Miocene planktonic foraminifera of ODP Hole 130-806B

We document the waxing and waning of a "proto-warm pool" in the western equatorial Pacific (WEP) based on a study of multi-species planktic foraminiferal isotope ratios and census data spanning the 13.2-5.8 Ma interval at ODP Site 806. We hypothesize that the presence or absence of a proto-warm pool in the WEP, caused by the progressive tectonic constriction of the Indonesian Seaway and modulated by sea level fluctuations, created El Niño/La Niña-like alternations of hydrographic conditions across the equatorial Pacific during the late Miocene. This hypothesis is supported by the general antithetical relationship observed between carbonate productivity and preservation in the western and eastern equatorial Pacific, which we propose is caused by these alternating ocean-climate states. Warming of thermocline and surface waters, as well as a major change in planktic foraminferal assemblages record a two-step phase of proto-warm pool development ~11.6-10 Ma, which coincides with Miocene isotope events Mi5 and Mi6, and sea-level low stands. We suggest that these changes in the biota and structure of the upper water column in the WEP mark the initiation of a more modern equatorial current system, including the development of the Equatorial Undercurrent (EUC), as La Niña-like conditions became established across the tropical Pacific. This situation sustained carbonate and silica productivity in the eastern equatorial Pacific (EEP) at a time when carbonate preservation sharply declined in the Caribbean. Proto-warm pool weakening after ~10 Ma may have contributed to the nadir of a similar "carbonate crash" in the EEP. Cooling of the thermocline and increased abundances of thermocline taxa herald the decay of the proto-warm pool and higher productivity in the WEP, particularly ~ 9.0-8.8 Ma coincident with a major perturbation in tropical nannofossil assemblages. We suggest that this interval of increased productivity records El Niño-like conditions across the tropical Pacific and the initial phase of the widespread "biogenic bloom". Resurgence of a later proto-warm pool in the WEP ~6.5-6.1 Ma may have spurred renewed La Niña-like conditions, which contributed to a strong late phase of the "biogenic bloom" in the EEP.

Response of three krill species to hypoxia and warming: An experimental approach to oxygen minimum zones expansion in coastal ecosystems

To understand the adaptation of euphausiid (krill) species to oxygen minimum zones (OMZ), respiratory response and stress experiments combining hypoxia/reoxygenation exposure with warming were conducted. Experimental krill species were obtained from the Antarctic (South Georgia area), the Humboldt Current system (HCS, Chilean coast), and the Northern California Current system (NCCS, Oregon). Euphausia mucronata from the HCS shows oxyconforming or oxygen partial pressure (pO2)-dependent respiration below 80% air saturation (18 kPa). Normoxic subsurface oxygenation in winter posed a "high oxygen stress" for this species. The NCCS krill, Euphausia pacifica, and the Antarctic krill, Euphausia superba maintain respiration rates constant down to low critical pO2 values of 6 kPa (30% air saturation) and 11 kPa (55% air saturation), respectively. Antarctic krill had the lowest antioxidant enzyme activities, but the highest concentrations of the molecular antioxidant glutathione (GSH) and was not affected by 6 h exposure to moderate hypoxia. Temperate krill species had higher SOD (superoxide dismutase) values in winter than in summer, which relate to higher winter metabolic rate (E. pacifica). In all species, antioxidant enzyme activities remained constant during hypoxic exposure at habitat temperature. Warming by 7°C above habitat temperature in summer increased SOD activities and GSH levels in E. mucronata (HCS), but no oxidative damage occurred. In winter, when the NCCS is well mixed and the OMZ is deeper, +4°C of warming combined with hypoxia represents a lethal condition for E. pacifica. In summer, when the OMZ expands upwards (100 m subsurface), antioxidant defences counteracted hypoxia and reoxygenation effects in E. pacifica, but only at mildly elevated temperature (+2°C). In this season, experimental warming by +4°C reduced antioxidant activities and the hypoxia combination again caused mortality of exposed specimens. We conclude that a climate change scenario combining warming and hypoxia represents a serious threat to E. pacifica and, as a consequence, NCCS food webs.

Hydrocarbon concentrations from pressurized cores in the northern Gulf of Mexico

Two newly developed coring devices, the Multi-Autoclave-Corer and the Dynamic Autoclave Piston Corer were deployed in shallow gas hydrate-bearing sediments in the northern Gulf of Mexico during research cruise SO174 (Oct-Nov 2003). For the first time, they enable the retrieval of near-surface sediment cores under ambient pressure. This enables the determination of in situ methane concentrations and amounts of gas hydrate in sediment depths where bottom water temperature and pressure changes most strongly influence gas/hydrate relationships. At seep sites of GC185 (Bush Hill) and the newly discovered sites at GC415, we determined the volume of low-weight hydrocarbons (C1 through C5) from nine pressurized cores via controlled degassing. The resulting in situ methane concentrations vary by two orders of magnitudes between 0.031 and 0.985 mol kg**-1 pore water below the zone of sulfate depletion. This includes dissolved, free, and hydrate-bound CH4. Combined with results from conventional cores, this establishes a variability of methane concentrations in close proximity to seep sites of five orders of magnitude. In total four out of nine pressure cores had CH4 concentrations above equilibrium with gas hydrates. Two of them contain gas hydrate volumes of 15% (GC185) and 18% (GC415) of pore space. The measurements prove that the highest methane concentrations are not necessarily related to the highest advection rates. Brine advection inhibits gas hydrate stability a few centimeters below the sediment surface at the depth of anaerobic oxidation of methane and thus inhibits the storage of enhanced methane volumes. Here, computerized tomography (CT) of the pressure cores detected small amounts of free gas. This finding has major implications for methane distribution, possible consumption, and escape into the bottom water in fluid flow systems related to halokinesis.

Stable isotope record of Globorotalia inflata

We sampled the upper water column for living planktic foraminifera along the SW-African continental margin. The species Globorotalia inflata strongly dominates the foraminiferal assemblages with an overall relative abundance of 70-90%. The shell delta18O and delta13C values of G. inflata were measured and compared to the predicted oxygen isotope equilibrium values (delta18O(eq)) and to the carbon isotope composition of the total dissolved inorganic carbon (delta13C(DIC)) of seawater. The delta18O of G. inflata reflects the general gradient observed in the predicted delta18O(eq) profile, while the delta13C of G. inflata shows almost no variation with depth and the reflection of the delta13C(DIC) in the foraminiferal shell seems to be covered by other effects. We found that offsets between delta18O(shell) and predicted delta18O(eq) in the surface mixed layer do not correlate to changes in seawater [CO3[2-]]. To calculate an isotopic mass balance of depth integrated growth, we used the oxygen isotope composition of G. inflata to estimate the fraction of the total shell mass that is grown within each plankton tow depth interval of the upper 500 m of the water column. This approach allows us to calculate the DELTA delta13C(interval added-DIC); i.e. the isotopic composition of calcite that was grown within a given depth interval. Our results consistently show that the DELTA delta13C(IA-DIC) correlates negatively with in situ measured [CO3[2-]] of the ambient water. Using this approach, we found DELTA delta13C(IA-DIC)/[CO3[2-]] slopes for G. inflata in the large size fraction (250-355 µm) of -0.013 per mil to 0.015 per mil (µmol/kg)**-1 and of -0.013 per mil to 0.017 per mil (µmol/kg)**-1 for the smaller specimens (150-250 µm). These slopes are in the range of those found for other non-symbiotic species, such as Globigerina bulloides, from laboratory culture experiments. Since the DELTA delta13C(IA-DIC)/[CO3[2-]] slopes from our field data are nearly identical to the slopes established from laboratory culture experiments we assume that the influence of other effects, such as temperature, are negligibly small. If we correct the delta13C values of G. inflata for a carbonate ion effect, the delta13C(shell) and delta13C(DIC) are correlated with an average offset of 2.11.

Carbonate system data on the Molokai reef flat

The severity of the impact of elevated atmospheric pCO2 to coral reef ecosystems depends, in part, on how seawater pCO2 affects the balance between calcification and dissolution of carbonate sediments. Presently, there are insufficient published data that relate concentrations of pCO2 and CO3**2- to in situ rates of reef calcification in natural settings to accurately predict the impact of elevated atmospheric pCO2 on calcification and dissolution processes. Rates of net calcification and dissolution, CO3**2- concentrations, and pCO2 were measured, in situ, on patch reefs, bare sand, and coral rubble on the Molokai reef flat in Hawaii. Rates of calcification ranged from 0.03 to 2.30 mmol CaCO3/m**2/h and dissolution ranged from -0.05 to -3.3 mmol CaCO3/m**2/h. Calcification and dissolution varied diurnally with net calcification primarily occurring during the day and net dissolution occurring at night. These data were used to calculate threshold values for pCO2 and CO3**2- at which rates of calcification and dissolution are equivalent. Results indicate that calcification and dissolution are linearly correlated with both CO3**2- and pCO2. Threshold pCO2 and CO3**2- values for individual substrate types showed considerable variation. The average pCO2 threshold value for all substrate types was 654±195 µatm and ranged from 467 to 1003 µatm. The average CO3**2- threshold value was 152±24 µmol/kg, ranging from 113 to 184 µmol/kg. Ambient seawater measurements of pCO2 and CO3**2- indicate that CO3**2- and pCO2 threshold values for all substrate types were both exceeded, simultaneously, 13% of the time at present day atmospheric pCO2 concentrations. It is predicted that atmospheric pCO2 will exceed the average pCO2 threshold value for calcification and dissolution on the Molokai reef flat by the year 2100.

Annotated record of the detailed examination of Mn deposits from R/V Robert Conrad Cruise 05 stations

The cores described in this report were taken during the R/V Robert Conrad Cruise 05 from March until April 1963 by the Lamont Geological Observatory, Columbia University. A total of 13 cores were recovered and are available at Lamont-Doherty Earth Observatory for sampling and study.

Annotated record of the detailed examination of Mn deposits from R/V Robert Conrad Cruise 02 stations

The cores described in this report were taken during the R/V Robert Conrad Cruise 02 from 26 until 28 January 1963 by the Lamont Geological Observatory, Columbia University. A total of 5 cores were recovered and are available at Lamont-Doherty Earth Observatory for sampling and study.

Properties of seawater (partial pressure of carbon dioxide (pCO2)) from a ProOceanus CO2-Pro sensor mounted on the continuous surface water sampling system during the Tara Oceans expedition 2009-2013

The Tara Oceans Expedition (2009-2013) sampled the world oceans on board a 36 m long schooner, collecting environmental data and organisms from viruses to planktonic metazoans for later analyses using modern sequencing and state-of-the-art imaging technologies. Tara Oceans Data are particularly suited to study the genetic, morphological and functional diversity of plankton. The present data set provides continuous measurements of partial pressure of carbon dioxide (pCO2), using a ProOceanus CO2-Pro instrument mounted on the flowthrough system. This automatic sensor is fitted with an equilibrator made of gas permeable silicone membrane and an internal detection loop with a non-dispersive infrared detector of PPSystems SBA-4 CO2 analyzer. A zero-CO2 baseline is provided for the subsequent measurements circulating the internal gas through a CO2 absorption chamber containing soda lime or Ascarite. The frequency of this automatic zero point calibration was set to be 24 hours. All data recorded during zeroing processes were discarded with the 15-minute data after each calibration. The output of CO2-Pro is the mole fraction of CO2 in the measured water and the pCO2 is obtained using the measured total pressure of the internal wet gas. The fugacity of CO2 (fCO2) in the surface seawater, whose difference with the atmospheric CO2 fugacity is proportional to the air-sea CO2 fluxes, is obtained by correcting the pCO2 for non-ideal CO2 gas concentration according to Weiss (1974). The fCO2 computed using CO2-Pro measurements was corrected to the sea surface condition by considering the temperature effect on fCO2 (Takahashi et al., 1993). The surface seawater observations that were initially estimated with a 15 seconds frequency were averaged every 5-min cycle. The performance of CO2-Pro was adjusted by comparing the sensor outputs against the thermodynamic carbonate calculation of pCO2 using the carbonic system constants of Millero et al. (2006) from the determinations of total inorganic carbon (CT ) and total alkalinity (AT ) in discrete samples collected at sea surface. AT was determined using an automated open cell potentiometric titration (Haraldsson et al. 1997). CT was determined with an automated coulometric titration (Johnson et al. 1985; 1987), using the MIDSOMMA system (Mintrop, 2005). fCO2 data are flagged according to the WOCE guidelines following Pierrot et al. (2009) identifying recommended values and questionable measurements giving additional information about the reasons of the questionability.

Registry of all samples from the Tara Oceans Expedition (2009-2013)

The Tara Oceans Expedition (2009-2013) sampled the world oceans on board a 36 m long schooner, collecting environmental data and organisms from viruses to planktonic metazoans for later analyses using modern sequencing and state-of-the-art imaging technologies. Tara Oceans Data are particularly suited to study the genetic, morphological and functional diversity of plankton. Data sets in this collection provide methodological and environmental context to all samples collected during the Tara Oceans Expedition (2009-2013).

Extensive boiling as a precipitation mechanism for precious and base metal ores, Bienaventurada Mine, Huancavelica, Perú

The Bienaventurada mine operates a polymetallic Ag-Pb-Zn (Cu, Au) vein system of the low sulphidation epithermal type. Fluid inclusions, FI, are abundant in quartz, sphalerite and adularia. FI petrography demonstrates typical primary growth zoning which occurs frequently in crystalline quartz, and defines the most common primary FI. These are usually very small, but several types of primary, P, and secondary, S, FI Assemblages (FIAs) comprising FI of measurable size (3 to > 100 μm) can also be identified through careful petrographic work. The fluids are aqueous and undersaturated, and no evidence of CO2 was found; the degree of fill is usually high (~70-80 %) in the L-rich inclusions, but extremely low in V-rich inclusions. The measured microthermometric values are very consistent in the FIAs selected; they are for the most part roughly similar in the P and S assemblages: the median is typically ~258ºC for total homogenization temperatures, Th, and -1.5 ºC for ice melting temperatures, Tm (corresponding to 2.57 wt% NaCl eq). The widespread occurrence of L-rich and V-rich FI in the same FIA and the consistent Th values point to an extensive boiling system along the vein. In these conditions, Th equals T of trapping, and the ores are assumed to have been precipitated from an aqueous low salinity boiling fluid, of likely meteoric origin, at some 250-280º C, under ~500 m hydrostatic head.

Mejora del valor proteico para rumiantes de la harina de girasol mediante tratamientos combinados con ácidos (málico y fosfórico) y calor = Improvement of the protein value for ruminants of sunflower meal by combined treatments with acids (malic and orthophosphoric) and heat

El objetivo principal de esta tesis fue incrementar el valor proteico para rumiantes de la harina de girasol mediante tratamientos combinados con ácidos y calor para proteger sus proteínas frente a la degradación ruminal. Estos estudios comprenden dos experimentos realizados sobre ovinos mediante tecnologías in vitro (experimento 1) o in situ e in vivo (experimento 2), empleando siempre dos ácidos: málico u ortofosfórico. Aprovechando este último experimento, también se consideraron otros objetivos de carácter metodológico con el fin de mejorar la precisión de las estimas de i) la degradabilidad ruminal y la digestibilidad intestinal de la proteína y los aminoácidos (AAs) de los alimentos y ii) la síntesis microbiana ruminal y su contribución al flujo post-ruminal de nutrientes al animal. En el experimento 1 (capítulo 2) se efectuaron cuatro ensayos in vitro para estudiar la influencia de distintos factores que puedan afectar la eficacia de estos tratamientos. En cada ensayo se utilizó una réplica por tratamiento (dos para el tratamiento control) y dos bolsas vacías (empleadas para corregir la contaminación microbiana) en cada una de las cuatro botellas del incubador (ANKOM Daisy II). Cada botella contenía 2 l de medio de incubación, saturado con CO2 para asegurar la anaerobiosis. Este medio consistió en una mezcla de solución McDougall y liquido ruminal filtrado en relación 4:1. El liquido ruminal fue obtenido de 2 corderos canulados en rumen, utilizándose bien solo o mezclado con el del otro cordero en una relación 3:1. Así, cada botella de incubación contenía un inoculo ruminal diferente. Las incubaciones se realizaron a 39 ºC durante 20 h, siendo las bolsas lavadas con agua corriente y almacenadas a -20 ºC. Tras ser descongeladas, se lavaron 3 veces durante 5 min en una mini-lavadora de turbina, se desecaron a 80 ºC durante 48 h y se destinaron íntegras al análisis de N-Kjeldahl. En el ensayo 1 se estudió el efecto del volumen de disolución de dos dosis de ácido ortofosfórico (0,4 y 1,2 equivalentes gramo (eq)/kg de harina de girasol), testando cinco volúmenes de disolución (80, 160, 240, 320 and 400 ml/kg de harina) para cada dosis, desecándose las harinas a 60 ºC hasta sequedad al tacto. La proteína bruta (PB) indegradada se incremento con la dosis de ácido empleada y también (como tendencia, P < 0,1) con el volumen de dilución. En base a ello en los siguientes ensayos se utilizo el volumen de dilución mayor (400 ml/kg). En el ensayo 2 se estudió el efecto de la dosis y del tipo de ácido a cuatro dosis (1,2; 2,4; 3,6 y 4,8 eq/kg), secándose igualmente las muestras tratadas a 60 ºC. La PB indegradada aumentó con la dosis de ácido, siendo también mayor para el ácido málico, tanto en este ensayo como en los posteriores. En el ensayo 3 se estudiaron los efectos de los dos ácidos, cuatro concentraciones (0,6; 1,2; 1,8 y 2,4 eq/kg) y tres tratamientos térmicos para el secado de las muestras (100, 150 and 200 ºC durante 60, 30 y 20 minutos, respectivamente). Con los tratamientos térmicos a 100 y 150 ºC no hubo un incremento de protección para concentraciones superiores a 0,8 eq/kg para ambos ácidos. Para incrementar la protección fue necesario aumentar la temperatura a 200 ºC y la dosis a 1,2 eq/kg, no observándose un aumento de protección a dosis mayores. En el ensayo 4 se estudiaron los efectos sobre la lisina disponible, la solubilidad de la PB en saliva artificial de McDougall y la PB indegradada in vitro de tratar la harina solo con agua o con disoluciones de ambos ácidos a dosis de 0,8 eq/kg y temperaturas de secado de 100 ó 150 ºC en las mismas condiciones que en el ensayo 3. No se apreciaron efectos sobre la lisina disponible para ninguno de los tratamientos. El efecto específico de los ácidos quedo demostrado tanto por la fuerte reducción de la solubilidad de la PB como por el aumento de la PB indegradada frente al tratamiento con agua. En conjunto, los resultados de este experimento mostraron que la eficacia de estos tratamientos depende del tipo y dosis de ácido y de su dilución, así como de las condiciones de secado. Como tratamiento de mayor interés a aplicar posteriormente en el experimento 2 se consideró una dosis de 0,8 eq/kg de harina, aplicada en un volumen de 400 ml/kg (correspondiente a soluciones 1 M y 0,67 M para los ácidos málico y ortofosfórico, respectivamente) y desecación a 150 ºC. El experimento 2 (capítulos 3 a 7) se realizó con un diseño en cuadrado latino 3x3, empleando tres corderos canulados en rumen y duodeno y tres dietas isoproteicas: U, M y P, que incluían harinas de girasol sin tratar (control) y tratadas con acido málico u ortofosfórico, respectivamente. La harina de girasol se trató en las condiciones ya indicadas siendo necesarias 6 horas para su secado en estufa. Las dietas incluían 40% de heno de raigrás italiano y 60% de concentrado a base de harina de girasol (tratada y/o sin tratar), trigo y corrector vitamínico-mineral, siendo suministradas a 75 g/kg P0.75 (equivalente a 2,3 × mantenimiento). La relación harina de girasol sin tratar y tratada fue de 100:0 en la dieta U y entorno a 40:60 en las dietas M y P. Tras 10 días de adaptación a la dieta, se estudiaron sucesivamente: i) el tránsito hasta el duodeno de las partículas del heno (solo en la dieta control) y de la harina de girasol marcadas previamente con europio e iterbio, respectivamente; ii) la fermentación ruminal durante el periodo postprandial, iii) la degradación ruminal in situ de la harina de girasol específica de cada dieta (y del trigo y el heno en la dieta control) y iv) la magnitud y composición del contenido ruminal mediante el vaciado manual del rumen-retículo. Durante todo el periodo experimental se infundio de forma continua una solución de sulfato amónico enriquecido en 15N (98 átomos %) para corregir la contaminación microbiana ruminal en los estudios in situ y para establecer las diferencias de composición química entre las bacterias libres (BAL) y adherentes (BAS) del rumen. Esta solución incluyó en los dos últimos días Li-Cr- EDTA para determinar la tasa de dilución ruminal. Posteriormente, y tras un periodo de al menos 10 días para eliminar el enriquecimiento en 15N de la digesta, se estudió la digestibilidad intestinal de los distintos alimentos mediante la técnica de bolsas móviles. La determinación del bypass (BP) o de la degradabilidad efectiva (DE) de la materia seca (MS) y de la PB se realizó por el método tradicional de integración matemática; estos valores se obtuvieron también para la PB y los AAs generando una muestra representativa del flujo post-ruminal del alimento en estudio en cada animal. Ello se realizó mediante la mezcla de los distintos residuos de incubación en base a la función que describe el flujo de alimento indegradado que abandona el rumen. Todos estos trabajos se realizaron considerando la tasa de salida de partículas del rumen (kp) y, según casos, considerando también la tasa de conminución y mezcla de las partículas en este compartimento (kc). Para este último caso se ha desarrollado también el modelo matemático que describe este flujo y permite este cálculo. Los valores no corregidos por la contaminación microbiana del BP (o de DE) de la PB resultantes de ambos métodos se han comparado tanto en las harinas de girasol como en los restantes alimentos de la dieta, obteniéndose valores similares, sin apreciarse desviaciones sistemáticas. Sobre las muestras compuestas representativas de la composición química del BP se determino la digestibilidad intestinal efectiva (DIE) de la MS, PB y AAs. Todos los valores resultantes de esta técnica fueron corregidos para la contaminación microbiana de las partículas que tiene lugar en el rumen. Los estudios de transito digestivo se realizaron tras suministrar en el comedero a los corderos una dosis simple de los alimentos marcados, seguida de la toma de muestras de la digesta duodenal durante 82 h. En la dieta testigo se suministraron simultáneamente el heno de raigrás y la harina de girasol, mientras que en las otras dietas solo se suministró esta última. La harina de girasol mostro un mayor valor para kc frente al heno (0,5766 v. 0,0892, /h), mientras que no hubo diferencias entre los dos alimentos para kp (0,0623 v. 0,0609, /h). Para la harina de girasol no se apreciaron diferencias entre dietas para kc, pero si se redujo de manera moderada la tasa kp con los tratamientos, siendo ésta también menor al utilizar ácido ortofosfórico frente al uso de ácido malico (0,0577 v. 0,0600, /h). El empleo de las harinas tratadas no modifico los parámetros de fermentación ruminal, la composición de los contenidos ruminales o la tasa de dilución del rumen. Los valores efectivos del BP y de DIE de la MS, PB y AAs de las harinas de girasol se obtuvieron considerando kc y kp, conjuntamente. Los tratamientos de protección incrementaron el BP de MS y PB en 48,5 y 268% de media, respectivamente. Estos incrementos se debieron principalmente al descenso de la fracción soluble y de la velocidad de degradación, pero también al aumento de la fracción indegradable, especialmente usando ácido ortofosfórico. Con los tratamientos se incrementó también la DIE de la MS (108% de media) y de la PB con gran diferencia entre los ácidos málico y ortofosfórico (20,7 v. 11,8%). Como consecuencia de estos cambios la protección aumentó la fracción realmente digerida en el intestino en 211% (MS) y 325% (PB), sin efectos entre ambos ácidos. Considerando la reducción del suministro de energía fermentable para los microorganismos ruminales asociada a la protección y los parámetros indicados por el sistema PDI francés para la síntesis de proteína microbiana digestible, la eficacia de conversión de PB en proteína metabolizable aumentó de 0,244 a 0,559 y 0,515 con el tratamiento con acido málico y ortofosfórico, respectivamente. El contenido en aminoácidos (AAs) fue similar en todas las harinas salvo por una disminución de lisina en las harinas tratadas. De forma análoga a la PB, los tratamientos de protección incrementaron el BP y la DIE de la mayoría de AAs. El aporte de AAs metabolizabes de la harina se multiplico en 3,87 para los AAs azufrados y en menor medida (2,5 veces) para la lisina, como consecuencia de las pérdidas sufridas a consecuencia del tratamiento térmico. Estos tratamientos se muestran, por tanto, útiles para incrementar el valor proteico de la harina de girasol, si bien su empleo junto con concentrados proteicos ricos en lisina bypass digestible mejoraría el perfil de la proteína metabolizable. La corrección de la contaminación microbiana de las partículas que tiene lugar en el rumen se asoció en todos los alimentos testados y, de forma general, con reducciones del BP y de su DIE en todas las fracciones estudiadas. Estas reducciones fueron pequeñas en todos los concentrados, de forma acorde con los muy pequeños niveles de contaminación registrados tanto en las harinas de girasol como en el grano de trigo. Por el contrario, esta contaminación, al igual que los efectos de su corrección, fueron muy importantes en el heno de raigrás. Esta contaminación aumentó al tener en cuenta kc. Así, para la proporción de PB de origen microbiano existente en las muestras compuestas representativas del BP, este aumento fue significativo para el heno de raigrás (0,463 v. 0,706) y solo numérico para la harina de girasol (0,0170 v. 0,0208). La reducción de las estimas de DIE al corregir esta contaminación fue consecuencia de la eliminación de forma casi completa de los microorganismos adherentes en todos los residuos testados. Así, esta biomasa se redujo en 96,1% como media de 7x3 observaciones. Como resultado de las diferencias acumulativas a nivel del rumen e intestino, la no corrección de la contaminación microbiana junto con la no consideración de kc condujo a fuertes sobrestimaciones de la PB digerida en el intestino. Ésta fue de 39% en la harina de girasol (0,146 v. 0,105) y de 761% en el heno de raigrás (0,373 v. 0,0433). Estos resultados muestran que es necesario considerar tanto kc como corregir la contaminación microbiana para obtener estimas in situ precisas en forrajes, mientras que en concentrados, siempre que la contaminación microbiana sea pequeña, es más importante considerar kc. La elevada contaminación microbiana observada en el heno de raigrás se asoció también con importantes errores a nivel del N asociado a la fibra neutro (FND) y ácido (FAD) detergente (NDIN y ADIN, respectivamente) e incluso de estas fracciones de fibra, evidenciándose que estos métodos no eliminan completamente la contaminación microbiana que sufren los alimentos en su paso por el retículorumen. Así, en la muestra compuesta representativa de la composición química del flujo postruminal antes descrita, la sobrevaloración por no corregir la contaminación microbiana fue de 99,8; 24,2; 3,34 y 0,48% para NDIN, ADIN, FND y FAD, respectivamente. Las subvaloraciones asociadas para su DE fueron 34,1; 8,79; 4,41 y 0,51%, respectivamente. La DE corregida del NDIN y ADIN (0,743 y 0,728, respectivamente) mostró un aprovechamiento ruminal elevado de estos compuestos, si bien menor al de la PB total (0,85). El estudio de este aprovechamiento sobre los residuos de incubación ruminal a 6 y 72 h demostró, además, una más rápida degradación del ADIN frente al NDIN, así como un mayor potencial de degradación de este último en este alimento. Para comprobar si la digestión en el abomaso eliminaba la contaminación microbiana en la FND y FAD se estudio esta contaminación y sus posibles errores en muestras liofilizadas de contenidos ruminales y duodenales correspondientes a una dieta mixta de similar composición a la utilizada en el experimento 2, comparándose, además, las diferencias entre la extracción secuencial o directa de la FAD. Utilizando como referencia las BAS se apreciaron elevadas contaminaciones en la FND y FAD y su N asociado tanto en las muestras ruminales como en las duodenales. Sin embargo, los resultados de enriquecimiento en 15N de las partículas fueron intermedios entre los correspondientes a BAS y BAL lo que evidencia una elevada contaminación con BAL en estas muestras probablemente durante el proceso de liofilización. Ello conlleva una sobrevaloración de esta estimación. El método de extracción directa de FAD se mostró, por otra parte, marcadamente menos eficaz en la eliminación de la contaminación microbiana. Los resultados muestran la necesidad de corregir la contaminación microbiana para obtener estimaciones precisas de la degradabilidad de las proteínas de las paredes celulares vegetales. Estos errores deberían ser también considerados para FND y FAD en estudios in situ e in vivo. La elevada tasa fraccional de degradación del grano de trigo (60,9 y 42,0%/h para MS y PB, respectivamente) implico que su flujo de material indegradado (calculado solo en base a la kp obtenida para la harina de girasol) se redujera muy rápidamente, de forma que es casi nulo a 8 h tras la ingestión. Los valores corregidos de PB digerida en el intestino (0,15) representan solo el 18,7% de la proteína metabolizable, lo que muestra que el valor proteico del grano de trigo está estrechamente ligado a la síntesis de proteína microbiana derivada de su fermentación. En el experimento 2 se observaron menores concentraciones para materia orgánica, lípidos y PB, así como en la proporción N-AAs/N total en BAL que en BAS, siendo, por el contrario, mayor su enriquecimiento en 15N. Estos últimos resultados se utilizaron (junto con los de otros trabajos previos de este equipo) para validar una predicción preexistente del enriquecimiento en 15N de las BAS a partir de este valor en las BAL. Esta ecuación, de muy alta precisión (R2 = 0.995), permite calcular la subvaloración que se comete en los aportes de nutrientes correspondientes a las BAS al usar las BAL como muestra de referencia. Esta subvaloración representa aproximadamente 21, 32,5 y 60% para PB, proteína verdadera y lípidos.

Procedimiento de diseño acústico y eletroacústico de sistemas tipo

El presente proyecto propone la creación de un procedimiento y metodología para el diseño de salas y sistemas electroacústicos basados en el software EASE. La sala tipo elegida para el diseño será una sala de cine bajo las premisas de DOLBY Digital. Los sistemas electroacústicos modelo serán: • Sistema distribuido tanto en malla cuadrada como hexagonal • Sistemas centralizados basados en agrupaciones, tanto lineales como circulares. Se establecerán los pasos básicos imprescindibles para el diseño de los sistemas descritos de forma que, con la ayuda de este tutorial y los medios didácticos adjuntos al mismo, se puedan acometer paso a paso las distintas fases de diseño, cálculo y análisis de los mismos. Como metodología de trabajo se acometerá el proceso de diseño de un ejemplo de cada tipo sobre el que se describirán todos los pasos, posibilidades de diseño y cálculo de los mismos. Los puntos de estudio serán: • Diseño de una sala de Cine ◦Importación de los Ficheros Autocad del cine a EASE ◦Dibujo del recinto en EASE ◦Inserción de materiales ◦Cálculo del tiempo de reverberación en función del volumen de la sala ◦Ajuste del tiempo de reverberación ◦Elección de altavoces para la sonorización ◦Comprobación de la uniformidad de campo sonoro en todos los canales ◦Comprobación de los niveles de pico y total por canal ◦Ecualización de la sala según la curva X (ISO-2969) ◦Inclusión de la Pantalla en la curva de ecualización ◦Estudios psicoacústico de la sala. Retardos ◦Inteligibilidad ◦Diagrama de bloques • Diseño de un sistema distribuido ◦Estudio de los diferentes tipos de solapamientos ▪Borde con Borde ▪Solapamiento mínimo ▪Centro con Centro ◦Estudio de los diferente tipos de mallas ▪Cuadrada ▪Hexagonal • Diseño de un sistema Centralizado ◦Sistemas centralizados tipo Linear Array ◦Sistemas centralizados tipo Circular Array Así mismo se estudiarán las diferentes posibilidades dentro de la suite EASE, incluyendo las versiones gratuitas del mismo EASE ADDRESS (sistemas distribuidos) y FOCUS II (sistemas centralizados), comparando sus posibilidades con los módulos comerciales equivalentes de EASE y las herramientas añadidas del mismo EARS (software para la auralización biaural) y AURA (utilidad de análisis extendido). ABSTRACT This project proposes the creation of a procedure and methodology for the design of rooms and electroacoustic systems based on EASE software. The room chosen as example design is a cinema under DOLBY Digital premises. Electroacoustic systems chosen as example are: • Distributed both square and hexagonal mesh • Centralized systems based on clusters, both linear and circular. It will be established the basic essential steps for the design of the systems described so, with this tutorial and attached teaching aids, could be undertaken the various stages of design, calculation and analysis. As a working methodology, the process design of an example will be described of each system on which all the steps described, design possibilities and calculation will be shown. The main points are: • Design of a cinema • Importing Autocad Files in EASE • Drawing with EASE • Materials insertion • Reverberation time based on the room volume • Adjusting reverberation time • Choosing speakers • Checking sound field uniformity in all channels • Checking peak levels and total level per each channel • Room equalization using X curve (ISO-2969) • Adding screen in the EQ • Psychoacoustic. Delays • Intelligibility • Block diagram • Design of a distributed system • Study of the different types of overlap o Edge to Edge o Minimum Overlap o Center to Center • Study of different types of mesh • Square • Hex • Centralized System Design • Centralized systems. Linear Array • Centralized systems. Circular Array It also will explore the different possibilities within the EASE suite, including the free versions of the same EASE ADDRESS (distributed systems) and FOCUS II (centralized), comparing its potential with commercial equivalents EASE modules and added tools EARS (software for biaural auralization) and AURA (utility extended analysis).

Multi-dimensional classification using Bayesian networks for stationary and evolving streaming data

Hoy en día, con la evolución continua y rápida de las tecnologías de la información y los dispositivos de computación, se recogen y almacenan continuamente grandes volúmenes de datos en distintos dominios y a través de diversas aplicaciones del mundo real. La extracción de conocimiento útil de una cantidad tan enorme de datos no se puede realizar habitualmente de forma manual, y requiere el uso de técnicas adecuadas de aprendizaje automático y de minería de datos. La clasificación es una de las técnicas más importantes que ha sido aplicada con éxito a varias áreas. En general, la clasificación se compone de dos pasos principales: en primer lugar, aprender un modelo de clasificación o clasificador a partir de un conjunto de datos de entrenamiento, y en segundo lugar, clasificar las nuevas instancias de datos utilizando el clasificador aprendido. La clasificación es supervisada cuando todas las etiquetas están presentes en los datos de entrenamiento (es decir, datos completamente etiquetados), semi-supervisada cuando sólo algunas etiquetas son conocidas (es decir, datos parcialmente etiquetados), y no supervisada cuando todas las etiquetas están ausentes en los datos de entrenamiento (es decir, datos no etiquetados). Además, aparte de esta taxonomía, el problema de clasificación se puede categorizar en unidimensional o multidimensional en función del número de variables clase, una o más, respectivamente; o también puede ser categorizado en estacionario o cambiante con el tiempo en función de las características de los datos y de la tasa de cambio subyacente. A lo largo de esta tesis, tratamos el problema de clasificación desde tres perspectivas diferentes, a saber, clasificación supervisada multidimensional estacionaria, clasificación semisupervisada unidimensional cambiante con el tiempo, y clasificación supervisada multidimensional cambiante con el tiempo. Para llevar a cabo esta tarea, hemos usado básicamente los clasificadores Bayesianos como modelos. La primera contribución, dirigiéndose al problema de clasificación supervisada multidimensional estacionaria, se compone de dos nuevos métodos de aprendizaje de clasificadores Bayesianos multidimensionales a partir de datos estacionarios. Los métodos se proponen desde dos puntos de vista diferentes. El primer método, denominado CB-MBC, se basa en una estrategia de envoltura de selección de variables que es voraz y hacia delante, mientras que el segundo, denominado MB-MBC, es una estrategia de filtrado de variables con una aproximación basada en restricciones y en el manto de Markov. Ambos métodos han sido aplicados a dos problemas reales importantes, a saber, la predicción de los inhibidores de la transcriptasa inversa y de la proteasa para el problema de infección por el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (HIV-1), y la predicción del European Quality of Life-5 Dimensions (EQ-5D) a partir de los cuestionarios de la enfermedad de Parkinson con 39 ítems (PDQ-39). El estudio experimental incluye comparaciones de CB-MBC y MB-MBC con los métodos del estado del arte de la clasificación multidimensional, así como con métodos comúnmente utilizados para resolver el problema de predicción de la enfermedad de Parkinson, a saber, la regresión logística multinomial, mínimos cuadrados ordinarios, y mínimas desviaciones absolutas censuradas. En ambas aplicaciones, los resultados han sido prometedores con respecto a la precisión de la clasificación, así como en relación al análisis de las estructuras gráficas que identifican interacciones conocidas y novedosas entre las variables. La segunda contribución, referida al problema de clasificación semi-supervisada unidimensional cambiante con el tiempo, consiste en un método nuevo (CPL-DS) para clasificar flujos de datos parcialmente etiquetados. Los flujos de datos difieren de los conjuntos de datos estacionarios en su proceso de generación muy rápido y en su aspecto de cambio de concepto. Es decir, los conceptos aprendidos y/o la distribución subyacente están probablemente cambiando y evolucionando en el tiempo, lo que hace que el modelo de clasificación actual sea obsoleto y deba ser actualizado. CPL-DS utiliza la divergencia de Kullback-Leibler y el método de bootstrapping para cuantificar y detectar tres tipos posibles de cambio: en las predictoras, en la a posteriori de la clase o en ambas. Después, si se detecta cualquier cambio, un nuevo modelo de clasificación se aprende usando el algoritmo EM; si no, el modelo de clasificación actual se mantiene sin modificaciones. CPL-DS es general, ya que puede ser aplicado a varios modelos de clasificación. Usando dos modelos diferentes, el clasificador naive Bayes y la regresión logística, CPL-DS se ha probado con flujos de datos sintéticos y también se ha aplicado al problema real de la detección de código malware, en el cual los nuevos ficheros recibidos deben ser continuamente clasificados en malware o goodware. Los resultados experimentales muestran que nuestro método es efectivo para la detección de diferentes tipos de cambio a partir de los flujos de datos parcialmente etiquetados y también tiene una buena precisión de la clasificación. Finalmente, la tercera contribución, sobre el problema de clasificación supervisada multidimensional cambiante con el tiempo, consiste en dos métodos adaptativos, a saber, Locally Adpative-MB-MBC (LA-MB-MBC) y Globally Adpative-MB-MBC (GA-MB-MBC). Ambos métodos monitorizan el cambio de concepto a lo largo del tiempo utilizando la log-verosimilitud media como métrica y el test de Page-Hinkley. Luego, si se detecta un cambio de concepto, LA-MB-MBC adapta el actual clasificador Bayesiano multidimensional localmente alrededor de cada nodo cambiado, mientras que GA-MB-MBC aprende un nuevo clasificador Bayesiano multidimensional. El estudio experimental realizado usando flujos de datos sintéticos multidimensionales indica los méritos de los métodos adaptativos propuestos. ABSTRACT Nowadays, with the ongoing and rapid evolution of information technology and computing devices, large volumes of data are continuously collected and stored in different domains and through various real-world applications. Extracting useful knowledge from such a huge amount of data usually cannot be performed manually, and requires the use of adequate machine learning and data mining techniques. Classification is one of the most important techniques that has been successfully applied to several areas. Roughly speaking, classification consists of two main steps: first, learn a classification model or classifier from an available training data, and secondly, classify the new incoming unseen data instances using the learned classifier. Classification is supervised when the whole class values are present in the training data (i.e., fully labeled data), semi-supervised when only some class values are known (i.e., partially labeled data), and unsupervised when the whole class values are missing in the training data (i.e., unlabeled data). In addition, besides this taxonomy, the classification problem can be categorized into uni-dimensional or multi-dimensional depending on the number of class variables, one or more, respectively; or can be also categorized into stationary or streaming depending on the characteristics of the data and the rate of change underlying it. Through this thesis, we deal with the classification problem under three different settings, namely, supervised multi-dimensional stationary classification, semi-supervised unidimensional streaming classification, and supervised multi-dimensional streaming classification. To accomplish this task, we basically used Bayesian network classifiers as models. The first contribution, addressing the supervised multi-dimensional stationary classification problem, consists of two new methods for learning multi-dimensional Bayesian network classifiers from stationary data. They are proposed from two different points of view. The first method, named CB-MBC, is based on a wrapper greedy forward selection approach, while the second one, named MB-MBC, is a filter constraint-based approach based on Markov blankets. Both methods are applied to two important real-world problems, namely, the prediction of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) reverse transcriptase and protease inhibitors, and the prediction of the European Quality of Life-5 Dimensions (EQ-5D) from 39-item Parkinson’s Disease Questionnaire (PDQ-39). The experimental study includes comparisons of CB-MBC and MB-MBC against state-of-the-art multi-dimensional classification methods, as well as against commonly used methods for solving the Parkinson’s disease prediction problem, namely, multinomial logistic regression, ordinary least squares, and censored least absolute deviations. For both considered case studies, results are promising in terms of classification accuracy as well as regarding the analysis of the learned MBC graphical structures identifying known and novel interactions among variables. The second contribution, addressing the semi-supervised uni-dimensional streaming classification problem, consists of a novel method (CPL-DS) for classifying partially labeled data streams. Data streams differ from the stationary data sets by their highly rapid generation process and their concept-drifting aspect. That is, the learned concepts and/or the underlying distribution are likely changing and evolving over time, which makes the current classification model out-of-date requiring to be updated. CPL-DS uses the Kullback-Leibler divergence and bootstrapping method to quantify and detect three possible kinds of drift: feature, conditional or dual. Then, if any occurs, a new classification model is learned using the expectation-maximization algorithm; otherwise, the current classification model is kept unchanged. CPL-DS is general as it can be applied to several classification models. Using two different models, namely, naive Bayes classifier and logistic regression, CPL-DS is tested with synthetic data streams and applied to the real-world problem of malware detection, where the new received files should be continuously classified into malware or goodware. Experimental results show that our approach is effective for detecting different kinds of drift from partially labeled data streams, as well as having a good classification performance. Finally, the third contribution, addressing the supervised multi-dimensional streaming classification problem, consists of two adaptive methods, namely, Locally Adaptive-MB-MBC (LA-MB-MBC) and Globally Adaptive-MB-MBC (GA-MB-MBC). Both methods monitor the concept drift over time using the average log-likelihood score and the Page-Hinkley test. Then, if a drift is detected, LA-MB-MBC adapts the current multi-dimensional Bayesian network classifier locally around each changed node, whereas GA-MB-MBC learns a new multi-dimensional Bayesian network classifier from scratch. Experimental study carried out using synthetic multi-dimensional data streams shows the merits of both proposed adaptive methods.

Energy consumption and intensity of toll highway transport in Spain

We estimate the energy consumption of toll highway transport on a number of Spanish roads. Regression parameters are balanced according to coefficients from an empirical analysis based on survey data by vehicle type. The mean energy consumption and subsequent CO2 emissions on the toll highway sections are estimated as 1895 MJ/h/lane-km and 0.15 tCO2 eq./h/lane-km, values that increase to 2644 and 0.22 when energy and carbon emissions of transport infrastructure are considered based on the life cycle energy consumption for toll highway construction and use. If the energy intensity of infrastructure construction is allocated to the users according to traffic, it is much higher for motorcycles than for cars, and is significantly lower for articulated trucks than for vans.

Microtermometría, direcciones de flujo hidrotermal y metalogenia del yacimiento de tungsteno de Pasto Bueno (Ancash, Perú)

El yacimiento de Pasto Bueno se localiza en el extremo nordeste del Batolito de la Cordillera Blanca, comprende diversas vetas, generalmente subverticales, asociadas al stock cuarzomonzonitico de Consuzo, datado como Terciario Superior, que intruye a las pizarras de la fm. Chicama y cuarcitas de la fm. Chimu. Las principales vetas discurren con direccion N-S cortando al stock, aunque tambien existen sistemas NE-SW asi como NW-SE encajados sobre las rocas metamorficas. La mineralogia de mena reconocida comprende wolframita (hubnerita), tetraedrita/tenantita, esfalerita y galena, en una ganga de cuarzo, fluorita, sericita, pirita y carbonatos, ademas de molibdenita, calcopirita, bornita, arsenopirita, enargita (luzonita), stolzita, scheelita, zinnwaldita, topacio, tungstita y arsenico nativo. Estudios previos han caracterizado Pasto Bueno como un yacimiento con una gran componente de greisen, con una evolucion de las vetas desde un episodio temprano esteril de 400 oC, depositando la mineralizacion economica en torno a los 220-250 oC y con un evento postumo de 175-220 oC rico en CO2. La precipitacion de la wolframita se produjo a partir de un fluido netamente hidrotermal, sin embargo, dicha precipitacion estuvo controlada por el aporte al sistema de aguas externas meteoricas y/o metamorficas. El trabajo llevado a cabo ha consistido en la realizacion de un estudio microtermometrico de las 3 principales estructuras del distrito: Consuelo, Alonso-Fenix y Chabuca, para caracterizar la evolucion del fluido mineralizador desde el stock (veta Consuelo) hacia las rocas metasedimentarias de las fm. Chicama y Chimu (manto Alonso-Fenix y veta Chabuca). Para ello se realizo un muestreo sobre el evento principal de mineralizacion. Dichas muestras se sometieron a un estudio petrografico de lamina gruesa para seleccionar las muestras optimas para el posterior estudio microtermometrico. Previamente a la obtencion de las medidas de temperatura de fusion del hielo (criotermometria) y de homogenizacion del fluido; se realizo un estudio de petrografia de inclusiones fluidas para caracterizarlas y seleccionar las representativas. La interpretacion de los resultados ha permitido confirmar la existencia de un episodio previo de alta temperatura, superior a 282 oC y un evento mineralizador con temperaturas en torno a los 200-240 oC. Sin embargo, las salinidades obtenidas son mucho menores que las previamente publicadas, en torno al 5 % peso eq. NaCl, frente a 11-17 % peso eq. NaCl. Tambien se ha observado un fluido postumo rico en CO2, pero de temperatura superior, en torno a los 270 oC. Los gradientes isotermicos muestran dos focos para dichos fluidos hidrotermales: el primero asociado al stock en la veta Consuelo, y el segundo en la veta Chabuca, asociado a la zona de cabalgamiento de las pizarras de la fm. Chicama sobre las cuarcitas de la fm. Chimu. Este segundo foco puede corresponder con los aportes externos de aguas metamorficas. Para finalizar, se dan una serie de pautas para guiar las futuras exploraciones en el yacimiento. ABSTRACT The Pasto Bueno deposit is located at the northeastern end of the Cordillera Blanca Batholith. It comprises several veins, generally subvertical, associated with the quartz-monzonite stock of Consuzo, dated as Tertiary, which intrudes the Chicama fm. slates and the Chimu fm. quartzites. The main veins trend N-S cutting the stock, although there are also NE-SW and NWSE systems, hosted by the metamorphic rocks. The ore mineralogy comprises wolframite (hubnerite), tetrahedrite/tennantite, sphalerite and galena in a gangue of quartz, fluorite, sericite, pyrite and carbonates, and minor molybdenite, chalcopyrite, bornite, arsenopyrite, enargite (luzonite), stolzite, scheelite, zinnwaldite, topaz, tungstite and native arsenic. Previous studies have characterized Pasto Bueno as a deposit with a large component of greisen, with an evolution of the veins from an early barren 400 oC event , followed by economic mineralization of about 220-250 °C and a late event of 175 -220 oC rich in CO2. Wolframite precipitation occurred from a purely hydrothermal fluid; however, this precipitation was controlled by an external flux of meteoric and/or metamorphic waters. Microthermometric studies of the 3 main structures of the district (Consuelo, Alonso-Fenix and Chabuca veins) have been carried out to depict the evolution of the mineralizing fluid coming from the stock (Consuelo vein) into the metasedimentary rocks of the Chimu and Chicama fm. (Alonso-Fenix and Chabuca veins). The sampling was performed over the main event of mineralization. These samples were subject to a quick plate petrography study in order to select the optimal samples for further microthermometry studies. Before the freezing/heating measures, a fluid inclusion petrography study was done to characterize and select the representative F.I. Interpretation of results has confirmed the existence of a previous episode of higher temperature, over 282 °C, and a mineralizing event with temperatures of about 200-240 °C. However, obtained salinities, about 5 wt% NaCl equivalents, are much lower than those previously reported, about 11-17 wt% NaCl equivalents. A last fluid, rich in CO2, but of higher temperature, about 270 oC, has been characterized. Isothermal gradients show two foci for the hydrothermal fluids: the first one associated to the Consuzo stock as shown in the Consuelo vein, and the second one related to the thrust fault which places the Chicama fm. slates over the Chimu fm. quartzites in the Chabuca vein area. This second focus may correspond to an external input of metamorphic waters. Finally, some guidelines have been given to guide future explorations.