Caracterização genética de micobactérias não tuberculosas isoladas de espécimes clínicos pulmonares no estado do Pará

Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções causadas por micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, dados sobre frequência e espécies envolvidas em infecções pulmonares no Brasil são limitados, principalmente em estados da Região Norte do Brasil. O conhecimento das espécies de MNT associadas às infecções pulmonares tem importância clínica e epidemiológica, sendo as técnicas moleculares ferramentas capazes de oferecer um diagnóstico espécie-específico, o qual é necessário para a instituição de terapia adequada. O presente trabalho descreve a diversidade de MNT isoladas de espécimes pulmonares encaminhados ao Instituto Evandro Chagas entre 1999 e 2011 para pesquisa de micobactérias. As MNT foram inicialmente caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e reidentificadas por sequenciamento dos genes RNAr 16S, hsp65, rpoB e região ITS1. De acordo com os achados, o método de PRA-hsp65 mostrou-se uma ferramenta prática para identificação MNT, permitindo a distinção de uma grande variedade de espécies de forma rápida, simples e barata, em comparação com o sequenciamento. Além disso, como sugerido no presente estudo, de acordo com a diversidade de espécies local, este método pode ser passível de modificações para proporcionar maior poder discriminatório. Para isolados do complexo Mycobacterium avium (MAC), a aplicação da análise de sequência do gene rpoB não se mostrou como alternativa adequada para discriminação de isolados do Estado do Pará, gerando resultados discrepantes com baixa resolução taxonômica. Um espectro particular de MNT foi associado aos casos de infecção pulmonar na região, representado principalmente por espécies dos complexos M. chelonae-M. abscessus (M. abscessus, M. massiliense e M. bolletii), M. avium (M. avium, M. intracellulare e M. colombiense) e M. simiae (M. simiae e taxa não nomeados). Dentre esse último, duas potenciais espécies foram detectadas, M. paraensis sp. nov. e M. amazoniensis sp. nov., sendo propostas como novos membros do complexo M. simiae. Entre os indivíduos afetados, as principais características encontradas foram sexo feminino, a idade superior a 50 anos, etnia parda e história de infecção prévia por tuberculose. Embora este estudo não demonstre a real magnitude de infecções pulmonares por MNT no Estado do Pará, ele descreve a diversidade de espécies e claramente retrata a importância desse grupo na região, chegando a representar 13,5% dos isolamentos micobacterianos em um laboratório de referência. Conjuntamente a esse achado, a identificação de casos de MNT em indivíduos presuntivamente diagnosticados com TB, indica a necessidade de confirmação bacteriológica, especialmente nos casos de resistência primária ao esquema básico da tuberculose.

Revisão taxonômica das espécies brasileiras do gênero Argoravinia (Diptera : Sarcophagidae)

A família Sarcophagidae apresenta distribuição cosmopolita e compreende cerca de 2.600 espécies descritas, com aproximadamente 800 espécies registradas para a região Neotropical. Argoravinia Townsend, 1917 é um gênero de Sarcophagidae (Diptera, Oestroidea) pertencente à subfamília Sarcophaginae com espécies Neotropicais e Neárticas, com exceção de duas que foram introduzidas nas Ilhas Marshal (região Australasiana/Oceânica). O gênero compreende espécies de tamanho pequeno a médio (4 - 9,5 mm), com R₁ cerdosa na metade basal e tronco da veia R₂₊₃, na face ventral, com uma ou mais cerdas, apódema do ducto ejaculatório muito desenvolvido, falo com processo mediano longo e sinuoso e base do estilo lateral livre. O gênero Argoravinia era composto por somente duas espécies até que o gênero Raviniopsis Townsend, 1918, com quatro espécies, foi considerado sinônimo de Argoravinia no catálogo da família Sarcophagidae. Sendo assim, o gênero compreende atualmente seis espécies formalmente descritas: A. alvarengai Lopes, 1976; A. aurea (Townsend, 1918); A. brasiliana Lopes, 1976; A. candida (Curran, 1928); A. rufiventris (Wiedemann, 1830) e A. timbarensis (Lopes, 1988); no entanto, somente quatro destas são registradas para o Brasil. No presente estudo, as espécies brasileiras do gênero Argoravinia são revisadas e redescritas: A. alvarengai, A. aurea, A. brasiliana e A. rufiventris. Duas espécies novas são descritas para o estado do Pará: A. catiae sp. nov. e A. paraensis sp. nov. A. alvarengai é registrada pela primeira vez para o estado do Pará e A. rufiventris é um novo registro para os estados da Bahia e Maranhão. São apresentadas chaves de identificações para os espécimes machos e fêmeas, ilustrações da morfologia da terminália de machos e fêmeas, fotos de microscopia eletrônica de varredura , além de mapas de distribuição geográfica.

A sponge/dinoflagellate association in the haplosclerid sponge Haliclona sp.: cellular origin of cytotoxic alkaloids by Percoll density gradient fractionation

Light-microscopic and electron-microscopic studies of the tropical marine sponge Haliclona sp. (Or der: Haplosclerida Family: Haliclonidae) from Heron Island, Great Barrier Reef, have revealed that this sponge is characterized by the presence of dinoflagellates and by nematocysts. The dinoflagellates are 7-10 mu m in size, intracellular, and contain a pyrenoid with a single stalk, whereas the single chloroplast is branched, curved, and lacks grana. Mitochondria are present, and the nucleus is oval and has distinct chromosomal structure. The dinoflagellates are morphologically similar to Symbiodinium microadriaticum, the common intracellular symbiont of corals, although more detailed biochemical and molecular studies are required to provide a precise taxonomic assignment. The major sponge cell types found in Haliclona sp, are spongocytes, choanocytes, and archaeocytes; groups of dinoflagellates are enclosed within large vacuoles in the archaeocytes. The occurrence of dinoflagellates in marine sponges has previously been thought to be restricted to a small group of sponges including the excavating hadromerid sponges; the dinoflagellates in these sponges are usually referred to as symbionts. The role of the dinoflagellates present in Haliclona sp. as a genuine symbiotic partner requires experimental investigation. The sponge grows on coral substrates, from which it may acquire the nematocysts, and shows features, such as mucus production, which are typical of some excavating sponges. The cytotoxic alkaloids, haliclonacyclamines A and B, associated with Haliclona sp. are shown by Percoll density gradient fractionation to be localized within the sponge cells rather than the dinoflagellates. The ability to synthesize bioactive compounds such as the haliclonacyclamines may help Haliclona sp. to preserve its remarkable ecological niche.

Isolation and characterization of a Clostridium sp with cinnamoyl esterase activity and unusual cell envelope ultrastructure

Microorganisms that hydrolyse the ester linkages between phenolic acids and polysaccharides in plant cell walls are potential sources of enzymes for the degradation of lignocellulosic waste. An anaerobic, mesophilic, spore-forming, xylanolytic bacterium with high hydroxy cinnamic acid esterase activity was isolated from the gut of the grass-eating termite Tumilitermes pastinator. The bacterium was motile and rod-shaped, stained gram-positive, had an eight-layered cell envelope, and.formed endospores. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA indicated that the bacterium is closely related to Clostridium xylanolyticum and is grouped with polysaccharolytic strains of clostridia. A wide range of carbohydrates were fermented, and growth was stimulated by either xylan or cellobiose as substrates. The bacterium hydrolysed and then hydrogenated the hydroxy cinnamic acids (ferulic and p-coumaric acids), which are esterified to arabinoxylan in plant cell walls. Three cytoplasmic enzymes with hydroxy cinnamic acid esterase activity were identified using non-denaturing gel electrophoresis. This bacterium possesses an unusual multilayered cell envelope in which both leaflets of the cytoplasmic membrane, the peptidoglycan layer and the S layer are clearly discernible. The fate of all these components was easily followed throughout the endospore formation process. The peptidoglycan component persisted during the entire morphogenesis. It was seen to enter the septum and to pass with the engulfing membranes to surround the prespore. It eventually expanded to form the cortex, verification for the peptidoglycan origin of the cortex. Sporogenic vesicles, which are derived from the cell wall peptidoglycan, were associated with the engulfment process. Spore coat fragments appeared early, in stage II, though spore coat formation was not complete until after cortex formation.

Transfer of Conglomeromonas largomobilis subsp largomobilis to the genus Azospirillum as Azopirillum largomobile comb nov, and elevation of Conglomeromonas largomobilis subsp parooensis to the new type species of Conglomeromonas, Conglomeromonas parooensi

Analysis of the 16S rDNA sequence of Conglomeromonas largomobilis subsp. largomobilis supports a phylogenetic relationship with the species of the genus Azospirillum. This confirms results of previous nucleic acid hybridization studies (FALK, E. C., J. L. JOHNSON, V. D. L. BALDANI, J. DOBEREINER, and N. R. KRIEG. 1986. Int. J. Syst. Bacteriol. 36: 80-85). Conglomeromonas largomobilis subsp. largomobilis was most closely related to the species Azospirillim lipoferum and Azospirillum brasilense but sufficiently distant to warrant separate species status. Conglomeromonas largomobilis subsp. parooensis was more distantly related to the existing species of Azospirillum and represents an isolated subline of descent. On the basis of the phylogenetic evidence a prosposal is made to transfer the subspecies Conglom-eromonas largomobilis subsp. largomobilis to the genus Azospirillum as Azospirillum largomobile comb. nov. and to retain the genus Conglomeromonas by elevating the subspecies C. largomobilis subsp. parooensis to the type species of Conglomeromonas as Conglomeromonas parooensis sp. nov.

Ergasilus triangularis sp. n. (COPEPODA: ERGASILIDAE) das BRÂNQUIAS de Laemolyta taeniata (KNER, 1859), (CHARACIFORMES: ANOSTOMIDAE) DA AMAZÔNIA BRASILEIRA

Ergasilus triangularis sp. nov. (Copepoda, Poecilostomatoida, Ergasilidae) é proposta. Os espécimens foram coletados dos filamentos branquiais de Laemolyta taeniata dos rios Jamari, Guaporé e Pacaás Novos do estado de Rondônia, Brasil. A nova espécie tem um espinho forte, pectinado e falciforme no artículo terminal do exopodito da primeira perna, indicando uma relação com outras sete espécies amazônicas de Ergasilus. Esta espécie difere das outras no tamanho dos espécimes, forma da antena e na ornamentação das pernas.

Sinopse das espécies neotropicais do grupo nitida do gênero Apenesia (Hymenoptera, Bethylidae)

São descritas e ilustradas duas espécies: Apenesia quelata sp. nov. e A. trivisa sp. nov. São fornecidos registros geográficos novos e dados sobre variações morfoestruturais de A. membranaceus Lanes & Azevedo, 2004, A. paraensis Kieffer, 1910, A. quadrata Evans, 1963, A. serrulata Azevedo & Batista, 2002 e A. williamsi Evans, 1966. Duas espécies são sinonimizadas: A. laticeps Evans, 1963 como sinônimo júnior de A. quadrata Evans, 1963; A. truncaticeps (Kieffer, 1910) como sinônimo júnior de A. paraensis Kieffer, 1910. A fêmea de A. quadrata é descrita e ilustrada pela primeira vez. É fornecida chave de identificação para as espécies do grupo nitida, baseada em machos.

Espécies de cigarrinhas (Hemiptera, Cicadellidae, Cicadellinae) em pomares de citros da região de Bebedouro, SP, com descrição de uma espécie nova de Acrogonia Stål

Sharpshooter leafhoppers (Hemiptera, Cicadellidae, Cicadellinae) in citrus groves of the area of Bebedouro, SP, with description of a new species of Acrogonia Stål. Sixteen species of Cicadellidae, subfamily Cicadellinae, were collected and identified: 11 of the tribe Cicadellini and five of the tribe Proconiini. The ten most common species, together with a new species, are characterized based on external morphology and male genitalia: Acrogonia citrina Marucci & Cavichioli sp. nov.; Bucephalogonia xanthophis (Berg, 1879); Dilobopterus costalimai Young, 1977; Ferrariana trivittata (Signoret, 1854); Hortensia similis (Walker, 1851); Macugonalia cavifrons (Stål, 1862); M. leucomelas (Walker, 1851); Oncometopia facialis (Signoret, 1854); Plesiommata corniculata Young, 1977 and P. mollicella (Fowler, 1900). The leafhopper samples were collected in citrus groves and in adjacent habitats (woods, swamp, cultivable plain, spontaneous vegetation of the grove, coffee crop and sugarcane) at the counties of Bebedouro and Monte Azul Paulista and in the district of Turvínia. The collecting methods were: insect net, yellow sticky cards, portable suction trap and Malaise trap. Identification keys were elaborated for the 16 species. There is a great diversity of Cicadellinae species in the citric groves. In the three areas sampled, it was collected a larger number of species of the tribe Cicadellini than of the tribe Proconiini. In the Bebedouro area, the vector species of Xylella fastidiosa, A. citrina sp. nov., B. xanthophis, D. costalimai and O. facialis, were collected in the citrus groves and in all adjacent habitats.

Cerambycidae (Coleoptera) da Colômbia: IV. Cerambycinae com olhos grosseiramente granulados

New records for Colombian Cerambycidae - Achrysonini: Achryson immaculipenne Gounelle, 1909, A. lineolatum Erichson, 1847, A. quadrimaculatum (Fabricius, 1792); Ectenessini: Ectenessa lurida Martins, 1973; Cerambycini: Jupoata rufipennnis (Gory, 1831), Poeciloxestia carlyslei Fragoso, 1978, P. paraensis Lane, 1965; Elaphidionini: Ambonus electus (Gahan & Arrow, 1903), Paramallocera cribripennis (Bates, 1885), Periboeum pubescens (Olivier, 1790), Stizocera plicicollis (Germar, 1824), S. poeyi (Guérin-Méneville, 1838), Pantonyssus glabricollis Fuchs, 1961; Piezocerini: Haruspex lineolatus Bates, 1870; Eligmodermini: Eligmoderma spinicolle Aurivillius, 1923, E. ziczac Nonfried, 1895. New species described: Pantonyssus suturale sp. nov. (Santander); Anelaphus colombianus sp. nov. (Santander); A. sparsus sp. nov. (Magdalena).

O gênero Strangalia Audinet-Serville no Norte e Centro-Oeste do Brasil (Coleoptera, Cerambycidae, Lepturinae)

As espécies do gênero Strangalia Audinet-Serville do Norte e Centro-Oeste do Brasil são revistas. Strangalia xanthomelaena sp. nov. é descrita de Rondônia e Mato Grosso, Brasil. Dois novos sinônimos são propostos: Ophistomis irene Gounelle, 1911 = Euryptera albicollis Pascoe, 1860; O. paraensis Bates, 1870 = O. bivittatus Bates, 1870. São fornecidas ilustrações e chave para identificação das espécies.

Asphondylia fructicola, a new species of Cecidomyiidae (Diptera) associated with Solanum sp. (Solanaceae) from Brazil

Asphondylia fructicola sp. nov. is described and illustrated on the basis of the larva, pupa, male, female, and gall. This species induces galls on fruits of Solanum sp. (Solanaceae) in Amazonia, Brazil.

Melostelis gen. nov., espécies novas e notas complementares sobre Anthidiini (Hymenoptera, Apidae)

Melostelis gen. nov., espécies novas e notas complementares sobre Anthidiini (Hymenoptera, Apidae). Melostelis gen. nov. é proposto para um novo Anthidiini cleptoparasita. São descritas e ilustradas duas espécies novas: Melostelis amazonensis sp. nov. de Manaus, Amazonas e Larocanthidium chacoense sp. nov. de Porto Murtinho, Mato Grosso do Sul. São dados a conhecer os machos de Epanthidium bolivianum Urban, 1995 e Epanthidium araranguense Urban, 2006 e, registrados pela primeira vez no Brasil, na sub-região do chaco, Ketianthidium zanolae Urban, 2000 e Epanthidium bolivianum.

The genus Lycoderides Sakakibara, stat. nov., its composition and descriptions of new species (Hemiptera, Membracidae, Stegaspidinae)

The genus Lycoderides Sakakibara, stat. nov. , its composition and descriptions of new species (Hemiptera, Membracidae, Stegaspidinae).The subgenus Lycoderes (Lycoderides) Sakakibara, 1972 is raised to the genus category - Lycoderides stat. nov.. - : and it now includes: Lycoderides amazonicus (Sakakibara, 1991), comb. nov. , Lycoderides brevilobus (Sakakibara, 1972), comb. nov. , Lycoderides burmeisteri (Fairmaire, 1846), comb. nov. , Lycoderides cultratus (Sakakibara, 1991), comb. nov. , Lycoderides fernandezi (Strümpel, 1988), comb. nov. , Lycoderides fuscus (Amyot & Serville, 1843), comb. nov. , Lycoderides gradatus (Sakakibara, 1972), comb. nov. , Lycoderides hippocampus (Fabricius, 1803), comb. nov. , Lycoderides luteus (Funkhouser, 1940), comb. nov. , Lycoderides marginalis (Walker, 1851), comb. nov. , Lycoderides nathanieli (Cryan, 1999), comb. nov. , Lycoderides obtusus (Sakakibara, 1991), comb. nov. , Lycoderides pennyi (Sakakibara, 1991), comb. nov. , Lycoderides phasianus (Fowler, 1896), comb. nov. (= Enchenopa minamen Buckton, 1901,SYN. NOV: ), Lycoderides protensus (Sakakibara, 1991), comb. nov. , Lycoderides serraticornis (Fowler, 1896), comb. nov. , and Lycoderides strumpeli (Sakakibara, 1991), comb. nov. The following new species are described: Lycoderides abditus, sp. nov. , Lycoderides brulei,SP. NOV. (: both from French Guiana), Lycoderides capixaba, sp. nov. (from Brazil, Espírito Santo), Lycoderides cavichiolii, sp. nov. (from Brazil, Rio de Janeiro), Lycoderides meloi, sp. nov. (from Brazil, Bahia), and Lycoderides oliviae, sp. nov. (from Brazil, Minas Gerais). Other nomenclatural change: Stegaspis bracteata (Fabricius, 1787) = Lycoderes capitata Buckton, 1903, syn. nov. New records of geographical distribution and a key to the species are provided.

Biofilmbildung bei Pflanzen-assoziierten Bakterien der Gattung Methylobacterium und molekulargenetisch-physiologische Charakterisierung eines neuen Marchantia-Isolats (Mtb. sp. JT1)

Bakterien existieren bevorzugt in Biofilmen. Das Zusammenleben in diesen Gemeinschaften bietet den einzelnen Mikroben einen wirksamen Schutz und ermöglicht die Ausbildung langfristiger, synergistischer Wechselwirkungen, die mit multizellulären Systemen verglichen werden können. Biofilme bestehen aus Mikrooganismen-Populationen, die sich an Grenzflächen ansammeln und typischerweise von einer Matrix aus extrazellulären polymeren Substanzen umgeben sind. Auch auf Pflanzen-Oberflächen bilden viele Bakterien Biofilme, um ihre Überlebenswahrscheinlichkeit zu erhöhen. In dieser Arbeit wurde die Biofilmbildung bei Pflanzen-assoziierten Bakterien der Gattung Methylobacterium (Mtb.) untersucht, wobei molekular- und mikrobiologische sowie mikroskopische Techniken eingesetzt wurden. Es zeigte sich, dass alle untersuchten Vertreter der Gattung Methylobacterium in unterschiedlichem Ausmaß Biofilme bilden. Die Ausprägung ist dabei Taxon (bzw. Isolat)-spezifisch und vor allem von der Stickstoff-Verfügbarkeit abhängig. Jedoch spielen auch andere Umweltfaktoren, wie die Versorgung der Zellen mit Phosphat und die Zelldichte, bei der Ausbildung der überzellulären Einheiten eine wichtige Rolle. Die Matrix der Biofilme wird meist durch ein fibrilläres Netzwerk gebildet. Dabei handelt es sich um Heteropolysaccharide, die von den Bakterien synthetisiert und sezerniert werden. Einige Isolate bilden zusätzlich zahlreiche Fimbrien (Auswüchse), durch die sie an andere Zellen oder Oberflächen binden können. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurden mehrere neue Methylobacterium-Isolate physiologisch und molekulargenetisch charakterisiert (Nährstoffverwertung, DNA-Sequenzen verschiedener Gene, phylogenetische Analysen usw.). Im Vordergrund stand hierbei der von einer urtümlichen Landpflanze, dem Lebermoos (Marchantia polymorpha), isolierte Stamm Mtb. sp. JT1. Dabei zeigten sich deutliche Unterschiede in der Morphologie und Physiologie des Bakterienstamms JT1 und dem nahe verwandten Stamm 5b.2.20 zu den bereits beschriebenen Taxa der Gattung, so dass eine Spezies-Neubeschreibung erforderlich war. Als Artname wurde aufgrund der außergewöhnlichen Oberflächenstrukturen Mtb. fimbriae sp. nov. eingeführt. Auch andere Methylobakterien (unter anderem Isolat Mtb. sp. F3.2, isoliert vom Laubmoos Funaria hygrometrica) stellen wahrscheinlich Vertreter einer neue Spezies dar (Artname Mtb. funariae sp. nov.). Jedoch zeigen Mtb. fimbriae und Mtb. funariae nur geringe physiologische und morphologische Unterschiede und konnten auf Grundlage umfassender DNA-DNA-Hybridisierungs-Studien nicht eindeutig voneinander abgegrenzt werden.

Studies on the genus Paecilomyces in China V. Taifanglania gen. nov for some monophialidic species

A rare monophialidic fungus, Taifanglania hechuanensis gen. & sp. nov., was isolated from soil oil the banks of Jialin River, Hechuan, Chongqing City during a survey of soil-borne filamentous fungi from different phytogeographical areas in China. It is described and illustrated in this paper. A further eight monophialidic species of Paecilomyces are transferred to the genus. Diagnosis features of the new genus are white, grey, straw yellow or brown to black colonies on Czapek agar. Conidiophores are always absent or simple. Phialides are solitary, consisting of a cylindrical or ellipsoidal swollen basal portion, tapering into a thin neck, directly arising on vegetative hyphae or prophialides, sometimes consisting of a whorl of 2 to 3 phialides oil simple conidiophores. Conidia arc one-celled, hyaline, smooth-walled, subglobose, ellipsoidal or fusiform, having or no the connective between conidia and being thermotolerant. The new species is characterized by pale yellow to grey-yellow colonies, solitary phialides with ail ellipsoidal or fusiform basal portion that arise directly from the vegetative hyphae, big conidia (3.1-)3.9-8.7 x ( 1.7-)2.1-4.7(-5.1) mu m with the connective, and thermotolerant growth. A molecular study based oil the nucleotidic sequences of the SSU rDNA and ITS regions support the status of T. hechuanensis as a new species and Taifanglania as a new genus.