Comparison of fractal dimensions based on segmented NDVI fields obtained from different remote sensors.

Satellite image data have become an important source of information for monitoring vegetation and mapping land cover at several scales. Beside this, the distribution and phenology of vegetation is largely associated with climate, terrain characteristics and human activity. Various vegetation indices have been developed for qualitative and quantitative assessment of vegetation using remote spectral measurements. In particular, sensors with spectral bands in the red (RED) and near-infrared (NIR) lend themselves well to vegetation monitoring and based on them [(NIR - RED) / (NIR + RED)] Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) has been widespread used. Given that the characteristics of spectral bands in RED and NIR vary distinctly from sensor to sensor, NDVI values based on data from different instruments will not be directly comparable. The spatial resolution also varies significantly between sensors, as well as within a given scene in the case of wide-angle and oblique sensors. As a result, NDVI values will vary according to combinations of the heterogeneity and scale of terrestrial surfaces and pixel footprint sizes. Therefore, the question arises as to the impact of differences in spectral and spatial resolutions on vegetation indices like the NDVI. The aim of this study is to establish a comparison between two different sensors in their NDVI values at different spatial resolutions.

Segmentation of RV in 4D Cardiac MR Volumes using region-merging graph cuts

Non-invasive quantitative assessment of the right ventricular anatomical and functional parameters is a challenging task. We present a semi-automatic approach for right ventricle (RV) segmentation from 4D MR images in two variants, which differ in the amount of user interaction. The method consists of three main phases: First, foreground and background markers are generated from the user input. Next, an over-segmented region image is obtained applying a watershed transform. Finally, these regions are merged using 4D graph-cuts with an intensity based boundary term. For the first variant the user outlines the inside of the RV wall in a few end-diastole slices, for the second two marker pixels serve as starting point for a statistical atlas application. Results were obtained by blind evaluation on 16 testing 4D MR volumes. They prove our method to be robust against markers location and place it favourably in the ranks of existing approaches.

Comparison of NDVI fields obtained from different remote sensors

Satellite image data have become an important source of information for monitoring vegetation and mapping land cover at several scales. Beside this, the distribution and phenology of vegetation is largely associated with climate, terrain characteristics and human activity. Various vegetation indices have been developed for qualitative and quantitative assessment of vegetation using remote spectral measurements. In particular, sensors with spectral bands in the red (RED) and near-infrared (NIR) lend themselves well to vegetation monitoring and based on them [(NIR - RED) / (NIR + RED)] Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) has been widespread used. Given that the characteristics of spectral bands in RED and NIR vary distinctly from sensor to sensor, NDVI values based on data from different instruments will not be directly comparable. The spatial resolution also varies significantly between sensors, as well as within a given scene in the case of wide-angle and oblique sensors. As a result, NDVI values will vary according to combinations of the heterogeneity and scale of terrestrial surfaces and pixel footprint sizes. Therefore, the question arises as to the impact of differences in spectral and spatial resolutions on vegetation indices like the NDVI and their interpretation as a drought index. During 2012 three locations (at Salamanca, Granada and Córdoba) were selected and a periodic pasture monitoring and botanic composition were achieved. Daily precipitation, temperature and monthly soil water content were measurement as well as fresh and dry pasture weight. At the same time, remote sensing images were capture by DEIMOS-1 and MODIS of the chosen places. DEIMOS-1 is based on the concept Microsat-100 from Surrey. It is conceived for obtaining Earth images with a good enough resolution to study the terrestrial vegetation cover (20x20 m), although with a great range of visual field (600 km) in order to obtain those images with high temporal resolution and at a reduced cost. By contranst, MODIS images present a much lower spatial resolution (500x500 m). The aim of this study is to establish a comparison between two different sensors in their NDVI values at different spatial resolutions. Acknowledgements. This work was partially supported by ENESA under project P10 0220C-823. Funding provided by Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN) through project no. MTM2009-14621 and i-MATH No. CSD2006-00032 is greatly appreciated.

Study of concrete cracking during accelerated corrosion tests in reinforced concrete

Cracking of reinforced concrete can occur in certain environments due to rebar corrosion. The oxide layer growing around the bars introduces a pressure which may be enough to lead to the fracture of concrete. To study such an effect, the results of accelerated corrosion tests and finite ele- ment simulations are combined in this work. In previous works, a numerical model for the expansive layer, called expansive joint element , was programmed by the authors to reproduce the effect of the oxide over the concrete. In that model, the expansion of the oxide layer in stress free conditions is simulated as an uniform expansion perpendicular to the steel surface. The cracking of concrete is simulated by means of finite elements with an embedded adaptable cohesive crack that follow the standard cohesive model. In the present work, further accelerated tests with imposed constant cur- rent have been carried out on the same type of specimens tested in previous works (with an embedded steel tube), while measuring, among other things, the main-crack mouth opening. Then, the tests have been numerically simulated using the expansive joint element and the tube as the corroding electrode (rather than a bar). As a result of the comparison of numerical and experimental results, both for the crack mouth opening and the crack pattern, new insight is gained into the behavior of the oxide layer. In particular, quantitative assessment of the oxide expansion relation is deduced from the ex- periments, and a narrower interval for the shear stiffness of the oxide layer is obtained, which could not be achieved using bars as the corroding element, because in that case the numerical results were insensitive to the shear stiffness of the oxide layer within many orders of magnitude

A digital framework to build, visualize and analyze a gene expression atlas with cellular resolution in zebrafish early embryogenesis

A gene expression atlas is an essential resource to quantify and understand the multiscale processes of embryogenesis in time and space. The automated reconstruction of a prototypic 4D atlas for vertebrate early embryos, using multicolor fluorescence in situ hybridization with nuclear counterstain, requires dedicated computational strategies. To this goal, we designed an original methodological framework implemented in a software tool called Match-IT. With only minimal human supervision, our system is able to gather gene expression patterns observed in different analyzed embryos with phenotypic variability and map them onto a series of common 3D templates over time, creating a 4D atlas. This framework was used to construct an atlas composed of 6 gene expression templates from a cohort of zebrafish early embryos spanning 6 developmental stages from 4 to 6.3 hpf (hours post fertilization). They included 53 specimens, 181,415 detected cell nuclei and the segmentation of 98 gene expression patterns observed in 3D for 9 different genes. In addition, an interactive visualization software, Atlas-IT, was developed to inspect, supervise and analyze the atlas. Match-IT and Atlas-IT, including user manuals, representative datasets and video tutorials, are publicly and freely available online. We also propose computational methods and tools for the quantitative assessment of the gene expression templates at the cellular scale, with the identification, visualization and analysis of coexpression patterns, synexpression groups and their dynamics through developmental stages.

Hacia un análisis cuantitativo de la Ciudad Informal: una aproximación desde la Habitabilidad Básica y la experiencia en Makeni (Sierra Leona)

La importantísima expansión urbana que sufren las principales ciudades de los países en vías de desarrollo, es el mayor reto que afronta la habitabilidad a nivel mundial. Dentro de la teoría general de la Habitabilidad Básica (HaB-ETSAM-UPM, 1995) la ordenación del territorio y el planeamiento urbanístico son las herramientas determinantes para orientar coherentemente los procesos de urbanización, como se reconoce también desde las principales esferas técnicas a nivel internacional. Pero tales herramientas deben enfocarse a una construcción eficiente del territorio, actuando desde una aproximación multidisciplinar, flexible y directa, que incida en las prioridades específicas de cada contexto. Para ello, resulta fundamental comprender a fondo las realidades específicas de estos ámbitos. La ciudad es un fenómeno complejo en esencia. El tejido construido, en constante proceso de cambio, es el caparazón visible que alberga una maravillosa mezcla entrelazada de espacios, funciones, flujos, personas.... Cada ciudad, diferente y única, se integra en su medio, se adapta a geografías, contextos y climas distintos, evoluciona según dinámicas propias, en incomprensibles (o casi) procesos evolutivos. El estudio de la ciudad, supone siempre una simplificación de la misma. La realidad urbana, por detallado que sea nuestro análisis, siempre contendrá indescifrables relaciones que se nos escapan. En cambio, necesitamos de métodos analíticos que nos ayuden a comprender algo esa complejidad. Acercarnos en ese análisis, es un paso previo fundamental para la formulación de respuestas. En este plano, de avance en la comprensión del hecho urbano, se sitúa este trabajo. Se pone el acento en el enfoque cuantitativo, profundizando en datos básicos concretos, siempre aceptando de partida que esta información es una componente mínima, pero esperamos que sustantiva, de un fenómeno inabordable. Y es esta búsqueda de comprensión material y cuantitativa de la ciudad, el objetivo esencial de la investigación. Se pretende proporcionar una base detallada de aquéllos aspectos fundamentales, que pueden ser medidos en los entornos urbanos y que nos proporcionan información útil para el diagnóstico y las propuestas. Para ello, se aportan rangos y referencias deseables, a través de una herramienta para la comprensión y la valoración de cada contexto, la Matriz de Indicadores. Esta herramienta se concibe desde la reflexión a la aplicación práctica, a la utilidad directa, al aporte concreto para quien pueda servir. Ésta es la voluntad decidida con la que se aborda este trabajo, centrado en los entornos urbanos donde el aporte técnico es prioritario: la Ciudad Informal. La Ciudad Informal, entendida aquí como aquélla que se desarrolla sin los medios suficientes (técnicos, económicos e institucionales) que proporciona la planificación, aquélla por donde la habitabilidad precaria se extiende. Es la ciudad que predomina en los países en vías de desarrollo, en los contextos de bajos recursos, allí donde, precisamente, se concentran los principales déficits y necesidades a nivel global. El enfoque nace de la teoría de la Habitabilidad Básica, de la definición de mínimos posibles para, desde allí, construir el espacio necesario para el desarrollo humano. Éste es el ámbito genérico objeto del trabajo que, a su vez, se nutre, de forma muy importante, de la experiencia directa en la ciudad de Makeni, en Sierra Leona. Esta ciudad nos sirve de prototipo experimental en un doble sentido. Por un lado, sirve como espacio empírico en el que chequear la metodología de valoración cuantitativa; y, por otro, el conocimiento de esta ciudad de tamaño medio africana, que se ha ido adquiriendo en los últimos cinco años, es una base directa para el desarrollo teórico de la propia metodología, que ayuda a atisbar lo esencial en contextos similares. El encaje de todo este recorrido se ha articulado desde una experiencia académica que, como docente, he coordinado directa e intensamente. Experiencia muy enriquecedora, que ha sumado muchas manos y mucho aprendizaje en este tiempo. Teoría y práctica en planeamiento urbano se alternan en el trabajo, nutriéndose la una de la otra y a la inversa. Trabajo que nace desde la pasión por la ciudad y el urbanismo. Desde la búsqueda por comprender y desde la vocación de actuar, de intentar mejorar y hacer más habitables los entornos urbanos. Especialmente allí donde las dificultades se agolpan y el camino se alarga, se llena de polvo. Acumular preguntas a cada paso. Cada vez más preguntas. Las respuestas, si existen, aparecen entrelazadas en dinámicas indescifrables de las que queremos formar parte. Fundirnos por momentos en la misma búsqueda, acompañarla. Sentirnos cerca de quiénes comienzan de cero casi cada día. Y otra vez, arrancar. Y compartir, desde el conocimiento, si acaso es que se puede. Y la ciudad. Brutal, imponente, asfixiante, maravillosa, imposible. Creación colectiva insuperable, de energías sumadas que se cosen sin patrón aparente. O sin más razón que la del propio pulso de la vida. Así se siente Makeni. ABSTRACT The important urban growth suffering major cities of developing countries, is the biggest challenge facing the global habitability. Within the general theory of Basic Habitability (HAB-ETSAM-UPM, 1995) spatial planning and urban planning are the crucial tools to consistently guide the urbanization process, as also recognized from the main technical areas worldwide. But such tools should focus on an efficient construction of the territory, working from a multidisciplinary, flexible and direct approach, that affects the specific priorities of each context. To do this, it is essential to thoroughly understand the specific realities of these areas. The city is essentially a complex phenomenon. The urban fabric in constant flux, is the visible shell that houses a wonderful mixture interlocking spaces, functions, flows, people.... Every city, different and unique, is integrated into its environment, adapted to geographies, contexts and climates, it evolves according to its own dynamics, along (almost) incomprehensible evolutionary processes. The study of the city, is always a simplification of it. The urban reality, even studied from a detailed analysis, always contain undecipherable relationships that escape us. Instead, we need analytical methods that help us understand something that complexity. Moving forward in this analysis is an essential first step in formulating responses. At this level, progressing in understand the urban reality, is where this work is located. The emphasis on the quantitative approach is placed, delving into specific basic data, starting always accepting that this information is just a minimal component, but we hope that substantive, of an intractable phenomenon. And it is this search for materials and quantitative understanding of the city, the main objective of the research. It is intended to provide a detailed basis of those fundamental aspects that can be measured in urban environments that provide us useful information for the diagnosis and proposals. To do this, desirable ranges and references are provided, through a tool for understanding and appreciation of each context, the Indicator Matrix. This tool is conceived from reflection to practical application, to a direct utility, concrete contribution to who can serve. This is the firm resolve with which this work is addressed, centered in urban environments where the technical contribution is a priority: the Informal City. The Informal City, understood here as the urban areas developed without the sufficient resources (technical, economic and institutional) which planning provides, where it is extended the precarious habitability. It is the city that prevails in developing countries, in low-resource settings, where, precisely, the main gaps and needs in the global context are concentrated. The approach stems from the theory of Basic Habitability, the definition of possible minimum, to build the necessary space for human development. This is the generic scope of the work object, that is also based in the direct experience in the town of Makeni, Sierra Leone. This city serves as an experimental prototype in two ways. On the one hand, it serves as a space where empirically check the quantitative assessment methodology; and, secondly, the knowledge of this African city of medium size, which has been acquired in the last five years, is a direct basis for the theoretical development of the methodology itself, which helps to glimpse the essence in similar contexts. The engagement of this whole journey has been articulated from an academic experience, directly and intensely coordinated as teacher. Enriching experience that has added many hands and much learning at this time. Theory and practice in urban planning are mixed at work, enriching the one of the other and vice versa. Work is born from the passion for the city and urbanism. From the search for understanding and from the vocation of acting, trying to improve and make more livable urban environments. Especially where the difficulties are crowded and the road is so long, full of dust. To accumulate questions at every turn. More and more questions. The answers, if do exist, appears inside indecipherable dynamics in which we want to be involved. Merge at times in the same search. Feel close to those who start from scratch almost every day. And again, move forward. And share, from knowledge, if possible. And the city. Brutal, impressive, suffocating, wonderful, impossible. Unsurpassed collective creation, combined energy mix that are sewn with no apparent pattern. Or for no reason other than the pulse of life itself. As it feels the city of Makeni.

Efecto de las cubiertas ajardinadas sobre el microclima urbano de verano

El cambio climático y sus efectos requieren con urgencia el desarrollo de estrategias capaces no solo de mitigar pero también permitir la adaptación de los sistemas afectados por este fenómeno a los cambios que están provocando a nivel mundial. Olas de calor más largas y frecuentes, inundaciones, y graves sequías aumentan la vulnerabilidad de la población, especialmente en asentamientos urbanos. Este fenómeno y sus soluciones potenciales han sido ampliamente estudiados en las últimas décadas desde diferentes perspectivas y escalas que analizan desde el fenómeno regional de isla de calor al aumento de la intensidad energética necesaria en los edificios para mantener las condiciones de confort en los escenarios de calentamiento que se predicen. Su comprensión requiere el entendimiento de este fenómeno y un profundo análisis de las estrategias que pueden corregirlo y adaptarse a él. En la búsqueda de soluciones a este problema, las estrategias que incorporan sistemas naturales tales como las cubiertas ajardinadas, las fachadas vegetadas y bosques urbanos, se presentan como opciones de diseño capaces de proporcionan múltiples servicios al ecosistema urbano y de regular y hacer frente a los efectos del cambio climático. Entre los servicios que aportan estos sistemas naturales se incluyen la gestión de agua de tormentas, el control del efecto isla de calor, la mejora de la calidad del aire y del agua, el aumento de la diversidad, y como consecuencia de todo lo anterior, la reducción de la huella ecológica de las ciudades. En la última década, se han desarrollado múltiples estudios para evaluar y cuantificar los servicios al ecosistema proporcionados por las infraestructuras verdes, y específicamente las cubiertas ajardinadas, sin embargo, determinados servicios como la capacidad de la regulación del microclima urbano no ha sido apenas estudiados. La mayor parte de la literatura en este campo la componen estudios relacionados con la capacidad de las cubiertas ajardinadas de reducir el efecto de la isla de calor, en una escala local, o acerca de la reducción de la demanda energética de refrigeración debida a la instalación de cubiertas ajardinadas en la escala de edificio. La escala intermedia entre estos dos ámbitos, la calle, desde su ámbito habitable cercano al suelo hasta el límite superior del cañón urbano que configura, no han sido objeto detallado de estudio por lo que es esta escala el objeto de esta tesis doctoral. Esta investigación tiene como objeto contribuir en este campo y aportar un mayor entendimiento a través de la cuantificación del impacto de las cubiertas ajardinadas sobre la temperatura y humedad en el cañón urbano en la escala de calle y con un especial foco en el nivel peatonal. El primer paso de esta investigación ha sido la definición del objeto de estudio a través del análisis y revisión de trabajos tanto teóricos como empíricos que investigan los efectos de cubiertas ajardinadas en el entorno construido, entendidas como una herramienta para la adaptación y mitigación del impacto del cambio climático en las ciudades. La literatura analizada, revela el gran potencial de los sistemas vegetales como herramientas para el diseño pasivo puesto que no solo son capaces de mejorar las condiciones climáticas y microclimaticas en las ciudades reduciendo su demanda energética, sino también la necesidad de mayor análisis en la escala de calle donde confluyen el clima, las superficies urbanas y materiales y vegetación. Este análisis requiere una metodología donde se integren la respuesta térmica de edificios, las variaciones en los patrones de viento y radiación, y la interacción con la vegetación, por lo que un análisis cuantitativo puede ayudar a definir las estrategias más efectivas para lograr espacios urbanos más habitables. En este contexto, el objetivo principal de esta investigación ha sido la evaluación cuantitativa del impacto de la cubierta ajardinada en el microclima urbano a escala de barrio en condiciones de verano en los climas mediterráneos continentales. Para el logro de este objetivo, se ha seguido un proceso que persigue identificar los modelos y herramientas de cálculo capaces de capturar el efecto de la cubierta ajardinada sobre el microclima, identificar los parámetros que potencian o limitan este efecto, y cuantificar las variaciones que microclima creado en el cañón urbano produce en el consumo de energía de los edificios que rodean éste espacio. La hipótesis principal detrás de esta investigación y donde los objetivos anteriores se basan es el siguiente: "una cubierta ajardinada instalada en edificios de mediana altura favorece el establecimiento de microclimas a nivel peatonal y reduce las temperaturas en el entorno urbano donde se encuentra”. Con el fin de verificar la hipótesis anterior y alcanzar los objetivos propuestos se ha seguido la siguiente metodología: • definición del alcance y limitaciones del análisis • Selección de las herramientas y modelos de análisis • análisis teórico de los parámetros que afectan el efecto de las cubiertas ajardinadas • análisis experimental; • modelización energética • conclusiones y futuras líneas de trabajo Dada la complejidad de los fenómenos que intervienen en la generación de unas determinadas condiciones microclimáticas, se ha limitado el objeto de este estudio a las variables de temperatura y humedad, y sólo se han tenido en cuenta los componentes bióticos y abióticos del sistema, que incluyen la morfología, características superficiales del entorno estudiado, así como los elementos vegetales. Los componentes antrópicos no se han incluido en este análisis. La búsqueda de herramientas adecuadas para cumplir con los objetivos de este análisis ha concluido en la selección de ENVI-met v4 como el software más adecuado para esta investigación por su capacidad para representar los complejos fenómenos que caracterizan el microclima en cañones urbanos, en una escala temporal diaria y con unas escala local de vecindario. Esta herramienta supera el desafío que plantean los requisitos informáticos de un cálculo completo basado en elementos finitos realizados a través de herramientas de dinámica de fluidos computacional (CFD) que requieren una capacidad de cálculo computacional y tiempo privativos y en una escala dimensional y temporal limitada a esta capacidad computacional lo que no responde a los objetivos de esta investigación. ENVI-met 4 se basa es un modelo tridimensional del micro clima diseñado para simular las interacciones superficie-planta-aire en entornos urbanos. Basado en las ecuaciones fundamentales del equilibrio que representan, la conservación de masa, energía y momento. ENVI-met es un software predictivo, y como primer paso ha requerido la definición de las condiciones iniciales de contorno que se utilizan como punto de partida por el software para generar su propio perfil de temperatura y humedad diaria basada en la localización de la construcción, geometría, vegetación y las superficies de características físicas del entorno. La geometría de base utilizada para este primer análisis se ha basado en una estructura típica en cuanto al trazado urbano situada en Madrid que se ha simulado con una cubierta tradicional y una cubierta ajardinada en sus edificios. La estructura urbana seleccionada para este análisis comparativo es una red ortogonal con las calles principales orientadas este-oeste. El edificio típico que compone el vecindario se ha definido como “business as usual” (BAU) y se ha definido con una cubierta de baldosa de hormigón estándar, con un albedo 0.3, paredes con albedo 0.2 (construcción de muro de ladrillo típico) y cerramientos adiabáticos para evitar las posibles interferencias causadas por el intercambio térmico con el ambiente interior del edificio en los resultados del análisis. Para el caso de la cubierta ajardinada, se mantiene la misma geometría y características del edificio con excepción de la cobertura superficial de la azotea. Las baldosas de hormigón se han modificado con una cubierta ajardinada extensiva cubierta con plantas xerófilas, típicas en el clima de Madrid y caracterizado por su índice de densidad foliar, el “leaf area density” (LAD), que es la superficie total de superficie de hojas por unidad de volumen (m2/m3). El análisis se centra en los cañones urbanos entendidos como el espacio de calle comprendido entre los límites geométricos de la calle, verticales y horizontales, y el nivel superior de la cota urbana nivel de cubiertas. Los escenarios analizados se basan en la variación de la los principales parámetros que según la literatura analizada condicionan las variaciones microclimáticas en el ámbito urbano afectado por la vegetación, la velocidad del viento y el LAD de la azotea. Los resultados han sido registrados bajo condiciones de exposición solar diferentes. Las simulaciones fueron realizadas por los patrones de viento típico de verano, que para Madrid se caracterizan por vientos de componente suroeste que van desde 3 a 0 m/s. las simulaciones fueron realizadas para unas condiciones climáticas de referencia de 3, 2, 1 y 0 m/s a nivel superior del cañón urbano, como condición de contorno para el análisis. Los resultados calculados a 1,4 metros por encima del nivel del suelo, en el espacio habitado, mostraron que el efecto de la cubierta ajardinada era menor en condiciones de contorno con velocidades de viento más altas aunque en ningún caso el efecto de la cubierta verde sobre la temperatura del aire superó reducciones de temperatura de aire superiores a 1 º C. La humedad relativa no presentó variaciones significativas al comparar los diferentes escenarios. Las simulaciones realizadas para vientos con velocidad baja, entre 0 y 1 m/s mostraron que por debajo de 0.5 m/s la turbulencia del modelo aumentó drásticamente y se convirtió en el modelo inestable e incapaz de producir resultados fiables. Esto es debido al modelo de turbulencia en el software que no es válido para velocidades de viento bajas, lo que limita la capacidad de ENVI-met 4 para realizar simulaciones en estas condiciones de viento y es una de las principales conclusiones de este análisis en cuanto a la herramienta de simulación. También se comprobó el efecto de las densidades de la densidad de hoja (LAD) de los componentes vegetales en el modelo en la capa de aire inmediatamente superior a la cubierta, a 0,5 m sobre este nivel. Se compararon tres alternativas de densidad de hoja con la cubierta de baldosa de hormigón: el techo verde con LAD 0.3 (hierba típica o sedum), LAD 1.5 (plantas mixtas típicas) y LAD 2.5 (masa del árbol). Los resultados mostraron diferencias de temperatura muy relevante entre las diferentes alternativas de LAD analizadas. Los resultados muestran variaciones de temperatura que oscilan entre 3 y 5 º C al comparar el estándar de la azotea concreta con albedo 0, 3 con el techo con vegetación y vegetación densa, mostrando la importancia del LAD en la cuantificación de los efectos de las cubiertas vegetales en microclima circundante, lo que coincide con los datos reportados en la literatura existente y con los estudios empíricos analizados. Los resultados de los análisis teóricos han llegado a las siguientes conclusiones iniciales relacionadas con la herramienta de simulación y los resultados del modelo: En relación con la herramienta ENVI-met, se han observado limitaciones para el análisis. En primer lugar, la estructura rígida de la geometría, las bases de datos y el tamaño de la cuadrícula, limitan la escala y resolución de los análisis no permitiendo el desarrollo de grandes zonas urbanas. Por otro lado la estructura de ENVI-met permite el desarrollo de este tipo de simulación tan complejo dentro de tiempos razonables de cálculo y requerimientos computacionales convencionales. Otra limitación es el modelo de turbulencia del software, que no modela correctamente velocidades de viento bajas (entre 0 y 1 m/s), por debajo de 0,5 m/s el modelo da errores y no es estable, los resultados a estas velocidades no son fiables porque las turbulencias generadas por el modelo hacen imposible la extracción de patrones claros de viento y temperatura que permitan la comparación entre los escenarios de cubierta de hormigón y ajardinada. Además de las limitaciones anteriores, las bases de datos y parámetros de entrada en la versión pública del software están limitados y la complejidad de generar nuevos sistemas adaptándolos al edificio o modelo urbano que se quiera reproducir no es factible salvo en la versión profesional del software. Aparte de las limitaciones anteriores, los patrones de viento y perfiles de temperatura generados por ENVI-met concuerdan con análisis previos en los que se identificaban patrones de variación de viento y temperaturas en cañones urbanos con patrones de viento, relación de aspecto y dimensiones similares a los analizados en esta investigación. Por lo tanto, el software ha demostrado una buena capacidad para reproducir los patrones de viento en los cañones de la calle y capturar el efecto de enfriamiento producido por la cubierta verde en el cañón. En relación con el modelo, el resultado revela la influencia del viento, la radiación y el LAD en la temperatura del aire en cañones urbanos con relación de aspecto comprendida entre 0,5 y 1. Siendo el efecto de la cubierta verde más notable en cañones urbanos sombreados con relación de aspecto 1 y velocidades de viento en el nivel de “canopy” (por encima de la cubierta) de 1 m/s. En ningún caso las reducciones en la temperatura del aire excedieron 1 º C, y las variaciones en la humedad relativa no excedieron 1% entre los escenarios estudiados. Una vez que se han identificado los parámetros relevantes, que fueron principalmente la velocidad del viento y el LAD, se realizó un análisis experimental para comprobar los resultados obtenidos por el modelo. Para éste propósito se identificó una cubierta ajardinada de grandes dimensiones capaz de representar la escala urbana que es el objeto del estudio. El edificio usado para este fin fue el parking de la terminal 4 del aeropuerto internacional de Madrid. Aunque esto no es un área urbana estándar, la escala y la configuración del espacio alrededor del edificio fueron considerados aceptables para el análisis por su similitud con el contexto urbano objeto de estudio. El edificio tiene 800 x 200 m, y una altura 15 m. Está rodeado de vías de acceso pavimentadas con aceras conformando un cañón urbano limitado por el edificio del parking, la calle y el edificio de la terminal T4. El aparcamiento está cerrado con fachadas que configuran un espacio urbano de tipo cañón, con una relación de aspecto menor que 0,5. Esta geometría presenta patrones de viento y velocidad dentro del cañón que difieren ligeramente de los generados en el estudio teórico y se acercan más a los valores a nivel de canopo sobre la cubierta del edificio, pero que no han afectado a la tendencia general de los resultados obtenidos. El edificio cuenta con la cubierta ajardinada más grande en Europa, 12 Ha cubiertas por con una mezcla de hierbas y sedum y con un valor estimado de LAD de 1,5. Los edificios están rodeados por áreas plantadas en las aceras y árboles de sombra en las fachadas del edificio principal. El efecto de la cubierta ajardinada se evaluó mediante el control de temperaturas y humedad relativa en el cañón en un día típico de verano. La selección del día se hizo teniendo en cuenta las predicciones meteorológicas para que fuesen lo más semejantes a las condiciones óptimas para capturar el efecto de la cubierta vegetal sobre el microclima urbano identificadas en el modelo teórico. El 09 de julio de 2014 fue seleccionado para la campaña de medición porque las predicciones mostraban 1 m/s velocidad del viento y cielos despejados, condiciones muy similares a las condiciones climáticas bajo las que el efecto de la cubierta ajardinada era más notorio en el modelo teórico. Las mediciones se registraron cada hora entre las 9:00 y las 19:00 en 09 de julio de 2014. Temperatura, humedad relativa y velocidad del viento se registraron en 5 niveles diferentes, a 1.5, 4.5, 7.5, 11.5 y 16 m por encima del suelo y a 0,5 m de distancia de la fachada del edificio. Las mediciones fueron tomadas en tres escenarios diferentes, con exposición soleada, exposición la sombra y exposición influenciada por los árboles cercanos y suelo húmedo. Temperatura, humedad relativa y velocidad del viento se registraron con un equipo TESTO 410-2 con una resolución de 0,1 ºC para temperatura, 0,1 m/s en la velocidad del viento y el 0,1% de humedad relativa. Se registraron las temperaturas de la superficie de los edificios circundantes para evaluar su efecto sobre los registros usando una cámara infrarroja FLIR E4, con resolución de temperatura 0,15ºC. Distancia mínima a la superficie de 0,5 m y rango de las mediciones de Tª de - 20 º C y 250 º C. Los perfiles de temperatura extraídos de la medición in situ mostraron la influencia de la exposición solar en las variaciones de temperatura a lo largo del día, así como la influencia del calor irradiado por las superficies que habían sido expuestas a la radiación solar así como la influencia de las áreas de jardín alrededor del edificio. Después de que las medidas fueran tomadas, se llevaron a cabo las siguientes simulaciones para evaluar el impacto de la cubierta ajardinada en el microclima: a. estándar de la azotea: edificio T4 asumiendo un techo de tejas de hormigón con albedo 0.3. b. b. cubierta vegetal : T4 edificio asumiendo una extensa cubierta verde con valor bajo del LAD (0.5)-techo de sedum simple. c. c. cubierta vegetal: T4 edificio asumiendo una extensa cubierta verde con alta joven valor 1.5-mezcla de plantas d. d. cubierta ajardinada más vegetación nivel calle: el edificio T4 con LAD 1.5, incluyendo los árboles existentes a nivel de calle. Este escenario representa las condiciones actuales del edificio medido. El viento de referencia a nivel de cubierta se fijó en 1 m/s, coincidente con el registro de velocidad de viento en ese nivel durante la campaña de medición. Esta velocidad del viento se mantuvo constante durante toda la campaña. Bajo las condiciones anteriores, los resultados de los modelos muestran un efecto moderado de azoteas verdes en el microclima circundante que van desde 1 º a 2 º C, pero una contribución mayor cuando se combina con vegetación a nivel peatonal. En este caso las reducciones de temperatura alcanzan hasta 4 ºC. La humedad relativa sin embargo, no presenta apenas variación entre los escenarios con y sin cubierta ajardinada. Las temperaturas medidas in situ se compararon con resultados del modelo, mostrando una gran similitud en los perfiles definidos en ambos casos. Esto demuestra la buena capacidad de ENVI-met para reproducir el efecto de la cubierta ajardinada sobre el microclima y por tanto para el fin de esta investigación. Las diferencias más grandes se registraron en las áreas cercanas a las zonas superiores de las fachadas que estaban más expuestas a la radiación del sol y también el nivel del suelo, por la influencia de los pavimentos. Estas diferencias se pudieron causar por las características de los cerramientos en el modelo que estaban limitados por los datos disponibles en la base de datos de software, y que se diferencian con los del edificio real. Una observación importante derivada de este estudio es la contribución del suelo húmedo en el efecto de la cubierta ajardinada en la temperatura del aire. En el escenario de la cubierta ajardinada con los arboles existentes a pie de calle, el efecto del suelo húmedo contribuye a aumentar las reducciones de temperatura hasta 4.5ºC, potenciando el efecto combinado de la cubierta ajardinada y la vegetación a pie de calle. Se realizó un análisis final después de extraer el perfil horario de temperaturas en el cañón urbano influenciado por el efecto de las cubiertas ajardinadas y los árboles. Con esos perfiles modificados de temperatura y humedad se desarrolló un modelo energético en el edificio asumiendo un edificio cerrado y climatizado, con uso de oficinas, una temperatura de consigna de acuerdo al RITE de 26 ºC, y con los sistemas por defecto que establece el software para el cálculo de la demanda energética y que responden a ASHRAE 90.1. El software seleccionado para la simulación fue Design Builder, por su capacidad para generar simulaciones horarias y por ser una de las herramientas de simulación energética más reconocidas en el mercado. Los perfiles modificados de temperatura y humedad se insertaron en el año climático tipo y se condujo la simulación horaria para el día definido, el 9 de Julio. Para la simulación se dejaron por defecto los valores de conductancia térmica de los cerramientos y la eficiencia de los equipos de acuerdo a los valores que fija el estándar ASHRAE para la zona climática de Madrid, que es la 4. El resultado mostraba reducciones en el consumo de un día pico de hasta un 14% de reducción en las horas punta. La principal conclusión de éste estudio es la confirmación del potencial de las cubiertas ajardinadas como una estrategia para reducir la temperatura del aire y consumo de energía en los edificios, aunque este efecto puede ser limitado por la influencia de los vientos, la radiación y la especie seleccionada para el ajardinamiento, en especial de su LAD. Así mismo, en combinación con los bosques urbanos su efecto se potencia e incluso más si hay pavimentos húmedos o suelos porosos incluidos en la morfología del cañón urbano, convirtiéndose en una estrategia potencial para adaptar los ecosistemas urbanos el efecto aumento de temperatura derivado del cambio climático. En cuanto a la herramienta, ENVI-met se considera una buena opción para éste tipo de análisis dada su capacidad para reproducir de un modo muy cercano a la realidad el efecto de las cubiertas. Aparte de ser una herramienta validada en estudios anteriores, en el caso experimental se ha comprobado por medio de la comparación de las mediciones con los resultados del modelo. A su vez, los resultados y patrones de vientos generados en los cañones urbanos coinciden con otros estudios similares, concluyendo por tanto que es un software adecuado para el objeto de esta tesis doctoral. Como líneas de investigación futura, sería necesario entender el efecto de la cubierta ajardinada en el microclima urbano en diferentes zonas climáticas, así como un mayor estudio de otras variables que no se han observado en este análisis, como la temperatura media radiante y los indicadores de confort. Así mismo, la evaluación de otros parámetros que afectan el microclima urbano tales como variables geométricas y propiedades superficiales debería ser analizada en profundidad para tener un resultado que cubra todas las variables que afectan el microclima en el cañón urbano. ABSTRACT Climate Change is posing an urgency in the development of strategies able not only to mitigate but also adapt to the effects that this global problem is evidencing around the world. Heat waves, flooding and severe draughts increase the vulnerability of population, and this is especially critical in urban settlements. This has been extensively studied over the past decades, addressed from different perspectives and ranging from the regional heat island analysis to the building scale. Its understanding requires physical and dimensional analysis of this broad phenomenon and a deep analysis of the factors and the strategies which can offset it. In the search of solutions to this problem, green infrastructure elements such as green roofs, walls and urban forests arise as strategies able provide multiple regulating ecosystem services to the urban environment able to cope with climate change effects. This includes storm water management, heat island effect control, and improvement of air and water quality. Over the last decade, multiple studies have been developed to evaluate and quantify the ecosystem services provided by green roofs, however, specific regulating services addressing urban microclimate and their impact on the urban dwellers have not been widely quantified. This research tries to contribute to fill this gap and analyzes the effects of green roofs and urban forests on urban microclimate at pedestrian level, quantifying its potential for regulating ambient temperature in hot season in Mediterranean –continental climates. The study is divided into a sequence of analysis where the critical factors affecting the performance of the green roof system on the microclimate are identified and the effects of the green roof is tested in a real case study. The first step has been the definition of the object of study, through the analysis and review of theoretical and empirical papers that investigate the effects of covers landscaped in the built environment, in the context of its use as a tool for adaptation and mitigation of the impact of climate change on cities and urban development. This literature review, reveals the great potential of the plant systems as a tool for passive design capable of improving the climatic and microclimatic conditions in the cities, as well as its positive impact on the energy performance of buildings, but also the need for further analysis at the street scale where climate, urban surfaces and materials, and vegetation converge. This analysis requires a methodology where the thermal buildings response, the variations in the patterns of wind and the interaction of the vegetation are integrated, so a quantitative analysis can help to define the most effective strategies to achieve liveable urban spaces and collaterally, , the improvement of the surrounding buildings energy performance. In this specific scale research is needed and should be customized to every climate, urban condition and nature based strategy. In this context, the main objective for this research was the quantitative assessment of the Green roof impact on the urban microclimate at a neighbourhood scale in summer conditions in Mediterranean- continental climates. For the achievement of this main objective, the following secondary objectives have been set: • Identify the numerical models and calculation tools able to capture the effect of the roof garden on the microclimate. • Identify the enhancing or limiting parameter affecting this effect. • Quantification of the impact of the microclimate created on the energy consumption of buildings surrounding the street canyon analysed. The main hypothesis behind this research and where the above objectives are funded on is as follows: "An extensive roof installed in medium height buildings favours the establishment of microclimates at the pedestrian level and reduces the temperatures in the urban environment where they are located." For the purpose of verifying the above hypothesis and achieving the proposed objectives the following methodology has been followed: - Definition of hypothesis and objectives - Definition of the scope and limitations - Theoretical analysis of parameters affecting gren roof performance - Experimental analysis; - Energy modelling analyisis - Conclusions and future lines of work The search for suitable tools and models for meeting the objectives of this analysis has led to ENVI-met v4 as the most suitable software for this research. ENVI met is a three-dimensional micro-climate model designed to simulate the surface-plant-air interactions in urban environments. Based in the fundamental equations representing, mass, energy and momentum conservation, the software has the capacity of representing the complex phenomena characterizing the microclimate in urban canyons, overcoming the challenge posed by the computing requirements of a full calculus based on finite elements done via traditional computational fluid dynamics tools. Once the analysis tool has been defined, a first set of analysis has been developed to identify the main parameters affecting the green roof influence on the microclimate. In this analysis, two different scenarios are compared. A neighborhood with standard concrete tile roof and the same configuration substituting the concrete tile by an extensive green roof. Once the scenarios have been modeled, different iterations have been run to identify the influence of different wind patterns, solar exposure and roof vegetation type on the microclimate, since those are the most relevant variables affecting urban microclimates. These analysis have been run to check the conditions under which the effects of green roofs get significance. Since ENVI-met V4 is a predictive software, the first step has been the definition of the initial weather conditions which are then used as starting point by the software, which generates its own daily temperature and humidity profile based on the location of the building, geometry, vegetation and the surfaces physical characteristics. The base geometry used for this first analysis has been based on a typical urban layout structure located in Madrid, an orthogonal net with the main streets oriented East-West to ease the analysis of solar radiation in the different points of the model. This layout represents a typical urban neighborhood, with street canyons keeping an aspect ratio between 0.5 and 1 and high sky view factor to ensure correct sun access to the streets and buildings and work with typical wind flow patterns. Finally, the roof vegetation has been defined in terms of foliage density known as Leaf Area Density (LAD) and defined as the total one-sided leaf area per unit of layer volume. This index is the most relevant vegetation characteristic for the purpose of calculating the effect of vegetation on wind and solar radiation as well as the energy consumed during its metabolic processes. The building as usual (BAU) configuring the urban layout has been defined with standard concrete tile roofs, considering 0.3 albedo. Walls have been set with albedo 0.2 (typical brick wall construction) and adiabatic to avoid interference caused by thermal interchanges with the building indoor environment. For the proposed case, the same geometry and building characteristics have been kept. The only change is the roof surface coverage. The gravel on the roof has been changed with an extensive green roof covered with drought tolerant plants, typical in Madrid climate, and characterized by their LAD. The different scenarios analysed are based in the variation of the wind speed and the LAD of the roof. The results have been recorded under different sun exposure conditions. Simulations were run for the typical summer wind patterns, that for Madrid are characterized by South-west winds ranging from 3 to 0 m/s. Simulations were run for 3, 2, 1 and 0 m/s at urban canopy level. Results taken at 1.4 m above the ground showed that the green roof effect was lower with higher wind speeds and in any case the effect of the green roof on the air temperatures exceeded air temperature reductions higher than 1ºC. Relative humidity presented no variations when comparing the different scenarios. For the analysis at 0m/s, ENVI-met generated error and no results were obtained. Different simulations showed that under 0.5 m/s turbulence increased dramatically and the model became unstable and unable to produce reliable results. This is due to the turbulence model embedded in the software which is not valid for low wind speeds (below 1 m/s). The effect of the different foliage densities was also tested in the model. Three different alternatives were compared against the concrete roof: green roof with LAD 0.3 ( typical grass or sedum), 1.5 (typical mixed plants) and 2.5 (tree mass). The results showed very relevant temperature differences between the different LAD alternatives analyzed. Results show temperature variations ranging between 3 and 5 ºC when comparing the standard concrete roof with albedo 0, 3 with the vegetated roof and vegetated mass, showing the relevance of the LAD on the effects of green roofs on microclimate. This matches the data reported in existing literature and empirical studies and confirms the relevance of the LAD in the roof effect on the surrounding microclimate. The results of the theoretical analysis have reached the following initial conclusions related to both, the simulation tool and the model results: • In relation to the tool ENVI-met, some limitations for the analysis have been observed. In first place, the rigid structure of the geometry, the data bases and the grid size, limit the scale and resolution of the analysis not allowing the development of large urban areas. On the other hand the ENVI-met structure enables the development of this type of complex simulation within reasonable times and computational requirements for the purpose of this analysis. Additionally, the model is unable to run simulations at wind speeds lower than 0.5 m/s, and even at this speed, the results are not reliable because the turbulences generated by the model that made impossible to extract clear temperature differences between the concrete and green roof scenarios. Besides the above limitations, the wind patterns and temperature profiles generated by ENVImet are in agreement with previous analysis identifying wind patterns in urban canyons with similar characteristics and aspect ratio. Therefore the software has shown a good capacity for reproducing the wind effects in the street canyons and seems to capture the cooling effect produced by the green roof. • In relation to the model, the results reveals the influence of wind, radiation and LAD on air temperature in urban canyons with aspect ratio comprised between 0.5 and 1. Being the effect of the green roof more noticeable in shaded urban canyons with aspect ratio 1 and wind speeds of 1 m/s. In no case the reductions in air temperature exceeded 1ºC. Once the relevant parameters have been identified, mainly wind speed and LAD, an experimental analysis was conducted to test the results obtained by the model. For this purpose a large green roof was identified, able to represent the urban scale which is the object of the studio. The building identified for this purpose was the terminal 4, parking building of the international Madrid Airport. Even though this is not a standard urban area, the scale and configuration of the space around the building were deemed as acceptable for the analysis. The building is an 800x200 m, 15 m height parking building, surrounded by access paved paths and the terminal building. The parking is enclosed with facades that configure an urban canyon-like space, although the aspect ratio is lower than 0.5 and the wind patterns might differ from the theoretical model run. The building features the largest green roof in Europe, a 12 Ha extensive green roof populated with a mix of herbs and sedum with a LAD of 1.5. The buildings are surrounded by planted areas at the sidewalk and trees shading the main building facades. Green roof performance was evaluated by monitoring temperatures and relative humidity in the canyon in a typical summer day. The day selection was done taking into account meteorological predictions so the weather conditions on the measurement day were as close as possible as the optimal conditions identified in terms of green roof effects on the urban canyon. July 9th 2014 was selected for the measurement campaign because the predictions showed 1 m/s wind speed and sunny sky, which were very similar to the weather conditions where the effect of the green roof was most noticeable in the theory model. Measurements were registered hourly from 9:00am to 19:00 on July 9th 2014. Temperature, relative humidity and wind speed were recorded at 5 different levels, at 1.5, 4.5, 7.5, 11.5 and 16 m above ground and at 0.5 m distance from the building façade. Measurements were taken in three different scenarios, sunny exposure, shaded exposure, and shaded exposure influenced by nearby trees and moist soil. Temperature, relative humidity and wind speed were registered using a TESTO 410-2 anemometer, with 0.1ºC resolution for temperature, 0.1 m/s resolution for wind speed and 0.1 % for relative humidity. Surface temperatures were registered using an infrared camera FLIR E4, with temperature resolution 0.15ºC. Minimal distance to surface of 0.5 m and Tª measurements range from -20ºC and 250ºC. The temperature profiles measured on the site showed the influence of solar exposure on the temperature variations along the day, as well as the influence of the heat irradiated by the building surfaces which had been exposed to the sun radiation and those influenced by the moist soft areas around the building. After the measurements were taken, the following simulations were conducted to evaluate the impact of the green roof on the microclimate: a. Standard roof: T4 building assuming a concrete tile roof with albedo 0.3. b. Green roof: T4 building assuming an extensive green roof with low LAD value (0.5)-Simple Sedum roof. c. Green roof: T4 building assuming an extensive green roof with high LAD value 1.5- Lucerne and grasses d. Green roof plus street level vegetation: T4 Building, LAD 1.5 (Lucerne), including the existing trees at street level. This scenario represents the current conditions of the building. The urban canopy wind was set as 1 m/s, the wind speed register at that level during the measurement campaign. This wind speed remained constant over the whole campaign. Under the above conditions, the results of the models show a moderate effect of green roofs on the surrounding microclimate ranging from 1ºC to 2ºC, but a larger contribution when combining it with vegetation at pedestrian level, where 4ºC temperature reductions are reached. Relative humidity remained constant. Measured temperatures and relative humidity were compared to model results, showing a close match in the profiles defined in both cases and the good capacity of ENVI met to capture the impact of the green roof in this analysis. The largest differences were registered in the areas close to the top areas of the facades which were more exposed to sun radiation and also near to the soil level. These differences might be caused by differences between the materials properties included in the model (which were limited by the data available in the software database) and those in the real building. An important observation derived from this study is the contribution of moist soil to the green roof effect on air temperatures. In the green roof scenario with surrounding trees, the effect of the moist soil contributes to raise the temperature reductions at 4.5ºC. A final analysis was conducted after extracting the hourly temperature profile in the street canyon influenced by the effect of green roofs and trees. An energy model was run on the building assuming it was a conventional enclosed building. Energy demand reductions were registered in the building reaching up to 14% reductions at the peak hour. The main conclusion of this study is the potential of the green roofs as a strategy for reducing air temperatures and energy consumption in the buildings, although this effect can be limited by the influence of high speed winds. This effect can be enhanced its combination with urban forests and even more if soft moist pavements are included in the urban canyon morphology, becoming a potential strategy for adapting urban ecosystems to the increasing temperature effect derived from climate change.

Myelin-associated neurite growth-inhibitory proteins and suppression of regeneration of immature mammalian spinal cord in culture.

Neurite outgrowth across spinal cord lesions in vitro is rapid in preparations isolated from the neonatal opossum Monodelphis domestica up to the age of 12 days. At this age oligodendrocytes, myelin, and astrocytes develop and regeneration ceases to occur. The role of myelin-associated neurite growth-inhibitory proteins, which increase in concentration at 10-13 days, was investigated in culture by applying the antibody IN-1, which blocks their effects. In the presence of IN-1, 22 out of 39 preparations from animals aged 13-17 days showed clear outgrowth of processes into crushes. When 34 preparations from 13-day-old animals were crushed and cultured without antibody, no axons grew into the lesion. The success rate with IN-1 was comparable to that seen in younger animals but the outgrowth was less profuse. IN-1 was shown by immunocytochemistry to penetrate the spinal cord. Other antibodies which penetrated the 13-day cord failed to promote fiber outgrowth. To distinguish between regeneration by cut neurites and outgrowth by developing uncut neurites, fibers in the ventral fasciculus were prelabeled with carbocyanine dyes and subsequently injured. The presence of labeled fibers in the lesion indicated that IN-1 promoted regeneration. These results show that the development of myelin-associated growth-inhibitory proteins contributes to the loss of regeneration as the mammalian central nervous system matures. The definition of a critical period for regeneration, coupled with the ability to apply trophic as well as inhibitory molecules to the culture, can permit quantitative assessment of molecular interactions that promote spinal cord regeneration.

In situ isolation of mRNA from individual plant cells: creation of cell-specific cDNA libraries.

A method for isolating and cloning mRNA populations from individual cells in living, intact plant tissues is described. The contents of individual cells were aspirated into micropipette tips filled with RNA extraction buffer. The mRNA from these cells was purified by binding to oligo(dT)-linked magnetic beads and amplified on the beads using reverse transcription and PCR. The cell-specific nature of the isolated mRNA was verified by creating cDNA libraries from individual tomato leaf epidermal and guard cell mRNA preparations. In testing the reproducibility of the method, we discovered an inherent limitation of PCR amplification from small amounts of any complex template. This phenomenon, which we have termed the "Monte Carlo" effect, is created by small and random differences in amplification efficiency between individual templates in an amplifying cDNA population. The Monte Carlo effect is dependent upon template concentration: the lower the abundance of any template, the less likely its true abundance will be reflected in the amplified library. Quantitative assessment of the Monte Carlo effect revealed that only rare mRNAs (< or = 0.04% of polyadenylylated mRNA) exhibited significant variation in amplification at the single-cell level. The cDNA cloning approach we describe should be useful for a broad range of cell-specific biological applications.

Avaliação e correlação clínica/tomográfica dos biótipos periodontais

O biótipo gengival, definido como a espessura da gengiva no sentido vestíbulo-lingual, desempenha importante papel na homeostasia dos tecidos periodontais, podendo ser considerado um preditor no sucesso em longo prazo das terapias periodontais e periimplantares. Assim sendo, é de suma importância reconhecer as dimensões do tecido gengival e as diferentes formas de qualificá-lo e principalmente quantificá-lo. Apesar de haver descrito na literatura inúmeros métodos para este fim, existem poucos estudos comparando a efetividade de um método em relação a outro. Desta maneira, este estudo buscou avaliar se há concordância entre avaliações clínicas e tomográficas na classificação do biótipo gengival, se existe correlação entre o biótipo gengival e a espessura óssea subjacente, além de descrever um novo método de tomada tomográfica que permita a análise quantitativa do biótipo gengival. Foram avaliados 12 indivíduos os quais realizaram tomografias computadorizadas de feixe cônico como exame imaginológico de diagnóstico ou planejamento pré-cirúrgico. Em cada paciente foram realizados quatro diferentes métodos de avaliação qualitativa da espessura gengival (transparência a sondagem, transgengival, visual através de fotografia e tomográfico), dois métodos de avaliação quantitativa (transgengival e tomográfico) da espessura gengival e avaliação da espessura óssea através da tomografia computadorizada de feixe cônico. Os resultados foram avaliados estatisticamente através do teste KAPPA, Teste t pareado e coeficiente de correlação de Pearson (pM0.05). O novo método de tomada tomográfica descrito neste estudo é eficaz para avaliação do biótipo gengival, havendo grande concordância (86,1% Kappa 0,51) e forte correlação (r=0,824) entre ele e o método transgengival (padrão ouro). A correlação entre a espessura óssea e a espessura gengival foi moderada quando utilizado o método transgengival e tomográfico (r=0,567 e r=0,653 respectivamente).

La expansión urbanística reciente de la costa alicantina, una realidad constatable

Se propone analizar la ocupación del suelo durante las dos últimas décadas en la costa de la provincia de Alicante; para ello se plantea estudiar las características de las nuevas ocupaciones, así como los nuevos modelos de ocupación urbana y territorial. Estas nuevas tendencias territoriales suponen un cambio importante en la utilización del territorio que conlleva nuevas relaciones espaciales y funcionales. Los objetivos del trabajo se centran, por tanto, en la identificación y caracterización de las áreas de nuevo crecimiento reciente y su evaluación cuantitativa —superficie, densidad, etc.— y cualitativa —nuevos paisajes, morfologías, etc. La metodología planteada parte del análisis gráfico y estadístico para abordar su consideración cuantitativa, posteriormente. A partir de la comparación entre las imágenes satelitales ofrecidas por el proyecto europeo Corine Land Cover en la Comunidad Valenciana correspondientes a los años 1990 y 2006, se identifican las principales áreas de crecimiento durante estas etapas. Una vez definidas dichas áreas de crecimiento, se plantea abordar el análisis gráfico en detalle, a partir de las fotografías aéreas correspondientes a las fechas más cercanas a las de Corine Land Cover. Por otro lado, las diferentes bases estadísticas ofrecidas por las distintas administraciones públicas permiten cuantificar dichos crecimientos y evaluar sus densidades. Los resultados esperados se centran en la caracterización y definición de los nuevos modelos de ocupación urbana en el litoral alicantino, así como las características territoriales del nuevo urbanismo reciente. La identificación de esos nuevos modelos residenciales permite incidir en las futuras planificaciones y planeamiento, tanto territorial como municipal.

Optimization of the Modular Educational Program Structure

Optimized structure of the educational program consisting of a set of the interconnected educational objects is offered by means of problem solution of optimum partition of the acyclic weighed graph. The condition of acyclicity preservation for subgraphs is formulated and the quantitative assessment of decision options is executed. The original algorithm of search of quasioptimum partition using the genetic algorithm scheme with coding chromosomes by permutation is offered. Object-oriented realization of algorithm in language C++ is described and results of numerical experiments are presented.

Age models for sediment cores off Peru

Planktonic foraminiferal faunas of the southeast Pacific indicate that sea surface temperatures (SST) have varied by as much as 8-10°C in the Peru Current, and by ?5-7°C along the equator, over the past 150,000 years. Changes in SST at times such as the Last Glacial Maximum reflect incursion of high-latitude species Globorotalia inflata and Neogloboquadrina pachyderma into the eastern boundary current and as far north as the equator. A simple heat budget model of the equatorial Pacific shows that observed changes in Peru Current advection can account for about half of the total variability in equatorial SSTs. The remaining changes in equatorial SST, which are likely related to local changes in upwelling or pycnocline depth, precede changes in polar climates as recorded by d18O. This partitioning of processes in eastern equatorial Pacific SST reveals that net ice-age cooling here reflects first a rapid response of equatorial upwelling to insolation, followed by a later response to changes in the eastern boundary current associated with high-latitude climate (which closely resembles variations in atmospheric CO2 as recorded in the Vostok ice core). Although precise mechanisms responsible for the equatorial upwelling component of climate change remain uncertain, one likely candidate that may operate independently of the ice sheets is insolation-driven changes in El Niño/Southern Oscillation (ENSO) frequency. Early responses of equatorial SST detected both here and elsewhere highlight the sensitivity of tropical systems to small changes in seasonal insolation. The scale of tropical changes we have observed are substantially greater than model predictions, suggesting a need for further quantitative assessment of processes associated with long-term climate change.

Evaluation of resynchronization of contractile function following biventricular pacing using colour tissue Doppler imaging

Biventdcular (BV) pacing is evaluated as an alternative treatment for patients with dilated cardiomyppathy (both ischemic and non-ischemic) and end-stage heart failure. Colour tissue Doppler imaging using echocardiography allows noninvasive, quantitative assessment of radial motion in the long-axis with measurement of peak systolic velocity timing. The aim of the present study was to evaluate quantitatively, the systolic performance of the left ventricle and the resynchrenization of contraction (before vs after implantation). Patients and methods: 25 patients with dilated cardiomyopathy (11 ischemic), NYHA class III or IV, QRS duration >120 ms received a biventricular pacemaker. Routine 2D echo and colour tissue Doppler imaging were performed before and within 1 week following implantation. LVEF was assessed using the biplane Sampson's method.Peak systolic velocity (PSV) and time to PSV (TPV) were assessed in 4 regions (basal anterior, inferior, lateral and septal). By averaging the TPV from all 4 regions, a synchronization index was dedved from these measurements. Reaults: LVEF improved by 9±9% following pacing; 17 patients improved LVEF 5% or more. The change in PSV in the septal and lateral regions related significantly to the change in LVEF (r=0.74, r=0.62).The change in synchronization index before vs after pacing (as a measurement of REsynchronization) was related to the change in LVEF (y=120x+5.6, r=0.79, P

The effects of changes in recycling patterns on United Kingdom resource consumption

Recycling, substitution and product life extension are identified as significant factors contributing to an extension of the time to exhaustion of industrially Dnportant materials. A quantitative assessment of the significance of virtually all materials to the U.K. is made. Copper is identified as one of the most important materials deserving of further investigation into potential resource savings through increased recycling. The other factors listed above are accounted for in the modelling technique employed. United Kingdom copper flows are qualitatively and statistically described for the years 1949 - 1976. Less accurate statistics are developed for 1922 - 1948. Adaptive expectations type causal models of total, unalloyed, and alloyed copper demand are successfully constructed and are used to generate future scenarios. Evidence is demonstrated for a break in the historical link between U.K. copper demand and industrial production. Simple causal models of potential copper scrap supply are constructed and a comparison made with actual old scrap withdrawals. Accurate adaptive expectations type models of total scrap demand are developed, but no conclusion is reached about the price elasticity of scrap demand. Various scenarios of copper goods demand are forecast and their effect on copper scrap demand. The potential to recover up to an extra 100.000 tonnes/year of generally lower grade old scrap is identified. Policy options are examined and the following recommendations made: 1) A total investment of up to £67 million in secondary refining capacity by the year 2000 is needed. 2) The copper scrap content of copper bearing goods should be specified to aid recovery. 3) A U.K. copper scrap buffer stock scheme would be advantageous for the secondary copper industry. Finally the methodology used is summarised for potential application to other materials.