Characterization of the alpha-haemolysin determinant from the human enteropathogenic Escherichia coli O26 plasmid pEO5

The 157-kb conjugative plasmid pEO5 encoding alpha-haemolysin in strains of human enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) O26 was investigated for its relationship with EHEC-haemolysin-encoding plasmids of enterohaemorrhagic E. coli (EHEC) O26 and O157 strains. Plasmid pEO5 was found to be compatible with EHEC-virulence plasmids and did not hybridize in Southern blots with plasmid pO157 from the EHEC O157:H7 strain EDL933, indicating that both plasmids were unrelated. A 9227-bp stretch of pEO5 DNA encompassing the entire alpha-hlyCABD operon was sequenced and compared for similarity to plasmid and chromosomally inherited alpha-hly determinants. The alpha-hly determinant of pEO5 (7252 bp) and its upstream region was most similar to corresponding sequences of the murine E. coli alpha-hly plasmid pHly152, in particular, the structural alpha-hlyCABD genes (99.2% identity) and the regulatory hlyR regions (98.8% identity). pEO5 and alpha-hly plasmids of EPEC O26 strains from humans and cattle were very similar for the regions encompassing the structural alpha-hlyCABD genes. The major difference found between the hly regions of pHly152 and pEO5 is caused by the insertion of an IS2 element upstream of the hlyC gene in pHly152. The presence of transposon-like structures at both ends of the alpha-hly sequence indicates that this pEO5 virulence factor was probably acquired by horizontal gene transfer.

SpdR, a Response Regulator Required for Stationary-Phase Induction of Caulobacter crescentus cspD

The cold shock protein (CSP) family includes small polypeptides that are induced upon temperature downshift and stationary phase. The genome of the alphaproteobacterium Caulobacter crescentus encodes four CSPs, with two being induced by cold shock and two at the onset of stationary phase. In order to identify the environmental signals and cell factors that are involved in cspD expression at stationary phase, we have analyzed cspD transcription during growth under several nutrient conditions. The results showed that expression of cspD was affected by the medium composition and was inversely proportional to the growth rate. The maximum levels of expression were decreased in a spoT mutant, indicating that ppGpp may be involved in the signalization for carbon starvation induction of cspD. A Tn5 mutant library was screened for mutants with reduced cspD expression, and 10 clones that showed at least a 50% reduction in expression were identified. Among these, a strain with a transposon insertion into a response regulator of a two-component system showed no induction of cspD at stationary phase. This protein (SpdR) was able to acquire a phosphate group from its cognate histidine kinase, and gel mobility shift assay and DNase I footprinting experiments showed that it binds to an inverted repeat sequence of the cspD regulatory region. A mutated SpdR with a substitution of the conserved aspartyl residue that is the probable phosphorylation site is unable to bind to the cspD regulatory region and to complement the spdR mutant phenotype.

Identification of an Operon, Pil-Chp, That Controls Twitching Motility and Virulence in Xylella fastidiosa

Xylella fastidiosa is an important phytopathogenic bacterium that causes many serious plant diseases, including Pierce`s disease of grapevines. Disease manifestation by X. fastidiosa is associated with the expression of several factors, including the type IV pili that are required for twitching motility. We provide evidence that an operon, named Pil-Chp, with genes homologous to those found in chemotaxis systems, regulates twitching motility. Transposon insertion into the pilL gene of the operon resulted in loss of twitching motility (pilL is homologous to cheA genes encoding kinases). The X. fastidiosa mutant maintained the type IV pili, indicating that the disrupted pilL or downstream operon genes are involved in pili function, and not biogenesis. The mutated X. fastidiosa produced less biofilm than wild-type cells, indicating that the operon contributes to biofilm formation. Finally, in planta the mutant produced delayed and less severe disease, indicating that the Pil-Chp operon contributes to the virulence of X. fastidiosa, presumably through its role in twitching motility.

Undervisningsmiljöer för IKT : En fallstudie av en specifik undervisningsmiljö för utbildning i informations och kommunikationsteknologi på gymnasienivå

Vi, två gymnasielärare, skriver denna fallstudie i syfte att klargöra hur vi tänkt, hur vi förändrat studiemiljön och studiesättet på ett datortekniskt program under åren 2005 till 2008. Vår ursprungliga tanke var att förbättra elevernas möjlighet att studera datortekniska ämnen. Dessa är ofta svåra att studera därför att man i normala fall inte alltid kan överblicka den kunskap man som elev behöver för att gå vidare. Vi har arbetat med mycket integration mellan olika tekniska ämnen och en stor frihet för eleverna att själva styra sitt sätt att arbeta. Vi har också ändrat den fysiska arbetsmiljön för eleverna på så sätt att de arbetar i en öppen kontorsliknande miljö med arbetsplatserna ställda i grupper. Eleverna har haft stor möjlighet att byta samarbetspartners och grupperingar. De har kunnat flytta runt på ett ganska fritt sätt. Även raster och pauser har hanterats på ett liknande fritt sätt. Vi har använt oss av andra pedagogers olika tankar och försökt att få en fungerande strategi för IKT-undervisning på elevernas egna villkor. Det klassrum som använts har i grunden förändrats för att erbjuda en så öppen och flexibel studiemiljö som möjligt. Ett urval frivilliga elever har därefter samarbetat i intervjuform för att hjälpa oss i vår utvärdering.

A Broad-spectrum mer Operon in a Multi-drug Resistant Strain of the Fish Pathogen, Aeromonas salmonicida.

Aeromonas salmonicida AS03, a potential fish pathogen, was isolated from Atlantic salmon, Salmo salar, in 2003. This strain was found to be resistant to ≥1000 mM HgCl2 and ≥32 mM phenylmercuric acetate as well as multiple antimicrobials. Mercury (Hg) and antibiotic resistance genes are often located on the same mobile genetic elements, so the genetic determinants of both resistances and the possibility of horizontal gene transfer were examined. Specific PCR primers were used to amplify and sequence distinctive regions of the mer operon. A. salmonicida AS03 was found to have a pDU1358-like broad-spectrum mer operon, containing merB as well as merA, merD, merP, merR and merT, most similar to Klebsiella pneumonaie plasmid pRMH760. To our knowledge, the mer operon has never before been documented in Aeromonas spp. PCR and gene sequencing were used to identify class 1 integron associated antibiotic resistance determinants and the Tet A tetracycline resistance gene. The transposase and resolvase genes of Tn1696 were identified through PCR and sequencing with Tn21 specific PCR primers. We provide phenotypic and genotypic evidence that the mer operon, the aforementioned antibiotic resistances, and the Tn1696 transposition module are located on a single plasmid or conjugative transposon that can be transferred to E. coli DH5α through conjugation in the presence of low level Hg and absence of any antibiotic selective pressure. Additionally, the presence of low-level Hg or chloramphenicol in the mating media was found to stimulate conjugation, significantly increasing the transfer frequency of conjugation above the transfer frequency measured with mating media lacking both antibiotics and Hg. This research demonstrates that mercury indirectly selects for the dissemination of the antibiotic resistance genes of A. salmonicida AS03.

A broad-spectrum mer operon in a multi-drug resistant strain of the fish pathogen, Aeromonas salmonicida

Aeromonas salmonicida AS03, a potential fish pathogen, was isolated from Atlantic salmon, Salmo salar, in 2003. This strain was found to be resistant to ≥1000 mM HgCl2 and ≥32 mM phenylmercuric acetate as well as multiple antimicrobials. Mercury (Hg) and antibiotic resistance genes are often located on the same mobile genetic elements, so the genetic determinants of both resistances and the possibility of horizontal gene transfer were examined. Specific PCR primers were used to amplify and sequence distinctive regions of the mer operon. A. salmonicida AS03 was found to have a pDU1358-like broad-spectrum mer operon, containing merB as well as merA, merD, merP, merR and merT, most similar to Klebsiella pneumonaie plasmid pRMH760. To our knowledge, the mer operon has never before been documented in Aeromonas spp. PCR and gene sequencing were used to identify class 1 integron associated antibiotic resistance determinants and the Tet A tetracycline resistance gene. The transposase and resolvase genes of Tn1696 were identified through PCR and sequencing with Tn21 specific PCR primers. We provide phenotypic and genotypic evidence that the mer operon, the aforementioned antibiotic resistances, and the Tn1696 transposition module are located on a single plasmid or conjugative transposon that can be transferred to E. coli DH5α through conjugation in the presence of low level Hg and absence of any antibiotic selective pressure. Additionally, the presence of low-level Hg or chloramphenicol in the mating media was found to stimulate conjugation, significantly increasing the transfer frequency of conjugation above the transfer frequency measured with mating media lacking both antibiotics and Hg. This research demonstrates that mercury indirectly selects for the dissemination of the antibiotic resistance genes of A. salmonicida AS03.

Materials Education and Research in Art and Design: A New Role for Libraries - Session 3. RISD Faculty

Faculty from Rhode Island School of Design representing Interior Architecture, Industrial Design, and Textiles detail their thoughtful interactions with materials.

Análise da variabilidade de Magnaporthe grisea no Estado de Santa Catarina

A rápida perda da resistência das cultivares de arroz à brusone, causada por Magnaporthe grisea (Herb.) Barr, é geralmente atribuída à variabilidade genética do patógeno ou ainda à ocorrência de escape durante a seleção de novas cultivares. Com o objetivo de caracterizar a estrutura genética de um grupo de isolados de M. grisea em Santa Catarina (SC), plantas com sintomas de brusone foram coletadas em 12 municípios e na Estação Experimental da Epagri em Itajaí (EEI), SC. Os isolados foram analisados através de rep-PCR baseado no transposon Pot-2. Para a identificação das raças, um subgrupo de isolados foi inoculado na série internacional de cultivares diferenciais de arroz. As raças identificadas tiveram seu espectro de virulência avaliado em um grupo de cultivares com genes de resistência conhecidos (isolinhas). Isolados que apresentaram características genéticas distintas, foram avaliados quanto a capacidade de recombinação parassexual. Noventa e dois isolados monoconidiais obtidos foram agrupados através de rep-PCR em 13 haplótipos e 2 linhagens. Nove haplótipos encontrados na amostragem dos municípios não foram encontrados na EEI, indicando a ocorrência de escape. Seis raças de M. grisea foram identificadas a partir da inoculação de 28 isolados, representando 12 haplótipos na série diferencial, sendo que, 5 destas, foram avirulentas à isolinha que possui os genes de resistência Pi-1 e Pi-11. Por outro lado, o isolado 25, agrupado na raça IA-65, superou 4 das 5 isolinhas testadas. A análise da capacidade de recombinação parassexual mostra a existência de compatibilidade vegetativa associado à ocorrência de anastomoses entre três haplótipos, sendo identificados três possíveis isolados recombinantes.

O elemento transponível hobo e suas seqüências relacionadas no genoma de Drosophila simulans

O elemento transponível hobo pode estar presente sob três formas no genoma de Drosophila simulans: como cópias autônomas completas (ou canônicas), como cópias defectivas internamente deletadas e como seqüências relacionadas a hobo (ou “relics”). Algumas evidências indicam que cópias completas e internamente deletadas são aquisições recentes desse genoma, enquanto os “relics” são componentes antigos, normalmente degenerados, defectivos e até recentemente considerados imóveis. O estudo desse tipo de seqüências pode ajudar a desvendar algumas questões sobre sua origem, dinâmica e seu papel na história evolutiva da família hobo. No presente trabalho, buscamos contribuir ao entendimento de algumas dessas questões estudando a dinâmica de uma família particular de seqüências relacionadas a hobo de D. simulans. Primeiramente, isolamos uma seqüência “relic” hobo envolvida no surgimento de uma mutação white de novo em uma linhagem hipermutável de D. simulans. Esta seqüência, denominada hobov-a, apresenta divergência típica de elemento “relic” em relação ao elemento canônico, é defectiva como outras já descritas, porém, mobilizável, pois apresentando estruturas essenciais para mobilização bem conservadas. Além disso, apresenta alta similaridade estrutural e de seqüência com um elemento “relic” de Drosophila sechellia, mas parece estar ausente do genoma de Drosophila melanogaster. A análise populacional de hobov-a revela que estes elementos são bem conservados entre diferentes populações de D. simulans. Apresentam, ainda, polimorfismo de sítios de inserção e variabilidade no número de cópias, o que nos dá fortes indícios de atividade atual ou recente desses elementos no genoma dessas populações. Pela similaridade compartilhada com elementos MITEs em muitas de suas características estruturais e funcionais, sugerimos, apontando algumas evidências, que elementos hobov-a podem ser ou uma nova família de MITEs de Drosophila ou, mais provavelmente, estariam se encaminhando para esse destino, utilizando o elemento canônico como fonte para sua mobilização.

Avaliação da presença dos elementos transponíveis P e GYPSY em ácaros parasitas e microhimenópteros parasitóides de Drosophila

Na tentativa de identificar possíveis vetores para transferência horizontal (fenômeno que vem sendo cada vez mais bem documentado) de elementos transponíveis entre espécies reprodutivamente isoladas de Drosophilidae, foi investigada a presença dos elementos transponíveis P e gypsy no genoma de quatro ácaros (parasitas ou potencialmente parasitas) e nove microhimenópteros parasitóides de Drosophila, através das técnicas de PCR e Southern blot. Estes organismos são parte integrante das guildas de invertebrados, cuja riqueza na Região Neotropical é particularmente expressiva. Em dois dos ácaros analisados (Proctolaelaps sp. e Macrocheles muscaedomesticae), reconhecidamente predadores de ovos de Drosophila, foram identificadas sequências com homologia a ambos os transposons, cuja forma de mobilização é diferente: gypsy é um retroelemento, com características de infectividade similares à dos retrovírus e P é um transposon de DNA, que usa uma transposase para mediar sua movimentação dentro e entre genomas. Embora seja ainda necessário isolar e clonar estas seqüências, de forma a permitir a sua comparação com os elementos P e gypsy de Drosophila, sugere-se a potencialidade destes ácaros como vetores de transferência horizontal. Dos genomas de oito entre os nove microhimenópteros (vespas) parasitóides de pupas de Drosophila estudados, foram amplificadas seqüências homólogas tanto com P, quanto com gypsy. Dada a compatibilidade ecológica e a íntima relação estabelecida entre essas vespas e Drosophila, a potencialidade desses organismos como vetores de transferência lateral entre taxa reprodutivamente isolados também é proposta.

EDF and the Brazilian Power Sector

Electricité de France (EDF) is a leading player in the European energy market by being both the first electricity producer in Europe and the world’s leading nuclear plant operator. EDF is also the first electricity producer and supplier in France. However, Europe, EDF’s core market, is currently underperforming: the European sovereign debt crisis is lowering significantly the growth perspective of an energy market that has already reached its maturity. As a consequence, European energy companies are now looking at international markets and especially BRIC economies where economic growth potential remains high. Among them, Brazil is expected to keep its strong economic and electricity demand growth perspectives for the coming decades. Though Brazil has not been considered as a strategic priority for EDF after the Light reversal in 2006, the current economic situation has led the Group to reconsider its position toward the country. EDF’s current presence in Brazil is limited to its stake in UTE Norte Fluminense, a thermal plant, located in the state of Rio de Janeiro. This report investigates the possibility and the feasibility of EDF’s activities expansion in Brazil and what added value it could bring for the Brazilian power market. Considering that the status quo would not allow EDF to take full advantage of Brazil’s future growth, this work is identifying the various options that are currently opened to EDF: market exit, status quo, EDF alone, local partner. For that purpose, this study collects and analyses the latest energy market data as well as generation companies’ information which are necessary to give a relevant overview of the current brazilian power sector and to present EDF strategic options for the country.

Atentado na França teve repercussão mundial também nas redes sociais

Monitoramento das redes sociais realizado pela Diretoria de Análise de Políticas Públicas da FGV mostra a repercussão do ataque ao Charlie Hebdo pelo mundo. O mapa revela que o caso recebeu grande destaque ao longo do dia, com um alto volume de menções em todas as regiões do mundo, mas predominantemente Europa e EUA. De 9h a 17h (horário de Brasília), foram registradas mais de 4,5 milhões de menções ao caso, com picos de mais de 6 mil tuítes por minuto. A hashtag mais mencionada foi #charliehebdo (2 milhoes), seguida de #jesuischarlie ("eu sou charlie" com 700 mil).

Ataque na França dominou as redes nos últimos 3 dias

Reportagem exibida pelo Jornal da Globo News

Ataques na França intensificam debate sobre imigração

Os ataques ao semanário francês Charlie Hebdo, na semana passada, reacenderam o debate sobre a questão imigratória na Europa. Na sexta, ministros da União Europeia se reúnem para, entre outras coisas, discutir medidas para aumentar o controle sobre a entrada e circulação de pessoas no bloco. O debate opõe partidários de uma "linha-dura" em relação aos imigrantes, sobretudo os partidos de direita e extrema-direita europeus, aos defensores de direitos humanos e direitos dos imigrantes, que temem o aumento da xenofobia e das políticas de vigilância dos Estados.

Ataque na França estimula debate no mundo sobre liberdade de expressão

O ataque ao semanário francês Charlie Hebdo, em Paris, no início de janeiro, polarizou as redes sociais através das manifestações Je suis Charlie e Je ne suis pas Charlie Para entender os discursos e razões de cada grupo, a Diretoria de Análise de Políticas Públicas monitorou as redes sociais entre os dias 7 e 19 de janeiro. As nuvens de palavras abaixo representam as respectivas hashtags #jesuischarlie e #jenesuispascharlie, e através delas é possível observar os diferentes discursos a partir dos termos e palavras relacionadas a cada expressão que foi usada durante esses dias. No total, foram mais de 3 milhões de tuítes coletados, nos idiomas inglês, francês, português e espanhol.