Identificação, caracterização e teste de toxicidade contra nematóides de novos genes cry de Bacillus thuringiensis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Poliformismo e expressão gênica da leptina em bovinos superprecoces

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização molecular de cepas do Vírus dengue 1 isoladas no Brasil entre os anos de 1994 a 2008

A febre do dengue é uma das mais importantes arboviroses distribuída por todas as áreas tropicais do mundo. O vírus dengue (VDEN) é transmitido principalmente pela picada do mosquito Aedes aegypti infectado. A dispersão do vetor e o aumento do fluxo migratório entre países possibilitaram a ocorrência de grandes epidemias e manifestações clínicas severas, como febre hemorrágica do dengue (FHD) e Síndrome do choque do dengue (SCD). O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de isolados do VDEN sorotipo 1 (VDEN-1) no Brasil ao nível dos genes estruturais C/prM/M/E de 29 cepas isoladas durante epidemias ocorridas no Brasil no período de 1994 a 2008. A identidade nucleotídica entre as cepas de VDEN-1 do estudo em relação às outras isoladas no Brasil variou de 96,1% a 100%, enquanto o percentual de identidade de aminoácidos foi determinado entre 98,4% a 100%. As diferenças de aminoácidos entre as cepas do estudo, quando comparadas com a cepa FGA/89 (Guiana Francesa), mostraram a presença de importantes substituições não-sinônimas com mudança de caráter bioquímico, tais como os resíduos E297 (Met Tre) e E338 (Ser Leu), sendo necessário estudos para verificar se essas alterações podem ou não estar relacionadas à virulência. A análise filogenética para a proteína E, realizada por meio do método de máxima verossimilhança para as cepas do estudo e outras cepas selecionadas do banco de dados do Genbank, mostraram que as cepas de VDEN-1 isoladas no Brasil desde 1982 pertencem ao genótipo V, corroborando com os resultados publicados anteriormente. O tempo de divergência do VDEN-1, estimado através da hipótese de relógio molecular, mostrou que este vírus teve sua origem a partir de uma linhagem ancestral, há aproximadamente, 113 anos e observou-se ainda que as cepas de VDEN-1 circulantes no Brasil e as provenientes da África possuem um ancestral comum, sendo necessário estudos de filogeografia que mostrem as possíveis rotas de entrada do VDEN-1 no Brasil.

Caracterização molecular de espécies da família Anaplasmataceae em leucócitos e plaquetas de cães de Jaboticabal-SP e de Campo Grande-MS

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Detecção de adenovírus humanos em amostras de água superficial e esgoto não tratado oriundas de diversos ecossistemas aquáticos da cidade de Belém-PA

Os vírus entéricos são importantes agentes de doenças de veiculação hídrica. Entre esses, os adenovirus humanos (HAdV) assumiram importância por serem um dos principais causadores de gastrenterite em crianças menores de cinco anos e pela sua maior resistência a fatores físicos e químicos em detrimento a outros vírus no ambiente. Várias pesquisas têm demonstrado ausência de relação entre a presença de bactérias indicadoras e vírus. Diante disso, diversos autores têm sugerido a inclusão desses agentes como potenciais indicadores de contaminação viral e fecal da água. O objetivo desse trabalho foi detectar a presença de HAdV em amostras de água e esgoto não tratado oriundas de diversos ecossistemas aquáticos da cidade de Belém-PA. Foram selecionados seis pontos de amostragem, dentre eles um esgoto não tratado: Esgoto do UNA e cinco coleções hídricas: Porto do Açaí, Ver-o-Peso, Igarapé Tucunduba, Lago Bolonha e Lago Água Preta. Foi feita uma coleta mensal de dois litros de água em cada ponto durante 24 meses consecutivos, de nov/2008 a out/2010, totalizando 144 amostras. Foi utilizada água destilada autoclavada para controle negativo de cada ponto em todos os testes utilizados. As amostras foram concentradas pelo método de adsorção-eluição e posteriormente centrifugadas para a obtenção de dois mL. O DNA foi extraído pelo kit comercial Qiagen. Para a detecção molecular foram empregadas a Reação em Cadeia Mediada pela Polimerase (PCR convencional) e a PCR em tempo real, sendo utilizados iniciadores e sondas específicos que amplificam um gene do hexon de 301 e 96 pb, respectivamente. Visando-se melhorar o produto amplificado para sequenciamento genômico, algumas amostras positivas pela PCR convencional foram submetidas à Nested-PCR com a utilização de mais um par de iniciadores que amplificam uma região interna de 171 pb. Amostras de água e esgoto foram sequenciadas, analisadas e comparadas a outras obtidas no GeneBank. Os HAdV foram detectados em 59% (85/144) das amostras de água superficial e esgoto não tratado, sendo que a positividade obtida pela PCR convencional foi de 22,9% (33/144) e pela PCR em tempo real de 58,7% (84/143). A primeira detectou o agente apenas nas amostras do igarapé Tucunduba (62,5%) e do esgoto do UNA (75%) e a segunda em amostras provenientes dos seis pontos de coleta (com uma variação de 25 a 100%). O agente foi detectado em todos os 24 meses do estudo, estando presentes em pelo menos dois pontos, mensalmente. A PCR em tempo real se mostrou mais sensível nesse estudo, tendo encontrado o agente em 36,4% (52/143) das amostras não detectadas pela PCR convencional. Das oito amostras genotipadas todas pertencem à espécie F, sendo quatro referentes ao sorotipo 40 e quatro ao 41. Nossos resultados confirmam a alta circulação desse patógeno nas águas superficiais e esgoto da cidade, sugerindo a inclusão dos HAdV como bons indicadores de contaminação viral e fecal da água. A pesquisa desses vírus em ambientes aquáticos é pioneira em Belém e tais resultados são de relevante importância para as políticas de saúde pública e ambiental, servindo como base para estudos complementares nessa área.

Phylogenetic study of Class Armophorea (Alveolata, Ciliophora) based on 18S-rDNA data

The 18S rDNA phylogeny of Class Armophorea, a group of anaerobic ciliates, is proposed based on an analysis of 44 sequences (out of 195) retrieved from the NCBI/GenBank database. Emphasis was placed on the use of two nucleotide alignment criteria that involved variation in the gap-opening and gap-extension parameters and the use of rRNA secondary structure to orientate multiple-alignment. A sensitivity analysis of 76 data sets was run to assess the effect of variations in indel parameters on tree topologies. Bayesian inference, maximum likelihood and maximum parsimony phylogenetic analyses were used to explore how different analytic frameworks influenced the resulting hypotheses. A sensitivity analysis revealed that the relationships among higher taxa of the Intramacronucleata were dependent upon how indels were determined during multiple-alignment of nucleotides. The phylogenetic analyses rejected the monophyly of the Armophorea most of the time and consistently indicated that the Metopidae and Nyctotheridae were related to the Litostomatea. There was no consensus on the placement of the Caenomorphidae, which could be a sister group of the Metopidae + Nyctorheridae, or could have diverged at the base of the Spirotrichea branch or the Intramacronucleata tree.

Avaliação da presença de Toxoplasma gondii em quibes crus e em carnes suína e bovina comercializadas em Botucatu-SP

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ

Isolamento viral e diagnóstico molecular de herpevírus canino

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ

Revisão das seções Acarporophytum, Aristata e Macrospora do gênero Batrachospermum (Rhodophyta, Batrachospermales)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Pseudoplatystoma metaense and P. orinocoense (Siluriformes: Pimelodidae) from the Orinoco basin, Venezuela: cytogenetic and molecular analyses

The genus Pseudoplatystoma includes catfish species distributed throughout the fresh waters of South America. These species are important fisheries resources and play a significant ecological role due to their piscivorous and migratory habits. The taxonomy of this genus is still debated: traditionally, only three species have been recognised, but recently, this number was raised to eight. The validity of these eight morphospecies, however, was not confirmed by two subsequent molecular phylogenetic studies, which identified either five or four main clades. In this study, we focused on the two morphospecies restricted to the Orinoco basin, P. metaense and P. orinocoense, which have been assigned to either the same or different clades in previous studies. We carried out cytogenetic analyses to describe their unknown karyotypes and to look for cytotaxonomic markers. We also analysed their mitochondrial sequences in order to assign the sampled specimens to the previously identified molecular clades. The two presumptive species show similar karyotypes (2n=56, 42 biarmed and 14 uniarmed chromosomes) and cytogenetic features in terms of the constitutive heterochromatin distribution and the number and location of minor and major ribosomal genes. Thus, no species-specific chromosome markers could be identified. The analysis of cytochrome b and cytochrome oxidase I mitochondrial genes (carried out by retrieving all the mtDNA Pseudoplatystoma sequences available in GenBank) distributed the sampled specimens into two distinct molecular clades and confirmed the need to re-evaluate, by parallel morphological and molecular analyses, the monophyly of some lineages.

Phylogeny, ultrastructure and histopathology of Myxobolus lomi sp nov., a parasite of Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836) (Characiformes: Prochilodontidae) from the Peixes River, Sao Paulo State, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Physical mapping of 18S rDNA and heterochromatin in species of family Lygaeidae (Hemiptera: Heteroptera)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Single Nucleotide Variations in the Buffalo Kappa-Casein Gene (CSN3)

Caseins are the major milk proteins associated with lactation performance, milk composition and cheese yield efficiency, representing around 80% of the total amount of proteins found in milk. Among the caseins, kappa-casein is the protein that stabilizes micelle structure during milk coagulation process and being used during the cheese production. The kappa-casein gene (CSN3) has been previously mapped to buffalo chromosome 7 using a radiation hybrid panel and a comparative map was established using the sequence from bovine chromosome 6. The molecular structure of this gene has also been established in river buffalo, with a total length of 13,191 bp (GenBank: AM900443.1) and containing five exons. In this study we searched for single nucleotide variations in specific regions of the CSN3 gene in three animals representing the Murrah breed. Sequencing reactions were performed using ABI3730xl sequencer. The primer walking method was used to span the 5'-UTR and intron 2 regions of the gene, for which ten primer pairs were designed using Oligo 6 software. BLAST tool was used to verify the primers specificity. DNA sequences assemblies from all three animals were performed with Sequencher (R) software 4.1, while multiple alignments were performed using Clustal W software to identify single nucleotide variations. The sequencing revealed a total of 19 single nucleotide variations with 13 located in the upstream regulatory region of the gene (5'-UTR) and six on intron 2. These variations can be validated using commercial populations segregating specific economic traits.

Narrow Fungal Mycorrhizal Diversity in a Population of the Orchid Coppensia doniana

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Sex chromosome composition revealed in Characidium fishes (Characiformes: Crenuchidae) by molecular cytogenetic methods

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)