572 resultados para Diversité phylogénétique


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Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

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Les autotransporteurs monomériques, appartenant au système de sécrétion de type V, correspondent à une famille importante de facteurs de virulence bactériens. Plusieurs fonctions, souvent essentielles pour le développement d’une infection ou pour le maintien et la survie des bactéries dans l’organisme hôte, ont été décrites pour cette famille de protéines. Malgré l’importance de ces protéines, notre connaissance de leur biogenèse et de leur mécanisme d’action demeure relativement limitée. L’autotransporteur AIDA-I, retrouvé chez diverses souches d’Escherichia coli, est un autotransporter multifonctionnel typique impliqué dans l’adhésion et l’invasion cellulaire ainsi que dans la formation de biofilm et d’agrégats bactériens. Les domaines extracellulaires d’autotransporteurs monomériques sont responsables de la fonctionnalité et possèdent pratiquement tous une structure caractéristique d’hélice β. Nous avons mené une étude de mutagenèse aléatoire avec AIDA-I afin de comprendre la base de la multifonctionnalité de cette protéine. Par cette approche, nous avons démontré que les domaines passagers de certains autotransporteurs possèdent une organisation modulaire, ce qui signifie qu’ils sont construits sous la forme de modules fonctionnels. Les domaines passagers d’autotransporteurs peuvent être clivés et relâchés dans le milieu extracellulaire. Toutefois, malgré la diversité des mécanismes de clivage existants, plusieurs protéines, telles qu’AIDA-I, sont clivées par un mécanisme qui demeure inconnu. En effectuant une renaturation in vitro d’AIDA-I, couplée avec une approche de mutagenèse dirigée, nous avons démontré que cette protéine se clive par un mécanisme autocatalytique qui implique deux acides aminés possédant un groupement carboxyle. Ces résultats ont permis la description d’un nouveau mécanisme de clivage pour la famille des autotransporteurs monomériques. Une des particularités d’AIDA-I est sa glycosylation par une heptosyltransférase spécifique nommée Aah. La glycosylation est un concept plutôt récent chez les bactéries et pour l’instant, très peu de protéines ont été décrites comme glycosylées chez E. coli. Nous avons démontré que Aah est le prototype pour une nouvelle famille de glycosyltransférases bactériennes retrouvées chez diverses espèces de protéobactéries. La glycosylation d’AIDA-I est une modification cytoplasmique et post-traductionnelle. De plus, Aah ne reconnaît pas une séquence primaire, mais plutôt un motif structural. Ces observations sont uniques chez les bactéries et permettent d’élargir nos connaissances sur la glycosylation chez les procaryotes. La glycosylation par Aah est essentielle pour la conformation d’AIDA-I et par conséquent pour sa capacité de permettre l’adhésion. Puisque plusieurs homologues d’Aah sont retrouvés à proximité d’autotransporteurs monomériques putatifs, cette famille de glycosyltranférases pourrait être importante, sinon essentielle, pour la biogenèse et/ou la fonction de nombreux autotransporteurs. En conclusion, les résultats présentés dans cette thèse apportent de nouvelles informations et permettent une meilleure compréhension de la biogenèse d’une des plus importantes familles de protéines sécrétées chez les bactéries Gram négatif.

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Les études qui portent sur l’intégration professionnelle des travailleurs immigrants s’intéressent majoritairement aux résultats des acteurs sur le marché du travail ou à leur parcours d’intégration en mettant l’accent sur les barrières à l’intégration, plus rarement sur les stratégies des acteurs. Peu d’études s’intéressent aux trajectoires des travailleurs qualifiés qui ont réussi leur intégration socioprofessionnelle depuis une perspective centrée sur leur expérience subjective. Notre étude se situe résolument dans une approche micro-individuelle, donc, centrée sur les acteurs, ici, de nouveaux immigrants, travailleurs qualifiés, en processus d’intégration. Elle porte sur le déroulement de leur processus d’intégration, depuis leur décision d’immigrer jusqu’à la situation actuelle, après 5 à 10 ans passés au Québec. Notre perspective, axée sur l’expérience individuelle de l’immigrant, visait en même temps à relier les facteurs micro, macro et meso sociaux interagissant continuellement pour produire des trajectoires d’intégration uniques. Cette recherche qualitative, inspirée par le courant de la sociologie clinique, analyse les trajectoires socioprofessionnelles de sujets qui occupaient au moment de l’entrevue des emplois qualifiés, situés minimalement au niveau de leur diplôme. Elle portait sur la situation pré-migratoire : les motifs de départ, le choix de la destination; puis le parcours d’intégration socioprofessionnelle au Québec et finalement la situation actuelle du point de vue des objectifs et de la satisfaction personnelle des sujets. Il nous importait de mettre en lumière l’expérience personnelle d’intégration vue depuis la perspective subjective des acteurs. Ce faisant, nous avons étudié l’agentivité des travailleurs qualifiés qui se sont posés en tant qu’acteurs actifs et réflexifs face aux déterminant sociaux et limitations qui pesaient sur eux. Une deuxième question de recherche reliée à celle des trajectoires portait sur le regard subjectif des sujets sur l’intégration. Nous avons voulu savoir ce que c’est pour chacun que l’« intégration réussie » (au Québec) et l’intégration professionnelle « réussie ». De cette façon, il devient possible de révéler la diversité des positions et des perceptions individuelles des sujets quant à la question de l’intégration sans présumer du ou des résultats possibles de leur cheminement. Nos résultats révèlent la diversité des attentes individuelles face à l’immigration et à l’intégration dans le pays de destination et donc, ils nous invitent à tenir compte de la particularité de chaque sujet. L’immigration et l’intégration s’inscrivent pour les sujets dans une démarche individuelle plus large, celle de la réalisation de leurs projets de vie. Ces projets se situent à plusieurs niveaux et leur réalisation agit comme un guide des démarches individuelles qui visent à atteindre une vie qui s’avère satisfaisante, réussie, pleine ou complète, selon les acteurs. Il nous a été possible de rendre visibles les efforts que les acteurs ont déployés et déploient pour accomplir leurs projets et poursuivre leur chemin vers la réalisation de soi. Notre recherche a démontré qu’il est nécessaire de tenir compte tant de la subjectivité et des différences entre les acteurs au moment d’analyser leurs parcours que des résultats de leur intégration afin de concevoir des programmes qui intègrent davantage la complexité des processus en marche. Au final, il s’agit de contribuer plus efficacement à ce que les diverses expériences d’immigration et d’intégration soient « réussies ».

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Contexte: Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) établissent des relations symbiotiques avec la plupart des plantes grâce à leurs réseaux d’hyphes qui s’associent avec les racines de leurs hôtes. De précédentes études ont révélé des niveaux de variation génétique extrêmes pour des loci spécifiques permettant de supposer que les AMF peuvent contenir des milliers de noyaux génétiquement divergents dans un même cytoplasme. Si aucun processus de reproduction sexuée n’a jusqu’ici été observé chez ces mycorhizes, on constate cependant que des niveaux élevés de variation génétique peuvent être maintenus à la fois par l’échange de noyaux entre hyphes et par des processus fréquents de recombinaison entre noyaux. Les AMF se propagent par l’intermédiaire de spores qui contiennent chacune un échantillon d’une population initiale de noyaux hétérogènes, directement hérités du mycélium parent. À notre connaissance les AMF sont les seuls organismes qui ne passent jamais par un stade mononucléaire, ce qui permet aux noyaux de diverger génétiquement dans un même cytoplasme. Ces aspects singuliers de la biologie des AMF rendent l’estimation de leur diversité génétique problématique. Ceci constitue un défi majeur pour les écologistes sur le terrain mais également pour les biologistes moléculaires dans leur laboratoire. Au-delà même des problématiques de diversité spécifique, l’amplitude du polymorphisme entre noyaux mycorhiziens est mal connue. Le travail proposé dans ce manuscrit de thèse explore donc les différents aspects de l’architecture génomique singulière des AMF. Résultats L’ampleur du polymorphisme intra-isolat a été déjà observée pour la grande sous-unité d’ARN ribosomal de l’isolat Glomus irregulare DAOM-197198 (précédemment identifié comme G. intraradices) et pour le gène de la polymerase1-like (PLS) de Glomus etunicatum isolat NPI. Dans un premier temps, nous avons pu confirmer ces résultats et nous avons également pu constater que ces variations étaient transcrites. Nous avons ensuite pu mettre en évidence la présence d’un goulot d’étranglement génétique au moment de la sporulation pour le locus PLS chez l’espèce G. etunicatum illustrant les importants effets d’échantillonnage qui se produisaient entre chaque génération de spore. Enfin, nous avons estimé la différentiation génétique des AMF en utilisant à la fois les réseaux de gènes appliqués aux données de séquençage haut-débit ainsi que cinq nouveaux marqueurs génomiques en copie unique. Ces analyses révèlent que la différenciation génomique est présente de manière systématique dans deux espèces (G. irregulare et G. diaphanum). Conclusions Les résultats de cette thèse fournissent des preuves supplémentaires en faveur du scénario d’une différenciation génomique entre noyaux au sein du même isolat mycorhizien. Ainsi, au moins trois membres du genre Glomus, G. irregulare, G. diaphanum and G. etunicatum, apparaissent comme des organismes dont l’organisation des génomes ne peut pas être décrit d’après un modèle Mendélien strict, ce qui corrobore l’hypothèse que les noyaux mycorhiziens génétiquement différenciés forment un pangenome.

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Cette recherche qualitative avait pour but d’explorer le raisonnement clinique d’infirmières de première ligne en CSSS/CLSC lorsqu’elles priorisent leurs interventions auprès de familles vivant en contexte de vulnérabilité dans le cadre du programme des Services intégrés en périnatalité et pour la petite enfance (SIPPE). Il s’agit d’une étude de cas qui comporte un échantillon intentionnel de sept épisodes de soins impliquant deux infirmières auprès de sept familles en période postnatale lorsqu’elles priorisent leurs interventions. La collecte de données a procédé par méthode think aloud, suivie d’entretiens semi-dirigés auprès des infirmières. Une analyse qualitative des données a été effectuée selon des méthodes interprétatives et par comptage de catégories. Ces dernières ont été formulées et mises en relation en s’inspirant de la modélisation du processus de raisonnement clinique de Tanner (2006) ainsi que des stratégies de raisonnement clinique proposés par Fonteyn (1998). Au terme de cette étude, le processus de raisonnement clinique ne semble pas être différent selon le type de priorité d’intervention auprès de familles en contexte de vulnérabilité, particulièrement lorsque nous distinguons la priorité selon un degré d’urgence (prioritaire ou secondaire). Aussi, nous constatons qu’il existe peu de diversité dans les processus de raisonnement clinique mobilisés à travers les sept épisodes de soins; et qu’un processus narratif de raisonnement est fréquent. Si une famille exprime un besoin urgent, l’infirmière y répond prioritairement. Par ailleurs, lorsque des conditions suggèrent un potentiel accru de vulnérabilité des familles, un mode de raisonnement clinique plus systématique, qui comporte une collecte et une mise en relation d’informations afin de formuler une proposition pour soutenir le passage à l’action, semble être mobilisé pour prioriser l’intervention. Il en est ainsi s’il s’agit d’un premier bébé, que la famille n’utilise pas d’autres ressources formelles de soutien. Autrement, s’il s’agit d’un deuxième bébé et que les familles utilisent d’autres ressources, les infirmières tendent plutôt à appliquer une routine d’intervention SIPPE. Aussi, cette recherche témoigne de l’engagement soutenu des infirmières auprès de familles vivant d’importants défis. Il importe toutefois de soutenir le développement d’un répertoire plus varié de processus de raisonnement clinique afin de renforcer leur capacité de prioriser leur intervention qui se déroule dans un contexte de multiples contraintes organisationnelles et interpersonnelles.

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Les fimbriae sont des structures protéiques extracellulaires retrouvées chez une vaste diversité de bactéries. Ces structures ont fait l’objet de nombreuses études et sont maintenant reconnus pour leur implication dans l’adhésion et l’invasion aux cellules eucaryotes, mais aussi dans la production de biofilms. Ils sont groupés selon leur voie de sécrétion. Certains utilisent une machinerie spécifique et individuelle, c’est le cas des pili de type IV, tandis que d’autres utilisent la voie de sécrétion générale suivit d’une voie spécifique telle que la voie du chaperon-placier (« Chaperon Usher Pathway ») (fimbriae CUP) ou la voie de nucléation précipitation (« nucleation precipitation pathway ») (Curli). Malgré toutes les connaissances actuelles concernant les fimbriae, très peu d’informations sont disponibles quant aux fimbriae de Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi). Ce pathogène unique à l’homme est l’agent étiologique de la fièvre typhoïde. Puisque les fimbriae sont reconnus pour être impliqués dans l’adaptation à l’hôte, nous avons décidé d’étudier davantage l’arsenal fimbriaire de S. Typhi, dans l’espoir d’identifier des facteurs de virulence uniques à S. Typhi et impliqués dans la ségrégation de l’hôte. La souche S. Typhi ISP1820 possède 14 opérons codant pour des systèmes d’adhésion, mais plusieurs contiennent des pseudogènes et leur expression n’a jamais été observée in vitro. Afin d’étudier les systèmes d’adhésion de S. Typhi, nous avons supprimé chaque opéron du génome individuellement et cumulativement à l’aide une technique de mutagénèse par échange allélique. Ainsi, nous avons testé chaque mutant individuel et la souche mutante pour tous les systèmes d’adhésion dans plusieurs essais tels que des infections de cellules épithéliales et de macrophages, de mobilité et de formation de biofilm. Nous avons aussi évalué l’expression des fimbriae lors de différentes conditions de croissance en laboratoire par RT-PCR. Tous les tests réalisés nous ont permis de découvrir que plusieurs opérons fimbriaires de S. Typhi sont opérationnels et utilisés pour différentes fonctions par la bactérie.

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Cet article cherche à montrer que l’apparente intégration de critères éthiques dans l’aide à la santé cache une diversité d’approches et une prédominance à bien des égards de la conception marchande. Dans un premier temps est abordée l’échelle transnationale et macro pour mettre en évidence la coexistence de deux approches différentes: la conception en termes de droits humains, à dominante éthique, et la conception en termes de biens publics mondiaux, à dominante économique. Les limites de la seconde au regard des objectifs de santé sont ensuite discutées. Dans une seconde section, l’échelle méso et micro est examinée. Elle correspond aux tentatives que les acteurs de l’aide fournissent pour dépasser les limites de l’approche par les biens publics mondiaux, en se tournant vers l’éthique des partenariats et de la coopération entre acteurs. Cette éthique de la coopération s’appuie sur un modèle gagnant-gagnant dont les failles théoriques et empiriques sont peu étudiées par les acteurs de l’aide.

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Alors que la plupart des théories libérales ont mis l’accent sur les principes de justice, et sur une conception de la justice qui nous fait penser la société et les relations individuelles de manière de plus en plus abstraite, les réflexions sur le respect de soi nous portent plutôt vers ce qui est essentiel à la valeur et l’importance de l’identité des personnes et de leurs relations sociales. Ces réflexions nous révèlent que non seulement les principes de justice ne sont pas la seule source de respect, mais que tant les cultures et les religions que les communautés morales et les groupes compréhensifs ont des rôles fondamentaux pour le niveau de respect de soi et de respect mutuel que les individus éprouvent envers eux-mêmes et envers les autres. Si les projets de vie, les valeurs et les croyances des individus sont révélés comme fondamentaux à leur autonomie et leur vie comme individu, les réflexions sur le multiculturalisme et le pluralisme révèlent les difficultés de notre temps : comment une société peut-elle promouvoir le respect de soi des individus dans un tel contexte de diversité morale, compréhensive, religieuse, etc.? Critiquant les théories de John Rawls, Will Kymlicka, ainsi que certains arguments de philosophes tels que Bhiku Parekh et David Miller, la thèse défendue dans ce mémoire prend la position très forte qu’une société doit donner beaucoup plus de moyens aux individus pour que leur respect de soi soit favorisé. La thèse centrale est que les individus ont tous le droit à un contexte de valorisation, soit un espace politique propre à une communauté ou un groupe et qui inclut les institutions et les pouvoirs nécessaires pour que le respect de soi des membres de ces groupes puisse être favorisé. C’est seulement par un tel droit et par les revendications structurelles et institutionnelles qui s’y rapportent que les groupes culturels et religieux, ainsi que les communautés morales et les groupes compréhensifs peuvent être reconnus politiquement et qu’une théorie libérale et multiculturelle des individus et des groupes puisse concilier idéal et réalité.

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Les produits du terroir occupent une place privilégiée dans le goût des consommateurs qui, aujourd’hui, s’intéressent davantage à connaître la provenance et les qualités des produits qu’ils consomment. Le Mexique a une grande variété de produits du terroir, appris et transmis aux producteurs de génération en génération, mais certains manquent de protection ou la protection est inefficace. Les producteurs du Mexique vivent souvent dans des conditions marginales, et l'imitation de leurs produits résulte en une réduction de leurs ventes. Ils sont souvent contraints à changer de métier. Cette situation met en péril le patrimoine national en raison de l’abandon des connaissances traditionnelles, lesquelles représentent l'identité et la diversité culturelle de la nation mexicaine. La « Ley de la Propiedad Industrial » (LPI) prévoit l'appellation d’origine et la marque collective en tant que mécanismes de protection; cependant, ils ne sont pas toujours adéquats pour assurer une protection efficace des produits du terroir. Notre objectif est d'analyser si l'inclusion de l’indication géographique à la LPI peut favoriser l’enregistrement des produits du terroir qui sont à risque de disparaître. Cette étude fait donc ressortir la nécessité de modifier la LPI afin qu’elle réponde mieux aux besoins et aux réalités du Mexique.