Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos

Desde a década de 1990, os esforços internacionais para a obtenção de genomas completos levaram à determinação do genoma de inúmeros organismos. Isto, aliado ao grande avanço da computação, tem permitido o uso de abordagens inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes. Entre os métodos mais comumente empregados nestas análises está a busca por similaridades entre sequências biológicas. Análises comparativas entre genomas completamente sequenciados indicam que cada grupo taxonômico estudado até o momento contém de 10 a 20% de genes sem homólogos reconhecíveis em outras espécies. Acredita-se que estes genes taxonomicamente restritos (TRGs) tenham um papel importante na adaptação a nichos ecológicos particulares, podendo estar envolvidos em importantes processos evolutivos. Entretanto, seu reconhecimento não é simples, sendo necessário distingui-los de ORFs não-funcionais espúrias e/ou artefatos derivados dos processos de anotação gênica. Além disso, genes espécie- ou gêneroespecíficos podem representar uma oportunidade para o desenvolvimento de métodos de identificação e/ou tipagem, tarefa relativamente complicada no caso dos procariotos, onde o método padrão-ouro na atualidade envolve a análise de um grupo de vários genes (MultiLocus Sequence Typing MLST). Neste trabalho utilizamos dados produzidos através de análises comparativas de genomas e de sequências para identificar e caracterizar genes espécie- e gênero-específicos, os quais possam auxiliar no desenvolvimento de novos métodos para identificação e/ou tipagem, além de poderem lançar luz em importantes processos evolutivos (tais como a perda e ou origem de genes em linhagens particulares, bem como a expansão de famílias de genes em linhagens específicas) nos organismos estudados.

Nuevos métodos de cálculo de la profundidad de las compresiones torácicas a partir de la señal de aceleración.

[EN]These feedback devices are used to improve the quality of chest compressions while performing CPR technique, as they provide real time information to guide the rescuer during resuscitation attempts. Most feedback systems on the market are based on accelerometers and additional sensors or reference signals, used for calculating the displacement of the chest from the acceleration signal. This makes them expensive and complex devices. With the aim of optimizing these feedback systems and overcoming their limitations, in this document we propose three alternative methods for calculating the depth of chest compressions. These methods differ from the ones existing so far in that they use exclusively the chest acceleration signal to compute the displacement. With their implementation, it would be possible to develop systems to provide accurate feedback more easily and economically. In this context, this document details the design and implementation of the three methods and the development of a software environment to analyze the accuracy of each of them and compare the results by means of a detailed calculation of errors. Furthermore, in order to evaluate the methods a database is required, and it can be compiled using a sensorized manikin to record the acceleration signal and the gold standard chest compression depth. The database generated will be used for other studies related to the estimation of the compression depth, because the signals obtained in the manikin platform are very similar to those recorded during a real resuscitation episode.

Simulación de redes para el análisis de rendimiento en enlaces de datos bajo técnicas ARQ.

[ES]Hoy en día la simulación de elementos de red y de redes completas supone una herramienta esencial para las telecomunicaciones, pudiendo ayudar en el dimensionado y el análisis de las mismas, así como en el estudio de problemáticas y escenarios que puedan darse. Uno de estos puntos de gran interés para el estudio es ARQ, y más concretamente, las técnicas de Stop & Wait y Go Back N. Así pues, nace dentro del grupo de investigación NQAS la necesidad de elaborar un conjunto de simulaciones sobre estas técnicas, con especial interés sobre la recolección de datos relacionados con el rendimiento de las mismas. Se pretende diseñar y simular una serie de escenarios de red partiendo de módulos simples con funciones de envío, conmutación y recepción de paquetes, escalándolo gradualmente para aumentar las funcionalidades de los mismos, hasta conseguir el diseño e implementación de redes basadas en dicha arquitectura cuyos enlaces estén bajo la cobertura de instancias de protocolo ARQ (Stop & Wait, Go Back N). Se tratará el resultado de las simulaciones mediante la recolección de estadísticas relacionadas con rendimiento y desempeño de las técnicas.

Inversão gravimétrica 3D e interpretação integrada dos métodos CSAMT, gravimétrico e magnetométrico no estudo do kimberlito Régis, MG, Brasil

Os diamantes são minerais raros e de alto valor econômico. Estes minerais se formam em condições mantélicas, numa profundidade aproximada de 150 a 200 km e ascendem à superfície englobada em magmas alcalinos e carbonatíticos, nos kimberlitos e lamproitos (depósitos primários). No presente trabalho objetivou-se o estudo da geometria do Kimberlito Régis, o qual pertence à província alcalina do Brasil Meridional, localizado no estado de Minas Gerais, na cidade de Carmo do Paranaíba. Para este estudo foi realizada uma inversão gravimétrica 3D e uma modelagem utilizando dados de gravimetria e os resultados dos estudos de magnetometria (Menezes e La Terra, 2011) e CSAMT (La Terra e Menezes, 2012). As anomalias Bouguer e magnética foram então modeladas a partir de um resultado CSAMT, apresentando como resultado um conduto vulcânico com cerca de 2800 metros de profundidade e 200 metros de largura. Já o resultado da inversão mapeou um corpo com forma de cone invertido, apresentando contrastes de densidade negativos. A metodologia de integração de métodos geofísicos mostrou-se eficiente para estudos exploratórios de kimberlitos, apresentando rapidez e baixo custo quando comparados com os métodos tradicionais.

Aplicações de métodos quimiométricos e de técnicas analíticas em amostras alimentícias e farmacêuticas

Esse trabalho compreende dois diferentes estudos de caso: o primeiro foi a respeito de um medicamento para o qual foi desenvolvida uma metodologia para determinar norfloxacino (NOR) por espectrofluorimetria molecular e validação por HPLC. Primeiramente foi desenvolvida uma metodologia por espectrofluorimetria onde foram feitos alguns testes preliminares a fim de estabelecer qual valor de pH iria fornecer a maior intensidade de emissão. Após fixar o pH foi feita a determinação de NOR em padrões aquosos e soluções do medicamento usando calibração univariada. A faixa de concentração trabalhada foi de 0500 μg.L-1. O limite de detecção para o medicamento foi de 6,9 μg.L-1 enquanto que o de quantificação foi de 24,6 μg.L-1. Além dessas, outras figuras de mérito também foram estimadas para desenvolvimento da metodologia e obtiveram resultados muito satisfatórios, como por exemplo, os testes de recuperação no qual a recuperação do analito foi de 99.5 a 103.8%. Para identificação e quantificação do NOR da urina foi necessário diluir a amostra de urina (estudada em dois diferentes níveis de diluição: 500 e 1000 x) e também uso do método da adição de padrão (na mesma faixa de concentração usada para medicamento). Após a aquisição do espectro, todos foram usados para construção do tensor que seria usado no PARAFAC. Foi possível estimar as figuras de mérito como limite de detecção de 11.4 μg.L-1 and 8.4 μg.L-1 (diluição de 500 e 1000 x respectivamente) e limite de quantificação de 34 μg.L-1 e 25.6 μg.L-1 (diluição de 500 x e 1000 x respectivamente). O segundo estudo de caso foi na área alimentícia no qual se usou espectroscopia NIR e FT MIR acopladas a quimiometria para discriminar óleo de soja transgênica e não transgênica. Os espectros dos óleos não mostraram diferença significativa em termos visuais, sendo necessário usar ferramentas quimiométricas capazes de fazer essa distinção. Tanto para espectroscopia NIR quanto FT MIR foi feito o PCA a fim de identificar amostras discrepantes e que influenciariam o modelo de forma negativa. Após efetuar o PCA, foram usadas três diferentes técnicas para discriminar os óleos: SIMCA, SVM-DA e PLS-DA, sendo que para cada técnica foram usados também diferentes pré processamento. No NIR, apenas para um pré processamento se obteve resultados satisfatórios nas três técnicas, enquanto que para FT-MIR ao se usar PLS-DA se obteve 100% de acerto na classificação para todos os pré processamentos

Métodos espectrais aplicados à relatividade numérica: determinação dos dados iniciais

Neste trabalho aplicamos métodos espectrais para a determinação da configuração inicial de três espaços-tempos contendo buracos negros. Para isto apresentamos primeiro a foliação do espaço-tempo em hipersuperfícies tridimensionais espaciais parametrizadas pela função temporal t. Este processo é chamado de decomposição 3+1 [2] [5]. O resultado deste processo são dois conjuntos de equações classificadas em equações de vínculo e evolução [4]. As equações de vínculo podem ser divididas em vínculos Hamiltoniano e dos momentos. Para a obtenção dos dados iniciais dos problemas estudados aqui, apenas a equação de vínculo Hamiltoniano será resolvida numericamente, pois as equações de vínculo dos momentos possuem solução analítica nestes casos. Uma pequena descrição dos métodos espectrais é apresentada, destacando-se os método de Galerkin, método pseudoespectral ou de colocação e método de Tau, que são empregados na resolução das equações de vínculo Hamiltoniano dos problemas estudados. Verificamos que os resultados obtidos neste trabalho superam aqueles produzidos por Kidder e Finn [15], devido a uma escolha diferente das funções de base, que aqui satisfazem uma das condições de contorno.

Abertis Infraestructuras S.A. y su valor en bolsa. Análisis del mercado bursátil español y simulación de análisis en las decisiones de inversión en Abertis Infraestructuras S.A.

Durante mucho tiempo, invertir en bolsa era una actividad que se miraba desde fuera y a la que solamente se dedicaba aquellas personas con un gran conocimiento en la materia, o profesionales de los mercados financieros. La aparición de internet y el acceso por parte de todos a una cantidad de información cada vez mayor han hecho que la bolsa gane popularidad. Es evidente que los que queremos entrar en el juego de la Bolsa lo estamos haciendo para ganar dinero, pero sabemos ¿en qué, como, y cuando invertir? El trabajo presenta dos partes claramente diferenciadas. La primera parte, se dedica al análisis del mercado bursátil español. Se analiza la Bolsa, y la situación de ésta dentro del mercado de valores, sus aspectos organizativos y de funcionamiento, así como los análisis básicos que sirven para la toma de decisiones de inversión en bolsa (el análisis fundamental y el análisis técnico). La segunda parte, presenta el caso de la empresa Abertis Infraestructuras S.A. En la misma se hace una breve descripción de la organización; un análisis desde el punto de vista fundamental así como un estudio de la dinámica del precio de la acción de Abertis, desde el análisis técnico.

Análisis y optimización del comportamiento mecánico de implantes dentales mediante simulación numérica

325 p. El contenido del capítulo 5 "Estructuras sobre implantes dentales" está sujeto a confidencialidad

Optimización de procesos de recubrimiento para herramientas de corte. Tecnologías de recubrimiento, métodos de caracterización y optimización de las propiedades

249 p.

Proteómica dirigida en la cirugía del cáncer gástrico

240 p. + anexos

Identificação de areias siliciclásticas para a recuperação de praias em erosão através de métodos geofísicos acústicos

Devido a sua grande extensão latitudinal, a costa brasileira é influenciada por diferentes regimes climáticos e oceanográficos. Adicionalmente, a distribuição da população brasileira é caracterizada por uma alta concentração nas capitais litorâneas. Todos esses fatores levam à construção de inúmeras estruturas de engenharia que podem de alguma forma impactar o transporte de sedimento e consequentemente o balanço sedimentar de algumas praias. Uma das formas mais eficientes de recuperar esse balanço sedimentar é a alimentação artificial de praias, com sedimentos provenientes da plataforma continental com características semelhantes. Os métodos geofísicos acústicos permitem mapear de forma eficiente o fundo e o subfundo marinho para a busca de áreas fontes para a lavra de forma eficiente. O objetivo deste estudo é a identificação de padrões geoacústicos a partir de analises quantitativas e qualitativas, para a caracterização de áreas fontes de areias siliciclásticas compatíveis com sedimentos de praias em erosão na cidade do Rio de Janeiro. O mapeamento foi realizado na plataforma continental interna do Rio de Janeiro, em área adjacente à praia de Itaipuaçu (Maricá, RJ). As análises evidenciaram depósitos, localizados entre 19 e 30 metros, de areias com granulometria, textura e selecionamento em condições ideias para a recomposição de praias do Rio de Janeiro.

Comparação entre dois métodos de cirurgia de modelos utilizados para cirurgia ortognática com seqüência invertida

Cirurgias ortognáticas bimaxilares representam um desafio para os cirurgiões, especialmente para reproduzir o plano de tratamento na sala operatória. O uso de guias cirúrgicos permite uma melhor reprodução do planejamento, mas, para isto, uma técnica precisa de cirurgia de modelos é essencial. O objetivo deste estudo é comparar a precisão do reposicionamento mandibular obtido com dois diferentes métodos de cirurgia de modelos utilizados para o planejamento de cirurgias bimaxilares com a seqüência cirúrgica invertida. Neste estudo, um crânio de resina foi utilizado para simular um paciente. As moldagens foram tomadas e os modelos foram vazados e montados em um articulador semi-ajustável por meio da transferência do arco-facial e do registro de mordida em cera. Traçados de previsão de 10 planos de tratamento diferentes foram feitos no software Dolphin Imaging e, então, reproduzidos com o método padrão (CM I) e método modificado (CM II) de cirurgia de modelos (T1). Para aprimorar a avaliação do reposicionamento mandibular, as cirurgias de modelo foram repetidas após um mês (T2). Os modelos mandibulares foram medidos na Plataforma de Erickson antes e depois do reposicionamento para contrastar os resultados. As diferenças no tempo de reposicionamento também foram registradas. Estatística descritiva e teste t foram usados para análisar os dados e comparar os resultados. Este estudo sugere que o reposicionamento vertical e látero-lateral dos modelos mandibulares foram semelhantes com ambos os métodos, entretanto, houve uma maior imprecisão no sentido ântero-posterior quando o método padrão de cirurgia modelos foi utilizado para o planejamento de cirurgias ortognáticas com a seqüência invertida. O tempo necessário para reposicionar o modelo mandibular no articulador semi-ajustável com a abordagem modificada (CM II) foi significativamente menor do que para reposicionar o modelo maxilar na Plataforma de Erickson (CM I).

Velhos métodos para novos exóticos: justiça e psiquiatria no controle do uso de droga

O presente trabalho visa a investigar historicamente o uso de droga enquanto objeto de intervenção da Medicina e da Psiquiatria, a partir do início do século XX até os dias atuais, refletindo sobre a articulação e a cooperação entre essas duas instituições, inserindo o problema no panorama geral da questão no Brasil e no mundo. Para atingir esse objetivo, farse-á a análise de documentos produzidos ao longo do período referido nos dois âmbitos: documentos legais e as principais referências da bibliografia psiquiátrica. Assim, o principal foco do estudo é encontrar as convergências e divergências dos processos de medicalização e criminalização do uso de droga, dando especial atenção para o arranjo atual dessa problemática. Após a análise documental, far-se-á um contraponto das informações colhidas na pesquisa com alguns trabalhos genealógicos de Michel Foucault, pensando como este teórico pode ajudar a compreender o surgimento, a evolução e a configuração atual da questão da droga no Brasil.

Confiabilidade de diferentes métodos de aquisição de modelos dentários digitais

O uso de modelos de estudo dentários faz parte tanto da prática quanto da pesquisa odontológica e ortodôntica. Com a introdução dos scanners 3D e dos tomógrafos CBCT (cone beam computer tomography) tornou-se possível a obtenção de modelos dentários tridimensionais virtuais das arcadas dentárias. Foram selecionados 56 modelos dentários superiores e escaneados em três tipos diferentes de scanners: Maestro 3D Dental Scanner (AGE Solutions, Potedera, Italia), 3Shape R700 3D Scanner (3Shape, Copenhagen, Dinamarca) e o scanner 3Shape TRIOS (3Shape, Copenhagen, Dinamarca). Doze medidas foram realizadas nos modelos dentários de gesso e comparadas com as mesmas medidas realizadas nos modelos dentários digitais por meio do teste de Análise de Variância (ANOVA). Estatisticamente não foram encontradas diferenças significativas entre as medições tradicionais nos modelos dentários de gesso e as medidas realizadas nos modelos dentários digitais. Os três tipos de métodos de aquisição de modelos dentários digitais foram considerados confiáveis para as medições horizontais, transversais e verticais. Os modelos dentários virtuais podem ser indicados como substitutos dos modelos dentários de gesso.

Validación de métodos analíticos para la determinación de Amonio, Nitrato y Carbono Orgánico en aguas de estuario.

[es]El principal objetivo de este trabajo es la validación de métodos analíticos nuevos como son la determinación de amonio, nitrato y carbono orgánico total en muestras de aguas de estuario ya que no se han encontrado estudios para este tipo de muestras. A partir de este objetivo principal, se pretende, por un lado, comprobar la influencia de la diferente salinidad de las muestras en el desarrollo de métodos potenciométricos mediante ISE para la medida de nitrato y amonio y del equipo de TOC-VCSN para la determinación de carbono orgánico. Además, con la ayuda de cálculos estadísticos, determinar la incertidumbre asociada a la determinación de la concentración de amonio, nitrato y carbono orgánico en las muestras. Y, por último, analizar la posible variación de las muestras a lo largo del tiempo para comprobar su estabilidad.