Poly(A)-binding protein-interacting protein 1 binds to eukaryotic translation initiation factor 3 to stimulate translation.

Poly(A)-binding protein (PABP) stimulates translation initiation by binding simultaneously to the mRNA poly(A) tail and eukaryotic translation initiation factor 4G (eIF4G). PABP activity is regulated by PABP-interacting (Paip) proteins. Paip1 binds PABP and stimulates translation by an unknown mechanism. Here, we describe the interaction between Paip1 and eIF3, which is direct, RNA independent, and mediated via the eIF3g (p44) subunit. Stimulation of translation by Paip1 in vivo was decreased upon deletion of the N-terminal sequence containing the eIF3-binding domain and upon silencing of PABP or several eIF3 subunits. We also show the formation of ternary complexes composed of Paip1-PABP-eIF4G and Paip1-eIF3-eIF4G. Taken together, these data demonstrate that the eIF3-Paip1 interaction promotes translation. We propose that eIF3-Paip1 stabilizes the interaction between PABP and eIF4G, which brings about the circularization of the mRNA.

Mammalian miRNA RISC recruits CAF1 and PABP to affect PABP-dependent deadenylation.

MicroRNAs (miRNAs) inhibit mRNA expression in general by base pairing to the 3'UTR of target mRNAs and consequently inhibiting translation and/or initiating poly(A) tail deadenylation and mRNA destabilization. Here we examine the mechanism and kinetics of miRNA-mediated deadenylation in mouse Krebs-2 ascites extract. We demonstrate that miRNA-mediated mRNA deadenylation occurs subsequent to initial translational inhibition, indicating a two-step mechanism of miRNA action, which serves to consolidate repression. We show that a let-7 miRNA-loaded RNA-induced silencing complex (miRISC) interacts with the poly(A)-binding protein (PABP) and the CAF1 and CCR4 deadenylases. In addition, we demonstrate that miRNA-mediated deadenylation is dependent upon CAF1 activity and PABP, which serves as a bona fide miRNA coactivator. Importantly, we present evidence that GW182, a core component of the miRISC, directly interacts with PABP via its C-terminal region and that this interaction is required for miRNA-mediated deadenylation.

Mobility and bandwidth prediction in virtualized LTE systems: Architecture and challenges

Long Term Evolution (LTE) represents the fourth generation (4G) technology which is capable of providing high data rates as well as support of high speed mobility. The EU FP7 Mobile Cloud Networking (MCN) project integrates the use of cloud computing concepts in LTE mobile networks in order to increase LTE's performance. In this way a shared distributed virtualized LTE mobile network is built that can optimize the utilization of virtualized computing, storage and network resources and minimize communication delays. Two important features that can be used in such a virtualized system to improve its performance are the user mobility and bandwidth prediction. This paper introduces the architecture and challenges that are associated with user mobility and bandwidth prediction approaches in virtualized LTE systems.

Investigation of premature termination codon recognition in nonsense-mediated mRNA decay

Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is best known for its role in quality control of mRNAs, where it recognizes premature translation termination codons (PTCs) and rapidly degrades the corresponding mRNA. The basic mechanism of NMD appears to be conserved among eukaryotes: aberrant translation termination triggers NMD. According to the current working model, correct termination requires the interaction of the ribosome with the poly(A)-binding protein (PABPC1) mediated through the eukaryotic release factors 1 (eRF1) and 3 (eRF3). The model predicts that in the absence of this interaction, the NMD core factor UPF1 binds to eRF3 instead and initiates the events ultimately leading to mRNA degradation. However, the exact mechanism of how the decision between proper and aberrant (i.e. NMD-inducing) translation termination occurs is not yet well understood. We address this question using a tethering approach in which proteins of interest are bound to a reporter transcript into the vicinity of a PTC. Subsequently, the ability of the tethered proteins to inhibit NMD and thus stabilize the reporter transcript is assessed. Our results revealed that the C-terminal domain interacting with eRF3 seems not to be necessary for tethered PABPC1 to suppress NMD. In contrast, the N-terminal part of PABPC1, consisting of 4 RNA recognition motifs (RRMs) and interacting with eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G), retains the ability to inhibit NMD. We find that eIF4G is able to inhibit NMD in a similar manner as PABPC1 when tethered to the reporter mRNA. This stabilization by eIF4G depends on two key interactions. One of these interactions is to PABPC1, the other is to eukaryotic initiation factor 3 (eIF3). These results confirm the importance of PABPC1 in inhibiting NMD but additionally reveal a role of translation initiation factors in the distinction between bona fide termination codons and PTCs.

MOLECULAR AND GENOMIC BASED INSIGHTS INTO THE EVOLUTION OF ENTEROCOCCUS FAECIUM FROM COMMENSAL TO HOSPITAL-ADAPTED PATHOGEN

The basis for the recent transition of Enterococcus faecium from a primarily commensal organism to one of the leading causes of hospital-acquired infections in the United States is not yet understood. To address this, the first part of my project assessed isolates from early outbreaks in the USA and South America using sequence analysis, colony hybridizations, and minimal inhibitory concentrations (MICs) which showed clinical isolates possess virulence and antibiotic resistance determinants that are less abundant or lacking in community isolates. I also revealed that the level of ampicillin resistance increased over time in clinical strains. By sequencing the pbp5 gene, I demonstrated an ~5% difference in the pbp5 gene between strains with MICs <4ug/ml and those with MICs >4µg/ml, but no specific sequence changes correlated with increases in MICs within the latter group. A 3-10% nucleotide difference was also seen in three other genes analyzed, which suggested the existence of two distinct subpopulations of E. faecium. This led to the second part of my project analyzing concatenated core gene sequences, SNPs, the 16S rRNA, and phylogenetics of 21 E. faecium genomes confirming two distinct clades; a community-associated (CA) clade and hospital-associated (HA) clade. Molecular clock calculations indicate that these two clades likely diverged ~ 300,000 to > 1 million years ago, long before the modern antibiotic era. Genomic analysis also showed that, in addition to core genomic differences, HA E. faecium harbor specific accessory genetic elements that may confer selection advantages over CA E. faecium. The third part of my project discovered 6 E. faecium genes with the newly identified “WxL” domain. My analyses, using RT-PCR, western blots, patient sera, whole-cell ELISA, and immunogold electron microscopy, indicated that E. faecium WxL genes exist in operons, encode bacterial cell surface localized proteins, that WxL proteins are antigenic in humans, and are more exposed on the surface of clinical isolates versus community isolates (even though they are ubiquitous in both clades). ELISAs and BIAcore analyses also showed that proteins encoded by these operons bind several different host extracellular matrix proteins, as well as to each other, suggesting a novel cell-surface complex. In summary, my studies provide new insights into the evolution of E. faecium by showing that there are two distantly related clades; one being more successful in the hospital setting. My studies also identified operons encoding WxL proteins whose characteristics could also contribute to colonization and virulence within this species.

Age analysis, aragonite and high magnesium calcite content from different IODP Holes from Exp 310

The widespread occurrence of microbialites in the last deglacial reef frameworks (16-6 Ka BP) implies that the accurate study of their development patterns is of prime importance to unravel the evolution of reef architecture through time and to reconstruct the reef response to sea-level variations and environmental changes. The present study is based on the sedimentological and chronological analysis (14C AMS dating) of drill cores obtained during the IODP Expedition #310 "Tahiti Sea Level" on the successive terraces which typify the modern reef slopes from Tahiti. It provides a comprehensive data base to investigate the microbialite growth patterns (i.e. growth rates and habitats), to analyze their roles in reef frameworks and to reconstruct the evolution of the reef framework architecture during sea-level rise. The last deglacial reefs from Tahiti are composed of two distinctive biological communities: (1) the coralgal communities including seven assemblages characterized by various growth forms (branching, robust branching, massive, tabular and encrusting) that form the initial frameworks and (2) the microbial communities developed in the primary cavities of those frameworks, a few meters (1.5 to 6 m) below the living coral reef surface, where they heavily encrusted the coralgal assemblages to form microbialite crusts. The dating results demonstrate the occurrence of two distinctive generations of microbialites: the "reefal microbialites" which developed a few hundred years after coralgal communities in shallow-water environments, whereas the "slope microbialites" grew a few thousands of years later in significantly deeper water conditions after the demise of coralgal communities. The development of microbialites was controlled by the volume and the shape of the primary cavities of the initial reef frameworks determined by the morphology and the packing of coral colonies. The most widespread microbialite development occurred in frameworks dominated by branching, thin encrusting, tabular and robust branching coral colonies which built loose and open frameworks typified by a high porosity (> 50%). In contrast, their growth was minimal in compact coral frameworks formed by massive and thick encrusting corals where primary cavities yielded a low porosity (~ 30%) and could not host a significant microbialite expansion.

El modelo "productivo con inclusión social" : una modalidad de redistribución de ingresos manteniendo la concentración de la riqueza

La crisis orgánica y la rebelión popular marcaron el final del modelo neoliberal y la génesis del modelo «productivo con inclusión social». El bloque dominante se propuso: 1. Recomponer el poder del Estado. 2. Recuperar el crecimiento económico para garantizar la acumulación capitalista. 3. Dirimir la disputa por la hegemonía entre sectores del bloque dominante y asegurar el control del bloque subalterno. Se realizaron concesiones a los sectores populares sin atenuar la concentración y extranjerización económicas, ni la depredación de recursos naturales no renovables. No existe una real redistribución de la propiedad de la riqueza, sino una distribución de los ingresos entre sectores asalariados.

Del 'Viento del pueblo' a las 'Cumbres hermosas' : reglas para una gramática urgente

La escritura revolucionaria de Miguel Hernández, que obedece a una vocación propagandística y a un inequívoco requerimiento instrumental, ha merecido distintas y encontradas valoraciones críticas: mientras ciertos sectores han denunciado ampliamente las servidumbres estéticas que comportan el didactismo, la urgencia y la propaganda, otros han defendido la altura lírica que consigue la poesía de guerra hernandiana atribuyéndola al tan traído y llevado tópico de la "autenticidad", relacionado con la experiencia biográfica y los orígenes sociales del poeta. Hay, en efecto, elementos sobrados para sostener que Hernández no aparca su conciencia estética a la hora de pergeñar sus poemas urgentes; sin embargo, tal conquista no puede fiarse a ese supuesto e impreciso valor de autenticidad, categoría de dudosa pertinencia en materia poética. Se hace así necesario revisar y aquilatar ambas lecturas críticas. Esta ponencia se propone analizar un conjunto de componentes e incitaciones que singularizan el lugar del poeta de Orihuela en el mapa literario del compromiso republicano durante los años treinta, determinan la textura de su poesía política y lo distinguen de las posturas más reproducidas entre sus contemporáneos. Sobre todo, su enfoque emocional del compromiso político, que no estaba promovido por disciplina alguna de partido, sino por una experiencia de explotación padecida en carne propia y compartida con su clase, le allanaba la interiorización de los conflictos y le procuraba la posibilidad de enunciar el poema desde una subjetividad que funciona como espacio de confluencia social. Por lo demás, un respeto poco al uso de su destinatario popular le invitaba a sostener la exigencia artística sin necesidad de las consabidas abdicaciones y concesiones paternalistas. Por todo ello, en la ideología literaria que subyace a la práctica poética de Miguel Hernández no encontramos indicio alguno de conflicto entre el compromiso y la pureza, o la Poesía y la Historia, sino que el poeta es capaz de integrar en una síntesis esas instancias tradicionalmente percibidas como antitéticas, y romper intuitivamente con la dicotomía clásica alojada en la médula de la tradición mental burguesa.

Los ferrocarriles de carga en Argentina : Un análisis de las políticas ferroviarias y sus consecuencias, 1989-2011

El fenómeno de la desestatización ferroviaria, ocurrida con notoriedad en el marco de las reformas estructurales encaradas en los noventa, dictaminó un nuevo mapa de ganadores y perdedores entre los actores participantes de los mecanismos de gobernanza. Los ganadores (principalmente constituidos por los grandes grupos económicos nacionales) participaron activamente en las redes decisionales de políticas gubernamentales, teniendo esto como consecuencia la adjudicación de las concesiones a operadores privados, el despido de personal y la desarticulación de la red. Esa desestatización inicial fue profundizando su relevancia negativa a medida que la actividad económica se consolidara en la recuperación iniciada en 2002. El gobierno, que comenzó a llevar adelante un nuevo modelo de desarrollo a partir de la salida de la crisis de 2001, se mostró interesado en mejorar los servicios para descongestionar el cuello de botella en el que se encontraba el transporte de cargas y mejorar los precios y tiempos de la mercadería en tránsito. A pesar que los gobiernos kirchneristas comenzaron a mostrar públicamente su intención de mejorar los servicios de cargas, en su condición de actores fundamentales en la red decisional ferroviaria, no encararon reformas estructurales definitivas para lograr tal finalidad

Los ferrocarriles de carga en Argentina : Un análisis de las políticas ferroviarias y sus consecuencias, 1989-2011

El fenómeno de la desestatización ferroviaria, ocurrida con notoriedad en el marco de las reformas estructurales encaradas en los noventa, dictaminó un nuevo mapa de ganadores y perdedores entre los actores participantes de los mecanismos de gobernanza. Los ganadores (principalmente constituidos por los grandes grupos económicos nacionales) participaron activamente en las redes decisionales de políticas gubernamentales, teniendo esto como consecuencia la adjudicación de las concesiones a operadores privados, el despido de personal y la desarticulación de la red. Esa desestatización inicial fue profundizando su relevancia negativa a medida que la actividad económica se consolidara en la recuperación iniciada en 2002. El gobierno, que comenzó a llevar adelante un nuevo modelo de desarrollo a partir de la salida de la crisis de 2001, se mostró interesado en mejorar los servicios para descongestionar el cuello de botella en el que se encontraba el transporte de cargas y mejorar los precios y tiempos de la mercadería en tránsito. A pesar que los gobiernos kirchneristas comenzaron a mostrar públicamente su intención de mejorar los servicios de cargas, en su condición de actores fundamentales en la red decisional ferroviaria, no encararon reformas estructurales definitivas para lograr tal finalidad

Del 'Viento del pueblo' a las 'Cumbres hermosas' : reglas para una gramática urgente

La escritura revolucionaria de Miguel Hernández, que obedece a una vocación propagandística y a un inequívoco requerimiento instrumental, ha merecido distintas y encontradas valoraciones críticas: mientras ciertos sectores han denunciado ampliamente las servidumbres estéticas que comportan el didactismo, la urgencia y la propaganda, otros han defendido la altura lírica que consigue la poesía de guerra hernandiana atribuyéndola al tan traído y llevado tópico de la "autenticidad", relacionado con la experiencia biográfica y los orígenes sociales del poeta. Hay, en efecto, elementos sobrados para sostener que Hernández no aparca su conciencia estética a la hora de pergeñar sus poemas urgentes; sin embargo, tal conquista no puede fiarse a ese supuesto e impreciso valor de autenticidad, categoría de dudosa pertinencia en materia poética. Se hace así necesario revisar y aquilatar ambas lecturas críticas. Esta ponencia se propone analizar un conjunto de componentes e incitaciones que singularizan el lugar del poeta de Orihuela en el mapa literario del compromiso republicano durante los años treinta, determinan la textura de su poesía política y lo distinguen de las posturas más reproducidas entre sus contemporáneos. Sobre todo, su enfoque emocional del compromiso político, que no estaba promovido por disciplina alguna de partido, sino por una experiencia de explotación padecida en carne propia y compartida con su clase, le allanaba la interiorización de los conflictos y le procuraba la posibilidad de enunciar el poema desde una subjetividad que funciona como espacio de confluencia social. Por lo demás, un respeto poco al uso de su destinatario popular le invitaba a sostener la exigencia artística sin necesidad de las consabidas abdicaciones y concesiones paternalistas. Por todo ello, en la ideología literaria que subyace a la práctica poética de Miguel Hernández no encontramos indicio alguno de conflicto entre el compromiso y la pureza, o la Poesía y la Historia, sino que el poeta es capaz de integrar en una síntesis esas instancias tradicionalmente percibidas como antitéticas, y romper intuitivamente con la dicotomía clásica alojada en la médula de la tradición mental burguesa.