Generation of long, fully modified, and serum-resistant oligonucleotides by rolling circle amplification

Rolling Circle Amplification (RCA) is an isothermal enzymatic method generating single-stranded DNA products consisting of concatemers containing multiple copies of the reverse complement of the circular template precursor. Little is known on the compatibility of modified nucleoside triphosphates (dN*TPs) with RCA, which would enable the synthesis of long, fully modified ssDNA sequences. Here, dNTPs modified at any position of the scaffold were shown to be compatible with rolling circle amplification, yielding long (>1 kb), and fully modified single-stranded DNA products. This methodology was applied for the generation of long, cytosine-rich synthetic mimics of telomeric DNA. The resulting modified oligo-nucleotides displayed an improved resistance to fetal bovine serum.

4D/3D reduction of dualities: mirrors on the circle

We engineer a brane picture for the reduction of Seiberg dualities from 4D to 3D, valid also in the presence of orientifold planes. We obtain effective 3D dualities on the circle by T-duality, geometrizing the non-perturbative superpotential which is an affine Toda potential. When reducing to pure 3D, we define a double-scaling limit which creates a sector of interacting singlets, giving a unified mechanism for the brane reduction of dualities.

The Circle: Die neue Kolonisierung des inneren Menschen

Mit Hilfe des zeitgenössischen Romans 'The Circle' von Dave Eggers werden Entgrenzungs- und Verdichtungstendenzen moderner subjektivierter Arbeit illustriert, die einen Zusammenhang mit Burnout- und Erschöpfungsdepressionsdiagnosen plausibilisieren. Angesichts der Uneindeutigkeit der empirischen Evidenz wird vorgeschlagen, die Problematik der modernen Gestalt der Erwerbsarbeit – vor allem für diejenigen am unteren Ende der jeweiligen Hierarchien – nicht nur anhand ihrer Krankheitsträchtigkeit, sondern mit Hilfe des Konzepts der Lebensformen und ihrer normativen Aufladung zu kritisieren: Massiv entgrenzte und verdichtete Arbeit erscheint dann als Bruch des 'Arbeitsversprechens', das sich mit Entstehung der Arbeitsgesellschaft im 19. Jh. herausgebildet hat.

Applicability of the GP Device to the Circle of Willis Arteries by Using a Mathematical Model

According to the World Health Organization, 15 million people suffer stroke worldwide each year, of these, 5 million die and 5 million are permanently disabled. Stroke is therefore a major cause of mortality world-wide. The majority of strokes are caused by a blood clot that occludes an artery in the brain, and although thrombolytic agents such as Alteplase are used to dissolve clots that arise in the arteries of the brain, there are limitations on the use of these thrombolytic agents. However over the past decade, other methods of treatment have been developed which include Thrombectomy Devices e.g. the 'GP' Thrombus Aspiration Device ('GP' TAD). Such devices may be used as an alternative to thrombolytics or in conjunction with them to extract blood clots in arteries such as the middle cerebral artery of the midbrain brain, and the posterior inferior cerebellar artery (PICA) of the posterior aspect of the brain. In this paper, we mathematically model the removal of blood clots using the 'GP' TAD from selected arteries of the brain where blood clots may arise taking into account factors such as the resistances, compliances and inertances effects. Such mathematical modelling may have potential uses in predicting the pressures necessary to extract blood clots of given lengths, and masses from arteries in the Circle of Willis - posterior circulation of the brain

A Plausibilidade da Interpretação da Religião pela Literatura Uma proposta fundamentada em Paul Ricoeur e Mikhail Bakhtin exemplificada com José Saramago

Religião e literatura é o tema geral desta tese de doutoramento. Contudo, a preocupação específica é a plausibilidade da interpretação da religião pela literatura. Isso porque os estudiosos dessa área têm normalmente partido da pressuposição de que essa plausibilidade existe. Por isso geralmente não a problematizam e nem se preocupam em fundamentá-la. A proposta desta pesquisa é justamente desenvolver um embasamento teórico que ajude a suprir essa lacuna. Portanto, esta tese mantém como preocupação de fundo uma questão epistemológica. Para levar adiante esse projeto, levanta-se a hipótese de que o discurso indireto da literatura caracterizado pela metáfora, especialmente o romance com a sua possibilidade polifônica e carnavalesca, tem a capacidade de revelar traços específicos do fenômeno religioso de modo diferente do que fazem os discursos diretos da filosofia e das ciências, de tal forma que dá à literatura condições de proceder a uma interpretação plausível e heurística da religião. A fundamentação teórica para o desenvolvimento da hipótese é baseada na teoria da metáfora, do texto e da narrativa de Paul Ricoeur e nos conceitos de dialogismo, polifonia, carnavalização e literatura prosaica de Mikhail Bakhtin. Com a finalidade de exemplificar, na prática, a pertinência do material teórico desenvolvido, o romance O Evangelho Segundo Jesus Cristo, de José Saramago é interpretado. Metodologicamente, o trabalho está dividido em três pontos: primeiro a literatura e o conhecimento da realidade; segundo a literatura como intérprete da religião e terceiro, a interpretação exemplar do romance.(AU)

A Plausibilidade da Interpretação da Religião pela Literatura Uma proposta fundamentada em Paul Ricoeur e Mikhail Bakhtin exemplificada com José Saramago

Religião e literatura é o tema geral desta tese de doutoramento. Contudo, a preocupação específica é a plausibilidade da interpretação da religião pela literatura. Isso porque os estudiosos dessa área têm normalmente partido da pressuposição de que essa plausibilidade existe. Por isso geralmente não a problematizam e nem se preocupam em fundamentá-la. A proposta desta pesquisa é justamente desenvolver um embasamento teórico que ajude a suprir essa lacuna. Portanto, esta tese mantém como preocupação de fundo uma questão epistemológica. Para levar adiante esse projeto, levanta-se a hipótese de que o discurso indireto da literatura caracterizado pela metáfora, especialmente o romance com a sua possibilidade polifônica e carnavalesca, tem a capacidade de revelar traços específicos do fenômeno religioso de modo diferente do que fazem os discursos diretos da filosofia e das ciências, de tal forma que dá à literatura condições de proceder a uma interpretação plausível e heurística da religião. A fundamentação teórica para o desenvolvimento da hipótese é baseada na teoria da metáfora, do texto e da narrativa de Paul Ricoeur e nos conceitos de dialogismo, polifonia, carnavalização e literatura prosaica de Mikhail Bakhtin. Com a finalidade de exemplificar, na prática, a pertinência do material teórico desenvolvido, o romance O Evangelho Segundo Jesus Cristo, de José Saramago é interpretado. Metodologicamente, o trabalho está dividido em três pontos: primeiro a literatura e o conhecimento da realidade; segundo a literatura como intérprete da religião e terceiro, a interpretação exemplar do romance.(AU)

O enunciado (dialógico) na decisão jurídica : nas sendas de Mikhail Bakhtin / Beclaute Oliveira Silva. --

Inclui bibliografia.

Kelsen, Bobbio e Bakhtin : um diálogo

Bibliografia

Immunoassays with rolling circle DNA amplification: A versatile platform for ultrasensitive antigen detection

We describe an adaptation of the rolling circle amplification (RCA) reporter system for the detection of protein Ags, termed “immunoRCA.” In immunoRCA, an oligonucleotide primer is covalently attached to an Ab; thus, in the presence of circular DNA, DNA polymerase, and nucleotides, amplification results in a long DNA molecule containing hundreds of copies of the circular DNA sequence that remain attached to the Ab and that can be detected in a variety of ways. Using immunoRCA, analytes were detected at sensitivities exceeding those of conventional enzyme immunoassays in ELISA and microparticle formats. The signal amplification afforded by immunoRCA also enabled immunoassays to be carried out in microspot and microarray formats with exquisite sensitivity. When Ags are present at concentrations down to fM levels, specifically bound Abs can be scored by counting discrete fluorescent signals arising from individual Ag–Ab complexes. Multiplex immunoRCA also was demonstrated by accurately quantifying Ags mixed in different ratios in a two-color, single-molecule-counting assay on a glass slide. ImmunoRCA thus combines high sensitivity and a very wide dynamic range with an unprecedented capability for single molecule detection. This Ag-detection method is of general applicability and is extendable to multiplexed immunoassays that employ a battery of different Abs, each labeled with a unique oligonucleotide primer, that can be discriminated by a color-coded visualization system. ImmunoRCA-profiling based on the simultaneous quantitation of multiple Ags should expand the power of immunoassays by exploiting the increased information content of ratio-based expression analysis.

Lagging strand replication of rolling-circle plasmids: Specific recognition of the ssoA-type origins in different gram-positive bacteria

Many bacterial plasmids replicate by a rolling-circle mechanism that involves the generation of single-stranded DNA (ssDNA) intermediates. Replication of the lagging strand of such plasmids initiates from their single strand origin (sso). Many different types of ssos have been identified. One group of ssos, termed ssoA, which have conserved sequence and structural features, function efficiently only in their natural hosts in vivo. To study the host specificity of sso sequences, we have analyzed the functions of two closely related ssoAs belonging to the staphylococcal plasmid pE194 and the streptococcal plasmid pLS1 in Staphylococcus aureus. The pLS1 ssoA functioned poorly in vivo in S. aureus as evidenced by accumulation of high levels of ssDNA but supported efficient replication in vitro in staphylococcal extracts. These results suggest that one or more host factors that are present in sufficient quantities in S. aureus cell-free extracts may be limiting in vivo. Mapping of the initiation points of lagging strand synthesis in vivo and in vitro showed that DNA synthesis initiates from specific sites within the pLS1 ssoA. These results demonstrate that specific initiation of replication can occur from the pLS1 ssoA in S. aureus although it plays a minimal role in lagging strand synthesis in vivo. Therefore, the poor functionality of the pLS1 in vivo in a nonnative host is caused by the low efficiency rather than a lack of specificity of the initiation process. We also have identified ssDNA promoters and mapped the primer RNAs synthesized by the S. aureus and Bacillus subtilis RNA polymerases from the pE194 and pLS1 ssoAs. The S. aureus RNA polymerase bound more efficiently to the native pE194 ssoA as compared with the pLS1 ssoA, suggesting that the strength of RNA polymerase–ssoA interaction may play a major role in the functionality of the ssoA sequences in Gram-positive bacteria.