Cloning, bioinformatics analysis, and expression of the dust mite allergen Der f 5 of Dermatophagoides farinae

Crude extracts of house dust mites are used clinically for diagnosis and immunotherapy of allergic diseases, including bronchial asthma, perennial rhinitis, and atopic dermatitis. However, crude extracts are complexes with non-allergenic antigens and lack effective concentrations of important allergens, resulting in several side effects. Dermatophagoides farinae (Hughes; Acari: Pyroglyphidae) is one of the predominant sources of dust mite allergens, which has more than 30 groups of allergen. The cDNA coding for the group 5 allergen of D. farinae from China was cloned, sequenced and expressed. According to alignment using the VECTOR NTI 9.0 software, there were eight mismatched nucleotides in five cDNA clones resulting in seven incompatible amino acid residues, suggesting that the Der f 5 allergen might have sequence polymorphism. Bioinformatics analysis revealed that the matured Der f 5 allergen has a molecular mass of 13604.03 Da, a theoretical pI of 5.43 and is probably hydrophobic and cytoplasmic. Similarities in amino acid sequences between Der f 5 and allergens of other domestic mite species, viz. Der p 5, Blo t 5, Sui m 5, and Lep d 5, were 79, 48, 53, and 37%, respectively. Phylogenetic analysis indicated that Der f 5 and Der p 5 clustered together. Blo t 5 and Ale o 5 also clustered together, although Blomia tropicalis and Aleuroglyphus ovatus belong to different mite families, viz. Echimyopodidae and Acaridae, respectively.

A Study of Ordered Gene Problems Featuring DNA Error Correction and DNA Fragment Assembly with a Variety of Heuristics, Genetic Algorithm Variations, and Dynamic Representations

Ordered gene problems are a very common classification of optimization problems. Because of their popularity countless algorithms have been developed in an attempt to find high quality solutions to the problems. It is also common to see many different types of problems reduced to ordered gene style problems as there are many popular heuristics and metaheuristics for them due to their popularity. Multiple ordered gene problems are studied, namely, the travelling salesman problem, bin packing problem, and graph colouring problem. In addition, two bioinformatics problems not traditionally seen as ordered gene problems are studied: DNA error correction and DNA fragment assembly. These problems are studied with multiple variations and combinations of heuristics and metaheuristics with two distinct types or representations. The majority of the algorithms are built around the Recentering- Restarting Genetic Algorithm. The algorithm variations were successful on all problems studied, and particularly for the two bioinformatics problems. For DNA Error Correction multiple cases were found with 100% of the codes being corrected. The algorithm variations were also able to beat all other state-of-the-art DNA Fragment Assemblers on 13 out of 16 benchmark problem instances.

Ensayo sobre la indiferencia en materia de religión

UANL

Ensayo sobre la indiferencia en materia de religión

UANL

L'imitation de Jesus-Christ, traduction nouvelle avec des reflexionsa la fin de chaque capitre

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In The Circle : jazz Griots and the Mapping of African American Cultural Memory in Poetry

Ma thèse de doctorat, In the Circle: Jazz Griots and the Mapping of African American Cultural History in Poetry, étudie la façon dont les poètes afro-américains des années 1960 et 1970, Langston Hughes, David Henderson, Sonia Sanchez, et Amiri Baraka, emploient le jazz afin d’ancrer leur poésie dans la tradition de performance. Ce faisant, chacun de ces poètes démontre comment la culture noire, en conceptualisant à travers la performance des modes de résistance, fût utilisée par les peuples de descendance africaine pour contrer le racisme institutionnalisé et les discours discriminatoires. Donc, pour les fins de cette thèse, je me concentre sur quatre poètes engagés dans des dialogues poétiques avec la musicologie, l’esthétique, et la politique afro-américaines des années 1960 et 1970. Ces poètes affirment la centralité de la performativité littéraire noire afin d’assurer la survie et la continuité de la mémoire culturelle collective des afro-américains. De plus, mon argument est que la théorisation de l’art afro-américain comme engagement politique devient un élément central à l’élaboration d’une esthétique noire basée sur la performance. Ma thèse de doctorat propose donc une analyse originale des ces quatre poètes qui infusent leur poèmes avec des références au jazz et à la politique dans le but de rééduquer les générations des années 2000 en ce qui concerne leur mémoire collective.

Investigation des fonctions du corps calleux par l'étude du transfert interhémisphérique de l'information visuelle et motrice chez les individus normaux et callosotomisés

Le principal rôle du corps calleux est d’assurer le transfert de l’information entre les hémisphères cérébraux. Du support empirique pour cette fonction provient d’études investiguant la communication interhémisphérique chez les individus à cerveau divisé (ICD). Des paradigmes expérimentaux exigeant une intégration interhémisphérique de l’information permettent de documenter certains signes de déconnexion calleuse chez ces individus. La présente thèse a investigué le transfert de l’information sous-tendant les phénomènes de gain de redondance (GR), de différence croisé– non-croisé (DCNC) et d’asynchronie bimanuelle chez les ICD et les individus normaux, et a ainsi contribué à préciser le rôle du corps calleux. Une première étude a comparé le GR des individus normaux et des ICD ayant subi une section partielle ou totale du corps calleux. Dans une tâche de détection, le GR consiste en la réduction des temps de réaction (TR) lorsque deux stimuli sont présentés plutôt qu’un seul. Typiquement, les ICD présentent un GR beaucoup plus grand (supra-GR) que celui des individus normaux (Reuter-Lorenz, Nozawa, Gazzaniga, & Hughes, 1995). Afin d’investiguer les conditions d’occurrence du supra-GR, nous avons évalué le GR en présentation interhémisphérique, intrahémisphérique et sur le méridien vertical, ainsi qu’avec des stimuli requérant une contribution corticale différente (luminance, couleur équiluminante ou mouvement). La présence d’un supra-GR chez les ICD partiels et totaux en comparaison avec celui des individus normaux a été confirmée. Ceci suggère qu’une section antérieure du corps calleux, qui perturbe le transfert d’informations de nature motrice/décisionnelle, est suffisante pour produire un supra-GR chez les ICD. Nos données permettent aussi d’affirmer que, contrairement au GR des individus normaux, celui des ICD totaux est sensible aux manipulations sensorielles. Nous concluons donc que le supra-GR des ICD est à la fois attribuable à des contributions sensorielles et motrices/décisionnelles. Une deuxième étude a investigué la DCNC et l’asynchronie bimanuelle chez les ICD et les individus normaux. La DCNC réfère à la soustraction des TR empruntant une voie anatomique « non-croisée » aux TR empruntant une voie anatomique « croisée », fournissant ainsi une estimation du temps de transfert interhémisphérique. Dans le contexte de notre étude, l’asynchronie bimanuelle réfère à la différence de TR entre la main gauche et la main droite, sans égard à l’hémichamp de présentation. Les effets de manipulations sensorielles et attentionnelles ont été évalués pour les deux mesures. Cette étude a permis d’établir une dissociation entre la DCNC et l’asynchronie bimanuelle. Précisément, les ICD totaux, mais non les ICD partiels, ont montré une DCNC significativement plus grande que celle des individus normaux, alors que les deux groupes d’ICD se sont montrés plus asynchrones que les individus normaux. Nous postulons donc que des processus indépendants sous-tendent la DCNC et la synchronie bimanuelle. De plus, en raison de la modulation parallèle du GR et de l’asynchronie bimanuelle entre les groupes, nous suggérons qu’un processus conjoint sous-tend ces deux mesures.

Choix d'un associateur 2-D pour le balayage multiple et optimisation de l'estimation des pistes

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les conflits d’intérêts des groupes de défense de patients financés par l’industrie pharmaceutique : le cas du remboursement public des médicaments

Étude de cas / Case study

Le développement international, les ONG religieuses et les personnes homosexuelles : le cas de Crossroads Christian Communications en Ouganda

Étude de cas / Case study

Le drame social du travail d'escorte indépendante à Montréal

Ce mémoire vise à retracer les carrières des escortes indépendantes montréalaises et les tensions qui les traversent, afin de rendre compte de la complexité du « drame social » que constitue cette activité. Nos résultats montrent que cette profession présente de nombreuses similarités avec d’autres professions, en même temps que sa position particulière dans une matrice sociale stigmatisante et dans une relation de service intime lui confère toute sa singularité. Partie de la question « Comment commence-t-on et poursuit-on dans l’activité d’escorte, alors que celle-ci est stigmatisée ? », nous avons réalisé une enquête de terrain auprès d’escortes indépendantes, composée essentiellement de sept entrevues approfondies et de l’observation de leur environnement professionnel informatisé. Nous avons décidé de nous écarter du débat actuel, tant scientifique que militant, qui divise sur le sujet du travail du sexe. Notre cadre conceptuel est, dans un perspective interactionniste, à la croisée des sociologies des professions, de la déviance et du stigmate. Nous rendons compte de nos résultats sous la forme de quatre actes, afin de poursuivre la métaphore théâtrale engagée par Hughes, qui suivent les étapes d’une carrière d’escorte et qui mettent l’accent sur leur complexité intrinsèque. Ces étapes sont ancrées dans une ambivalence entre un effort de professionnalisation de leur pratique et une tentative de rester dans la norme en se distanciant de cette activité. Cette ambivalence, causée par la matrice sociale dans laquelle évoluent ces escortes et à l’intimité des relations de service, contribue à la pérennité de la stigmatisation de cette activité.

Projet Dauphine : laisser la parole aux jeunes femmes de la rue et agir ensemble pour lutter contre la violence structurelle par le biais de la recherche-action participative

Cette recherche-action participative s’inscrit dans un paradigme féministe intersectionnelle. Elle présente la façon dont sept jeunes femmes de la rue (18-23 ans) de Québec ont fait l’expérience de la violence structurelle et ont déployé des stratégies pour y faire face. Elle s’articule autour d’une définition de la violence structurelle inspirée de celle proposée par Farmer, Bourgois, Scheper-Hugues et al. (2004) qui la présentent comme étant le processus à la racine des inégalités sociales et de l’oppression vécue par différents groupes sociaux. Ce processus s’opère dans trois dimensions complémentaires soit : 1) la domination symbolique, 2) la violence institutionnelle et 3) la violence quotidienne. Une analyse de contenu thématique a permis de dégager l’expérience des participantes dans chacune de ces dimensions. L’analyse de la domination symbolique a montré que les participantes ont été perçues à travers le prisme de quatre visions ou préjugés : 1) l’image de la jeune délinquante (Bad girl), 2) le discours haineux envers les personnes assistées sociales, 3) la culture du viol et 4) l’hétéronormativité. Les différentes expériences de violence quotidienne et institutionnelle vécues par les participantes peuvent être mises en lien avec ces manifestations de la domination symbolique. Les participantes ont expérimenté la violence institutionnelle à travers leurs trajectoires au sein des services de protection de l’enfance, durant leurs démarches pour obtenir un emploi, un logement ou du soutien financier de la part des programmes offerts par l’État et pendant leurs demandes d’aide auprès d’organismes communautaires ou d’établissements du réseau de la santé et des services sociaux. L’analyse de l’expérience des participantes a permis de révéler deux processus imbriqués de façon cyclique de violence structurelle : l’exclusion et le contrôle social. La plupart des stratégies ii expérimentées par les participantes pour combler leurs besoins fondamentaux les ont exposées au contrôle social. Le contrôle social a exacerbé les difficultés financières des participantes et a accru leur crainte de subir de l’exclusion. Bien que la violence structurelle expérimentée par les participantes se situe à la croisée des rapports de pouvoir liée au genre, à la classe sociale, à l’âge et à l’orientation sexuelle, il se dégage que la domination masculine s’est traduite dans le quotidien des participantes, car l’exclusion et le contrôle social ont créé des contextes où elles ont été susceptibles de subir une agression sexuelle ou de vivre de la violence de la part d’un partenaire intime. L’analyse de la dimension intersubjective de la grille d’analyse de Yuval-Davis (2006) montre la présence de certains rapports de pouvoir liés à la classe sociale au sein même de la population des jeunes de la rue. Cette analyse souligne également la difficulté des participantes à définir les contours de la violence et d’adopter des rapports égalitaires avec les hommes. Enfin, le processus de recherche-action participative expérimenté dans le cadre de cette thèse a été analysé à partir des critères de scientificité présentés par Reason et Bradbury (2001). L’élaboration de deux projets photos, choisis par le groupe en guise de stratégie de lutte contre la violence structurelle, a contribué à ouvrir le dialogue avec différents acteurs concernés par la violence structurelle envers les jeunes femmes de la rue et s’est inscrit dans une perspective émancipatoire.

Systématique et biogéographie du groupe Caesalpinia (famille Leguminosae)

Parmi les lignées des Caesalpinioideae (dans la famille des Leguminosae), l’un des groupes importants au sein duquel les relations phylogénétiques demeurent nébuleuses est le « groupe Caesalpinia », un clade de plus de 205 espèces, réparties présentement entre 14 à 21 genres. La complexité taxonomique du groupe Caesalpinia provient du fait qu’on n’arrive pas à résoudre les questions de délimitations génériques de Caesalpinia sensu lato (s.l.), un regroupement de 150 espèces qui sont provisoirement classées en huit genres. Afin d’arriver à une classification générique stable, des analyses phylogénétiques de cinq loci chloroplastiques et de la région nucléaire ITS ont été effectuées sur une matrice comportant un échantillonnage taxonomique du groupe sans précédent (~84% des espèces du groupe) et couvrant la quasi-totalité de la variation morphologique et géographique du groupe Caesalpinia. Ces analyses ont permis de déterminer que plusieurs genres du groupe Caesalpinia, tels que présentement définis, sont polyphylétiques ou paraphylétiques. Nous considérons que 26 clades bien résolus représentent des genres, et une nouvelle classification générique du groupe Caesalpinia est proposée : elle inclut une clé des genres, une description des 26 genres et des espèces acceptées au sein de ces groupes. Cette nouvelle classification maintient l’inclusion de douze genres (Balsamocarpon, Cordeauxia, Guilandina, Haematoxylum, Hoffmanseggia, Lophocarpinia, Mezoneuron, Pomaria, Pterolobium, Stenodrepanum, Stuhlmannia, Zuccagnia) et en abolit deux (Stahlia et Poincianella). Elle propose aussi de réinstaurer deux genres (Biancaea et Denisophytum), de reconnaître cinq nouveaux genres (Arquita, Gelrebia, Hererolandia, Hultholia et Paubrasilia), et d’amender la description de sept genres (Caesalpinia, Cenostigma, Coulteria, Erythrostemon, Libidibia, Moullava, Tara). Les résultats indiquent qu’il y aurait possiblement aussi une 27e lignée qui correspondrait au genre Ticanto, mais un échantillonage taxonomique plus important serait nécéssaire pour éclaircir ce problème. Les espèces du groupe Caesalpinia ont une répartition pantropicale qui correspond presque parfaitement aux aires du biome succulent, mais se retrouvent aussi dans les déserts, les prairies, les savanes et les forêts tropicales humides. À l’échelle planétaire, le biome succulent consiste en une série d’habitats arides ou semi-arides hautement fragmentés et caractérisés par l’absence de feu, et abrite souvent des espèces végétales grasses, comme les Cactacées dans les néo-tropiques et les Euphorbiacées en Afrique. L’histoire biogéographique du groupe Caesalpinia a été reconstruite afin de mieux comprendre l’évolution de la flore au sein de ce biome succulent. Ce portrait biogéographique a été obtenu grâce à des analyses de datations moléculaires et des changements de taux de diversification, à une reconstruction des aires ancestrales utilisant le modèle de dispersion-extinction-cladogenèse, et à la reconstruction de l’évolution des biomes et du port des plantes sur la phylogénie du groupe Caesalpinia. Ces analyses démontrent que les disjonctions trans-continentales entre espèces sœurs qui appartiennent au même biome sont plus fréquentes que le nombre total de changements de biomes à travers la phylogénie, suggérant qu’il y a une forte conservation de niches, et qu’il est plus facile de bouger que de changer et d’évoluer au sein d’un biome différent. Par ailleurs, contrairement à nos hypothèses initiales, aucun changement de taux de diversification n’est détecté dans la phylogénie, même lorsque les espèces évoluent dans des biomes différents ou qu’il y a changement de port de la plante, et qu’elle se transforme, par exemple, en liane ou herbacée. Nous suggérons que même lorsqu’ils habitent des biomes très différents, tels que les savanes ou les forêts tropicales humides, les membres du groupe Caesalpinia se retrouvent néanmoins dans des conditions écologiques locales qui rappellent celles du biome succulent. Finalement, bien que la diversité des espèces du biome succulent ne se compare pas à celle retrouvée dans les forêts tropicales humides, ce milieu se distingue par un haut taux d’espèces endémiques, réparties dans des aires disjointes. Cette diversité spécifique est probablement sous-estimée et mérite d’être évaluée attentivement, comme en témoigne la découverte de plusieurs nouvelles espèces d’arbres et arbustes de légumineuses dans la dernière décennie. Le dernier objectif de cette thèse consiste à examiner les limites au niveau spécifique du complexe C. trichocarpa, un arbuste des Andes ayant une population disjointe au Pérou qui représente potentiellement une nouvelle espèce. Des analyses morphologiques et moléculaires sur les populations présentes à travers les Andes permettent de conclure que les populations au Pérou représentent une nouvelle espèce, qui est génétiquement distincte et comporte des caractéristiques morphologiques subtiles permettant de la distinguer des populations retrouvées en Argentine et en Bolivie. Nous décrivons cette nouvelle espèce, Arquita grandiflora, dans le cadre d’une révision taxonomique du genre Arquita, un clade de cinq espèces retrouvées exclusivement dans les vallées andines.

Estado del arte acerca de las discusiones teóricas sobre soberanía del estado y la unión monetaria europea entre 2002 - 2010. Caso: El Reino Unido

El siguiente trabajo tiene como objetivo el Estado del arte acerca de la discusión teórica de la repercusión de la unión monetaria en el principio de soberanía nacional, específicamente el caso de Gran Bretaña, ya que éste es el único país que expresa abiertamente su incertidumbre referente a algún tipo de amenaza a su soberanía. Se pretende precisar si existen criterios concluyentes, o por el contrario determinar si no hay claridad con respecto al futuro de Gran Bretaña como miembro de la unión monetaria.A partir de lo anterior, se plantean como sus propósitos particulares construir un marco conceptual acerca de la soberanía. Este estado del arte se inicia con citas de los principales autores de finales de siglo XVII y XVIII y finaliza con las posiciones conceptuales aportadas por los teóricos modernos motivados por el nacimiento de la Unión Europea como un nuevo orden político. Entre las que se citan: modelo centrico o intergubernamentalista, modelo de gobernabilidad multi-nivel, modelo neo-funcionalista y modelo federalista. Igualmente, el trabajo, busca desarrollar un marco conceptual sobre Unión Monetaria y su evolución hasta el logro de una unión fiscal europea en el periodo de 1950-2010, establecer las relaciones teóricas entre Soberanía del Estado y Unión Monetaria y por último realizar un análisis histórico hermenéutico de la Unión Europea y el caso del Reino Unido de acuerdo a las relaciones evidenciadas en los apartados teóricos entre soberanía del Estado y Unión Monetaria.

INFO2009 Group 20 - Resource

INFO2009 2011/2012 Session, Group 20 (One Direction) resource on surveillance