Subconjunctival and topical application of recombinant tissue plasminogen activator in rabbits

To quantify fibrin degradation products after topical and subconjunctival administration of recombinant tissue plasminogen activator in rabbits. Methods: Fibrin formation was induced in the anterior chamber in 25 rabbits. Subsequently, five rabbits received an injection of r-TPA (positive control) in the anterior chamber, another 10 received a subconjunctival injection of r-TPA, and the remaining 10 received instillations of topical r-TPA. Afterwards, samples of aqueous humor were collected and semi-quantitative analysis of fibrin degradation products (FDP) was performed. Results: No statistical differences were noted between the treatment and control groups at any time point. Fibrin degradation products semi-quantification showed statistical improvement in the control group and the subconjunctival group. Conclusion: Fibrin degradation products were observed in the anterior chamber after subconjunctival administration of r-TPA. However, it was probably not sufficient to cause fibrin degradation. Topical r-TPA did not effectively absorb anterior chamber fibrin.

Comparative evaluation of several methods for Canine Visceral Leishmaniasis diagnosis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Production of recombinant EMA-1 protein and its application for the diagnosis of Theileria equi using an enzyme immuno assay in horses from São Paulo State, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Funcionalidade das proteínas EF-Tu e 14-3-3 na virulência de Paracoccidioides brasiliensis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Using Pichia pastoris to produce recombinant glycerol kinase

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Efeitos da adição do IGF-1 ou IGF-LongR3 sobre aspectos celulares e moleculares de complexos cumulus-oócito durante a maturação oocitária in vitro em bovinos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Densidade mineral óssea de perus de corte vacinados e não vacinados contra coccidiose

It was evaluated bone mineral density of turkeys submitted the vaccination against coccidiosis. Used 420 turkeys of one day, divided in 4 treatments with 5 repetitions: T1 – control diet; T2 - diet and anti coccidiosis drugs; T3 - diet and commercial vaccine; T4 - diet and recombinant vaccine. To the 28 days the birds had been submitted to the challenge of coccidiosis, carried through inoculation of oocisty talked back directly in the esophagus of the birds. The bone quality was evaluated to the 21, 35, 49 and 72 days of age. For this, 8 birds for treatment had been collected, in each age of collection that had been sacrificed by cervical displacement. The tibiae and femura had been radiographed and tomographed for evaluation of the bone density, had been later evaluated texts of dry substance, bone ashes, calcium and of phosphorus. It had differences only between the ages, being that the treatments had not caused alterations of the bone characteristics. To the 56 days the birds had presented bone quality worse. The treatments had not influenced the studied parameters. What it allows to conclude that the vaccination against coccidiosis promotes good mineralization of the bones.

Otimização dos métodos de expressão e solubilização do alérgeno fosfolipase A1 do veneno de Polybia paulista

A vespa social Polybia paulista (Hymenoptera, Vespidae) é bastante abundante e endêmica nos Estados de São Paulo e sul de Minas Gerais. Os indivíduos da espécie causam um elevado número de acidentes de importância médica. Após a ferroada a vítima pode experimentar reações imunológicas locais e/ou sistêmicas, que em alguns casos podem conduzir a anafilaxia e morte. O diagnóstico e terapia de alergia à ferroada de P. paulista é baseado no uso de extrato de veneno bruto o que se associa à ocorrência de reatividade cruzada e reações imunológicas adversas durante a imunoterapia. O uso de alérgenos recombinantes (r) tem-se mostrado como uma alternativa interessante para reduzir o impacto destas desvantagens. Neste trabalho, foram avaliadas diferentes condições para otimizar a expressão recombinante e solubilização dos corpúsculos de inclusão da fosfolipase A1 (Poly p 1) (70kDa) do veneno de P. paulista previamente obtida mediante expressão heteróloga no sistema procariótico, Escherichia coli. Os resultados aqui obtidos contribuirão para aumentar as quantidades do r Poly p 1 necessárias para sua avaliação bioquímica e imunológica, e finalmente para melhorar os resultados do diagnóstico e imunoterapia específica de alergia ao veneno de P. paulista

Transgenia da área de alimentos: uma abordagem de desenvolvimento científico e de segurança alimentar

A produção de alimentos, em quantidade e qualidade suficientes para alimentar a crescente população mundial, é um constante desafio para os governantes, pois requer a conjunção do aumento da produtividade, proteção ambiental e redução do uso de agrotóxicos. O trabalho dos geneticistas nas metodologias tradicionais de pesquisa científica, que transferiam milhares de genes e eliminavam os indesejáveis em muitos anos de trabalho, atualmente pode ser realizado em tempo relativamente curto com as chamadas técnicas de engenharia genética, abrindo uma perspectiva de maior produção de alimentos, iniciada com as culturas de tomate, batata, soja e milho nas últimas décadas do século passado e amplamente empregada hoje. No entanto, o tema da transgenia de alimentos é ainda polêmico e provoca grandes discussões na comunidade científica, principalmente em relação aos possíveis riscos à saúde e prejuízo ao meio ambiente. Com o desenvolvimento de processos agroindustriais, especificamente ao cultivo de alimentos com tecnologia de DNA recombinante, denominados como alimentos transgênicos ou ainda como alimentos geneticamente modificados, criou-se um amplo debate acerca de seus benefícios e malefícios, envolvendo nesta questão interesses conflitantes de grandes conglomerados da biotecnologia, produtores rurais dos grandes aos pequenos e consumidores com seus representantes. Nesta revisão trataremos dos principais tipos.

Otimização dos métodos de expressão e solubilização do alérgeno fosfolipase A1 do veneno de Polybia paulista

A vespa social Polybia paulista (Hymenoptera, Vespidae) é bastante abundante e endêmica nos Estados de São Paulo e sul de Minas Gerais. Os indivíduos da espécie causam um elevado número de acidentes de importância médica. Após a ferroada a vítima pode experimentar reações imunológicas locais e/ou sistêmicas, que em alguns casos podem conduzir a anafilaxia e morte. O diagnóstico e terapia de alergia à ferroada de P. paulista é baseado no uso de extrato de veneno bruto o que se associa à ocorrência de reatividade cruzada e reações imunológicas adversas durante a imunoterapia. O uso de alérgenos recombinantes (r) tem-se mostrado como uma alternativa interessante para reduzir o impacto destas desvantagens. Neste trabalho, foram avaliadas diferentes condições para otimizar a expressão recombinante e solubilização dos corpúsculos de inclusão da fosfolipase A1 (Poly p 1) (70kDa) do veneno de P. paulista previamente obtida mediante expressão heteróloga no sistema procariótico, Escherichia coli. Os resultados aqui obtidos contribuirão para aumentar as quantidades do r Poly p 1 necessárias para sua avaliação bioquímica e imunológica, e finalmente para melhorar os resultados do diagnóstico e imunoterapia específica de alergia ao veneno de P. paulista

Transgenia da área de alimentos: uma abordagem de desenvolvimento científico e de segurança alimentar

A produção de alimentos, em quantidade e qualidade suficientes para alimentar a crescente população mundial, é um constante desafio para os governantes, pois requer a conjunção do aumento da produtividade, proteção ambiental e redução do uso de agrotóxicos. O trabalho dos geneticistas nas metodologias tradicionais de pesquisa científica, que transferiam milhares de genes e eliminavam os indesejáveis em muitos anos de trabalho, atualmente pode ser realizado em tempo relativamente curto com as chamadas técnicas de engenharia genética, abrindo uma perspectiva de maior produção de alimentos, iniciada com as culturas de tomate, batata, soja e milho nas últimas décadas do século passado e amplamente empregada hoje. No entanto, o tema da transgenia de alimentos é ainda polêmico e provoca grandes discussões na comunidade científica, principalmente em relação aos possíveis riscos à saúde e prejuízo ao meio ambiente. Com o desenvolvimento de processos agroindustriais, especificamente ao cultivo de alimentos com tecnologia de DNA recombinante, denominados como alimentos transgênicos ou ainda como alimentos geneticamente modificados, criou-se um amplo debate acerca de seus benefícios e malefícios, envolvendo nesta questão interesses conflitantes de grandes conglomerados da biotecnologia, produtores rurais dos grandes aos pequenos e consumidores com seus representantes. Nesta revisão trataremos dos principais tipos.

Eficácia e segurança da vacina brasileira contra hepatite B em recém-nascidos

OBJETIVO: Analisar a efi cácia e segurança de vacina recombinante contra hepatite B em recém-nascidos. MÉTODOS: O estudo foi conduzido em hospital geral do município de Guarulhos, SP, entre 2002 e 2005. A vacina recombinante contra hepatite B do Instituto Butantan (VrHB-IB) foi analisada em dois ensaios clínicos. Em ambos os ensaios, os recém-nascidos foram alocados aleatoriamente ao grupo experimental ou controle (vacina de referência). Os recém-nascidos receberam três doses das vacinas, uma em até 24 h após o nascimento e as subseqüentes 30 e 180 dias após. No primeiro ensaio 538 recém-nascidos completaram o protocolo e no segundo ensaio, 486. Considerou-se critério de equivalência a diferença na soroproteção inferior a 5%. RESULTADOS: A soroproteção no primeiro ensaio (anti HBs ≥ 10mUI/ml) foi de 92,5% (247/267) no grupo experimental, comparada a 98,5% (267/271) no grupo controle (p = 0,001). Com este resultado, a VrHB-IB não atingiu o critério de equivalência estabelecido. Após o aumento da concentração de antígeno na vacina para 25μg, a soroproteção no segundo ensaio foi de 100% no grupo experimental e 99,2% no grupo controle. Nenhum evento adverso grave foi registrado. CONCLUSÕES: A vacina VrHB-IB modifi cada foi considerada equivalente à vacina de referência e seu uso recomendado à vacinação de recém-nascidos.

Modelos de computación lógica con ADN

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos como las enzimas que cortan el ADN o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo más que signi�cativamente a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. En 1994, Leonard Adleman logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton Dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos similares al de �fuerza bruta� utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos (por ejemplo, el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT). Pronto se comprendió que la computación con biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas biológicos con aplicación biomédica, dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la Polimerasa, autómatas que funcionan con enzimas de restricción o con deoxiribozimas, circuitos de hibridación competitiva. Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos escalables, sensibles al tiempo y energéticamente e�cientes, capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando el fenómeno de la hibridación competitiva del ADN. La capacidad implícita de estos dispositivos para aplicar reglas de inferencia como modus ponens, modus tollens, resolución o el silogismo hipotético tiene un gran potencial. Entre otras funciones, permiten representar implicaciones lógicas (o reglas del tipo SI/ENTONCES), como por ejemplo, �si se da el síntoma 1 y el síntoma 2, entonces estamos ante la enfermedad A�, o �si estamos ante la enfermedad B, entonces deben manifestarse los síntomas 2 y 3�. Utilizando estos módulos lógicos como bloques básicos de construcción, se pretende desarrollar sistemas in vitro basados en sensores de ADN, capaces de trabajar de manera conjunta para detectar un conjunto de síntomas de entrada y producir un diagnóstico de salida. La reciente publicación en la revista Science de un autómata biomolecular de diagnóstico, capaz de tratar las células cancerígenas sin afectar a las células sanas, es un buen ejemplo de la relevancia cientí�ca que este tipo de autómatas tienen en la actualidad. Además de las recién mencionadas aplicaciones en el diagnóstico in vitro, los modelos presentados también tienen utilidad en el diseño de biosensores inteligentes y la construcción de bases de datos con registros en formato biomolecular que faciliten el análisis genómico. El estudio sobre el estado de la cuestión en computación biomolecular que se presenta en esta tesis está basado en un artículo recientemente publicado en la revista Current Bioinformatics. Los nuevos dispositivos presentados en la tesis forman parte de una solicitud de patente de la que la UPM es titular, y han sido presentados en congresos internacionales como Unconventional Computation 2010 en Tokio o Synthetic Biology 2010 en París.

Inference Models in DNA Computing

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos, como las enzimas de restricción o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo de manera determinante a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. El trabajo presentado por Adleman (1994) logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos de fuerza bruta similares al utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos, como por ejemplo el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT (Lipton, 1995). Pronto se comprendió que la computación biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas con aplicación biomédica (Simmel, 2007), dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la polimerasa (Hagiya et al., 1997), autómatas que funcionan con enzimas de restricción (Benenson et al., 2001) o con deoxiribozimas (Stojanovic et al., 2002), o circuitos de hibridación competitiva (Yurke et al., 2000). Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando técnicas de computación biomolecular (hibridación competitiva del ADN y reacciones enzimáticas) con aplicaciones en diagnóstico genético. El primer conjunto de modelos, presentados en el Capítulo 5 y publicados en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012b), Rodríguez-Patón et al. (2010a) y Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2010), define un tipo de biosensor que usa hebras simples de ADN para codificar reglas sencillas, como por ejemplo "SI hebra-ADN-1 Y hebra-ADN-2 presentes, ENTONCES enfermedad-B". Estas reglas interactúan con señales de entrada (ADN o ARN de cualquier tipo) para producir una señal de salida (también en forma de ácido nucleico). Dicha señal de salida representa un diagnóstico, que puede medirse mediante partículas fluorescentes técnicas FRET) o incluso ser un tratamiento administrado en respuesta a un conjunto de síntomas. El modelo presentado en el Capítulo 5, publicado en Rodríguez-Patón et al. (2011), es capaz de ejecutar cadenas de resolución sobre fórmulas lógicas en forma normal conjuntiva. Cada cláusula de una fórmula se codifica en una molécula de ADN. Cada proposición p se codifica asignándole una hebra simple de ADN, y la correspondiente hebra complementaria a la proposición ¬p. Las cláusulas se codifican incluyendo distintas proposiciones en la misma hebra de ADN. El modelo permite ejecutar programas lógicos de cláusulas Horn aplicando múltiples iteraciones de resolución en cascada, con el fin de implementar la función de un nanodispositivo autónomo programable. Esta técnica también puede emplearse para resolver SAP sin ayuda externa. El modelo presentado en el Capítulo 6 se ha publicado en publicado en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012c), y el modelo presentado en el Capítulo 7 se ha publicado en (Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón, 2013c). Aunque explotan métodos de computación biomolecular diferentes (hibridación competitiva de ADN en el Capítulo 6 frente a reacciones enzimáticas en el 7), ambos modelos son capaces de realizar inferencia Bayesiana. Funcionan tomando hebras simples de ADN como entrada, representando la presencia o la ausencia de un indicador molecular concreto (una evidencia). La probabilidad a priori de una enfermedad, así como la probabilidad condicionada de una señal (o síntoma) dada la enfermedad representan la base de conocimiento, y se codifican combinando distintas moléculas de ADN y sus concentraciones relativas. Cuando las moléculas de entrada interaccionan con las de la base de conocimiento, se liberan dos clases de hebras de ADN, cuya proporción relativa representa la aplicación del teorema de Bayes: la probabilidad condicionada de la enfermedad dada la señal (o síntoma). Todos estos dispositivos pueden verse como elementos básicos que, combinados modularmente, permiten la implementación de sistemas in vitro a partir de sensores de ADN, capaces de percibir y procesar señales biológicas. Este tipo de autómatas tienen en la actualidad una gran potencial, además de una gran repercusión científica. Un perfecto ejemplo fue la publicación de (Xie et al., 2011) en Science, presentando un autómata biomolecular de diagnóstico capaz de activar selectivamente el proceso de apoptosis en células cancerígenas sin afectar a células sanas.

Amaurose congénita de Leber : apresentação clínica, genética e novas estratégias terapêuticas

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2014