Análise metagenômica da microbiota de ambientes aquáticos do estado do Rio Grande do Norte - Brasil

The screening for genes in metagenomic libraries from soil creates opportunities to explore the enormous genetic and metabolic diversity of microorganisms. Rivers are ecosystems with high biological diversity, but few were examined using the metagenomic approach. With this objective, a metagenomic library was constructed from DNA soil samples collected at three different points along the Jundiaí-river (Rio Grande do Norte-Brazil). The points sampled are from open area, rough terrain and with the direct incidence of sunlight. This library was analyzed functionally and based in sequence. For functional analysis Luria-Bertani solid medium (LB) with NaCl concentration varied from 0.17M to 0.85M was used for functional analysis. Positives clones resistant to hypersaline medium were obtained. The recombinant DNAs were extracted and transformed into Escherichia coli strain DH10B and survival curves were obtained for quantification of abiotic stress resistance. The sequences of clones were obtained and submitted to the BLASTX tool. Some clones were found to hypothetical proteins of microorganisms from both Archaea and Bacteria division. One of the clones showed a complete ORF with high similarity to glucose-6-phosphate isomerase which participates in the synthesis of glycerol pathway and serves as a compatible solute to balance the osmotic pressure inside and outside of cells. Subsequently, in order to identify genes encoding osmolytes or enzymes related halotolerance, environmental DNA samples from the river soil, from the water column of the estuary and ocean were collected and pyrosequenced. Sequences of osmolytes and enzymes of different microorganisms were obtained from the UniProt and used as RefSeqs for homology identification (TBLASTN) in metagenomic databases. The sequences were submitted to HMMER for the functional domains identification. Some enzymes were identified: alpha-trehalose-phosphate synthase, L-ectoina synthase (EctC), transaminase L-2 ,4-diaminobutyric acid (EctB), L-2 ,4-diaminobutyric acetyltransferase (EctA), L-threonine 3 dehydrogenase (sorbitol pathway), glycerol-3-phosphate dehydrogenase, inositol 3-phosphate dehydrogenase, chaperones, L-proline, glycine betaine binding ABC transporter, myo-inositol-1-phosphate synthase protein of proline simportadora / PutP sodium-and trehalose-6-phosphate phosphatase These proteins are commonly related to saline environments, however the identification of them in river environment is justified by the high salt concentration in the soil during prolonged dry seasons this river. Regarding the richness of the microbiota the river substrate has an abundance of halobacteria similar to the sea and more than the estuary. These data confirm the existence of a specialized response against salt stress by microorganisms in the environment of the Jundiaí river

Morfologia e quantificação da microbiota intestinal do curimbatá (Prochilodus lineatus) e do cascudo cinza (Pterygoplichthys anisitsi) cultivados em cativeiro

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Influence of a probiotic soy product on fecal microbiota and its association with cardiovascular risk factors in an animal model

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Effect of fermented soy product on the fecal microbiota of rats fed on a beef-based animal diet

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

New antimicrobial therapies used against fungi present in subgingival sites-A brief review

Although the main reservoir of Candida spp. is believed to be the buccal mucosa, these microorganisms can coaggregate with bacteria in subgingival biofilm and adhere to epithelial cells. The treatment of periodontal disease includes scaling and root planning (SR?) associated with proper oral hygiene. However, some patients may have negative responses to different therapeutic procedures, with a continuous loss of insertion, so the use of antimicrobials is needed as an adjuvant to SRP treatment. The use of a broad-spectrum antibiotic, such as tetracycline and metronidazole, as an aid in periodontal treatment has also been a factor for the development of superinfections by resistant bacteria and Candida species, even in patients with HIV. In the dental practice, the most commonly used antifungals are nystatin and fluconazole. However, the introduction of new drugs like the next generation of azoles is essential before the onset of emergent species in periodontal disease. Plants are good options for obtaining a wide variety of drugs. This alternative could benefit a large population that uses plants as a first treatment option. Plants have been used in medicine for a long time and are extensively used in folk medicine, because they represent an economic alternative, are easily accessible and are applicable to various diseases. Herein, we briefly review the literature pertaining the presence of Candida sp. in periodontal pockets, the conventional antifungal resistance and new therapies that include natural antifungal agents are reviewed. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Effects of different disinfection treatments on the natural microbiota of lettuce

In this study, water and eight sanitizing solutions (vinegar at 6, 25, and 50%; acetic acid at 2 and 4%; peracetic acid at 80 ppm, sodium hypochlorite at 200 ppm, and sodium dichloroisocyanurate at 200 ppm) were compared in terms of their effectiveness against the natural microbiota of lettuce. All of the samples were kept in contact with the sanitizing solutions for 15 min, and the effectiveness of a sanitizing agent was evaluated on the basis of the number of decimal reductions of the total aerobic mesophilic count, the mold and yeast count, the total coliform count, and the Escherichia coli count. The average initial levels of these organisms in the samples were 6.94 log(10) CFU/g for aerobic mesophilic microorganisms, 5.62 log(10) CFU/g for molds and yeasts, and 3.25 log(10) CFU/g for total coliforms. of 10 samples analyzed, only 4 contained E. coli, and the average initial level of this microorganism in these 4 samples was 1.64 log(10) CFU/g. Salmonella was not detected in any of the samples tested. The decimal reductions of the populations of aerobic mesophilic microorganisms, molds and yeasts, total coliforms, and E. coli were 0.78, 0.87, 0.82, and >0.14 log(10) CFU/g, respectively, in water; 2.89, >3.41, >2.21, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 50% vinegar; 2.42, >3.20, >1.99, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 25% vinegar; 1.83, 2.57, 1.58, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 6% vinegar; 3.91, >3.58, >2.25, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 4% acetic acid; 3.37, >3.53, >2.25, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 2% acetic acid; 1.85, 2,32, 1.44, and >0.20 log(10) CFU/g, respectively, in 80 ppm of peracetic acid; 2.63, 2.75, 1.91, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 200 ppm of sodium hypochlorite; and 3.23, >3.08, >1.95, and >0.26 log(10) CFU/g, respectively, in 200 ppm of sodium dichloroisocyanurate. Statistical analysis of the results showed that the effectiveness levels for all of the sanitizing agents tested were equivalent to or higher than that for sodium hypochlorite at 200 ppm.

Spontaneous Periodontitis Development in Diabetic Rats Involves an Unrestricted Expression of Inflammatory Cytokines and Tissue Destructive Factors in the Absence of Major Changes in Commensal Oral Microbiota

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Microbiota intestinal de indivíduos que sofreram acidente ocupacional com materiais biológicos e que realizaram profilaxia anti-retroviral

Avaliar a microbiota intestinal de indivíduos que sofreram acidente ocupacional com materiais biológicos e receberam anti-retrovirais foi o objetivo deste estudo. O grupo de estudo constou de 23 indivíduos com idade entre 18-45 anos, sendo 13 doadores de sangue e 10 que sofreram acidente ocupacional. Foram avaliados a microbiota intestinal, antropometria e exames laboratoriais pré, pós e 30 dias após o término da medicação. Zidovudina mais lamivudina foi utilizada em 70% dos indivíduos associado ao nelfinavir, 20% ao efavirenz e 10% ao ritonavir. As alterações nutricionais e dietéticas-laboratoriais e de microbiota intestinal foram analisadas em três momentos. M1: até dois dias do início da profilaxia; M2: no último dia da profilaxia e M3: 30 dias após o término da profilaxia. Náuseas, vômitos e diarréia estiveram presentes em 50% no segundo momento do estudo. Sobrepeso em 70%, desnutrição e eutrofia em 10%, dos indivíduos, não se modificaram durante o estudo. Transaminases, triglicérides, LDL-colesterol se elevaram no segundo momento e normalizaram 30 dias após término da medicação. Houve redução significativa dos Lactobacillus, Bifidobacterium e Bacteróides nos três momentos. Uso de anti-retrovirais provocou impacto significativo na microbiota intestinal dos indivíduos, sem recuperação em 30 dias.

High prevalence of aggregative adherent Escherichia coli strains in the mucosa-associated microbiota of patients with inflammatory bowel diseases

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comparison of wildlife and captivity rattlesnakes (Crotalus durissus terrificus) microbiota

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Uso de microbiota cecal congelada com crioprotetores em pintos infectados experimentalmente com Salmonella enterica sorovar Enteritidis

Pintos de corte com um dia de idade foram tratados com microbiota cecal cultivada em condição de aerobiose, nos tempos de congelamento de 90, 200, 290 e 360 dias, e associada aos crioprotetores sacarose, trealose, dimetilsulfóxido (DMSO) e glicerol. Posteriormente as aves foram desafiadas com Salmonella Enteritidis, visando determinar a eficácia dos tratamentos em relação à quantidade de bactérias viáveis da microbiota que foi maior aos 90 dias (10,58 Log10 UFC/ml), quando as aves foram tratadas com sacarose, e menor aos 290 dias, quando tratadas com glicerol (7,73 Log10 UFC/ml). No tempo zero, todas as aves apresentaram Salmonella (100%) quando tratadas com DMSO e glicerol, com colonização cecal de 4,9 e 5,2 Log10 UFC/g do conteúdo cecal, respectivamente; aos 360 dias nenhuma ave foi infectada, independente do tratamento. A microbiota cecal, independente de tratamento, sempre determinou menor quantidade de S. Enteritidis em qualquer um dos parâmetros pesquisados, quando comparada com a das aves não tratadas. O congelamento em nitrogênio líquido foi eficaz na manutenção da viabilidade da microbiota cecal até 360 dias.

Efeito protetor da microbiota cecal congelada e liofilizada sobre a infecção experimental de frangos de corte por Salmonella enterica sorovar Enteritidis

Estudaram-se os efeitos do tratamento de frangos de corte com microbiota cecal anaeróbia liofilizada (MCL) e congelada (MCC) sobre a infecção do trato digestivo das aves por Salmonella enterica sorovar Enteritidis. Foi usada microbiota intestinal sem prévia identificação bacteriana. A infecção foi persistente, em ordem, no ceco, inglúvio e duodeno. A infecção também foi autolimitante nos grupos tratados e no controle. Não ocorreu diferença entre o grupo-controle positivo e os tratados com MCL ou MCC. Houve redução da colonização do ceco no período de 12 dias após o desafio nos grupos tratados com MCL e MCC, o que não ocorreu no grupo-controle positivo. Não houve variação entre os tratamentos com MCL e MCC quanto às características pesquisadas. A S. Enteritidis reduziu o ganho de peso médio nas aves inoculadas. Os tratamentos com MCL e MCC minimizaram a redução de peso nos grupos infectados.

Efeito da vacina contra coccidiose sobre a colonização de Salmonella enteritidis em frangos de corte tratados com microbiota cecal anaeróbia

Avaliou-se o efeito da vacina contra coccidiose sobre a habilidade da microbiota cecal anaeróbia (MCA), administrada por diferentes vias (aves tratadas), em proteger pintos de corte da colonização por Salmonella enteritidis (Se). Utilizaram-se 120 aves assim divididas: grupo A, pulverização de MCA em aves vacinadas contra coccidiose e desafiadas com Se, grupo B, inoculação endoesofágica de MCA em aves vacinadas e desafiadas, grupo C, MCA na água de bebida de aves vacinadas e desafiadas, grupo D, aves não tratadas, vacinadas e desafiadas, grupo E, aves não tratadas, não vacinadas e desafiadas e, grupo F, aves não tratadas, não vacinadas e não desafiadas (controle negativo). Utilizaram-se como parâmetros a colonização do trato digestivo por Se e sua presença nas fezes, bem como o peso corporal das aves, avaliados aos dois, sete e 12 dias após o desafio. Nas aves tratadas com MCA, especialmente por meio de pulverização e inoculação endoesofágica, a colonização do ceco por Se e sua presença nas fezes foram menores, mostrando que a ação da MCA contra a colonização de ceco e excreção fecal não foi afetada pelo uso da vacina contra coccidiose em pintos de corte e que a associação MCA/vacina contra coccidiose pode ser utilizada sem que haja comprometimento na eficácia da MCA. Nos grupos que não receberam MCA, vacinados ou não contra coccidiose, houve aumento da colonização cecal, bem como excreção fecal da amostra desafio. O ceco foi o local de maior presença e persistência da Se. O resultado de administração de MCA pela água de bebida não foi tão eficiente, mas somente este tratamento resultou em peso corporal das aves significativamente superior ao das aves do grupo não tratado, não vacinado e desafiado, indicando que a presença de salmonelas paratifóides não interfere na produtividade de frangos de corte. Não se observou diferença no peso das aves dos grupos D (vacinados contra coccidiose) e E (não vacinadas) desafiadas com Se, demonstrando que a vacina não influenciou negativamente o ganho de peso das aves desafiadas com Salmonela enteriditis.

Efeito da microbiota cecal e do Lactobacillus salivarius inoculados in ovo em aves desafiadas com Salmonella enterica sorovar Enteritidis

Ovos embrionados provenientes de matrizes pesadas foram inoculados na câmara de ar com microbiota cecal total, microbiota cecal diluída e cultura de Lactobacillus salivarius, no 18º dia de incubação. Dois dias após o nascimento, as aves foram desafiadas com Salmonella enterica sorovar Enteritidis (SE) e, cinco dias após o desafio, avaliou-se a presença da bactéria no fígado e ceco. O efeito de exclusão competitiva, após o desafio com SE, somente foi observado pela ausência da bactéria no fígado das aves tratadas in ovo com L. salivarius. A inoculação in ovo de microbiota cecal indefinida ou diluída não reduziu a colonização de SE no fígado e no ceco das aves, incluindo, neste último, também o tratamento com L. salivarius. Nenhum dos tratamentos in ovo determinou índice de eclodibilidade superior a 65%.