VariScan Software

VariScan is a software package for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the whole genome scale. Among other features, the software:(1) can conduct many population genetic analyses; (2) incorporates a multiresolution wavelet transform-based method that allows capturing relevant information from DNA polymorphism data; and (3) it facilitates the visualization of the results in the most commonly used genome browsers.

Verkkokäyttöliittymäohjelmiston toteuttaminen TradeXpress-tietojärjestelmään.

Työssä perehdytään verkkokäyttöliittymien suunnitteluun ja toteutukseen. Erityisen huomion kohteena ovat Java-ohjelmointikieli ja ohjelmistosuunnittelussa suurta huomiota herättäneet suunnittelumallit. Java on kehittynyt lyhyen elinikänsä aikana huomattavasti, ja viimeaikaiset vakioluokkakirjastot ovat mahdollistaneet monipuolisten ja siirrettävien ohjelmistojen toteuttamisen. Vaikka Java ei sovellukaan kaikkiin tarkoituksiin, on se luotettavuutensa, siirrettävyytensä ja luokkakirjastojensa ilmaisuvoiman ansiosta hyvin houkutteleva kieli käyttöliittymien tekemiseen. Suunnittelumallit ovat merkittävä osa ammattimaista oliosuunnittelua. Ne tarjoavat valmiita ratkaisuja yleisiin suunnitteluongelmiin ja säästävät siten aikaa suunnittelu- ja toteutusvaiheissa. Suunnittelumallit voidaan jakaa kolmeen ryhmään: luontimallit, rakennemallit ja toiminnalliset mallit. Käytännön osuudessa tarkastellaan Java-käyttöliittymän toteutusta olemassa olevaan Soneran TradeXpress-tietojärjestelmään. Tässä tehtävässä Java ja suunnittelumallit ovat olleet keskeisellä sijalla. Java-käyttöliittymä, JavaGUI, koostuu kahdesta osasta: asiakasappletista ja Jrls-palvelimesta. Näiden kahden väliseen tiedonsiirtoon käytetään pääasiassa Javan RMI-yhteyskäytäntöä. Jrls-palvelin toimii asiakkaana RLS-palvelimelle erityisen RLS-yhteyskäytännön avulla.

Porting a Java library to different platforms

Viime aikoina matkapuhelimet ovat alkaneet tukea Javaa matkapuhelinsovellusten ohjelmointikielenä. Javan perusajatus on, että kerran käännetty sovellus voidaan suorittaa useilla laitealustoilla ilman uudelleenkääntämisen tarvetta. Jotta sovellukset voisivat toimia uudella alustalla, niiden käyttämät kirjastot tulee siirtää uudelle alustalle. Tämä diplomityö tutkii tämänkaltaiseen siirtoprojektiin liittyviä asioita. Diplomityön aikana käyttöliittymäkirjasto siirrettiin olemassa olleelta alustalta kahdelle uudelle alustalle. Toinen uusista alustoista oli vanhan alustan uusi versio, ja toinen oli kokonaan uusi alusta. Ohjelmiston siirtämistä helpottaa jos alkuperäinen ohjelmisto on suunniteltu siirrettävyyttä silmälläpitäen. Varsinaiset ohjelmaan tehtävät muutokset ovat tällöin helppoja tehdä. Hyvälaatuisen lopputuloksen saaminen vaatii kuitenkin aina että ohjelmisto myös testataan huolellisesti.

PCI DSS -standardi ja sen vaatimukset kortinhaltijoiden tietojen suojaamiselle

Payment Card Industry Data Security Standard (PCI DSS) on korttiyhtiöiden kehittämä kansainvälinen tietoturvastandardi, jonka tarkoituksena on parantaa kortinhaltijoiden tietoja käsittelevien järjestelmien tietoturvaa. Standardissa määritellään vaatimukset tietojen turvalliselle tallennukselle ja käsittelylle, testaus- ja tarkastusmenetelmät sekä tarkastusvaatimukset ja tarkastuksia suorittavien tahojen sertifiointi. Standardi koskee kaikkia standardin hyväksyneiden maksukorttiyhtiöiden korttitietoja käsitteleviä tahoja. Standardin ylläpitämisestä ja kehittämisestä vastaa maksukorttiyhtiöiden perustama PCI Security Standards Council -toimielin. Syyskuussa 2006 toimielin julkaisi standardista version 1.1, joka on edelleen viimeisin versio. Tässä diplomityössä selvitettiin PCI DSS -standardin asettamat vaatimukset kortinhaltijoiden tietoja käsitteleville tahoille. Lisäksi tutkittiin mahdollisuuksia toteuttaa yksi standardin vaatimuksista, kortinhaltijoiden tietojen suojaaminen, esimerkkijärjestelmässä. Kyseinen järjestelmä on kehitetty IBM System i -palvelinympäristöön käyttäen RPG-ohjelmointikieltä.

Disseny i implementació d'un programari d'adquisició de dades de la producció d'una línia automàtica de palets

This thesis presents a software that allows data acquisition production process, in this case, an automatic pallet nailing line. The recording of these data will enable them to make a track and analyze them later, either with the analytical tools of the application or by the transfer of such data to an Excel sheet or database. The programming language has been developed made by Ladder for the application in the PLC that controls the line of nailing. Control pages for the HMI application that monitors the process. Finally, the Visual Basic language for the production department computer application. To extract production variables from the process, the developed software communicates with the network formed by the PLC and the HMI terminal which stores and control the process using the Modbus TCP/IP protocol.

NURBS toolbox for Matlab

NURBS are widely used parametric approximation curves or surfaces. NURBS can be applied to the many applications. Examples of these applications are some computeraided design applications and some medical applications. Use of NURBS is very intuitive. The objective of this work was to implement the NURBS toolbox in the Matlab environment. Matlab is a program for many kinds of computational purposes. Matlab is also a programming language. NURBS toolbox implemented in this work offers a user an opportunity to use functions of this toolbox as parts of the user’s own programs. Current version of NURBS toolbox includes functions for NURBS curve and surface evaluation. The toolbox is designed such, that it allows extensions and enhancements in the future.

UDDI palvelurekisterin merkitys Web palveluissa

Tietojärjestelmien integraatio on nykypäivänä tärkeä osa alue yritysten toiminnassa ja kilpailukyvyn ylläpitämisessä. Palvelukeskeinen arkkitehtuuri ja Web palvelut on uusi joustava tapa tehdä tietojärjestelmien välinen integraatio. Web palveluiden yksi ydinkomponentti on UDDI, Universal Description, Discovery and Integration. UDDI toimii palvelurekisterin tavoin. UDDI määrittää tavan julkaista, löytää ja ottaa käyttöön Web palveluja. Web palveluja voidaan hakea UDDI:sta erilaisin kriteerein, kuten esimerkiksi palvelun sijainnin, yrityksen nimen ja toimialan perusteella. UDDI on myös itsessään Web palvelu, joka perustuu XML kuvauskieleen ja SOAP protokollaan. Työssä paneudutaan tarkemmin UDDI:in. UDDI:ta käsitellään tarkemmin myös teknisesti. Oleellinen osa UDDI:ta on ollut julkaisijoiden ja käyttäjien mielestä tietoturvan puute, joka on rajoittanut huomattavasti UDDI:n käyttöä ja käyttöönottamista. Työssä tarkastellaankin tarkemmin juuri tietoturvaan liittyviä asioita ja ratkaisuja sekä myös UDDI:n merkitystä yrityksille.

Matalakompleksisen palvelupyyntömallin kehittäminen palveluväylää hyödyntäviin järjestelmäintegraatioihin

Tässä työssä kehitetään yleiskäyttöinen palvelupyyntömalli, jonka avulla Lahden kaupungin Lahti Fenix –projektin Kuntalaistilijärjestelmän palveluväylän kautta voidaan kutsua järjestelmän tietokantatasoa tai muita palveluväylän avulla integroituja järjestelmiä. Työn tavoitteena oli suoraviivaistaa järjestelmäintegraatioihin liittyvien palveluiden kehittämistä suunnittelemalla sellainen palvelupyyntömuodostin, joka ei sisällä staattisia viittauksia jossakin tietyssä palvelussa käytettäviin luokkiin tai muihin ominaisuuksiin. Työssä hyödynnettiin Java-kielen kehittyneitä ominaisuuksia; reflektiivistä ohjelmointia, geneeristä ohjelmointia ja Java-virtuaalikoneen metodipinon lukemista. Tavoitteen saavuttamista mitattiin käyttäen avuksi McCaben syklomaattista kompleksisuutta ja metodeissa käytettyä rivimäärää. Työ aloitettiin joulukuussa 2008 ja saatiin valmiiksi helmikuussa 2009. Työn tuloksena syntyi toimiva, syklomaattiselta kompleksisuudeltaan matala ja helppokäyttöinen palvelukutsumuodostin.

Entorn de gestió de dades d'ornitologia

Des de fa uns anys, des de l’EPS de la UVic, s’està duent a terme el desenvolupament d’un dispositiu electrònic que proporciona la capacitat de capturar dades sobre un niu d’ocells. El projecte e-niu, que es pot seguir a www.tutara.info/e-niu, està actualment en una fase de test., i s’ha desenvolupat sobretot la part hardware. Aquest projecte té com a objectiu principal crear un entorn web per poder gestionar les dades que s’obtenen del niu d’ocells informatitzat (e-niu). Les dades que ens arriben dels e-nius estan en un arxiu de text, i el que es pretén és que l’usuari que controla el niu, pugui fer diversos anàlisis de les dades d’aquest. A més de poder veure els resultats en diversos tipus de gràfics, també se li vol donar la opció de treure els resultats en format taula o en format Excel, un format aquest últim, molt interessant, ja que donaria a les dades una gran possibilitat de ser tractades posteriorment, com fer seleccions del tipus de dades, treure percentatges, crear altres tipus de gràfics, etc. L’altre gran objectiu és el fet de poder treballar en la creació d’un entorn web complert a nivell gairebé professional amb l’aprenentatge que això comporta, ja que s’ha aplicat la tecnologia client-servidor, és a dir, que el llenguatge de programació està dins el servidor, i quan algun usuari l’executa, el sistema només li envia la presentació en HTML. El sistema de programació que es fa servir és el de les tres capes. La capa de dades, que està formada per una base de dades relacional del tipus MySQL i és on emmagatzemarem tota la informació. La capa de programació de la que s’encarrega el llenguatge PHP, és on s’efectua tot el tractament de les dades i finalment, la capa de presentació, que és la que s’encarrega de mostrar les dades al client en el navegador mitjançant els templates de HTML.

Introducing Continuous Integration for C and C++ Software Development Projects on Linux Platform

Software integration is a stage in a software development process to assemble separate components to produce a single product. It is important to manage the risks involved and being able to integrate smoothly, because software cannot be released without integrating it first. Furthermore, it has been shown that the integration and testing phase can make up 40 % of the overall project costs. These issues can be mitigated by using a software engineering practice called continuous integration. This thesis work presents how continuous integration is introduced to the author's employer organisation. This includes studying how the continuous integration process works and creating the technical basis to start using the process on future projects. The implemented system supports software written in C and C++ programming languages on Linux platform, but the general concepts can be applied to any programming language and platform by selecting the appropriate tools. The results demonstrate in detail what issues need to be solved when the process is acquired in a corporate environment. Additionally, they provide an implementation and process description suitable to the organisation. The results show that continuous integration can reduce the risks involved in a software process and increase the quality of the product as well.

Matkustajainformaatiojärjestelmän toteuttaminen junaan

Matkustajainformaatio junassa koostuu vaunujen ulkopuolisilla kylkinäytöillä esitettävistä junan lähtö-, väli- ja määräasematiedoista yhdessä junan ja vaunujen myyntinumeroiden kanssa sekä vaunujen sisäpuolella automaattisista kuulutuksista ja matkustamon näytöillä esitettävästä staattisesta ja vaihtuvasta informaatiosta. Työssä toteutetaan matkustajainformaatiojärjestelmä käytettäväksi matkustajunissa. Järjestelmään syötetään ennen matkan alkua junan tiedot, jonka jälkeen se toimii automaattisesti ilman tarvetta junahenkilökunnan toimenpiteille. Poikkeustilanteissa junahenkilökunta voi estää järjestelmän toiminnan tai valita esiohjelmointuja erikoiskuulutuksia. Toteuttamismenetelmäksi valittiin C-ohjelmointikieli Linux-käyttöjärjestelmällä varustetulla sulautetulla rautatiekäyttöön suunnitellulla laitealustalla.

Web Application Performance Testing

Web application performance testing is an emerging and important field of software engineering. As web applications become more commonplace and complex, the need for performance testing will only increase. This paper discusses common concepts, practices and tools that lie at the heart of web application performance testing. A pragmatic, hands-on approach is assumed where applicable; real-life examples of test tooling, execution and analysis are presented right next to the underpinning theory. At the client-side, web application performance is primarily driven by the amount of data transmitted over the wire. At the server-side, selection of programming language and platform, implementation complexity and configuration are the primary contributors to web application performance. Web application performance testing is an activity that requires delicate coordination between project stakeholders, developers, system administrators and testers in order to produce reliable and useful results. Proper test definition, execution, reporting and repeatable test results are of utmost importance. Open-source performance analysis tools such as Apache JMeter, Firebug and YSlow can be used to realise effective web application performance tests. A sample case study using these tools is presented in this paper. The sample application was found to perform poorly even under the moderate load incurred by the sample tests.

ESPECTRO ELETRÔNICO DA MOLÉCULA I2: UMA BREVE INTRODUÇÃO À PROGRAMAÇÃO CIENTÍFICA

This study proposes an activity to introduce scientific programming. In particular, the multidisciplinary concepts of scientific programming, quantum mechanics, and spectroscopy are presented in the study of the electronic spectrum of the I2 molecule. We use Python programming language and the IPython command shell, in particular, for their user friendliness and versatility.

New computer software for defining the three-dimensional geometry for a centrifu- gal compressor impeller

In this thesis, a computer software for defining the geometry for a centrifugal compressor impeller is designed and implemented. The project is done under the supervision of Laboratory of Fluid Dynamics in Lappeenranta University of Technology. This thesis is similar to the thesis written by Tomi Putus (2009) in which a centrifugal compressor impeller flow channel is researched and commonly used design practices are reviewed. Putus wrote a computer software which can be used to define impeller’s three-dimensional geometry based on the basic geometrical dimensions given by a preliminary design. The software designed in this thesis is almost similar but it uses a different programming language (C++) and a different way to define the shape of the impeller meridional projection.

Applications of graph transformation in tools for domain-specific modeling languages

The use of domain-specific languages (DSLs) has been proposed as an approach to cost-e ectively develop families of software systems in a restricted application domain. Domain-specific languages in combination with the accumulated knowledge and experience of previous implementations, can in turn be used to generate new applications with unique sets of requirements. For this reason, DSLs are considered to be an important approach for software reuse. However, the toolset supporting a particular domain-specific language is also domain-specific and is per definition not reusable. Therefore, creating and maintaining a DSL requires additional resources that could be even larger than the savings associated with using them. As a solution, di erent tool frameworks have been proposed to simplify and reduce the cost of developments of DSLs. Developers of tool support for DSLs need to instantiate, customize or configure the framework for a particular DSL. There are di erent approaches for this. An approach is to use an application programming interface (API) and to extend the basic framework using an imperative programming language. An example of a tools which is based on this approach is Eclipse GEF. Another approach is to configure the framework using declarative languages that are independent of the underlying framework implementation. We believe this second approach can bring important benefits as this brings focus to specifying what should the tool be like instead of writing a program specifying how the tool achieves this functionality. In this thesis we explore this second approach. We use graph transformation as the basic approach to customize a domain-specific modeling (DSM) tool framework. The contributions of this thesis includes a comparison of di erent approaches for defining, representing and interchanging software modeling languages and models and a tool architecture for an open domain-specific modeling framework that e ciently integrates several model transformation components and visual editors. We also present several specific algorithms and tool components for DSM framework. These include an approach for graph query based on region operators and the star operator and an approach for reconciling models and diagrams after executing model transformation programs. We exemplify our approach with two case studies MICAS and EFCO. In these studies we show how our experimental modeling tool framework has been used to define tool environments for domain-specific languages.