Orientation de l’effort des tests unitaires dans les systèmes orientés objet : une approche basée sur les métriques logicielles

Les logiciels actuels sont de grandes tailles, complexes et critiques. Le besoin de qualité exige beaucoup de tests, ce qui consomme de grandes quantités de ressources durant le développement et la maintenance de ces systèmes. Différentes techniques permettent de réduire les coûts liés aux activités de test. Notre travail s’inscrit dans ce cadre, est a pour objectif d’orienter l’effort de test vers les composants logiciels les plus à risque à l’aide de certains attributs du code source. À travers plusieurs démarches empiriques menées sur de grands logiciels open source, développés avec la technologie orientée objet, nous avons identifié et étudié les métriques qui caractérisent l’effort de test unitaire sous certains angles. Nous avons aussi étudié les liens entre cet effort de test et les métriques des classes logicielles en incluant les indicateurs de qualité. Les indicateurs de qualité sont une métrique synthétique, que nous avons introduite dans nos travaux antérieurs, qui capture le flux de contrôle ainsi que différentes caractéristiques du logiciel. Nous avons exploré plusieurs techniques permettant d’orienter l’effort de test vers des composants à risque à partir de ces attributs de code source, en utilisant des algorithmes d’apprentissage automatique. En regroupant les métriques logicielles en familles, nous avons proposé une approche basée sur l’analyse du risque des classes logicielles. Les résultats que nous avons obtenus montrent les liens entre l’effort de test unitaire et les attributs de code source incluant les indicateurs de qualité, et suggèrent la possibilité d’orienter l’effort de test à l’aide des métriques.

Le rôle des distributions d’exposition à la publicité pour évaluer l’efficacité d'un plan-média

Dans ce mémoire, nous expliquons d'abord que les principaux critères d'évaluation d'un plan-média qui sont utilisés en pratique sont inappropriés parce qu'ils reposent sur des hypothèses irréalistes concernant le comportement des rendements marginaux des expositions à la publicité. Les distributions d'exposition à la publicité sont ensuite utilisées pour modéliser l'impact de différents plans-média en assumant l'existence de rendements marginaux décroissants en publicité. La performance de ce premier modèle est comparée à celle d'un autre modèle où l'impact est fonction de la taille de l'auditoire-cible des différents supports publicitaires et du nombre d'insertions dans chacun de ceux-ci. Nous trouvons une forte relation entre les deux modèles, ce qui suggère que les données qui alimentent le deuxième modèle et qui sont immédiatement disponibles pour tous les types de médias peuvent remplacer les distributions d'exposition dont l'estimation est beaucoup plus complexe. Nous dérivons enfin une règle de répartition du budget de publicité qui permet de déterminer de façon analytique le meilleur plan-média sans avoir recours à la procédure exhaustive d'essai et erreur qui est utilisée dans la plupart des modèles-média.

Pourquoi l'augmentation répétée de la compétence de la Cour des petites créances est-elle associée à une diminution constante des dossiers ouverts?

Les ressources rares tendent naturellement à la création de marchés et les marchés tendent généralement à s'équilibrer par un mécanisme ou un autre. Le prix nominal est sans contredit le mécanisme d'équilibre le plus courant et le plus étudié par la science économique. Or, lorsque celui-ci est déterminé de façon exogène, d'autres mécanismes entrent en ligne de compte pour équilibrer le marché. Pensons aux files d'attente, dans lesquelles le coût d'opportunité d'attendre physiquement permet de contrôler les excès de demande. Par ailleurs, certaines listes d'attente sont qualifiées d'in abstentia, c'est- à-dire que l'agent économique peut vaquer à toutes ses autres occupations pendant qu'il est dans l'attente de l'obtention du bien ou du service voulu. Ce genre de marché a été particulièrement étudié dans le contexte médical, où on a supposé que c'était la diminution dans le temps de la valeur présente du service obtenu qui permettait de contrôler les surplus de demande. Posé simplement, lorsqu'il y a excès de demande, les délais augmentent, ce qui ferait diminuer la quantité demandée. Dans le cadre de notre étude, nous reprenons cette intuition et l'adaptons au marché des services judiciaires civils québécois. Les différents tarifs sont déterminés de façon exogène par l'administration provinciale et l'offre présente un caractère fixe ou très rigide, ce qui permet de croire que toute augmentation de demande devrait se traduire par une augmentation des délais judiciaires. En nous basant sur un modèle théorique développé dans le cadre des listes d'attente médicales, nous développons un modèle qui illustre de quelle façon les délais peuvent jouer le rôle de prix sur le marché des services judiciaires civils et ainsi permettre à ce dernier de s'équilibrer. Il s'agit à notre avis du premier modèle algébrique de ce genre. Nous disposons de données empiriques pour les districts judiciaires québécois durant la période 1995-2007 qui appuient nos hypothèses initiales. Notre étude revêt en quelque sorte un caractère d'expérience naturelle puisque durant cette période, la compétence maximale de certains tribunaux a été augmentée substantiellement, ce qui s'apparente à un choc de demande permanent. Tout spécialement au niveau des petites créances, le seuil maximal d'éligibilité est passé de 3000 $ à 7000 $ en 2002. À supposer que le marché ne s'équilibre pas par un mécanisme quelconque, le nombre de justiciables dans la liste d'attente devrait avoir augmenté et cette augmentation devrait s'être maintenue durant les années subséquentes, faisant exploser la liste d'attente. Or, ce n'est pas du tout ce qui est observé, d'où la pertinence de fournir une explication sur le fonctionnement du marché des services judiciaires civils. Notre modèle concilie le fait que la demande pour les services judiciaires civils ait augmenté continuellement avec le temps mais que la quantité demandée ait diminué par le fait même. Nous suggérons en effet que la quantité demandée et la quantité offerte sont corrélées négativement avec les délais, ce qui permettrait en bout de ligne d'envisager une diminution constante du nombre de dossiers ouverts à l'équilibre, de pair avec une augmentation des délais.

Les rapports entre le climat organisationnel, le style de gestion et la situation de la direction d'école

Le monde de l'éducation est en effervescence depuis près de trente ans au Québec. Nous sommes passés de l'éducation réservée à un petit groupe de gens privilégiés qui avaient accès aux études secondaires et supérieures, à l'accessibilité pour tous. Cet objectif du Ministère de l'éducation, du début des années soixante, a généré une augmentation presqu'incontrôlable de la clientèle. À ce moment, les autorités se sont précipitées sur ce qui apparaissait le plus urgent: 1) La construction de bâtisses; ainsi sont nés polyvalentes et cegeps. 2) Avec l'augmentation de clientèle, il faut voir l'augmentation du nombre d'enseignants et autres personnels avec des préparations plus ou moins adéquates dans plusieurs cas. 3) Plus tard la gestion et l'encadrement de ces organismes sont devenus des objets de préoccupations. Les postes de cadres d'écoles étaient occupés par des personnes qui n'avaient pas ou peu de préparation sauf des expériences dans l'enseignement. Pour d'autres, c'était le transfert de l'industrie à l'enseignement. Ces trois éléments ont produit des effets secondaires sur le système scolaire du Québec. Le premier des trois éléments a généré des changements importants au niveau de la culture scolaire. Alors que la population scolaire du Québec avait vécu dans de petites écoles et dans des milieux plus ou moins populeux où l'école de quartier était le lieu de vie en éducation, on assiste à des regroupements de plus en plus grands afin d'offrir de meilleures possibilités du côté des ressources matérielles, physiques et humaines. La façon de vivre l'éducation s'en trouvait beaucoup changée. Le deuxième élément traite de l'augmentation importante des besoins comme enseignants ou autres personnels d'encadrement. L'augmentation de la clientèle et la laïcisation de l'éducation sont deux éléments qui influencèrent beaucoup l'éducation. Alors que pendant de nombreuses années les communautés religieuses avaient fourni les personnels dans les écoles, tout à coup on décide de les mettre de côté pour utiliser des laïcs, ces derniers n'étaient pas tous bien pré parés. […]

Elaboration et analyse de molécules inhibitrices de protéines de la réparation de l’ADN par recombinaison homologue

Les cellules humaines sont soumises à des stress induisant des cassures double-brin de l’ADN (CDB). Ces CDB sont réparées notamment par la recombinaison homologue, impliquant les protéines RAD51 et RAD52. Une stratégie thérapeutique émergente est de développer des molécules inhibant RAD51 ou RAD52 afin d’accentuer l’instabilité génétique et la mort de la cellule cancéreuse. En effet, dans certains cancers, l’activité de RAD51 est dérégulée promouvant la prolifération tumorale. Il existe plusieurs molécules inhibitrices de RAD51 et nous nous sommes intéressés au DIDS dont le mode d’action n’a pas encore été déterminé. Concernant RAD52, une létalité synthétique a été montrée lorsque celle-ci est inactivée dans des cellules déficientes en BRCA1, BRCA2 ou PALB2, trois gènes mutés dans de nombreux cancers. Récemment, trois types de molécules inhibitrices de RAD52 ont été mis en évidence. Nous avons tout d’abord étudié l’impact du DIDS ainsi que des molécules dérivées afin de comprendre le mécanisme mis en jeu. Nous avons montré que le DIDS, ainsi que ses dérivés inhibent la liaison de RAD51 à l’ADN. Ces molécules empêchent la formation du nucléofilament entrainant une diminution du nombre de foyers RAD51. Nous avons développé une méthode de criblage par fluorescence pour évaluer l’effet d’une banque de 696 molécules sur la capacité de RAD52 à hybrider deux ADNsb. Deux molécules capables d’inhiber la fonction d’hybridation de RAD52 ont été mises au jour. In vivo, elles entrainent une diminution de la survie de cellules déficientes en PALB2. La recherche et le développement de nouveaux inhibiteurs de RAD51 et RAD52 constituent des stratégies thérapeutiques d’avenir.

Altération de la régénération musculaire dans la maladie pulmonaire obstructive chronique

Altération de la régénération musculaire dans la maladie pulmonaire obstructive chronique. La maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) est caractérisée par une obstruction bronchique irréversible et progressive. L’atrophie musculaire périphérique y est fréquente et a un impact négatif sur la capacité fonctionnelle et la survie des sujets atteints. Toutefois, on ignore si une altération du processus de régénération musculaire est un processus ayant cours dans l’atrophie musculaire périphérique. Le but de la présente thèse était donc d’étudier les cellules satellites, principales cellules responsables de la régénération musculaire dans les muscles périphériques de patients ayant une MPOC. Dans un premier temps, nous avons évalué l’historique de réplication du tissu musculaire et la sénescence des cellules satellites. Les changements morphologiques ayant lieu dans le muscle au cours de la progression de la maladie rendent le muscle plus susceptible aux dommages, induisant un raccourcissement prématuré des télomères. Un raccourcissement des télomères chez les sujets ayant une MPOC avec atrophie est concomitant avec une augmentation du nombre de cellules satellites sénescentes et de l’épuisement du potentiel de régénération compromettant le maintien de la masse musculaire chez ces sujets. Dans un deuxième et troisième temps, nous avons étudié les étapes amenant une cellule satellite vers une cellule musculaire dans les muscles périphériques et respiratoires de patients ayant une MPOC comparativement à des sujets contrôles. Les cellules satellites sont impliquées dans la réparation du tissu musculaire. Dans les cellules satellites provenant des sujets ayant une MPOC, une altération de la prolifération et de la différentiation a été observée. Ces résultats sont compatibles avec une altération de la régénération musculaire pouvant conduire à l’atrophie musculaire dans la MPOC. Le quatrième volet de ce projet s’intéressait à l’impact d’un entraînement en résistance sur l’activité des cellules satellites et le rôle joué par la myostatine dans ce contexte. La littérature montre que l’exercice en résistance est bien toléré et aide les patients ayant une MPOC à retrouver une meilleure qualité de vie. Cependant, il semble qu’ils n’y répondent pas tous aussi bien que les sujets contrôles. La capacité de réponse des cellules satellites à un entraînement en résistance semble inadéquate, suggérant ainsi un défaut de leur activation. Dans la dernière étude de cette thèse, nous avons voulu évaluer l’impact de l’inflammation systémique en étudiant SAA1, une protéine de phase aiguë et p21, une protéine du cycle cellulaire dans la dégradation des protéines des cellules musculaires. Les liens de causalité entre l’affection primaire et les différentes comorbidités demeurent nébuleux dans la MPOC. SAA1 et p21 sont augmentés dans les muscles squelettiques des patients ayant une MPOC et par ailleurs, SAA1 est capable d’induire la dégradation des protéines musculaires. Cette thèse expose les premiers éléments impliquant l’altération de la régénération musculaire avec la dysfonction musculaire observée chez les patients ayant une MPOC. Ces résultats vont certainement contribuer au développement de nouvelles thérapies et stratégies d’intervention dans le but d’améliorer la qualité de vie des personnes atteintes d’une MPOC. En somme, les travaux effectués dans le cadre de la présente thèse montrent que plusieurs mécanismes agissent de concert avec l’inactivité physique afin d’induire le phénotype dysfonctionnel dans les muscles des patients ayant une MPOC.

Study of the behavior of iron ore particles in spiral concentrators

Les spirales sont des appareils de séparation gravimétrique principalement utilisés dans l’industrie du traitement du minerai de fer. La classification des particules dans la pulpe s’effectue lors de la descente dans les spires en fonction de leur taille et leur densité, des conditions d’opération et de la géométrie de la spirale. L’effet des conditions d’opération (pourcentage solide, débit d’alimentation et débit d’eau de lavage) est évalué sur la performance des spirales en utilisant une spirale WW6E installée à COREM pour traiter un minerai de fer de ArcelorMittal, Québec. Les résultats montrent l’effet dominant du débit de l’eau de lavage et son impact majeur sur les particules grossières. Un circuit fermé de trois spirales parallèles avec 3, 5 et 7 tours est utilisé afin d’évaluer l’influence du nombre de tours. Les résultats préliminaires indiquent que la spirale trois tours fonctionne bien pour le nettoyage tandis que la 7 tour est robuste pour l’ébauchage et l’épuisage.

Rôle de la MAP3K DLK dans la réponse des neurones à l'ion calcium, un médiateur de dégénérescence et régénérescence

Le corps humain est composé de plusieurs milliards de cellules neuronales, lesquelles ont un impact primordial sur les systèmes vitaux. En effet, le système nerveux, étant lui-même un système vital du corps humain, effectue de nombreuses fonctions afin de voir au bon fonctionnement des autres systèmes du corps, tels que le système cardiovasculaire, le système digestif, le système musculaire et bien d’autres. Plusieurs maladies neurodégénératives telles que l’Alzheimer et la maladie de Creutzfeldt-Jakob, affectent les cellules nerveuses du corps et occasionnent la perte de différentes fonctions causant une diminution du bien-être et pouvant mener à la mort. La hausse du nombre d’individus atteint de maladies neurodégénératives observée au fils des ans nous montre l’importance de comprendre les phénomènes moléculaires qui se produisent lors des mécanismes de dégénérescence axonale dans les neurones. Lors de ma maîtrise dans le laboratoire du professeur Richard Blouin, j’ai étudié l’impact d’une augmentation intracellulaire de calcium sur la protéine dual leucine zipper kinase (DLK) en utilisant un modèle cellulaire humain, les SH-SY5Y. J’ai pu démontrer que l’entrée de calcium dans la cellule avait un impact sur la quantité de protéine DLK présente dans celles-ci. En effet, j’ai pu observer une diminution de la quantité de DLK dans les cellules suite à une entrée de calcium, un phénomène exclusivement calcium-dépendant. À l’aide d’inhibiteurs pharmacologiques, j’ai pu montrer l’implication, des calpaïnes, des protéases calcium-dépendantes reconnues pour leur rôle dans la dégénérescence axonale. Les essais in vitro montrent que DLK est une cible spécifique des calpaïnes.

La simulation par immersion clinique, un outil de transfert des connaissances en formation initiale au DEC en Techniques d’inhalothérapie

Le programme d’études Techniques d’inhalothérapie révisé par le ministère de l’Éducation est implanté en 1997 selon une approche par compétences. Ce nouveau programme propose alors des compétences centrées sur la tâche, indépendamment de la clientèle visée, ce qui provoque le morcellement des contenus spécifiques aux différentes clientèles, notamment la clientèle pédiatrique. Depuis plusieurs années, les différentes instances d’évaluation du programme 141 – Techniques d’inhalothérapie relèvent des lacunes reliées au développement des compétences et à l’exposition de situations d’apprentissage spécifiques à la clientèle pédiatrique. L’intégration de simulations par immersion clinique est donc envisagée comme piste de solution, premièrement pour mobiliser les connaissances antérieures reliées à la clientèle pédiatrique qui ont été morcelées à travers le programme, et deuxièmement en permettant une exposition uniforme aux situations cliniques jugées incontournables dans la formation des inhalothérapeutes au Cégep de Sherbrooke. La simulation par immersion clinique est reconnue comme une activité pédagogique soutenant le développement du raisonnement clinique, rehaussant la préparation clinique et favorisant la confiance professionnelle chez les étudiants et les étudiantes en formation initiale. Toutefois, sera-t-elle un outil permettant le transfert des connaissances antérieures ? À travers les quatre composantes de l’activité de simulation par immersion clinique, retrouve-t-on une composante favorisant plus qu’une autre ce transfert des connaissances ? Un devis mixte joignant le recueil de données quantitatives et qualitatives a permis d’analyser la perception des finissants et finissantes en Techniques d’inhalothérapie ainsi que la perception d’enseignantes et d’inhalothérapeutes sur les attributs des quatre composantes de la simulation par immersion clinique favorisant le transfert des connaissances antérieures. Un questionnaire et des entrevues semi-dirigées, incluant le visionnement des activités de simulation par immersion clinique, ont permis cette collecte de données. Selon la perception de tous les participantes et les participants à cette recherche exploratoire, le transfert des connaissances antérieures est présent à l’intérieur des quatre composantes de la simulation par immersion clinique: le breffage, l’action, l’observation et particulièrement lors du débreffage. Il est toutefois difficile d’isoler une seule composante, puisque les données qualitatives dégagent des perceptions fermes sur les attributs de chacune des composantes favorisant le transfert, joignant des arguments soulevant les différents styles d’apprenants. Sachant que la simulation par immersion clinique n’est pas une activité pédagogique monolithique, est-il pertinent de croire qu’elle mobilise des particularités relatives aux différents styles d’apprentissage à travers ses composantes? Existe-t-il des styles en lien entre le transfert des connaissances antérieures et les styles d’apprentissage? Bien que cette recherche exploratoire propose la perception qu’il existe un processus de transfert des connaissances à l’intérieur des quatre composantes de la simulation par immersion clinique, les résultats de recherche ne peuvent être généralisés, notamment en raison du nombre de participants. Il sera donc pertinent de poursuivre la recherche sur le sujet.

Improving the use of G-CSF during chemotherapy using physiological mathematical modelling : a quantitative systems pharmacology approach

La diminution des doses administrées ou même la cessation complète d'un traitement chimiothérapeutique est souvent la conséquence de la réduction du nombre de neutrophiles, qui sont les globules blancs les plus fréquents dans le sang. Cette réduction dans le nombre absolu des neutrophiles, aussi connue sous le nom de myélosuppression, est précipitée par les effets létaux non spécifiques des médicaments anti-cancéreux, qui, parallèlement à leur effet thérapeutique, produisent aussi des effets toxiques sur les cellules saines. Dans le but d'atténuer cet impact myélosuppresseur, on administre aux patients un facteur de stimulation des colonies de granulocytes recombinant humain (rhG-CSF), une forme exogène du G-CSF, l'hormone responsable de la stimulation de la production des neutrophiles et de leurs libération dans la circulation sanguine. Bien que les bienfaits d'un traitement prophylactique avec le G-CSF pendant la chimiothérapie soient bien établis, les protocoles d'administration demeurent mal définis et sont fréquemment déterminés ad libitum par les cliniciens. Avec l'optique d'améliorer le dosage thérapeutique et rationaliser l'utilisation du rhG-CSF pendant le traitement chimiothérapeutique, nous avons développé un modèle physiologique du processus de granulopoïèse, qui incorpore les connaissances actuelles de pointe relatives à la production des neutrophiles des cellules souches hématopoïétiques dans la moelle osseuse. À ce modèle physiologique, nous avons intégré des modèles pharmacocinétiques/pharmacodynamiques (PK/PD) de deux médicaments: le PM00104 (Zalypsis®), un médicament anti-cancéreux, et le rhG-CSF (filgrastim). En se servant des principes fondamentaux sous-jacents à la physiologie, nous avons estimé les paramètres de manière exhaustive sans devoir recourir à l'ajustement des données, ce qui nous a permis de prédire des données cliniques provenant de 172 patients soumis au protocol CHOP14 (6 cycles de chimiothérapie avec une période de 14 jours où l'administration du rhG-CSF se fait du jour 4 au jour 13 post-chimiothérapie). En utilisant ce modèle physio-PK/PD, nous avons démontré que le nombre d'administrations du rhG-CSF pourrait être réduit de dix (pratique actuelle) à quatre ou même trois administrations, à condition de retarder le début du traitement prophylactique par le rhG-CSF. Dans un souci d'applicabilité clinique de notre approche de modélisation, nous avons investigué l'impact de la variabilité PK présente dans une population de patients, sur les prédictions du modèle, en intégrant des modèles PK de population (Pop-PK) des deux médicaments. En considérant des cohortes de 500 patients in silico pour chacun des cinq scénarios de variabilité plausibles et en utilisant trois marqueurs cliniques, soient le temps au nadir des neutrophiles, la valeur du nadir, ainsi que l'aire sous la courbe concentration-effet, nous avons établi qu'il n'y avait aucune différence significative dans les prédictions du modèle entre le patient-type et la population. Ceci démontre la robustesse de l'approche que nous avons développée et qui s'apparente à une approche de pharmacologie quantitative des systèmes (QSP). Motivés par l'utilisation du rhG-CSF dans le traitement d'autres maladies, comme des pathologies périodiques telles que la neutropénie cyclique, nous avons ensuite soumis l'étude du modèle au contexte des maladies dynamiques. En mettant en évidence la non validité du paradigme de la rétroaction des cytokines pour l'administration exogène des mimétiques du G-CSF, nous avons développé un modèle physiologique PK/PD novateur comprenant les concentrations libres et liées du G-CSF. Ce nouveau modèle PK a aussi nécessité des changements dans le modèle PD puisqu’il nous a permis de retracer les concentrations du G-CSF lié aux neutrophiles. Nous avons démontré que l'hypothèse sous-jacente de l'équilibre entre la concentration libre et liée, selon la loi d'action de masse, n'est plus valide pour le G-CSF aux concentrations endogènes et mènerait en fait à la surestimation de la clairance rénale du médicament. En procédant ainsi, nous avons réussi à reproduire des données cliniques obtenues dans diverses conditions (l'administration exogène du G-CSF, l'administration du PM00104, CHOP14). Nous avons aussi fourni une explication logique des mécanismes responsables de la réponse physiologique aux deux médicaments. Finalement, afin de mettre en exergue l’approche intégrative en pharmacologie adoptée dans cette thèse, nous avons démontré sa valeur inestimable pour la mise en lumière et la reconstruction des systèmes vivants complexes, en faisant le parallèle avec d’autres disciplines scientifiques telles que la paléontologie et la forensique, où une approche semblable a largement fait ses preuves. Nous avons aussi discuté du potentiel de la pharmacologie quantitative des systèmes appliquées au développement du médicament et à la médecine translationnelle, en se servant du modèle physio-PK/PD que nous avons mis au point.

Evaluation des estimations indirectes de mortalité dans trois observatoires de population au Sénégal

En Afrique sub-saharienne, les recensements constituent une source de données fondamentale pour estimer la mortalité, en raison de l’incomplétude de l’enregistrement des décès à l'état civil. Afin d’évaluer la fiabilité des niveaux de mortalité qui peuvent en être déduits, nous appliquons différentes méthodes d’estimation à des extraits des recensements sénégalais de 2002 et 2013, couvrant trois observatoires de population situés à Bandafassi, Mlomp et Niakhar. Les taux de mortalité des moins de cinq ans tirés du nombre d’enfants nés vivants et survivants s’avèrent plus bas que les niveaux attendus au vu des données du suivi démographique. Les estimations déduites des déclarations sur la survie des parents sont largement inférieures aux niveaux de mortalité adulte réellement observés selon le suivi. Par contre, les taux de mortalité par âge basés sur les décès récents déclarés dans les ménages sont conformes aux données du suivi, sauf pour la mortalité infantile qui est sensiblement sous-déclarée en 2002. Cette évaluation confirme que les méthodes indirectes procurent des estimations qui ne peuvent être considérées isolément mais doivent plutôt être systématiquement comparées les unes aux autres. Des études d’évaluation directes menées au niveau individuel à l’aide d’appariements sont nécessaires pour mieux identifier les différentes sources de biais.

Understanding the role of CAP proteins in the polarization process of C. elegans

La division cellulaire asymétrique est un processus crucial dans le développement des organismes multicellulaires puisqu’elle permet la génération de la diversité cellulaire. Les cellules qui se divisent de façon asymétrique doivent tout d’abord se polariser et correctement orienter leur fuseau mitotique pour ségréger des déterminants cellulaires en deux entités distinctes. L’embryon du nématode C. elegans est un modèle robuste et largement utilisé pour étudier la division cellulaire asymétrique. Dans cet embryon, le point d'entrée du spermatozoïde détermine l'axe de polarité antéro-postérieur. Suite à la fécondation, le cortex embryonnaire est uniformément contractile et un complexe conservé formé des protéines PAR-3, PAR-6 et PKC-3 (nommé complexe PAR-3 ci-dessous) est localisé sur l'ensemble du cortex. La complétion de la méiose maternelle induit une relaxation corticale au postétieur et un flux cortical vers l’antérieur de l’embryon. Ces contractions corticales asymétriques mènent à la formation d'un domaine antérieur contenant le complexe PAR-3, tandis que le cortex postérieur, dont le complexe PAR-3 s’est délocalisé, est enrichi avec les protéines PAR-2 et PAR-1. Par conséquent, les domaines formés par les protéines PAR définissent un pôle antérieur et un pôle postérieur dans l'embryon suite au remodelage du cytosquelette. Les protéines PAR-4 et PAR-5 restent localisées de façon uniforme dans l'embryon. Curieusement, les protéines PAR exercent une régulation par rétroaction sur la contractilité corticale. Il a été montré qu’une des protéines PAR récemment identifiée, PAR-5, est orthologue à la protéine adaptatrice 14-3-3 et joue un rôle important dans la contractilité corticale. En dépit de son rôle central dans la contractilité corticale et le processus de polarisation cellulaire, le mécanisme par lequel PAR-5 régule la contractilité corticale n’est pas bien compris. Le but de ce projet est de mieux comprendre comment PAR-5 et ses interacteurs contrôlent la régulation des contractions corticales et, de ce fait, la polarité cellulaire. Dans un essai de capture de la protéine GST (GST pull-down), nous avons identifié plusieurs nouveaux interacteurs de PAR-5. Parmi ceux-ci, nous avons trouvé CAP-2 (protéine de coiffage de l'actine), qui a été identifiée dans des éxpériences de capture de 14-3-3 dans trois systèmes modèles différents. CAP-2 est un hétérodimère des protéines CAP, qui sont impliquées dans la régulation de l'actine. Nous avons trouvé que la déplétion des protéines CAP par interférence à l’ARN dans des vers de type sauvage mène à une augmentation létalité embryonnaire, ce qui suggère que ces protéines jouent un rôle important dans le développement embryonnaire. L'imagerie en temps réel d'embryons déplétés pour les protéines CAP montre qu’ils ont une diminution des contractions corticales avec un sillon de pseudoclivage mois stable, suggérant un défaut dans la régulation du cytosquelette d'actine-myosine. Ceci a également été confirmé par la diminution de la vitesse et du nombre de foci de NMY-2::GFP. En outre, ces embryons montrent une légère diminution de la taille du croissant cortical de PAR-2 lors de la phase d’établissement de la polarité. Les embryons déplétés en CAP-2 montrent également un retard dans la progression du cycle cellulaire, mais le lien entre ce phénotype et la régulation des contractions corticales reste à être précisé. La caractérisation des protéines CAP, des régulateurs du remodelage du cytosquelette, permettra d'améliorer notre compréhension des mécanismes qui sous-tendent l'établissement et le maintien de la polarité cellulaire, et donc la division cellulaire asymétrique.

Understanding the role of CAP proteins in the polarization process of C. elegans

La division cellulaire asymétrique est un processus crucial dans le développement des organismes multicellulaires puisqu’elle permet la génération de la diversité cellulaire. Les cellules qui se divisent de façon asymétrique doivent tout d’abord se polariser et correctement orienter leur fuseau mitotique pour ségréger des déterminants cellulaires en deux entités distinctes. L’embryon du nématode C. elegans est un modèle robuste et largement utilisé pour étudier la division cellulaire asymétrique. Dans cet embryon, le point d'entrée du spermatozoïde détermine l'axe de polarité antéro-postérieur. Suite à la fécondation, le cortex embryonnaire est uniformément contractile et un complexe conservé formé des protéines PAR-3, PAR-6 et PKC-3 (nommé complexe PAR-3 ci-dessous) est localisé sur l'ensemble du cortex. La complétion de la méiose maternelle induit une relaxation corticale au postétieur et un flux cortical vers l’antérieur de l’embryon. Ces contractions corticales asymétriques mènent à la formation d'un domaine antérieur contenant le complexe PAR-3, tandis que le cortex postérieur, dont le complexe PAR-3 s’est délocalisé, est enrichi avec les protéines PAR-2 et PAR-1. Par conséquent, les domaines formés par les protéines PAR définissent un pôle antérieur et un pôle postérieur dans l'embryon suite au remodelage du cytosquelette. Les protéines PAR-4 et PAR-5 restent localisées de façon uniforme dans l'embryon. Curieusement, les protéines PAR exercent une régulation par rétroaction sur la contractilité corticale. Il a été montré qu’une des protéines PAR récemment identifiée, PAR-5, est orthologue à la protéine adaptatrice 14-3-3 et joue un rôle important dans la contractilité corticale. En dépit de son rôle central dans la contractilité corticale et le processus de polarisation cellulaire, le mécanisme par lequel PAR-5 régule la contractilité corticale n’est pas bien compris. Le but de ce projet est de mieux comprendre comment PAR-5 et ses interacteurs contrôlent la régulation des contractions corticales et, de ce fait, la polarité cellulaire. Dans un essai de capture de la protéine GST (GST pull-down), nous avons identifié plusieurs nouveaux interacteurs de PAR-5. Parmi ceux-ci, nous avons trouvé CAP-2 (protéine de coiffage de l'actine), qui a été identifiée dans des éxpériences de capture de 14-3-3 dans trois systèmes modèles différents. CAP-2 est un hétérodimère des protéines CAP, qui sont impliquées dans la régulation de l'actine. Nous avons trouvé que la déplétion des protéines CAP par interférence à l’ARN dans des vers de type sauvage mène à une augmentation létalité embryonnaire, ce qui suggère que ces protéines jouent un rôle important dans le développement embryonnaire. L'imagerie en temps réel d'embryons déplétés pour les protéines CAP montre qu’ils ont une diminution des contractions corticales avec un sillon de pseudoclivage mois stable, suggérant un défaut dans la régulation du cytosquelette d'actine-myosine. Ceci a également été confirmé par la diminution de la vitesse et du nombre de foci de NMY-2::GFP. En outre, ces embryons montrent une légère diminution de la taille du croissant cortical de PAR-2 lors de la phase d’établissement de la polarité. Les embryons déplétés en CAP-2 montrent également un retard dans la progression du cycle cellulaire, mais le lien entre ce phénotype et la régulation des contractions corticales reste à être précisé. La caractérisation des protéines CAP, des régulateurs du remodelage du cytosquelette, permettra d'améliorer notre compréhension des mécanismes qui sous-tendent l'établissement et le maintien de la polarité cellulaire, et donc la division cellulaire asymétrique.

Recours aux services de soutien formel par les parents immigrants d’un enfant en situation de handicap

Les parents immigrants d’un enfant en situation de handicap présentent davantage de sources de vulnérabilité que d’autres parents. Cette situation peut diminuer le temps disponible et altérer leur implication dans le programme de réadaptation de leur enfant. L’objectif de cette thèse doctorale est de déterminer les attentes et les besoins en services de soutien formel de ces parents, afin de leur proposer une aide adaptée à leurs conditions de vie, et ceci, au fur et à mesure que l’enfant grandit. D’abord, une étude de la portée des écrits scientifiques est menée dans le but de mieux cerner les connaissances existantes en lien avec le recours aux services de soutien par les parents immigrants (chapitre 1). Les vingt publications sélectionnées indiquent que l’aide pour trouver de l’information s’avère la plus requise, que ce soit au sujet de la condition de l’enfant, du fonctionnement sociosanitaire et éducatif du pays d’accueil, ou encore des services de soutien. En outre, la transmission de ces informations peut se compliquer en cas de non-maîtrise de la langue du pays d’accueil ou lorsque des interculturelles apparaissent entre les parents immigrants et les différents intervenants rencontrés. Quant au non-recours aux aides formelles, il semble principalement dû à l’inadéquation entre l’aide concrète et les attentes des parents, au soutien informel reçu, à la méconnaissance des opportunités d’obtenir des services d’aide destinés aux parents, ou encore à un épuisement non ressenti. Compte tenu du nombre restreint d’écrits scientifiques recensés, des entrevues semi-dirigées sont conduites auprès de 28 parents immigrants d’un enfant en situation de handicap dans la province du Québec (Canada) dans le cadre d’une recherche de plus grande envergure portant sur la communication avec les intervenants en petite enfance (chapitre 2). Le but de cette deuxième étude est de mieux saisir l’utilisation des services de soutien formel par les parents immigrants et les facteurs influençant leurs choix. Il faut préciser que les propos recueillis restent très centrés sur les services destinés à l’enfant. Le soutien pour recevoir des informations et l’accompagnement à la décision apparaissent comme les aides formelles les plus utilisées par les participants, suivies du soutien à l’éducation, de l’écoute active et de l’aide financière. Cinq facteurs semblent guider le recours au soutien formel qui est destiné aux parents, soit : (1) leur perception de la condition de leur enfant, (2) l’accès à l’information, (3) leurs stratégies et leur capacité d’agir, (4) l’implication du réseau informel, et (5) leur perception de leur besoin de services de soutien. Suite à ces résultats, de nouvelles entrevues semi-dirigées sont menées auprès de huit parents immigrants d’enfants d’âges différents à Montréal et à Québec. Cette démarche permet d’approfondir le thème du recours au soutien formel destiné aux parents, et ce, au fur et à mesure que l’enfant grandit (chapitre 3). Le guide d’entretien conçu pour cette étude met l’emphase sur les attentes et les besoins des parents immigrants afin d’atteindre un équilibre dans toutes les sphères de leur vie. Suite à une analyse thématique exploratoire du discours des parents et par l’application d’un modèle de stress et de coping, sept principales sources de stress sont mises en évidence : (1) le parcours migratoire, (2) la condition de l’enfant, (3) l’organisation sociosanitaire du pays d’accueil, (4) l’insertion professionnelle, (5) la relation de couple, (6) le réseau social, et (7) l’état de santé du parent. Afin de faire face à ces circonstances difficiles, les parents immigrants recourent principalement à de l’aide financière, du soutien pour obtenir des informations, de l’accompagnement à la décision, de l’aide en éducation et pour le transport. La satisfaction exprimée varie, notamment en raison des divergences entre les attentes et les services obtenus (soutien en éducation, écoute active, services de garde), ainsi qu’en termes de quantité d’aide reçue (soutien financier, informations, accompagnement à la décision). Un modèle théorique original est proposé afin d’illustrer le contexte parental en termes d’attentes, de besoins et de recours au soutien. Si certains moments de la vie de l’enfant peuvent entraîner un stress supplémentaire pour les parents (annonce du diagnostic, arrivée à l’école, transition à l’âge adulte), le parcours migratoire semble davantage expliquer le recours aux aides formelles.

Impact de trois interventions: méthode mère kangourou, massage en incubateur et massage en position kangourou sur la croissance et le développement des enfants prématurés nés à moins de 33 semaines d’âge gestationnel

Cette recherche vise à étudier l’impact d’interventions réalisées par les parents dans l’unité néonatale de soins intensifs. Plus spécifiquement, le premier objectif est de documenter les effets différentiels de la Méthode Mère Kangourou « MMK » accompagnée ou non du Massage en incubateur «MI » ou du Massage en Position Kangourou « MPK » et des Soins Traditionnels «ST » accompagnés ou non du massage dans l’incubateur sur la croissance physique mesurée par le poids, la taille et le périmètre crânien pendant une période de 5 et 15 jours dans l’unité néonatale et l’impact à 40 semaines d’âge gestationnel. Le second objectif est de comparer, chez des enfants qui bénéficient de la « MMK » la valeur ajoutée du « MPK » ou du «MI » sur le neuro-développement à 6 et 12 mois d’âge corrigé de l’enfant. Un échantillon total de 198 enfants et leur famille a été recruté de la façon suivante dans trois hôpitaux de Bogota. Dans chaque hôpital, 66 sujets ont été répartis aléatoirement à deux conditions. Ces hôpitaux ont été choisis afin de tester les effets de diverses conditions expérimentales et de diminuer les bais de sélection. Dans chaque hôpital, deux techniques ont été assignées aléatoirement. Il s’agit, dans le premier, de la « MMK & MPK » vs « MMK & MI ». Dans le second, « MMK sans massage » vs « MMK & MI ». Dans le troisième, « MI » a été comparé aux « ST » ce qui implique une absence de contact physique continu des bébés avec leurs parents. Les résultats rapportés dans le premier article sont à l’effet que, dans le premier hôpital, il y a un effet compensatoire de l’intervention « MMK & MPK » sur la perte physiologique du poids de l’enfant prématuré dans les 15 premiers jours de vie avec un impact sur le poids à 40 semaines d’âge gestationnel, sur la durée du portage kangourou et sur la durée d’hospitalisation totale. Aucun effet sur le périmètre crânien ou la taille n’est apparu. Dans le deuxième hôpital, aucune différence significative n’est rapportée pour le poids sauf quand l’intervention est commencée après le 10ième jours de vie alors que l’enfant « MPK» semble grossir mieux que le «MMK avec MI». Finalement, dans le troisième hôpital il n’y a aucun effet du massage sur les variables anthropométriques, le groupe avec MI grossissant moins vite avec un léger impact sur le poids à 40 semaines. Cela pourrait être dû à la perte de chaleur due à l’ouverture de l’incubateur quand l’enfant est très immature. Dans le second article, les 66 enfants de l’hôpital sont répartis aléatoirement dans le groupe « MMK & MPK» vs le groupe « MMK & MI», ont complété, à 6 et 12 mois d’âge corrigé, un test de neuro-développement, le Griffiths. Les résultats à 6 mois ne montrent aucune différence entre les 2 interventions, mais a 12 mois le IQ semble dépendant du nombre de jours d’hospitalisation de l’enfant, cette durée d’hospitalisation correspond au temps que met l’enfant à se stabiliser physiquement et correspond également au temps que mettent la mère et l’enfant à s’adapter à la méthode kangourou. Une fois, l’adaptation kangourou réussie, la dyade mère enfant sort avec l’enfant toujours en position kangourou. Le temps d’hospitalisation correspond au temps que met l’enfant à être éligible à l’apprentissage de la MMK par la mère. À 12 mois les deux groupes montrent des résultats équivalents, mais des différences positives sont apparues pour le groupe « MMK & MPK» dans les sous échelle Coordination Oculo Manuelle et Audition et Langage du test Griffiths. Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que la pratique des deux interventions non traditionnelles peut contribuer à une meilleure croissance physique dans nos cohortes. Le gain de poids du bébé, notamment, est affecté par l’intervention MPK (Hôpital 1) ou sans l’ajout du Massage (Hôpital 2). Par ailleurs, le massage en incubateur n’a pas de différence significative en comparaison aux soins traditionnels, ces interventions ont toutefois un impact mineur (tendances) sur le neuro développement à 6 et 12 mois d’âge corrigé dans cette étude.