX and conserved among multiple proteins involved in phosphate homeostasis in yeast. This finding reinforces the hypothesis that all AtPHO1 family members have, as AtPHO1, a role in phosphate homeostasis. In parallel, we identified the pattern of expression of AtPHO genes in Arabidopsis via analysis of transgenic plants expressing the uidA reporter gene under the control of respective AtPHO promoter regions. The results exhibit a predominant expression of AtPHO genes in vascular tissues of all organs of the plant, implying that these AtPHO genes could have redundant functions in the transfer of phosphate to the vascular cylinder of various organs. The GUS expression pattern for several AtPHO promoter regions was also detected in non-vascular tissue indicating a broad role of AtPHO genes in the acquisition or in the recycling of phosphate in the plant. In a second step, the analysis of the expression of AtPHO genes during phosphate starvation established that only the expression of the AtPHO1, AtPHO1; H1 and AtPHO1; H10 genes were regulated by Pi starvation. Interestingly, different signalling pathways appeared to regulate these three genes during various treatments affecting Pi homeostasis in the plant. The third chapter presents a detailed analysis of the signalling pathways regulating the expression of the AtPHO1; H10 gene in Arabidopsis leaves during wound and dehydrated stresses. Surprisingly, the expression of AtPHO1; H10 was found to be regulated by OPDA (the precursor of JA) but not by JA itself and via the COI1 protein (the central regulator of the JA signalling pathway). These results demonstrated for the first time that OPDA and JA could activate distinct genes via COI1-dependent pathways. Finally, this thesis presents the identification of a novel role of the AtPHO1 protein in the regulation of ABA action in Arabidopsis guard cells and during seed germination. Although the exact role and function of AtPHO1 still need to be determined, these last findings suggest that AtPHO1 and by extension other AtPHO proteins could mediate the propagation of various signals in the plant by modulating the membrane potential and/or by affecting cellular ion composition, as it is the case for many ion transporters or regulators of ion transport.

Dynamics of phonological-phonetic encoding in word production: Evidence from diverging ERPs between stroke patients and controls.

While the dynamics of lexical-semantic and lexical-phonological encoding in word production have been investigated in several event-related potential (ERP) studies, the estimated time course of phonological-phonetic encoding is the result of rather indirect evidence. We investigated the dynamics of phonological-phonetic encoding combining ERP analyses covering the entire encoding process in picture naming and word reading tasks by comparing ERP modulations in eight brain-damaged speakers presenting impaired phonological-phonetic encoding relative to 16 healthy controls. ERPs diverged between groups in terms of local waveform amplitude and global topography at ∼400ms after stimulus onset in the picture naming task and at ∼320-350ms in word reading and sustained until 100ms before articulation onset. These divergences appeared in later time windows than those found in patients with underlying lexical-semantic and lexical-phonological impairment in previous studies, providing evidence that phonological-phonetic encoding is engaged around 400ms in picture naming and around 330ms in word reading.

La dynamique protestataire du Mouvement du 20 février à Casablanca

Au-delà du discours vantant « l'exception marocaine », un large mouvement de protestation s'est développé dès le mois de février 2011 dans l'ensemble du pays. Loin d'être le produit d'un effet domino, le Mouvement du 20 février est notamment tributaire d'un processus d'attribution de similarité, de la réactivation de relais organisationnels et de réseaux plus ou moins dormants. Une large coalition s'est constituée au sein d'un champ d'alliance et d'opposition à la jonction entre scène politique instituée et espace protestataire, par-delà les clivages entre réseaux de gauche et islamistes. Dans un jeu d'échelles entre le local, le national, le régional et l'international, un faisceau d'actions, d'interactions et d'événements a contribué autant à l'enracinement de la coalition qu'à sa désagrégation.

Prevalence of victims of violence admitted to an emergency department.

OBJECTIVE: To collect data on the consultation frequency and demographic profile of victims of violence attending an emergency department (ED) in Switzerland. METHODS: We undertook screening of all admitted adult patients (>16 years) in the ED of the CHUV, Lausanne, Switzerland, over a 1 month period, using a modified version of the Partner Violence Screen questionnaire. Exclusionary criteria were: life threatening injury (National Advisory Committee on Aeronautics score > or =4), or inability to understand or speak French, to give oral informed consent, or to be questioned without a family member or accompanying person being present. Data were collected on history of physical and/or psychological violence during the previous 12 months, the type of violence experienced by the patient, and if violence was the reason for the current consultation. Sociodemographic data were obtained from the registration documents. RESULTS: The final sample consisted of 1602 patients (participation rate of 77.2%), with a refusal rate of 1.1%. Violence during the past 12 months was reported by 11.4% of patients. Of the total sample, 25% stated that violence was the reason for the current consultation; of these, 95% of patients were confirmed as victims of violence by the ED physicians. Patients reporting violence were more likely to be young and separated from their partner. Men were more likely to be victims of public violence and women more commonly victims of domestic violence. CONCLUSIONS: Based on this monthly prevalence rate, we estimate that over 3000 adults affected by violence consult our ED per annum. This underlines the importance of the problem and the need to address it. Health services organisations should establish measures to improve quality of care for victims. Guidelines and educational programmes for nurses and physicians should be developed in order to enhance providers' skills and basic knowledge of all types of violence, how to recognise and interact appropriately with victims, and where to refer these patients for follow up care in their local networks.

SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.

Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.

Violences Domestiques : Prise en Charge et Prévention

Longtemps cachée, déniée, considérée comme honteuse par ses victimes, la violence domestique n'en est pas moins une réalité concrète qui tue, dans notre pays, une femme toutes les deux semaines et qui coûte des millions de francs par an à la société civile. Dès lors, ce type de violence ne peut plus être considéré comme relevant uniquement de la sphère privée. L'isolement des victimes, dû à l'incompréhension du phénomène, aux préjugés, à la peur et à l'ignorance de structures d'aides, n'est plus admissible. La violence domestique est un cas complexe et aucune discipline ne peut, à elle seule, y faire face. Les solutions sont donc l'affaire de tous. C'est pourquoi des professionnels romands créent le programme «C'est assez», au début des années 2000. S'ensuit un long cheminement pour mettre en lumière la problématique de la violence domestique et construire un réseau de soins, de prise en charge et de prévention cohérent, soutenu tant par le travail d'infirmiers, de travailleurs sociaux, de policiers, de médecins et de psychologues que de juges et de politiciens. Cet ouvrage parle de succès, d'échecs, d'espoirs, et il cherche avant tout à rendre sensible chaque citoyen à ce qui devrait être une évidence: prévenir la violence domestique et en faire une affaire de santé publique.

OpenERP Fiscalfàcil

Aquest treball de final de carrera està inclòs dins la branca Plataforma GNU/Linux. La voluntat és demostrar que el programari lliure està a l'alçada del programari propietari també en el vessant empresarial. OpenERP és un programa modern de gestió empresarial, sota llicència AGPL, que inclou CRM, HR, vendes, comptabilitat, producció, inventari, gestió de projectes,... És una solució integral de l'empresa gràcies a la flexibilitat i quantitat de mòduls publicats, permetent adaptar-los o modificar-los en cas de necessitat. Està escrit en Python i basat en OpenObject. Té com a característiques principals que és escalable, modulable i intuïtiu. L'objectiu del treball és crear i adaptar OpenERP a un cas concret: la gestoria Fiscalfàcil. Aprofitant tot el potencial d'aquest programa i estudiant les necessitats d'aquesta empresa, crearem un LiveCD amb un OpenERP amb tots els mòduls instal·lats i configurats perquè estigui a punt per treballar.

The connectome mapper: an open-source processing pipeline to map connectomes with MRI.

Researchers working in the field of global connectivity analysis using diffusion magnetic resonance imaging (MRI) can count on a wide selection of software packages for processing their data, with methods ranging from the reconstruction of the local intra-voxel axonal structure to the estimation of the trajectories of the underlying fibre tracts. However, each package is generally task-specific and uses its own conventions and file formats. In this article we present the Connectome Mapper, a software pipeline aimed at helping researchers through the tedious process of organising, processing and analysing diffusion MRI data to perform global brain connectivity analyses. Our pipeline is written in Python and is freely available as open-source at www.cmtk.org.

AUVReport : Software de control y generación de informes para Vehículos Autónoos Submarinos

Desarrollo de software para el control de calidad y la generación automatizada de informes técnicos sobre ficheros de estado generados por AUV (vehículos autónomos submarinos).

Modelat d'edificis basats en extrusions procedurals per a skylineEngine

Actualment ens trobem en un món on tot gira al voltant de les noves tecnologies, i un pilar fonamental és l'oci i l'entreteniment. Això engloba principalment les indústries del cinema, videojocs i realitat virtual. Un dels problemes que tenen aquestes indústries és com crear l'escenari on es produeix la història. L'objectiu d'aquest projecte de final de carrera és crear una eina integrada al skylineEngine, que serveixi per crear edificis de manera procedural, on l'usuari pugui definir l'estètica d'aquest edifici, introduint la seva planta i els perfils adequats. El que s'implementarà serà una eina de modelatge per a dissenyadors, que a partir d'una planta i perfils pugui crear l'edifici.Aquest projecte es desenvoluparà a sobre del mòdul de generació d'edificis del skylineEngine, una eina pel modelatge de ciutats que s'executa sobre el Houdini 3D, que és una plataforma genèrica pel modelatge procedural d'objectes.El desenvolupament d'aquest projecte implica:• Estudi de la plataforma de desenvolupament Houdini 3D i de les llibreries necessàries per la incorporació de scripts Python. Estudi de les EEDD internes de Houdini.• Aprendre i manejar el llenguatge de programació Python.• Estudi del codi de l'article Interactive Architectural Modeling with Procedural Extrusions, per en Tom Kelly i en Peter Wonka, publicat a la revista ACM Transactions on Graphics (2011).• Desenvolupament d'algorismes de conversió de geometria d'una estructura tipus face-vertex a una de tipus half-edge, i viceversa.• Modificació del codi Java per acceptar crides sense interfície d'usuari i amb estructures de dades generades des de Python.• Aprendre el funcionament de la llibreria JPype per permetre enllaçar el Java dins el Python.• Estudi del skylineEngine i de les llibreries per la creació d'edificis.• Integració del resultat dintre del skylineEngine.• Verificació i ajust de les regles i paràmetres de la simulació per a diferents edificis