(Table S2) Relative abundance of archaeal 16S rRNA genes in sediment cores

Deep drilling into the marine sea floor has uncovered a vast sedimentary ecosystem of microbial cells (Parkes et al., 1994, doi:10.1038/371410a0; D'Hondt et al., 2004, doi:10.1126/science.1101155). Extrapolation of direct counts of stained microbial cells to the total volume of habitable marine subsurface sediments suggests that between 56 Pg (Parkes et al., 1994, doi:10.1038/371410a0) and 303 Pg (Whitman et al., 1998) of cellular carbon could be stored in this largely unexplored habitat. From recent studies using various culture-independent techniques, no clear picture has yet emerged as to whether Archaea or Bacteria are more abundant in this extensive ecosystem (Schippers et al., doi:10.1038/nature03302; Inagaki et al., doi:10.1073/pnas.0511033103 ; Mauclaire et al., doi:10.1111/j.1472-4677.2004.00035.x; Biddle et al., doi:10.1073/pnas.0600035103). Here we show that in subsurface sediments buried deeper than 1 m in a wide range of oceanographic settings at least 87% of intact polar membrane lipids, biomarkers for the presence of live cells (Biddle et al., doi:10.1073/pnas.0600035103; Sturt et al., 2004, doi:10.1002/rcm.1378), are attributable to archaeal membranes, suggesting that Archaea constitute a major fraction of the biomass. Results obtained from modified quantitative polymerase chain reaction and slot-blot hybridization protocols support the lipid-based evidence and indicate that these techniques have previously underestimated archaeal biomass. The lipid concentrations are proportional to those of total organic carbon. On the basis of this relationship, we derived an independent estimate of amounts of cellular carbon in the global marine subsurface biosphere. Our estimate of 90 Pg of cellular carbon is consistent, within an order of magnitude, with previous estimates, and underscores the importance of marine subsurface habitats for global biomass budgets.

(Table S2) The reconstructed sea surface temperature (SST) over the eastern equatorial Pacific

Abundant hydroclimatic evidence from western Amazonia and the adjacent Andes documents wet conditions during Heinrich Stadial 1 (HS1, 18-15 ka), a cold period in the high latitudes of the North Atlantic. This precipitation anomaly was attributed to a strengthening of the South American summer monsoon due to a change in the Atlantic interhemispheric sea surface temperature (SST) gradient. However, the physical viability of this mechanism has never been rigorously tested. We address this issue by combining a thorough compilation of tropical South American paleorecords and a set of atmosphere model sensitivity experiments. Our results show that the Atlantic SST variations alone, although leading to dry conditions in northern South America and wet conditions in northeastern Brazil, cannot produce increased precipitation over western Amazonia and the adjacent Andes during HS1. Instead, an eastern equatorial Pacific SST increase (i.e., 0.5-1.5 °C), in response to the slowdown of the Atlantic Meridional Overturning Circulation during HS1, is crucial to generate the wet conditions in these regions. The mechanism works via anomalous low sea level pressure over the eastern equatorial Pacific, which promotes a regional easterly low-level wind anomaly and moisture recycling from central Amazonia towards the Andes.

Pitkittäistutkimus kymmenen S1- ja S2-pojan kirjoitustaidon sujuvuuden, tarkkuuden ja kompleksisuuden kehittymisestä

Olen tutkimuksessani seurannut kymmenen pojan kielitaidon kehittymistä vuodesta 2010 vuoteen 2015. Viisi informanttia puhuu suomea äidinkielenä ja viisi suomea toisena kielenä. Tutkimus on pragmaattis-funktionaalinen ja laadullinen pitkittäistutkimus. Kielitaidon mittareina käytän sujuvuutta, tarkkuutta ja kompleksisuutta. Näiden kolmen mittarin alle sijoitan kielen ainekset, joita ovat seuraavat: sähköpostin tervehdys ja lopetus sekä tekstilajinomaisuus (sujuvuus), possessiivisuffiksin käyttö (tarkkuus), direktiivin valinta ja pyynnön vahvistaminen (syväkompleksisuus) sekä sanamäärä ja lauseen osien lukumäärä (pintakompleksisuus). Tutkin lisäksi, miten hyvän osaamisen kuvaukset ja eurooppalaisen viitekehyksen taitotasoasteikot toimivat käytännön arvioinnissa. Informantit kirjoittivat kukin neljä tekstiä: sähköpostin verkkokauppaan vuosina 2010 ja 2015 sekä vapaan tarinan pelottavasta tai hauskasta tapahtumasta vuosina 2011 ja 2015. Informantit olivat tutkimuksen alkaessa 4.-luokkalaisia ja päättyessä 9.-luokkalaisia. Tuloksista selviää, että sekä S1-pojat että S2-pojat osaavat suhteellisen hyvin tekstilajien piirteet, esittävät pyynnön konditionaalissa kohteliaasti ja vahvistavat pyynnön eri keinoin. S1-pojat käyttävät S2-poikia enemmän possessiivisuffiksia, mutta S2-poikien oppivat käyttämään sitä tutkimusjakson aikana. S1-pojat kirjoittavat sanamäärissä laskettuna aluksi pidempiä tekstejä, mutta 9. luokalla S2-pojat kirjoittavat pidemmät vapaatekstit kuin S1-pojat. Virkkeiden jakaantumisessa eri osiin ei ole suurta eroa. Pojista on muodostettavissa viisi erilaista kirjoittajaprofiilia: varovainen kirjoittaja, vaihteleva kirjoittaja, sujuva kirjoittaja (S1) / kehittyvä sujuva kirjoittaja (S2), motivoitumaton kirjoittaja ja taitava kirjoittaja. Tutkimuksen perusteella ehdotan, että koulujen kirjoitusaiheissa olisi enemmän pojille suunnattuja aiheita. Arvioinnin oikeudenmukaisuuden toteutumiseksi voi harkita tekstinkäsittelyohjelmien käyttämistä merkityksellisissä kokeissa. Opettajat tarvitsevat enemmän konkreettisia mittareita kirjoitusten arviointiin. Kirjoitusprofiilin ja kohdennetun tuen antaminen saattaisi olla hyödyllistä. S2-opetuksessa on järkevää säilyttää nykyiset pienryhmät tai tehdä S1- ja S2-oppilaita sisältävät yhdistelmäryhmät riittävän pieniksi yksilöllisen ohjauksen varmistamiseksi erityisesti kirjoitustehtävissä. S2-oppijoille tulee tarjota oman kielitasonsa mukainen opetusryhmä, jotta heidän kielitaitonsa kehittyy riittävästi. Toisen polven S2-oppijoiden kannattaa opiskella eri ryhmässä kuin juuri maahan tulleiden S2-oppijoiden.

Turkulaisten kuudesluokkalaisten suomenkielisten ja S2-oppijoiden lounaismurteiden piirteet puheessa ja kirjoituksessa

Tutkin 21 turkulaisen S2-oppijan lounaismurteisia piirteitä puhutussa ja kirjoitetussa kielessä. Vertaan heitä 20:een suomea äidinkielenä puhuvaan informanttiin. Erityisenä kiinnostuksen kohteena tutkimuksessani ovat toisen kielen oppijoiden alueellisen variaation piirteet. Olen kerännyt aineiston kahdesta Turun alakoulusta kolmelta eri luokalta. Tutkimusmenetelmänä hyödynnän ensisijaisesti laadullista tutkimusta, mutta taustalla on myös määrällistä tutkimusta. Tutkimuksessani tarkastelen, millaisia Turun murteen ominaispiirteitä (Rapola 1969; Grönholm 1988) informantit käyttävät puheessaan ja kirjoituksessaan ja millaisia eroja tai yhtäläisyyksiä aineistojen välillä on. Lisäksi tarkastelen S2-informanttien kaksikielisyyttä Li Wein (2000: 6‒7) kaksikielisyyden määritelmien avulla. Aineistoni koostuu suullisesta ja kirjallisesta aineistosta. Aineistonkeruutehtäviin sisältyi kerrontatehtävä imperfektissä neljästä kuvasta sekä vapaamuotoinen kerronta menneestä tapahtumasta. Tutkimukseni yleisimmät imperfektiesiintymät ovat molemmilla informanttiryhmillä verbeissä katsoa, leikkiä, nukkua, istua, imuroida ja ruokkia kuvallisten aineistonkeruutehtävien vaikutuksesta. Eri informanttiryhmät käyttävät toisiinsa nähden lounaismurteiden si-imperfektiä puhutussa kielessä lähes saman verran. Suurin ero informanttiryhmien välillä onkin nimenomaan kirjallisen aineiston imperfektiesiintymissä, sillä S2-oppijat käyttävät kirjoituksessaan huomattavasti enemmän lounaismurteiden si-imperfektiä kuin S1-oppijat: S2-oppijoiden kirjallisessa aineistossa on yhteensä 33 lounaismurteiden si-imperfektiesiintymää, kun taas S1-oppijoiden aineistossa niitä on kaiken kaikkiaan vain 6. Eri ryhmien kirjallisessa aineistossa on kuitenkin selvä yhteneväisyys: lounaismurteiden si-imperfektiä käytetään eniten leikkiä-verbistä, mikä mielestäni viittaa S2-oppijoiden kohdalla Wein (2000: 6‒7) määrittelemään luontaiseen ja varhaiseen kaksikielisyyteen. Alueellisen variaation analyysini perusteella olen jakanut molemmat informanttiryhmät seuraavasti eri ryhmiin: suomenkieliset informantit yleiskielisiin (35 %) ja yleiskielen lisäksi lounaismurteiden piirteitä käyttäviin (65 %) sekä vastaavasti S2-informantit yleiskielisiin (24 %) ja yleiskielen lisäksi lounaismurteiden piirteitä käyttäviin (76 %). Vertikaalista kaksikielisyyttä (Wei 2000: 7) edustaa vain kaksi S2-oppijaa, sillä he käyttävät murrepiirteitä ainoastaan puheessaan. Tutkimukseni antaa viitteitä siitä, että turkulaisten kuudesluokkalaisten suomenkielisten ja S2-oppijoiden lounaismurteiden si-imperfekti kuuluu elävään puhekielisyyteen.

Designing a S2-Enterprise (Smart x Sensing) Reference Model

Part 11: Reference and Conceptual Models

Microbial Evaluation Of Traumatized Teeth Treated With Triple Antibiotic Paste Or Calcium Hydroxide With 2% Chlorhexidine Gel In Pulp Revascularization.

Revascularization outcome depends on microbial elimination because apical repair will not happen in the presence of infected tissues. This study evaluated the microbial composition of traumatized immature teeth and assessed their reduction during different stages of the revascularization procedures performed with 2 intracanal medicaments. Fifteen patients (7-17 years old) with immature teeth were submitted to the revascularization procedures; they were divided into 2 groups according to the intracanal medicament used: TAP group (n = 7), medicated with a triple antibiotic paste, and CHP group (n = 8), dressed with calcium hydroxide + 2% chlorhexidine gel. Samples were taken before any treatment (S1), after irrigation with 6% NaOCl (S2), after irrigation with 2% chlorhexidine (S3), after intracanal dressing (S4), and after 17% EDTA irrigation (S5). Cultivable bacteria recovered from the 5 stages were counted and identified by means of polymerase chain reaction assay (16S rRNA). Both groups had colony-forming unit counts significantly reduced after S2 (P < .05); however, no significant difference was found between the irrigants (S2 and S3, P = .99). No difference in bacteria counts was found between the intracanal medicaments used (P = .95). The most prevalent bacteria detected were Actinomyces naeslundii (66.67%), followed by Porphyromonas endodontalis, Parvimonas micra, and Fusobacterium nucleatum, which were detected in 33.34% of the root canals. An average of 2.13 species per canal was found, and no statistical correlation was observed between bacterial species and clinical/radiographic features. The microbial profile of infected immature teeth is similar to that of primarily infected permanent teeth. The greatest bacterial reduction was promoted by the irrigation solutions. The revascularization protocols that used the tested intracanal medicaments were efficient in reducing viable bacteria in necrotic immature teeth.

Does The Reciproc File Remove Root Canal Bacteria And Endotoxins As Effectively As Multifile Rotary Systems?

To evaluate the effectiveness of Reciproc for the removal of cultivable bacteria and endotoxins from root canals in comparison with multifile rotary systems. The root canals of forty human single-rooted mandibular pre-molars were contaminated with an Escherichia coli suspension for 21 days and randomly assigned to four groups according to the instrumentation system: GI - Reciproc (VDW); GII - Mtwo (VDW); GIII - ProTaper Universal (Dentsply Maillefer); and GIV -FKG Race(™) (FKG Dentaire) (n = 10 per group). Bacterial and endotoxin samples were taken with a sterile/apyrogenic paper point before (s1) and after instrumentation (s2). Culture techniques determined the colony-forming units (CFU) and the Limulus Amebocyte Lysate assay was used for endotoxin quantification. Results were submitted to paired t-test and anova. At s1, bacteria and endotoxins were recovered in 100% of the root canals investigated (40/40). After instrumentation, all systems were associated with a highly significant reduction of the bacterial load and endotoxin levels, respectively: GI - Reciproc (99.34% and 91.69%); GII - Mtwo (99.86% and 83.11%); GIII - ProTaper (99.93% and 78.56%) and GIV - FKG Race(™) (99.99% and 82.52%) (P < 0.001). No statistical difference were found amongst the instrumentation systems regarding bacteria and endotoxin removal (P > 0.01). The reciprocating single file, Reciproc, was as effective as the multifile rotary systems for the removal of bacteria and endotoxins from root canals.

Long-term Prospects For The Environmental Profile Of Advanced Sugar Cane Ethanol.

This work assessed the environmental impacts of the production and use of 1 MJ of hydrous ethanol (E100) in Brazil in prospective scenarios (2020-2030), considering the deployment of technologies currently under development and better agricultural practices. The life cycle assessment technique was employed using the CML method for the life cycle impact assessment and the Monte Carlo method for the uncertainty analysis. Abiotic depletion, global warming, human toxicity, ecotoxicity, photochemical oxidation, acidification, and eutrophication were the environmental impacts categories analyzed. Results indicate that the proposed improvements (especially no-til farming-scenarios s2 and s4) would lead to environmental benefits in prospective scenarios compared to the current ethanol production (scenario s0). Combined first and second generation ethanol production (scenarios s3 and s4) would require less agricultural land but would not perform better than the projected first generation ethanol, although the uncertainties are relatively high. The best use of 1 ha of sugar cane was also assessed, considering the displacement of the conventional products by ethanol and electricity. No-til practices combined with the production of first generation ethanol and electricity (scenario s2) would lead to the largest mitigation effects for global warming and abiotic depletion. For the remaining categories, emissions would not be mitigated with the utilization of the sugar cane products. However, this conclusion is sensitive to the displaced electricity sources.