On the Use of Agents in a Bioinformatics Grid

MyGrid is an e-Science Grid project that aims to help biologists and bioinformaticians to perform workflow-based in silico experiments, and help them to automate the management of such workflows through personalisation, notification of change and publication of experiments. In this paper, we describe the architecture of myGrid and how it will be used by the scientist. We then show how myGrid can benefit from agents technologies. We have identified three key uses of agent technologies in myGrid: user agents, able to customize and personalise data, agent communication languages offering a generic and portable communication medium, and negotiation allowing multiple distributed entities to reach service level agreements.

Com a palavra mate com angu: uma intervenção estética no município de Duque de Caxias

Nas sociedades contemporâneas a cidadania cultural é um tema a ser enfrentado ao lado da defesa por uma melhor qualidade de vida material, ambiental, econômica e social. Assim, o direito à liberdade de criação, informação, expressão da diversidade entre outros, apresentam-se como desafios e fundamentos para uma verdadeira democracia cultural.O presente trabalho encontra-se inserido no campo dos estudos de novas práticas de cidadania exercidas particularmente por movimentos culturais. Nosso objeto de pesquisa foi o cineclube Mate com Angu, localizado na Baixada Fluminense.Por meio de entrevistas temáticas, buscamos aferir como cinco integrantes do grupo formulam e realizam sua proposta de intervenção social e estética, e interagem com sua comunidade Duque de Caxias utilizando a linguagem audiovisual.Os argumentos e as práticas do Mate com Angu revelaram que embora o compromisso central do grupo seja no campo estético, suas atividades trazem implicações também nos campos político e social, influenciando a vida e a cultura da comunidade caxiense. Desse modo constatamos que suas intervenções contribuem para a ampliação do conceito de cidadania, e particularmente para a construção dos direitos culturais.

Viabilidade do uso de benzoato de estradiol 24 horas após a sincronização de cios de novilhas de 14 e 24 meses com pessários contendo acetato de medroxi-progesterona.

O objetivo deste ensaio foi de verificar a viabilidade do uso do benzoato de estradiol (ODB) em novilhas de corte de 14 meses e 24 meses, 24 horas após a suplementação com progestágeno, considerando manifestação de cio e fertilidade. No total foram sincronizadas e inseminadas 375 novilhas de corte, predominantemente da raça Angus, de duas propriedades (122 na A, e 253 na B), no município de Cachoeira do Sul, RS. Na propriedade B, foram sincronizadas 195 novilhas de 24 meses e 58 de 14 meses. As variáveis medidas foram manifestação de estro, percentual de 2º serviço e prenhez ao diagnóstico de gestação efetuado 40 dias após o encerramento do período de acasalamento de primavera-verão com duração de 85 dias. As novilhas foram tratadas com esponjas vaginais impregnadas com 250 mg de acetato de medroxi-progesterona durante sete dias, na colocação dos pessários receberam 5,0 mg i.m. de benzoato de estradiol. Na retirada das esponjas as novilhas foram distribuidas em três tratamentos (O ODB; 0,5 ODB, que receberam 0,5 mg de benzoato de estradiol i.m. 24 h após; 1,0 ODB, que receberam 1,0 mg de benzoato de estradiol i.m.) considerando o peso e a condição corporal (CC). O sistema para classificação da CC foi de 1 ( caquética) a 5 ( gorda). No grupo de novilhas de 24 meses, (317 animais ), foram considerados os fatores tratamento, propriedade e CC.A manifestação de cio foi afetada significativamente pelo tratamento, sendo respectivamente de 83%, 96% para O ODB, 0,5 ODB e 1,0 ODB. O percentual de 2º serviço de IA foi afetado pelo tratamento e propriedade. Quanto a tratamento as taxas de retorno foram respectivamente de 15% e 42% para O ODB, 0,5 ODB e 1,0 ODB, sendo de 24% na propriedade A e de 35% na B. Os tratamentos utilizados não mostraram diferença quanto a prenhez. No entanto, o percentual de novilhas gestantes foi distinto entre propriedades ( A 56% e B 83%) e entre CC (cc2 49% e CC 3,4 e 5 em média de 76%). Na propriedade B foi possível investigar os fatores tratamento, idade e CC. No que diz respeito a manifestação de cio, foi significativa a interação entre tratamento e idade, onde as novilhas de 14 meses apresentaram incidência menor de cios quando não receberam ODB 24 horas depois. A semelhança do que foi constatado para as novilhas de 24 meses, a taxa de retorno foi superior nas tratadas com ODB ( O ODB 20%, 0,5 ODB 35% E 1,0 ODB 49%). Na taxa de prenhez apenas o fator idade foi importante, tendo ficado gestantes 80% das novilhas de 14 meses e 91% das de 24 meses. Os resultados são indicativos que o uso de ODB 24 h após a retirada dos pessários embora aumente a taxa de inseminação coexiste com menor índice de prenhez ao primeiro serviço, não sendo, portanto, um procedimento útil para a indução/sincronização do estro em novilhas de 14 e 24 meses.

Desempenho de novilhas expostas à reprodução aos 14/15 meses de idade

Foram conduzidos dois experimentos para avaliar o comportamento reprodutivo de novilhas de corte pertencentes a quatro grupos genéticos (Hereford, ½ Nelore½ Hereford; ¼ Nelore ¾ Hereford; ½ Angus ½ Hereford) acasaladas aos 14/15 meses de idade. No experimento iniciado em 2001 foram utilizadas quatro alternativas de alimentação no outono/inverno: a) suplementação do campo nativo (CN) a 1,5% do peso vivo (PV) com ração comercial (RC) contendo 14% de proteína bruta (PB) e 68% de NDT (S68); b) suplementação do CN a 1,5% do PV com RC contendo 14% de PB e 75% de NDT (S75); c) suplementação em pastagem de azevém (Lolium multiflorum Lan), trevo branco (Trifolium repens) e cornichão (Lotus corniculatus) a 0,5% do PV de milho em grão (SPAS);d) confinamento a céu aberto com silagem de milho e 0,7% do PV de ração (CON). Após, em um só grupo, permaneceram em pastagem de azevém e aveia (Avena sativa) até o início do período reprodutivo. Durante o período de aplicação dos tratamentos alimentares o ganho médio diário (GMD) do tratamento SPAS e CON (0,755 vs 0,784 kg/dia) não apresentou diferença significativa (P>0,05), nem os S68 e S75 (0,511 vs 0,489 kg/dia). Durante o período conjunto em pastagem não foi determinada diferença significativa (P>0,05) no GMD entre S68, S75 e SPAS, nem entre S68, SPAS e CON. O peso ao início do período reprodutivo foi de 233,7 e 232,3 kg para S68 e S75 (P>0,05) e de 260,6 e 254,3 kg para SPAS e CON (P>0,05). As taxas de prenhez do SPAS e COM não apresentaram diferença entre si (62,16% e 53,86%), mas foram significativamente mais elevadas (P<0,05) em relação às S68 e S75 (20,51% e 25,64%) as quais também não diferiram entre si (P>0,05). As novilhas que conceberam foram mais pesadas, apresentaram maiores GMD de peso, condição corporal (CC) e escore trato reprodutivo (ETR) ao início do período reprodutivo em relação às que não conceberam. No experimento iniciado em 2002 foram utilizadas três alternativas de alimentação no outono/inverno: a) suplementação do CN com RC (SUR) a 1% do PV, contendo 14% de PB e 75% de NDT; b) suplementação do CN com farelo de arroz (SUFA) a 0,5% PV; c) pastejo contínuo em pastagem cultivada de azevém (PAST) e aveia. O tratamento PAST (0,478 kg/dia) apresentou GMD de peso mais elevado (P<0,05), seguido do tratamento SUR (0,326 kg/dia) superior (P<0,05) ao tratamento SUFA (0,100 kg/dia). Durante o período em conjunto em pastagem de azevém e aveia os tratamentos SUFA e PAST não apresentaram diferença significativa no GMD de peso (P>0,05) mas, foram superiores (P<0,05) ao tratamento SUR. O peso ao início do período reprodutivo foi de 265,4; 236,7 e 222,6 kg para os tratamentos PAST, SUR e SUFA, respectivamente (P<0,05). A taxa de prenhez do tratamento PAST (61,36%) foi superior (P<0,05) a dos tratamentos SUR e SUFA (20,0 e 22,73%; P>0,05). As novilhas que conceberam foram as mais pesadas e mais velhas, do início dos tratamentos alimentares até o final do período reprodutivo.

Effect of sequence of insemination after simultaneous thawing of multiple semen straws on conception rate to timed AI in suckled multiparous Nelore cows

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Efeito da idade sobre as principais características andrológicas de touros Brangus- Efeito da idade sobre as principais características andrológicas de touros BrangusIbagé criados extensivamente no estado do Mato Grosso do Sul - Brasil Ibagé criados extensivamente no estado do Mato Grosso do Sul - Brasil

Background: Bull fertility is extremely important for beef cattle production systems and has a multiplier impact on the economical and zootechnical indexes of the herd. Bulls raised in tropical conditions may present varied seminal characteristics due to, among other causes, different management practices and quality of pastures. Another factor that influences the semen characteristics is the age of the sire. The reproductive potential of bull evaluated through the andrological exam aims to ensure the semen quality and to improve the herd reproductive efficiency. The aim of this study was to evaluate the main semen parameters of Brangus-Ibage bulls extensively reared in eastern Mato Grosso do Sul state and to verify the effect of age on the andrological characteristics analyzed. It was also evaluated the correlation between age, scrotal circumference, and physical and morphological sperm characteristics produced by the Brangus bulls.Materials, Methods & Results: The study took place in the month of July 2010, during the routine andrological examination of 168 synthetic Brangus-Ibage bulls (5/8 Angus x 3/8 Nelore), belonging to the same property. For data analysis the animals were divided by age groups: animals younger than 4 years (Age I), animals between 4 and 8 years of age (Age II), and animals between 8 and 15 years of age (Age III). In another analysis, the animals were grouped according to the sperm motility pattern obtained from the semen collection: sperm motility lower than 40% (Motility I), sperm motility between 40 and 70% (Motility II) and sperm motility between 70 and 90% (Motility III). The results of the present study demonstrated an effect of age (P < 0.05) on the following androgical characteristics: scrotal circumference, ejaculate volume, sperm vigor, major defects, minor defects and total defects. It was also observed that the animals with higher sperm motility presented higher (P < 0.05) scrotal circumference, and lower (P < 0.05) percentages of major and total defects. Among the andrological characteristics evaluated in the present work, it was observed positive correlations between age and scrotal circumference (R =0.299; P =0.000), age and volume of ejaculate (R =0.161; P =0.037), age and major defects (R =0.188; P =0.015), sperm motility and scrotal circumference (R =0.245; P =0.001), sperm motility and sperm vigor (R =0.483; P =0.000), and between major defects and total defects (R =0.946; P =0.000). Also, negative correlations were observed between sperm motility and total defects (R =-0.372; P =0.000), sperm vigor and major defects (R =-0.498; P =0.000), and sperm vigor and total defects (R =-0.432; P =0.000).Discussion: Based on the results of this study it was concluded that the Brangus-Ibage bulls utilized for natural breeding in eastern Mato Grosso do Sul, Brazil, presented satisfactory semen quality taking into account the quality of the pastures where the animals were located. In addition, the scrotal circumference, the ejaculate volume, the sperm vigor, and the percentage of morphological characteristics were influenced by the age of the bulls. Therefore, considering the production system and the environmental conditions, the animals with age between 4 and 8 years were superior regarding the sperm parameters evaluated.

Effect of breed and corpus luteum on pregnancy rate of bovine embryo recipients

The objective of this study was to evaluate pregnancy rates of recipients of different breed groups (Nellore and crossbreed), as well as the effects of size and type of the corpus luteum (CL) on plasmatic concentrations of progesterone and pregnancy rates of embryo recipients. A total of 152 heifers were synchronized with progesterone implants and on the day of embryo transfer, previously obtained by superovulation and frozen in ethylene glycol, the diameter and type of the corpus luteum (cavitary and compact) was measured and blood was collected for progesterone measurement. The pregnancy rate was 44.1%, with a diameter of corpus luteum higher in recipients that became pregnant (2.03±0.41) compared with non-pregnant ones (1.86±0.34 cm). Plasmatic concentrations of progesterone did not differ between pregnant (1.50±1.05) and non-pregnant (1.31±0.91 ng/mL) animals. The type of corpus luteum did not influence the pregnancy rates. Only Angus and crossbred Marchigiana differ among themselves in pregnancy rates (33.3 and 59.2%, respectively). The pregnancy probability was affected only by CL diameter, but not by P4 plasmatic concentration. Selection of the corpus luteum size at the time of embryo transfer is an important factor to increase pregnancy rates in recipients, and compact and cavitary corpora lutea do not influence the pregnancy rates of bovine embryo recipients. Nellore recipients have pregnancy rates that are satisfactory and comparable to crossbred (Bos taurus × Bos indicus) recipients.

Performance and carcass characteristics of beef cattle fed with ammoniated marandugrass hay

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Degradação in situ da matéria seca e da fração fibrosa do capim marandu obtido por diferentes métodos de amostragem, no período seco do ano

Este trabalho foi realizado na Faculdade de Ciências Agrárias Veterinárias - Unesp - Jaboticabal e foi conduzido, com o objetivo de avaliar a influência do método de amostragem do pasto sobre a degradabilidade in situ da matéria seca e da fração fibrosa de capim Marandu, colhido no período seco dos anos de 2003 e 2005. O experimento foi instalado em delineamento de blocos casualizados com parcela subdividida, com três repetições, representadas pelos piquetes amostrados. Nas parcelas, foram avaliados cinco métodos de amostragens de forragem (método do quadrado metálico; método de avaliação através de extrusa de bovino da raça Nelore; método de avaliação por meio de extrusa de bovino Cruzado (Red Angus x Nelore); método de avaliação por meio do pastejo, simulando bovino da raça Nelore; método de avaliação por meio do pastejo, simulando bovino Cruzado (Red Angus x Nelore) e as subparcelas foram constituídas pelos anos de amostragem, 2003 e 2005. Foram determinadas as frações da cinética ruminal: solúvel A; insolúvel potencialmente degradável B; taxa de degradação Kd; degradação potencial (DP) e fração não degradável C da MS e degradação potencial (DP), fração não degradável C e taxa de degradação Kd da FDN e da FDA. de acordo com os resultados obtidos, observou-se que o método do quadrado metálico subestimou as características da degradação do capim. Os métodos do pastejo simulado se assemelharam muito ao das extrusas, no entanto, a prática do simulador é que assegurou a amostragem eficiente, conforme foi constatado pelos dados obtidos no ano de 2003 e 2005.

Produção de leite e comportamento de amamentação em cinco sistemas de produção de gado de corte

Foram estudados a produção de leite de vacas Nelore e o comportamento de amamentação em diferentes sistemas de produção: NR-Nelore Referência, sob manejo extensivo (manejo tradicional); NI-Nelore, sob manejo intensivo; e três cruzamentos CN-Canchim x Nelore, AN-Angus x Nelore e SN-Simental x Nelore, sob manejo intensivo. em três momentos da lactação (60, 120 e 180 dias após o parto), foram medidos, nos bezerros, o número e a duração das mamadas, o ganho diário de peso (kg/dia) e o peso à desmama. O momento da lactação e a interação sistema de produção x momento da lactação apresentaram efeito significativo sobre a produção de leite. A produção de leite não apresentou corrrelação com o comportamento de amamentação nem com o ganho de peso dos bezerros dos diferentes sistemas de produção. Condições deficientes de alimentação não resultaram em menores produções de leite de vacas Nelore, mas sim em acentuadas perdas de peso (80 kg) durante a estação de monta no sistema NR. O tempo diário de amamentação apresentou diminuições significativas no sistema extensivo com o decorrer da lactação, enquanto os sistemas intensivos não mudaram ou aumentaram os minutos de amamentação por dia. Para as condições nas quais o experimento foi desenvolvido, os bezerros cruzados apresentaram os melhores desempenhos durante a fase pré-desmama, em comparação com os bezerros Nelore.

Gastrointestinal nematode infection in beef cattle of different genetic groups in Brazil

Resistance to natural infection by gastrointestinal nematodes was compared in 67 female calves of the following genetic groups: Nelore (NX); 1/2 Senepol + 1/2 Nelore (SN); and 1/2 Aberdeen Angus + 1/2 Nelore (AN). The NX (n = 26), SN (n = 23) and AN (n = 18) animals were monitored for 14 months, during which they remained without treatment, allowed to graze in a tropical environment. Eggs per gram of feces (EPG), coprocultures and packed cell volume (PCV) were carried out monthly. No significant effects of the interaction between the genetic groups and month/year of collection and the genetic group on the EPG were found, but there was a significant influence of the month of collection (P < 0.01). The monthly PCV measurements did not differ for the animals of the three genetic groups and there was no association found between the EPG and PCV. The animals of the SN and NX groups showed similar numbers of EPG with results zero, while for the AN group these numbers were significantly lower (P < 0.05). Although the NX group had a large number of EPG with results zero, it also contained many animals with high counts, meaning this group had higher averages during the entire study period. The following nematode genera were found in the coprocultures: Haemonchus, Cooperia, Oesophagostomum and Trichostrongylus, the latter in smallest proportion. There was no significant difference between the genetic groups for averages of all parasites identified, except Cooperia, which were present in higher numbers in the animals of the NX group (P < 0.05). The results obtained in this experiment suggest that the use of Bos taurus x Bos indicus crossbreeds can be a good strategy to reduce the use of chemical control in Brazil. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Influence of genetic type and level of concentrate in the finishing diet on carcass and meat quality traits in beef heifers

Carcass and meat quality traits of thirty-six feedlot beef heifers from different genetic groups (GG) fed at two concentrate levels (CL) were evaluated using 12- Nellore (NE), 12 - 1/2Angus x 1/2Nellore (AN) and 12 - 1/2Simmental x 1/2Nellore (SN) animals. Six heifers of each GG were randomly assigned into one of two treatments: concentrate at 0.8% or 1.2% of body weight (BW). Heifers fed concentrate at 0.8% of BW had greater (P<0.05) dressing percentage. None of the proximate analysis components of the beef were affected (P>0.05) by either CL or GG. Heifers from the AN group had higher (P<0.05) carcass weights, 12th rib fat thickness and lower dressing percentage (P<0.05) compared to the other groups. NE heifers had greater WBSF values (P<0.05) than the other genetic groups. Data suggest that the concentrate level can be reduced without compromising meat quality traits. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Avaliação de características de crescimento pós-desmama de animais Nelore puros e cruzados no estado do Mato Grosso do Sul

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Avaliação do desempenho ao primeiro parto de fêmeas Nelore e F1

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Aspectos quantitativos de carcaças de bovinos de diferentes raças, alimentados com diferentes níveis de energia

Objetivou-se avaliar as características quantitativas da carcaça de bovinos machos não castrados, terminados em confinamento e abatidos aos 13-14 meses de idade. Foram utilizados 16 bezerros com nove meses de idade e peso médio inicial de 220 kg (oito Aberdeen Angus - AA e oito Hereford - HE), submetidos a dois níveis de energia (3,07 e 3,18 Mcal/kg de MS). O desenho experimental foi inteiramente casualizado, em arranjo fatorial 2 x 2 (duas raças e dois níveis de energia). O volumoso utilizado foi a silagem de milho, com 36% de grãos na matéria seca (MS). O concentrado nos tratamentos de menor nível de energia participou com 12% e naqueles de maior nível, com 32% da MS da dieta. Os animais foram abatidos quando, por estimativa, as carcaças apresentaram, na média, um mínimo de 190 kg. Os animais AA apresentaram maior rendimento de carcaça quente (54,95 contra 53,75%), maior comprimento de perna (64,12 contra 62,12 cm) e maior área do músculo Longissimus/100 kg de carcaça (29,31 contra 27,41 cm²). Os animais que receberam o maior nível de energia na dieta apresentaram maior comprimento de perna (71,75 contra 64,50 cm) e melhor conformação da carcaça (11,25 contra 10,12 pontos). Observou-se interação significativa entre raça e nível de energia para a espessura de gordura subcutânea, sendo a maior espessura verificada nas carcaças dos animais HE, que receberam o menor nível de energia.