O papel do regulador transcricional CITED2 na leucemia linfoblástica aguda de linfócitos T

A leucemia linfoblástica aguda de Linfócitos T (LLA-T) é uma neoplasia agressiva de precursores de células T do timo, que afeta principalmente crianças e adolescentes. A identificação de fatores moleculares que controlam a iniciação e progressão da LLA-T é fundamental para desenvolvimento de terapêuticas mais específicas e eficientes. Devido a atividade de fatores de transcrição estar muitas vezes desregulada na LLA-T e o regulador transcricional CITED2 controla diversos processos no desenvolvimento e oncogénese, levando assim ao objetivo principal, verificar se o CITED2 está envolvido na iniciação e/ou progressão da LLA-T, para se cumprir este iremos verificar se o CITED2está expresso nas linhas celulares leucémicas, quais os seus efeitos e por último verificar se o seu promotor é influenciada por três vias de sinalização: JAK-STAT, NFkB e NOTCH1. Analisou-se a expressão de CITED2 em linhas celulares de leucemia linfoblástica das células T e de células T normais, realizando o PCR quantitativo. Verificou-se que todas as células expressavam o CITED2, algumas com elevada expressão, por exemplo a linha celular EL4.2 expressa sete vezes mais Cited2 que os timócitos normais. Selecionou-se duas linhas celulares, EL4.2 e as DND41, para efetuar a subexpressão de CITED2, utilizando um plasmídeo lentiviral que expressa um RNA de interferência contra o CITED2. Conseguimos obter transdução estável deste plasmídeo para a linha celular DND41, tendo então efetuado análises de proliferação celular em meio de cultura normal ou meio com redução de soro fetal bovino. Verificou-se que a linha celular DND41/shCITED2 apresentava um maior crescimento celular comparando com a linha DND41/pLKO.1, sendo significativo, a partir das 48 horas, mas análise das fases do ciclo celular não demonstrou qualquer diferença. Analisou-se a resistência destas linhas celulares à apoptose, tratando as células com dexametasona, um agente quimioterápico para leucemias LLA-T. Observou-se que existe uma ligeira tendência para a linha celular DND41/shCITED2 ser mais resistente à apoptose. Mas nas linhas celulares sem tratamento, verificou-se diferenças na fase G0/G1 e G2/M, sendo que a linha celular DND41 sh CITED2 apresenta mais células com ciclo celuar ativo. Analisou-se no presente trabalho, se o promotor do CITED2 seria influenciando pela ativação das vias de sinalização JAK-STAT, NF-kB e NOTCH1. Os nossos resultados indicam que a ativação destas vias regulam negativamente o promotor do CITED2. Tendo em conta o conjunto dos nossos resultados, podemos concluir que a inativação do regulador transcricional CITED2 pode contribuir para o desenvolvimento da LLA-T. No entanto, será necessário desenvolver mais estudos para compreender os mecanismos subjacentes.

Molecular and biotechnological approaches to essential oils production in thymus caespititius

Tese de doutoramento, Biologia (Biotecnologia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Effect of CDC25 and WEE1 on Plant Cell Cycle and Morphogenesis

The cell cycle comprise the four phases of, G1, S-phase, G2 and mitosis. Two critical transitions are G1/S and G2/M; the latter is regulated by WEE1 kinase and CDC25 phosphatases. The scope of this thesis was to investigate the regulation of the G2/M transition of the cell cycle by WEE1 and CDC25, and how these genes interface with plant growth regulators in Arabidopsis thaliana. In Arabidopsis roots, the frequency of lateral roots was found to be increased by ectopic expression of Schizosaccharomyces pombe (Sp)cdc25e and reduced by Arath;WEE1 expression. I examined the effect of Arath;WEE1 and Spcdc25 on induction of shoots and roots in Arabidopsis hypocotyls in vitro. Hypocotyl explants from two over-expressing WEE1 lines , three T-DNA insertion lines and two expressing cdc25 (Spcdc25e) lines together with wild type (WT) were cultured on two-way gradients of kinetin (Kin) and naphthyl acetic acid (NAA). Below a threshold concentration of NAA (100 ng ml-1), WEE1 repressed morphogenesis in vitro, whereas at all NAA/Kin combinations Spcdc25 promoted morphogenesis (particularly root formation) over and above that in WT. Loss of function wee1-1 cultures were very similar to WT. Quantitative data indicated a significant increase in the frequency of root formation in Spcdc25e cultures compared with WT particularly at low Kin concentrations, and WEE1oe’s repressive effect was overcome by NAA but not Kin. In conclusion, WEE1 has a repressive effect on morphogenesis in vitro that can be overcome by auxin whereas Spcd25 by-passes a cytokinin requirement for the induction of morphogenesis in vitro. The role of CDC25 and WEE1 in DNA damage responses was also analysed. Two over-expressing Arath;CDC25 lines and T-DNA mutants showed no difference to WT either in standard conditions or zeocin-supplemented treatments. However, root length was longer in Arath;CDC25oe lines treated with hydroxyurea (HU) and lateral root number was increased compared to WT. This suggests a differential response of Arath;CDC25oe in the DNA replication (HU-induced) and DNA damage (zeocin-induced) checkpoints (Chapter 5). Finally the roles of WEE1 and CDC25 in cell cycle regulation were examined using tobacco TBY-2 cell cultures expressing Arath;WEE1, Nicotiana tabacum (Nicta)WEE1 or Arath;CDC25. Whilst Nicta;WEE1 lengthened G2 of the cell cycle, Arath;WEE1 had an unusual effect of shortening G2 phase and Arath;CDC25 had no observable effect (Chapter 6).

Efeitos da ingestão de simbiótico e indol-3-carbinol sobre o processo de carcinogênese química de cólon em ratos Wistar alimentados com dieta contendo heme

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Regulation of PLK4 levels and activity to ensure centriole number control

Dissertation presented to obtain a Ph.D degree in Cellular Biology

The role of the TRAF-interacting protein in proliferation and differentiation.

Ubiquitination of proteins is a post-translational modification, which decides on the cellular fate of the protein. Addition of ubiquitin moieties to proteins is carried out by the sequential action of three enzymes: E1, ubiquitin-activating enzyme; E2, ubiquitin-conjugating enzyme; and E3, ubiquitin ligase. The TRAF-interacting protein (TRAIP, TRIP, RNF206) functions as Really Interesting New Gene (RING)-type E3 ubiquitin ligase, but its physiological substrates are not yet known. TRAIP was reported to interact with TRAF [tumor necrosis factor (TNF) receptor-associated factors] and the two tumor suppressors CYLD and Syk (spleen tyrosine kinase). Ectopically expressed TRAIP was shown to inhibit nuclear factor-kappa B (NF-κB) signalling. However, recent results suggested a role for TRAIP in biological processes other than NF-κB regulation. Knock-down of TRAIP in human epidermal keratinocytes repressed cellular proliferation and induced a block in the G1/S phase of the cell cycle without affecting NF-κB signalling. TRAIP is necessary for embryonal development as mutations affecting the Drosophila homologue of TRAIP are maternal effect-lethal mutants, and TRAIP knock-out mice die in utero because of aberrant regulation of cell proliferation and apoptosis. These findings underline the tight link between TRAIP and cell proliferation. In this review, we summarize the data on TRAIP and put them into a larger perspective regarding the role of TRAIP in the control of tissue homeostasis.

Kriisinhallintaoperaatioista palaavien sotilaiden psykososiaalinen tuki puolustusvoimissa

Viimeisen vuosikymmenen aikana Suomi on osallistunut toistaiseksi vaarallisimpaan kriisinhallintaoperaatioon koko rauhanturvahistoriansa aikana. Tämä on johtanut henkisten ongelmien kasvuun kriisinhallintaveteraanien keskuudessa. Tästä johtuen Suomen puolustusvoimat aloitti vuonna 2008 kriisinhallintaveteraaneille suunnatun psykososiaalisen tukijärjestelmän. Tämän tutkimuksen tavoitteena on kartoittaa kriisinhallintaoperaatioista palaavien sotilaiden psykososiaalista tukea Puolustusvoimissa. Tutkimus pyrkii vastaamaan minkälaisen prosessin rauhanturvaajat käyvät läpi kotiutumisen yhteydessä. Tutkimuksen tulokset on kerätty vuosina 2013 ja 2014 pääasiassa kahdella asiantuntijahaastattelulla. Haastateltavat asiantuntijat olivat Porin prikaatin henkilökuntaa, jotka vastasivat psykososiaalisen tuen järjestämisestä. Keskeisimpänä tuloksena ja johtopäätöksenä voidaan todeta Puolustusvoimien järjestämän psykososiaalisen tukijärjestelmän olevan tarpeeseen ja resursseihin suhteutettuna tarkoituksenmukaisesti toteutettu. Rauhanturvaajat käyvät kotiutumisen jälkeen läpi tehokkaan prosessin, jonka päätarkoituksena on kouluttaa heille vertaistukea. Tämän lisäksi järjestelmä pyrkii seulomaan mahdollisesti tuen tarpeessa olevia henkilöitä ja saattamaan heidät tarvittavan jatkohoidon piiriin.

Aktiivinen omasuojajärjestelmä ja sitä vastaan toimiminen

Panssarialusta ja panssarintorjunta ovat kulkeneet kilpajuoksussa ensimmäisestä maailman-sodasta alkaen. Panssarivaunun suojausta on parannettu lisäämällä panssaroinnin paksuutta ja asentamalla lisäpanssarointia. Uusimpana trendinä on ollut kehittää aktiivisia omasuojajär-jestelmiä jotka pyrkivät estämään panssarintorjunta-aseen vaikuttamisen panssarivaunuun ennen kuin se ehtii osua kohteeseensa. Tutkielmassa selvitetään panssarintorjunta-asetta vastaan vasta-aseella toimivia hard-kill-omasuojajärjestelmiä vastaan toimimista jokaiselle jalkaväen sotilaalle koulutettavilla ker-tasingoilla. Tutkielma selvittää, miltä ampuma-etäisyyksiltä pitää toimia, jotta aktiivinen omasuojajärjestelmä ei ehdi reagoida sitä kohti tulevaan uhkaan. Tutkielma on tyyliltään kvalitatiivinen kirjallisuuskatsaus ja tutkielma on tyyliltään her-meneuttinen analyysi. Tilastollista menetelmää on käytetty verrattaessa aseiden ja aktiivisten omasuojajärjestelmien vuorovaikutusta. Tutkielman keskeisenä johtopäätöksenä on, että osaa järjestelmistä vastaan voidaan toimia niin, etteivät ne ehdi reagoida panssarintorjunta-aseeseen. Järjestelmiä jotka kykenevät toi-mimaan uhkaa vastaan, on käsitelty vaihtoehtoisia vaikuttamismenetelmiä.

Venäjän erikoisjoukkojen tarkkuuskiväärit ja raskaat tarkkuuskiväärit sekä niiden ominaisuudet

Erikoisjoukkojen sotilaat ovat aina olleet taistelukentällä pelätty vastustaja, johtuen niiden henkisistä ja fyysisistä ominaisuuksista sekä huippuluokan varustuksesta. Nykypäivänä taistelutilan jatkuva muuttuminen on vaikuttanut erikoisjoukkojen kalustoon ja käyttöön. Soluttautuminen vastustajan kohdealueelle on vaikeutunut nykyisten valvontasensoreiden kehittymisen myötä ja näin ollen erikoisjoukot joutuvat usein suorittamaan konventionaalisin asein toteutettavat tehtävät varsin pitkille etäisyyksille. Tällaisten tehtävien suorittamiseen tarkkuuskiväärit ovat yksi varteenotettavimmista vaikuttamisen välineistä. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää millaisia tarkkuuskiväärejä ja raskaita tarkkuuskiväärejä Venäjän erikoisjoukoilla on käytössään ja millaisia ominaisuuksia niissä itse aseen ja patruunan osalta on käytettävissä. Aseita käsittelevät tiedot on kerätty kirjallisia lähteitä sekä internetlähteitä hyväksikäyttäen. Patruunoiden tarkastelussa tutkija on käyttänyt edellä mainittujen lähteiden lisäksi myös internetistä ladattua ballistiikkaohjelmaa, jolla on luotu taulukoita erilaisten luotien ominaisuuksista optimiolosuhteissa. Tutkimuksen perusteella Spetsnaz -joukkojen tarkkuuskiväärit ja raskaat tarkkuuskiväärit perustuvat pääosin varsin vanhoista asemalleista muokattuihin ja paranneltuihin versioihin. Asesuunnittelussa on kuitenkin havaittavissa muutosta aseiden toimintaperiaatteessa ja varusteissa, vaikka uusia asemalleja ei 2000 -luvun puolelta tässä tutkimuksessa löytynyt. Myös kivääreiden kaliiperit ovat pysyneet varsin samoina jo vuosikymmeniä, vaikka tutkimuksessa paljastui Venäjällä käytettävän nykyisin myös siellä harvoin esiintyneitä kaliipereja.

CISE-hanke ja rannikkovartiostotehtävät Suomessa

Euroopan komissio vahvisti kattavan meripolitiikan kehittämisen yhdeksi kauden 2005–2009 strategisista tavoitteistaan. Merten tehokas hallinnointi on EU:lle elinehto niin talouden kilpailukyvyn kuin ihmisten hyvinvoinninkin kannalta. Euroopan unionin yhdennetty meripolitiikka (Integrated Maritime Policy, IMP) kattaa kaikki meriin ja rannikkoalueisiin liittyvät hallinnonalat ja politiikanlohkot. Sen jalkauttamiseen pyritään hankkeilla jotka koordinoidaan EU-tasolla ja toteutetaan kansallisella tasolla. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan Eurooppalaisen merivalvontaverkoston luomiseksi aloitet-tua CISE-hanketta (Common Information Sharing Environment), joka kuuluu tärkeäksi nostetun Eurooppalaisen merivalvontaverkosto-hankkeen alle. Tutkimustehtävänä tässä tutkielmassa on selvittää EU:n CISE-hankkeen toteutuessaan tuomat mahdollisuudet Rajavartiolaitoksen rannikkovartiostotehtävien täyttämisessä. Tutkielma on luonteeltaan laadullinen, analyysimenetelmä on induktiivinen lähdeaineistoanalyysi. Tutkielman keskeisen aineiston muodostavat EU:n CISE-hankkeen asiakirjat, asiantuntijahaastattelut, kansallinen ja kansainvälinen lainsäädäntö sekä Rajavartiolaitoksen julkinen materiaali. Tutkimuksen perusteella suurimmat hyötyjät CISE-hankkeesta tulevat todennäköisesti olemaan moniviranomaistehtävät ja kansainvälistä yhteistyötä vaativat tehtävät, kuten suuret ympäristöonnettomuudet tai meripelastustehtävät, sekä rajat ylittävän rikollisuuden torjunta rannikkoalueilla.

Häiveominaisuuksien vaikutus IRST-Järjestelmän seurantaetäisyyteen

Nykyaikaisen häivehävittäjän tutka-alueen häiveominaisuudet ovat niin kehittyneitä, että IRST-järjestelmällä voidaan tietyissä olosuhteissa saavuttaa suurempi seurantaetäisyys häivehävittäjään, kuin nykyaikaisella ilmataistelututkalla. IRST-järjestelmällä tarkoitetaan infrapuna-alueella toimivaa tutkan kaltaista, mutta passiivista järjestelmää. Järjestelmän passiivisuus luo edellytykset yllättää ja kaapata aloite ilmataistelussa, ja siten saavuttaa taktinen etulyöntiasema. Tutkimuksen tavoitteena onkin selvittää tätä taustaa vasten, miten puolustuksellisessa ilmasotatilanteessa tulee IRST-järjestelmää hyväksi käyttäen lähestyä hyökkäävää häivehävittäjää, joka on varustettu infrapuna-alueen häiveominaisuuksilla. Lisäksi tutkimuksen tavoitteena on kartoittaa olemassa olevia infrapuna-alueen häivekeinoja. Tavoitteeseen päästään selvittämällä ensin yleisellä tasolla, millaisia infrapuna-alueen häiveominaisuuksia on käytössä nykyaikaisissa häivehävittäjissä. Lisäksi selvitetään, millainen kyky nykyaikaisella hävittäjän IRST-järjestelmällä on havaita infrapuna-alueen häiveominaisuuksilla varustettu häivehävittäjä, ja miten ilmakehän olosuhteet siihen vaikuttavat. Taktinen näkökulma luodaan pohtimalla IRST-järjestelmän käyttöä hyökkäyksellisyyttä, aloitteellisuutta ja aktiivisuutta painottaen tekniikan määrittämissä rajoissa. Aineistoa analysoidaan deduktiivisen päättelyn avulla. Tutkimuksessa havaittiin, että IRST-järjestelmän suurin ongelma taktiikan näkökulmasta on infrapunasäteilyn vaimentuminen voimakkaasti sen kulkiessa ilmakehän sääilmiöiden läpi. Tämä infrapunasäteilyn ominaisuus rajoittaa järjestelmän käyttökelpoisuutta, ja määrittää tehokkaalle toiminnalle rajoituksia. Tutkan kanssa vertailukelpoisia seurantaetäisyyksiä voidaan saavuttaa vain suhteellisen kuivassa ja kirkkaassa ilmamassassa. Häivehävittäjälle on edullista toimia korkealla suurella nopeudella, jolloin se tuottaa paljon lämpöenergiaa. Lisäksi suuri lentokorkeus tarkoittaa ohutta, kylmää ja kuivaa ilmamassaa, jossa infrapunasäteilyn kulkuun vaikuttavia tekijöitä on vähän. Tämä luo edellytykset IRST-järjestelmän tehokkaalle käytölle. IRST-järjestelmällä saavutetaan suurin seurantaetäisyys häivehävittäjästä takasektorista sen edetessä korkealla yliääninopeudella. Seurantaetäisyys voi olla jopa satojen kilometrien luokkaa. Kyseinen tilanne ei kuitenkaan ole taktisessa mielessä edullinen, sillä takasektorista ei kyetä, varsinkaan suurilta etäisyyksiltä, vaikuttamaan kohteeseen. Infrapuna-alueen häiveominaisuudet ovat tehokkaimpia etusektoriin, joten myös kohteen havaitseminen IRST-järjestelmällä suoraan edestä on ongelmallista. Etuviistosta on mahdollista saavuttaa suurempiseurantaetäisyys, sillä tällöin nähtävissä on enemmän moottorin tuottamaa kuumaa suihkuvirtausta. Lisäksi etuviistosta on mahdollista liikehtiä kohteen lähelle siten, että asejärjestelmillä on mahdollista saada aikaan vaikutusta.

Testing Mean-Variance Efficiency in CAPM with Possibly Non-Gaussian Errors : An Exact Simulation-Based Approach

In this paper we propose exact likelihood-based mean-variance efficiency tests of the market portfolio in the context of Capital Asset Pricing Model (CAPM), allowing for a wide class of error distributions which include normality as a special case. These tests are developed in the frame-work of multivariate linear regressions (MLR). It is well known however that despite their simple statistical structure, standard asymptotically justified MLR-based tests are unreliable. In financial econometrics, exact tests have been proposed for a few specific hypotheses [Jobson and Korkie (Journal of Financial Economics, 1982), MacKinlay (Journal of Financial Economics, 1987), Gib-bons, Ross and Shanken (Econometrica, 1989), Zhou (Journal of Finance 1993)], most of which depend on normality. For the gaussian model, our tests correspond to Gibbons, Ross and Shanken’s mean-variance efficiency tests. In non-gaussian contexts, we reconsider mean-variance efficiency tests allowing for multivariate Student-t and gaussian mixture errors. Our framework allows to cast more evidence on whether the normality assumption is too restrictive when testing the CAPM. We also propose exact multivariate diagnostic checks (including tests for multivariate GARCH and mul-tivariate generalization of the well known variance ratio tests) and goodness of fit tests as well as a set estimate for the intervening nuisance parameters. Our results [over five-year subperiods] show the following: (i) multivariate normality is rejected in most subperiods, (ii) residual checks reveal no significant departures from the multivariate i.i.d. assumption, and (iii) mean-variance efficiency tests of the market portfolio is not rejected as frequently once it is allowed for the possibility of non-normal errors.

Finite-Sample Diagnostics for Multivariate Regressions with Applications to Linear Asset Pricing Models

In this paper, we propose several finite-sample specification tests for multivariate linear regressions (MLR) with applications to asset pricing models. We focus on departures from the assumption of i.i.d. errors assumption, at univariate and multivariate levels, with Gaussian and non-Gaussian (including Student t) errors. The univariate tests studied extend existing exact procedures by allowing for unspecified parameters in the error distributions (e.g., the degrees of freedom in the case of the Student t distribution). The multivariate tests are based on properly standardized multivariate residuals to ensure invariance to MLR coefficients and error covariances. We consider tests for serial correlation, tests for multivariate GARCH and sign-type tests against general dependencies and asymmetries. The procedures proposed provide exact versions of those applied in Shanken (1990) which consist in combining univariate specification tests. Specifically, we combine tests across equations using the MC test procedure to avoid Bonferroni-type bounds. Since non-Gaussian based tests are not pivotal, we apply the “maximized MC” (MMC) test method [Dufour (2002)], where the MC p-value for the tested hypothesis (which depends on nuisance parameters) is maximized (with respect to these nuisance parameters) to control the test’s significance level. The tests proposed are applied to an asset pricing model with observable risk-free rates, using monthly returns on New York Stock Exchange (NYSE) portfolios over five-year subperiods from 1926-1995. Our empirical results reveal the following. Whereas univariate exact tests indicate significant serial correlation, asymmetries and GARCH in some equations, such effects are much less prevalent once error cross-equation covariances are accounted for. In addition, significant departures from the i.i.d. hypothesis are less evident once we allow for non-Gaussian errors.

Exact Skewness-Kurtosis Tests for Multivariate Normality and Goodness-of-fit in Multivariate Regressions with Application to Asset Pricing Models

We study the problem of testing the error distribution in a multivariate linear regression (MLR) model. The tests are functions of appropriately standardized multivariate least squares residuals whose distribution is invariant to the unknown cross-equation error covariance matrix. Empirical multivariate skewness and kurtosis criteria are then compared to simulation-based estimate of their expected value under the hypothesized distribution. Special cases considered include testing multivariate normal, Student t; normal mixtures and stable error models. In the Gaussian case, finite-sample versions of the standard multivariate skewness and kurtosis tests are derived. To do this, we exploit simple, double and multi-stage Monte Carlo test methods. For non-Gaussian distribution families involving nuisance parameters, confidence sets are derived for the the nuisance parameters and the error distribution. The procedures considered are evaluated in a small simulation experi-ment. Finally, the tests are applied to an asset pricing model with observable risk-free rates, using monthly returns on New York Stock Exchange (NYSE) portfolios over five-year subperiods from 1926-1995.