Triplet entropy analysis of hemagglutinin and neuraminidase sequences measures influenza virus phylodynamics

The influenza virus has been a challenge to science due to its ability to withstand new environmental conditions. Taking into account the development of virus sequence databases, computational approaches can be helpful to understand virus behavior over time. Furthermore, they can suggest new directions to deal with influenza. This work presents triplet entropy analysis as a potential phylodynamic tool to quantify nucleotide organization of viral sequences. The application of this measure to segments of hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) of H1N1 and H3N2 virus subtypes has shown some variability effects along timeline, inferring about virus evolution. Sequences were divided by year and compared for virus subtype (H1N1 and H3N2). The nonparametric Mann-Whitney test was used for comparison between groups. Results show that differentiation in entropy precedes differentiation in GC content for both groups. Considering the HA fragment, both triplet entropy as well as GC concentration show intersection in 2009, year of the recent pandemic. Some conclusions about possible flu evolutionary lines were drawn. © 2013 Elsevier B.V.

Presence of antibodies against H5, H7 and H9 influenza a virus in wild birds in the state of São Paulo, Brazil

Although the natural reservoirs of the avian influenza (AI) virus have been extensively studied in many countries, there is a clear lack of information on this subject in South America, particularly in Brazil. The objective of this study was to conduct a serological survey for H5, H7 and H9 antibodies to AI-subtype viruses in wild birds in the state of São Paulo, Brazil. Serum samples were tested using the hemagglutination-inhibition assay. Out of the 31 wild birds sampled between January and December of 2006, seven (22.58%), were seropositive for H5, H7 and H9; four (12.90%) were seropositive for H5 and H7; 13 (41.94%), were seropositive only for H7; three (9.7%), were seropositive only for H9; and four (12.90%) were negative for all three hemagglutinin subtypes. These results indicate that AI viruses belonging to H5, H7 and H9 subtypes circulate among wild birds in the state of São Paulo in the form of either concurrent or consecutive infections. This study contributes to the knowledge of AI epidemiology in Brazil, and stresses the need of further detailed and long-term epidemiological and ecological investigation to determine the current status of this virus.

Pesquisa do vírus influenza HRSV e hMPV em uma população de idosos da cidade de Botucatu - São Paulo, Brasil

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB

Evaluación preliminar del impacto en México de la influenza AH1N1: documento elaborado por el equipo conjunto CEPAL

Incluye Bibliografía

Imunocaptura do vírus de Influenza aviária para dia diagnóstico em RT-PCR em tempo real

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

The thermal stability of yellow fever vaccines

The assessment of yellow fever vaccine thermostability both in lyophilized form and after reconstitution were analyzed. Two commercial yellow fever vaccines were assayed for their thermal stability. Vaccines were exposed to test temperatures in the range of 8 (graus) C to 45 (graus) C. Residual infectivity was measured by a plaque assay using Vero cells. The titre values were used in an accelerated degradation test that follows the Arrhenius equation and the minimum immunizing dose was assumed to be 10 (ao cubo) particles forming unit (pfu)/dose. Some of the most relevant results include that (i) regular culture medium show the same degradation pattern of a reconstituted 17D-204 vaccine; (ii) reconstituted YF-17D-204 showed a predictable half life of more than six days if kept at 0 (graus) C; (iii) there are differences in thermostability between different products that are probably due to both presence of stabilizers in the preparation and the modernization in the vaccine production; (iv) it is important to establish a proper correlation between the mouse infectivity test and the plaque assay since the last appears to be more simple, economical, and practical for small laboratories to assess the potency of the vaccine, and (v) the accelerated degradation test appears to be the best procedure to quantify the thermostability of biological products.

Inquérito soroepidemiológico para os vírus influenza em Belém, Pará, Brasil, 1992-1993

Um estudo soroepidemiológico foi realizado para determinar a prevalência de anticorpos IH para os sorotipos de influenza circulantes entre pacientes atendidos no Laboratório de Virologia do IEC, em Belém, PA, Brasil, em 1992 e 1993. Um total de 179 (11%) amostras de sangue foi coletado durante período pós-epidêmico e processado pelo teste da Inibição da Hemaglutinação para os vírus da influenza A/Taiwan/1/86 (H1N1), A/Beijing/353/89 (H3N2) e B/Yamagata/16/88. Os resultados indicaram a circulação de vírus antigenicamente relacionados aos três sorotipos pesquisados. Em 1992, altas taxas de soropositividade foram observadas para as cepas H1N1 (84%) e H3N2 (56%), bem como anticorpos IH foram detectados em todas as faixas de idade, sugerindo intensa circulação desses vírus. No mesmo ano, a atividade da influenza B revelou-se em níveis moderados. A prevalência de anticorpos IH para os vírus H1N1, em 1993, foi similar à observada em 1992, indicando a circulação desses vírus em ambos os anos. Um aumento na prevalência dos vírus H3N2, em 1993, sugere que a cepa A/Beijing/353/89 (ou uma antigenicamente relacionada) também circulou intensamente naquele ano. Do mesmo modo, a atividade dos vírus da influenza B aumentou em 1993, como apontam as infecções em todas as idades, particularmente entre os adultos jovens.

Caracterização dos genes codificadores da hemaglutinina e PB2 do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico isolado na mesorregião metropolitana de Belém

A recente pandemia de gripe de 2009/2010 causada pelo vírus A (H1N1) pandêmico mostrou um perfil de gravidade diferente da gripe sazonal, pois um percentual considerável de casos graves e fatais ocorreu em indivíduos adultos jovens, sem comorbidade. A virulência dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico resulta de interações protéicas complexas e depende essencialmente de alguns genes virais. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genes codificadores da hemaglutinina (H1) e polimerase básica 2 (PB2) do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico mediante a obtenção de cepas provenientes de pacientes com gripe procedente da mesorregião metropolitana de Belém-PA. O tamanho amostral foi constituído de 87 amostras aleatórias de ambos os sexos de 0 a 96 anos, com síndrome respiratória aguda grave (SRAG) sem nenhuma comorbidade relatada, no período de maio de 2009 a agosto de 2010. As amostras foram isoladas em cultura de célula MDCK e analisadas por técnicas de biologia molecular que compreenderam três etapas principais: a) extração do RNA viral (RNAv) a partir do sobrenadante celular; b) amplificação do RNAv pela técnica de Reação em Cadeia mediada pela Polimerase precedida de Transcrição Reversa (RT-PCR); c) sequenciamento completo dos genes codificadores da H1 e PB2. Das 87 cepas amplificadas pelo RT-PCR, em 82 tornou-se possível a obtenção e análise de sequências para o gene HA, enquanto que de 81 amostras virais obteve-se sequências para o gene PB2. A análise comparativa das sequências obtidas com a sequência da cepa vacinal (A/California/07/2009(H1N1)) revelou substituições aminoacídicas na HA (P83S; D97N; S203T; D222G; Q293H e I321V) e na PB2 (K340N; K526R e M631L), no entanto sem associação a hospitalização. Ao nível de substituição na HA, a D97N isolada ou associada com a S203T, foi detectada com mais frequência na primeira onda. Já ao nível da PB2 a substituição K526R foi mais encontrada em cepas que circularam na primeira onda, enquanto que, a M631L foi mais evidenciada na segunda. A substituição D222G na HA só foi encontrada em casos de óbitos. Por fim, observou-se uma tendência de alterações nos sítios antigênicos da HA. Sendo assim, a contínua vigilância genética e antigênica do vírus Influenza A (H1N1) pdm em circulação, bem como o compartilhamento de informações é de extrema importância para a melhor recomendação possível para os vírus que entram na composição vacinal evitando assim maior risco de epidemias severas no futuro.

Perfil genotípico de resistência do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico aos inibidores da neuraminidase em pacientes procedentes da mesorregião de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012

O vírus Influenza é o responsável pela gripe, uma doença que ocasiona milhões de mortes e hospitalizações todos os anos. Nas infecções severas, especialmente em pessoas com risco para complicações, os antivirais tornam-se os principais meios para o manejo clínico, merecendo especial destaque os inibidores da neuraminidase (INAs). De fato, na pandemia de 2009 a Organização Mundial da Saúde (OMS) recomendou o uso do oseltamivir para o tratamento dos doentes. Porém, devido à evolução genética viral, surgiram cepas com mutações no gene codificador da neuraminidase (NA) responsáveis por substituições aminoacídicas que levam à resistência aos fármacos INAs. Assim, a OMS passou a recomendar a vigilância de resistência genotípica para os vírus Influenza. Este trabalho teve como objetivos verificar a ocorrência de mutações no gene codificador da NA dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico que possam estar relacionadas à resistência aos INAs em cepas circulantes na mesorregião metropolitana de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012 e analisar, através da modelagem de proteínas, as substituições aminoacídicas da NA que possam estar influenciando na conformação protéica. Durante o período de estudo, foram recebidas no Laboratório de Vírus Respiratórios 2619 amostras clínicas de pacientes que apresentavam sinais e sintomas de infecção respiratória aguda com até cinco dias de evolução. Para a detecção do genoma viral foi feita a extração do RNA viral, seguida de RT-PCR em tempo real utilizando marcadores específicos para Influenza A H1N1pdm, resultando em 744 (28,4%) positivas. Parte das amostras positivas foram então inoculadas em células MDCK. Para as amostras isoladas em cultura de células, foi feita uma nova extração do RNA viral seguida de uma RT-PCR e semi-nested (PCR) utilizando iniciadores específicos para o gene NA, e posterior análise em sequenciador automático ABI Prism 3130xl (Applied Biosystems). A modelagem molecular da NA foi realizada através dos softwares SWISS-MODEL, MODELLER 9.10, PROCHECK, VERIFY3D e PYMOL. A análise parcial das sequências da neuraminidase nas amostras sequenciadas mostrou que não houve a circulação de cepas de vírus H1N1pdm com a mutação H275Y, a principal envolvida na resistência ao oseltamivir. Porém, em duas amostras foi identificada a substituição D199N que já foi relatada em vários estudos mostrando uma possível associação com o aumento da resistência ao oseltamivir. As amostras de 2012 apresentaram duas substituições (V241I e N369K) que estão relacionadas com um possível papel na compensação dos efeitos negativos causados pela mutação H275Y. A modelagem molecular mostrou que na mutação D199N houve uma alteração na estrutura da proteína NA próxima ao sítio de ligação ao antiviral. A análise filogenética revelou que as amostras de 2012 formaram um cluster isolado, demonstrando uma variação muito mais temporal do que geográfica. Este representa o primeiro estudo de resistência dos vírus Influenza H1N1pdm na mesorregião metropolitana de Belém, representando um importante instrumento para que os profissionais de saúde adotem estratégias mais eficazes no manejo da doença e no desenvolvimento de novos fármacos anti-influenza.

Interference of Vaccinal Antibodies on Serological Diagnostic of Leptospirosis in Vaccinated Buffalo using Two Types of Commercial Vaccines

The vaccinal antibodies interference represents one of the problems in the leptospirosis diagnostic on serum. The present study aimed to determine the pattern of serum agglutinins anti-Leptospirae spp in vaccinated female buffaloes against leptospirosis using two types of commercial vaccines: bacterin and extern membrane. The temporal interference of vaccinal titers on serum diagnostic was evaluated. Three groups of 11 adult female buffaloes were established as follows: G1 control, non-vaccinated; G2: vaccinated with bacterin containing six serovars and G3 with extern membrane vaccine containing five serovars. A booster was administered at 30 days from the first vaccination (dfv) and two re- vaccinations were performed in each semester (days 210 and 390). Serum samples were collected on days 0, 15, 30, 45 and 60 and every 30 days until 540 dfv, being submitted to Serum Agglutination Microscopy (SAM) against the serovars present in the vaccine. G1 remained always negative. Both vaccines induced serologic responses when assessed by SAM at 150 days post first vaccination against all serovars and they revealed maximum titers around days 45 and 60 after first vaccination. At the re-vaccination there was an increase on agglutinin levels, but of less intensity than the levels previously observed. After six months from the second revaccination (540 dfv), they were almost zero, which demonstrates the short duration of diagnostic interference. The serologic monitoring of the vaccinated herds can be an efficient method to evaluate the status of protection provided by the vaccine.

Acute respiratory infection and influenza-like illness viral etiologies in Brazilian adults

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Produção da nucleoproteína recombinante do vírus da influenza aviária para aplicação no imunodiagnóstico

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Adjuvants and delivery systems for antifungal vaccines: Current state and future developments

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Seroprevalence of equine influenza virus in northeast and southern Mexico

EQUINE influenza A virus (EIV) is a highly infectious respiratory pathogen of horses (Hannant and Mumford 1996, Palese and Shaw 2007). The illness is characterized by an abrupt onset of fever, depression, coughing and nasal discharge, and is often complicated by secondary bacterial infections that can lead to pneumonia and death. Two subtypes of EIV, H3N8 and H7N7, have been isolated. The H7N7 subtype was first isolated from a horse in Czechoslovakia in 1956 (Prague/56), and the H3N8 subtype was first isolated from a horse in Miami in 1963 (Sovinova and others 1958, Waddell and others 1963). The last confirmed outbreak of H7N7 occurred in 1979, and this subtype is now considered to be either extinct or circulating at low levels in a few geographical areas (Ismail and others 1990, Webster 1993, Singh 1994, Madic and others 1996, van Maanen and Cullinane 2002). The H3N8 subtype is a common cause of disease in horses worldwide, particularly in areas where vaccination is not routinely performed (Paillot and others 2006).

Antibodies to Influenza and West Nile Viruses in Horses in Mexico

INFLUENZA A virus (IAV) (family Orthomyxoviridae) is a highly infectious respiratory pathogen of birds and mammals, including human beings and horses (Palese and Shaw 2007). The virus is classified into different subtypes based on the antigenic properties of the haemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) proteins. Sixteen HA subtypes (H1 to H16) and nine NA subtypes (N1 to N9) have been identified (Fouchier and others 2005). Two subtypes, H3N8 and H7N7, have been isolated from horses. The H7N7 subtype was first isolated from a horse in Czechoslovakia in 1956 (Prague/56) (Sovinova and others 1958), and the H3N8 subtype was first isolated from a horse in Miami, USA, in 1963 (Waddell and others 1963). The H7N7 subtype has not been isolated from horses for three decades and is presumed to be extinct (Webster 1993). The H3N8 subtype is currently a common cause of disease in horses worldwide. In horses, influenza is characterized by an abrupt onset of pyrexia, depression, coughing and nasal discharge, and is often complicated by secondary bacteria infections that can lead to pneumonia and death (Hannant and Mumford 1996). Although H3N8 is a major cause of morbidity in horses throughout the world, information on the seroprevalence of IAV in horses and other domestic animals in Mexico is limited.