Emergence of a new type of porcine circovirus (PCV) in swine: a type 1 and type 2 PCV recombinant.

In late September 2008, tissue samples from piglets experiencing an acute outbreak of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) were submitted to the Veterinary diagnostic service of the University of Montreal. Several diagnostic assays were performed including a multiplex real-time quantitative PCR assay (mrtqPCR) for the detection and differentiation of porcine circovirus (PCV) type 2a and 2b genotypes in the lung and lymph nodes. The pig samples were found to be positive for PCV2a using the mrtqPCR but odd results were obtained. The Ct values obtained with mrtqPCR probes targeting the ORF1 and ORF2 of PCV2 were not as expected which suggested the presence of genomic variations in the PCV2 viral genome. Ultimately, a total of three diagnostic cases with mrtqPCR unusual results were investigated. After virus isolation and sequence analyses, a new type of PCV was identified in those three cases. Based on sequence analyses, this new PCV genome contains the ORF1 of PCV1 and the ORF2 of PCV2a and its entire viral genome nucleotide identity compared to PCV1, PCV2a and 2b are 86.4%, 88.7% and 86.5%, respectively. It is proposed to name this new PCV by taking into account the nomenclature of Segales et al. (2008) and by indicating the origin of the ORF1 at first and the origin of the ORF2 in second. Consequently, the name proposed for this new PCV is PCV1/2a. The prevalence of PCV1/2a seems to be very low in Quebec, Canada (2.5% of PCV positive cases), and its origin is now in debate.

Évaluation des effets d’une intervention infirmière sur l'adhésion thérapeutique des personnes diabétiques de type 2 Libanais

Au Liban, le diabète est évalué à 12%, il est appelé à doubler d’ici l’an 2025. Devant cette augmentation, il est pertinent d’évaluer les effets d’une intervention éducative auprès de personnes présentant un DT2 sur leur sentiment d’auto-efficacité et leur capacité d’auto-soins afin de rendre leur adhésion thérapeutique la plus optimale possible. Le devis est expérimental avant/après 3 mois. L’adhésion a été évaluée à l’aide de l’HbA1c à <7 % et de du SDSCA pour les comportements d’auto-soins, du DMSES pour l’auto-efficacité. L’échantillon formé : 71 GE et 65 GC. Le GE s’est amélioré au niveau des comportements d’auto-soins, l’application des recommandations, du sentiment d’auto-efficacité et du taux d’HbA1c. Ainsi une éducation infirmière favorise l’adhésion chez les DT2. Cette étude a pu contribuer au développement du savoir infirmier et au renouvellement des pratiques cliniques.

Caractérisation du rôle de l’amyline (IAPP) dans le diabète de type 2 : études de dérivés peptidiques et de composés inhibiteurs de la formation d’amyloïde

L’amyloïdose, une maladie progressive et incurable, implique une vaste panoplie de pathologies et de pathogénèses, qui est expliquée par la grande variabilité biologique et structurale des protéines responsables de la formation des dépôts d’amyloïde. L’amyline (polypeptide amyloïde des îlots pancréatiques, IAPP) est une protéine très susceptible de subir des changements de conformation impliquant les feuillets bêta et conférant aussi des propriétés physicochimiques distinctes. Cette protéine prend alors une forme fibrillaire et se dépose dans les îlots de Langerhans chez les humains atteints de diabète de type 2 ou d’insulinome. Ces dépôts d’amyloïde pancréatique (AIAPP) ont été décrits chez certaines espèces animales telles que les félins domestiques, les grands félins, le raton laveur et les primates non humains. La formation de dépôts d’amyloïde contribue à la pathogénèse du diabète de type 2, mais les mécanismes qui induisent la conversion de l’amyline (IAPP) en amyloïde (AIAPP) ne sont pas complètement compris. Les hypothèses du projet sont que certaines variations présentes dans les séquences peptidiques de l’IAPP provenant de différentes espèces animales jouent un rôle critique pour la formation de fibrilles et que plusieurs composés chimiques aromatiques/phénoliques sont capables d’abroger la formation de dépôts d’amyloïde. Le projet de recherche consiste donc à caractériser la propension des différentes isoformes animales d’IAPP à former de l’amyloïde in vitro afin d’identifier les acides aminés jouant un rôle clé dans cette transformation structurale et ultimement d’inhiber la formation d’amyloïde pancréatique. Le projet se divise en deux volets principaux. Le premier consiste à identifier les différentes séquences peptidiques de l’IAPP retrouvées chez les espèces animales. L’objectif est d’identifier les acides aminés jouant un rôle clé dans la formation d’amyloïde. Le gène de l’IAPP a été séquencé chez plus d’une quarantaine d’espèces. Le potentiel d’agrégation des séquences obtenues a été simulé à l’aide d’outils bioinformatique. Une librairie de 23 peptides a été commandée afin de procéder à des analyses physicochimiques in vitro permettant d’évaluer le potentiel amyloïdogénique (test fluorimétrique à la thioflavine T, essai de liaison au rouge Congo, dichroïsme circulaire, microscopie électronique à transmission) et cytotoxique (sur une lignée cellulaire provenant d’insulinome : INS-1). Les analyses effectuées à partir de la librairie constituée de 23 peptides ont permis d’identifier trois séquences ne formant pas d’amyloïde et qui proviennent des espèces animales suivantes : le tamarin lion doré (Leontopithecus rosalia), le grand dauphin (Tursiops truncatus) et l’alpaga (Vicugna pacos). Un site potentiellement critique est le segment 8-20 présentant le motif NFLVH qui ne forme plus d’amyloïde lorsqu’il est remplacé par le motif DFLGR ou KFLIR. Les acides aminés 29P, 14K et 18R sont également impliqués dans l’inhibition de la transformation structurale en fibrille. La dernière partie du projet consiste à inhiber la formation de l’amyloïde en utilisant des composés chimiques commercialisés (hypoglycémiants, anti-inflammatoires non stéroïdiens) ou nouvellement synthétisés dans notre laboratoire (les aryles éthyles urées). Un criblage d’une soixantaine de composés chimiques a été conduit dans cette étude. Leur efficacité a été testée sur l’IAPP humaine, qui possède un fort potentiel amyloïdogénique. Les techniques utilisées sont les mêmes que celles exploitées précédemment. L’essai de liaison croisée photo-induite ("photo-induced cross-linking of unmodified proteins", PICUP) a été réalisé afin d’étudier les formes intermédiaires (monomères, oligomères). Un total de 11 composés chimiques a démontré un potentiel à inhiber l’agrégation des fibrilles. Pour la classe des hypoglycémiants, le glyburide, le répaglinide et la troglitazone ont montré l’activité thérapeutique la plus élevée pour retarder et réduire la formation de fibrilles. Les anti-inflammatoires antiamyloïdogènes actifs incluaient le diclofenac, le méloxicam, le phénylbutazone, le sulindac et le ténoxicam. Les aryles étyles urées les plus intéressantes étaient la EU-362 et la EU-418. Tous ces composés ont conféré une protection cellulaire contre l’activité cytotoxique des fibrilles. Les molécules actives possèdent des éléments structuraux communs tels des substituants donneurs d’électrons (alcool, amine, halogène) sur un noyau benzène. En conclusion, ce projet de recherche a permis de caractériser l’IAPP chez diverses espèces animales, dont plusieurs chez lesquelles elle n’avait pas encore été décrite, de déterminer les sites jouant un rôle clé dans sa transformation en amyloïde et, ultimement, de tester le potentiel thérapeutique de nouveaux agents antiamyloïdogènes dans le diabète de type 2. Nous espérons que ce projet ouvrira ainsi la porte à de nouvelles stratégies de traitement.

Développement d’outils de plaidoyer pour la lutte contre le diabète de type 2 en Afrique subsaharienne à partir de l’estimation des coûts de l’inaction et de l’action

La présente thèse, organisée en trois volets, poursuivait trois objectifs : i) Estimer les coûts médicaux directs du traitement du DT2 dans 4 pays d’Afrique subsaharienne et dans le cas du Mali, rapprocher ces coûts médicaux directs estimés aux dépenses effectives des patients diabétiques ; ii) Examiner le coût-efficacité des interventions de prévention basées sur la modification du mode de vie chez les sujets à haut risque du DT2; iii) Cerner la perception et les attitudes des acteurs de la santé sur les outils de plaidoyer développés dans le cadre du projet DFN et leur potentiel d’impact sur les décideurs. Dans le premier volet, il s’est agi d’estimer les coûts du DT2 et de ses complications au moyen d’un calculateur et de le mettre à l’épreuve au Bénin, au Burkina- Faso, en Guinée et au Mali. Les composantes de soins pour le DT2 et ses complications avaient été définies au préalable par une équipe de spécialistes, sur la base de leur expérience clinique et des lignes directrices existantes. Les prix ont été relevés dans deux structures hospitalières du secteur public et deux du privé. Les coûts ont été estimés sur une base annuelle pour le DT2 avec ou sans complications chroniques puis par épisode pour les complications aiguës. Dans le cas du Mali, ces coûts ont été rapprochés des dépenses de patients diabétiques d’après une précédente enquête transversale dans ce pays. Cette enquête portait sur 500 sujets diabétiques sélectionnés au hasard dans les registres. Les dépenses pour les soins des trois derniers mois avaient été relevées. Les déterminants des dépenses ont été explorés. Il ressort des différences de coûts dans le même secteur puis entre le secteur privé et le secteur public. Le coût minimum du traitement du DT2 sans complications dans le secteur public représentait entre 21% et 34% de PIB par habitant, puis entre 26% - 47% en présence de la rétinopathie et au-delà de 70% pour la néphropathie, la complication chronique la plus coûteuse. Les dépenses des sujets diabétiques enquêtés au Mali, étaient en deçà des coûts minima estimatifs des différentes complications excepté la rétinopathie et le DT2 sans complication. Les facteurs comme l’insulinothérapie, le nombre de complications et la résidence dans la capitale étaient significativement associés aux dépenses plus élevées des patients. Dans le second volet, la revue systématique a consisté à recenser les études d’évaluation économique des interventions de prévention du DT2 dans des groupes à haut risque par l’alimentation et/ou l’activité physique. Les interventions de contrôle de l’obésité comme facteur de risque majeur de DT2 ont également été considérées. Les études ont été sélectionnées dans les bases de données scientifiques en utilisant les mots clés et des critères prédéfinis. Les études originales publiées entre janvier 2009 et décembre 2014 et conduites en français, anglais ou espagnol étaient potentiellement éligibles. La liste de contrôle de « British Medical Journal » a servi à évaluer la qualité des études. Des 21 études retenues, 15 rapportaient que les interventions étaient coût-efficaces suivant les limites d’acceptabilité considérées. Six études étaient non concluantes, dont quatre destinées à la prévention du DT2 et deux, au contrôle de l’obésité. Dans le troisième volet, les perceptions d’utilisateurs potentiels de ce calculateur et d’un autre outil de plaidoyer, à savoir, l’argumentaire narratif expliquant la nécessité de se pencher sur la lutte contre le DT2 en Afrique, ont été évaluées dans une étude qualitative exploratoire. Les données ont été collectées au cours d’entretiens individuels avec 16 acteurs de la santé de quatre pays d’Afrique subsaharienne et un groupe de discussion avec 10 étudiants de master de nutrition à l’issue d’un atelier de formation sur le plaidoyer faisant appel à ces outils, au Bénin. Les entretiens ont été enregistrés, transcrits et codés à l’aide du logiciel QDA Miner. Les participants ont souligné la pertinence des outils pour le plaidoyer et la convivialité du calculateur de coûts. Il demeure cependant que le contexte politique marqué par la compétition des priorités, l’absence de cohésion entre les décideurs et un défaut de données notamment sur le coût-efficacité des interventions sont des freins à la priorisation du DT2 dans les politiques de santé en Afrique subsaharienne que les répondants ont relevés. L’étude confirme que le traitement du DT2 est financièrement inabordable pour un grand nombre de patients. Elle souligne que les dépenses des patients sont en deçà des coûts estimés pour un traitement approprié avec quelques exceptions. La prévention du DT2 basée le mode de vie est coût-efficace mais devrait être étudiée en Afrique. On peut espérer que la pertinence des outils de ce travail telle que relevée par les acteurs de santé se traduise par leur utilisation. Ceci pour susciter des interventions de prévention afin d’infléchir l’évolution du DT2 et son impact économique en Afrique subsaharienne.

Type 2 diabetes; elderly; cognitive deficit; cognitive flexibility; executive functions Resumen

Through meditation, people become aware of what happens in the body and mind, accepting the present experiences as they are and getting a better understanding of the true nature of things. Meditation practices and its inclusion as an intervention technique, have generated great interest in identifying the brain mechanisms through which these practices operate. Different studies suggest that the practice of meditation is associated with the use of different neural networks as well as changes in brain structure and function, represented in higher concentration of gray matter structures at the hippocampus, the right anterior insula, orbital frontal cortex (OFC) and greater involvement of the anterior cingulate cortex (ACC). These and other unrelated studies, shows the multiple implications of the regular practice of mindfulness in the structures and functions of the brain and its relation to certain observable and subjective states in people who practice it. Such evidence enabling the inclusion of mindfulness in psychological therapy where multiple applications have been developed to prove its effectiveness in treating affective and emotional problems, crisis management, social skills, verbal creativity, addiction and craving management, family and caregivers stress of dementia patients and others. However, neuropsychological rehabilitation has no formal proposals for intervention from these findings. The aim of this paper is to propose use of Mindfulness in neuropsychological rehabilitation process, taking the positions and theory of A.R. Luria.

Genetic predisposition to type 2 diabetes is associated with impaired insulin secretion but does not modify insulin resistance or secretion in response to an intervention to lower dietary saturated fat

Genome-wide association studies have identified SNPs reproducibly associated with type 2 diabetes (T2D). We examined the effect of genetic predisposition to T2D on insulin sensitivity and secretion using detailed phenotyping in overweight individuals with no diagnosis of T2D. Furthermore, we investigated whether this genetic predisposition modifies the responses in beta-cell function and insulin sensitivity to a 24-week dietary intervention. We genotyped 25 T2D-associated SNPs in 377 white participants from the RISCK study. Participants underwent an IVGTT prior to and following a dietary intervention that aimed to lower saturated fat intake by replacement with monounsaturated fat or carbohydrate. We composed a genetic predisposition score (T2D-GPS) by summing the T2D risk-increasing alleles of the 25 SNPs and tested for association with insulin secretion and sensitivity at baseline, and with the change in response to the dietary intervention. At baseline, a higher T2D-GPS was associated with lower acute insulin secretion (AIRg 4% lower/risk allele, P = 0.006) and lower insulin secretion for a given level of insulin sensitivity, assessed by the disposition index (DI 5% lower/risk allele, P = 0.002), but not with insulin sensitivity (Si). T2D-GPS did not modify changes in insulin secretion, insulin sensitivity or the disposition index in response to the dietary interventions to lower saturated fat. Participants genetically predisposed to T2D have an impaired ability to compensate for peripheral insulin resistance with insulin secretion at baseline, but this does not modify the response to a reduction in dietary saturated fat through iso-energetic replacement with carbohydrate or monounsaturated fat.

Application of DIGE and mass spectrometry in the study of type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) mouse models

Knowledge of the differences between the amounts and types of protein that are expressed in diseased compared to healthy subjects may give an understanding of the biological pathways that cause disease. This is the reasoning behind the presented protocol, which uses difference gel electrophoresis to discover up‐ or down‐regulated proteins between mice of different genotypes, or of those fed on different diets, that may thus be prone to develop diabetes‐like phenotypes. Subsequent analysis of these proteins by tandem mass spectrometry typically facilitates their identification with a high degree of confidence.

Uncoupling protein 2 and 3 gene polymorphisms and their association with type 2 diabetes in asian indians

BACKGROUND: this study examined the association of -866G/A, Ala55Val, 45bpI/D, and -55C/T polymorphisms at the uncoupling protein (UCP) 3-2 loci with type 2 diabetes in Asian Indians. METHODS: a case-control study was performed among 1,406 unrelated subjects (487 with type 2 diabetes and 919 normal glucose-tolerant [NGT]), chosen from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study, an ongoing population-based study in Southern India. The polymorphisms were genotyped using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism and direct sequencing. Haplotype frequencies were estimated using an expectation-maximization algorithm. Linkage disequilibrium was estimated from the estimates of haplotypic frequencies. RESULTS: the genotype (P = 0.00006) and the allele (P = 0.00007) frequencies of Ala55Val of the UCP2 gene showed a significant protective effect against the development of type 2 diabetes. The odds ratios (adjusted for age, sex, and body mass index) for diabetes for individuals carrying Ala/Val was 0.72, and that for individuals carrying Val/Val was 0.37. Homeostasis insulin resistance model assessment and 2-h plasma glucose were significantly lower among Val-allele carriers compared to the Ala/Ala genotype within the NGT group. The genotype (P = 0.02) and the allele (P = 0.002) frequencies of -55C/T of the UCP3 gene showed a significant protective effect against the development of diabetes. The odds ratio for diabetes for individuals carrying CT was 0.79, and that for individuals carrying TT was 0.61. The haplotype analyses further confirmed the association of Ala55Val with diabetes, where the haplotypes carrying the Ala allele were significantly higher in the cases compared to controls. CONCLUSIONS: Ala55Val and -55C/T polymorphisms at the UCP3-2 loci are associated with a significantly reduced risk of developing type 2 diabetes in Asian Indians.

Progress in the genetics of common obesity and type 2 diabetes

The prevalence of obesity and diabetes, which are heritable traits that arise from the interactions of multiple genes and lifestyle factors, continues to rise worldwide, causing serious health problems and imposing a substantial economic burden on societies. For the past 15 years, candidate gene and genome-wide linkage studies have been the main genetic epidemiological approaches to identify genetic loci for obesity and diabetes, yet progress has been slow and success limited. The genome-wide association approach, which has become available in recent years, has dramatically changed the pace of gene discoveries. Genome-wide association is a hypothesis-generating approach that aims to identify new loci associated with the disease or trait of interest. So far, three waves of large-scale genome-wide association studies have identified 19 loci for common obesity and 18 for common type 2 diabetes. Although the combined contribution of these loci to the variation in obesity and diabetes risk is small and their predictive value is typically low, these recently identified loci are set to substantially improve our insights into the pathophysiology of obesity and diabetes. This will require integration of genetic epidemiological methods with functional genomics and proteomics. However, the use of these novel insights for genetic screening and personalised treatment lies some way off in the future.

A haplotype at the UCP1 gene locus contributes to genetic risk for type 2 diabetes in Asian Indians (CURES-72)

BACKGROUND: The gene encoding for uncoupling protein-1 (UCP1) is considered to be a candidate gene for type 2 diabetes because of its role in thermogenesis and energy expenditure. The objective of the study was to examine whether genetic variations in the UCP1 gene are associated with type 2 diabetes and its related traits in Asian Indians. METHODS: The study subjects, 810 type 2 diabetic subjects and 990 normal glucose tolerant (NGT) subjects, were chosen from the Chennai Urban Rural Epidemiological Study (CURES), an ongoing population-based study in southern India. The polymorphisms were genotyped using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Linkage disequilibrium (LD) was estimated from the estimates of haplotypic frequencies. RESULTS: The three polymorphisms, namely -3826A-->G, an A-->C transition in the 5'-untranslated region (UTR) and Met229Leu, were not associated with type 2 diabetes. However, the frequency of the A-C-Met (-3826A-->G-5'UTR A-->C-Met229Leu) haplotype was significantly higher among the type 2 diabetic subjects (2.67%) compared with the NGT subjects (1.45%, P < 0.01). The odds ratio for type 2 diabetes for the individuals carrying the haplotype A-C-Met was 1.82 (95% confidence interval, 1.29-2.78, P = 0.009). CONCLUSIONS: The haplotype, A-C-Met, in the UCP1 gene is significantly associated with the increased genetic risk for developing type 2 diabetes in Asian Indians.

Evidence for an association with type 2 diabetes mellitus at the PPARG locus in a South Indian population

Peroxisome proliferator-activated receptor-gamma2 (PPARG2) is a nuclear hormone receptor of ligand-dependent transcription factor involved in adipogenesis and a molecular target of the insulin sensitizers thiazolidinediones. We addressed the question of whether the 3 variants (-1279G/A, Pro12Ala, and His478His) in the PPARG2 gene are associated with type 2 diabetes mellitus and its related traits in a South Indian population. The study subjects (1000 type 2 diabetes mellitus and 1000 normal-glucose-tolerant subjects) were chosen randomly from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study, an ongoing population-based study in southern India. The variants were screened by single-stranded conformational variant, direct sequencing, and restriction fragment length polymorphism. Linkage disequilibrium was estimated from the estimates of haplotypic frequencies. The -1279G/A, Pro12Ala, and His478His variants of the PPARG2 gene were not associated with type 2 diabetes mellitus. However, the 2-loci analyses showed that, in the presence of Pro/Pro genotype of the Pro12Ala variant, the -1279G/A promoter variant showed increased susceptibility to type 2 diabetes mellitus (odds ratio, 2.092; 95% confidence interval, 1.22-3.59; P = .008), whereas in the presence of 12Ala allele, the -1279G/A showed a protective effect against type 2 diabetes mellitus (odds ratio, 0.270; 95% confidence interval, 0.15-0.49; P < .0001). The 3-loci haplotype analysis showed that the A-Ala-T (-1279G/A-Pro12Ala-His478His) haplotype was associated with a reduced risk of type 2 diabetes mellitus (P < .0001). Although our data indicate that the PPARG2 gene variants, independently, have no association with type 2 diabetes mellitus, the 2-loci genotype analysis involving -1279G/A and Pro12Ala variants and the 3-loci haplotype analysis have shown a significant association with type 2 diabetes mellitus in this South Indian population.

A novel association of a polymorphism in the first intron of adiponectin gene with type 2 diabetes, obesity and hypoadiponectinemia in Asian Indians

Adiponectin is an adipose tissue specific protein that is decreased in subjects with obesity and type 2 diabetes. The objective of the present study was to examine whether variants in the regulatory regions of the adiponectin gene contribute to type 2 diabetes in Asian Indians. The study comprised of 2,000 normal glucose tolerant (NGT) and 2,000 type 2 diabetic, unrelated subjects randomly selected from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study (CURES), in southern India. Fasting serum adiponectin levels were measured by radioimmunoassay. We identified two proximal promoter SNPs (-11377C-->G and -11282T-->C), one intronic SNP (+10211T-->G) and one exonic SNP (+45T-->G) by SSCP and direct sequencing in a pilot study (n = 500). The +10211T-->G SNP alone was genotyped using PCR-RFLP in 4,000 study subjects. Logistic regression analysis revealed that subjects with TG genotype of +10211T-->G had significantly higher risk for diabetes compared to TT genotype [Odds ratio 1.28; 95% Confidence Interval (CI) 1.07-1.54; P = 0.008]. However, no association with diabetes was observed with GG genotype (P = 0.22). Stratification of the study subjects based on BMI showed that the odds ratio for obesity for the TG genotype was 1.53 (95%CI 1.3-1.8; P < 10(-7)) and that for GG genotype, 2.10 (95% CI 1.3-3.3; P = 0.002). Among NGT subjects, the mean serum adiponectin levels were significantly lower among the GG (P = 0.007) and TG (P = 0.001) genotypes compared to TT genotype. Among Asian Indians there is an association of +10211T-->G polymorphism in the first intron of the adiponectin gene with type 2 diabetes, obesity and hypoadiponectinemia.

Association of lipoprotein lipase gene polymorphisms with obesity and type 2 diabetes in an Asian Indian population

AIMS: Lipoprotein lipase (LPL), a pivotal enzyme in lipoprotein metabolism, catalyzes the hydrolysis of triglycerides of very low-density lipoproteins and chylomicrons. Assuming that the variants in the promoter of the LPL gene may be associated with changes in lipid metabolism leading to obesity and type 2 diabetes, we examined the role of promoter variants (-T93G and -G53C) in the LPL gene in an urban South Indian population. METHODS: The study subjects (619 type 2 diabetic and 731 normal glucose-tolerant (NGT) subjects) were chosen from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study, an ongoing population-based study in southern India. The polymorphisms were genotyped using polymerase chain reaction-restriction-fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Linkage disequilibrium (LD) was estimated from the estimates of haplotypic frequencies. RESULTS: The two polymorphisms studied were not in LD. The -T93G was not associated with type 2 diabetes but was associated with obesity. 11.5% of the obese subjects (62/541) had the XG(TG+GG) genotype compared with 6.4% of the nonobese subjects (52/809; P=0.001). The odds ratio for obesity for the XG genotype was 1.766 (95% CI: 1.19-2.63, P=0.005). Subjects with XG genotype also had higher body mass index and waist circumference compared with those with TT genotype. With respect to G53C, subjects with the XC(GC+CC) genotype had 0.527 and 0.531 times lower risk for developing type 2 diabetes and obesity, respectively. CONCLUSIONS: Among Asian Indians, the -T93G SNP of the LPL gene is associated with obesity but not type 2 diabetes, whereas the -G53C SNP appears to be protective against both obesity and type 2 diabetes.

Peroxisome proliferator-activated receptor-gamma co-activator-1alpha (PGC-1alpha) gene polymorphisms and their relationship to Type 2 diabetes in Asian Indians

AIMS: The objective of the present investigation was to examine the relationship of three polymorphisms, Thr394Thr, Gly482Ser and +A2962G, of the peroxisome proliferator activated receptor-gamma co-activator-1 alpha (PGC-1alpha) gene with Type 2 diabetes in Asian Indians. METHODS: The study group comprised 515 Type 2 diabetic and 882 normal glucose tolerant subjects chosen from the Chennai Urban Rural Epidemiology Study, an ongoing population-based study in southern India. The three polymorphisms were genotyped using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Haplotype frequencies were estimated using an expectation-maximization (EM) algorithm. Linkage disequilibrium was estimated from the estimates of haplotypic frequencies. RESULTS: The three polymorphisms studied were not in linkage disequilibrium. With respect to the Thr394Thr polymorphism, 20% of the Type 2 diabetic patients (103/515) had the GA genotype compared with 12% of the normal glucose tolerance (NGT) subjects (108/882) (P = 0.0004). The frequency of the A allele was also higher in Type 2 diabetic subjects (0.11) compared with NGT subjects (0.07) (P = 0.002). Regression analysis revealed the odds ratio for Type 2 diabetes for the susceptible genotype (XA) to be 1.683 (95% confidence intervals: 1.264-2.241, P = 0.0004). Age adjusted glycated haemoglobin (P = 0.003), serum cholesterol (P = 0.001) and low-density lipoprotein (LDL) cholesterol (P = 0.001) levels and systolic blood pressure (P = 0.001) were higher in the NGT subjects with the XA genotype compared with GG genotype. There were no differences in genotype or allelic distribution between the Type 2 diabetic and NGT subjects with respect to the Gly482Ser and +A2962G polymorphisms. CONCLUSIONS: The A allele of Thr394Thr (G --> A) polymorphism of the PGC-1 gene is associated with Type 2 diabetes in Asian Indian subjects and the XA genotype confers 1.6 times higher risk for Type 2 diabetes compared with the GG genotype in this population.