On stand by: host genetics of HIV control.

The impact of host genetic variation on determining the differential outcomes after HIV infection has been studied by two approaches: targeting of candidate genes and genome-wide association studies (GWASs). The overlap in genetic variants that has been identified by these two means has essentially been restricted to variants near to the human leukocyte antigen (HLA) class I genes, although variation in the CCR5 locus, which was first shown to have an effect on HIV outcomes using the candidate gene approach, does reach significance genome-wide when very large samples sizes (i.e. thousands) are used in GWAS. Overall, many of the variants identified by the candidate gene approach are likely to be spurious, as no additional variants apart from a novel variant near the HLA-C gene have been consistently identified by GWAS. Variants with low frequency and/or low impact on HIV outcomes are likely to exist in the genome and there could be many of them, but these are not identifiable, given current GWAS sample sizes. Several loci centrally involved in the immune response, including the immunoglobulin genes, T-cell receptor loci, or leukocyte receptor complex, are either poorly covered on the GWAS chips or difficult to interpret due to their repetitive nature and/or the presence of insertion/deletion polymorphisms in the region. These loci warrant further interrogation, but genetic characterization of these regions across a range of individuals will first be required. Finally, synergistic interactions between loci may affect outcome after infection, as suggested by associations of specific, functionally relevant HLA and killer cell immunoglobulin-like receptor variants with HIV disease outcomes, and these require further consideration as well.

Arbuscular mycorrhiza: the challenge to understand the genetics of the fungal partner.

Arbuscular mycorrhizal symbioses occur between fungi and the majority of plant species. They are important for plant nutrition, plant growth, protection from pathogens, plant diversity, nutrient cycling, and ecosystem processes. A key goal in research is to understand the molecular basis of the establishment, regulation, and functioning of the symbiosis. However, lack of knowledge on the genetics of the fungal side of this association has hindered progress. Here, we show how several key, recently discovered processes concerning the genetics of arbuscular mycorrhizal fungi could be essential for ultimately understanding the molecular genetics of this important symbiosis with plants.

Estimativas de parâmetros genéticos e métodos de seleção para o melhoramento genético de Pinus oocarpa Schiede

Este trabalho teve por objetivo estudar a variabilidade genética entre e dentro de procedências e progênies e determinar o ganho genético em volume de madeira, em Pinus oocarpa Schiede. O experimento foi instalado em Angatuba, SP, em delineamento de blocos de famílias compactas, com nove repetições e parcelas lineares de seis plantas. A produtividade volumétrica média obtida de sete procedências foi de 0,296 m³ de madeira por árvore aos nove anos de idade. Para estabelecer um pomar de sementes por mudas, a seleção (no bloco) de 189 árvores (27 por procedência) com os maiores diâmetros na altura do peito (DAP) permite aumentos na produtividade volumétrica de 0,327 m³, 0,338 m³ e 0,341 m³ por árvore, na seleção individual, combinada e índice multiefeito, respectivamente. Em pomar de sementes clonais, a seleção (no experimento) de 28 árvores (4 por procedência) com maiores DAPs permite aumentos na produtividade volumétrica de 0,345 m³, 0,355 m³ e 0,356 m³,por árvore, na seleção individual, combinada e índice multiefeito, respectivamente.

Solubilização de fosfatos naturais por microrganismos isolados de cultivos de Pinus e Eucalyptus de Santa Catarina

A utilização de microrganismos solubilizadores tem sido sugerida como alternativa ao uso de fertilizantes fosfáticos. Para serem utilizados num programa de inoculação controlada, os microrganismos devem apresentar grande capacidade e potencial de solubilização. O objetivo deste trabalho foi avaliar a capacidade e o potencial de solubilização de 56 isolados inoculados em meio GES contendo fosfato (Anitápolis, Araxá ou Catalão), usando-se um fatorial 57x3 (56 isolados + testemunha e três fosfatos) conduzido em delineamento completamente casualizado com três repetições. Após 15 dias de incubação, determinaram-se as quantidades de P e o pH do meio. Foram verificados efeitos dos fosfatos, dos isolados e da interação. Baixos valores de pH foram obtidos por isolados que apresentaram médio a alto potencial. O teor médio de P foi superior no fosfato de Anitápolis, seguido do Araxá. Trinta e um isolados solubilizaram quantidades significativas. O 310 apresentou o mais alto potencial (média de 263 mig mL-1 de P). Quatro isolados (177, 262, 251 e 269) apresentaram alto potencial (120 a 150 mig), e doze (201, 309, 199, 195, 249, 202, 198, 305, 253, 196, 203 e 307), mostraram valores médios (80 a 120 mig). O comportamento dos isolados foi diferente entre os fosfatos. Apenas quatro isolados solubilizaram os três fosfatos (310, 251, 199 e 249). As características apresentadas pelos isolados 310, 251, 199 e 249 os qualificam para um programa de seleção visando à inoculação controlada.

Avaliação e seleção precoce para crescimento de Pinus taeda

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência de diferentes métodos de seleção quanto aos caracteres ligados ao crescimento do fuste e o potencial da seleção precoce de genitores. Em 48 progênies de meios-irmãos de Pinus taeda L., foi medido o diâmetro do fuste a 30 cm e a 1,30 m do solo, aos 16 e 84 meses de idade, além da altura total. As progênies foram cultivadas em espaçamento tradicional e reduzido. Os componentes de variância, parâmetros e valores genéticos aditivos foram obtidos a partir de um modelo de análise individual. A seleção indireta foi de eficiência similar à direta quanto ao diâmetro (93%) e menor quanto à altura (78%). A seleção seqüencial foi 16% (altura) e 28% (diâmetro) mais eficiente que a seleção única. A eficiência da seleção combinada foi maior em relação a direta para diâmetro. Vinte genitores selecionados por valores genéticos aditivos quanto ao diâmetro, aos 16 e 84 meses, aumentaram a média em 7,6% e 8,1%, respectivamente. A alta magnitude da correlação genética no que diz respeito ao diâmetro entre idades revelou que esse caráter, avaliado aos 16 meses de idade, prediz o crescimento aos 84 meses. Isso reduz custos de avaliação de progênies, antecipa o desbaste de genitores e a oferta de sementes melhoradas.

Speciation genetics: reinforcement by shades and hues.

Mating with a member of another species can seriously reduce an organism's fitness, so mechanisms ought to evolve to prevent it where hybridizing species meet. This old idea of 'reinforcement' has found new support in an elegant pair of studies of the ecological genetics of flower colour in an annual herb.

Cambium dynamics of Pinus sylvestris and Betula spp. in the northern boreal forest in Finland

Abstract

Allocation of above-ground growth in Pinus sylvestris - impacts of tree size and competition

Abstract

Logging versus fire : how does disturbance type influence the abundance of Pinus strobus regeneration?

Abstract

La sucesión en los bosques de Pinus uncinata del Pirineo. De los anillos de crecimiento a la historia del bosque

El patrón de sucesión a largo plazo en los bosques subalpinos de Pinus uncinata y su relación con el régimen de perturbaciones al que se ven sometidos se analizan aquí, tomando como referencia el modelo de sucesión de PEET & CHRISTENSEN (1987). Por métodos dendrocronológicos, utilizando datos de árboles vivos y muertos, se han reconstruido los últimos 140-220 años de la historia de tres bosques suficientemente viejos y poco alterados, al menos recientemente, por el hombre. Los resultados ponen de manifiesto ciertas regularidades importantes en la secuencia y en la duración de las fases de la sucesión observadas en la escala espacial que nos permite el muestreo realizado (un transecto lineal de 280-350 metros. De una larga fase de iniciación (110140 años) se pasa casi directamente a una fase de transición, con escasa evidencia de una fase intermedia de exclusión. Este patrón de sucesión, causado por la lentitud y la heterogeneidad espacial de la fase de iniciación y por un régimen de pequeñas perturbaciones dispersas y frecuentes que aparecen muy pronto, es similar al observado en otros bosques subalpinos y ambientes extremos y representa una desviación respecto del modelo de referencia. La tasa media de mortalidad natural de los áboles adultos durante las últimas 4-6 décadas ha sido, respectivamente para los tres bosques, de 6,2, 1,4 y 5,7% por década. Estas tasas son lo sufientemente bajas como para permitir una larga persistencia en la fase de transición de la cohorte dominante - la instalada durante la fase de iniciación -, en declive pero al mismo tiempo inhibiendo la aparición masiva de regeneración. Ello hace previsible una dinámica de la estructura y la funcionalidad del bosque muy fluctuante a largo plazo en la escala espacial estudiada, aunque en su origen puede encontrarse la mano del hombre a través de una perturbación inicial homogeneizadora

Formación del anillo de crecimiento y clima: un ejemplo de modelos para Pinus uncinata Ram. y Pinus sylvestris L. en los Pirineos Centrales

En este trabajo, describimos el desarrollo y la estructura del anillo de crecimiento de Pinus uncinata Ram. y de Pinus sylvestris L. en un gradiente altitudinal en los Pirineos centralese

Systems Genetics of Metabolism: The Use of the BXD Murine Reference Panel for Multiscalar Integration of Traits.

Metabolic homeostasis is achieved by complex molecular and cellular networks that differ significantly among individuals and are difficult to model with genetically engineered lines of mice optimized to study single gene function. Here, we systematically acquired metabolic phenotypes by using the EUMODIC EMPReSS protocols across a large panel of isogenic but diverse strains of mice (BXD type) to study the genetic control of metabolism. We generated and analyzed 140 classical phenotypes and deposited these in an open-access web service for systems genetics (www.genenetwork.org). Heritability, influence of sex, and genetic modifiers of traits were examined singly and jointly by using quantitative-trait locus (QTL) and expression QTL-mapping methods. Traits and networks were linked to loci encompassing both known variants and novel candidate genes, including alkaline phosphatase (ALPL), here linked to hypophosphatasia. The assembled and curated phenotypes provide key resources and exemplars that can be used to dissect complex metabolic traits and disorders.