Development of cardiovascular magnetic resonance imaging techniques for improved characterization of atherosclerotic disease

Atherosclerosis is a chronic cardiovascular disease that involves the thicken¬ing of the artery walls as well as the formation of plaques (lesions) causing the narrowing of the lumens, in vessels such as the aorta, the coronary and the carotid arteries. Magnetic resonance imaging (MRI) is a promising modality for the assessment of atherosclerosis, as it is a non-invasive and patient-friendly procedure that does not use ionizing radiation. MRI offers high soft tissue con¬trast already without the need of intravenous contrast media; while modifica¬tion of the MR pulse sequences allows for further adjustment of the contrast for specific diagnostic needs. As such, MRI can create angiographic images of the vessel lumens to assess stenoses at the late stage of the disease, as well as blood flow-suppressed images for the early investigation of the vessel wall and the characterization of the atherosclerotic plaques. However, despite the great technical progress that occurred over the past two decades, MRI is intrinsically a low sensitive technique and some limitations still exist in terms of accuracy and performance. A major challenge for coronary artery imaging is respiratory motion. State- of-the-art diaphragmatic navigators rely on an indirect measure of motion, per¬form a ID correction, and have long and unpredictable scan time. In response, self-navigation (SM) strategies have recently been introduced that offer 100% scan efficiency and increased ease of use. SN detects respiratory motion di¬rectly from the image data obtained at the level of the heart, and retrospectively corrects the same data before final image reconstruction. Thus, SN holds po-tential for multi-dimensional motion compensation. To this regard, this thesis presents novel SN methods that estimate 2D and 3D motion parameters from aliased sub-images that are obtained from the same raw data composing the final image. Combination of all corrected sub-images produces a final image with reduced motion artifacts for the visualization of the coronaries. The first study (section 2.2, 2D Self-Navigation with Compressed Sensing) consists of a method for 2D translational motion compensation. Here, the use of com- pressed sensing (CS) reconstruction is proposed and investigated to support motion detection by reducing aliasing artifacts. In healthy human subjects, CS demonstrated an improvement in motion detection accuracy with simula¬tions on in vivo data, while improved coronary artery visualization was demon¬strated on in vivo free-breathing acquisitions. However, the motion of the heart induced by respiration has been shown to occur in three dimensions and to be more complex than a simple translation. Therefore, the second study (section 2.3,3D Self-Navigation) consists of a method for 3D affine motion correction rather than 2D only. Here, different techniques were adopted to reduce background signal contribution in respiratory motion tracking, as this can be adversely affected by the static tissue that surrounds the heart. The proposed method demonstrated to improve conspicuity and vi¬sualization of coronary arteries in healthy and cardiovascular disease patient cohorts in comparison to a conventional ID SN method. In the third study (section 2.4, 3D Self-Navigation with Compressed Sensing), the same tracking methods were used to obtain sub-images sorted according to the respiratory position. Then, instead of motion correction, a compressed sensing reconstruction was performed on all sorted sub-image data. This process ex¬ploits the consistency of the sorted data to reduce aliasing artifacts such that the sub-image corresponding to the end-expiratory phase can directly be used to visualize the coronaries. In a healthy volunteer cohort, this strategy improved conspicuity and visualization of the coronary arteries when compared to a con¬ventional ID SN method. For the visualization of the vessel wall and atherosclerotic plaques, the state- of-the-art dual inversion recovery (DIR) technique is able to suppress the signal coming from flowing blood and provide positive wall-lumen contrast. How¬ever, optimal contrast may be difficult to obtain and is subject to RR variability. Furthermore, DIR imaging is time-inefficient and multislice acquisitions may lead to prolonged scanning times. In response and as a fourth study of this thesis (chapter 3, Vessel Wall MRI of the Carotid Arteries), a phase-sensitive DIR method has been implemented and tested in the carotid arteries of a healthy volunteer cohort. By exploiting the phase information of images acquired after DIR, the proposed phase-sensitive method enhances wall-lumen contrast while widens the window of opportunity for image acquisition. As a result, a 3-fold increase in volumetric coverage is obtained at no extra cost in scanning time, while image quality is improved. In conclusion, this thesis presented novel methods to address some of the main challenges for MRI of atherosclerosis: the suppression of motion and flow artifacts for improved visualization of vessel lumens, walls and plaques. Such methods showed to significantly improve image quality in human healthy sub¬jects, as well as scan efficiency and ease-of-use of MRI. Extensive validation is now warranted in patient populations to ascertain their diagnostic perfor¬mance. Eventually, these methods may bring the use of atherosclerosis MRI closer to the clinical practice. Résumé L'athérosclérose est une maladie cardiovasculaire chronique qui implique le épaississement de la paroi des artères, ainsi que la formation de plaques (lé¬sions) provoquant le rétrécissement des lumières, dans des vaisseaux tels que l'aorte, les coronaires et les artères carotides. L'imagerie par résonance magné¬tique (IRM) est une modalité prometteuse pour l'évaluation de l'athérosclérose, car il s'agit d'une procédure non-invasive et conviviale pour les patients, qui n'utilise pas des rayonnements ionisants. L'IRM offre un contraste des tissus mous très élevé sans avoir besoin de médias de contraste intraveineux, tan¬dis que la modification des séquences d'impulsions de RM permet en outre le réglage du contraste pour des besoins diagnostiques spécifiques. À ce titre, l'IRM peut créer des images angiographiques des lumières des vaisseaux pour évaluer les sténoses à la fin du stade de la maladie, ainsi que des images avec suppression du flux sanguin pour une première enquête des parois des vais¬seaux et une caractérisation des plaques d'athérosclérose. Cependant, malgré les grands progrès techniques qui ont eu lieu au cours des deux dernières dé¬cennies, l'IRM est une technique peu sensible et certaines limitations existent encore en termes de précision et de performance. Un des principaux défis pour l'imagerie de l'artère coronaire est le mou¬vement respiratoire. Les navigateurs diaphragmatiques de pointe comptent sur une mesure indirecte de mouvement, effectuent une correction 1D, et ont un temps d'acquisition long et imprévisible. En réponse, les stratégies d'auto- navigation (self-navigation: SN) ont été introduites récemment et offrent 100% d'efficacité d'acquisition et une meilleure facilité d'utilisation. Les SN détectent le mouvement respiratoire directement à partir des données brutes de l'image obtenue au niveau du coeur, et rétrospectivement corrigent ces mêmes données avant la reconstruction finale de l'image. Ainsi, les SN détiennent un poten¬tiel pour une compensation multidimensionnelle du mouvement. A cet égard, cette thèse présente de nouvelles méthodes SN qui estiment les paramètres de mouvement 2D et 3D à partir de sous-images qui sont obtenues à partir des mêmes données brutes qui composent l'image finale. La combinaison de toutes les sous-images corrigées produit une image finale pour la visualisation des coronaires ou les artefacts du mouvement sont réduits. La première étude (section 2.2,2D Self-Navigation with Compressed Sensing) traite d'une méthode pour une compensation 2D de mouvement de translation. Ici, on étudie l'utilisation de la reconstruction d'acquisition comprimée (compressed sensing: CS) pour soutenir la détection de mouvement en réduisant les artefacts de sous-échantillonnage. Chez des sujets humains sains, CS a démontré une amélioration de la précision de la détection de mouvement avec des simula¬tions sur des données in vivo, tandis que la visualisation de l'artère coronaire sur des acquisitions de respiration libre in vivo a aussi été améliorée. Pourtant, le mouvement du coeur induite par la respiration se produit en trois dimensions et il est plus complexe qu'un simple déplacement. Par conséquent, la deuxième étude (section 2.3, 3D Self-Navigation) traite d'une méthode de cor¬rection du mouvement 3D plutôt que 2D uniquement. Ici, différentes tech¬niques ont été adoptées pour réduire la contribution du signal du fond dans le suivi de mouvement respiratoire, qui peut être influencé négativement par le tissu statique qui entoure le coeur. La méthode proposée a démontré une amélioration, par rapport à la procédure classique SN de correction 1D, de la visualisation des artères coronaires dans le groupe de sujets sains et des pa¬tients avec maladies cardio-vasculaires. Dans la troisième étude (section 2.4,3D Self-Navigation with Compressed Sensing), les mêmes méthodes de suivi ont été utilisées pour obtenir des sous-images triées selon la position respiratoire. Au lieu de la correction du mouvement, une reconstruction de CS a été réalisée sur toutes les sous-images triées. Cette procédure exploite la cohérence des données pour réduire les artefacts de sous- échantillonnage de telle sorte que la sous-image correspondant à la phase de fin d'expiration peut directement être utilisée pour visualiser les coronaires. Dans un échantillon de volontaires en bonne santé, cette stratégie a amélioré la netteté et la visualisation des artères coronaires par rapport à une méthode classique SN ID. Pour la visualisation des parois des vaisseaux et de plaques d'athérosclérose, la technique de pointe avec double récupération d'inversion (DIR) est capa¬ble de supprimer le signal provenant du sang et de fournir un contraste posi¬tif entre la paroi et la lumière. Pourtant, il est difficile d'obtenir un contraste optimal car cela est soumis à la variabilité du rythme cardiaque. Par ailleurs, l'imagerie DIR est inefficace du point de vue du temps et les acquisitions "mul- tislice" peuvent conduire à des temps de scan prolongés. En réponse à ce prob¬lème et comme quatrième étude de cette thèse (chapitre 3, Vessel Wall MRI of the Carotid Arteries), une méthode de DIR phase-sensitive a été implémenté et testé

Post-transcriptional regulation of circadian gene expression by miRNAs

La grande majorité des organismes vivants ont développé un système d'horloges biologiques internes, appelées aussi horloges circadiennes, contrôlant l'expression de gênes impliqués dans de nombreux processus moléculaires et comportementaux. Au cours de la dernière décennie, des analyses « microarray » et séquençages à haut débit sur divers tissus de mammifères, indiquent que jusqu'à 20% du transcriptome serait sous contrôle circadien. Il était jusqu'à présent admis que la majorité des ARNm ayant une accumulation rythmique était générée par une transcription qui était elle-même rythmique. Toutefois, de récentes études ont suggéré qu'une proportion considérable des ARNm cycliques serait en fait générée par des mécanismes post-transcriptionnelles, incluant une régulation par micro-ARN (miARN). Lorsque j'ai débuté mon travail de thèse, l'influence des miARN sur l'expression des gènes circadiens, au niveau pangénomique, était encore méconnue. Par l'utilisation d'un modèle murin, dont la biogenèse des miARN a été spécifiquement désactivée au niveau des cellules hépatiques (knockout conditionnel pour Dicer), je me suis donc intéressée au rôle que jouaient ces molécules régulatrices sur la rythmicité de l'expression génique dans le foie. Des séquençages sur l'ensemble du transcriptome révèlent que l'horloge interne du foie est étonnement résistante à la perte totale des miARN. Nous avons cependant trouvé que les miARN agissent de façon importante sur la régulation de l'expression des gènes contrôlés par l'horloge moléculaire. La corégulation par les miARN, affectant jusqu'à 30% des gènes transcrits de façon rythmiques, conduit ainsi à une modulation de phase et d'amplitude du rythme de l'abondance des ARNm. En revanche, seuls peu de transcrits dépendent uniquement des miARN pour la rythmicité de leur accumulation. Enfin, mon travail met en évidence plusieurs miARN spécifiques, qui semblent préférentiellement moduler l'expression des gènes cycliques et permet l'identification de voies hépatiques particulièrement sujettes à une double régulation par les miARN et l'horloge biologique interne. La première masse d'analyses a essentiellement porté sur le rôle que jouent les miARN au niveau de l'expression des gènes contrôlés par l'horloge interne. Dans deux études de suivi, je me suis penchée sur deux aspects supplémentaires et complémentaires de la manière dont les miARN et l'oscillation de l'expression des gènes interagissent. Dans les hépatocytes murins, spécifiquement privés de Dicer, je me suis demandée si un phénotype horloge avait pu être masqué, dû à un entraînement stable de l'horloge du foie par l'horloge maîtresse du cerveau. J'ai donc commencé une série d'expériences ambitieuses (impliquant la mesure de la rythmicité du foie in vivo, chez l'animal vivant) afin de déséquilibrer l'entrainement de l'horloge hépatique via l'utilisation d'un protocole nutritionnel spécifique. Les premiers résultats suggèrent que dans des conditions où l'animal subit une restriction alimentaire pendant la journée, les miARN sont importants dans la cinétique d'adaptation des organes périphériques à un nouvel horaire de sustentation. Dans une deuxième ligne de recherche, j'ai plus profondément étudié quels seraient les miARN responsables des rythmes post-transcriptionnels des ARNm, en utilisant le séquençage de « small » ARN sur 24h. L'analyse est en cours et se poursuivra après l'obtention de mon diplôme. De façon générale, mon travail révèle d'importants et nouveaux rôles des miARN dans la modulation de l'expression circadienne des gènes hépatiques. De plus, le set de données générées dans l'étude déjà publiée, peut dorénavant servir de ressource valable pour de prochaines investigations sur le rôle physiologique que les miARN jouent au niveau du foie. -- Most living organisms have developed internal timing systems, called circadian clocks, to drive the rhythmic expression of genes involved in many molecular and behavioral processes. Over the last decade, microarray analyses and high- throughput sequencing from various mammalian tissues have indicated that up to 20% of the transcriptome are under circadian control. It was generally assumed that the majority of rhythmic mRNA accumulation is generated by rhythmic transcription. However, recent studies have suggested that a considerable proportion of mRNA cycling may actually be generated by post-transcriptional mechanisms, including by microRNAs. When I started my thesis work, it was still unknown how miRNAs influence circadian gene expression in a genome-wide fashion. Using a mouse model in which miRNA biogenesis can be inactivated in hepatocytes (conditional Dicer knockout mouse), I have thus addressed the role that these regulatory molecules play in rhythmic gene expression in the liver. Whole transcriptome sequencing revealed that the hepatic core clock was surprisingly resilient to total miRNA loss. However, we found that miRNAs acted as important regulators of clock-controlled gene expression. Co- regulation by miRNAs, which affected up to 30% of rhythmically transcribed genes, thus led to the modulation of phases and amplitudes of mRNA abundance rhythms. By contrast, only very few transcripts were strictly dependent on miRNAs for their rhythmic accumulation. Finally, my work highlights several specific miRNAs that appear to preferentially modulate cyclic gene expression, and identifies pathways in the liver that are particularly prone to dual regulation through miRNAs and the clock. The first bulk of analyses mainly dealt with the role that miRNAs play at the level of rhythmic clock output gene expression. In two follow-up studies I further delved into two additional, complementary aspects of how miRNAs and gene expression oscillations interact. First, I addressed whether a core clock phenotype in the hepatocyte-specific Dicer knockout could have been masked due to the stable entrainment of the liver clock by the animals' master clock in the brain. I thus started a series of ambitious experiments (involving the in vivo recording of liver rhythms in live animals) to bring the stable entrainment of the liver clock out of equilibrium using specific feeding protocols. My first results suggest that under conditions when animals are challenged by food restriction to daytime, miRNAs are important for the kinetics of adapting to unusual mealtime in peripheral tissue. In a second line of research, I have more carefully investigated which miRNAs are responsible for post- transcriptional mRNA rhythms using small RNA sequencing around-the-clock. The analyses are ongoing and will be continued after my graduation. Overall, my work uncovered important and novel roles of miRNA activity in shaping hepatic circadian gene expression; moreover, the datasets collect in the published studies can serve as a valuable resource for further investigations into the physiological roles that miRNAs play in liver. -- L'alternance du jour et de la nuit dirige depuis longtemps la vie quotidienne des êtres humains et de la plupart des organismes sur terre. Ce cycle de 24 heures façonne beaucoup de changements comportementaux et physiologiques tels que la vigilance, la température corporelle et le sommeil. Les rythmes journaliers, appelés rythmes circadiens, sont dirigés par des horloges biologiques tournant dans presque chaque cellule du corps. Une structure dans le cerveau agit en tant qu'horloge maitresse pour synchroniser les horloges internes entre elles et en fonction des signaux de jour/nuit extérieurs. Dans les cellules "les gènes de l'horloge" sont activés et désactivés une fois par jour ce qui déclenche des cycles dans lesquels des protéines sont produites de manière circadienne. Ces rythmes protéiques sont spécialisés pour chaque tissu ou organe et peuvent les aider à réaliser leurs tâches quotidiennes. Les rythmes circadiens peuvent être générés d'autres manières n'impliquant pas directement les composants des gènes de l'horloge. Les ARN messagers (ARNm) sont des molécules intermédiaires dans la production de protéines à partir d'ADN. Dans le foie des souris jusqu'à 20% des molécules d'ARNm sont produites suivant des rythmes circadiens. Le foie réalise des tâches essentielles dans le contrôle du métabolisme incluant celui des hydrates de carbone, des graisses et du cholestérol. Un timing précis est important afin de traiter les substances nutritives correctement lors des repas il en résulte une variation des quantités de certains ARNm et protéines coïncidant avec les repas. Les microARNs constituent une autre classe de molécules ARN de très petite taille qui régulent l'efficacité de traduction des ARNm en protéines et la stabilité des ARNm. Lors de mon travail de thèse, j'ai exploré de manière approfondie l'influence de ces petits régulateurs sur les rythmes circadiens du foie de souris. Ces expériences qui impliquaient le "Knock-out" d'un gène essentiel à la production de microARNs montrent qu'au lieu de générer les rythmes des ARNm, les microARNs les ajustent pour répondre aux besoins spécifiques du foie comme assurer leur pic au bon moment de la journée. Le ciblage de microARNs spécifiques peut révéler de nouvelles stratégies pour rectifier ces rythmes lorsque par exemple les fonctions métaboliques ne fonctionnent plus normalement. -- The rising and setting of the sun have long driven the daily schedules of humans and most organisms on the earth. This 24-hr cycle shapes many behavioural and physiological changes, such as alertness, body temperature, and sleep. These daily rhythms, which are called circadian rhythms, are dictated by biological clocks that are ticking in almost every single cell of the body. A region in the brain acts as a master clock to synchronize the internal clocks with each other and with the outside light/dark cycles. In cells, "core clock genes" are turned on and off once per day, which triggers cycles that cause some proteins to be produced in a circadian manner. The protein rhythms are specialized to a particular tissue or organ, and may help them to carry out their designated daily tasks. However, circadian rhythms might also be produced by other ways that do not involve these core clock components. Messenger RNAs (mRNAs) are intermediate molecules in the production of proteins from DNA. In the mouse liver, up to 20% of mRNA molecules are produced in circadian cycles. The liver performs essential tasks that control metabolism-including that of carbohydrates, fats, and cholesterol. Precisely timing when certain mRNAs and proteins reach peaks and troughs in their activities to coincide with mealtimes is important for nutrients to be properly processed. Other RNA molecules called microRNAs, i.e. RNAs of very small size, regulate at which rate mRNA molecules are translated into proteins. In my thesis work, I have explored at the influence of these small regulators on circadian rhythms in the mouse liver in greater detail. These experiments, which involved "knocking out" a gene that is essential for the production of microRNAs, show that rather than generating the mRNA rhythms, the microRNAs appear to adjust them to meet the specific needs of the liver, such as ensuring that they peak at the right time-of-day. Targeting specific microRNA molecules may reveal new strategies to tweak these rhythms, which could help to improve conditions when metabolic functions go wrong.

Impact of body tilt on the central aortic pressure pulse

Le but de cette thèse a été d'investiguer la relation entre, d'une part le temps de propagation de l'onde de pouls artérielle du coeur vers les membres inférieurs, et d'autre part le temps séparant, au niveau de l'aorte ascendante, la génération de l'onde antérograde du retour des ondes réfléchies. Le principe de la méthode employée a été de mesurer ces deux temps par deux méthodes indépendantes, ce en les faisant varier par changement rapide de la position du corps, chez sujets humains volontaires. Le facteur gravitationnel a en effet une influence majeure sur la pression transmurale des artères, dont dépend largement la vitesse de propagation des ondes de pouls, tant dans le sens antérograde que rétrograde. Vingt sujets jeunes, en bonne santé, dontIO hommes et 10 femmes, ont été examinés sur une table de tilt, dans deux positions différentes : tête vers le bas (angle de tilt : - 10°) et tête vers le haut (+45°).Dans chaque position, le temps de propagation carotido- femorale (Tcf, succédané du temps aorto-fémoral) et carotido-tibial (Tct, succédané du temps aorto-tibial) a été mesuré avec l'appareil Complior. De même, dans chaque position la pression aortique centrale a été enregistrée par tonométrie radiale en utilisant l'appareil SphygmoCor qui applique une fonction de transfert généralisé pour reconstruire la forme de l'onde de pouls aortique. L'analyse de celle-ci permet ensuite de calculer les temps d'aller-retour des ondes réfléchies atteignant l'aorte pendant la systole (début de l'onde réfléchie, sT1 r) et pendant la diastole (temps de transit moyen de l'onde diastolique réfléchie dMTT). Le changement de position de tête vers le haut à tête vers le bas, a provoqué une augmentation importante du temps de propagation Tct (chez le femmes de 130±10 à 185±18msec, P<0,001 et chez les hommes de 136±9 à 204±18msec P<0.001) ainsi que du temps moyen de transition de l'onde diastolique réfléchie dMTT (chez les femmes de 364±35 à 499±33msec P<0,001 et chez les hommes de 406±22 à 553±21msec, P<0,001). Un modèle de régression mixte montre qu'entre les deux positions, les variations de dMTT sont environ le double de celles de Tct (coefficient de régression 2.1; 95% intervalle de confiance 1.9-2,3, P<0,001). Ces résultats suggèrent que les ondes diastoliques observées dans l'onde de pouls aortique central reconstruites par tonométrie radiale, correspondent, du moins en partie, aux ondes réfléchies générées au niveau des membres inférieurs.

Hospitalisation du proche : fatigue et coping du proche aidant à l'occasion de cette transition

Le processus de vieillissement entraîne une augmentation et une complexification des besoins de soins. Or, la proportion de personnes vieillissantes dans le monde et en Suisse s'accroit. Les professionnels de la santé ne disposent pas des moyens économiques et humains pour couvrir l'ensemble des besoins de soins. Les proches aidants contribuent de manière importante à la couverture des besoins. Cette contribution devient un élément central de la politique du maintien à domicile. Cependant, l'engagement à long terme des proches aidants auprès de leur parent peut influencer négativement leur état de santé. Pour une même classe d'âge, la population des proches aidants déclare un niveau de fatigue plus élevée que le reste de la population. Dans ce contexte, la fatigue est définie comme le résultat de l'ambivalence entre la demande en soins et les ressources dont dispose le proche aidant. L'hospitalisation du parent, qu'elle soit ou non liée à la fatigue, constitue un moment de crise pour le proche aidant. Face à cette crise, l'aidant mettra en oeuvre des stratégies de coping telles que conceptualisées dans la théorie transactionnelle du stress. Dans le cadre de la théorique intermédiaire de la transition de Meleis, le coping est un indicateur de processus de la transition qui doit permettre d'appréhender la transition vécue par l'aidant à l'occasion de l'hospitalisation du parent. Avec un devis corrélationnel descriptif, cette étude décrit les caractéristiques de l'échantillon de proches aidants, et du rôle qu'ils assument. Elle décrit le degré de fatigue et les styles de coping utilisés, et explore la relation entre la fatigue et le coping du proche aidant à l'occasion de l'hospitalisation du parent. Deux questionnaires auto-administrés ont été complétés par 33 participants. Cette étude a permis de dégager les résultats suivants : le score moyen de fatigue dans cet échantillon indique une fatigue légère selon la classification établie par Piper. Les participants mettent en avant l'influence du rôle d'aidant sur leur fatigue, ainsi que l'influence de leur propre santé et des contraintes économicoprofessionnelles. Le score moyen de fatigue varie en fonction de la nature de l'aide fournie. Il est significativement plus élevé lorsque le proche aidant soutient son parent dans les activités de la vie quotidienne (AVQ). Le style de coping mobilisé préférentiellement dans cet échantillon est le coping centré sur le problème, suivi du coping centré sur la recherche du soutien social, et enfin le coping centré sur l'émotion. Les aidants soutenant leur proche dans les AVQ mobilisent plus le coping centré sur l'émotion que ceux qui n'offrent pas ce type d'aide. Les principales sources de stress nommées par les participants sont l'état de santé du parent, son hospitalisation, et la rencontre avec le système de santé. Dans cet échantillon, nous n'avons pas observé de corrélation entre le degré de fatigue et les trois styles de coping. Des limites liées à la petite taille de l'échantillon amènent à la prudence quant à la généralisation des résultats de cette étude.

The role of the microRNAs in the age-associated oancreatic β-cell dysfunction

Le corps humain emploie le glucose comme source principale d'énergie. L'insuline, sécrétée par les cellules ß-pancreatiques situées dans les îlots de Langerhans, est l'hormone principale assurant un maintien constant du taux de glucose sanguin (glycémie). Les prédispositions génétiques, le manque d'activité physique et un régime déséquilibré peuvent entraîner une perte de sensibilité à l'insuline et des taux de glucose dans le sang élevé (hyperglycémie), une condition nommée diabète de type 2. Cette maladie est initiée par une sensibilité diminuée à l'insuline dans les tissus périphériques, entraînant une demande accrue en insuline. Cette pression continue finie par épuiser les cellules ß-pancreatiques, qui sécrètent alors des niveaux d'insuline insuffisant en trainant l'apparition du diabète. Le vieillissement est un facteur de risque important pour les maladies métaboliques dont le diabète de type 2 faits partis. En effet la majeure partie des diabétiques de type 2 ont plus de 45 ans. Il est connu que le vieillissement entraine une perte de sensibilité à l'insuline, une sécrétion altérée d'insuline, une baisse de réplication et une plus grande mort des ß-cellules pancréatiques. Le but de ma thèse était de mieux comprendre les mécanismes contribuante au dysfonctionnement des cellules ß- pancréatiques lors du vieillissement. Les travaux du « Human Genome Project » ont révélés que seulement 2% de notre génome code pour des protéines. Le reste non-codant fut alors désigné sous le nom de « ADN déchets ». Cependant, l'étude approfondie de cet ADN non-codant ces dernières deux décennies a démontré qu'une grande partie code pour des «MicroARNs », des ARNs courts (20-22 nucleotides) découverts en 1997 chez le vers C.elegans. Depuis lors ces molécules ont été intensivement étudiées, révélant un rôle crucial de ces molécules dans la fonction et la survie des cellules en conditions normales et pathologiques. Le but de cette thèse était d'étudier le rôle des microARNs dans le dysfonctionnement des cellules ß lors du vieillissement. Nos données suggèrent qu'ils peuvent jouer un rôle tantôt salutaire, tantôt nocif sur les cellules ß. Par exemple, certains microARNs réduisent la capacité des cellules ß à se multiplier ou réduisent leur survie, alors que d'autres protègent ces cellules contre la mort. Pour conclure, nous avons démontré les microARNs jouent un rôle important dans le dysfonctionnement des cellules ß lors du vieillissement. Ces nouvelles découvertes préparent le terrain pour la conception de futures stratégies visant à améliorer la résistance des cellules ß pancréatiques afin de trouver de nouveaux traitements du diabète de type 2. -- Le diabète de type 2 est une maladie métabolique due à la résistance à l'action de l'insuline des tissus cibles combinée à l'incapacité des cellules ß pancréatiques à sécréter les niveaux adéquats d'insuline. Le vieillissement est associé à un déclin global des fonctions de l'organisme incluant une diminution de la fonction et du renouvellement des cellules ß pancréatiques. Il constitue ainsi un risque majeur de développement des maladies métaboliques dont le diabète de type 2. Le but de cette thèse était d'étudier le rôle des microARNs (une classe d'ARN non- codants) dans le dysfonctionnement lié au vieillissement des cellules ß. L'analyse par microarray des niveaux d'expression des microARN dans les îlots pancréatiques de rats Wistar mâles âgés de 3 et 12 mois nous a permis d'identifier de nombreux changements d'expression de microARNs associés au vieillissement. Afin d'étudier les liens entre ces modifications et le déclin des cellules ß, les changements observés lors du vieillissement ont été reproduits spécifiquement dans une lignée cellulaire, dans des cellules ß primaires de jeune rats ou de donneurs humains sains. La diminution du miR-181a réduit la prolifération des cellules ß, tandis que la diminution du miR-130b ou l'augmentation du miR-383 protège contre l'apoptose induite par les cytokines. L'augmentation du miR-34a induit l'apoptose et inhibe la prolifération des cellules ß en réponse aux hormones Exendin-4 et prolactine et au facteur de croissance PDGF-AA. Cette perte de capacité réplicative est similaire à celle observée dans des cellules ß de rats âgés de 12 mois. Dans la littérature, la perte du récepteur au PDGF-r-a est associée à la diminution de la capacité proliférative des cellules ß observée lors du vieillissement. Nous avons pu démontrer que PDGF-r-a est une cible directe de miR- 34a, suggérant que l'effet néfaste de miR-34a sur la prolifération des cellules ß est, du moins en partie, lié à l'inhibition de l'expression de PDGF-r-a. L'expression de ce miR est aussi plus élevée dans le foie et le cerveau des animaux de 1 an et augmente avec l'âge dans les ilôts de donneurs non-diabétiques. Ces résultats suggèrent que miR-34a pourrait être non seulement impliqué dans l'affaiblissement des fonctions pancréatiques associé à l'âge, mais également jouer un rôle dans les tissus cibles de l'insuline et ainsi contribuer au vieillissement de l'organisme en général. Pour conclure, les travaux obtenus durant cette thèse suggèrent que des microARNs sont impliqués dans le dysfonctionnement des cellules ß pancréatiques durant le vieillissement. -- Type 2 diabetes is a metabolic disease characterized by impaired glucose tolerance, of the insulin sensitive tissues and insufficient insulin secretion from the pancreatic ß-cells to sustain the organism demand. Aging is a risk factor for the majority of the metabolic diseases including type 2 diabetes. With aging is observed a decline in all body function, due to decrease both in cell efficiency and renewal. The aim of this thesis was to investigate the potential role of microRNAs (short non- coding RNAs) in the pancreatic ß-cell dysfunction associated with aging. Microarray analysis of microRNA expression profile in pancreatic islets from 3 and 12 month old Wistar male rats revealed important changes in several microRNAs. To further study the link between those alterations and the decline of ß-cells, the changes observed in old rats were mimicked in immortalized ß-cell lines, primary young rat and human islets. Downregulation of miR-181a inhibited pancreatic ß-cell proliferation in response to proliferative drugs, whereas downregulation of miR-130b and upregulation of miR-383 protected pancreatic ß-cells from cytokine stimulated apoptosis. Interestingly, miR-34a augmented pancreatic ß-cell apoptosis and inhibited ß-cell proliferation in response to the proliferative chemicals Exendin-4, prolactin and PDGF-AA. This loss of replicative capacity is reminiscent of what we observed in pancreatic ß-cells isolated from 12 month old rats. We further observed a correlation between the inhibitory effect of miR-34a on pancreatic ß-cell proliferation and its direct interfering effect of this microRNA on PDGF-r-a, which was previously reported to be involved in the age-associated decline of pancreatic ß-cell proliferation. Interestingly miR-34a was upregulated in the liver and brain of 1 year old animals and positively correlated with age in pancreatic islets of normoglycemic human donors. These results suggest that miR-34a might be not only involved in the age-associated impairment of the pancreatic ß-cell functions, but also play a role in insulin target tissues and contribute to the aging phenotype on the organism level. To conclude, we have demonstrated that microRNAs are indeed involved in the age-associated pancreatic ß-cell dysfunction and they can play both beneficial and harmful roles in the context of pancreatic ß-cell aging.

Functional impact of genetic variation on gene expression

Numerous links between genetic variants and phenotypes are known and genome-wide association studies dramatically increased the number of genetic variants associated with traits during the last decade. However, how changes in the DNA perturb the molecular mechanisms and impact on the phenotype of an organism remains elusive. Studies suggest that many traitassociated variants are in the non-coding region of the genome and probably act through regulation of gene expression. During my thesis I investigated how genetic variants affect gene expression through gene regulatory mechanisms. The first chapter was a collaborative project with a pharmaceutical company, where we investigated genome-wide copy number variation (CNVs) among Cynomolgus monkeys (Macaca fascicularis) used in pharmaceutical studies, and associated them to changes in gene expression. We found substantial copy number variation and identified CNVs linked to tissue-specific expression changes of proximal genes. The second and third chapters focus on genetic variation in humans and its effects on gene regulatory mechanisms and gene expression. The second chapter studies two human trios, where the allelic effects of genetic variation on genome-wide gene expression, protein-DNA binding and chromatin modifications were investigated. We found abundant allele specific activity across all measured molecular phenotypes and show extended coordinated behavior among them. In the third chapter, we investigated the impact of genetic variation on these phenotypes in 47 unrelated individuals. We found that chromatin phenotypes are organized into local variable modules, often linked to genetic variation and gene expression. Our results suggest that chromatin variation emerges as a result of perturbations of cis-regulatory elements by genetic variants, leading to gene expression changes. The work of this thesis provides novel insights into how genetic variation impacts gene expression by perturbing regulatory mechanisms. -- De nombreux liens entre variations génétiques et phénotypes sont connus. Les études d'association pangénomique ont considérablement permis d'augmenter le nombre de variations génétiques associées à des phénotypes au cours de la dernière décennie. Cependant, comprendre comment ces changements perturbent les mécanismes moléculaires et affectent le phénotype d'un organisme nous échappe encore. Des études suggèrent que de nombreuses variations, associées à des phénotypes, sont situées dans les régions non codantes du génome et sont susceptibles d'agir en modifiant la régulation d'expression des gènes. Au cours de ma thèse, j'ai étudié comment les variations génétiques affectent les niveaux d'expression des gènes en perturbant les mécanismes de régulation de leur expression. Le travail présenté dans le premier chapitre est un projet en collaboration avec une société pharmaceutique. Nous avons étudié les variations en nombre de copies (CNV) présentes chez le macaque crabier (Macaca fascicularis) qui est utilisé dans les études pharmaceutiques, et nous les avons associées avec des changements d'expression des gènes. Nous avons découvert qu'il existe une variabilité substantielle du nombre de copies et nous avons identifié des CNVs liées aux changements d'expression des gènes situés dans leur voisinage. Ces associations sont présentes ou absentes de manière spécifique dans certains tissus. Les deuxième et troisième chapitres se concentrent sur les variations génétiques dans les populations humaines et leurs effets sur les mécanismes de régulation des gènes et leur expression. Le premier se penche sur deux trios humains, père, mère, enfant, au sein duquel nous avons étudié les effets alléliques des variations génétiques sur l'expression des gènes, les liaisons protéine-ADN et les modifications de la chromatine. Nous avons découvert que l'activité spécifique des allèles est abondante abonde dans tous ces phénotypes moléculaires et nous avons démontré que ces derniers ont un comportement coordonné entre eux. Dans le second, nous avons examiné l'impact des variations génétiques de ces phénotypes moléculaires chez 47 individus, sans lien de parenté. Nous avons observé que les phénotypes de la chromatine sont organisés en modules locaux, qui sont liés aux variations génétiques et à l'expression des gènes. Nos résultats suggèrent que la variabilité de la chromatine est due à des variations génétiques qui perturbent des éléments cis-régulateurs, et peut conduire à des changements dans l'expression des gènes. Le travail présenté dans cette thèse fournit de nouvelles pistes pour comprendre l'impact des différentes variations génétiques sur l'expression des gènes à travers les mécanismes de régulation.

L'invention de la race : des représentations scientifiques aux exhibitions populaires

4e de couv.: Comment est né le concept moderne, scientifique, de "race" ? Pourquoi est-il devenu si rapidement hiérarchique, distinguant les "races inférieures" des "races supérieures" ? Et comment ce concept a-t-il pu revêtir une telle importance, aussi bien au sein de la communauté scientifique qu'auprès du grand public, au cours du XIXe siècle et du début du XXe siècle, jusqu'à être utilisé pour expliquer l'histoire et le devenir de l'humanité ? Autant d'interrogations, à l'origine de ce livre. L'invention de la race analyse la genèse des conceptions scientifiques de la "race", et montre que les nouvelles techniques de mesure et de représentation des corps racialisés opèrent une révolution visuelle majeure, inscrivant la différence humaine dans la biologie. Cet ouvrage avance qu'à partir d'une origine européenne, l'idée de race s'est étendue - par les connexions transnationales de réseaux scientifiques et marchands -, à tout l'Occident, mais aussi au Japon, à la Corée et à une partie de la Chine. Partout, elle suscite représentations et politique raciales discriminatoires. L'ouvrage montre aussi que les théories sur les hiérarchies raciales ont influencé les spectacles ethniques (dont les zoos humains), les expositions internationales et coloniales, la photographie ou les collections ethnographiques. Les expositions internationales et coloniales et l'internationalisation des spectacles ethniques ont largement véhiculé ces hiérarchies, contribuant forger une vision du monde fondée sur l'inégalité des races.

The role of raptor in cell death

Selon les statistiques, les maladies cancéreuses sont en augmentation dans les pays en développement ainsi que dans les pays industrialisés. Ceci peut s'expliquer largement par les habitudes alimentaires, le tabagisme, les infections, le manque d'activité physique, la pollution et le stress, entre autres. Ainsi, l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) prévoit une augmentation de la fréquence des cancers avec 15 millions de nouveaux cas par an en 2020. La transformation d'une cellule normale en une cellule cancéreuse se déroule en plusieurs étapes avec, au niveau moléculaire, différentes mutations ciblant des protéines régulant la croissance cellulaire. Un des exemples de protéines qui participent au contrôle des voies cellulaires impliquées lors de la prolifération des cellules sont les complexes de protéines mTORCl et mTORC2 (« mammalian target of rapamycin complex 1 and 2 »). Ces complexes mTORCl et mTORC2 activent des processus anaboliques (la synthèse de protéines et de lipides, le métabolisme énergétique, entre autres) et inhibent en même temps des voies de catabolismes cellulaires (autophagie et synthèse de lysosomes). Ils sont souvent mutés dans de nombreux cas de cancers, c'est pourquoi ils sont la cible de nombreux traitements anti-cancéreux. Pour ces raisons, nous nous sommes intéressés aux mécanismes d'actions moléculaires des drogues qui ciblent les complexes mTORCl et mTORC2. Nous avons ainsi découvert qu'une molécule présente uniquement dans le complexe mTORCl, raptor, était clivée en un fragment plus petit lors du traitement de cellules cancéreuses avec des drogues. Des molécules activées durant la mort cellulaire programmée par apoptose, les caspases, se sont révélées responsables du clivage de raptor. Nous avons ensuite décrit de façon précise les sites de clivage de raptor par les caspases durant la mort cellulaire. Il s'est avéré que le clivage de raptor affaiblissait son interaction avec mTOR au sein du complexe mTORCl, ce qui participe à l'inactivation de mTORCl lors de traitements avec des molécules anti-cancéreuses. Ces résultats nous ont permis de mieux comprendre les mécanismes d'actions de différentes drogues anti-cancéreuses au niveau du complexe mTORCl, ce qui peut être utile pour la synthèse de nouvelles molécules ciblant mTORCl ainsi que pour lutter contre les mécanismes de résistance chimiothérapeutiques. -- La protéine « mammalian target of rapamycin » (mTOR) est une sérine/thréonine kinase qui est hautement conservée des protistes à l'être humain. Deux complexes mTOR existent : le complexe 1 mTOR (mTORCl) et le complexe 2 mTOR (mTORC2). Ils régulent positivement des processus anaboliques (synthèse de protéines et de lipides, le métabolisme énergétique, l'organisation du cytosquelette, la survie cellulaire) et négativement des voies cataboliques (autophagic, biogenèse de lysosomes). Les complexes mTORCl et mTORC2 sont sensibles aux signaux mitogéniques tels que les acides aminés, le glucose, les facteurs de croissance, l'état énergétique (ATP) et les niveaux d'oxygène et induisent des voies de croissance cellulaire essentielles. La voie cellulaire regulée par mTORCl peut être hyperactivée dans de nombreux cancers humains. Puisque plusieurs voies cellulaires convergent et régulent les complexes mTORCl et mTORC2, des mutations dans les kinases en amont peuvent mener à une dérégulation de l'activation de mTOR. Des stratégies thérapeutiques ont été développées pour cibler les complexes mTORCl et mTORC2, ainsi que les kinases en amont qui régulent mTOR. Plusieurs drogues ciblant mTORCl, telles que la rapamycine et la curcumine, affectent l'interaction entre mTOR et un composant spécifique de mTORCl, raptor. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés aux mécanismes moléculaires des drogues qui ciblent mTORCl, ainsi que leur effet déstabilisant sur l'interaction entre mTOR et raptor dans des lignées cellulaires de lymphomes. Nous avons démontré que raptor était clivé en un fragment de lOOkDa après traitement avec la rapamycine, la curcumine, l'étoposide, la cisplatine, la staurosporine et le ligand Fas (FasL). Etant donné que ces drogues ont été décrites comme induisant I'apoptose, l'utilisation d'un inhibiteur de caspases (z- VAD-fmk) a révélé que le clivage de raptor, lors de la mort cellulaire, était dépendant des caspases. Des essais caspases in vitro ont permis d'identifier la caspase-6 (ainsi que probablement d'autres caspases) comme étant une protéase impliquée dans le clivage de raptor. La séquence protéique de raptor a montré potentiellement plusieurs sites de clivage de caspases aux extrémités amino-terminale et carboxy-terminale. La mutagénèse a permis d'identifier les sites de clivages de raptor par les caspases comme étant DEAD LTD (acides aminés 17-23) et DDADD (acides aminés 939¬943). De plus, le clivage de raptor corrèle avec l'inhibition de l'activité de mTORCl envers ces substrats (S6K et 4E-BP1). Nous avons aussi observé que le clivage de raptor affaiblissait l'interaction entre mTOR et raptor, ce qui indique que ce clivage est une étape critique dans l'inhibition de mTORCl durant I'apoptose. Pour terminer, la mutagénèse du site de clivage de raptor DDADD a montré une résistance à la mort cellulaire de cellules cancéreuses. Notre travail de recherche a révélé un nouveau mécanisme moléculaire qui module l'organisation et l'activité de mTORCl, ce qui peut être d'un grand intérêt pour les recherches dans le domaine de mTOR ainsi que pour la découverte de molécules ciblant mTORCl. -- The mammalian target of rapamycin (mTOR) is a serine/threonine protein kinase, which is highly conserved from yeast to humans. Two different mTOR complexes exist: the mTOR complex 1 (mTORCl) and the mTOR complex 2 (mTORC2). They positively regulate anabolic processes (protein and lipid synthesis, energy metabolism, cytoskeleton organization, cell survival) and negatively regulate catabolic pathways (autophagy, lysosome biogenesis). The mTORCl and mTORC2 respond to mitogenic stimuli such as amino acids, glucose, growth factors, energy levels (ATP) and oxygen levels and drive essential cellular growth pathways. The mTORCl pathway can be found hyperactivated in numerous human cancers. As various cellular pathways converge and regulate mTORCl and mTORC2, mutations in upstream protein kinases can lead to a deregulated mTOR activation. Different therapeutic strategies have been developped to target mTORCl, mTORC2, as well as upstream protein kinases regulating mTOR pathways. Various drugs targeting mTORCl, such as rapamycin and curcumin, affect the interaction between mTOR and a specific mTORCl component, raptor. In this study, we investigated the molecular mechanisms of drugs targeting mTORCl, as well as their destabilizing effect on the mTOR-raptor interaction in lymphoma cell lines. We demonstrated that raptor was processed into a lOOkDa fragment after treatment with rapamycin, curcumin, etoposide, cisplatin, staurosporine and FasL. As these drugs were reported to induce apoptosis, the use of a pan-caspase inhibitor (z-VAD-fmk) revealed that the cleavage of raptor under cell death was caspase-dependent. In vitro caspase assays were performed to identify caspases-6 (and probably other caspases) as an important cysteine protease implicated in the cleavage of raptor. Analysis of raptor protein sequence showed several putative caspase-specific cleavage sites at the N-terminal and the C-terminal ends. Mutagenesis studies allowed us to identify the DEADLTD (amino acids 17-23) and the DDADD (amino acids 939-943) as the caspase-dependent cleavage residues of raptor. Furthermore, the cleavage of raptor correlated with inhibition of mTORCl activity towards its specific targets (4E-BP1 and S6K). We also highlighted that raptor processing weakened the interaction between mTOR and raptor, indicating that raptor cleavage is a critical step in the mTORCl inhibition process during apoptosis. Finally, mutagenesis of raptor C-terminal cleavage site (DDADD) conferred resistance to the chemotherapeutic-mediated cell death cascade of cancer cell. Our research work highlighted a new molecular mechanism modulating mTORCl organization and activity, which can be of great interest in the mTOR field research and for designing drugs trageting mTORCl.

Characterization of local and systemic immune-modulation in melanoma patients

Le mélanome cutané est un des cancers les plus agressifs et dont l'incidence augmente le plus en Suisse. Une fois métastatique, le pronostic de survie moyenne avec les thérapies actuelles est d'environ huit mois, avec moins de 5% de survie à cinq ans. Les récents progrès effectués dans la compréhension de la biologie de la cellule tumorale mais surtout dans l'importance du système immunitaire dans le contrôle de ce cancer ont permis le développement de nouveaux traitements novateurs et prometteurs. Ces thérapies, appelées immunothérapies, reposent sur la stimulation et l'augmentation de la réponse immunitaire à la tumeur. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré l'efficacité de ces traitements chez les patients avec des stades avancés de la maladie, le contrôle de la maladie à long- terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression locale et systémique de la réponse immunitaire spécifique anti-tumorale apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Des études sur les souris ont montré que les vaisseaux lymphatiques joueraient un rôle primordial dans ce processus en induisant une tolérance immune, ce qui permettrait à la tumeur d'échapper au contrôle du système immunitaire et métastatiser plus facilement. Ces excitantes découvertes n'ont pas encore été établi et prouvé chez l'homme. Dans cette thèse, nous montrons pour la première fois que les vaisseaux lymphatiques sont directement impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire au niveau local et systémique dans le mélanome chez l'homme. Ces récentes découvertes montrent le potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec les immunothérapies actuellement utilisées afin d'améliorer le pronostic des patients atteint du mélanome. -- Cutaneous melanoma is one of the most invasive and metastatic human cancers and causes 75% of skin cancer mortality. Current therapies such as surgery and chemotherapy fail to control metastatic disease, and relapse occurs frequently due to microscopic residual lesions. It is, thus, essential to develop and optimize novel therapeutic strategies to improve curative responses in these patients. In recent decades, tumor immunologists have revealed the development of spontaneous adaptive immune responses in melanoma patients, leading to the accumulation of highly differentiated tumor-specific T cells at the tumor site. This remains one of the most powerful prognostic markers to date. Immunotherapies that augment the natural function of these tumor-specific T cells have since emerged as highly attractive therapeutic approaches to eliminate melanoma cells. While recent clinical trials have demonstrated great progress in the treatment of advanced stage melanoma, long-term disease control is still only achieved in a minority of patients. Local and systemic immune suppression by the tumor appears to be responsible, in part, for this poor clinical evolution. These facts underscore the need for a better analysis and characterization of immune- related pathways within the tumor microenvironment (TME), as well as at the systemic level. The overall goal of this thesis is, thus, to obtain greater insight into the complexity and heterogeneity of the TME in human melanoma, as well as to investigate immune modulation beyond the TME, which ultimately influences the immune system throughout the whole body. To achieve this, we established two main objectives: to precisely characterize local and systemic immune modulation (i) in untreated melanoma patients and (ii) in patients undergoing peptide vaccination or checkpoint blockade therapy with anti-cytotoxic T- lymphocyte-asisctaed protein-4 (CTLA-4) antibody. In the first and main part of this thesis, we analyzed lymphatic vessels in relation to anti-tumor immune responses in tissues from vaccinated patients using a combination of immunohistochemistry (IHC) techniques, whole slide scanning/analysis, and an automatic quantification system. Strikingly, we found that increased lymphatic vessel density was associated with high expression of immune suppressive molecules, low functionality of tumor-infiltrating CD8+ T cells and decreased cytokine production by tumor-antigen specific CD8+ T cells in the blood. These data revealed a previously unappreciated local and systemic role of lymphangiogenesis in modulating T cell responses in human cancer and support the use of therapies that target lymphatic vessels combined with existing and future T cell based therapies. In the second objective, we describe a metastatic melanoma patient who developed pulmonary sarcoid-like granulomatosis following repetitive vaccination with peptides and CpG. We demonstrated that the onset of this pulmonary autoimmune adverse event was related to the development of a strong and long-lasting tumor-specific CD8+ T cell response. This constitutes the first demonstration that a new generation tumor vaccine can induce the development of autoimmune adverse events. In the third objective, we assessed the use of Fourier Transform Infrared (FTIR) imaging to identify melanoma cells and lymphocyte subpopulations in lymph node (LN) metastasis tissues, thanks to a fruitful collaboration with researchers in Brussels. We demonstrated that the different cell types in metastatic LNs have different infrared spectral features allowing automated identification of these cells. This technic is therefore capable of distinguishing known and novel biological features in human tissues and has, therefore, significant potential as a tool for histopathological diagnosis and biomarker assessment. Finally, in the fourth objective, we investigated the role of colony- stimulating factor-1 (CSF-1) in modulating the anti-tumor response in ipilimumab-treated patients using IHC and in vitro co-cultures, revealing that melanoma cells produce CSF-1 via CTL-derived cytokines when attacked by cytotoxic T lymphocytes (CTLs), resulting in the recruitment of immunosuppressive monocytes. These findings support the combined use of CSF-1R blockade with T cell based immunotherapy for melanoma patients. Taken together, our results reveal the existence of novel mechanisms of immune modulation and thus promote the optimization of combination immunotherapies against melanoma. -- Le mélanome cutané est un des cancers humains les plus invasifs et métastatiques et est responsable de 75% de la mortalité liée aux cancers de la peau. Les thérapies comme la chirurgie et la chimiothérapie ont échoué à contrôler le mélanome métastatique, par ailleurs les rechutes sous ces traitements ont été montrées fréquentes. Il est donc essentiel de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies thérapeutiques pour améliorer les réponses thérapeutiques de ces patients. Durant les dernières décennies, les immunologistes spécialisés dans les tumeurs ont démontré qu'un patient atteint du mélanome pouvait développer spontanément une réponse immune adaptative à sa tumeur et que l'accumulation de cellules T spécifiques tumorales au sein même de la tumeur était un des plus puissants facteurs pronostiques. Les immunothérapies qui ont pour but d'augmenter les fonctions naturelles de ces cellules T spécifiques tumorales ont donc émergé comme des approches thérapeutiques très attractives pour éliminer les cellules du mélanome. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré un progrès important dans le traitement des formes avancées du mélanome, le contrôle de la maladie à long-terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression immune locale et systémique apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Ces considérations soulignent la nécessité de mieux analyser et caractériser les voies immunitaires non seulement au niveau local dans le microenvironement tumoral mais aussi au niveau systémique dans le sang des patients. Le but de cette thèse est d'obtenir une plus grande connaissance de la complexité et de l'hétérogénéité du microenvironement tumoral dans les mélanomes mais aussi d'investiguer la modulation immunitaire au delà du microenvironement tumoral au niveau systémique. Afin d'atteindre ce but, nous avons établi deux objectifs principaux : caractériser précisément la modulation locale et systémique du système immunitaire (i) chez les patients atteints du mélanome qui n'ont pas reçu de traitement et (ii) chez les patients qui ont été traités soit par des vaccins soit par des thérapies qui bloquent les points de contrôles. Dans la première et majeure partie de cette thèse, nous avons analysé les vaisseaux lymphatiques en relation avec la réponse immunitaire anti-tumorale dans les tissus des patients vaccinés grâce à des techniques d'immunohistochimie et de quantification informatisé et automatique des marquages. Nous avons trouvé qu'une densité élevée de vaisseaux lymphatiques dans la tumeur était associée à une plus grande expression de molécules immunosuppressives ainsi qu'à une diminution de la fonctionnalité des cellules T spécifiques tumoral dans la tumeur et dans le sang des patients. Ces résultats révèlent un rôle jusqu'à là inconnu des vaisseaux lymphatiques dans la modulation directe du système immunitaire au niveau local et systémique dans les cancers de l'homme. Cette recherche apporte finalement des preuves du potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec des autres immunothérapies déjà utilisées en clinique. Dans le second objectif, nous rapportons le cas d'un patient atteint d'un mélanome avec de multiples métastases qui a développé à la suite de plusieurs vaccinations répétées et consécutives avec des peptides et du CpG, un évènement indésirable sous la forme d'une granulomatose pulmonaire sarcoid-like. Nous avons démontré que l'apparition de cet évènement était intimement liée au développement d'une réponse immunitaire durable et spécifique contre les antigènes de la tumeur. Par là- même, nous prouvons pour la première fois que la nouvelle génération de vaccins est aussi capable d'induire des effets indésirables auto-immuns. Pour le troisième objectif, nous avons voulu savoir si l'utilisation de la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) était capable d'identifier les cellules du mélanome ainsi que les différents sous-types cellulaires dans les ganglions métastatiques. Grâce à nos collaborateurs de Bruxelles, nous avons pu établir que les diverses composantes cellulaires des ganglions atteints par des métastases du mélanome présentaient des spectres infrarouges différents et qu'elles pouvaient être identifiées d'une façon automatique. Cette nouvelle technique permettrait donc de distinguer des caractéristiques biologiques connues ou nouvelles dans les tissus humains qui auraient des retombées pratiques importantes dans le diagnostic histopathologique et dans l'évaluation des biomarqueurs. Finalement dans le dernier objectif, nous avons investigué le rôle du facteur de stimulation des colonies (CSF-1) dans la modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale chez les patients qui ont été traités par l'Ipilimumab. Nos expériences in vivo au niveau des tissus tumoraux et nos co-cultures in vitro nous ont permis de démontrer que les cytokines secrétées par les cellules T spécifiques anti-tumorales induisaient la sécrétion de CSF-1 dans les cellules du mélanome ce qui résultait en un recrutement de monocytes immunosuppresseurs. Dans son ensemble, cette thèse révèle donc l'existence de nouveaux mécanismes de modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale et propose de nouvelles optimisations de combinaison d'immunothérapies contre le mélanome.

Etude in vitro de l'activité électrique du tissu nerveux obtenu par culture de biopsies cérébrales humaines adultes

Récemment encore, la neuro-genèse chez le primate adulte était supposée limitée aux régions précises que sont le bulbe olfactif, la zone sous-granulaire de l'hippocampe et la région sous- ventriculaire. Depuis lors, des cellules neurales progénitrices distribuées dans l'ensemble du cortex du primate adulte furent mises en évidence. Cultivées in vitro, ces cellules forment des écosystèmes cellulaires nerveux constitués de progéniteurs neuronaux, d'astrocytes et d'oligo- dendrocytes. Transplantés sur un modèle de primate parkinsonien, certains progéniteurs complètent leur différentiation en neurones matures et développent des propriétés neuro- trophiques et neuro-protectrices. Injectées aux environs d'une lésion cérébrale, ces cellules offrent un bénéfice fonctionnel et comportemental significatif. Le présent projet mesure l'activité électro-physiologique du tissu nerveux obtenu par culture de biopsies corticales humaines adultes, de sorte à déterminer son aptitude à intégrer l'information. Des biopsies corticales humaines adultes furent cultivées in vitro avec succès sur un support Micro-Electrode-Array. Cette technologie permet l'acquisition d'enregistrements électro- physiologiques à l'échelle des circuits, au sein d'un tissu maintenu en culture. En parallèle, une mesure de l'activité à l'échelle cellulaire fut obtenue par l'application du Patch Clamp à des cellules cultivées sur un support de verre. Malgré une culture prolongée et l'induction d'une différentiation neuronale, aucune activité électro-physiologique significative ne put être démontrée. Une analyse phénotypique à un stade intermédiaire de culture montra l'expression prometteuse du marqueur neuronal précoce β-Tubulin-III. Cependant, après l'induction d'une différenciation neuronale, la surprenante co-expression de marqueurs astroglial (GFAP) et neuronal (MAP2) fut constatée. Le silence électro-physiologique issu des enregistrements sur MEA peut être l'oeuvre d'un isolement des cellules électriquement actives, et d'un défaut d'organisation en réseau. Une interposition de tissu glial entre neurones et électrodes peut également absorber le signal. Par ailleurs, les cellules enregistrées par Patch Clamp furent déterminées selon le seul critère morphologique ; leur nature exacte demeure inconnue. Les analyses phénotypiques laissent supposer l'entrée dans une voie de maturation neuronale par l'expression du marqueur β- Tubulin-III. Toutefois le phénotype exprimé au terme du processus de culture reste incertain. Des facteurs de maturation ou environnementaux semblent faire défaut à la complétion d'une différentiation neuronale. La culture de neurones bien différenciés et électriquement actifs appelle de nouvelles études in vivo, ainsi qu'une analyse fine des voies intracellulaires de maturation.

Bayle et l'éthique épicurienne

L'éthique épicurienne a exercé sur Bayle une attraction dont on ne tient pas toujours suffisamment compte. Nous nous proposons de recueillir les diverses observations faites par Bayle concernant cette théorie afin de montrer qu'il y trouvait a) une explication convaincante des motifs de la conduite humaine, b) la plus exacte conception philosophique du bonheur, c) la meilleure méthode pour éduquer moralement les êtres humains et d) un argument décisif contre les philosophies qui, en ignorant la force du plaisir, proposaient un idéal de vertu condamné à l'échec.

« Antiquités de Lyon, etc. ».

Contient : 1 « Comment le pont d'Avignon fust commensé myraculeusement ». Lettre ; 2 « Pax inter archiepiscopum et capitulum Lugdunenses ex una, et cives ex altera... Actum anno Incarnationis Dominice milesimo ducentesimo octavo mense septembrii ». En latin ; 3 Note sur « ung lac bien profond et appoissonné », qui était autrefois « entre le chasteau » de « Pierrescise et les murailles de la ville » ; A la suite, lavis représentant les deux sceaux de la ville de Lyon : «... sigillum secretum universitatis communitatis Lugduni » ; 4 « Des anciennes pompes funeralles ». Premiers mots : « La vanité supersticieuse des payens ydolastres... ». Derniers mots : « ... il fit graver et entailler des navires » ; 5 Epitaphes et autres curiosités, en latin et en français ; a « Epitaphium Lucrecie : Collatinus Tarquinius dulcissimae conjugi et incomparabili Lucrecie, pudicie decori... » ; b « Rome. D. M. » Epitaphium Euphrosinae. Premier vers : « Quid sibi vult queris tellus congesta viator... » ; c « Aliud Rome. D. M. ». Premier vers : « Hic jacet exiguis Dionisia flebilis annis... » ; d « Rome, et est declaracio epitaphii ejusdem nobilis mulieris de greco in latinum ». Epitaphium Somoneae. Premiers vers : « Ego que cantu eram Syrenis suavior, ego que apud Bachum,... » ; e « Aliud Rome ». Epitaphium ejusdem (?) Somoneae. Premier vers : « Tu qui secura procedis mente parumper... » ; f « Epitaphium Lucrecie nuper repertum in episcopatu Viterbiensy. D. M. S. : Collatinus Tarquinus (sic) dulcissime conjugi et imparabili (sic)... » ; g « Mundus ». Épitaphe en vers ; h Épigramme en vers français. « Rondeau : Vielle mule du temps passé... » ; i Autre épigramme sur la prise de Brescia. « Rondeau : Regina celi letare. Alleluia, car Bresse est prise, Et Venise un chascun desprise. Elle entend très mal son carré... » ; j Autre épigramme contre la république de Venise. « Rondeau : Veniciens de maulvaiz cresme... » ; k « Rondeau : Royalle dame, triomphe des humains... » ; l « Ce que j'ey leu en ung roc au piet de la tour du far près la coloingne en qualité que l'on dit une des bonnes d'Ercules, que fit ediffier ledict Ercules pour sa memoire : Marti Aug... » ; m « Signum Karoli, gloriosi regis, in Ynsulle Barbare, anno ab Incarnacionis (sic) Dominy (sic) DCCCC LXXV » ; n « Le signet du roy Clovis, premier roy crestien » ; o « Le signet du roy Lothaire » ; p « Le signet du roy Pyppin » ; 6 « Des anticquytés de Nostre Dame de l'Isle, près Lion » ; 7 « De anticalia Lugduni ». Recueil d'extraits d'auteurs anciens concernant Lyon (Senèque, Suétone, Ptolemée, Juvénal, Eusèbe, Tacite), et d'inscriptions ou d'épitaphes qui se lisent à Lyon. En latin ; 8 Extrait en latin concernant la tarasque, monstre en forme de dragon, qui autrefois infestait la contrée située le long du Rhône, entre Arles et Avignon, dans les environs de Tarascon, et qui fut dompté par sainte Marthe. En tête on lit : « Je Pierre Sala ey pris se qui s'ensuit sus l'original d'un très ancien livre, qui est en l'eglise de Tarascon, et ce fut environ l'an 1505 ». A cet extrait est joint un portrait de la tarasque, dessiné à la plume ; 9 Extraits, en latin et en français, concernant le squelette du géant « Briart », trouvé le 5 novembre 1456 en la baronnie de Crussol, près S. Peray, « au ruisseau Mederie ». Un de ces extraits est une « epistre » en vers « faicte par monseigneur de MAILLE, en françois, suyvant le latin » qui la précède, « le roy Loys XI estant à séjour à Vallence ». Ces extraits sont précédés d'une peinture donnant une idée de l'endroit où fut trouvé le géant Briart, et dudit géant, peinture qui remplit le revers du feuillet 48, au droit duquel est dessiné le portrait de la tarasque ci-dessus énoncé ; 10 « L'epitre de Senecque à Lucille, du feu qui brulla Lion, qui pour lors estoit sus le mont de Fourvières, et se fut environ 50 ans avant la nativité Nostre Seigneur ». Traduction ; 11 Inscriptions latines à S. Michel auprès d'Aina y et « en l'Anticaille » ; 12 « Des ars qui sont partie à Lyon, partie dehors, près Sainct Hyrinier, Chappono, en plusieurs aultres lieux ». Premiers mots : « Lesdictz ars sont appellées (sic) par le peuple rudde et barbare ars des Sarazins... ». Derniers mots : « ... à l'archediacre de Saluces, etc. »

Oeuvres médicales de GUY DE CHAULIAC, LANFRANC, Jean LE LIEVRE, HIPPOCRATE, etc.

Contient : Calendrier français à l'usage de Toulouse ; Table du contenu de ce recueil ; Figures et vers français sur les quatre complexions de l'homme « sanguin, colorique, fleumatique et milencolique » ; Tables astronomiques ; « Taula per saber la calitat de las planetas » ; « Taula de la luna per conoysc en cal signe es cada jorn » ; « Taula per saber la hora de las plan[e]tas » ; « Disputacions de cyreurgie sur les condicions de tout le corps, ordonnées sur les oeuvrez de maistre Guidon de Caillac, maistre en medecine. Pour ce que selon Galien, in libro XVIJ° de utilitate particularium, capitulo penultimo, quatre utilités et prouffis sont... — ... est dit proprement pannicule. Expliciunt disputaciones » ; « L'Anothomie mise en disputacions. Cyreurgie est une science qui enseigne la maniere comment ont doit ouvrer... — ... En tout le grant pié y a XXX os. Explicit, » etc. (Figure du squelette humain, fol. 38 v°) ; « Le formulaire de maistre Lenfranc, doctour en medecine, qu'il envoya à son fils Bernard pour luy donner doctrine et congnoissance de cyrurgie en petite forme. Honorable Bernard, je Alenfranc entens de faire ung livre... — ... tu pourras savoir de plus grans choses. Explicit » ; « Le formulaire des aydes des apostemez, postulé et ordonné par maistre Guidon de Cailhac, cyreurgien et maistre en medicine, fait et composé à Montpellier, en l'an de Nostre S[eigneur] M. IIIe. XL. Pour ce que selon G[alien] ou III. de ingenio sanitatis, commancement de la science de ouvrer... — ... est à presumer que vous le savez » ; « Le formulaire des aydes des playes et des ulceres, ordonnées en Avignon par maistre Guidon de Cailhac, qui adonc estoit medecin du pape Clement, en l'an mil trois cens et quarente. Pour la doubte de oblier la necessité... — ... laver avecques de sang chault de bestez » ; « La deuxieme doctrine de la formacion des remedez... des maladies de la teste jusques es piez, selon la diversité des membres... Cy après mettrons les aydes des playes du chief... — ... et fiat emplastrum et est loé » ; « Aucunes bonnes receptes aprouvées par pluseurs ou fait de cyreurgie. Pour clistere. ???... » ; « Les proprietez de certaines eauez esprouvées par pluseurs docteurs en medecine. Eau de saulgie vaut contre toute paralisie... » — A la suite sont différentes recettes, parmi lesquelles la liste des jours périlleux de l'année (fol. 160) ; « Aucunez questions touchant le fait de flebotomye, qui sont extraictez et prises au VIJe livre de Guidon de Cailhac, qui est dit Antidotaire... Qu'est saignée ? Saignée ou flebothomie est incision de vaynez... — ... maladies moult mauvaises et perilleuses » ; « Ung petit traictié fait et compilé par maistre Jehan Le Lievre, tresexcellent maistre et docteur en medecine, sur le fait du nombre de la declairacion des vaynes qui sont assizes sur le corps de la personne. Cy après s'ensuit le nombre de la declairacion... Et premierement dit que au front en a une... — ... sur le corps est plus a plain declairé. Expliciunt les disputacions des saignées par ordre composées et le traictié sur ladite matiere de Me Jehan Le Lievre, docteur en medecine » ; « Le livre des secrez des dames, lequel est deffendu à reveler, sur peine d'escomeniment, en la Clementine, à nulle femme ne à nul homme, se il n'est de l'office de cyreurgie. Une dame m'a prié par courtoisie loyale... — ... avecques vin blanc et tantost enfantera » ; « Le chapitre des aydes de la mayre [matrice] des dames et de leurs medecinez. Il y a pluseurs femmes qui ont la maire chaulde... — ... jusques que le sang soit restraint » ; « Le meilleur livre que Ypocras eust en sa vie, qui traitte de la congnoissance de la vie et de la mort... Ypocras qui en son temps estoit le plus noble... — ... guarira au plaisir de Dieu. Cy finist le secret d'Ypocras » ; « Collacion pour congnoistre toutez les complexions selon la parolle de Me Albubert, dont Rasis, le noble et tresexcellent docteur parle en son livre. Les corps qui sont en complexion colorique... — ... plus fermez et fortez en judicature, etc. » ; « Certaynes curez et regimens d'aucunez oeuvrez perticulieres, faictes par ma[i]stre Jehan Piscis, docteur en medecine et chancellier de la noble faculté... à Montpellier. Et premierement pour le halaynement. Tu eviteras l'air froit... — ... (Ungant... contre la douleur des reins...) des devant dictez herbes ana. m.j. » ; « Aucunez proprietez de certainez viandes,... par maistre Jehan Piscis,... pour donner bonnez et malez humeurs selon la complexion des corps humains. Les viandes qui engendrent bon sang... — ... qui engendrent milencolie. » (Suivent, fol. 317, différentes formules de remedes) ; « Les cynonismes de maistre Guidon de Gailhac [Chauliac], maistre et docteur en medecyne, composez selon l'alphabetum... Aqua, c'est eaue et est la premiere des froides... — ... Usifur,... in secundo cum stipticitate » ; « Le livre des constellacions, pour savoir en quelle constellacion est homme né, et pour savoir les adventurez qui luy doyvent advenir, selon les dis des grans philosophez Tholomeus et Aristote. Premierement pour savoir la mort et la vie... — ... par le monde serchant son adventure. Cy finissent les XII signez et VII planettez » ; A la fin, on a biffé la mention : « Sed libre est de Piare d'Anjou, barbier de monseigneur le cardinal d'Alebret et sergent d'armes de nostre saint pere le Pape et serviteur de monseigneur le cardinal de Roan, et fut acheptay l'an mil CCCC LII »

Boèce, Consolation de la philosophie, traduction anonyme en vers, etc.

Contient : Poème sur la miséricorde de Dieu ; Poème en l'honneur de la Vierge Marie ; Des tempéraments humains. « Homme sanguin de sa nature »

« Champz royaulx faiz et composez à la louenge de la Vierge, tant en la ville de Rouen que en la ville de Dieppe, es puys royaulx tenus es dictes villes par aucuns notables personnages ».

Contient : 1 « La nef de Dieu qui porta Jhesus Crist » ; 2 « Precieux cours et d'eau vive fontaine » ; 3 « La fleur du liz plaine de tonte grace » ; 4 « La tour David puissante et invincible » ; 5 « La plus belle que langue sauroit dire » ; 6 « La plus belle que Dieu crea jamais » ; 7 « Le jardin clos en beaulté pardurable » ; 8 « Jardin paré de verdure eternelle » ; 9 « Dedens Anne conceüe en innocence » ; 10 « Sans deshonneur le paradis d'amours » ; 11 « Vaisseau sacré, plain de grace divine » ; 12 « Du grant Jacob la tres luisante estelle » ; 13 « Du bon Jacob la pure et clere estelle » ; 14 « Le hault tresor de grace et de salut » ; 15 « Pour le tout beau toute belle je suis » ; 16 « L'arche de paix et vray tresor de grace » ; 17 « Royne des cieulx, sans tache, toute belle » ; 18 « Vierge sans sy, des autres la plus belle » ; 19 « Sacraire sainct du sacré consistore » ; 20 « Vierge et mere pour tiltre singullier » ; 21 « Pour son plaisir Dieu la fist toute belle » ; 22 (Même refrain) ; 23 « Maison de Dieu, de peché separée » ; 24 « Vierge mere, sans macule conceüe » ; 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31 (Même refrain) ; 32 « Relucence de lumiere eternelle » ; 33 « Concepcion toute belle par grace » ; 34 « Concepcion plaine de toute grace » ; 35 « La fleur des fleurs, sur toutes la plus belle » ; 36 « Escharboucle d'excellente lumiere » ; 37 « Sur tous parfais la plus en biens parfaicte » ; 38 « Dont il appert qu'elle est tres excellente » ; 39 « Toute belle, conceuë sans macule » ; 40 « La plus belle des cieulx et de la terre » ; 41 « Le cyon plain de verdure eternelle » ; 42 « Mere et fille du tres hault roy de gloire » ; 43 « Conceue en grace, exempte de peché » ; 44 « Fille de Adam toute plaine de grace » ; 45 « Toute belle, preservée de vice » ; 46 « Toute belle tant de ame que de corps » ; 47 « Pour tous humains parfaicte medecine » ; 48 « Le pur concept de la vierge Marie » ; 49 « La nef portant l'homme à port de salut » ; 50 « Lune luysante en lumiere eternelle » ; 51 « Medecine donnante aux humains vie » ; 52 « La plus belle qui nacquit onc de mere » ; 53 « Le beau palais de la vierge Marie » ; 54 « En ce concept Dieu fit vraye lumiere » ; 55 « De Eve et de Adam la premiere sans vice » ; 56 « De tous pechez exempte, clere et saine » ; 57 « Le resfuge de l'humaine nature » ; 58 « Mere d'un filz qui la fit toute belle » ; 59 « Toute belle, saincte et inmaculée » ; 60 « En son concept toute plaine de grace » ; 61 « Repos plaisant, plain de grace divine » ; 62 « Precieux lis où sont toutes beaultez » ; 63 « Vaisseau sacré, plain de beatitude » ; 64 « Toute tres belle en sa concepcion » ; 65 « Du Filz de Dieu la loyale amoureuse » ; 66 « Du Filz de Dieu le sainct reclinatoire » ; 67 « Fille de Dieu, son espouse et sa mere » ; 68 « Toute belle, sans premiere et seconde » ; 69 « Le fort chasteau de vice preservé » ; 70 « Mere d'un filz qui la fist toute belle » ; 71, 72, 73, 74 (Même refrain) ; 75 « Virginité saincte et inmaculée » ; 76 « Son filz le peult et lui veult ceste grace » ; 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94 (Même refrain) ; 95 « Le champ royal dont vint la fleur de grace » ; 96 « Toute belle pour porter fruict de vie » ; 97 « L'an jubillé de grace et de salut » ; 98 « Vierge en concept pure et inmaculée » ; 99 « Le nouveau temps de paix et de concorde » ; 100 « Seulle en concept que Dieu tres belle fist » ; 101 « Cité de Dieu toute plaine de grace » ; 102 « Celle qui n'est ne fut oncquez pollue » ; 103 « Mere et fille du redempteur du monde » ; 104 « Vaisseau d'honneur et chef d'oeuvre en nature » ; 105 « Pour delivrer les humains de misere » ; 106 « La plus belle qui jamais vint au monde » ; 107 « Preservée par grace specialle » ; 108 « L'escu d'argent semé de fleurs de lis » ; 109 « A tous humains donner lectre de grace » ; 110 « Vigne royalle où fut pris fruit de vie » ; 111 « Pour impetrer aux humains sauvement » ; 112 « D'ung arbre sec la fructueuse olive » ; 113 Sans refrain, Premier vers : « Es plaidz royaulx tenus en paradis » ; 114 « Le doulx ruysseau rendant eau de vie » ; 115 « La tour David forte et inexpugnable » ; 116 « Le pellican et l'humble turterelle » ; 117 « L'isle saincte pour le port de salut » ; 118 « Le pur fourment dont fut fait pain de vie » ; 119 « Fin de douleur et principe de joye » ; 120 « Vaisseau nagant par la mer sans fortune » ; 121 « Joye aux humains apporte à sa venue » ; 122 « La fleur de lis, des aultres la plus belle » ; 123 « Tenant humains par coulpe paternelle » ; 124 « Comme le lis en buisson espineux » ; 125 « Couronne d'or sur son chef glorieux » ; 126 « Cedre exalté sur le mont de Syon » ; 127 « Gloire sans fin pour le corps et pour l'ame » ; 128 « Le sacré jour de son assumpcion » ; 129 « Le jour sacré de son assumpcion » ; 130 « Impassible, plain de gloire assouvie » ; 131 « Le triumphe qui tous aultres surpasse » ; 132 « Sur champ d'azur fleur de lis couronnée » ; 133 « Repos sans fin d'eternelle memoire » ; 134 « Soubs le soleil si clere creature » ; 135 « Couronne d'or par puissance royalle » ; 136 « Couronnée royne sur tous les cieulx » ; 137 « Royne regnant en gloire inmarcessible » ; 138 « Royne des cieulx, dame des benoitz anges » ; 139 « En champ royal victoire triumphante » ; 140 « Le triumphe de tous les corps celiques » ; 141 « Tribut d'honneur et triumphe de grace » ; 142 « Pour triumphe couronne de victore » ; 143 « Ceptre en la main et au chef la couronne » ; 144 « L'aigle royal qui survolle les cieulx » ; 145 « A dextre Dieu couronne triumphante » ; 146 « Ceptre royal en signe de victore » ; 147 « La porte d'or du divin paradis » ; 148 « L'assumpcion de son corps glorieux » ; 149 « Le cerf vollant es fontaines de vie » ; 150 « L'immortel bien de glorieuse vie » ; 151 « Pour bruyt d'honneur triumphe pardurable »