Model-based clustering in gene expression microarrays: An application to breast cancer data

In microarray studies, the application of clustering techniques is often used to derive meaningful insights into the data. In the past, hierarchical methods have been the primary clustering tool employed to perform this task. The hierarchical algorithms have been mainly applied heuristically to these cluster analysis problems. Further, a major limitation of these methods is their inability to determine the number of clusters. Thus there is a need for a model-based approach to these. clustering problems. To this end, McLachlan et al. [7] developed a mixture model-based algorithm (EMMIX-GENE) for the clustering of tissue samples. To further investigate the EMMIX-GENE procedure as a model-based -approach, we present a case study involving the application of EMMIX-GENE to the breast cancer data as studied recently in van 't Veer et al. [10]. Our analysis considers the problem of clustering the tissue samples on the basis of the genes which is a non-standard problem because the number of genes greatly exceed the number of tissue samples. We demonstrate how EMMIX-GENE can be useful in reducing the initial set of genes down to a more computationally manageable size. The results from this analysis also emphasise the difficulty associated with the task of separating two tissue groups on the basis of a particular subset of genes. These results also shed light on why supervised methods have such a high misallocation error rate for the breast cancer data.

A modified Weibull distribution

A new lifetime distribution capable of modeling a bathtub-shaped hazard-rate function is proposed. The proposed model is derived as a limiting case of the Beta Integrated Model and has both the Weibull distribution and Type I extreme value distribution as special cases. The model can be considered as another useful 3-parameter generalization of the Weibull distribution. An advantage of the model is that the model parameters can be estimated easily based on a Weibull probability paper (WPP) plot that serves as a tool for model identification. Model characterization based on the WPP plot is studied. A numerical example is provided and comparison with another Weibull extension, the exponentiated Weibull, is also discussed. The proposed model compares well with other competing models to fit data that exhibits a bathtub-shaped hazard-rate function.

Tool support for testing concurrent Java components

Concurrent programs are hard to test due to the inherent nondeterminism. This paper presents a method and tool support for testing concurrent Java components. Too[ support is offered through ConAn (Concurrency Analyser), a too] for generating drivers for unit testing Java classes that are used in a multithreaded context. To obtain adequate controllability over the interactions between Java threads, the generated driver contains threads that are synchronized by a clock. The driver automatically executes the calls in the test sequence in the prescribed order and compares the outputs against the expected outputs specified in the test sequence. The method and tool are illustrated in detail on an asymmetric producer-consumer monitor. Their application to testing over 20 concurrent components, a number of which are sourced from industry and were found to contain faults, is presented and discussed.

Document retrieval for e-mail search and discovery using Formal Concept Analysis

This paper discusses a document discovery tool based on Conceptual Clustering by Formal Concept Analysis. The program allows users to navigate e-mail using a visual lattice metaphor rather than a tree. It implements a virtual. le structure over e-mail where files and entire directories can appear in multiple positions. The content and shape of the lattice formed by the conceptual ontology can assist in e-mail discovery. The system described provides more flexibility in retrieving stored e-mails than what is normally available in e-mail clients. The paper discusses how conceptual ontologies can leverage traditional document retrieval systems and aid knowledge discovery in document collections.

Digitally-implemented naturally sampled PWM suitable for multilevel converter control

For dynamic closed loop control of a multilevel converter with a low pulse number (ratio of switching frequency to synthesized fundamental), natural sampled pulse-width modulation (PWM) is the best form of modulation. Natural sampling does not introduce distortion or a delayed response to the modulating signal. However previous natural sampled PWM implementations have generally been analog. For a modular multilevel converter, a digital implementation has advantages of accuracy and flexibility. Re-sampled uniform PWM is a novel digital modulation technique which approaches the performance of natural PWM. Both hardware and software implementations for a five level multilevel converter phase are presented, demonstrating the improvement over uniform PWM.

Rates of electronic energy transfer in conformationally flexible bichromophoric macrocyclic complexes: a combined experimental and molecular modeling study

Electronic energy transfer (EET) rate constants between a naphthalene donor and anthracene acceptor in [ZnL4a](ClO4)(2) and [ZnL4b](ClO4)(2) were determined by time-resolved fluorescence where L-4a and L-4b are the trans and cis isomers of 6-((anthracen-9-yl-methyl)amino)-6,13-dimethyl-13-((naphthalen-1-yl-methyl)amino)-1,4,8,11-tetraazacyclotetradecane, respectively. These isomers differ in the relative disposition of the appended chromophores with respect to the macrocyclic plane. The trans isomer has an energy transfer rate constant (k(EET)) of 8.7 x 10(8) s(-1), whereas that of the cis isomer is significantly faster (2.3 x 10(9) s(-1)). Molecular modeling was used to determine the likely distribution of conformations in CH3CN solution for these complexes in an attempt to identify any distance or orientation dependency that may account for the differing rate constants observed. The calculated conformational distributions together with analysis by H-1 NMR for the [ZnL4a](2+) trans complex in the common trans-III N-based isomer gave a calculated Forster rate constant close to that observed experimentally. For the [ZnL4b](2+) cis complex, the experimentally determined rate constant may be attributed to a combination of trans-Ill and trans-I N-based isomeric forms of the complex in solution.

Portal do software p??blico brasileiro

O Portal do Software P??blico Brasileiro consolida-se como uma iniciativa que conseguiu criar um ambiente comum para compartilhar solu????es de software no setor p??blico, racionalizar a gest??o dos recursos de inform??tica, reaproveitar as solu????es de software existentes para diminuir custos e atividades redundantes, estabelecer parcerias e a????es cooperadas, refor??ar a pol??tica p??blica de estimular o uso de software livre e definir uma forma de licenciamento de software que sustente o compartilhamento de solu????es entre os ??rg??os do setor p??blico de acordo com as prerrogativas legais brasileiras e a Constitui????o Federal. Esta iniciativa trouxe como inova????o o compartilhamento de ???software p??blico???, que oficializou um novo modelo de licenciamento e de gest??o das solu????es desenvolvidas na administra????o p??blica, estabelecendo parceria entre diversos ??rg??os, institui????es, empresas e cidad??os, e hoje conta com mais de 100 mil participantes

Sorte? Lógica? Modelos de significação e a noção de acaso de adultos alunos do Proeja

Esta tese se propôs investigar a lógica inferencial das ações e suas significações em situações que mobilizam as noções de composição probabilística e acaso, bem como o papel dos modelos de significação no funcionamento cognitivo de adultos. Participaram 12 estudantes adultos jovens da classe popular, voluntários, de ambos os sexos, de um curso técnico integrado ao Ensino Médio da Educação de Jovens e Adultos. Foram realizados três encontros, individualmente, com registro em áudio e planilha eletrônica, utilizando-se dois jogos, o Likid Gaz e o Lucky Cassino, do software Missão Cognição (Haddad-Zubel, Pinkas & Pécaut, 2006), e o jogo Soma dos Dados (Silva, Rossetti & Cristo, 2012). Os procedimentos da tarefa foram adaptados de Silva e Frezza (2011): 1) apresentação do jogo; 2) execução do jogo; 3) entrevista semiestruturada; 4) aplicação de três situações-problema com intervenção segundo o Método Clínico; 5) nova partida do jogo; e 6) realização de outras duas situações-problema sem intervenção do Método Clínico. Elaboraram-se níveis de análise heurística, compreensão dos jogos e modelos de significação a partir da identificação de particularidades de procedimentos e significações nos jogos. O primeiro estudo examinou as implicações dos modelos de significação e representações prévias no pensamento do adulto, considerando que o sujeito organiza suas representações ou esquemas prévios relativos a um objeto na forma de modelos de significação em função do grau de complexidade e novidade da tarefa e de sua estrutura lógico matemática, que evoluem por meio do processo de equilibração; para o que precisa da demanda a significar esse aspecto da 13 realidade. O segundo estudo investigou a noção de combinação deduzível evidenciada no jogo Likid Gaz, identificando o papel dos modelos de significação na escolha dos procedimentos, implicando na rejeição de condutas de sistematização ou enumeração. Houve predominância dos níveis iniciais de análise heurística do jogo. O terceiro estudo examinou a noção de probabilidade observada no jogo Lucky Cassino, no qual a maioria dos participantes teve um nível de compreensão do jogo intermediário, com maior diversidade de modelos de significação em relação aos outros jogos, embora com predominância dos mais elementares. A síntese das noções de combinação, probabilidade e acaso foi explorada no quarto estudo pelo jogo Soma dos Dados (Silva, Rossetti & Cristo, 2012), identificando-se que uma limitação para adequada compreensão das ligações imbricadas nessas noções é a implicação significante – se aleatório A, então indeterminado D (notação A  D), com construção de pseudonecessidades e pseudo-obrigações ou mesmo necessidades locais, generalizadas inapropriadamente. A resistência ou obstáculos do objeto deveria provocar perturbações, mas a estrutura cognitiva, o ambiente social e os modelos culturais, e a afetividade podem interferir nesse processo.

Uso do software Estradas para determinação do espaçamento entre desaguadouros em estradas não pavimentadas do interior de Goiás

Estradas não pavimentadas correspondem a aproximadamente 90% da malha rodoviária brasileira. Estas, na maioria das vezes, são construídas sem a realização de estudos prévios, estando sujeitas a vários tipos de problemas. Um dos principais fatores de deterioração dessas vias é a ineficiência do sistema de drenagem. Neste trabalho simulou-se o espaçamento entre desaguadouros em estradas não pavimentadas, utilizando-se um software desenvolvido com base num modelo matemático de dimensionamento de sistemas de drenagem em estradas não pavimentadas. Utilizaram-se valores de erodibilidade, tensão crítica de cisalhamento e massa específica para diferentes solos de estradas, localizadas no Estado de Goiás. Simularam-se cenários considerando alterações na declividade (1, 5, 10 e 15%) e na seção transversal do canal com relações entre altura e largura de 1:1, 1:2, 1:5 e 1:10. O modelo respondeu sensivelmente às alterações na declividade, na seção transversal do canal e nas de resistência do solo. Os espaçamentos obtidos indicaram que, estradas com declividades inferiores a 5%, mesmo com elevados valores de erodibilidade permitiram espaçamentos viáveis em aspectos construtivos. No entanto, para as declividades de 10 e 15%, os espaçamentos, na maioria dos casos, apresentaram dimensões reduzidas, tornando-se impraticáveis, sendo necessário, nestes casos, proteção do canal ou alteração de suas características hidráulicas.

GUIsurfer: A Reverse Engineering Framework for User Interface Software

GUIsurfer: A Reverse Engineering Framework for User Interface Software

Architectural prototyping: from CCS to .Net

Over the last decade, software architecture emerged as a critical issue in Software Engineering. This encompassed a shift from traditional programming towards software development based on the deployment and assembly of independent components. The specification of both the overall systems structure and the interaction patterns between their components became a major concern for the working developer. Although a number of formalisms to express behaviour and to supply the indispensable calculational power to reason about designs, are available, the task of deriving architectural designs on top of popular component platforms has remained largely informal. This paper introduces a systematic approach to derive, from CCS behavioural specifications the corresponding architectural skeletons in the Microsoft .Net framework, in the form of executable C and Cω code. The prototyping process is fully supported by a specific tool developed in Haskell

Discovering coordination patterns

A large and growing amount of software systems rely on non-trivial coordination logic for making use of third party services or components. Therefore, it is of outmost importance to understand and capture rigorously this continuously growing layer of coordination as this will make easier not only the veri cation of such systems with respect to their original speci cations, but also maintenance, further development, testing, deployment and integration. This paper introduces a method based on several program analysis techniques (namely, dependence graphs, program slicing, and graph pattern analysis) to extract coordination logic from legacy systems source code. This process is driven by a series of pre-de ned coordination patterns and captured by a special purpose graph structure from which coordination speci cations can be generated in a number of di erent formalisms