Realització d'una aplicació de gestió de xarxes per a la xarxa sensefils de Manresa GuifiBages

En els últims anys, la popularitat de les xarxes sensefils (WIFI) ha anat en augment a un ritme incansable. Des de petits aparells instal•lats a les cases amb aquesta tecnologia com a complement dels routers d’accés a internet instal•lats per diverses companyies, fins a empreses fent petits desplegaments per comunicar entre si les seves seus. Al marge d’aquests escenaris, s’ha produït un fenomen social d’acolliment d’aquesta tecnologia a nivell mundial, en forma del que coneixem com a xarxes ciutadanes / xarxes lliures / xarxes socials. Aquestes xarxes han estat possibles gràcies a diverses raons que han fet assequible a col•lectius de persones, tant els aparells com els coneixements necessaris per dur a terme aquestes actuacions. Dintre d’aquest marc, al Bages, concretament a Manresa, es va començar a desenvolupar una d’aquestes xarxes. Les decisions d’aquesta xarxa d’utilitzar exclusivament hardware i software de codi obert, i determinats aspectes tècnics de la xarxa, ha comportat que la xarxa fos incompatible amb algunes de les aplicacions de gestió de xarxes existents desenvolupades per comunicats com gufi.net a Osona. És per això que per garantir el creixement, la supervivència i l’èxit d’aquesta xarxa en el temps, és indispensable poder comptar amb una eina de gestió que s’adigui a les característiques de GuifiBages. L’objectiu principal d’aquest treball és dotar a la xarxa GuifiBages de les eines necessàries per poder gestionar tota la informació referent a l’estructura de la seva xarxa, tant per facilitar l’accés a nous usuaris sense molts coneixements tècnics, com per facilitar nous desplegaments / reparacions / modificacions de la xarxa d’una manera automàtica. Com a conclusió d’aquest treball, podem afirmar que les avantatges que proporciones tecnologies com Plone, faciliten enormement la creació d’aplicacions de gestió de continguts en entorn web. Alhora, l’ús de noves tècniques de programació com AJAX o recursos com els que ofereix Google, permeten desenvolupar aplicacions web que no tenen res a envejar al software tradicional. D’altra banda, voldríem destacar l’ús exclusiu de programari lliure tant en els paquets de software necessaris pel desenvolupament, com en el sistema operatiu i programes dels ordinadors on s’ha dut a terme, demostrant que es poden desenvolupar sistemes de qualitat sense dependre de programari privatiu.

Correlation of photodynamic activity and fluorescence signaling for free and pegylated mTHPC in mesothelioma xenografts

Rapport de synthèse : Introduction : Les premières applications cliniques de la thérapie photodynamique (PDT) remontent à plus d'une vingtaine d'années. Basée sur l'activation d'un médicament photosensibilisateur par une source lumineuse à une longueur d'onde spécifique, la PDT permet la destruction sélective de tissus contenant le produit actif. Ce procédé a été expérimenté dans le traitement de cancers en raison de la propriété du médicament à se concentrer dans les tumeurs tout en épargnant les structures normales contigües. Cependant, les photosensibilisateurs utilisés jusqu'à ce jour n'ont pas démontré une accumulation exclusive dans les tissus néoplasiques mais également dans les structures saines avoisinantes induisant une destruction tissulaire non sélective. Notamment, d'importantes complications ont été rapportées suite à l'utilisation de la PDT dans la cavité thoracique après la résection de mésothéliomes pleuraux, et ce malgré l'arrivée de photosensibilisateurs de secondes générations. De ce fait, plusieurs études expérimentales ont été menées afin d'améliorer la sélectivité tumorale du médicament en modulant différentes conditions de traitement et en modifiant la structure du photosensibilisateur par pégylation. Le but de cette étude expérimentale est de corréler l'activité photodynamique, la phototoxicité et la distribution du m-tetrahydroxyphenylchlorin (mTHPC) et de sa forme pégylée, le PEG-mTHPC. De ce fait, un modèle de souris nues porteur de xenogreffes de mésothéliome humain a été utilisé pour étudier les deux photosensibilisateurs. De récents travaux avec ce modèle ont montré que la mesure de la concentration tissulaire du mTHPC et de sa forme pégylée par HPLC restait limitée afin de prédire l'activité photodynamique. De ce fait, nous pensons que les mesures de fluorescence peuvent être plus appropriée. Le signalement fluorescent est mesuré dans le tissu tumoral et dans une région contrôle de la peau afin d'étudier la distribution et l'intensité des deux sensibilisateurs. Méthode : Des souris nues (cd1nu/nu mice) de 8 semaines ont été transplantées avec des fragments de mésothéliome malin humain (H-meso-1). Ces derniers ont été obtenus à partir d'une suspension cellulaire. Au moins trois passages ont été faits dans les animaux, avant que le traitement soit initié. Deux groupes de 6 souris chacun ont été utilisés pour l'injection intraveineuse par la queue du mTHPC à 0.15 mg/kg et du PEG-mTHPC à dose équimolaire. Après trois jour, la tumeur ainsi qu'une région contrôle de la cuisse ont été illuminées sur une surface d'un diamètre de 1.2 cm et pendant 133 secondes avec un laser à une longueur d'onde à 652 nm (fluence 20 J/cm2, fluence rate 150 mW/cm2). Les animaux ont été ensuite sacrifiés 72 heures après l'illumination. L'étendue de la nécrose tumorale et de la région contrôle ont été déterminées en aveugle par histomorphometrie par un pathologue (HJA). La fluorescence microscopique a été évaluée dans 12 souris à une concentration de 0.15 et 0.5 mg/kg pour le mTHPC, et à doses équimolaires pour le PEG-mTHPC. Trois animaux ont été injectés avec le mTHPC à 0.15 mg/kg, 3 autres à dose équimolaire avec la forme pégylée et 6 souris avec le mTHPC à 0.5 mg/kg et à dose équimolaire. Les animaux ont été sacrifiés 72 heures après injection. L'intensité fluorescente des sensibilisateurs a été mesurée dans la tumeur et la région contrôle. Suite à cela, les coupes ont été fixées par H&E et superposées aux images fluorescentes, afin de localiser la distribution des deux photosensibilisateurs dans les différents compartiments tissulaires. Six souris transplantées n'ayant ni été injectées avec les sensibilisateurs ou illuminées ont servi de groupe contrôle. Résultats : Trois jours après l'illumination, la PDT provoque une nécrose tumorale de 10 ±5.4 mm2 pour le mTHPC à 0.15mg/kg et 5.2 ± 4.6 mm2 pour sa forme pégylée à dose équimolaire. Cependant, la nécrose tumorale induite par les deux formulations du sensibilisateur est significativement plus élevée que dans le groupe contrôle (0.33 ± 0.58 mm2) (P=0.02). Toutefois, le mTHPC pégylé provoque une photosensibilité cutanée moins importante que la forme non-pegylée. Dans les deux groupes, aucune nécrose n'a été observée dans la cuisse des animaux. Trois jours après l'injection du mTHPC et de la forme pégylée à 0.15 mg/kg, aucune activité fluorescente n'a été détectée. Cependant, à 0.5 mg/kg, la fluorescence microscopique révèle une distribution hétérogène des deux photo-sensibilisateurs dans le tissu tumoral avec une accumulation prédominante dans les régions peri-vasculaires. Les deux médicaments montrent une distribution intracellulaire homogène dans le cytoplasme et une absence de signalement dans le nucleus. La mesure de l'intensité fluorescente du mTHPC à 0.5mg/kg ne montre pas de différence significative entre le tissu tumoral et la région contrôle. Par contre, le PEG-mTHPC montre une intensité fluorescente supérieure dans le tissu tumoral que dans la peau (ratio tumeur- peau 0.94 pour le mTHPC et 1.73 pour le PEG-mTHPC). Conclusion : L'utilisation du mTHPC à 0.15mg/kg induit une nécrose tumorale similaire à celle du PEG-mTHPC à dose équimolaire. Cependant, ce dernier démontre une photo-toxicité plus atténuée de la peau. La fluorescence microscopique permet de localiser les deux sensibilisateurs dans les différents compartiments tissulaires à partir d'une dose de 0.5 mg/kg. Le PEG-mTHPC induit un signalement fluorescent supérieur dans le tissu tumoral par rapport à la peau. La mesure du signalement fluorescent a le potentiel de prédire l'activité photodynamique du mTHPC et de sa forme pégylée dans les xénogreffes de mésothéliome humain dans un modèle de souris nue.

ConnectomeViewer - Multi-Modal Multi-Level Network Visualization and Analysis.

Introduction: The field of Connectomic research is growing rapidly, resulting from methodological advances in structural neuroimaging on many spatial scales. Especially progress in Diffusion MRI data acquisition and processing made available macroscopic structural connectivity maps in vivo through Connectome Mapping Pipelines (Hagmann et al, 2008) into so-called Connectomes (Hagmann 2005, Sporns et al, 2005). They exhibit both spatial and topological information that constrain functional imaging studies and are relevant in their interpretation. The need for a special-purpose software tool for both clinical researchers and neuroscientists to support investigations of such connectome data has grown. Methods: We developed the ConnectomeViewer, a powerful, extensible software tool for visualization and analysis in connectomic research. It uses the novel defined container-like Connectome File Format, specifying networks (GraphML), surfaces (Gifti), volumes (Nifti), track data (TrackVis) and metadata. Usage of Python as programming language allows it to by cross-platform and have access to a multitude of scientific libraries. Results: Using a flexible plugin architecture, it is possible to enhance functionality for specific purposes easily. Following features are already implemented: * Ready usage of libraries, e.g. for complex network analysis (NetworkX) and data plotting (Matplotlib). More brain connectivity measures will be implemented in a future release (Rubinov et al, 2009). * 3D View of networks with node positioning based on corresponding ROI surface patch. Other layouts possible. * Picking functionality to select nodes, select edges, get more node information (ConnectomeWiki), toggle surface representations * Interactive thresholding and modality selection of edge properties using filters * Arbitrary metadata can be stored for networks, thereby allowing e.g. group-based analysis or meta-analysis. * Python Shell for scripting. Application data is exposed and can be modified or used for further post-processing. * Visualization pipelines using filters and modules can be composed with Mayavi (Ramachandran et al, 2008). * Interface to TrackVis to visualize track data. Selected nodes are converted to ROIs for fiber filtering The Connectome Mapping Pipeline (Hagmann et al, 2008) processed 20 healthy subjects into an average Connectome dataset. The Figures show the ConnectomeViewer user interface using this dataset. Connections are shown that occur in all 20 subjects. The dataset is freely available from the homepage (connectomeviewer.org). Conclusions: The ConnectomeViewer is a cross-platform, open-source software tool that provides extensive visualization and analysis capabilities for connectomic research. It has a modular architecture, integrates relevant datatypes and is completely scriptable. Visit www.connectomics.org to get involved as user or developer.

GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data

Gene set enrichment (GSE) analysis is a popular framework for condensing information from gene expression profiles into a pathway or signature summary. The strengths of this approach over single gene analysis include noise and dimension reduction, as well as greater biological interpretability. As molecular profiling experiments move beyond simple case-control studies, robust and flexible GSE methodologies are needed that can model pathway activity within highly heterogeneous data sets. To address this challenge, we introduce Gene Set Variation Analysis (GSVA), a GSE method that estimates variation of pathway activity over a sample population in an unsupervised manner. We demonstrate the robustness of GSVA in a comparison with current state of the art sample-wise enrichment methods. Further, we provide examples of its utility in differential pathway activity and survival analysis. Lastly, we show how GSVA works analogously with data from both microarray and RNA-seq experiments. GSVA provides increased power to detect subtle pathway activity changes over a sample population in comparison to corresponding methods. While GSE methods are generally regarded as end points of a bioinformatic analysis, GSVA constitutes a starting point to build pathway-centric models of biology. Moreover, GSVA contributes to the current need of GSE methods for RNA-seq data. GSVA is an open source software package for R which forms part of the Bioconductor project and can be downloaded at http://www.bioconductor.org.

Prototipo de RINA sobre Ethernet

Este PFM se enmarca dentro del trabajo a realizar por el proyecto IRATI. IRATI es un proyecto STReP (Specific Targeted Research Project) financiado por la Unión Europea dentro del programa FP7 (Seventh Framework Programme for Research and Technological Development). El objetivo general de IRATI es conseguir una mayor compresión y exploración de RINA. El trabajo que se reportará en este PFM es (aproximadamente) la primera fase del diseño y desarrollo de un prototipo de RINA sobre Ethernet en el seno del Kernel (Linux), basándose y generando software libre.

Cooperació i teoria de jocs, el programari lliure o el #15m, dos exemples per l'universitat

Xerrada de cloenda de la Setmana internacional d'accés obert 2011 a la UOC, a càrrec de l'advocat Josep Jover. Per què les estratègies altruistes guanyen les egoistes en el programari lliure i en el #15m? El moviment #15m, igual que el programari, a diferència dels béns materials, no es pot posseir, ja que en pot gaudir (formant-ne part) un nombre indeterminat de persones sense que per això hagi de privar ningú de tenir-lo al seu torn. I això porta a girar com un mitjó la manera com manegen la informació les universitats, i quina és la missió de la universitat en la nova societat. En el futur immediat, valorarem les universitats no per la informació que guarden, que fora sempre serà millor i més extensa, sinó per la capacitat de crear masses crítiques, sia de recerca de coneixement, de capacitació humana, d'enllaç entre iguals... Les universitats hauran d'implantar el model o quedaran relegades.

Shallow-transfer rule-based machine translation for Czech to Polish

This article describes the developmentof an Open Source shallow-transfer machine translation system from Czech to Polish in theApertium platform. It gives details ofthe methods and resources used in contructingthe system. Although the resulting system has quite a high error rate, it is still competitive with other systems.

Toward Synchronous Extensible Dependency Grammar

Extensible Dependency Grammar (XDG; Debusmann, 2007) is a flexible, modular dependency grammarframework in which sentence analyses consist of multigraphs and processing takes the form of constraint satisfaction. This paper shows how XDGlends itself to grammar-driven machine translation and introduces the machinery necessary for synchronous XDG. Since the approach relies on a shared semantics, it resembles interlingua MT.It differs in that there are no separateanalysis and generation phases. Rather, translation consists of the simultaneousanalysis and generation of a single source-target sentence.

Automatic acquisition of Named Entities for Rule-Based Machine Translation

This paper proposes to enrich RBMTdictionaries with Named Entities(NEs) automatically acquired fromWikipedia. The method is appliedto the Apertium English-Spanishsystem and its performance comparedto that of Apertium with and withouthandtagged NEs. The system withautomatic NEs outperforms the onewithout NEs, while results vary whencompared to a system with handtaggedNEs (results are comparable forSpanish to English but slightly worstfor English to Spanish). Apart fromthat, adding automatic NEs contributesto decreasing the amount of unknownterms by more than 10%.

Maca - a configurable tool to integrate Polish morphological data

There are a number of morphological analysers for Polish. Most of these, however, are non-free resources. What is more, different analysers employ different tagsets and tokenisation strategies. This situation calls for a simpleand universal framework to join different sources of morphological information, including the existing resources as well as user-provided dictionaries. We present such a configurable framework that allows to write simple configuration files that define tokenisation strategies and the behaviour of morphologicalanalysers, including simple tagset conversion.

Bootstrapping a statistical speech translator from a rule-based one

We describe a series of experiments in which we start with English to French and English to Japanese versions of an Open Source rule-based speech translation system for a medical domain, and bootstrap correspondign statistical systems. Comparative evaluation reveals that the rule-based systems are still significantly better than the statistical ones, despite the fact that considerable effort has been invested in tuning both the recognition and translation components; also, a hybrid system only marginally improved recall at the cost of a los in precision. The result suggests that rule-based architectures may still be preferable to statistical ones for safety-critical speech translation tasks.

An Italian to Catalan RBMT system reusing data from existing language pairs

This paper presents an Italian to CatalanRBMT system automatically built bycombining the linguistic data of theexisting pairs Spanish-Catalan andSpanish-Italian. A lightweight manualpostprocessing is carried out in order tofix inconsistencies in the automaticallyderived dictionaries and to add very frequentwords that are missing accordingto a corpus analysis. The system isevaluated on the KDE4 corpus and outperformsGoogle Translate by approximatelyten absolute points in terms ofboth TER and GTM.

Tilastotietojen graafinen esittäminen WWW-sivulla

World Wide Webin suosiolla on ollut merkittävä vaikutus yhteiskuntaan. WWW-sivut ovat helposti saatavilla ja sisällön tekeminen WWW:hen on helppoa. WWW-ympäristölle myös kehitetään paljon sovelluksia. WWW-sovellusten kehittämiselle ominaista on valinnanvapaus ja nopeuden tavoittelu. WWW-sovellusten ohjelmoinnin mahdollistavat useat toisilleen vaihtoehtoiset tekniikat. Ne eroavat toisistaan suoritusnopeudessa, ominaisuuksien määrässä ja joustavuudessa. Ohjelmoinnissa käytetään apuna useita erilaisia menetelmiä. Apumenetelmiä ovat muun muassa työkalut ja valmiiden komponenttien hyödyntäminen. Valmiit komponentit voivat olla joko ilmaisia, avointa lähdekoodia tai maksullisia. Tämän kandidaatintyön aikana valmistui sovellus, joka piirtää tilastotiedoista kaaviokuvia ja näyttää niitä dynaamisella WWW-sivulla. Sovellus pyrittiin toteuttamaan älykkäästi apumenetelmiä sopivasti hyödyntäen. Sovelluksen kehittämisessä käytettiin apuna sekä ohjelmointityökaluja että valmiita komponentteja. Kaaviokuvien tyypin ja ulkoasun haluttiin olevan käyttäjien muokattavissa. Toisaalta sovelluksen haluttiin olevan helposti laajennettavissa. Vaatimuksiin vastattiin tekemällä kaaviokuvien piirrosta osittain tietokannalla ohjelmoitava.

Pelin kehitys win32-alustalla käyttäen Open Source -työkaluja

Peliteollisuus on nykyään erittäin suuri ohjelmistokehityksen ala, joten on ajankohtaista tutustua ilmaisten työkalujen ja kirjastojen tarjoamiin mahdollisuuksiin. Visuaalisen viihteen tuottamiseen tarvitaan yleensä C++-ohjelmointitaidon lisäksi mallinnustaitoa ja kuvankäsittelytaitoa. Tämän lisäksi äänten tuottaminen on erittäin suuri osa toimivan kokonaisuuden saavuttamiseksi. Tässä työssä käsitellään kaikki osa-alueet ja tutkitaan Open Source -työkalujen soveltuvuutta pelin kehitykseen win32-alustalla. Lopputuloksena syntyy täysin pelattava, tosin yksinkertainen peli CrazyBunny. Työn alussa esitellään kaikki käytettävät työkalut jotka kuuluvat tarvittavaan kehitysympäristöön. Tähän esittelyyn kuuluvat myös olennaisena osana työkalujen asennuksen läpikäynti sekä käyttöönotto. Työn perustana on käytetty OGRE-ohjelmistokehystä, joka ei ole varsinainen pelimoottori. Puuttuvia ominaisuuksia on lisätty käyttämällä CEGUI-kirjastoa käyttöliittymien tekoon sekä FMOD-kirjastoa äänijärjestelmän toteutukseen. Muita käytet-tyjä työkaluja ovat Code::Blocks-kehitysympäristö, Blender-mallinnusohjelma ja Audacity-äänieditori. Pelisovelluksen toteutuksen pohjana on käytetty State-sunnittelumalliin perustuvaa järjes-telmää pelitiloja hallintaan. Tässä mallissa pelin päävalikko, pelitila ja pelin loppu on ero-tettu omiksi tilaluokikseen, jolloin sovelluksesta saadaan helpommin hallittava. Päävali-kossa tärkein osa on itse valikoiden toteutus CEGUI-kirjaston avulla. Pelitilan toteutukses-sa tutustutaan OGRE:n visuaalisiin ominaisuuksiin kuten ympäristöön, valoihin, varjoihin, kuva-alustoihin ja visuaalisiin tehosteisiin. Tämän lisäksi peliin on toteutettu äänet suosi-tulla FMOD-kirjastolla, jota useat isot alan yritykset käyttävät kaupallisissa tuotteissaan.