C2 domain is responsible for targeting rice phosphoinositide specific phospholipase C

Phosphoinositide-specific phospholipase C (PLC) is involved in Ca2+ mediated signalling events that lead to altered cellular status. Using various sequence-analysis methods, we identified two conserved motifs in known PLC sequences. The identified motifs are located in the C2 domain of plant PLCs and are not found in any other protein. These motifs are specifically found in the Ca2+ binding loops and form adjoining beta strands. Further, we identified certain conserved residues that are highly distinct from corresponding residues of animal PLCs. The motifs reported here could be used to annotate plant-specific phospholipase C sequences. Furthermore, we demonstrated that the C2 domain alone is capable of targeting PLC to the membrane in response to a Ca2+ signal. We also showed that the binding event results from a change in the hydrophobicity of the C2 domain upon Ca2+ binding. Bioinformatic analyses revealed that all PLCs from Arabidopsis and rice lack a transmembrane domain, myristoylation and GPI-anchor protein modifications. Our bioinformatic study indicates that plant PLCs are located in the cytoplasm, the nucleus and the mitochondria. Our results suggest that there are no distinct isoforms of plant PLCs, as have been proposed to exist in the soluble and membrane associated fractions. The same isoform could potentially be present in both subcellular fractions, depending on the calcium level of the cytosol. Overall, these data suggest that the C2 domain of PLC plays a vital role in calcium signalling.

Functional characterization, homology modeling and docking studies of beta-glucosidase responsible for bioactivation of cyanogenic hydroxynitrile glucosides from Leucaena leucocephala (subabul)

Glycosyl hydrolase family 1 beta-glucosidases are important enzymes that serve many diverse functions in plants including defense, whereby hydrolyzing the defensive compounds such as hydroxynitrile glucosides. A hydroxynitrile glucoside cleaving beta-glucosidase gene (Llbglu1) was isolated from Leucaena leucocephala, cloned into pET-28a (+) and expressed in E. coli BL21 (DE3) cells. The recombinant enzyme was purified by Ni-NTA affinity chromatography. The optimal temperature and pH for this beta-glucosidase were found to be 45 A degrees C and 4.8, respectively. The purified Llbglu1 enzyme hydrolyzed the synthetic glycosides, pNPGlucoside (pNPGlc) and pNPGalactoside (pNPGal). Also, the enzyme hydrolyzed amygdalin, a hydroxynitrile glycoside and a few of the tested flavonoid and isoflavonoid glucosides. The kinetic parameters K (m) and V (max) were found to be 38.59 mu M and 0.8237 mu M/mg/min for pNPGlc, whereas for pNPGal the values were observed as 1845 mu M and 0.1037 mu M/mg/min. In the present study, a three dimensional (3D) model of the Llbglu1 was built by MODELLER software to find out the substrate binding sites and the quality of the model was examined using the program PROCHEK. Docking studies indicated that conserved active site residues are Glu 199, Glu 413, His 153, Asn 198, Val 270, Asn 340, and Trp 462. Docking of rhodiocyanoside A with the modeled Llbglu1 resulted in a binding with free energy change (Delta G) of -5.52 kcal/mol on which basis rhodiocyanoside A could be considered as a potential substrate.

Information dissemination in socially aware networks under the linear threshold model

We provide new analytical results concerning the spread of information or influence under the linear threshold social network model introduced by Kempe et al. in, in the information dissemination context. The seeder starts by providing the message to a set of initial nodes and is interested in maximizing the number of nodes that will receive the message ultimately. A node's decision to forward the message depends on the set of nodes from which it has received the message. Under the linear threshold model, the decision to forward the information depends on the comparison of the total influence of the nodes from which a node has received the packet with its own threshold of influence. We derive analytical expressions for the expected number of nodes that receive the message ultimately, as a function of the initial set of nodes, for a generic network. We show that the problem can be recast in the framework of Markov chains. We then use the analytical expression to gain insights into information dissemination in some simple network topologies such as the star, ring, mesh and on acyclic graphs. We also derive the optimal initial set in the above networks, and also hint at general heuristics for picking a good initial set.

Open Citations and Responsible Metrics

Briefing Note for Jisc – Cameron Neylon – March 2016

Responsible fish utilization

These guidelines have been produced to support the implementation of the Code of Conduct for Responsible Fisheries particularly with regard to the need for responsibility in the post– harvest sector of the fish producing industry. The industry that produces fish for food has three major areas of responsibility: to the consumer of the food to ensure that it is safe to eat, is of expected quality and nutritional value, to the resource to ensure that it is not wasted and to the environment to ensure that negative impacts are minimized. In addition the industry has a responsibility to itself to ensure the continued ability of many millions of people throughout the world to earn a gainful living from working within the industry. Article 11.1 of the Code of Conduct for Responsible Fisheries and other related parts of the Code are concerned particularly with these responsibilities. This publication provides annotation to and guidance on these articles to assist those charged with implementation of the Code to identify possible courses of action necessary to ensure that the industry is conducted in a sustainable manner. (PDF contains 42 pages)

What is the Code of Conduct for Responsible Fisheries?

(PDF contains 17 pages)

Mechanisms Responsible for the Trophic Effect of Beta-Adrenoceptors on the I-to Current Density in Type 1 Diabetic Rat Cardiomyocytes

Background/Aims: In diabetic ventricular myocytes, transient outward potassium current (I-to) amplitude is severely reduced because of the impaired catecholamine release that characterizes diabetic autonomic neuropathy. Sympathetic nervous system exhibits a trophic effect on I-to since incubation of myocytes with noradrenaline restores current amplitude via beta-adrenoceptor (beta AR) stimulation. Here, we investigate the intracellular signalling pathway though which incubation of diabetic cardiomyocytes with the beta AR agonist isoproterenol recovers I-to amplitude to normal values. Methods: Experiments were performed in ventricular myocytes isolated from streptozotocin-diabetic rats. I-to current was recorded by using the patch-clamp technique. Kv4 channel expression was determined by immunofluorescence. Protein-protein interaction was determined by coimmunoprecipitation. Results: Stimulation of beta AR activates first a G alpha s protein, adenylyl cyclase and Protein Kinase A. PKA-phosphorylated receptor then switches to the G alpha i protein. This leads to the activation of the beta AR-Kinase-1 and further receptor phosphorylation and arrestin dependent internalization. The internalized receptor-arrestin complex recruits and activates cSrc and the MAPK cascade, where Ras, c-Raf1 and finally ERK1/2 mediate the increase in Kv4.2 and Kv4.3 protein abundance in the plasma membrane. Conclusion: beta(2)AR stimulation activates a G alpha s and G alpha i protein dependent pathway where the ERK1/2 modulates the Ito current amplitude and the density of the Kv4.2 and Kv4.2 channels in the plasma membrane upon sympathetic stimulation in diabetic heart.

Responsible fisheries enhancing poverty alleviation of fishing communities of Lake Kainji

The attributes of responsible fisheries in enhancing Poverty Alleviation of fishing Communities of Lake Kainji were appraised. After impoundment in 1968, the catch per unit effort of fish continued on a downward trend, which suggested a decline in the fish population as a result of improper fishing methods such as the use of small mesh size nets, fish poisoning, destructive fishing gears like beach seine nets. The Nigerian-German (GTZ) Kainji Lake Fisheries Promotion Project intervention brought an increase in yields for the lake in 1996. The estimated annual yield was put at 38.244 metric tones in 1996, an increase of 18 % from the yield recorded in 1995 due to improvement in fishing and conservation methods. The result of catch assessment study carried out in 2003 as a follow up to GTZ intervention is presented. This reveals 15 family and 40 species of fish recorded. Which shows that Lake Kainji still has very high diversity and abundance of fish species. The paper suggests ways to encourage fishing communities to adopt new innovation or strategies by the government and non-governmental organization, which will go a long way in alleviation poverty among the fisher folks

Análise das práticas de recrutamento e de seleção de pessoas com deficiência para o trabalho em empresas privadas: cumprimento à Lei n 8.213/1991

A proposta da presente pesquisa teve como objetivo analisar criticamente as melhores práticas de recrutamento e de seleção, direcionadas a pessoas com deficiência, candidatas a emprego em cinco empresas privadas, na cidade do Rio de Janeiro, que possuem em seu quadro de funcionários mais de 100 empregados, sendo assim, obrigadas ao cumprimento da Lei n 8.213/1991, a Lei de Cotas. Analisou-se também o modo como profissionais de Recursos Humanos adquiriram conhecimentos técnicos acerca destas práticas. Parte dos objetivos desta proposta de pesquisa foi identificar as bases desta determinação legal, no que se refere ao amparo técnico aos profissionais de RH no processo seletivo. Neste aspecto, o foco da investigação foi verificar a existência de programas de qualificação para estes profissionais, tendo em vista que a exigência de capacitação está sempre centrada na pessoa com deficiência, quando, na verdade, a carência está presente também nos responsáveis que lidam com este público, por ocasião do seu ingresso nas organizações corporativas. A abordagem metodológica incluiu uma pesquisa de campo com base em dados de entrevistas semi-estruturadas, sendo complementada pela técnica de análise de relato verbal. Seis foram os profissionais de RH escolhidos como participantes da pesquisa e que atuam diretamente na área de recrutamento e de seleção de pessoas com deficiência. Inevitavelmente, estes profissionais de RH se utilizam de instrumentos psicométricos dentre outros, cotidianamente empregados no processo seletivo, inclusive na avaliação de pessoas com deficiência. Os resultados da presente pesquisa apontam que as melhores práticas de recrutamento e de seleção, atualmente em uso, direcionadas a pessoas com deficiência, são discriminatórias, pois os profissionais envolvidos neste processo, por demonstrarem falta de conhecimento acerca de práticas apropriadas, se utilizam dos mesmos procedimentos adotados no atendimento de vagas para o público de pessoas ditas normais. Complementarmente, a revisão da literatura aponta a inexistência de amparo técnico e científico, no sentido de qualificar profissionais responsáveis pelo ingresso e permanência de pessoas com deficiência no mercado de trabalho, confirmando-se, assim, a limitação da ação de política pública em vigor. Por conta desse fato, propõe-se a adoção de ações afirmativas, neste caso de órgãos privados, no sentido de mobilizar esforços em prol da contratação de grupos socialmente excluídos no mercado de trabalho, como é o caso das pessoas com deficiência.

Vigiar sem punir? o medo na relação professor-aluno

Essa dissertação trata do medo na relação entre alunos e professores.O medo enquanto emoção humana determina alterações biofísicas que são responsáveis pela manutenção da vida. No entanto, em nível elevado, o medo pode se tornar paralisante ou causador de patologias psíquicas. Mobilizador ou paralisante, o medo pode ser causado por situações reais ou imaginárias. O mesmo medo pode ser causa de angústia para uns e não para outros. Existem aqueles que são só de uns e outros que são de todos. Ao longo da História o medo foi utilizado como forma de disciplinarização de indivíduos e até de populações inteiras. Também foi utilizado na Escola, como forma de controle e exercício do poder do adulto sobre a criança e o jovem. Punições, humilhações, palmatórias, varas, joelhos no milho foram alguns dos instrumentos utilizados por longo tempo na intimidação do aluno. O Século XXI, que já vem sendo conhecido como o Século do Medo, vem trazendo as mudanças nos comportamentos, o aumento da violência do mundo e as mudanças na escola. O professor outrora amedrontador, detentor do poder legitimado socialmente, vem se tornando um amedrontado tanto no exercício profissional quanto cidadão da grande cidade. Analisaremos nesse trabalho o quanto do professor amedrontador e do aluno amedrontado convivem hoje como o professor amedrontado e o aluno amedrontador

Wastewater reuse in aquaculture: socially and environmentally appropriate wastewater treatment for Vietnam

Wastewater is reused and treated in four main types of farming in Vietnam: fish culture in 200 ha; rotation of rice and fish culture in 400 ha; land vegetables and aquatic vegetables.

Aplicação da metodologia de dissociação em alta resolução (HRM) para determinação de perfis genéticos com interesse forense

A genética forense tem grande importância na geração de provas em casos de violência sexual, paternidade criminal, identificação de cadáveres e investigação de evidências de locais de crime. A análise de STRs apresenta grande poder de discriminação, mas é uma metodologia multi-etapas, trabalhosa, cara e em muitos casos a análise genética é prejudicada pela baixa quantidade e qualidade das evidências coletadas. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar uma metodologia de triagem de amostras forenses através da análise de perfis de dissociação em alta resolução (HRM) de regiões do DNA mitocondrial, o qual está presente em maior número de cópias e mais resistente a degradação. Para tanto, foram extraídos DNAs de 68 doadores. Estas amostras foram sequenciadas e analisadas por HRM para sete alvos no DNA mitocondrial. Também foram realizados ensaios para determinar a influência do método de extração, da concentração e nível de degradação do DNA no perfil de HRM obtido para uma amostra. Os resultados demonstraram a capacidade da técnica de excluir indivíduos com sequências diferentes da referência comparativa em cinco regiões amplificadas. Podem ser analisadas em conjunto, amostras de DNA com variação de concentração de até a ordem de 100 vezes e extraídas por diferentes metodologias. Condições de degradação de material genético não prejudicaram a obtenção de perfis de dissociação em alta resolução. A sensibilidade da técnica foi aprimorada com a análise de produtos de amplificação de tamanho reduzido. A fim de otimizar o ensaio foi testada a análise de HRM em reações de PCR duplex. Um dos pares de amplificação forneceu perfis de HRM compatíveis com resultados obtidos de reações com amplificação de apenas um dos alvos. Através da análise conjunta das cinco regiões, esta metodologia visa a identificação de indivíduos não relacionados com as referências comparativas, diminuindo o número de amostras a serem analisadas por STRs, reduzindo gastos e aumentando a eficiência da rotina de laboratórios de genética forense.

Estrutura temática do gênero reportagem na revista Veja e no jornal A Nova Democracia: o caso Santiago

A presente pesquisa investiga as escolhas temáticas de textos jornalísticos, especificamente de reportagens, que partem do mesmo evento, mas que são produzidos e publicados em linhas editoriais distintas. Nosso objetivo geral, com este estudo, é proporcionar subsídios para que sejam superados paradigmas ainda baseados na dicotomia texto e gramática na Escola Básica, como também colaborar para a promoção de um ensino mais crítico e reflexivo, a fim de que os estudantes possam atuar em sociedade com autonomia. Para isso, elegemos como corpus duas reportagens de veículos ideologicamente antagônicos: o jornal A Nova Democracia e a revista Veja. Considerando que o contexto de cultura e o contexto de situação são determinantes para as escolhas linguísticas dos textos, examinamos a organização temática dos períodos que compõem as reportagens. Como referencial teórico, elegemos a Gramática Sistêmico-Funcional (GSF) de Halliday (1978; 1994; 2004), centrando-se especificamente na função Tema, pertencente à Estrutura Temática na Metafunção Textual, um dos níveis de análise da GSF, que organiza a oração como mensagem e sistematiza os significados ideacionais. O objetivo específico deste trabalho é, portanto, analisar até que ponto as diferenças ideológicas afetam as escolhas temáticas dos textos. Com essa finalidade, dedicamo-nos à análise dos Temas Ideacionais e seus significados, pois são eles os responsáveis por indicar de que maneira os autores priorizaram as informações nos períodos que compõem e organizam as mensagens contidas nos textos. Como método de pesquisa, anotamos e classificamos manualmente cada um dos dados quantitativos e, em seguida, passamos a uma análise qualitativa dos Temas assinalados. Os resultados apontam que ambos os textos apresentam uma alta frequência de Temas Ideacionais Participantes, mas semanticamente distintos. Quanto aos Temas Ideacionais Processos e Circunstâncias, eles evidenciam discrepâncias sintáticas e semânticas significativas, que revelam representações diferentes dos narradores frente ao mesmo evento.