The impact of genotyping error on haplotype reconstruction and frequency estimation

The choice of genotyping families vs unrelated individuals is a critical factor in any large-scale linkage disequilibrium (LD) study. The use of unrelated individuals for such studies is promising, but in contrast to family designs, unrelated samples do not facilitate detection of genotyping errors, which have been shown to be of great importance for LD and linkage studies and may be even more important in genotyping collaborations across laboratories. Here we employ some of the most commonly-used analysis methods to examine the relative accuracy of haplotype estimation using families vs unrelateds in the presence of genotyping error. The results suggest that even slight amounts of genotyping error can significantly decrease haplotype frequency and reconstruction accuracy, that the ability to detect such errors in large families is essential when the number/complexity of haplotypes is high (low LD/common alleles). In contrast, in situations of low haplotype complexity (high LD and/or many rare alleles) unrelated individuals offer such a high degree of accuracy that there is little reason for less efficient family designs. Moreover, parent-child trios, which comprise the most popular family design and the most efficient in terms of the number of founder chromosomes per genotype but which contain little information for error detection, offer little or no gain over unrelated samples in nearly all cases, and thus do not seem a useful sampling compromise between unrelated individuals and large families. The implications of these results are discussed in the context of large-scale LD mapping projects such as the proposed genome-wide haplotype map.

Review of "Clearing the Smoke: Assessing the Science Base for Tobacco Harm Reduction"

Review of Clearing the Smoke: Assessing the Science Base for Tobacco Harm Reductionbby K. STRATTON, P. SHEATHE, R. WALLACE & S. BANDURANT Washington DC, National Academy Press, 2001, xix + 636 pp, US$49.95, ISBN 0309 07282 4 (hbk)

An Analytic Simplification for the Reconstruction Problem of Electrical Impedance Tomography

This paper introduces a new reconstruction algorithm for electrical impedance tomography. The algorithm assumes that there are two separate regions of conductivity. These regions are represented as eccentric circles. This new algorithm then solves for the location of the eccentric circles. Due to the simple geometry of the forward problem, an analytic technique using conformal mapping and separation of variables has been employed. (C) 2002 John Wiley Sons, Inc.

Mitochondrial genomes of parasitic flatworms

Complete or near-complete mitochondrial genomes are now available for 11 species or strains of parasitic flatworms belonging to the Trematoda and the Cestoda. The organization of these genomes is not strikingly different from those of other eumetazoans, although one gene (atp8) commonly found in other phyla is absent from flatworms. The gene order in most flatworms has similarities to those seen in higher protostomes such as annelids. However, the gene order has been drastically altered in Schistosoma mansoni, which obscures this possible relationship. Among the sequenced taxa, base composition varies considerably, creating potential difficulties for phylogeny reconstruction. Long non-coding regions are present in all taxa, but these vary in length from only a few hundred to similar to10 000 nucleotides. Among Schistosoma spp., the long non-coding regions are rich in repeats and length variation among individuals is known. Data from mitochondrial genomes are valuable for studies on species identification, phylogenies and biogeography.

The use of stochastic dynamic programming in optimal landscape reconstruction for metapopulations

A decision theory framework can be a powerful technique to derive optimal management decisions for endangered species. We built a spatially realistic stochastic metapopulation model for the Mount Lofty Ranges Southern Emu-wren (Stipiturus malachurus intermedius), a critically endangered Australian bird. Using diserete-time Markov,chains to describe the dynamics of a metapopulation and stochastic dynamic programming (SDP) to find optimal solutions, we evaluated the following different management decisions: enlarging existing patches, linking patches via corridors, and creating a new patch. This is the first application of SDP to optimal landscape reconstruction and one of the few times that landscape reconstruction dynamics have been integrated with population dynamics. SDP is a powerful tool that has advantages over standard Monte Carlo simulation methods because it can give the exact optimal strategy for every landscape configuration (combination of patch areas and presence of corridors) and pattern of metapopulation occupancy, as well as a trajectory of strategies. It is useful when a sequence of management actions can be performed over a given time horizon, as is the case for many endangered species recovery programs, where only fixed amounts of resources are available in each time step. However, it is generally limited by computational constraints to rather small networks of patches. The model shows that optimal metapopulation, management decisions depend greatly on the current state of the metapopulation,. and there is no strategy that is universally the best. The extinction probability over 30 yr for the optimal state-dependent management actions is 50-80% better than no management, whereas the best fixed state-independent sets of strategies are only 30% better than no management. This highlights the advantages of using a decision theory tool to investigate conservation strategies for metapopulations. It is clear from these results that the sequence of management actions is critical, and this can only be effectively derived from stochastic dynamic programming. The model illustrates the underlying difficulty in determining simple rules of thumb for the sequence of management actions for a metapopulation. This use of a decision theory framework extends the capacity of population viability analysis (PVA) to manage threatened species.

Transposition of first digital pad for reconstruction of a palmar antebrachial soft tissue defect in a cat

An 8-year-old female neutered Siamese cat was presented with a recent history of incomplete excision of an apocrine gland adenocarcinoma from the palmar aspect of the right antebrachium, just proximal to the carpal joint. There was no evidence of metastasis. Wide surgical excision of the previous surgery site was performed resulting in a soft tissue defect. Partial reconstruction was achieved using digital pad transposition of the first digit (dewclaw), forming a local axial pattern flap that was transposed into the adjacent defect. The remaining defect was closed by primary apposition. The skin flap healed successfully. Some breakdown of the skin closed by primary apposition necessitated open wound management. The cosmetic and functional result of the first digital pad transposition was considered excellent, rendering it a useful means to reconstruct soft tissue defects in the carpal region.

Synthesis and characterization of mono- and bis-ligand zinc(II) and cadmium(II) complexes of the di-2-pyridylketone Schiff base of S-benzyl dithiocarbazate (Hdpksbz) and the X-ray crystal structures of the [Zn(dpksbz)2] and [Cd(dpksbz)NCS]2 complexes

New mono- and bis-chelated zinc(II) and cadmium(II) complexes of formula, [M(dpksbz)NCS] (dpksbz = anionic form of the di-2-pyridylketone Schiff base of S-benzyldithiocarbazate) and [M(dpksbz)(2)] (M = Zn-II, Cd-II) have been prepared and characterized. The structure of the bis-ligand complex, [Zn(dpksbZ)(2)] has been determined by X-ray diffraction. The complex has a distorted octahedral geometry in which the ligands are coordinated to the zinc(II) ion as uninegatively charged tridentate chelates via the thiolate sulfur atoms, the azomethine nitrogen atoms and the pyridine nitrogen atoms. The distortion from a regular octahedral geometry is attributed to the restricted bite angles of the Schiff base ligands. X-ray structural analysis shows that the [Cd(dpksbz)NCS](2) complex is a centrosymmetric dimer in which each of the cadmium(II) ions adopts a five-coordinate, approximately square-pyramidal configuration with the Schiff base acting as a tetradentate chelating agent coordinating a cadmium(II) ion via one of the pyridine nitrogen atoms, the azomethine nitrogen atom and the thiolate sulfur atom; the second pyridine nitrogen atom is coordinated to the other cadmium(II) ion of the dimer. The fifth coordination position around each cadmium(II) is occupied by an N-bonded thiocyanate ligand. (C) 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Programa de apoio ao desenvolvimento de novas empresas de base tecnol??gica agropecu??ria e ?? transfer??ncia de tecnologia (Proeta)

Em dezembro de 2001, o Proeta foi criado pela Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecu??ria (Embrapa) com apoio financeiro do Fundo Multilateral de Investimentos do Banco Interamericano de Desenvolvimento (Fumin/BID), por meio de um acordo de coopera????o t??cnica n??o-reembols??vel. O programa tem o objetivo de contribuir para a transfer??ncia de tecnologias e conhecimentos gerados pela Embrapa para empreendimentos de base tecnol??gica, mediante a utiliza????o do processo de incuba????o de empresas. Para concretizar a iniciativa, foram estabelecidas experi??ncias-piloto em cinco unidades de pesquisa da Embrapa, estrategicamente situadas nas regi??es Nordeste, Centro-Oeste e Sudeste. Entre os resultados e avan??os obtidos merecem destaque 21 tecnologias disponibilizadas, 14 conv??nios firmados com incubadoras, 16 propostas de neg??cios apresentadas, 14 empresas pr??-selecionadas e incubadas, e uma empresa graduada. A consolida????o das alian??as e parcerias no processo de incuba????o resultou em um sistema de inova????o que auxilia o desenvolvimento sustent??vel da cadeia produtiva do agroneg??cio, gerando benef??cios para a sociedade em geral

Programa de Racionaliza????o de Processos com base na Aprendizagem Organizacional: PRPAO

O Programa de Racionaliza????o de Processos com base na Aprendizagem Organizacional (PRPAO), unindo os princ??pios da organiza????o racional e da organiza????o de aprendizagem, teve como objetivo levantar e aplicar os meios mais eficientes para a consecu????o das tarefas di??rias, incorporando conhecimentos e novas pr??ticas de gest??o ?? organiza????o. Por ocasi??o de sua implementa????o, primeiramente procurou-se identificar a forma como as atividades eram realizadas; em seguida, detectar as id??ias e os conhecimentos existentes para melhoria dessas atividades; e, por ??ltimo, por meio de prioriza????es, implementar as mudan??as sugeridas. O principal recurso utilizado nesse programa foi o humano, sobretudo voltado para capacidade de gerir id??ias, n??o havendo, no momento, necessidade de despesas extras com consultoria. Os resultados foram surpreendentes, pois medidas simples trouxeram uma redu????o no tempo gasto, de mais de 80%, em determinados processos e uma economia de recursos financeiros superior a 20%

Produtividade e sa??de financeira: a import??ncia da venda de servi??os pela Base Naval de Natal para clientes extra: Marinha

A Marinha, com sua vis??o para o futuro e preocupada com a dificuldade de mensura????o dos custos de suas organiza????es industriais e prestadoras de servi??os, instituiu, a partir de 1994, o sistema de Organiza????es Militares Prestadoras de Servi??os (OMPS). Nesse contexto, a base Naval de Natal (BNN) precisou encontrar propostas que a mantivesse superavit??ria. Para tal, tornou-se necess??rio o engajamento de todos os n??veis da OM para, dentro de uma vis??o sist??mica de mensura????o existente, atingir um desempenho global satisfat??rio. Ap??s a implanta????o da iniciativa, alcan??ou-se o aumento substancial do faturamento, com rela????o aos clientes extra-Marinha, a redu????o dos prazos de prontifica????o dos servi??os prestados, sem queda na qualidade e com a constante preocupa????o de se verificar o n??vel de satisfa????o do cliente; o incremento da terceiriza????o consciente; o surgimento de parcerias com a iniciativa privada que geraram a otimiza????o da capacidade instalada em algumas oficinas; maior agilidade no processo de obten????o, devido a uma melhor coordena????o entre as ??reas industrial e de log??stica; e a possibilidade de investimentos na ??rea industrial e nas condi????es de trabalho,em decorr??ncia do aumento da produtividade

Uma base para o desenvolvimento de estrat??gias de aprendizagem para a gest??o de riscos no servi??o p??blico

Este Caderno traz o relat??rio elaborado pela Mesa-Redonda de Pesquisa A????o sobre Gest??o de Riscos, do Centro Canadense para o Desenvolvimento da Gest??odo Canad??, que objetiva principalmente avaliar as v??rias iniciativas e estudos realizados, identificar princ??pios b??sicos e pr??ticas positivas e definir mecanismos para estimular a divulga????o de estudos te??ricos e medidas pr??ticas no campo da gest??o de riscos

Base flutuante de fiscaliza????o federal integrada

Este projeto consiste na celebra????o de conv??nios entre a Superintend??ncia Regional da Secretaria da Receita Federal no Par?? com as principais institui????es envolvidas nas atividades de policiamento da Amaz??nia, visando reduzir a pr??tica do contrabando, narcotr??fico e a devasta????o do meio-ambiente causada pela extra????o indiscriminada de madeiras. O conv??nio foi celebrado entre a Pol??cia Federal, IBAMA, SUFRAMA e Secretaria de Estado da Fazenda. No munic??pio de ??bidos ??? PA, por onde passam todas as embarca????es procedentes da Zona Franca de Manaus com destino ??s cidades de Santar??m e Bel??m ??? PA, foi constru??da uma base flutuante denominada Candiru, a qual se constitui em um eficiente mecanismo de vigil??ncia e repress??o ?? pr??tica do contrabando via fluvial

Sobre as causas naturais que formam a base empírica do fenômeno dos turbilhões nas cosmogonias : dos pré-socráticos a René Descartes

Neste trabalho é apresentado um possível fundamento empírico para as teorias dos turbilhões que figuram em praticamente todas as teorias cosmogônicas dos pré-socráticos e mesmo presentes nas teorias de pensadores modernos como René Descartes e C. Huyghens.

Olhares sobre Jongos e Caxambus: Processos educativos nas práticas religiosas afro-brasileiras

Este estudo foi elaborado a partir da proposta de fortalecimento das relações comunitárias entre a Universidade Federal do Espírito Santo e as comunidades jongueiras e caxambuzeiras. Destina-se a apresentar a pesquisa realizada em territórios negros sob a inspiração do Jongo e do Caxambu, reconhecidos como Patrimônio Imaterial do Brasil pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan). A pesquisa foi desenvolvida no norte do Estado do Espírito Santo e tem como recurso analítico e conceitual estudos sobre etnicidade no campo da educação. Sua proposta é ampliar e constituir-se como base para a implementação da Lei nº. 10.639/2003, considerando a descrição das categorias religiosidade, territorialidade, memórias, cultura negra, cultura popular e tradição, com base nas narrativas dos sujeitos. Relaciona as práticas culturais do jongo e do caxambu como elementos importantes para a reconstrução da história do negro no Sudeste brasileiro. O tema de investigação foi construído sob a inspiração teórica dos estudos culturais referenciados em Stuart Hall (2008), Canclini (1997), Santos (2008, 2009), Certeau (2005) e na produção simbólica das interpretações sociais, das fronteiras étnicas para descrever as diferenças percebidas pelos sujeitos. Trabalhou-se basicamente propondo as múltiplas interpretações a partir do vivido. O estudo reforça a importância das africanidades na formação de professores e a discussão do Patrimônio Imaterial do Jongo como possibilidades de saberes-fazeres no campo do currículo escolar. Os caminhos da pesquisa partem de uma base etnográfica, conjugando a metodologia da história oral temática com a pesquisa participante e a pesquisa ação, interligando as memórias dos sujeitos, suas narrativas e vivências ao fazer pedagógico no cotidiano das comunidades. Ressalta a relação intercultural e territorial que identifica jongueiros e caxambuzeiros. Os resultados da pesquisa descrevem as condições dessas práticas, da visibilidade das políticas culturais, da produção das identidades jongueiras no norte do Estado do Espírito Santo, sob o ponto de vista dos sujeitos elencados.