Polymerase chain reaction (PCR) for the detection of Salmonella in artificially inoculated chicken meat

The aim of this study was to develop a polymerase chain reaction (PCR) protocol for the detection of Salmonella in artificially contaminated chicken meat. Tests were performed with different dilutions of Salmonella Typhimurium or Salmonella Enteritidis cells (10-7, 10-8 or 10-9 CFU/mL) inoculated in chicken meat samples, in order to establish the limits of detection, incubation times (0, 6, 8 and 24 hours of pre-enrichment in PBW 1%) and three DNA extraction protocols (phenol-chloroform, thermal treatment and thermal treatment and Sephaglass). The assay was able to detect until 10-9 CFU/mL of initial dilution of Salmonella cells inoculated in chicken meat, which allows detection of Salmonella within 48 hours, including 24 hours of pre-enrichment and using the phenol-chloroform DNA extraction protocol. As the results are obtained in a shorter time period than that of microbiological culture, this procedure will be useful in the methodology for detection of Salmonella in chicken.

Implementação ESB numa unidade hospitalar. Uso normalizado de mensagens HL7

Atualmente, os sistemas de informação hospitalares têm de possibilitar uma utilização diferenciada pelos diferentes intervenientes, num cenário de constante adaptação e evolução. Para tal, é essencial a interoperabilidade entre os sistemas de informação do hospital e os diversos fornecedores de serviços, assim como dispositivos hospitalares. Apesar da necessidade de suportar uma heterogeneidade entre sistemas ser fundamental, o acesso/troca de informação deve ser feito de uma forma protocolada, segura e transparente. A infraestrutura de informação médica moderna consiste em muitos sistemas heterogéneos, com diversos mecanismos para controlar os dados subjacentes. Informações relativas a um único paciente podem estar dispersas por vários sistemas (ex: transferência de pacientes, readmissão, múltiplos tratamentos, etc.). Torna-se evidente a necessidade aceder a dados do paciente de forma consolidada a partir de diferentes locais. Desta forma, é fundamental utilizar uma arquitetura que promova a interoperabilidade entre sistemas. Para conseguir esta interoperabilidade, podem-se implementar camadas de “middleware” que façam a adaptação das trocas de informação entre os sistemas. Todavia, não resolvemos o problema subjacente, ou seja, a necessidade de utilização de um standard para garantir uma interacção fiável entre cliente/fornecedor. Para tal, é proposto uma solução que passa por um ESB dedicado para a área da saúde, denominada por HSB (Healthcare Service Bus). Entre as normas mais usuais nesta área devem-se salientar o HL7 e DICOM, esta última mais especificamente para dispositivos de imagem hospitalar, sendo a primeira utilizada para gestão e trocas de informação médica entre sistemas. O caso de estudo que serviu de base a esta dissertação é o de um hospital de média dimensão cujo sistema de informação começou por ser uma solução monolítica, de um só fornecedor. Com o passar dos anos, o fornecedor único desagregou-se em vários, independentes e concorrentes, dando lugar a um cenário extremamente preocupante em termos de manutenção e evolução futura do sistema de informação existente. Como resultado do trabalho efetuado, foi proposta uma arquitetura que permite a evolução do sistema atual de forma progressiva para um HSB puro.

Estudo e desenvolvimento de uma solução de monitorização estrutural em túneis baseada na tecnologia de redes de Bragg em fibra ótica

Ao longo dos últimos anos, vários esforços e estudos foram feitos com o objetivo de colocar a fibra ótica no mercado, como um sistema preferencial de monitorização das mais diversas obras de Engenharia. Os sensores baseados na tecnologia em fibra ótica apresentam vantagens reconhecidas pelos mais diversos especialistas, sendo atualmente reconhecida como uma das soluções mais eficazes. Na engenharia Civil, a monitorização das grandes obras tem ganho uma importância crescente. Neste contexto, a monitorização de convergências em túneis visa o controlo da respectiva integridade estrutural ao longo da construção e a exploração da obra. Atualmente a solução de monitorização estrutural de túneis utilizada pela FiberSensing é uma solução desenhada em conjunto com a EPOS e o Cegeo (IST), baseada em sensores de Bragg em Fibra Ótica: o SysTunnel. O objetivo do estudo de uma solução alternativa encontra-se no facto do SysTunnel apresentar algumas debilidades no algoritmo de cálculo, sendo para o seu cálculo necessário a introdução de um parâmetro relacionado com o solo envolvente do túnel, facto que introduz incertezas no cálculo das convergências. O presente relatório tem como finalidade documentar o estágio curricular realizado na FiberSensing, entre 01/02/2014 a 31/07/2014. Este estágio teve como objetivo o desenvolvimento de uma solução alternativa de monitorização estrutural baseada na tecnologia das redes de Bragg para a monitorização das convergências em túneis.

Assessment of PCR in the detection of Leishmania spp in experimentally infected individual phlebotomine sandflies (Diptera: Psychodidae: Phlebotominae)

DNA amplification by the polymerase chain reaction (PCR) was applied in the investigation of the presence of Leishmania (Kinetoplastida: Trypanosomatidae) parasites in single phlebotomine sandflies. Three phlebotomine/parasite pairs were used: Lutzomyia longipalpis/Leishmania chagasi, Lutzomyia migonei/Leishmania amazonensis and Lutzomyia migonei/Leishmania braziliensis, all of them incriminated in the transmission of visceral or cutaneous leishmaniasis. DNA extraction was performed with whole insects, with no need of previous digestive tract dissection or pooling specimens. The presence of either mouse blood in the digestive tract of the sandflies or the digestive tract itself did not interfere in the PCR. Infection by as few as 10 Leishmania sp. per individual were sufficient for DNA amplification with genus-specific primers. Using primers for L. braziliensis and L. mexicana complexes, respectively, it was possible to discriminate between L. braziliensis and L. amazonensis in experimentally infected vectors (L. migonei).

Fecal specimens preparation methods for PCR diagnosis of human taeniosis

Sample preparation and DNA extraction protocols for DNA amplification by PCR, which can be applied in human fecal samples for taeniasis diagnosis, are described. DNA extracted from fecal specimens with phenol/chloroform/isoamilic alcohol and DNAzol® reagent had to be first purified to generate fragments of 170 pb and 600 pb by HDP2-PCR. This purification step was not necessary with the use of QIAmp DNA stool mini kit®. Best DNA extraction results were achieved after eggs disruption with glass beads, either with phenol/chloroform/isoamilic alcohol, DNAzol® reagent or QIAmp DNA stool mini kit®.

Classic and molecular study of Giardia duodenalis in children from a daycare center in the region of Presidente Prudente, São Paulo, Brazil

Epidemiological studies on giardiasis by using molecular techniques such as RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) may give information on factors related to the transmission of Giardia duodenalis. The aim of this work was to assess the epidemiology of G. duodenalis in 101 children attended at a daycare center in Presidente Bernardes, SP, Brazil. After parasitological examinations in feces samples, 15 children presented cysts of G. duodenalis. Their respective parents, brothers and pets, besides the daycare center workers, also had their feces submitted to parasitological analysis. Seven mothers and nine brothers also presented G. duodenalis cysts, while fathers, daycare workers and pets (dogs) did not presented the parasite. Besides the 15 cases with G. duodenalis, other 23 children presented other enteroparasites (Entamoeba coli, Endolimax nana, Enterobius vermicularis, Ascaris lumbricoides and Trichuris trichiura). Samples of G. duodenalis cysts from children and their relatives were submitted to molecular typing by RAPD after genomic DNA extraction and amplification of a fragment of the 18S rDNA region by PCR. After examining 31 isolates of G. duodenalis (children and their respective mothers and brothers), it was concluded that the parasite transmission occurred in children, probably during daily cohabitation at the daycare center, but not at home among their relatives or pets.

Migração de ligações Wi-Fi não seguras para ligações seguras, após autenticação em captive portal

Atualmente a popularidade das comunicações Wi-Fi tem crescido, os utilizadores acedem a partir de vários dispositivos como telemóveis, tablets, computadores portáteis sendo estes utilizados por qualquer pessoa nos mais variados locais. Com esta utilização massiva por parte dos utilizadores surgiram os hotspots Wi-Fi públicos (em aeroportos, estações de comboios, etc) que permitem a ligação de clientes recorrendo a ligações wireless não seguras (ou abertas). Tais hotspots utilizam, após a ligação de um cliente, um captive portal que captura o tráfego IP com origem no cliente e o redireciona para uma página Web de entrada. A página Web permite ao cliente comprar tempo de acesso à Internet ou, caso já seja um cliente da empresa, autenticar-se para ter acesso à Internet. A necessidade da ligação aberta assenta na possibilidade do operador do hotspot vender acesso à Internet a utilizadores não conhecidos (caso contrário teria de fornecerlhes uma senha previamente). No entanto, fornecer um acesso à Internet wireless sem qualquer tipo de segurança ao nível físico permite que qualquer outro utilizador consiga obter informação sobre a navegação Web dos utilizadores ligados (ex.: escuta de pedidos DNS). Nesta tese pretende-se apresentar uma solução que estenda um dos atuais mecanismos de autenticação Wi-Fi (WPA, WPA2) para que permita, após autenticação em captive portal, a migração de uma ligação aberta para uma ligação segura.

Transístores de óxidos semicondutores com óxido de alumínio produzido por solução

A integração da camada dieléctrica de AlOx em TFTs com ZTO, também produzido por solução, originou uma publicação científica que foi recentemente aceite numa revista da especialidade: R. Branquinho, D. Salgueiro, A. Santa, A. Kiazadeh, P. Barquinha, L. Pereira, R. Martins and E. Fortunato, Towards environmental friendly solution-based ZTO/AlOx TFTs, Semiconductor Science and Technology, in press.

Evaluation of pathogenic fungi occurrence in traumatogenic structures of freshwater fish

INTRODUCTION: Fungal infections in human skin, such as sporotrichosis, can occur after fish induced trauma. This work aimed to identify fungi in freshwater fish that are pathogenic to humans. METHODS: Extraction of dental arches from Serrassalmus maculatus (piranha) and Hoplias malabaricus (wolf fish), stings from Pimelodus maculatus (mandis catfish), dorsal fin rays from Plagioscion spp. (corvina) and Tilapia spp., for culture in Mycosel agar. Some cultures were submitted to DNA extraction for molecular identification by sequencing ITS-5.8S rDNA. RESULTS: Cultures identified most yeast as Candida spp., while sequencing also permitted the identification of Phoma spp. and Yarrowia lipolytica. CONCLUSIONS: While the search for S. schenckii was negative, the presence of fungus of the genera Phoma and Candida revealed the pathogenic potential of this infection route. The genus Phoma is involved in certain forms of phaeohyphomycosis, a subcutaneous mycosis caused by dematiaceous fungi, with reports of infections in human organs and systems. Traumatizing structures of some freshwater fish present pathogenic fungi and this may be an important infection route that must be considered in some regions of Brazil, since there are a large number of a fisherman in constant contact with traumatogenic fish.

Polymerase chain reaction and nested-PCR approaches for detecting Cryptosporidium in water catchments of water treatment plants in Curitiba, State of Paraná, Brazil

Introduction Cryptosporidium is an important protozoan cause of waterborne disease worldwide of concern to public health authorities. To prevent outbreaks of cryptosporidiosis, the monitoring of this parasite in drinking water is necessary. In the present work, the polymerase chain reaction (PCR) and nested-PCR techniques were used to detect Cryptosporidium in raw water from catchment points of four water treatment plants (WTP) in Curitiba, Paraná, Brazil. Methods First, DNA extraction techniques were tested in samples containing decreasing amount of oocysts in reagent water, and PCR and nested-PCR with specific primers for 18SSU rDNA of Cryptosporidium were conducted to determine their sensitivity. In reagent water, a commercial extraction kit provided the best analytical sensitivity, and PCR and nested-PCR allowed the detection of five and two oocysts, respectively, with the primers XIAOR/XIAOF and XIAO1F/XIAO2R. Results In the spiking experiments, only the PCR with the primers AWA995F/AWA1206R was successful at detecting concentrations of 0.1 oocysts/mL. Two catchments samples of raw water and/or water sludge from four WTPs were contaminated with Cryptosporidium. Conclusions The application of the techniques to monitor Cryptosporidium in water and detect contamination in water catchments of WTPs in Curitiba are discussed in the present work.

Valorization of olive pomace through combination of biocatalysis with supercritical fluid technology

A supercritical carbon dioxide (scCO2) based oil extraction method was implemented on olive pomace (alperujo), and an oil yield of 25,5 +/- 0,8% (goil/gdry residue) was obtained. By Soxhlet extraction with hexane, an oil extraction yield of 28,9 +/- 0,8 % was obtained, which corresponds to an efficiency of 88,4 +/- 4,8 % for the supercritical method. The scCO2 extraction process was optimized for operating conditions of 50 MPa and 348,15 K, for which an oil loading of 32,60 g oil/kg CO2 was calculated. As a proof of concept, olive pomace was used as feedstock for biodiesel production, in a process combining the use of lipase as a catalyst with the use of scCO2 as a solvent, and integrating the steps of oil extraction, oil to biodiesel transesterification and subsequent separation of the latter. In the conducted experiments, FAME (fatty acid methyl ester) purities of 90% were obtained, with the following operating parameters: an oil:methanol molar ratio of 1:24; a residence time of 7,33 and 11,6 mins; a pressure of 40 MPa; a temperature of 313,15 K; and Lipozyme (Mucor miehei; Sigma-Aldritch) as an enzyme. However, oscillations of FAME purity were registered throughout the experiments, which could possibly be due to methanol accumulation in the enzymatic reactor. Finally, the phenolic content of olive pomace, and the effect of the drying process – oven or freeze-drying – and the extraction methods – hydro-alcoholic method and supercritical method – on the phenolic content were analysed. It was verified that the oven-drying process on the olive pomace preserved 90,1 +/- 3,6 % of the total phenolic content. About 62,3 +/- 5,53% of the oven-dried pomace phenolic content was extracted using scCO2 at 60 MPa and 323,15 K. Seven individual phenols – hydroxytyrosol, tyrosol, oleuropein, quercetin, caffeic acid, ferulic acid and p-coumaric acid – were identified and quantified by HPLC.

Predictive control of a current-source inverter for solar photovoltaic grid interface

Solar photovoltaic systems are an increasing option for electricity production, since they produce electrical energy from a clean renewable energy resource, and over the years, as a result of the research, their efficiency has been increasing. For the interface between the dc photovoltaic solar array and the ac electrical grid is necessary the use of an inverter (dc-ac converter), which should be optimized to extract the maximum power from the photovoltaic solar array. In this paper is presented a solution based on a current-source inverter (CSI) using continuous control set model predictive control (CCS-MPC). All the power circuits and respective control systems are described in detail along the paper and were tested and validated performing computer simulations. The paper shows the simulation results and are drawn several conclusions.

Behaviour of a dovetail joint solved using force analyses

Dovetail joints are one of the most cornrnonly used joints during Gothic and Baroque periods. Despite being coristructed in the sarne way during the ages, there is no analyticai solution available to help its analysis and design so required in reconstruction works of existing timber structures. An analytical solution based on the principie of virtual works under different types of loading is presented in this paper as weli as differences in bearing capacity of the joint for chosen types of loading, when different wood species are used. The accuracy of the presented solution is confirrned by data obtained from experimental tests of scaied modeis of a dovetail joint.

Sustentabilidade no Design: uma abordagem aos resíduos limpos das indústrias do calçado

Dissertação de mestrado em Design e Marketing

Desenvolvimento de materiais para isolamento térmico com base em biomimética

Dissertação de mestrado Internacional em Sustentabilidade do Ambiente Construído