Effect of coordinated ions on structure and flexiblity of parallel G-quandruplexes: a molecular dynamics study

Single tract guanine residues can associate to form stable parallel quadruplex structures in the presence of certain cations. Nanosecond scale molecular dynamics simulations have been performed on fully solvated fibre model of parallel d(G7) quadruplex structures with Na+ or K+ ions coordinated in the cavity formed by the 06 atoms of the guanine bases. The AMBER 4.1 force field and Particle Mesh Ewald technique for electrostatic interactions have been used in all simulations. These quadruplex structures are stable during the simulation, with the middle four base tetrads showing root mean square deviation values between 0.5 to 0.8 A from the initial structure as well the high resolution crystal structure. Even in the absence of any coordinated ion in the initial structure, the G-quadruplex structure remains intact throughout the simulation. During the 1.1 ns MD simulation, one Na+ counter ion from the solvent as well as several water molecules enter the central cavity to occupy the empty coordination sites within the parallel quadruplex and help stabilize the structure. Hydrogen bonding pattern depends on the nature of the coordinated ion, with the G-tetrad undergoing local structural variation to accommodate cations of different sizes. In the absence of any coordinated ion, due to strong mutual repulsion, 06 atoms within G-tetrad are forced farther apart from each other, which leads to a considerably different hydrogen bonding scheme within the G-tetrads and very favourable interaction energy between the guanine bases constituting a G-tetrad. However, a coordinated ion between G-tetrads provides extra stacking energy for the G-tetrads and makes the quadruplex structure more rigid. Na+ ions, within the quadruplex cavity, are more mobile than coordinated K+ ions. A number of hydrogen bonded water molecules are observed within the grooves of all quadruplex structures

Double helix conformation, groove dimensions and ligand binding potential of a G/C stretch in B-DNA

The self-complementary DNA fragment CCGGCGCCGG crystallizes in the rhombohedral space group R3 with unit cell parameters a = 54.07 angstrom and c = 44.59 angstrom. The structure has been determined by X-ray diffraction methods at 2.2 angstrom resolution and refined to an R value of 16.7%. In the crystal, the decamer forms B-DNA double helices with characteristic groove dimensions: compared with B-DNA of random sequence, the minor groove is wide and deep and the major groove is rather shallow. Local base pair geometries and stacking patterns are within the range commonly observed in B-DNA crystal structures. The duplex bears no resemblance to A-form DNA as might have been expected for a sequence with only GC base pairs. The shallow major groove permits an unusual crystal packing pattern with several direct intermolecular hydrogen bonds between phosphate oxygens and cytosine amino groups. In addition, decameric duplexes form quasi-infinite double helices in the crystal by end-to-end stacking. The groove geometries and accessibilities of this molecule as observed in the crystal may be important for the mode of binding of both proteins and drug molecules to G/C stretches in DNA.

Zn incorporation and band gap shrinkage in p-type GaAs

Dimethylzine (DMZn) was used as a p-type dopant in GaAs grown by low pressure metalorganic vapor phase epitaxy using trimethylgallium and arsine (AsH3) as source materials, The hole carrier concentrations and zinc (Zn) incorporation efficiency are studied by using the Hall effect, electrochemical capacitance voltage profiler and photoluminescence (PL) spectroscopy, The influence of growth parameters such as DMZn mole fraction, growth temperature, and AsH, mole fraction on the Zn incorporation have been studied. The hole concentration increases with increasing DMZn and AsH3 mole fraction and decreases with increasing growth temperature. This can be explained by vacancy control model. The PL experiments were carried out as a function of hole concentration (10(17)-1.5 x 10(20) cm(-3)). The main peak shifted to lower energy and the full width at half maximum (FWHM) increases with increasing hole concentrations. We have obtained an empirical relation for FWHM of PL, Delta E(p)(eV) = 1.15 x 10(-8)p(1/3). We also obtained an empirical relation for the band gap shrinkage, Delta E-g in Zn doped GaAs as a function of hole concentration. The value of Delta E-g(eV) = -2.75 x 10(-8)p(1/3), indicates a significant band gap shrinkage at high doping levels, These relations are considered to provide a useful tool to determine the hole concentration in Zn doped GaAs by low temperature PL measurement. The hole concentration increases with increasing AsH3 mole fraction and the main peak is shifted to a lower energy side. This can be explained also by the vacancy control model. As the hole concentration is increased above 3.8 x 10(18) cm(-3), a shoulder peak separated from the main peak was observed in the PL spectra and disappears at higher concentrations. (C) 1997 American Institute of Physics.

Effect of Zr4+-ion substitution in CeO2 on H2O2-assisted degradation of orange G

A series of Pd ion-substituted CeO2-ZrO2 solid solutions were synthesized using the solution combustion technique. H2O2-assisted degradation of orange G was carried out in the presence of the catalysts. The activity of the catalysts was found to increase with the introduction of the second component in the solid solution, as signified by an increase in the rate constants and lowering of activation energy. The study showed the involvement of lattice oxygen and the importance of reducibility of the compound for the reaction. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Strong ground motion at Bhuj city during the Kutch earthquake

In the absence of near field strong motion records, the level of ground motion during the devastating 26 January 2001 earthquake has to be found by indirect means. For the city of Bhuj, three broad band velocity time histories have been recorded by India Meteorological Department. In this paper these data are processed to obtain an estimate of strong ground motion at Bhuj. It is estimated that the peak ground acceleration at Bhuj was of the order of 0.38 g. Ground motion in the surrounding region is indirectly found using available spectral response recorder (SRR) data. These instrument-based results are compared with analytical results obtained from a half-space regional model.

An Empirical Analysis of Heterogeneity in IEEE 802.11 MAC Protocol Implementations and its Implications

Wireless LAN (WLAN) market consists of IEEE 802.11 MAC standard conformant devices (e.g., access points (APs), client adapters) from multiple vendors. Certain third party certifications such as those specified by the Wi-Fi alliance have been widely used by vendors to ensure basic conformance to the 802.11 standard, thus leading to the expectation that the available devices exhibit identical MAC level behavior. In this paper, however, we present what we believe to be the first ever set of experimental results that highlight the fact that WLAN devices from different vendors in the market can have heterogeneous MAC level behavior. Specifically, we demonstrate with examples and data that in certain cases, devices may not be conformant with the 802.11 standard while in other cases, they may differ in significant details that are not a part of mandatory specifications of the standard. We argue that heterogeneous MAC implementations can adversely impact WLAN operations leading to unfair bandwidth allocation, potential break-down of related MAC functionality and difficulties in provisioning the capacity of a WLAN. However, on the positive side, MAC level heterogeneity can be useful in applications such as vendor/model level device fingerprinting.

The x¿n-x Plane for Analysis of Certain Second-Order Nonlinear Systems

Analysis of certain second-order nonlinear systems, not easily amenable to the phase-plane methods, and described by either of the following differential equations xÿn-2ÿ+ f(x)xÿ2n+g(x)xÿn+h(x)=0 ÿ+f(x)xÿn+h(x)=0 n≫0 can be effected easily by drawing the entire portrait of trajectories on a new plane; that is, on one of the xÿnÿx planes. Simple equations are given to evaluate time from a trajectory on any of these n planes. Poincaré's fundamental phase plane xÿÿx is conceived of as the simplest case of the general xÿnÿx plane.

Antitumor and antioxidant status of Terminalia catappa against Ehrlich ascites carcinoma in Swiss albino mice

Objective: The present study was undertaken to evaluate the antitumor and antioxidant status of ethanol extract of Terminalia catappa leaves against Ehrlich ascites carcinoma (EAC) in Swiss albino mice. Materials and Methods: The leaves powder was extracted with Soxhlet apparatus and subjected to hot continuous percolation using ethanol (95% v/v). Tumor bearing animals was treated with 50 and 200 mg/kg of ethanol extract. EAC induced in mice by intraperitoneal injection of EAC cells 1 x 10(6) cells/mice. The study was assed using life span of EAC-bearing hosts, hematological parameters, volume of solid tumor mass and status of antioxidant enzymes such as lipid peroxidation (LPO), reduced glutathione (GSH), superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT) activities. Total phenolics and flavonoids contents from the leaves extract were also determined. Results: Total phenolics and flavonoids contents from the leaves extract were found 354.02 and 51.67 mg/g extract. Oral administration of ethanol extract of T. catappa (50 and 200 mg/kg) increased the life span (27.82% and 60.59%), increased peritoneal cell count (8.85 +/- 0.20 and 10.37 +/- 0.26) and significantly decreased solid tumor mass (1.16 +/- 0.14 cm(2)) at 200 mg/kg as compared with EAC-tumor bearing mice (P < 0.01). Hematological profile including red blood cell count, white blood cell count, hemoglobin (11.91 +/- 0.47 % g) and protein estimation were found to be nearly normal levels in extract-treated mice compared with tumor bearing control mice. Treatment with T. catappa significantly decreased levels of LPO and GSH, and increased levels of SOD and CAT activity (P < 0.01). Conclusion: T. catappa exhibited antitumor effect by modulating LPO and augmenting antioxidant defense systems in EAC bearing mice. The phenolic and flavonoid components in this extract may be responsible for antitumor activity.

Improved quasiparticle wave functions and mean field for G(0)W(0) calculations: Initialization with the COHSEX operator

The GW approximation to the electron self-energy has become a standard method for ab initio calculation of excited-state properties of condensed-matter systems. In many calculations, the G W self-energy operator, E, is taken to be diagonal in the density functional theory (DFT) Kohn-Sham basis within the G0 W0 scheme. However, there are known situations in which this diagonal Go Wo approximation starting from DFT is inadequate. We present two schemes to resolve such problems. The first, which we called sc-COHSEX-PG W, involves construction of an improved mean field using the static limit of GW, known as COHSEX (Coulomb hole and screened exchange), which is significantly simpler to treat than GW W. In this scheme, frequency-dependent self energy E(N), is constructed and taken to be diagonal in the COHSEX orbitals after the system is solved self-consistently within this formalism. The second method is called off diagonal-COHSEX G W (od-COHSEX-PG W). In this method, one does not self-consistently change the mean-field starting point but diagonalizes the COHSEX Hamiltonian within the Kohn-Sham basis to obtain quasiparticle wave functions and uses the resulting orbitals to construct the G W E in the diagonal form. We apply both methods to a molecular system, silane, and to two bulk systems, Si and Ge under pressure. For silane, both methods give good quasiparticle wave functions and energies. Both methods give good band gaps for bulk silicon and maintain good agreement with experiment. Further, the sc-COHSEX-PGW method solves the qualitatively incorrect DFT mean-field starting point (having a band overlap) in bulk Ge under pressure.

Influencia de diferentes períodos de destete sobre peso de la hembra al destete (PHD), peso de la camada al destete (PCD) y peso de la hembra al segundo parto (PHP2) en conejas primiparas, en el municipio de Rivas

El presente ensayo se realizó con el objetivo de medir el efecto de tres períodos de destete diferentes (20, 40 y 60 días respectivamente) sobre el Peso de la hembra al destete (PHD), Peso de la camada al destete (PCD) y Peso de la hembra al segundo parto (PHP2) en conejas primíparas. Para el análisis de los datos fue utilizado un Diseño Completamente Aleatorio (D.C.A.) con 4 repeticiones (hembras primíparas) para el destete de 20 días, 5 repeticiones para el destete de 40 días y 4 repeticiones para el destete de 60 días. La información utilizada para los análisis estadísticos provino de datos recaudados en registros reproductivos, de un conejar compuesto de 13 conejas y un padrote. La edad y peso promedio de los animales al inicio del ensayo fueron homogéneos (7 meses y 3.007 Kg respectivamente). El ensayo se realizó en el municipio de Rivas ubicado a 111 km de la ciudad de Managua, a 11º 26' de latitud Norte y 85º 44' de longitud Oeste, a una elevación de 57.77 m.s.n.m. Las variables en estudio fueron: Peso de la hembra al destete (PHD), Peso de la camada al destete (PCD), Peso de la hembra al segundo parto (PHP2). Los valores y desviación estándar para dichas variables fue de : 2.94483 ± 0.3071 Kg, promedios 2.8629 ± 1.5308 Kg y 3.0635 ± 0.2212 Kg, respectivamente. En el ANDEVA realizado para las diferentes variables, el efecto de los tratamientos sobre el Peso de la hembra al destete resultó no significativo. No así, para con las variables Peso de la camada al destete (PCD) y Peso de la hembra al segundo parto (PHP2), donde el efecto de los tratamientos sobre estas fue significativo. El efecto de la covariable (Peso de la hembra al primer parto) solamente resultó significativo para la variable Peso de la hembra al destete (PHD). Mediante la Separación de medias por la Prueba de DUNCAN se obtuvieron los siguientes promedios de las variables por tratamiento; Peso de la hembra al destete (PHD): 1.3469 Kg (t: 20 días), 2.9508 Kg (t: 40 días) y 2.9194 Kg (t: 60 días). Para el Peso de la camada al destete (PCD), los valores fueron: 1.3469 kg (t: 20 días), 2.6571 Kg (t: 40 días) y 4.6363 Kg (t: 60 días). Para el Peso de la hembra al segundo parto (PHP2) los valores fueron: 3.2895 Kg (t: 20 días), 3.0030 Kg (t: 40 días) y 2.9131 Kg (t: 60 días). Con la realización del Análisis de los Costos para hembras, se determinaron valores de 105.29, 127.42 y 148.65 (córdobas), para una hembra al destete en los tratamientos de 20, 40 y 60 días de destete respectivamente. Los costos para una hembra al segundo parto fueron: C$ 130.77 (t: 20 días), C$ 147.03 (t: 40 días) y C$168.26 (t: 60 días). Para gazapo al nacimiento los costos por tratamiento fueron los siguientes: C$ 4.43 (t: 20 días), C$ 4.60 (t: 40 días) y C$ 4.87 (t 60 días. Así también, se determinaron los costos de un gazapo al destete, obteniéndose valores de C$ 7.90, C$ 11.53 y C$15.82 para los tratamientos de 20, 40 y 60 días de destete respectivamente.

Valor nutritivo del pasto pangola (Digitaria decumbens stent.) vr. transvala a distintos niveles de fertilización y diversas edades de corte

Este estudio Se desarrolló en el periodo de julio a diciembre de 1990 en el Centro de Investigación Zootecnia “La Polvosa” de la UCA (Universidad Centroamericana), situada en el km 23 112 de la carretera nueva a León, depto. de Managua. El centro se ubica a una elevación de 40 msnrn a 1 2 grados 12 minutos, Latitud norte y 86 grados 22 minutos, longitud oeste registra temperaturas promedio anuales de 32 grados centígrados los y unos 8OO mm de precipitación media por año, por lo cual, es posible calificar su zona agroecológica como de trópico seco se evaluó la respuesta en términos de valor nutritivo del pasto Pangola (Digitaria decumbens Stent.) vr. Transvala, utilizándose un diseño experimental en bloques completos al azar (BCA) con arreglo factorial, se estudió el efecto de dos factores (Niveles de fertilizantes-edades de cortes) con cuatro repeticiones, formándose un total de 16 tratamientos El ensayo contó con un área experimental total de 357.75 mt2 para la toma de muestras, se empleó el método del metro cuadrado realizándose en las parcelas un muestreo sin reemplazo para cada frecuencia en estudio. Previo al momento experimental, se efectúo una poda de control procediéndose después a aplicar de una sola vez los respectivos niveles de fertizante. El estudio estadístico contempló el uso del análisis de varianza (ANDEVA), se hizo una separción de medias por Tukey, y se midió la influencia porcentual (Individual y asociada) de 4 niveles de fertilizante (0, 50,100 y150 kg urea (46%N2) / mz) y 4 edades de corte (15, 30.. 45y 60 días), sobre nueve variables o componentes bromatológicos (MS, PB,FC, ELN, EE, EB (Kcal/ 100g), Cz, Ca y P). Todos los componentes bromatológicos evaluados excepto el EE.. presentaron una variación significativa (P<0.05), bajo el efecto de los factores en estudio. Los niveles de fertilizante influyeron ios valores de mayor mérito con la dosis •150 kg urea / rnz, observando la PB.. 9.76% ;el ELN, 56.54 y la EB,190.97 Kcal ,' 100 g. En tanto que los 50 kg1mz mostraron !os mayores índices en FC (28.88), EE (2.75) y Cz. (11.:39) las parcelas no fertilizadas brindaron los porcentajes más altos de MS (23.78) y Ca (0.60),y el nivel 100 kg/ mz El mejor en P (0.39) y el más bajo en FC (26.61). A su vez con O kg / mz_. Observaron sus níveles minimos la PB (6.91), el ELN (53.58). el valor energético (175.45 Kcal/ 100 g) y el P (O.28), y con 100 kg/ mz los menores en MS y Cz (25.08 y 10.38 respectivamente), a. los 150kg/mz el EE (2.29) y el Ca (0.49), rindieron sus índices más bajos. En cuanto a la frecuencia de corte, la edad 15 días presentó los máximos contenidos en PH (11.95), ELN (56.45),EB (202.40 Kcal/ 100g), EE (2.65) y el mínimo en FC (27.09). Observando el corte a los 60 días, las mayores proporciones en MS (30.91) Cz (12.43) )'Ca (0.58),en tanto que con 30 y 45 días se dieron los más altos valores de P (0.34) FC (28.55) respectivamente los índices más bajos de PB (6.48),ELN (52.63), Ca (0.47)y P (0.30), se obtuvieron a los 45 días de madurez mientras que la MS (22.88) y la Cz (9.56),alcanzaron sus valores más pequeños con 15 días de corte a los 60 días, la EB (175. 42 Kcal ./ 100g) y el EE (2.20) respondieron con sus por cientos más bajos. Para los tratamientos resultantes de la combinación de un nivel de fertilizante y una edad de corte, la interacción 50 kg/mz-60 días reportó el mayor contenido en MS (32.72), sobresaliendo el tratamiento 150 kg / mz-15 días al presentar los valores más altos en EB (214.39 Kcal/100g), PB (14.30) y ELN (59.02), aunque la combinación 50 kg/mz-30 días brindó igual valor en ELN y el máximo en Cz (13.10) con aplicaciones de 100 kg/mz y frecuencia de 15 días se obtuvieron los menores índices en FC (24.82) y Cz (9.37). Consiguiéndose en O kg / mz-15 días el valor más alto en Ca (0.76) y el menor en P (0.22), observando la MS su índice más bajo (18.37) con el tratamiento 100 kg / mz-15 días. Finalmente, en las interacciones que incluyen la frecuencia 45 días, se encontró que las parcelas no fertilizadas presentaron los menores contenidos en PB (5.02), ELN (48.95) y EB (165.44 Kcal/ 1oo g). en cambio al aplicar 100 kg /rnz, se obtuvieron (para la misma interacción) los valores más bajos en EE (1.72), Ca (0.43) y el mayor en P (0.44),en tanto los niveles 50 y 150 kg / mz influyeron los índices más altos en EE (3.85) y FC (30.75) respectivamente.

Comparación de parámetros reproductivos bajo inseminación artificial y monta natural en cerdas, (Cofradia, G.E.P.)

Este experimento se realizó en la Granja Experimental Porcina (G.E.P), Cofradía, Masaya, con 82 cerdas del cuarto parto, 30 servidas a través de inseminación artificial (I.A) y 52 cerdas por monta natural (M.N); iniciando en mayo de 1,995 hasta mayo de 1,996 con el objetivo de evaluar los parámetros reproductivos y económicos en ambos sistemas de monta. Los dos grupos de cerdas reproductoras estaban compuestos por las razas LANDRACE, YORKSHIRE y DUROC. Las variables evaluadas fueron: Tasa de concepción (T.C) y tasa de parición (T.P), números de crías por partos (N.C.P), peso vivo promedio del lechón en la camada al nacer (P.V.L.C), relación beneficio-costo (B-C). Los resultados finales comprobados al 5% de significancia estadísticas fueron: T.P en I.A con 56.66% menor que en M.N con 76.92%, en N.C.P para I.A con 7.06, menor que en M.N de 8.725, P.V.L.C en I.A de 1.85 kg, similar a 1.74 kg, en MN. Para la relación B-C en I.A fue de 0.53 córdobas y para M.N de 0.56 córdobas.

Dinámica de malezas en los cultivos de frijol (Phaseolus vulgaris L.) var. Rev. 82 y habichuela (Phaseolus vulgaris L.) var. Harvester

El ensayo fue realizado en la época de postrera de 1987 en la estación experimental Raúl González del valle de Sébaco, situada a 457 m.s.n.m con latitud 12º 54 norte y una longitud de 86º 11 oeste. Los factores estudiado fueron A (cultivo); a1-frijol. A2 Habichuela. El factor (control); b1 Alachlor 1t/Ha en pre –emergencia, b2- Control con azadón en V3/V4 y b3-limpias a los 23 y 50 días después de la siembre. El frijol se sembró a 0.4m entre hilera dejando 20 semillas por medio lineal y la habichuela a 0.6 m entre hilera dejando 20 semillas por medio lineal y la habichuela a 0.6 m ente hilera y 0.1 m entre planta. La siembra se hizo el 1 de Agosto, antes de la siembra se aplicó 158 Kg / ha de la fórmula 10-30-110 ambos cultivos: el ensayo se estableció en un diseño de parcelas divididas con 4 réplicas con el objetivo de determinar la influencia de diferentes métodos de control sobre la abundancia, dominancia y dinámica de malezas; determinar la influencia de Phaseolus vulgaris L. sobre el comportamiento de las malezas. Los resultados fueron: al momento de la cosecha, el control mecánico en V3/v4 presento mayor abundancia y peso seco de malezas en frijol y habichuelas; con Alachor 1 1t/ha en pre emergencia se encontró menor abundancia en ambos cultivos. Al realizar limpias a los 23 y 50 días después de la siembra se encontró menor peso seco de malezas en el cultivo de frijol: las especies más abundantes fueron las más dominantes estos son Cyperun rotundus L. echinochloa oolonum, Digitaría sanhuinalis, Phyllancthus amarus y boerhavia erecta, en el cultivo de frijol , mientras que en habichuela las anteriores fueron las más abundantes y dominantes a excepción de Boerhavia erecta, que logro sustituirla kallstroemia máxima bajo el efecto de mayor población de phaseolus vulgaris se disminuyó la abundancia, dominancia y diversidad de especies de malezas. El cultivo de habichuela presento un 73% más de abundancia y un 57% más de dominancia de malezas que el cultivo de frijol establecido en mayor población.

Azadirachta indica (A. Juss) en Nicaragua: resultados: biomasa como fuente de leña en dos plantaciones diferentes

A través de este estudio se presentan los resultados obtenidos en la cuantificación de la biomasa y evolución del crecimiento y el rendimiento del A. indica en dos sitios de Nicaragua. La metodología empleada fue tomada en las normas para la investigación de silvicultural de especie de leña del CATIE. Los resultados obtenidos del estudio, en cuanto al crecimiento medio anual, el diámetro oscilo entre 17.5 mm y 19.1 mm, para el diámetro basal entre 21.3 mm y 35.4 mm, el diámetro de copa entre 3.4 dm y 9.1 dm, y la altura varía entre 13.4 dm y 19.0 dm. En cuanto al rendimiento por árbol, el incremento medio anual para peso de fuste, varía entre 6.4 kg. Y 7.0 kg. El peso de rama entre 1.0 k g. Y 2.0kg: el peso de follaje entre 0.94 kg y 1.9 kg; el peso de leña entre 7.4 kg. Y 9.0 kg; y el peso total en verde oscila entre 8.0 kg. Y 10.9 kg. El crecimiento medio anual del volumen estéreo varía entre 34.5 m3/ha. Y 35.4m3/ ha; y el volumen solido total con corteza esta entre 9.3 m 3/ ha. Y 15.8m3/ ha en verde. El componente de la biomasa aérea verde varía entre 64% y 76% para fuste; entre 13% y 19% para ramas: entre 11% y 17% para follaje; y entre 82% y 92% para leña. El seco el porcentaje para fuste varía entre 64% y 79% para rama entre 13% y 20% para follaje varía entre 7% y 13% ; y para leña entre 93% y 97%. Se presentaron ocho ecuaciones que predicen el rendimiento en kg, para las variables del árbol como; fuste, rama, follaje y total. El A. INDICA mostro una buena adaptación a las condiciones edafoclimaticas de Nicaragua. Se atribuye el clima más húmedo el mayor incremento volumétrico en santa Isabel y la fertilidad de las arcillas, del vertisol el incremento el peso de Guanacaste. Por tanto, es recomendable ejecutar plantaciones de neem con fines energético en las áreas vertisoles.

源于G.I.Taylor工作的现代经典物理学

一位科学家的工作提供了一门完整课程的素材，涉及从流体动力学稳定性、湍流到流体电动力学、微生物的运动．