Molecular Mechanisms of Sexual Dimorphism in Threespine Stickleback

Sexual dimorphism is commonly understood as differences in external features, such as morphological features or coloration. However, it can more broadly encompass behavior and physiology and at the core of these differences is the genetic mechanism – mRNA and protein expression. How, and which, molecular mechanisms influence sexually dimorphic features is not well understood thus far. DNA, RNA and proteins are the template required to create the phenotype of an individual, and they are connected to each other via processes of transcription and translation. As the genome of males and females are almost identical with the exception of the few genes on the sex chromosome or the sex-determining alleles (in the case of organisms without sex chromosomes), it is likely that many of the downstream processes resulting in sexual dimorphism are produced by changes in gene regulation and result from a regulatory cascade and not from a vastly different gene composition. Thus, in this thesis a systems biology approach is used to understand sexual dimorphism at all molecular levels and how different genomic features, e.g. sex chromosome evolution, can affect the interplay of these molecules. The threespine stickleback, Gasterosteus aculeatus, is used as the model to investigate molecular mechanisms of sexual dimorphism. It has well-characterized ecology and behavior, especially in the breeding season when sexual dimorphism is high. Moreover, threespine stickleback has a recently evolved Y chromosome in the early stages of sex chromosome evolution, characterized by a lack of recombination leading to degeneration (i.e. gene loss). The aim of my thesis is to investigate how the genotype links to the molecular phenotype and relates to differences in molecular expression between males and females. Based on previous research on sex differences in mRNA expression, I investigated sex-biased protein expression in adult fish outside the breeding season to see if differences persisted after translation. As sex-biased expression also prevailed in the proteome and previous transcription expression seemed to be related to the sex chromosomes, I investigated the genome level with a particular focus on the sex-chromosomes. I characterized the status of Y chromosome degeneration in the threespine stickleback and its effects on gene function. Furthermore, since the degeneration process leaves genes in a single copy in males, I examined whether the resulting dosage difference of messenger RNA for hemizygous genes is compensated as it is in other organisms. In addition, threespine sticklebacks have wellcharacterized behavioral differences related to the male’s social status during the breeding season. To understand the connection between the genotype and behavior, I examined gene expression patterns related to breeding behavior using dominant and subordinate males as well as female

Antioxidant activity, cito- and phototoxicity of pomegranate (Punica granatum L.) seed pulp extract

In the present work, a hydroethanolic extract was prepared from the entire seeds of pomegranate [Punica granatum L. (Punicaceae)] with Cachaça, a distilled Brazilian alcoholic beverage, protected from light for an 80-hour period. The desorption curve of the seeds, presented an optimal time extraction of approximately 24 hours. The extract was divided into two samples: protected from light, (Extract 1), or not, (Extract 2). The extracts were characterized by UV-Visible absorption spectroscopy, quantification of total phenolics by the Folin-Ciocalteu method, and the antioxidant activity was determined by the DPPH quenching method. Extract 2 presented 9.8% less total polyphenols than Extract 1. The pomegranate seeds extract lost 79% of its antioxidant activity during light exposure. Extract 1 up to 3% (w/v) showed neither cyto nor phototoxicity in the Hela cells. In conclusion, Punica granatum L. seeds contain a significant total polyphenol and TEAC amount and they can be used in simple extractive process, by direct contact with Cachaça in up to 80 hours in the darkness, which gives it good coloration, taste, and smell. This extract showed neither cytotoxicity nor post-irradiation phototoxicity with solar simulator even though the extract proved photoinstable.

Ripening pattern of guava cv. Pedro Sato

Guava is a fruit with high respiration rates and a very short shelf life. Since information on its respiration pattern is contradictory, the objective was to study the changes occurring in the fruit during ripening and to relate them to the respiration behavior of this fruit. Guavas were picked at the half-ripe stage and stored for 8 days at 22 ± 1 ºC and 78 ± 1% relative humidity. The analyses conducted were: peel and pulp coloration, firmness, total soluble solids (TSS), total titratable acidity (TTA), and ethylene production. According to the results, it was verified that the parameters analyzed apparently do not coincide and are ethylene-independent. There was an accentuated ethylene production during ripening, starting from the 4th day. The ethylene synthesis continued increasing up to the 8th day, when the fruits were already decomposing. It was observed that the firmness decreased sharply in the first three days of ripening, and the skin and pulp color changed during ripening. The TSS, total soluble solids, and the TTA, total titratable acidity, practically did not change during the ripening, even with the increased ethylene production. It can be concluded that guava is a fruit that presents characteristics of climacteric and non-climacteric fruits.

Influence of the extraction method and storage time on the physicochemical properties and carotenoid levels of pequi (Caryocar brasiliense Camb.) oil

The objective of this study was to analyze the physicochemical properties and carotenoid levels of pequi oil obtained by different extraction methods and to evaluate the preservation of these properties and pigments during storage time. The pequi oil was obtained by solvent extraction, mechanical extraction, and hot water flotation. It was stored for over 180 days in an amber bottle at ambient conditions. Analyses for the determination of the acidity, peroxide, saponification and iodine values, coloration, total carotenoids, and β-carotene levels were conducted. The oil extraction with solvents produced the best yield and carotenoid levels. The oil obtained by mechanical extraction presented higher acidity (5.44 mg KOH.g-1) and peroxide values (1.07 mEq.kg-1). During the storage of pequi oil, there was an increase in the acidity and the peroxide values, darkening of the oil coloration, and a reduction of the carotenoid levels. Mechanical extraction is the less advantageous method for the conservation of the physicochemical properties and carotenoid levels in pequi oil.

Addition of anacardic acid as antioxidants in broiler chicken mortadella

AbstractThe effect of anacardic acid on lipid stability and coloration of chicken mortadella was investigated. Antioxidants were added to chicken mortadellas, according to the treatments: no added antioxidant, 100 ppm butylated hydroxytoluene and 50, 100, 150 and 200 ppm anacardic acid. The mortadellas were stored for 90 days at 4 °C, and the analysis of lipid oxidation and color were performed. For TBARS, there was linear reduction with increased anacardic acid. According to the means test, 200 ppm anacardic acid provided the lower TBARS values. The redness decreased during storage, and, as reported by the means test, mortadella containing 200 ppm anacardic acid had lower values. The lightness of mortadellas decreased during storage. Also in accordance with the means test, mortadellas containing antioxidants had same lightness than control. The yellowness of mortadellas increased during storage. Thus, the anacardic acid is a potential natural antioxidant that could be included in chicken mortadella formulations before cooking.

Physiological maturity of seeds and colorimetry of fruits of Jatropha curcas L.

The objective was to relate the coloration of fruits of Jatropha curcas L during the maturation process with morphometric (fruits and seeds) and germinative characteristics (seeds). Fruits were collected at various maturation stages from mast trees located in Eldorado/MS, and six maturation stages were visually classified based on fruit's epicarp color. Epicarp digital colorimetry was used to characterize maturation stages in addition to morphometric variables of length and width of fruits and seeds, as well their water content. For determining the physiological potential it was used germination test, emergence velocity index and first count of germination. Results indicated that seeds of J. curcas should be harvested when fruit epicarp shows a reading equal or smaller than 82, 70 or 65 nm of red, green or blue scales from a digital color analyzer. Seeds of fruits with that colorimetry can be harvested in virtue of the maxim acumululation of dry mass, water content below 38,5% and higher physiological potential.

Hydrogen Sensor Application of Anodic Titanium Oxide Nanostructures

Hydrogen (H2) fuel cells have been considered a promising renewable energy source. The recent growth of H2 economy has required highly sensitive, micro-sized and cost-effective H2 sensor for monitoring concentrations and alerting to leakages due to the flammability and explosiveness of H2 Titanium dioxide (TiO2) made by electrochemical anodic oxidation has shown great potential as a H2 sensing material. The aim of this thesis is to develop highly sensitive H2 sensor using anodized TiO2. The sensor enables mass production and integration with microelectronics by preparing the oxide layer on suitable substrate. Morphology, elemental composition, crystal phase, electrical properties and H2 sensing properties of TiO2 nanostructures prepared on Ti foil, Si and SiO2/Si substrates were characterized. Initially, vertically oriented TiO2 nanotubes as the sensing material were obtained by anodizing Ti foil. The morphological properties of tubes could be tailored by varying the applied voltages of the anodization. The transparent oxide layer creates an interference color phenomena with white light illumination on the oxide surface. This coloration effect can be used to predict the morphological properties of the TiO2 nanostructures. The crystal phase transition from amorphous to anatase or rutile, or the mixture of anatase and rutile was observed with varying heat treatment temperatures. However, the H2 sensing properties of TiO2 nanotubes at room temperature were insufficient. H2 sensors using TiO2 nanostructures formed on Si and SiO2/Si substrates were demonstrated. In both cases, a Ti layer deposited on the substrates by a DC magnetron sputtering method was successfully anodized. A mesoporous TiO2 layer obtained on Si by anodization in an aqueous electrolyte at 5°C showed diode behavior, which was influenced by the work function difference of Pt metal electrodes and the oxide layer. The sensor enabled the detection of H2 (20-1000 ppm) at low operating temperatures (50–140°C) in ambient air. A Pd decorated tubular TiO2 layer was prepared on metal electrodes patterned SiO2/Si wafer by anodization in an organic electrolyte at 5°C. The sensor showed significantly enhanced H2 sensing properties, and detected hydrogen in the range of a few ppm with fast response/recovery time. The metal electrodes placed under the oxide layer also enhanced the mechanical tolerance of the sensor. The concept of TiO2 nanostructures on alternative substrates could be a prospect for microelectronic applications and mass production of gas sensors. The gas sensor properties can be further improved by modifying material morphologies and decorating it with catalytic materials.

« Recueil de toutes sortes de pieces differentes, tant vieilles que nouvelles, en prose et en vers », le tout écrit de la main de « Philippe Harduyn de Saint Jacques », médecin.

Contient : 1 « Nomina corum omnium, quae in HIERONYMI libro de scriptoribus ecclesiasticis continentur », extraits ; 2 « GENNADIUS in virorum illustrium catalogo. Cyrus, genere Alexandrinus, arte medicus et ex philosopho monachus, vir dicendi peritus, scripsit adversus Nestorem,... ». En latin ; 3 « De medicis ». En latin ; 4 Notice sur « sainte Collette », religieuse et réformatrice de l'ordre de Sainte-Claire. « Environ l'an 1435 vivoit une femme sainte et devote... » ; 5 « Satyra in questiones quodlibeticas F. Garassii, jussu et auctoritate supremi senatus laceratas et combustas, 17 januarii 1626 » ; 6 « Scotinographie de PIERRES DE VERIGNY » ; 7 « Extraict du tome second de l'Affrique, titre des licornes que l'on trouve à l'environ de Mecca, etc. Du costé du temple y a une grande cour fermée de murailles, où nous veismes deux licorne[s] ... » ; 8 Note concernant Antonin et Sévère. Tirée d'Hérodien ; 9 Quatre vers latins sur Hippocrate et Apelle ; 10 Traduction en quatre vers grecs des vers latins ci-dessus indiqués. Au-dessous on lit, comme nom d'auteur : « M. WEYMS, Flamand » ; 11 « Harengue prononcée par Mr le premier president DE VERDUN devant le roy [Louis XIII] au pallais, le mardy 18 fevrier 1620, en presence de M. de Luines » ; 12 « Versus quos papa misit imperatori cum uno agnus Dei, et hoc pro munere magno ; 13 « Autres vers » ; 14 « Que S. Pierre n'a point esté à Rome, disent les heretiques ». Discussion de cette proposition ; 15 Vers « à l'honneur de la Vierge » (fol. 6) ; 16 « L'adjuration et demandes du catholique à Mrs les cardinaux, prelats, confesseurs et ausmoniers du roy, devant et apres le cruel massacre de Mrs le duc et le cardinal de Guise freres, et le tout à la face des estats, à Blois, du XXIIIe et XXIIIIe decembre 1588 » ; 17 « Pour sçavoir l'an de bissexte, le nombre d'or, l'epacte et le jour de la nouvelle lune », note ; 18 « Extraict du traicté de paix entre le roy et l'empereur, à Cambray (1529), par lequel appert qu'il n'y a pas d'aubins d'un costé ny d'aultre » ; 19 Notices sur « Edouard, roy d'Angleterre... Robert, surnommé Courbecuisse,... Guillaume le Bastard, roy d'Angleterre... Guillaume, surnommé le Roux,... Robert, duc de Normandie... Guillaume le Roux, roy d'Angleterre... Henry,... roy d'Angleterre... Mathilde, fille du roy Henry d'Angleterre... Henry d'Angleterre » ; 20 « De Jesabelis anglicae parricidiis ad piae reginae Mariae Stuardae manes carmen » ; 21 « Sonnet » contre la reine Élisabeth d'Angleterre ; 22 « Ad praeceptorem doctissimum dominum Sanjacobaeum epigramma » ; 23 « Ad suum praeceptorem ANT. SCIPIO DE JOYEUSE flebile carmen » ; 24 « Epigramma » ; 25 « Ad charissimum et apprime eruditum praeceptorem HENRICI DE JOYEUSE carmen flebile » ; 26 « Ad eundem epigramma » ; 27 « Elegia » ; 28 « Ad praeceptorem observandissimum GEORGII GAUDIOSANI flebile carmen » ; 29 « In clarissimi domini Sanjacobaei Harduini, doctoris medici, nuptiarum solennia epithalamium » ; 30 « Epithalame ou chant nuptial sur le mariage de noble homme Me Philippe Harduyn de S. Jacques, docteur en medecine, et dame Catherine Gervais, son espouse... mariez à Paris, le 13 janvier 1587, pièce en vers ; 31 « Ad convivas » ; 32 « Clarissimo spectatissimoque viro domino a Sancto Jacobo S. D. PETRUS DICUNOWART » ; 33 « Sonnet » ; 34 « Responce de la noblesse aux harangues des lieutenans deputez du tiers estat » ; 35 « Quatrain » ; 36 « Sixain » ; 37 « Autre » sixain ; 38 « Epigramma » ; 39 « Huictain » ; 40 « Quatrain » ; 41 « Huictain » ; 42 « Autre quatrain » ; 43 « Vents ordinaires au pays de Congo » ; 44 « Le royaume de Monomotapa », note ; 45 « Nom du Prete-Jan », note ; 46 « Prophetie d'un jacobin, traduite en françois, tirée et extraite d'un livre fort ancien, escript à la main, en langue flamande » ; 47 « Pour la statue du roy Henry le Grand, qui est sur le Pont Neuf » ; 48 « Pour le pont », vers latins ; 49 « Vita sanctae Odiliae » ; 50 « Vers chronographe sur la mort de Barnevelt » ; 51 « Autres vers » en latin, « faict[s] sur le synode tenu à Dordrecht, l'an 1619 ; 52 « Devise de la reine mere Catherine de Medicis, apres la mort de son mary, le roy Henry II ; 53 Citation extraite de « GERARDUS DORN, in epistola dedicatoria », placée en tête de l'ouvrage de Paracelse qui a pour titre : « Aurora, sive thesaurus philosophorum ». En latin ; 54 « IAMBLICHUS de mysteriis, statim initio, ex Marsilii Ficini versione. Mercurius praeest sapientiae et eloquio... ». En latin ; 55 « Epigramme faict sur la mort de Mr de Luynes, connestable de France, qui est mort de la peste devant Monheurt, soubz le nom de Sabinus » ; 56 « Plaintes de l'espée de Mr le connestable de Luynes » ; 57 « Sur le Te Deum chanté pour la prise de Montheur (sic) et la mort du connestable, epigramme » ; 58 « Autre sur la mesme mort » ; 59 « Autre » ; 60 « Autre » ; 61 « Tombeau du connestable, 1622 » ; 62 « Sur la vanité de Monsigot, secretaire du connestable, epigramme » ; 63 « Sur sa calotte » ; 64 « Sur sa retraicte de la chambre des comptes » ; 65 « Imperatoris Caroli V elogium, inscriptum velis navis Victoriae, quae rotis imposita et equis tracta, pompam illius funebrem Bruxellis, anno 1558, decoravit, et quotannis, dominica sexta post Pascha, circumducitur in encoeniis ejusdem urbis bruxellensis ». En latin ; 66 « Ejusdem triumphi ordine recensiti ». En latin ; 67 « Ad columnas Herculis » ; 68 « Serenissimi Alberti austriaci, Belgarum principis, cenotaphium ». En latin ; 69 « De Elisabeth, regina Angliae, epigramma ». En latin ; 70 « Aliud, de Roma ». En latin ; 71 « Sur la mort du mareschal d'Ancre » ; 72 « Summission de ceux de la religion pretendue reformée au roy de France et de Navarre Louis XIIIe, dict le Juste, entrant dedans la ville de Montpellier, M.DC.XXII », discours ; 73 « Prophetia S. MALACHIAE, archiepiscopi... ardinacensis... de summis pontificibus » ; 74 « Prophetiae LEONIS, sapientissimi imperatoris, inventae Romae in Vaticana bibliotheca » ; 75 « Apologie pour la Compagnie de Jesus, extraite de la predication du R. P. et docteur F. PIERRE DOZA, religieux de l'ordre S. Dominique, prononcée en l'eglise de la maison professe de la Compagnie de Jesus, en la cité de Valence, le 26 janvier de l'an 1610, pour la beatification du glorieux pere Ignace de Loyola, fondateur de la mesme compagnie; traduite par le Père FRANÇOIS SOLIER, religieux de la Compagnie de Jesus. Imprimé à Poitiers par Antoine Mesnier, imprimeur et libraire ordinaire du roy en l'Université, 1611 » ; 76 « Les muses lanternieres, par LAMY » ; 77 « Epigramme sur le mesme sujet » ; 78 « Sixain » ; 79 Épigramme ; 80 « Autre » ; 81 « Sur la journée du mariage de Madame, soeur du roy, avec le roy d'Angleterre, qu'il pleut tout le jour, l'an 1625 » ; 82 Vers latins ; 83 « Sur l'arrivée du cardinal Barberin, legat en France, l'an 1625 » ; 84 « Le marchand de soye de Paris » ; 85 « Autre pour le mesme marchand » ; 86 « Epitaphe de M. Servin, advocat general du parlement de Paris, et du R. P. Cotton, decedez quasi en mesme temps, en mars de l'an 1626 » ; 87 Vers sur Lucrèce ; 88 « La solitude » ; 89 « La berne » ; 90 « La pluye » ; 91 « Satyre » ; 92 « Hymne du fromage » ; 93 « Voeu à Bacchus » ; 94 Vers ; 95 « La Nuict » ; 96 Vers ; 97 Suite de notes historiques ; Note ; Note sur le partage de 842 et l'origine du nom de Lorraine ; Note sur Baudouin Bras de Fer, comte de Flandre ; Date de l'entrée à Paris de Philippe, archiduc d'Autriche ; Note sur le mariage de Marguerite, soeur de Philippe, archiduc d'Autriche ; Note concernant les papes Alexandre VI, Pie III, Jules II, Leon X ; Note concernant Isabelle, reine d'Espagne, morte en 1506, le mariage du roi d'Espagne Ferdinand, avec la soeur du comte de Foix, la mort dudit roi, en 1515, et celle de Philippe, archiduc d'Autriche, en 1506 ; Note concernant le mariage du roi François Ier et de Claude de France, fille de Louis XII, et celui du roi Louis XII avec Marie, soeur du roi d'Angleterre, Henri VIII ; Note sur le mariage de la veuve du roi Louis XII avec le duc de Suffolk ; Note sur l'origine des derniers ducs de Bourgogne ; Naissances de Louis, duc d'Orléans, et de Jean, duc de Bourgogne ; Mariage de Jean, comte de Nevers, fils de Philippe le Hardi, duc de Bourgogne, avec Marguerite, fille du comte de Hainaut ; Mort de Louis de Masle, comte de Flandre ; Mort de Charles le Mauvais, roi de Navarre ; Notes concernant le titre de Filles de France, les armoiries des princes du sang de France, les reines regentes, le lieu du sacre de plusieurs reines de France ; Notes sur les épithètes dont on accompagne les noms de certaines familles nobles ; Ce que c'est que le « praeteur praetorian » ; Note sur l'origine des Fran çais, la signification de certains noms francs, les pénalités de la loi salique ; Note sur l'antiquité du titre de roi tres chrétien, donné au roi de France ; Que les rois de France sont souverains et indépendants ; Que le titre de reine donne aux femmes quelque chose « de plus auguste que ce que leur sexe ne leur octroye » ; 98 « Voyage de Mr PHILIPPES HARDUIN DE S. JAQUES, pour lors medecin ordinaire des bandes françoises de l'Estat et couronne de France » ; 99 Note concernant la maison de Bourbon ; a « Source de la maison de Bourbon », d'après OLIVIER DE LA MARCHE ; b « Pourquoi la maison de Bourbon quereloit la couronne de France contre la maison de Valois » ; c Tableau généalogique de la descendance de S. Louis ; 100 « Epitaphe de Santarelli et autres de sa cabale » ; 101 « Extraict d'ANTONIUS SANCTARELLUS, de haeresi, schismate, apostasia et sollicitatione in sacramento poenitentiae, et de auctoritate summi pontificis in his delictis puniendis » ; 102 ; 103 « Censura sacrae Facultatis theologiae parisiensis, lata in librum qui inscribitur ANTONII SANCTARELLI e societate Jesu tractatus de haeresi, schismate, apostasia, sollicitatione in sacramento poenitentiae, et de potestate summi pontificis in his delictis puniendis... » ; 104 « Ex libello cui titulus : G. G. R., theologi, ad Ludovicum XIII, Galliae et Navarrae regem Christianissimum, admonitio », extrait ; 105 « Arrest de la cour de parlement, prononcé contre les PP. du college de Clairmont, le 17 mars 1626. Extraict des registres de la cour de parlement » ; 106 « Soubscription des PP. jesuites » ; 107 « Questiones quodlibeticae huic tempori accomodatae, disputandae in antiqua Sorbona parisiensi, mense decembri, diebus saturnalitiis, et dedicatae illustrissimo S. R. E. cardinali de Richelieu, sive de Rupella, negotiorum status in regno Galliae supremo praefecto, anno Domini M. DC. XXV, 13 decemb. mane » ; 108 « Inscrizione dell' arco trionfale di Verua », inscription en latin ; 109 « Ex libello cui titulus : Veritas odiosa, fragmenta varia colloquii Machiavelli et Mercurii, 1626. Ex schedis M. S. RICHARDI ATTONITI, eboracensis, protocancellarii nuper classis anglicancae. Oxonii, apud Gualtherum Mapes, Academiae bidellum » ; 110 « Catalogus librorum mystico-politorum (sic) qui autumnalibus nundinis francofordiensibus anni 1626 in lucem prodibunt » ; 111 « Ex libello cui titulus : Jubilus con foederatorum, alias Nova novorum, in quibus magnae victoriae et laeti terra marique progressus anni 1625 continentur, ad nobilem historicum D. Ferrerium gallum Nemausensium Reipubl. apud christianissimum regem Ludovicum XIII oratorem, editio ultima, ab authore recognita et emendata, M.DC.XXVI » ; 112 « Appendix ad catalogum librorum mystico-politicorum qui proximis nundinis francfurtensibus prodibunt » ; 113 Vers latins, composés à propos de la tentative des jésuites, qui avaient essayé de substituer dans l'almanach la fête de S. Ignace de Loyola à celle de S. Germain, qui se célébrait le 31 juillet ; 114 « Bibliotheca mystica clarissimi viri Ludovici Servini, sex aliis longe ditioribus scilicet Arnaldi, Paschasii, Martyllerii, Hardivillerii, Turgotii et Tarini, in antecessum praemissa... 1626 » ; 115 « Contract de mariage de Henry IV,... roy de France et de Navarre, avec Marguerite de Valois ». 17 août 1572 ; 116-117 Contrats de mariage de Louis XIII avec Anne d'Autriche, et du prince d'Espagne, don Philippe, avec Élisabeth de France. 1612 ; 118 Contrat de mariage de Henri d'Orléans, duc de Longueville, avec Louise de Bourbon. Paris, 5 mars 1617 ; 119 Mémoire « pour l'accompagnement et voyage de Madame jusques à la frontiere, et de la reyne, revenant de lad. frontiere jusques à Bordeaux » ; 120 Mémoire intitulé : « L'homme d'Estat françois vrayment catholique », dédié au roi Louis XIII « par le Sr DE CHIREMONT » ; 121 « Instruction de M. de Schomberg, comte de Nanteuil, conseiller du roy en son conseil d'Estat, lieutenant general de S. M. es pays de Lymosin, haute et basse Marche, pour son voyage d'Allemagne » ; 122 « Cronique de S. Clou » ; 123 « Lettre de Cloris à Lysis » ; 124 « Reponse de Lysis à Cloris » ; 125 « La mouche et le courtisan »

Caractérisation et étude d'un élément régulateur du gène codant pour le récepteur à la vasopressine de type 2

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université Pierre et Marie Curie, Paris VI, France

Parcours d'entrée en vie féconde des femmes au Burkina Faso : une analyse séquentielle

Alors que dans les sociétés de l’Afrique de l’Ouest, le mariage représente traditionnellement le point de départ de la séquence des événements démographiques associés à la formation de la famille, aujourd’hui cette séquence s’est complexifiée. Suite à l’effritement des modes traditionnels du passage à l’âge adulte, les jeunes citadins reportent leur mariage, le contexte de l’initiation sexuelle est plus fréquemment prénuptial et le nombre de naissances hors mariage semble augmenter. Peu d’études se sont penchées sur l’analyse de la séquence de ces événements sous l’angle du parcours individuel. L’objectif central de ce mémoire est d’explorer, de décrire et d’expliquer les changements survenus dans les parcours d’entrée en vie féconde des femmes durant leur jeunesse en utilisant comme unité d’analyse l’entièreté des parcours. Utilisant les données EDS du Burkina Faso, nous synthétisons en parcours, sous forme des séquences d’épisodes, les calendriers du premier rapport sexuel, de la première union et de la première naissance. Avec l’analyse séquentielle, nous identifions quatre catégories de parcours : nuptial, sexualité prénuptiale, maternité prénuptiale et célibataires. La méthode permet également une catégorisation plus fine des parcours et une visualisation de modèles de transitions. Nous analysons ensuite l’association entre les caractéristiques individuelles et les parcours suivis grâce à des modèles multinomiaux. Nos résultats confirment l’augmentation des parcours non nuptiaux auprès des jeunes. De plus, ils montrent qu’un niveau de scolarité plus élevé augmente la probabilité de suivre un parcours non-traditionnel, notamment chez les femmes urbaines, le milieu de socialisation à l’enfance ayant aussi un effet sur le choix du parcours.

Implication des biofilms dans la rhinosinusite chronique et l’évaluation des traitements avec un modèle in vitro

Introduction : La chronicité de la rhinosinusite, sa résistance aux antibiotiques, et ses exacerbations aiguës laissent croire que les biofilms sont impliqués dans la rhinosinusite chronique. Objectifs : Nous avons évalué la capacité des bactéries Pseudomonas aeruginosa, staphylocoques à coagulase négative et Staphylococcus aureus à former des biofilms par un essai in vitro, et si cette capacité de formation a un lien avec l’évolution de la maladie. Nous avons évalué in vitro l’effet de la moxifloxacine, un antibiotique utilisé dans le traitement de la rhinosinusite chronique sur des biofilms matures de Staphylococcus aureus. Méthodes : Trent et une souches bactériennes ont été isolées de 19 patients atteints de rhinosinusite chronique et qui ont subit au moins une chirurgie endoscopique des sinus. L’évolution de la maladie a été notée comme "bonne" ou "mauvaise" selon l’évaluation du clinicien. La production de biofilm a été évaluée grâce à la coloration au crystal violet. Nous avons évalué la viabilité du biofilm après traitement avec la moxifloxacine. Ces résultats ont été confirmés en microscopie confocale à balayage laser et par la coloration au LIVE/DEAD BacLight. Résultat et Conclusion : Vingt deux des 31 souches ont produit un biofilm. La production d’un biofilm plus importante chez Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus était associée à une mauvaise évolution. Ceci suggère un rôle du biofilm dans la pathogenèse de la rhinosinusite chronique. Le traitement avec la moxifloxacine, à une concentration de 1000X la concentration minimale inhibitrice réduit le nombre des bactéries viables de 2 à 2.5 log. Ces concentrations (100 µg/ml - 200 µg/ml) sont faciles à atteindre dans des solutions topiques. Les résultats de notre étude suggèrent que l’utilisation de concentrations supérieure à la concentration minimale inhibitrice sous forme topique peut ouvrir des voies de recherche sur de nouveaux traitements qui peuvent être bénéfiques pour les patients atteints de forme sévère de rhinosinusite chronique surtout après une chirurgie endoscopique des sinus.

Pro-fibrotic role of ERK3-MK5 during pressure-overload induced cardiac hypertrophy

Il y a 4 isoforme de p38 : α, β, δ, and γ. MK5, à l'origine identifié comme étant un régulateur de PRAK (Regulated/Activated Protein Kinase), est maintenant connu pour être activée par la protéine kinase p38 (qui est un mitogène activé par la protéine kinase, MAPK). Cette dernière est impliquée dans les mécanismes de fibrose et d'apoptose pendant l'hypertrophie cardiaque. De plus, MK5 est également activée par les MAPKs atypiques; ERK3 et ERK4. Bien qu’elles soient fortement exprimées dans le coeur, le rôle physiologique de MK5 et ERK3 demeure inconnu. Par conséquent, nous avons étudié l'effet de la constriction aortique transversale (TAC) – induisant un surcharge chronique de pression chez les souris hétèrozygotes knockout pour MK5 (MK5+/-) ou ERK3 (ERK3+/-) et pour leurs types sauvages (MK5+/+ et ERK3+/+). Deux sem post-TAC; le ratio de poids du coeur/poids corporel a été augmenté chez les 2 souris MK5+/- et MK5+/+. L'échocardiographie de la trans-thoracique démontre que la surcharge de pression a altéré la fonction diastolique du ventricule gauche chez MK5+/+, mais pas chez la souris MK5+/-. De plus, nous avons observé moins de dépôt de collagène, évalué par une coloration au trichrome de Masson, 2 et 3 sem post-TAC chez les souris MK5+/-. Parallèlement, le niveau de l’ARNm de collagène type1 alpha-1 a été significativement diminué dans les coeurs des souris MK5+/-, 2 et 3 sem post-TAC. De même, ERK3, mais pas ERK5 ni p38α, co-IP avec MK5 dans les 2 modèles des coeurs TAC; aigus ou chroniques. En revanche, l’ajout exogénique de GST-MK5 a abaissé ERK4 et p38α, mais pas ERK3 dans les lysâtes de coeur de souris. Par contre, GST-ERK3 et GST-p38α ne démontrent aucune co-IP avec MK5. Ces données suggèrent que dans le coeur seul ERK3, et non ERK4 ou p38α, est capable d’interagir avec, et réguler MK5. A niveau physiologique MK5 interagit entièrement avec ERK3 et par conséquent MK5 n’est pas disponible pour lier les protéines exogéniques. Les souris hétérozygotes pour ERK3 (ERK3+/-) ont également démontré une réduction ou une absence de collagène et une faible expression d’ARNm du collagène type1 alpha1, 3 sem post-TAC. Ces résultats démontrent un important rôle pro-fibrotique de la signalisation MK5-ERK3 pendant une surcharge chronique de pression.Nous avons également démontré 5 variant d'épissage de (MK5.1-5), y compris la forme originale (MK5.1). MK5.2 et MK5.5 subissent une délétion de 6 paires de base dans l’exon 12 : MK5.3 manque l'exon 12 : MK5.4 et MK5.5 manquent les exons 2-6. L'expression des ARNm des différents variant d'épissage a été vérifiée par PCR en temps réel (qPCR). Bien que l’expression est ubiquitaire, l'abondance relative de chaque variant était tissu-spécifique (coeur, rein, pancréas, muscle squelettique, poumon, foie, et cerveau). En plus, l'abondance relative des variant d’épissage varie pendant la surcharge de pression et le développement postnatal du coeur. En outre, l'immunofluorescence a indiqué que MK5.1-5.3 se localise au noyau alors que MK5.4-5.5 est situé au niveau cytoplasmic dans les cellules HEK 293 non stimulées. Suite à une stimulation avec l'anisomycin, un activateur de p38 MAPK, MK5.1-5.3 se translocalise du noyau au cytoplasme alors qu’une petite fraction de MK5.4-5.5 translocalise vers le noyau. Ces variant d'épissage peuvent diversifier la signalisation de MK5-ERK3 dans coeur, mais leur rôle exact oblige des recherches supplémentaires. Excepté l’isoforme δ, toutes les isoformes de p38 sont exprimées dans le coeur et la forme α est considérée comme étant l'isoforme dominante. L’analyse par qPCR et immunobuvardage de type western ont démontré que p38α et p38γ sont les deux isoformes prédominantes alors que p38β et p38δ sont exprimées aux mêmes niveaux dans le coeur de rat adulte. L'immunofluorescence a démontré que p38α et p38γ se trouvent dans le cytoplasme et le noyau. Cependant, suite à la surcharge par TAC, p38γ s'est accumulé dans noyau tandis que la distribution de p38α est demeurée inchangée. Ainsi, l'abondance de p38γ et sa translocalisation nucléaire suite à la surcharge de pression indique un rôle potentiel dans l'expression génique pendant le remodelage cardiaque. En conclusion, nous avons mis en évidence pour la première fois un rôle pro-fibrotique pour la signalisation MK5-ERK3 pendant une surcharge chronique de pression. D'ailleurs, les niveaux comparables d'expression de p38γ avec p38α, et la localisation différentielle de p38γ pendant la surcharge aiguë ou chronique de pression suggèrent différents rôles possibles pour ces isoformes pendant le remodelage hypertrophique cardiaque.

Mass spectrometry as a tool to dissect the role of chromatin assembly factors in regulating nucleosome assembly

L'assemblage des nucléosomes est étroitement couplée à la synthèse des histones ainsi qu’à la réplication et la réparation de l’ADN durant la phase S. Ce processus implique un mécanisme de contrôle qui contribue soigneusement et de manière régulée à l’assemblage de l’ADN en chromatine. L'assemblage des nucléosomes durant la synthèse de l’ADN est crucial et contribue ainsi au maintien de la stabilité génomique. Cette thèse décrit la caractérisation par spectrométrie de masse(SM) des protéines jouant un rôle critique dans l’assemblage et le maintien de la structure chromatinienne. Plus précisément, la phosphorylation de deux facteurs d’assemblage des nucléosome, le facteur CAF-1, une chaperone d’histone qui participe à l'assemblage de la chromatine spécifiquement couplée à la réplication de l'ADN, ainsi que le complexe protéique Hir, jouant de plus un rôle important dans la régulation transcriptionelle des gènes d’histones lors de la progression normale du cycle cellulaire et en réponse aux dommages de l'ADN, a été examiné. La caractérisation des sites de phosphorylation par SM nécéssite la séparation des protéines par éléctrophorèse suivi d’une coloration a l’argent. Dans le chapitre 2, nous demontrons que la coloration à l’argent induit un artéfact de sulfatation. Plus précisément, cet artéfact est causé par un réactif spécifiquement utilisé lors de la coloration. La sulfatation présente de fortes similitudes avec la phosphorylation. Ainsi, l’incrément de masse observé sur les peptides sulfatés et phosphorylés (+80 Da) nécéssite des instruments offrant une haute résolution et haute précision de masse pour différencier ces deux modifications. Dans les chapitres 3 et 4, nous avons d’abord démontré par SM que Cac1, la plus grande sous-unité du facteur CAF-1, est cible de plusieurs sites de phosphorylation. Fait intéréssant, certains de ces sites contiennent des séquences consensus pour les kinases Cdc7-Dbf4 et CDKs. Ainsi, ces résultats fournissent les premières évidences que CAF-1 est potentiellement régulé par ces deux kinases in vivo. La fonction de tous les sites de phosphorylation identifiés a ensuite été évaluée. Nous avons démontré que la phosphorylation de la Ser-503, un site consensus de la DDK, est essentielle à la répréssion transcriptionelle des gènes au niveau des télomères. Cependant, cette phosphorylation ne semble pas être nécéssaire pour d’autres fonctions connues de CAF-1, indiquant que le blocage de la phsophorylation de Cac1 Ser-503 affecte spécifiquement la fonction de CAF-1 aux structures hétérochromatiques des télomères. Ensuite, nous avons identifiés une intéraction physique entre CAF-1 et Cdc7-Dbf4. Des études in vitro ont également demontré que cette kinase phosphoryle spécifiquement Cac1 Ser-503, suggérant un rôle potential pour la kinase Cdc7-Dbf4 dans l’assemblage et la stabilité de la structure hétérochromatique aux télomères. Finalement, les analyses par SM nous ont également permi de montrer que la sous-unité Hpc2 du complexe Hir est phosphorylée sur plusieurs sites consensus des CDKs et de Cdc7-Dbf4. De plus, la quantification par SM d’un site spécifique de phosphorylation de Hpc2, la Ser-330, s’est révélée être fortement induite suite à l’activation du point de contrôle de réplication (le “checkpoint”) suite au dommage a l’ADN. Nous montrons que la Ser-330 de Hpc2 est phopshorylée par les kinases de point de contrôle de manière Mec1/Tel1- et Rad53-dépendante. Nos données préliminaires suggèrent ainsi que la capacité du complex Hir de réguler la répréssion transcriptionelle des gènes d'histones lors de la progression du cycle cellulaire normal et en réponse au dommage de l'ADN est médiée par la phosphorylation de Hpc2 par ces deux kinases. Enfin, ces deux études mettent en évidence l'importance de la spectrométrie de masse dans la caractérisation des sites de phosphorylation des protéines, nous permettant ainsi de comprendre plus précisement les mécanismes de régulation de l'assemblage de la chromatine et de la synthèse des histones.

Escherichia coli STb toxin induces apoptosis in intestinal epithelial cell lines

La toxine stable à la chaleur de type b (STb) est une des toxines produites par les souches Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) impliquée dans le développement de la diarrhée. Une étude antérieure par Goncalves et al. (2009) a démontré que les cellules ayant internalisé la toxine STb démontraient une morphologie qui rappelle l’apoptose. Le changement du potentiel membranaire observé par Goncalves et al. (2009) nous a incité à vérifier la capacité de la toxine STb à induire l’apoptose des cellules HRT-18 et IEC-18 par la voie intrinsèque. Les cellules HRT-18 et IEC-18 ont été traitées avec de la toxine purifiée pour une durée de 24 heures puis ells ont été récoltées et examinées pour des caratéristiques de l’apoptose. L’activation des caspases-9 et -3, mais pas de la caspase-8, a été observée dans les deux lignées cellulaires à l’aide des substrats fluorescents spécifiques pour chaque caspase. L’ADN extrait des cellules HRT-18 et IEC-18 a révélé une fragmentation lorsque migré sur gel d’agarose. La condensation et la fragmentation des noyaux ont été observées en microscopie à fluorescence suite à une coloration de l’ADN au Hoechst 33342. Les indices apoptotiques des cellules HRT-18 et IEC-18 traitées avec des quantités croissantes de STb montrent une dose-réponse pour les deux lignées. L’activation de la caspase-9 est une indication que la voie intrinsèque de l’apoptose est activée dans les cellules HRT-18 et IEC-18. L’absence de l’activation de la caspase-8 démontre que la voie extrinsèque n’est pas impliquée dans la mort cellulaire médiée par STb.

Développement du cartilage articulaire équin du fœtus à l’adulte : imagerie par résonance magnétique et microscopie en lumière polarisée

La structure du cartilage articulaire adulte est caractérisée par la présence de couches créées par l’orientation des fibres de collagène (Benninghoff, 1925). Avant de présenter la structure adulte classique en arcades “de Benninghoff”, le cartilage subit une série de changements au cours de sa maturation (Julkunen et al., 2010; Lecocq et al., 2008). Toutefois, un faible nombre d’études s’est intéressé à la structure du collagène du cartilage articulaire in utero. Notre objectif était d’étudier la maturation de la surface articulaire de l’épiphyse fémorale distale chez le cheval, en employant à la fois l’imagerie par résonance magnétique (IRM) et la microscopie en lumière polarisée après coloration au rouge picrosirius, au niveau de sites utilisés dans les études de réparation tissulaire et de sites prédisposés à l’ostéochondrose (OC). Le but était de décrire le développement normal du réseau de collagène et la relation entre les images IRM et la structure histologique. Des sections provenant de cinq sites de l’épiphyse fémorale distale de 14 fœtus et 10 poulains et adultes ont été colorées au rouge picrosirius, après que le grasset ait été imagé par IRM, dans l’optique de visualiser l’agencement des fibres de collagène de type II. Les deux modalités utilisées, IRM et microscopie en lumière polarisée, ont démontré la mise en place progressive d’une structure en couches du réseau de collagène, avant la naissance et la mise en charge de l’articulation.