Clinical utility of a molecular test in adjuvant treatment decision making in women with endocrine-sensitive early stage breast cancer: a retrospective, single center one year experience

Background. Molecular tests for breast cancer (BC) risk assessment are reimbursed by health insurances in Switzerland since the beginning of year 2015. The main current role of these tests is to help oncologists to decide about the usefulness of adjuvant chemotherapy in patients with early stage endocrine-sensitive and human epidermal growth factor receptor 2 (HER2)-negative BC. These gene expression signatures aim at predicting the risk of recurrence in this subgroup. One of them (OncotypeDx/OT) also predicts distant metastases rate with or without the addition of cytotoxic chemotherapy to endocrine therapy. The clinical utility of these tests -in addition to existing so-called "clinico-pathological" prognostic and predictive criteria (e.g. stage, grade, biomarkers status)-is still debated. We report a single center one year experience of the use of one molecular test (OT) in clinical decision making. Methods. We extracted from the CHUV Breast Cancer Center data base the total number of BC cases with estrogen-receptor positive (ER+), HER2-negative early breast cancer (node negative (pN0) disease or micrometastases in up to 3 lymph nodes) operated between September 2014 and August 2015. For the cases from this group in which a molecular test had been decided by the tumor board, we collected the clinicopathologic parameters, the initial tumor board decision, and the final adjuvant systemic therapy decision. Results. A molecular test (OT) was done in 12.2% of patients with ER + HER2 negative early BC. The median age was 57.4 years and the median invasive tumor size was 1.7 cm. These patients were classified by ODX testing (Recurrence Score) into low-, intermediate-, and high risk groups, respectively in 27.2%, 63.6% and 9% of cases. Treatment recommendations changed in 18.2%, predominantly from chemotherapyendocrine therapy to endocrine treatment alone. Of 8 patients originally recommended chemotherapy, 25% were recommended endocrine treatment alone after receiving the Recurrence Score result. Conclusions. Though reimbursed by health insurances since January 2015, molecular tests are used moderately in our institution as per the decision of the multidisciplinary tumor board. It's mainly used to obtain a complementary confirmation supporting the decision of no chemotherapy. The OncotypeDx Recurrence Score results were in the intermediate group in 66% of the 9 tested cases but contributed to avoid chemotherapy in 2 patients during the last 12 months.

Optimizing Mobile Java Location-Based Services in Symbian OS

This thesis evaluates methods for obtaining high performance in applications running on the mobile Java platform. Based on the evaluated methods, an optimization was done to a Java extension API running on top the Symbian operating system. The API provides location-based services for mobile Java applications. As a part of this thesis, the JNI implementation in Symbian OS was also benchmarked. A benchmarking tool was implemented in the analysis phase in order to implement extensive performance test set. Based on the benchmark results, it was noted that the landmarks implementation of the API was performing very slowly with large amounts of data. The existing implementation proved to be very inconvenient for optimization because the early implementers did not take performance and design issues into consideration. A completely new architecture was implemented for the API in order to provide scalable landmark initialization and data extraction by using lazy initialization methods. Additionally, runtime memory consumption was also an important part of the optimization. The improvement proved to be very efficient based on the measurements after the optimization. Most of the common API use cases performed extremely well compared to the old implementation. Performance optimization is an important quality attribute of any piece of software especially in embedded mobile devices. Typically, projects get into trouble with performance because there are no clear performance targets and knowledge how to achieve them. Well-known guidelines and performance models help to achieve good overall performance in Java applications and programming interfaces.

Raskaan kaluston tiedonkeruujärjestelmä sulautettuna Java-ohjelmistona

Tämä insinöörityö tehtiin Sesca Logistics IT Oy:lle osana Tekesin VAMOS-hanketta. Logistiikan alan yritysten resursseja on kuluttanut puutteellinen ja hidas tietojen kulku toimiston ja ajoneuvon välillä. Perinteisesti ajoneuvosta tarvittujen tietojen kerääminen on tapahtunut kynällä paperille, ja tiedonkulku on perustunut puhelinyhteyteen toimiston ja ajoneuvon kuljettajan välillä. Työn tavoitteena oli toteuttaa automaattinen tietojenkeruu ajoneuvosta sekä ajoneuvon sisältämistä laitteista. Reaaliaikainen raskaan kaluston tiedonkeruujärjestelmä mahdollistaa ajoneuvoista automaattisesti kerättyjen tietojen helpon seurannan Internetin välityksellä. Työssä suunniteltiin raskaan kaluston ajoneuvotietokoneen sulautettu ohjelmisto sekä palvelinpään ohjelmisto ajoneuvosta lähetettyjen tietojen vastaanottamiseen. Työ aloitettiin arkkitehtuurisuunnittelulla, jonka tuloksena hahmotettiin järjestelmän olellisimmat komponentit sekä valittiin sopivimmat protokollat komponenttien väliseen tiedonsiirtoon Internet-verkossa. Ajoneuvotietokoneen ohjelmisto toteutettiin sulautettuna ohjelmistona Java ME -teknologialla, jossa hyödynnettiin UML-mallinnusta sekä tunnettuja suunnittelumalleja (design patterns). Palvelinpään tietojen vastaanottoohjelmisto toteutettiin Java SE -teknologialla. Työn lopputuloksena syntyi reaaliaikanen ja hajautettu tietojärjestelmä logistiikan alan tarpeisiin. Tietojärjestelmä kykenee tuottamaan reaalaikaista tietoa ajoneuvon sijainnista sekä ajoneuvon CAN-väylän sisältämistä tiedoista. Lisäksi tietojärjestelmä mahdollistaa tienhoitoajoneuvojen aurojen ja suolasirottimen seurannan. Tietojärjestelmän avulla yritykset voivat seurata kustannustehokkuuttaan ja saada nopeammin yksityiskohtaisempia tietoja ajoneuvojen tilasta.

A Co-Processor Approach for Efficient Java Execution in Embedded Systems

This thesis deals with a hardware accelerated Java virtual machine, named REALJava. The REALJava virtual machine is targeted for resource constrained embedded systems. The goal is to attain increased computational performance with reduced power consumption. While these objectives are often seen as trade-offs, in this context both of them can be attained simultaneously by using dedicated hardware. The target level of the computational performance of the REALJava virtual machine is initially set to be as fast as the currently available full custom ASIC Java processors. As a secondary goal all of the components of the virtual machine are designed so that the resulting system can be scaled to support multiple co-processor cores. The virtual machine is designed using the hardware/software co-design paradigm. The partitioning between the two domains is flexible, allowing customizations to the resulting system, for instance the floating point support can be omitted from the hardware in order to decrease the size of the co-processor core. The communication between the hardware and the software domains is encapsulated into modules. This allows the REALJava virtual machine to be easily integrated into any system, simply by redesigning the communication modules. Besides the virtual machine and the related co-processor architecture, several performance enhancing techniques are presented. These include techniques related to instruction folding, stack handling, method invocation, constant loading and control in time domain. The REALJava virtual machine is prototyped using three different FPGA platforms. The original pipeline structure is modified to suit the FPGA environment. The performance of the resulting Java virtual machine is evaluated against existing Java solutions in the embedded systems field. The results show that the goals are attained, both in terms of computational performance and power consumption. Especially the computational performance is evaluated thoroughly, and the results show that the REALJava is more than twice as fast as the fastest full custom ASIC Java processor. In addition to standard Java virtual machine benchmarks, several new Java applications are designed to both verify the results and broaden the spectrum of the tests.

Java 3D

Tämä insinöörityö kertoo Java 3D -ohjelmointirajapinnan perusteista ja sen käytöstä kolmiulotteisen tietokonegrafiikan luomisessa Java ohjelmointikielellä. Java 3D on rajapinta Java-ohjelmointikielelle, jonka avulla voidaan luoda ja käsitellä kolmiulotteista tietokonegrafiikkaa. Java 3D -rajapinnan avulla käsitellään kolmiulotteista tietokonegrafiikka erityisen maisemagraafimallin avulla. Maisemagraafi on binääripuuta muistuttava malli, joka mahdollistaa kolmiulotteisten kohteiden ja niille tapahtuvien muunnoksien käsittelyn hierarkisessa järjestyksessä. Työssä käydään läpi Java 3D -maisemagraafien luominen ja kolmiulotteisessa avaruudessa sijaitseville kappaleille tehtäviä perusoperaatioita kuten siirtoa ja kiertoa. Lisäksi käydään läpi myös erilaisia animoinnissa ja interaktiossa käytettäviä luokkia, joiden avulla ohjelmoija saa automatisoitua muunnoksia sekä käyttäjä voi antaa syötteitä hiirellä ja näppäimistöllä. Näiden lisäksi käydään läpi myös mallin valaistusta, varjoja, teksturointia sekä omien kolmiulotteisten mallien tuontia Java 3D -maailmaan. Opinnäytetyön yhteydessä on tehty myös kirjo erilaisia esimerkkejä, jotka ovat saatavilla verkkosivustolta osoitteessa http://www.pahvilaatikko.org/j3d lisäksi kopio verkkosivustosta löytyy myös opinnäytetyön mukana tulevalta cd-levyltä.

Where's my pet : Desarrollo de una aplicación con Java EE

Trabajo fin de grado acerca de la creación de una aplicación en Java EE para la localización de mascotas mediante el uso de reconocimiento facial en dispositivos móviles.

Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskyvyn testaus ja parantaminen

Testauksesta on tullut oleellinen, yhä tärkeämpi sovelluskehitysprojektien osa. Sovelluksilta vaaditaan luotettavuutta kaikilla niiden toiminnan osa-alueilla. Suorituskykyyn liittyvät asiat ovat keskeinen osa näitä vaatimuksia erityisesti, kun kyse on Internetissä toimivista www-sovelluksista. Aluksi työssä esitellään erilaisia sovellusten testausmenetelmiä. Siinä kerrotaan yleisimmistä menetelmistä, joiden avulla pyritään sovelluksista löytämään vääränlaiset toimintatavat suhteessa niiden määriteltyihin toimintatapoihin. Testauksen tulosten avulla pystytään keskittymään oikeisiin kohtiin sovellusten toiminnan korjaamisessa. Työssä analysoidaan www-sovellusten rakennetta yleisen kerrosarkkitehtuurin eri kerrosten ominaisuuksia ja niihin sisältyviä keskeisimpiä sovellusten suorituskykyyn vaikuttavia tekijöitä kuvaillen. Näiden, www-sovellusten eri osien suorituskykyyn vaikuttavien ominaisuuksien perusteella esitellään esimerkkejä, kuinka Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskykyä voidaan parantaa. Lisäksi työssä kuvataan, kuinka erityisesti ilmaisella Apache JMeter-sovelluksella voidaan Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskykyä mitata. Työn tuloksena esitellään lopuksi suorituskyvyn testaus- ja parannusprosessi. Sen tarkoitus on selkeyttää erityisesti Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskyvyn testauksessa ja parannuksessa huomioon otettavia asioita.

Numeerisia menetelmiä Java-kielellä

Java-kieli on ottanut paikkansa web-ohjelmoinnin alueella, mutta tieteellisissä laskentatehtävissä se on lyhyehkön historiansa aikana jäänyt muiden ohjelmointikielten varjoon. Tutkielmassa selvitettiin, miten kieli soveltuu matemaattisten ongelmien ratkaisuun. Tutkimusta varten kehitettiin esimerkkiohjelmia eri numeerisen matematiikan osaalueille, kuten integrointiin, derivointiin, interpolointiin ja juurenhakuun; painopiste oli lineaarialgebran sovelluksissa. Eri matriisihajotelmien käyttöön perustuvia esimerkkejä tehtiin useampia. Kaikki ohjelmat toteutettiin siten, että niitä on mahdollista käyttää verkossa erilaisilla tietokonekokoonpanoilla. Tämä on kiinteä osa Java-kielen ideologiaa. Tutkielmaan kuuluvalla web-sivustolla kaikki ohjelmat lähdekoodeineen ovat kiinnostuneiden käytettävissä. Sivustoa on mahdollista kehittää ja laajentaa entisestään, sillä monet numeriikan osa-alueet jäivät vielä käsittelemättä. Ohjelmat lähdekoodeineen sekä kaikkien valmiiden luokkien lähdekoodit löytyvät myös tutkielman mukana tulevalta CD-ROM-levyltä. Esimerkkien pohjalta saatujen kokemusten perusteella todettiin, että Java-kielellä on mahdollista toteuttaa matemaattisia ohjelmia, vaikka kielellä onkin puutteensa; esimerkiksi Javan omat matemaattiset luokat ovat sellaisenaan riittämättömät vaativiin sovelluksiin. Tämä saattaa osittain selittää laimean kiinnostukseen kielen mahdollisuuksiin tieteellisessä käytössä. Java on kuitenkin vielä kehittyvä kieli, joten tulevaisuudessa aukeavat mahdollisuudet jäävät nähtäväksi.

Assessment of Coals from Russia and Countries of Former Soviet Union for Utility Fluidized Bed Boilers

With the occurrence of fossil fuels such as oil, gas and coal we found new sources of energy that have played a critical role in the progress of our modern society. Coal is very ample compared to the other two fossil fuels. Global coal reserves at the end of 2005 were estimated at 847,5 billion tones. Along with the major energy sources, coal is the most fast growing fuel on a global basis, it provides 26% of primary energy needs and remains essential to the economies of many developed and developing countries. Coal-fired power generation accounts for 41% of the world‘s total electricity production and in some countries, such as South Africa, Poland, China, Australia, Kazakhstan and India is on very high level. Still, coal utilization represents challenges related to high emissions of air pollutants such as sulphur and nitrogen dioxides, particulate matter, mercury and carbon dioxide. In relation to these a number of technologies have been developed and are in marketable use, with further potential developments towards ―Near Zero Emission‖ coal plants. In present work, coals mined in Russia and countries of Former Soviet Union were reviewed. Distribution of coal reserves on the territory of Russia and the potential for power generation from coal-fired plants across Russia was shown. Physical and chemical properties of coals produced were listed and examined, as main factor influencing on design of the combustion facility and incineration process performance. The ash-related problems in coal-fired boilers were described. The analysis of coal ash of Russia and countries of Former Soviet Union were prepared. Feasible combustion technologies also were reviewed.

Early detection of severe sepsis in the emergency room in adults - Clinical utility of prognostic markers

Vaikean sepsiksen varhainen tunnistaminen päivystyspoliklinikalla – merkkiaineiden käyttökelpoisuus aikuispotilaiden arvioinnissa Päivystyspotilaan vakavan yleisinfektion eli sepsiksen varhainen tunnistaminen ja taudin vaikeusasteen arviointi on päivystävälle lääkärille tärkeä haaste. Arvioimme prospektiivisessa kohorttitutkimuksessa eri merkkiaineiden hyödyllisyyttä sepsiksen varhaisessa tunnistamisessa ja vaikeusasteen arvioinnissa. Työssä I ja III oli 539 päivystyspotilasta, joilta kliinikko päätti ottaa veriviljelyn sepsistä epäillen. Tutkimuksessa II oli 525 potilasta ja tutkimuksessa IV 537 potilasta. Tutkimuksessa I plasman C-reaktiivisen proteiinin (CRP) pitoisuuksia verrattiin plasman prokalsitoniinin (PCT) ja interleukiinin (IL-6) pitoisuuksiin. Tutkimuksessa II verrattiin plasman baktersidisen/ permeabiliteettia lisäävän proteiinin (BPI), ryhmän IIA fosfolipaasi A2:n (PLA2GIIA) ja CRP:n pitoisuuksia sekä valkosolujen määriä toisiinsa. Tutkimuksessa III arvioitiin liukoisen urokinaasi-tyyppisen plasminogeenin aktivaattorireseptorin (suPAR) ja tutkimuksessa IV pentraksiini 3:n (PTX3) määrityksen käyttökelpoisuutta. Tutkimuksessa I todettiin päivystystilanteessa mitattujen korkeiden PCT - ja IL-6 - pitoisuuksien ennustavan vaikean sepsiksen kehittymistä paremmin kuin korkean CRP:n. Tutkimuksessa II plasman PLA2GIIA vaikutti hiukan paremmalta vaikean sepsiksen ennustajalta kuin CRP tai veren valkosolutaso, mutta BPI ei ollut hyödyllinen. Tutkimuksessa III korkea plasman suPAR- pitoisuus osoittautui itsenäiseksi kuolleisuuden riskitekijäksi ja se liittyi myös vaikean sepsiksen kehittymiseen. Tutkimuksessa IV korkea PTX3 - pitoisuus toimi samaan tapaan kuin suPAR. Kokonaisuutena PCT osoittautui parhaaksi merkkiaineeksi ennustamaan elinhäiriön kehittymistä ja suPAR kuolleisuutta. PTX3 ei tarjonnut merkittävää lisäetua PCT:iin ja suPAR:iin verrattuna. CRP osoitti suhteellisen hyvin bakteeri-infektion esiintymistä, mutta ennusteellista arvoa sillä ei ollut. suPAR on kiinnostava kuolleisuuden ja elinhäiriön kehittymisen merkkiaine.

[Carte marine depuis le Cap de Bonne-Espérance jusqu'à Java]

Kartta kuuluu A. E. Nordenskiöldin kokoelmaan

Reliability and clinical utility of a Portuguese version of the Abnormal Involuntary Movements Scale (AIMS) for tardive dyskinesia in Brazilian patients

The objective of the present study was to evaluate the reliability and clinical utility of a Portuguese version of the Abnormal Involuntary Movements Scale (AIMS). Videotaped interviews with 16 psychiatric inpatients treated with antipsychotic drugs for at least 5 years were evaluated. Reliability was assessed by the intraclass correlation coefficient (ICC) between three raters, two with and one without clinical training in psychopathology. Clinical utility was assessed by the difference between the scores of patients with (N = 11) and without (N = 5) tardive dyskinesia (TD). Patients with TD exhibited a higher severity of global evaluation by the AIMS (sum of scores: 4.2 ± 0.9 vs 0.4 ± 0.2; score on item 8: 2.3 ± 0.3 vs 0.4 ± 0.2, TD vs controls). The ICC for the global evaluation was fair between the two skilled raters (0.58-0.62) and poor between these raters and the rater without clinical experience (0.05-0.29). Thus, we concluded that the Portuguese version of the AIMS shows an acceptable inter-rater reliability, but only between clinically skilled raters, and that it is clinically useful.

Clinical utility of standard base excess in the diagnosis and interpretation of metabolic acidosis in critically ill patients

The aims of this study were to determine whether standard base excess (SBE) is a useful diagnostic tool for metabolic acidosis, whether metabolic acidosis is clinically relevant in daily evaluation of critically ill patients, and to identify the most robust acid-base determinants of SBE. Thirty-one critically ill patients were enrolled. Arterial blood samples were drawn at admission and 24 h later. SBE, as calculated by Van Slyke's (SBE VS) or Wooten's (SBE W) equations, accurately diagnosed metabolic acidosis (AUC = 0.867, 95%CI = 0.690-1.043 and AUC = 0.817, 95%CI = 0.634-0.999, respectively). SBE VS was weakly correlated with total SOFA (r = -0.454, P < 0.001) and was similar to SBE W (r = -0.482, P < 0.001). All acid-base variables were categorized as SBE VS <-2 mEq/L or SBE VS <-5 mEq/L. SBE VS <-2 mEq/L was better able to identify strong ion gap acidosis than SBE VS <-5 mEq/L; there were no significant differences regarding other variables. To demonstrate unmeasured anions, anion gap (AG) corrected for albumin (AG A) was superior to AG corrected for albumin and phosphate (AG A+P) when strong ion gap was used as the standard method. Mathematical modeling showed that albumin level, apparent strong ion difference, AG A, and lactate concentration explained SBE VS variations with an R² = 0.954. SBE VS with a cut-off value of <-2 mEq/L was the best tool to diagnose clinically relevant metabolic acidosis. To analyze the components of SBE VS shifts at the bedside, AG A, apparent strong ion difference, albumin level, and lactate concentration are easily measurable variables that best represent the partitioning of acid-base derangements.