Tandem chimeric transcription as a means to increase protein diversity in the human genome

The “one-gene, one-protein” rule, coined by Beadle and Tatum, has been fundamental to molecular biology. The rule implies that the genetic complexity of an organism depends essentially on its gene number. The discovery, however, that alternative gene splicing and transcription are widespread phenomena dramatically altered our understanding of the genetic complexity of higher eukaryotic organisms; in these, a limited number of genes may potentially encode a much larger number of proteins. Here we investigate yet another phenomenon that may contribute to generate additional protein diversity. Indeed, by relying on both computational and experimental analysis, we estimate that at least 4%–5% of the tandem gene pairs in the human genome can be eventually transcribed into a single RNA sequence encoding a putative chimeric protein. While the functional significance of most of these chimeric transcripts remains to be determined, we provide strong evidence that this phenomenon does not correspond to mere technical artifacts and that it is a common mechanism with the potential of generating hundreds of additional proteins in the human genome.

Characterization and evolution of the novel gene family FAM90A in primates originated by multiple duplication and rearrangement events

Genomic plasticity of human chromosome 8p23.1 region is highly influenced by two groups of complex segmental duplications (SDs), termed REPD and REPP, that mediate different kinds of rearrangements. Part of the difficulty to explain the wide range of phenotypes associated with 8p23.1 rearrangements is that REPP and REPD are not yet well characterized, probably due to their polymorphic status. Here, we describe a novel primate-specific gene family, named FAM90A (family with sequence similarity 90), found within these SDs. According to the current human reference sequence assembly, the FAM90A family includes 24 members along 8p23.1 region plus a single member on chromosome 12p13.31, showing copy number variation (CNV) between individuals. These genes can be classified into subfamilies I and II, which differ in their upstream and 5′-untranslated region sequences, but both share the same open reading frame and are ubiquitously expressed. Sequence analysis and comparative fluorescence in situ hybridization studies showed that FAM90A subfamily II suffered a big expansion in the hominoid lineage, whereas subfamily I members were likely generated sometime around the divergence of orangutan and African great apes by a fusion process. In addition, the analysis of the Ka/Ks ratios provides evidence of functional constraint of some FAM90A genes in all species. The characterization of the FAM90A gene family contributes to a better understanding of the structural polymorphism of the human 8p23.1 region and constitutes a good example of how SDs, CNVs and rearrangements within themselves can promote the formation of new gene sequences with potential functional consequences.

Association of NTRK3 and its interaction with NGF suggest an altered cross-regulation of the neurotrophin signaling pathway in eating disorders

Eating disorders (EDs) are complex psychiatric diseases that include anorexia nervosa and bulimia nervosa, and have higher than 50% heritability. Previous studies have found association of BDNF and NTRK2 to ED, while animal models suggest that other neurotrophin genes might also be involved in eating behavior. We have performed a family-based association study with 151 TagSNPs covering 10 neurotrophin signaling genes: NGFB, BDNF, NTRK1, NGFR/p75, NTF4/5, NTRK2, NTF3, NTRK3, CNTF and CNTFR in 371 ED trios of Spanish, French and German origin. Besides several nominal associations, we found a strong significant association after correcting for multiple testing (P = 1.04 × 10−4) between ED and rs7180942, located in the NTRK3 gene, which followed an overdominant model of inheritance. Interestingly, HapMap unrelated individuals carrying the rs7180942 risk genotypes for ED showed higher levels of expression of NTRK3 in lymphoblastoid cell lines. Furthermore, higher expression of the orthologous murine Ntrk3 gene was also detected in the hypothalamus of the anx/anx mouse model of anorexia. Finally, variants in NGFB gene appear to modify the risk conferred by the NTRK3 rs7180942 risk genotypes (P = 4.0 × 10−5) showing a synergistic epistatic interaction. The reported data, in addition to the previous reported findings for BDNF and NTRK2, point neurotrophin signaling genes as key regulators of eating behavior and their altered cross-regulation as susceptibility factors for EDs.

Portugais 48

Contient : 1 Recueil de généalogies portugaises ; 2 Recueil de généalogies extraites "de hum livro de Nunalvares Pereira" ; 3 Recueil de généalogies : "Estos linages que se siguen se copiaron de un libro de Alonsso Lopez de Haro de los linages de Portugal, y, por lo que dize en el de los Pimenteles, parece se le dio Nunalbarez Pereyra." ; 4 "Desçendencia dos Teives feita por D. Belchor de Teive." ; 5 Notes sur divers membres de la famille de Mello ou Merlo ; 6 "Familia y quadrilla de Blasco Ximeno." Cette généalogie se termine par une notice sur D. Gomez d'Avila y Toledo, deuxième marquis de Velada ; 7 "Linhagem dos de Castelbranco, recopilada por Dom Manoel de Castelbranco, conde de Villanova." ; 8 Notes généalogiques sur les familles Pinheiro, Manoel et Tserclaes ; 9 "Memoria dos titulos que os reis de Portugal criarão de novo neste reyno," de João Ier à Philippe III ; 10 "Los grandes y titulos de Castilla." ; 11 "Visoreys e governadores da India." ; 12 Notes généalogiques sur les Souza et les Maldonado ; 13 "Adiantados que ouve em Portugal." ; 14 "Epitaphios que estão no mosteiro de S. Antonio da Castanheyra." ; 15-34 Documents relatifs à la prise de la ville de Salvador (Bahia, Brésil) par les hollandais (1624) et à la reprise par l'armée hispano-portugaise (1625) ; 15 "Lista dos navios, capitaes d'elles e soldados, fidalgos e nobres que se embarcarão e partirão ao soccorro da Bahia, a 21 de novembro de 1624, sendo capitão geral d'esta armada don Manoel de Meneses." ; 16 "Relaçaõ do dinheiro e cousas reduzidas a elle com que este reyno servio a Sua Magd na ocasiaõ do apresto da armada para o socorro da Bahia no Brasil, que vae ao todo noventa e tres contos coatrocentos e hum mil." 1624 ; 17 "Relaçaõ da armada que partio de Lisbóa em socorro da Bahia e do susseço que teve." ; 18 "Carta para hum fidalgo recidente na corte de Madrid, em que brevemente se relata o corpo principal de toda a armada, que d'este porto de Lixboa salio para a empreza da Bahya, aos 23 de novembro de 1624." Lisbonne, 12 décembre 1624 ; 19 "Relaçaõ das armadas de Sua Magde do dia em que chegaraõ a Bahia e do que se tem feito na expugnaçaõ do enemigo, desde 29 de março que foi vespera de Pascoa, em que deraõ fundo na dita Baia as armadas, ate 22 abril, em que se mandou a Pernambuco o papel de que se tirou esta rellaçaõ, a qual mandaraõ os governadores de Portugal a Sua Magde." 1625 ; 20 "Relaçion de Lorenço Perez Carballo de lo que pasa en la Baya, de quinçe de abril de 1625." ; 21 "Copia da carta que dom Manoel de Menezes, capitaõ mor da armada da esquadra de Portugal, escreveo a S. Mgde, da Bahia, dando conta do que succedeo nella, desde 29 de março te 12 de mayo de 1625." ; 22 "Relaçaõ de que o capitaõ don Manoel de Meneses faz mençaõ na sua carta atraz." 1625 ; 23 "Discurso breve del suçeso que han tenido las armas de su Magd en la jornada del Brasil, desde que salieron de España asta la rrestauraçion de la çiudad de San Salvador, que tomaron los Olandeses en diez de mayo del año pasado de mill y seisçientos y veinte y quatro... Fecha en diez de mayo de mill y seisçientos y veinte y cinco." ; 24 "Copia de las cartas y respuestas que ubo de parte de los Olandeses y Don Fadrique de Toledo Ossorio, desde 28 de abril [1625] hasta 30 que se rindio la plaza" de San Salvador ; 25 "Capitulos conspirados por el sor Coronel y los del Conssejo en la Baya para ofreçer a su Exa Don Fadrique de Toledo, general por su Mgd d'España." 29 et 30 avril 1625 ; 26" Relacion del viaje y sucesso de la Armada que por mandado de su Magestad partio al Brasil, a echar de alli los enemigos que lo ocupavam. Francisco de Avendaño y Vilela. En Sevilla por Francisco de Lyra, año de 1625." ; 27 "Relaçion de la jornada que ba haziendo la armada real a las partes del Brasil, que salio de la baya de Cadiz, martes á catorze de henero de seiscientos y veinte y cinco." ; 28 État-major des tercios de D. Juan de Orellana et D. Pedro Osorio et du tercio de Naples du marquis de Torrecusso, embarqués à Cadix pour le Brésil, le 14 janvier 1625 ; 29 "Brevis, succinta ac vera narratio expeditionis illius, quam quidam mercatores sub auspiciis et autoritate illustrium D. D. ordinum Holandiae, Zelandiae, etc. suseperunt in Brasilium, anno 1623." ; 30 Relation de combats entre Portugais et Hollandais sur les côtes du Brésil ; 31 Notes généalogiques sur les familles Costa, Correa de Moura et Moreno, communiquées au compilateur du recueil par D. Luis Lobo et D. Antonio Correa Barem ; 32 "Relaçaõ do que o capitaõ Francisco de Padilha fes en quanto andou nos asaltos ate a vinda da armada." 1624 ; 33 Relation de l'attaque de Sam Bento au Brésil, en 1625 ; 34 Relation de l'expédition des flottes espagnole et portugaise au Brésil et de la prise de San Salvador. 1625

In silico meets in vivo

A report of the 6th Georgia Tech-Oak Ridge National Lab International Conference on Bioinformatics 'In silico Biology: Gene Discovery and Systems Genomics', Atlanta, USA, 15-17 November, 2007.

X-chromosome tiling path array detection of copy number variants in patients with chromosome X-linked mental retardation

Background: Aproximately 5–10% of cases of mental retardation in males are due to copy number variations (CNV) on the X chromosome. Novel technologies, such as array comparative genomic hybridization (aCGH), may help to uncover cryptic rearrangements in X-linked mental retardation (XLMR) patients. We have constructed an X-chromosome tiling path array using bacterial artificial chromosomes (BACs) and validated it using samples with cytogenetically defined copy number changes. We have studied 54 patients with idiopathic mental retardation and 20 controls subjects. Results: Known genomic aberrations were reliably detected on the array and eight novel submicroscopic imbalances, likely causative for the mental retardation (MR) phenotype, were detected. Putatively pathogenic rearrangements included three deletions and five duplications (ranging between 82 kb to one Mb), all but two affecting genes previously known to be responsible for XLMR. Additionally, we describe different CNV regions with significant different frequencies in XLMR and control subjects (44% vs. 20%). Conclusion:This tiling path array of the human X chromosome has proven successful for the detection and characterization of known rearrangements and novel CNVs in XLMR patients.

African signatures of recent positive selection in human FOXI1

Background: The human FOXI1 gene codes for a transcription factor involved in the physiology of the inner ear, testis, and kidney. Using three interspecies comparisons, it has been suggested that this may be a gene underhuman-specific selection. We sought to confirm this finding by using an extended set of orthologous sequences.Additionally, we explored for signals of natural selection within humans by sequencing the gene in 20 Europeans,20 East Asians and 20 Yorubas and by analysing SNP variation in a 2 Mb region centered on FOXI1 in 39worldwide human populations from the HGDP-CEPH diversity panel.Results: The genome sequences recently available from other primate and non-primate species showed that FOXI1divergence patterns are compatible with neutral evolution. Sequence-based neutrality tests were not significant inEuropeans, East Asians or Yorubas. However, the Long Range Haplotype (LRH) test, as well as the iHS and XP-Rsbstatistics revealed significantly extended tracks of homozygosity around FOXI1 in Africa, suggesting a recentepisode of positive selection acting on this gene. A functionally relevant SNP, as well as several SNPs either on theputatively selected core haplotypes or with significant iHS or XP-Rsb values, displayed allele frequencies stronglycorrelated with the absolute geographical latitude of the populations sampled.Conclusions: We present evidence for recent positive selection in the FOXI1 gene region in Africa. Climate mightbe related to this recent adaptive event in humans. Of the multiple functions of FOXI1, its role in kidney-mediatedwater-electrolyte homeostasis is the most obvious candidate for explaining a climate-related adaptation.

Analysis of the multi-copy gene family FAM90A as a copy number variant in different ethnic backgrounds

Copy number variants contribute extensively to inter-individual genomic differences, but little is known about their inter-population variability and diversity. In a previous study (Bosch et al., 2007; 16:2572-2582), we reported that the primate-specific gene family FAM90A, which accounts for as many as 25 members in the human reference assembly, has expanded the number of FAM90A clusters across the hominoid lineage. Here we examined the copy number variability of FAM90A genes in 260 HapMap samples of European, African, and Asian ancestry, and showed significant inter-population differences (p<0.0001). Based on the recent study of Stranger et al. (2007; 315:848-853), we also explored the correlation between copy number variability and expression levels of the FAM90A gene family. Despite the high genomic variability, we found a low correlation between FAM90A copy number and expression levels, which could be due to the action of independent trans-acting factors. Our results show that FAM90A is highly variable in copy number between individuals and between populations. However, this variability has little impact on gene expression levels, thus highlighting the importance of genomic variability for genes located in regions containing segmental duplications.

Neuroprotective gene therapy for Huntington's disease, using polymer-encapsulated cells engineered to secrete human ciliary neurotrophic factor: results of a phase I study.

Huntington's disease (HD) is a monogenic neurodegenerative disease that affects the efferent neurons of the striatum. The protracted evolution of the pathology over 15 to 20 years, after clinical onset in adulthood, underscores the potential of therapeutic tools that would aim at protecting striatal neurons. Proteins with neuroprotective effects in the adult brain have been identified, among them ciliary neurotrophic factor (CNTF), which protected striatal neurons in animal models of HD. Accordingly, we have carried out a phase I study evaluating the safety of intracerebral administration of this protein in subjects with HD, using a device formed by a semipermeable membrane encapsulating a BHK cell line engineered to synthesize CNTF. Six subjects with stage 1 or 2 HD had one capsule implanted into the right lateral ventricle; the capsule was retrieved and exchanged for a new one every 6 months, over a total period of 2 years. No sign of CNTF-induced toxicity was observed; however, depression occurred in three subjects after removal of the last capsule, which may have correlated with the lack of any future therapeutic option. All retrieved capsules were intact but contained variable numbers of surviving cells, and CNTF release was low in 13 of 24 cases. Improvements in electrophysiological results were observed, and were correlated with capsules releasing the largest amount of CNTF. This phase I study shows the safety, feasibility, and tolerability of this gene therapy procedure. Heterogeneous cell survival, however, stresses the need for improving the technique.

Le corps révélé: la représentation du corps dans le cinéma de Maurice Pialat

Cette étude part à la recherche des oeuvres qui font de l’esthétique incarnée leur quêteinconsciente. A travers le cinéma de Maurice Pialat, il s’agit de voir par quels moyens ilest possible de valoriser la présence du corps dans le cinéma. Dans la première partie de l’étude, nous chercherons à saisir les enjeux qui sous-tendent une nouvellereprésentation des corps au cinéma. Nous verrons donc en quoi le style de la narration, de la mise en scène et en particulier le travail avec les acteurs permettent de mettre en valeur de façon nouvelle les corps à l’écran. Puis dans la seconde partie, en étudiant les modes d’apparition des corps dans les films du réalisateur français, nous verrons dequelle manière le corps peut devenir un acteur à part entière de l’action

La Gestió econòmico-empresarial d'un club de futbol

Hi ha records que perduraran sempre; el gol d’Iniesta contra el Chelsea, la boleia de Zidane a Hampden Park… Aquests moments memorables que queden gravats a les retines de tots nosaltres i produeixen una immensa felicitat a l’ésser humà, que l’emocionen, que el fan casi plorar. Tot això es produeix gràcies a un esport de masses molt present en les nostres vides, el futbol. Una activitat merament esportiva que s’ha convertit, amb el pas dels anys, en quelcom més que un esport, ha travessat l’àmbit purament sentimental d’una regió fins a assolir nivells d’autèntica globalització arreu del món. I és precisament el fet que el futbol porta una immensa passió a tots els racons de la societat, el que fa plantejar-nos el funcionament d’aquesta gran indústria de l’entreteniment.La realitat, tanmateix, revela l’existència de tot un món econòmico-empresarial que s’amaga darrere aquest espectacle, del qual, els veritables protagonistes són els clubs de futbol. Sense ells no es produiria mai l’espectacle. És per aquest motiu, que centrarem el nostre anàlisi sobre aquestes entitats esportives: veure el seu funcionament en la seva vessant més econòmica (1).En el present estudi s’analitzarà tot el funcionament intern d’un club, des del seu marc legal fins a l’econòmic, parant molta atenció en el que és el mercat futbolístic, el qual, al cap i a la fi, acaba relacionant la part més esportiva amb l’empresarial. A partir d’aquí intentarem extrapolar aquest entramat al que és el món futbolístic en general.Amb això, intentarem qüestionar-nos el perquè del gran moviment de divises existent, actualment, en aquest esport. Com pot ser que un club inverteixi més de 30 milions d’euros (2) només en el que seria contractar un nou treballador? Com es podengenerar tants recursos per després gastar-los en nòmines astronòmiques pels jugadors?Doncs aquest seguit de qüestions es el que pretenem respondre en aquest treball, de la forma més amena i clara possible, amb els gràfics i taules més adients.(1) Com que de clubs de futbol n’hi ha molts i no els podem analitzar tots un per un, partirem de la based’agafar-ne un com a model, en aquest cas, per la seva proximitat i facilitat d’obtenció de dades hemescollit el FC Barcelona.(2) Quantitat que equival, ni més ni menys, a 500 vegades el sou d’un treballador mitjà al llarg de tota la seva vida

Propostes de polítiques laborals

Us preocupa el problema de l’atur? Us heu preguntat mai per què Espanya té unes taxes d’atur superiors als països de referència en polítiques laborals? Creieu que el mercat laboral espanyol té moltes mancances? Penseu que el model productiu actual, basat en la construcció i el turisme, és sostenible a llarg termini? Aquestes preguntes, juntament amb la gran destrucció d’ocupació arran de la crisi, -durant l’últim trimestre del 2008 a l’economia espanyola li correspon el 70% (1) de la destrucció de llocs de treball a Europa- ens ha portat a reflexionar sobre els determinants i lesconseqüències de l’atur espanyol. Seguint aquesta línia, ens preguntàvem si,mitjançant un seguit de propostes laborals, Espanya podria arribar a reduir les sevestaxes d’atur a llarg termini i equiparar-les a nivells europeus.Si voleu saber més sobre les possibles solucions, en aquest treball exposemun seguit de mesures originals i d’altres basades en idees d’economistes experts queintenten millorar el capital humà de l’economia, el model productiu, els valors imentalitat de la societat, les institucions laborals i la legislació laboral existent , amb laqual cosa es pretén, com a fi últim, augmentar els nivells d’ocupació de l’economia.Algunes d’aquestes són:· Un nou contracte únic i flexibilització laboral· Canvis en la negociació col·lectiva, fiscalitat empresarial i programes formatius· Model original en les prestacions d’atur· Impuls a un nou model productiuAplicant aquestes propostes creiem que és possible reduir la temporalitat almercat laboral espanyol així com també lluitar per aconseguir la plena ocupaciópromocionant el treball estable i de qualitat. Tot i que el problema de l’atur genera moltdebat social entre els diferents agents socials, les propostes han intentat cercar elconsens i, sobretot, la millora econòmica de la societat.

Democratització de l'agricultura ecològica : una proposta d'aproximació al ciutadà

L’agricultura va néixer en el moment en què l’home va passar de recol·lectar aliments acultivar-los, i la durada d’una collita de cereals el va arrelar a un entorn fix, és a dir, el va fer sedentari. Així, es va produir una primera revolució demogràfica; aliments estables i aconseguits regularment, poblats assentats i més o menys segurs. Al principi les terres verges donaven excel·lents produccions, les quals anaven minvant a mesura que es repetien les sembres sense alternances i que el sòl s’esgotava. En molts casos, acabaven canviant de lloc o iniciant la tala d’arbres per reconquistar nous sòls cultivables. No essent suficient això, l’ésser humà va iniciar les grans migracions i l’expansió al llarg del món,retrobant noves terres no castigades.Observant els inicis de l’activitat agrícola, el present treball es realitza amb la intenció d’analitzar l’agricultura ecològica no de forma merament comercial, sinó també aprofundint en la preocupació pel manteniment del medi rural. Així, l’agricultura ecològica es configura com una filosofia de vida per a molts productors i consumidors, i està en auge en la societat actual, sobretot entre la creixent població amb valors postmaterialistes.Aquest tipus d’agricultura utilitza com a model la pròpia natura i la cultura i sapiència populars, tractant de trobar les respostes que ambdues aporten i aplicar aquesta informació mitjançant els coneixements tècnics i científics actuals. Contempla el seguiment de determinats principis i línies d’actuació que garanteixin la protecció del medi ambient, la salut del consumidor i la qualitat del producte. En aquest sentit, doncs, esjustifica la creixent demanda dels consumidors de productes ecològics, donada lapreocupació per la qualitat dels aliments i la tan anomenada seguretat alimentària.Per últim, cal destacar la rellevància social, política i mediàtica que desperten els temes relacionats amb l’ecologia i la preservació del medi ambient, essent un dels elements de debat essencials de la societat del segle XXI. Les raons esmentades són algunes de les principals que han portat a la realització del present treball.Resulta important destacar, abans de procedir, els objectius que es volen assolir al llarg del present estudi. Així, en primer lloc, es determinarà en què consisteix l’activitat que es vol analitzar (en aquest cas l’agricultura ecològica) i saber en quina situació es troba a Catalunya. Seguidament, cal esbrinar quin és el perfil del consumidor d’aquest producte i quines en són les seves motivacions de consum. Un altre objectiu bàsic consisteix en saberquines són les formes de comercialització d’aquest tipus de productes, per a poder realitzar finalment una proposta innovadora en la qual pagesos i consumidors en surtin beneficiats.

Els diners compren la felicitat?

“Un sopar: 40€Un vestit: 100€Una nit d’hotel: 90€Estar amb la persona que estimes, no té preu...Hi ha coses que els diners no poden comprar...”La felicitat és una d’aquestes coses?Cada any per Nadal observem que es repeteixen les escenes de gent brindant amb cava quan el seu dècim ha sortit premiat. Semblen més felices que mai però, realment mantindran per sempre aquest nivell de felicitat? Hem descobert que aquest sentiment és transitori i que al cap d’un temps aquest augment s’esvaeix: els diners no ens aporten felicitat a llarg termini.En el decurs de l’estudi analitzarem una sèrie de variables que considerem quepoden ser les principals causants dels diferents nivells de felicitat que mostrem,deixant de banda aspectes subjectius com els psicològics que s’escapen del nostre abast. Sobretot ens centrarem en l’ingrés, que ens portarà a saber si els diners donen la felicitat. El resultat és que no. Curiós.Si no és la renda, hauran de ser altres factors: pot ser l’edat, pot ser la religió,pot ser el sexe, poden ser mil coses.Us avancem com és una persona feliç: és una dona i creient.Els diners compren la felicitat?Certament tots nosaltres volem viure feliços, i en el gènere humà no hi ha qui no doni el seu assentiment a aquesta proposició fins i tot abans de que sigui plenament enunciada (S. Agustí, mor. Eccl. 1,3,4)