Nutrigenomics and nutrigenetics: the emerging faces of nutrition.

The recognition that nutrients have the ability to interact and modulate molecular mechanisms underlying an organism's physiological functions has prompted a revolution in the field of nutrition. Performing population-scaled epidemiological studies in the absence of genetic knowledge may result in erroneous scientific conclusions and misinformed nutritional recommendations. To circumvent such issues and more comprehensively probe the relationship between genes and diet, the field of nutrition has begun to capitalize on both the technologies and supporting analytical software brought forth in the post-genomic era. The creation of nutrigenomics and nutrigenetics, two fields with distinct approaches to elucidate the interaction between diet and genes but with a common ultimate goal to optimize health through the personalization of diet, provide powerful approaches to unravel the complex relationship between nutritional molecules, genetic polymorphisms, and the biological system as a whole. Reluctance to embrace these new fields exists primarily due to the fear that producing overwhelming quantities of biological data within the confines of a single study will submerge the original query; however, the current review aims to position nutrigenomics and nutrigenetics as the emerging faces of nutrition that, when considered with more classical approaches, will provide the necessary stepping stones to achieve the ambitious goal of optimizing an individual's health via nutritional intervention.

The M-Coffee web server: a meta-method for computing multiple sequence alignments by combining alternative alignment methods.

The M-Coffee server is a web server that makes it possible to compute multiple sequence alignments (MSAs) by running several MSA methods and combining their output into one single model. This allows the user to simultaneously run all his methods of choice without having to arbitrarily choose one of them. The MSA is delivered along with a local estimation of its consistency with the individual MSAs it was derived from. The computation of the consensus multiple alignment is carried out using a special mode of the T-Coffee package [Notredame, Higgins and Heringa (T-Coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J. Mol. Biol. 2000; 302: 205-217); Wallace, O'Sullivan, Higgins and Notredame (M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 1692-1699)] Given a set of sequences (DNA or proteins) in FASTA format, M-Coffee delivers a multiple alignment in the most common formats. M-Coffee is a freeware open source package distributed under a GPL license and it is available either as a standalone package or as a web service from www.tcoffee.org.

Creación del núcleo de un servidor web

L'objectiu particular és elaborar el nucli principal d'un servidor web, que tingui com a característiques: multithread, multiprocés, desenvolupament en Java, funcionament en entorns Windows, GNU Linux i heterogenis.

Suport i seguiment TFC Annapurna

El present treball exposa la planificació, disseny, anàlisi i arquitectura d'una aplicació creada amb tecnologia JEE. L'aplicació pretén ser una eina de suport psicològic a nens i nenes que tenen difícil accés a aquests professionals. La idea inicial es va inspirar en els infant d'un orfenat de Katmandú. Les tecnologies emprades per la realització del treball han estat Struts2, JSP i EJB3.0. Com a base de dades s'ha seleccionat MySQL, i el servidor d'aplicacions Jboss.

IbestDOC

En el presente documento se va a explicar la aplicación desarrollada por el cliente Ibestat (Instituto de Estadística de las Islas Baleares) para llevar a cabo la gestión de las tareas, asignaciones y usuarios.

Remote Control of Mobile Devices in Android Platform

Remote control systems are a very useful element to control and monitor devices quickly and easily. This paper proposes a new architecture for remote control of Android mobile devices, analyzing the different alternatives and seeking the optimal solution in each case. Although the area of remote control, in case of mobile devices, has been little explored, it may provide important advantages for testing software and hardware developments in several real devices. It can also allow an efficient management of various devices of different types, perform forensic security tasks, etc ... The main idea behind the proposed architecture was the design of a system to be used as a platform which provides the services needed to perform remote control of mobile devices. As a result of this research, a proof of concept was implemented. An Android application running a group of server programs on the device, connected to the network or USB interface, depending on availability. This servers can be controlled through a small client written in Java and runnable both on desktop and web systems.

The atypical faces of neuroblastoma : pictorial essay : P49

Purpose: Neuroblastoma represents 8 to 10% of all pediatric tumors and account for 15% of cancer deaths in children. Neuroblastoma may arise anywhere sympathetic tissue is present and its clinical presentation may be very variable. Therefore, a significant number of unusual tumor presentation and imaging findings are possible.The purpose of this pictorial essay is to review the unusual imaging findings of neuroblastoma. Methods and materials: We retrospectively revised the 25 cases f neuroblastoma detected and treated at our institution in the last 3 years and selected those cases with atypical imaging findings at the initial diagnosis and the follow-up studies. Results: A significant number of our studies showed atypical imaging findings concerning the site of origin, the initial characteristics and extension of the primary tumor or the site of metastasis. Conclusion: The variability of origin and the changing clinical evolution of neuroblastoma may originate a wide spectrum of unusual imaging findings, which should be recognized to allow a correct diagnosis.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension.

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10,000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Securing a Java P2P framework: The JXTA-Overlay case

In the wake of the success of Peer-to-Peer (P2P) networking, security has arisen as one of its main concerns, becoming a key issue when evaluating a P2P system. Unfortunately, some systems' design focus targeted issues such as scalabil-ity or overall performance, but not security. As a result, security mechanisms must be provided at a later stage, after the system has already been designed and partially (or even fully) implemented, which may prove a cumbersome proposition. This work exposes how a security layer was provided under such circumstances for a specic Java based P2P framework: JXTA-Overlay.

Embedded Monitoring Server

This study investigates, designs, and implements an inexpensive application that allows local and remote monitoring of a home. The application consists of an array of sensors for monitoring different conditions in a home environment and also for accessing the devices that might be connected to the system. Only a few sensors are initially involved in this study and information about the temperature level, forced entry detection, smoke and water leakage detection can be obtained at any time from any location with an Internet connection. The application software (coded in C language) runs on an embedded system which is basically a wireless Linksys router running on a GNU/Linux based firmware for embedded systems. Interaction between the sensors and the application software is achieved through an implemented sensor interfacing circuit. The communication with the sensor interfacing unit is done through the serial port, and accessibility of the connected sensors is achieved through a telnet client. The sensors can be accessed from local and remote locations with the sensors giving reliable information. The resulting application shows that it is possible to use the router for other applications other than what it is intended for.

Protection of publicly distributed software components

The nature of client-server architecture implies that some modules are delivered to customers. These publicly distributed commercial software components are under risk, because users (and simultaneously potential malefactors) have physical access to some components of the distributed system. The problem becomes even worse if interpreted programming languages are used for creation of client side modules. The language Java, which was designed to be compiled into platform independent byte-code is not an exception and runs the additional risk. Along with advantages like verifying the code before execution (to ensure that program does not produce some illegal operations)Java has some disadvantages. On a stage of byte-code a java program still contains comments, line numbers and some other instructions, which can be used for reverse-engineering. This Master's thesis focuses on protection of Java code based client-server applications. I present a mixture of methods to protect software from tortious acts. Then I shall realize all the theoretical assumptions in a practice and examine their efficiency in examples of Java code. One of the criteria's to evaluate the system is that my product is used for specialized area of interactive television.

Java Specification Request development on a mobile device

Nykyaikaiset Java-teknologiaa sisältävät matkapuhelimet kehittyvät vauhdikkaasti prosessoritehon, muistin määrän sekä uusien käyttöjärjestelmäversioiden tarjoamien ominaisuuksien myötä. Laitteiden näyttöjen koko tulee pysymään pienenä,mutta silti moninaista multimediasisältöä äänen, videon ja kuvan osilta voidaanhuomattavasti parantaa JSR 234:n eli kehittyneen multimedialaajennuksen avulla.Erityisesti edistyneet ääniominaisuudet ovat tervetullut lisä, sillä viime aikojen kehitys matkapuhelimissa on saanut aikaan niiden muuntumisen myös kannettavaksi musiikkisoittimiksi. Diplomityössä JSR 234 -spesifikaation tietty osa kehitettiin ympäristössä, joka koostui Series 60 -ohjelmistoalustankolmannesta versiosta sekä Symbian OS v9.1 käyttöjärjestelmästä. Tuloksena syntynyt Java-rajapinta tarjoaa sovelluskehittäjille yksinkertaisemman lähestymistavan Symbianin efektirajapintaan piilottaen samalla alla olevan käyttöjärjestelmänmonimutkaisuuden. Toteutuksen täytyy olla läpikotaisin testattu, jotta voidaan varmentua sen noudattavan tarkkaan JSR 234 -spesifikaatiota. Työssä on esitelty useita eri testausmenetelmiä tarkoituksena saavuttaa projektissa paras mahdollinen laatu.

Transparent and secure remote network storage system using an untrusted server

Työssä kehitettin läpinäkyvä Internet Small Computer Systems Interface-verkkolevyä (iSCSI) käyttävä varmistusjärjestelmä. Verkkolevyn sisältö suojattiin asiakaspään salauskerroksella (dm-crypt). Järjestely mahdollisti sen, että verkkolevylle tallennetut varmuuskopiot pysyivät luottamuksellisina, vaikka levypalvelinta tarjoava taho oli joko epäluotettava tai suorastaan vihamielinen. Järjestelmän hyötykäyttöä varten kehitettiin helppokäyttöinen prototyyppisovellus. Järjestelmän riskit ja haavoittuvuudet käytiin läpi ja analysoitiin. Järjestelmälle tehtiin myös karkea kryptoanalyysi sen teknistenominaisuuksien pohjalta. Suorituskykymittaukset tehtiin sekä salatulle että salaamattomalle iSCSI-liikenteelle. Näistä todettiin, että salauksen vaikutus suorituskykyyn oli häviävän pieni jopa 100 megabittiä sekunnissa siirtävillä verkkonopeuksilla. Lisäksi pohdittiin teknologian muita sovelluskohteita ja tulevia tutkimusalueita.

A Graphical Pattern Editor for Java Frameworks

Ohjelmistojen uudelleenkäyttö on hyvin tärkeä käsite ohjelmistotekniikan alueella.Ohjelmistojen uudelleenkäyttötekniikat parantavat ohjelmistokehitysprosessin laatua. Yleisiä ratkaisuja sekä ohjelmiston suunnittelun että arkkitehtuurin uudelleenkäyttöön ovat olio-ohjelmointi ja sovelluskehykset. Tähän asti ei ole ollut olemassa yleisiä tapoja sovelluskehysten erikoistamiseen. Monet nykyääntunnetuista sovelluskehyksistä ovat hyvin suuria ja mutkikkaita. Tällaisten sovelluskehyksien käyttö on monimutkaista myös kokeneille ohjelmoijille. Hyvin dokumentoidut uudelleenkäytettävät sovelluskehyksen rajapinnat parantavat kehyksen käytettävyyttä ja tehostavat myös erikoistamisprosessiakin sovelluskehyksen käyttäjille. Sovelluskehyseditori (framework editor, JavaFrames) on prototyyppityökalu, jota voidaan käyttää yksinkertaistamaan sovelluskehyksen käyttöä. Perusajatus JavaFrames lähestymistavassa ovat erikoistamismallit, joita käytetään kuvamaan sovelluskehyksen uudelleenkäytettäviä rajapintoja. Näihin malleihin perustuen JavaFrames tarjoaa automaattisen lähdekoodi generaattorin, dokumentoinninja arkkitehtuurisääntöjen tarkistuksen. Tämä opinnäyte koskee graafisen mallieditorin kehittämistä JavaFrames ympäristöön. Työssä on laadittu työkalu,jonka avulla voidaan esittää graafisesti erikoistamismalli. Editori sallii uusien mallien luomisen, vanhojen käyttämättä olevien poistamisen, kuten myös yhteyksien lisäämisen mallien välille. Tällainen graafinen tuki JavaFrames ympäristöönvoi huomattavasti yksinkertaistaa sen käyttöä ja tehdä sovellusten kehittämisprosessista joustavamman.

Enabling Java Connected Device Configuration in Symbian OS

Diplomityön tavoitteena on kehittää Java CDC ajoympäristo Symbian OS käyttöjärjestelmällä varustettuun mobiililaitteeseen. Ajoympäristön tarkoituksena on mahdollistaa kehittyneiden ajoympäristöjen ja sovellusten kehittäminen mobiililaitteiden Java ohjelmistoalustoihin. Diplomityö tarkastelee kahta mobiiliympäristöa, jotka ovat käytössä erittäin laajasti matkapuhelimissa ja kämmenmikroissa: Symbian OS ja Java. Symbian OS on mobiililaitteille tarkoitettu käyttöjärjestelmä, joka on tässä työssä alustana Java ajoympäristölle. Käytännön osuus kuvailee, kuinka CDC ajoympäristö voidaan toteuttaa mobiilissa Symbian OS ympäristössä. Työssä esitellään myös teknologioita, joita CDC ajoympäristön luomalle perustalle voidaan toteuttaa. Mobiililaitteiden ominaisuudet ovat kehittyneet huomattavasti sen jälkeen kun ensimmäiset CLDC ja MIDP Javaa tukevat laitteet tulivat markkinoille. Nykyisin matkapuhelimet ja kämmenmikrot alkavat muistuttaa ominaisuuksiltaan entistä enemmän tavallisia tietokoneita. Myös mobiililaitteiden Java ohjelmistoalustat tarvitsevat uusia teknologioita kasvaneiden vaatimusten tyydyttämiseksi.