Addressing trypsin bias in large scale (phospho)proteome analysis by size exclusion chromatography and secondary digestion of large post-trypsin peptides.

In the vast majority of bottom-up proteomics studies, protein digestion is performed using only mammalian trypsin. Although it is clearly the best enzyme available, the sole use of trypsin rarely leads to complete sequence coverage, even for abundant proteins. It is commonly assumed that this is because many tryptic peptides are either too short or too long to be identified by RPLC-MS/MS. We show through in silico analysis that 20-30% of the total sequence of three proteomes (Schizosaccharomyces pombe, Saccharomyces cerevisiae, and Homo sapiens) is expected to be covered by Large post-Trypsin Peptides (LpTPs) with M(r) above 3000 Da. We then established size exclusion chromatography to fractionate complex yeast tryptic digests into pools of peptides based on size. We found that secondary digestion of LpTPs followed by LC-MS/MS analysis leads to a significant increase in identified proteins and a 32-50% relative increase in average sequence coverage compared to trypsin digestion alone. Application of the developed strategy to analyze the phosphoproteomes of S. pombe and of a human cell line identified a significant fraction of novel phosphosites. Overall our data indicate that specific targeting of LpTPs can complement standard bottom-up workflows to reveal a largely neglected portion of the proteome.

Jevons et Walras : entre philosophie morale et économie sociale, un jalon dans la compréhension de la décision publique

This PhD dissertation deals with the question of evaluating social welfare and public policy making through the works of William Stanley Jevons (1835-1882) and Léon Walras (1834-1910), two economists who lived in the 19th century. These authors, well-known for their analyses on pure economics, were also deeply interested in the social problems of their time and proposed solutions to remedy them. In accordance with utilitarianism, Jevons was convinced that the reforms implemented by public authorities should improve social welfare (viewed as dependant on individual utilities). As for Walras, he defined a justice criterion based on a particular definition of natural law, and the reforms he proposed had the objective of restoring the rights following from this definition. We have drawn two principal conclusions from our work. First, the analyses of Jevons and Walras, who are often considered marginalise, are different not only in pure economics (as suggested by Jaffé in the seventies), but also from the point of view of welfare economics (defined as a science dealing with the evaluation of different social states). Secondly, these authors propose two different ways of justifying social reforms which have similarities with modern theory even though neither Jevons nor Walras are considered pioneers of welfare economics or public economics. Based on these two conclusions, we claim that studying these authors' theories might be of interest for the evaluation of public projects by the economists of today. Not only were their problems similar to ours, but also the original ideas present in their analyses may lead to the refinement of modern methods.Résumé en françaisCette these de doctorat porte sur les manières dont deux économistes du XIXe siècle, William Stanley Jevons (1835-1882) et Léon Walras (1834-1910), abordent la question du bien- etre collectif et la prise de décision publique. Connus principalement pour leurs travaux en économie pure, ces auteurs s'intéressent également à la question sociale et proposent des solutions pour y remédier. Jevons, conformément à son adhésion à la tradition utilitariste, estime que les interventions des autorités publiques doivent avoir pour objectif l'amélioration du bien- être collectif. Quant à Walras, il adopte un critère de justice qui relève du « droit naturel » et les propositions sociales qu'il préconise sont justifiées sur la base de leur conformité avec ce dernier. A l'issue du travail effectué dans le cadre de cette thèse, nous avons abouti à deux résultats principaux : (1) Les analyses de Jevons et Walras, deux économistes qui sont souvent considérés comme des « marginalistes » diffèrent fondamentalement non seulement dans leur analyse de l'économie pure, comme Jaffé le soulignait (1976), mais également en termes d'économie du bien-être (comprise comme une science ayant pour objectif l'évaluation des différents états sociaux). (2) Il existe deux voies originales pour justifier les réformes sociales dans les oeuvres de Jevons et Walras qui partagent des similarités importantes avec les théories modernes bien que ces auteurs ne fassent pas partie des jalons généralement retenus de l'histoire de l'économie du bien-être et de l'économie publique. Ces deux résultats nous conduisent à avancer que l'étude des approches de Jevons et de Walras peut contribuer à la formulation de nouvelles solutions à des problèmes rencontrés dans l'évaluation des différentes politiques publiques, car non seulement les préoccupations de ces auteurs était similaires aux nôtres, mais vu les éléments originaux que leurs propositions comportent, elles peuvent permettre de nuancer certaines aspects des méthodes modernes.