Widespread occurrence of the non-indigenous ascidian Corella eumyota Traustedt, 1882 on the shores of Plymouth Sound and Estuaries Special Area of Conservation, UK

The ascidian Corella eumyota, originally from the Southern Hemisphere, was first reported in the Northern Hemisphere in Brittany, France, in 2002. Since then, it has been recorded in Spain, Ireland, the south coast of England and South Wales. Most European records to date have been from artificial habitats such as marinas. In Plymouth, England, C. eumyota was first found in two marinas in 2005 but individuals were soon also detected in small numbers on nearby shores. Shore surveys in March and August of 2008 indicated that C. eumyota has established reproductive populations on natural and semi-natural shores of Plymouth Sound and the adjacent coastline, largely restricted to relatively sheltered sites in the lower reaches of estuaries. At these sites it is generally the most abundant non-colonial ascidian. The species clearly has the capacity to become a significant component of the biota of sheltered shores in the Northern Hemisphere.

Predominance of genetic monogamy by females in a hammerhead shark, Sphyrna tiburo: Implications for shark conservation.

There is growing interest in the mating systems of sharks and their relatives (Class Chondrichthyes) because these ancient fishes occupy a key position in vertebrate phylogeny and are increasingly in need of conservation due to widespread overexploitation. Based on precious few genetic and field observational studies, current speculation is that polyandrous mating strategies and multiple paternity may be common in sharks as they are in most other vertebrates. Here, we test this hypothesis by examining the genetic mating system of the bonnethead shark, Sphyrna tiburo, using microsatellite DNA profiling of 22 litters (22 mothers, 188 embryos genotyped at four polymorphic loci) obtained from multiple locations along the west coast of Florida. Contrary to expectations based on the ability of female S. tiburo to store sperm, the social nature of this species and the 100% multiple paternity observed in two other coastal shark species, over 81% of sampled bonnethead females produced litters sired by a single male (i.e. genetic monogamy). When multiple paternity occurred in S. tiburo, there was an indication of increased incidence in larger mothers with bigger litters. Our data suggest that sharks may exhibit complex genetic mating systems with a high degree of interspecific variability, and as a result some species may be more susceptible to loss of genetic variation in the face of escalating fishing pressure. Based on these findings, we suggest that knowledge of elasmobranch mating systems should be an important component of conservation and management programmes for these heavily exploited species.

Climate Change Adaptation for Conservation in Madagascar

Madagascar's imperilled biota are now experiencing the effects of a new threat—climate change (Raxworthy et al. 2008). With more than 90% endemism among plants, mammals, reptiles and amphibians, the stakes are high. The pristine landscapes that allowed this exceptional biodiversity to survive past climate changes are largely gone. Deforestation has claimed approximately 90% of the island's natural forest (Ingram & Dawson 2005; Harper et al. 2007) and what remains is highly fragmented, providing a poor template for large-scale species range shifts. The impacts of current and future climate change may therefore be much different than past impacts, with profound implications for biodiversity.
We review evidence of past response to climate change, models of future change and projected biological response, developing insights to formulate adaptation actions for reducing extinction in Madagascar's biota. We then explore the cost of implementing actions and examine new income opportunities developing through efforts to mitigate climate change.

The biology and ecology of the ocean sunfish Mola mola: a review of current knowledge and future research perspectives

Relatively little is known about the biology and ecology of the world's largest (heaviest) bony fish, the ocean sunfish Mola mola, despite its worldwide occurrence in temperate and tropical seas. Studies are now emerging that require many common perceptions about sunfish behaviour and ecology to be re-examined. Indeed, the long-held view that ocean sunfish are an inactive, passively drifting species seems to be entirely misplaced. Technological advances in marine telemetry are revealing distinct behavioural patterns and protracted seasonal movements. Extensive forays by ocean sunfish into the deep ocean have been documented and broad-scale surveys, together with molecular and laboratory based techniques, are addressing the connectivity and trophic role of these animals. These emerging molecular and movement studies suggest that local distinct populations may be prone to depletion through bycatch in commercial fisheries. Rising interest in ocean sunfish, highlighted by the increase in recent publications, warrants a thorough review of the biology and ecology of this species. Here we review the taxonomy, morphology, geography, diet, locomotion, vision, movements, foraging ecology, reproduction and species interactions of M. mola. We present a summary of current conservation issues and suggest methods for addressing fundamental gaps in our knowledge.

Biology and ecology of the white prawn Palaemon longirostris H. Milne Edwards, 1837 (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) in the Mira River, Portugal

Tese de doutoramento, Biologia (Ecografia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Fungal communities in archives: assessment strategies and impact on paper conservation and human health

The main results presented in this PhD Dissertation have been published in interna-tional journals included in the Science Citation Index (SCI)

Dynamique de la biodiversité dans la Serra do Itajaí, Brésil : une approche bioacoustique de la conservation

Le suivi des populations animales et végétales nous a amené à constater une perte importante de la diversité biologique. Les objectifs de la Convention sur la diversité biologique à atteindre pour 2010 sous-tendent la poursuite détaillée de ce suivi à l’échelle mondiale (CBD 2000). Cependant, il est difficile d’avoir une perception d’ensemble de la biodiversité d’un territoire, car les écosystèmes sont des entités dynamiques et évolutives, dans l’espace et dans le temps. Le choix d’un indicateur relevant de l’ensemble des ces caractéristiques devient donc primordial, bien qu’il s’agisse d’une tâche laborieuse. Ce projet propose d’utiliser la bioacoustique comme indicateur environnemental pour faire le suivi des espèces animales en milieu tropical. Afin de faire un suivi à une échelle régionale de la biodiversité, et ce, dans l’un des biomes les plus menacés de la planète, soit celui de la Mata Atlântica brésilienne, ce projet de recherche a comme objectif général de démontrer qu’il est possible d’associer la biophonie (événements sonores), à des événements biologiques (la richesse spécifique animale) en quantifiant des événements sonores (à l’aide des chants produits par les oiseaux, les insectes chanteurs de même que par les anoures) et en tentant de les associer aux fluctuations de la biodiversité. En plus de répondre à cet objectif général, trois objectifs spécifiques ont été définis : 1) comparer la biophonie et l’anthropophonie de milieux soumis à différents niveaux d’anthropisation ou de conservation afin d’évaluer l’impact anthropique sur le milieu, 2) évaluer la variabilité spatiale de la biodiversité, de même que 3) sa variabilité temporelle. Les résultats ont démontré que la biophonie est représentative de la biodiversité d’un milieu, et ce, même dans des conditions de biodiversité maximale puisqu’il existe une très forte relation entre les deux variables. De plus, les résultats révèlent une différence significative dans le ratio anthropophonie/biophonie de milieux soumis à différents niveaux de protection du territoire. La différenciation d’indices de puissance relative (dB/kHz) nous indique également l’importance de la variabilité spatiale et temporelle de la biodiversité, et par conséquent, l’importance de faire le suivi des espèces dans divers milieux et à diverses périodes afin d’obtenir une vision adéquate de la biodiversité régionale.

La conservation de la biodiversité dans les aires protégées en zones périurbaines : dynamique des communautés végétales au parc national du Mont-Saint-Bruno entre 1977 et 2013

Ce mémoire visait à déterminer si un petit parc périurbain, en l’occurrence le Parc national du Mont-Saint-Bruno, est parvenu à maintenir l’intégrité de sa flore au cours des trente dernières années en dépit de pressions humaines croissantes et de perturbations naturelles passées, en plus d’identifier les principaux changements floristiques survenus au cours de cette période et les facteurs responsables. Pour répondre à ces objectifs, une étude historique a été réalisée, en comparant un inventaire floristique ancien (1977) à un inventaire récent (2013). Mes résultats montrent d’abord une forte croissance de la diversité alpha indigène au cours des 35 dernières années, accompagnée d’un déclin significatif de la diversité bêta (30%). Malgré cette homogénéisation taxonomique, la diversité fonctionnelle de la flore forestière s’est accrue, la rendant probablement plus résiliente aux événements perturbateurs. D’autre part, mes analyses ont révélé la progression de traits fonctionnels souvent associés à des habitats forestiers intensément broutés, révélant une certaine influence du cerf de Virginie sur la composition et la structure de la flore forestière. Enfin, mes résultats ont montré que les herbiers botaniques se révèlent être une alternative fiable aux méthodes traditionnelles pour documenter et évaluer l’impact des grands herbivores sur la morphologie des plantes broutées. Au final, cette étude a montré que les petites aires protégées périurbaines peuvent jouer un rôle majeur dans la préservation de la diversité floristique d’habitats forestiers d’intérêt, particulièrement lorsque leur statut de protection permet d’encadrer de manière stricte les activités humaines.

Diversité et structure du zooplancton : importance pour la conservation de la biodiversité aquatique en zone urbaine

L'écologie urbaine est un nouveau champ de recherche qui cherche à comprendre les structures et les patrons des communautés et des écosystèmes situés dans des paysages urbains. Les petits plans d’eau sont connus comme des écosystèmes aquatiques qui peuvent contenir une biodiversité considérable pour plusieurs groupes taxonomiques (oiseaux, amphibiens, macroinvertébrés), ce qui en fait des écosystèmes intéressants pour les études de conservation. Cependant, la biodiversité du zooplancton, un élément central des réseaux trophiques aquatiques, n’est pas entièrement connue pour les plans d’eaux urbains et devrait être mieux décrite et comprise. Cette étude a évalué les patrons de biodiversité des communautés zooplanctoniques dans des plans d’eau urbains sur l’Ile de Montréal et leurs sources de variation. Des suggestions pour l’évaluation et la conservation de la biodiversité sont aussi discutées. La biodiversité zooplanctonique des plans d’eaux urbains s’est avérée être assez élevée, avec les cladocères et les rotifères montrant les contributions à la diversité gamma et bêta les plus élevées. Sur l’ensemble des plans d’eau, il y avait une corrélation négative entre les contributions à la bêta diversité des cladocères et des rotifères. Au niveau de chaque plan d'eau, la zone littorale colonisée par des macrophytes s'est avérée être un habitat important pour la biodiversité zooplactonique, contribuant considérablement à la richesse en taxons, souvent avec une différente composition en espèces. Les communautés zooplanctoniques répondaient aux facteurs ascendants et descendants, mais aussi aux pratiques d’entretien, car le fait de vider les plans d’eau en hiver affecte la composition des communautés zooplanctoniques. Les communautés de cladocères dans ces plans d’eau possédaient des quantités variables de diversité phylogénétique, ce qui permet de les classer afin de prioriser les sites à préserver par rapport à la diversité phylogénétique. Le choix des sites à préserver afin de maximiser la diversité phylogénétique devrait être correctement établi, afin d’eviter de faire des choix sous-optimaux. Cependant, pour des taxons tels que les cladocères, pour lesquels les relations phylogénétiques demeurent difficiles à établir, placer une confiance absolue dans un seul arbre est une procédure dangereuse. L’incorporation de l’incertitude phylogénétique a démontré que, lorsqu’elle est prise en compte, plusieurs différences potentielles entre la diversité phylogenétique ne sont plus supportées. Les patrons de composition des communautés différaient entre les plans d’eau, les mois et les zones d’échantillonnage. Etant donné les intéractions sont significatives entres ces facters; ceci indique que tous ces facteurs devraient êtres considérés. L’urbanisation ne semblait pas sélectionner pour un type unique de composition des groupes alimentaires, étant donné que les communautés pouvaient changer entres des assemblages de types alimentaires différents. Les variables environnementales, surtout la couverture du plan d’eau en macrophytes, étaient des facteurs importants pour la biodiversité zooplanctonique, affectant la richesse spécifique de divers groupes taxonomiques et alimentaires. Ces variables affectaient aussi la composition des communautés, mais dans une moindre mesure, étant des variables explicatives modestes, ce qui indiquerait le besoin de considérer d’autres processus.

Systematics and biology of Fishes of family of the hemiramphidae of Cochin coast

This overall focus of the thesis involves the systematics and biology of fishes of the family hemiramphidae of cochin coast.India is one of the leading fish producing nations in the world with an average annual production of 6.1 million tonnes of fish and shell fish from capture and culture fisheries in 2001 (Ayyappan and Biradar, 2002).Fisheries play a very significant role in the Indian economy by providing employment to nearly 7 million people directly or indirectly, supplying rich protein food and earning valued foreign exchange.Fishes of the family Hemiramphidae are commonly called ‘half beaks‘.In India, studies on hemiramphids commenced with the work of Day (1878,1889) who recorded thirteen species of hemiramphids from the Indian waters.The study area, which is part of Cochin coast is located between Lat.9°28’ and 10° N and Long.76° 13’ and 76° 31 E. Lying parallel to it is an estuary which is commonly called the Cochin backwaters which has a total area of about 200 sq.miles.The study area is subjected to wide variations in salinity from place to place, season and surface to bottom.The Cochin coast and the adjacent back water system of Kerala has a rich and diversified fish fauna. The hemiramphid fishes constitute a minor fishery of this area.The study on the distribution and availability of hemiramphid fishes present in the Cochin coast shows that they evince different patterns of distribution.In the present study it is noticed that fecundity has high correlation with weight than length of the fish.Histological studies revealed that the spermatogenesis in both H. (H) limbatus and H.(H) xanthopterus, consists of spermatogonia, primary spermatocytes secondary, spermatocytes, spermatids and spermatozoa whereas in the oogenesis of both the species.biological study will be useful in implementation of proper measures of conservation and management so that further devastation of the hemiramphids of Cochin Coast can be controlled.

Studies on the systematics and biology of the fisheries of the Vembanad lake

The thesis documents a comprehensive systematic account of Vembenad lake fishes and to study the effect of physico-chemical parameters on the distribution and abundance of fishes in the lake. This study is expected to advance the knowledge on the biological aspects of two commercially important fishes of the lake which are very desirable for brackish water fish farming. Additionally, the results of the studies on the ecology as habitat, occurrence, season and abundance of all the recorded fishes of the lake end the commercially important fish species of the lake are also incorporated. A general appraisal on the detrimental factors which are adversely affecting the fisheries resources of the lake are presented and some measures of conservation are also suggested. The results of the present study are helpful in formulating suitable schemes for management of parts of the Vembenad lake for capture and culture fisheries