A novel phase variation mechanism in the meningococcus driven by a ligand-responsive repressor and differential spacing of distal promoter elements

Phase variable expression, mediated by high frequency reversible changes in the length of simple sequence repeats, facilitates adaptation of bacterial populations to changing environments and is frequently important in bacterial virulence. Here we elucidate a novel phase variable mechanism for NadA expression, an adhesin and invasin of Neisseria meningitidis. The NadR repressor protein binds to operators flanking the phase variable tract of the nadA promoter gene and contributes to the differential expression levels of phase variant promoters with different numbers of repeats, likely due to different spacing between operators. It is shown that IHF binds between these operators, and may permit looping of the promoter, allowing interaction of NadR at operators located distally or overlapping the promoter. The 4-hydroxyphenylacetic acid, a metabolite of aromatic amino acid catabolism that is secreted in saliva, induces nadA expression by inhibiting the DNA binding activity of the NadR repressor. When induced, only minor differences are evident between NadR-independent transcription levels of promoter phase variants, which are likely due to differential RNA polymerase contacts leading to altered promoter activity. These results suggest that NadA expression is under both stochastic and tight environmental-sensing regulatory control, and both regulations are mediated by the NadR repressor that and may be induced during colonization of the oropharynx where it plays a major role in the successful adhesion and invasion of the mucosa. Hence, simple sequence repeats in promoter regions may be a strategy used by host-adapted bacterial pathogens to randomly switch between expression states that may nonetheless still be induced by appropriate niche-specific signals.

Assemblaggio e caratterizzazione delle prestazioni di un nuovo rilassometro nmr con bobina a radiofrequenza di 8 cm di diametro

Lo scopo di questa tesi è l'installazione di un Rilassometro ottenuto a partire da un magnete permanente situato nel Dipartimento di Fisica e Astronomia (DIFA - via Irnerio, 46), al fine di eseguire misure attendibili di Rilassometria in mezzi porosi su campioni del diametro di alcuni centimetri. Attualmente nel Dipartimento è gia presente un elettromagnete adibito a misure di questo tipo; tuttavia, questo strumento permette lo studio di campioni di piccole dimensioni (circa 220mm3) e si rivela insuffciente per lo studio di rocce, coralli e altre strutture porose di più grande dimensione senza la frantumazione del campione stesso; per questa ragione si è presentata la necessità dell'istallazione di una nuova strumentazione. Parte della strumentazione utilizzata è in disuso da parecchi anni e le caratteristiche devono essere verificate. Dopo l'assemblaggio della strumentazione (magnete, console, probe), sono state determinate le migliori condizioni in cui effettuare le misure, ovvero i parametri fondamentali dell'elettronica (frequenza di risonanza, TATT, tempo morto del probe, tempo di applicazione dell'impulso 90°) e la zona di maggiore uniformità del campo magnetico. Quindi, sono state effettuate misure di T1 e T2 su campioni bulk e su un campione di roccia saturata d'acqua, confrontando i risultati con valori di riferimento ottenuti tramite elettromagnete. I risultati ottenuti risultano consistenti con i valori attesi, con scarti - inevitabili a causa della grande differenza di volume dei campioni - molto ridotti, pertanto l'installazione del nuovo Rilassometro risulta essere completata con successo.

Valutazione sperimentale dell'influenza del rapporto lunghezza/diametro sulla resistenza di giunti realizzati per interferenza ed incollaggio

Valutazione della resistenza a taglio di un adesivo anaerobico forte, nel nostro caso Loctite 648, impiegato in un giunto albero-mozzo accoppiato per interferenza alla pressa al variare del rapporto lunghezza di accoppiamento su diametro di accoppiamento (L/D), nei casi in cui L/D valga 0,5, 1, 1,5 e 2.

Biomechanics of the distal radio-ulnar joint: A finite element study (biomeccanica dell'articolazione radio-ulnare distale: Studio agli elementi finiti)

Il metodo agli elementi finiti è stato utilizzato per valutare la distribuzione dei carichi e delle deformazioni in numerose componenti del corpo umano. L'applicazione di questo metodo ha avuto particolare successo nelle articolazioni con geometria semplice e condizioni di carico ben definite, mentre ha avuto un impatto minore sulla conoscenza della biomeccanica delle articolazioni multi-osso come il polso. Lo scopo di questo lavoro è quello di valutare gli aspetti clinici e biomeccanici dell’articolazione distale radio-ulnare, attraverso l’utilizzo di metodi di modellazione e di analisi agli elementi finiti. Sono stati progettati due modelli 3D a partire da immagini CT, in formato DICOM. Le immagini appartenevano ad un paziente con articolazione sana e ad un paziente con articolazione patologica, in particolare si trattava di una dislocazione ulnare traumatica. Le componenti principali dei modelli presi in considerazione sono stati: radio, ulna, cartilagine, legamento interosso, palmare e distale. Per la realizzazione del radio e dell’ulna sono stati utilizzati i metodi di segmentazione “Thresholding” e “RegionGrowing” sulle immagini e grazie ad operatori morfologici, è stato possibile distinguere l’osso corticale dall’osso spongioso. Successivamente è stata creata la cartilagine presente tra le due ossa, attraverso operazioni di tipo booleano. Invece, i legamenti sono stati realizzati prendendo i punti-nodo del radio e dell’ulna e formando le superfici tra di essi. Per ciascuna di queste componenti, sono state assegnate le corrispondenti proprietà dei materiali. Per migliorare la qualità dei modelli, sono state necessarie operazioni di “Smoothing” e “Autoremesh”. In seguito, è stata eseguita un’analisi agli elementi finiti attraverso l’uso di vincoli e forze, così da simulare il comportamento delle articolazioni. In particolare, sono stati simulati lo stress e la deformazione. Infine, grazie ai risultati ottenuti dalle simulazioni, è stato possibile verificare l’eventuale rischio di frattura in differenti punti anatomici del radio e dell’ulna nell’articolazione sana e patologica.

Valutazione sperimentale dell'influenza del rapporto lunghezza/diametro sulla resistenza di giunti incollati tramite adesivo anaerobico

I giunti ibridi sono impiegati in molte applicazioni meccaniche, avendo molti vantaggi, tra i quali quello di aumentare il carico trasferibile. Ci sono state ricerche in merito, le quali hanno valutato la dipendenza della resistenza a taglio di questi giunti rispetto a numerose variabili. Abbiamo poche informazioni, però, sulla dipendenza rispetto all'ER (Engagement Ratio, rapporto tra lunghezza e diametro di accoppiamento). Con questo lavoro la si vuole studiare nel caso di accoppiamenti con gioco in presenza di adesivo, considerando quattro livelli di ER. Per questo sono state effettuate prove di spiantaggio su pin e collar, dalle quali è risultata la presenza di una possibile dipendenza tra le due grandezze, seppur minima.

Influenza del rapporto lunghezza/diametro sulla resistenza a taglio in temperatura di giunti incollati tramite adesivo epossidico

Studio dell'influenza del rapporto d'aspetto (lunghezza/diametro) sulla resistenza a taglio di un giunto incollato tramite adesivo epossidico in temperatura. Sono stati utilizzati quattro diversi rapporti d'aspetto e il materiale è un acciaio C40. Sono state eseguite prove di spiantaggio su diversi "pin" e "collar" e poi elaborati i dati con una metodologia statistica. La temperatura in questione è di 60 gradi e lo studio analizza se il rapporto d'aspetto ha influenza o meno sulla resistenza a taglio dell'adesivo epossidico.

Caratteristiche chimico-fisiche e microbiologiche di salami in relazione al diametro e alla coltura starter impiegata.

I salumi fermentati sono prodotti caratterizzati da grandi differenze che riguardano la materia prima, gli ingredienti, le dimensioni e le condizioni di maturazione. Questa differenziazione è dovuta a pratiche storiche, culturali e tradizionali che variano da zona a zona. Il processo produttivo nel nostro Paese è però cambiato radicalmente grazie alle innovazioni tecnologiche. Tra queste l’introduzione delle colture starter ha rappresentato una garanzia di maggiore sicurezza igienica e sanitaria ma ha determinato una standardizzazione delle caratteristiche qualitative dei prodotti. Infatti, tutte le trasformazioni biochimiche che avvengono durante la maturazione possono essere influenzate dall’uso degli starter, così come dal diametro dei salami, che influenza la cinetica di perdita dell’acqua e la disponibilità di ossigeno all’interno del prodotto. Lo scopo del lavoro descritto nel mio elaborato è stato quello di valutare l’effetto di queste due variabili su alcune caratteristiche fisico-chimiche, microbiologiche e sul contenuto in amine biogene di salami prodotti industrialmente a partire dalla stessa miscela di ingredienti. Questo impasto carneo è stato addizionato di due starter diversi: oltre all’impiego di Staphylococcus carnosus, un primo lotto è stato inoculato con Lactobacillus sakei mentre un secondo con Pediococcus pentosaceus. Successivamente i due lotti sono stati insaccati in budelli sintetici aventi dimensioni diverse (grande con peso del prodotto all’insacco di 5.3kg e piccolo, con peso all’insacco di 385g). I risultati ottenuti da questa sperimentazione confermano il fatto che la dimensione è uno degli aspetti che maggiormente influenza la caratteristiche del prodotto. Inoltre, anche le colture starter hanno dato risultati diversi indipendentemente dal diametro, dimostrando la necessità di una più approfondita conoscenza tecnologica dei prodotti studiati in relazione alle attività microbiche che si svolgono durante la fermentazione e la maturazione.

Renal insufficiency is independently associated with a distal distribution pattern of symptomatic lower-limb atherosclerosis

Objectives The purpose of this study was to assess the impact of renal insufficiency (RI) on the distribution pattern of peripheral arterial disease (PAD). We hypothesised that RI is associated with a distally accentuated involvement of the peripheral arterial tree. Design This is a retrospective analysis. Materials and Methods Analysis was based on a consecutive series of 2709 patients with chronic PAD of atherosclerotic origin undergoing primary endovascular treatment of lower-extremity arteries. Atherosclerotic pattern was grouped into femoropopliteal (n = 2085) and infragenicular (n = 892) disease according to target lesions treated while using iliac disease (n = 1133) as reference. Univariable and multivariable multinomial regression analyses were performed to assess relation with RI. Results are shown as relative risk ratio (RRRs) with 95% confidence intervals (95% CIs). A p < 0.05 was considered statistically significant. RI was defined as glomerular filtration rate (GFR) < 60 ml min−1 1.73 m−2. Results Presence of RI was an independent risk factor for a centrifugal lesion pattern (RRR 1.48, 95% CI: 1.17–1.86, p = 0.001). Moreover, a decrease in GFR by 10 ml min−1 1.73 m−2 was associated with an RRR of 1.08 for below-the-knee arterial disease (95% CI: 1.03–1.13, p = 0.003). Conclusion Presence and severity of RI are independent predictors of a distal obstructive pattern in patients with symptomatic PAD.

Validity of an automatic measure protocol in distal femur for allograft selection from a three-dimensional virtual bone bank system

Osteoarticular allograft is one possible treatment in wide surgical resections with large defects. Performing best osteoarticular allograft selection is of great relevance for optimal exploitation of the bone databank, good surgery outcome and patient’s recovery. Current approaches are, however, very time consuming hindering these points in practice. We present a validation study of a software able to perform automatic bone measurements used to automatically assess the distal femur sizes across a databank. 170 distal femur surfaces were reconstructed from CT data and measured manually using a size measure protocol taking into account the transepicondyler distance (A), anterior-posterior distance in medial condyle (B) and anterior-posterior distance in lateral condyle (C). Intra- and inter-observer studies were conducted and regarded as ground truth measurements. Manual and automatic measures were compared. For the automatic measurements, the correlation coefficients between observer one and automatic method, were of 0.99 for A measure and 0.96 for B and C measures. The average time needed to perform the measurements was of 16 h for both manual measurements, and of 3 min for the automatic method. Results demonstrate the high reliability and, most importantly, high repeatability of the proposed approach, and considerable speed-up on the planning.

In vivo nuclear translocation of mineralocorticoid and glucocorticoid receptors in rat kidney: differential effect of corticosteroids along the distal tubule

Aldosterone and corticosterone bind to mineralocorticoid (MR) and glucocorticoid receptors (GR), which, upon ligand binding, are thought to translocate to the cell nucleus to act as transcription factors. Mineralocorticoid selectivity is achieved by the 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 (11β-HSD2) that inactivates 11β-hydroxy glucocorticoids. High expression levels of 11β-HSD2 characterize the aldosterone-sensitive distal nephron (ASDN), which comprises the segment-specific cells of late distal convoluted tubule (DCT2), connecting tubule (CNT), and collecting duct (CD). We used MR- and GR-specific antibodies to study localization and regulation of MR and GR in kidneys of rats with altered plasma aldosterone and corticosterone levels. In control rats, MR and GR were found in cell nuclei of thick ascending limb (TAL), DCT, CNT, CD cells, and intercalated cells (IC). GR was also abundant in cell nuclei and the subapical compartment of proximal tubule (PT) cells. Dietary NaCl loading, which lowers plasma aldosterone, caused a selective removal of GR from cell nuclei of 11β-HSD2-positive ASDN. The nuclear localization of MR was unaffected. Adrenalectomy (ADX) resulted in removal of MR and GR from the cell nuclei of all epithelial cells. Aldosterone replacement rapidly relocated the receptors in the cell nuclei. In ASDN cells, low-dose corticosterone replacement caused nuclear localization of MR, but not of GR. The GR was redistributed to the nucleus only in PT, TAL, early DCT, and IC that express no or very little 11β-HSD2. In ASDN cells, nuclear GR localization was only achieved when corticosterone was replaced at high doses. Thus ligand-induced nuclear translocation of MR and GR are part of MR and GR regulation in the kidney and show remarkable segment- and cell type-specific characteristics. Differential regulation of MR and GR may alter the level of heterodimerization of the receptors and hence may contribute to the complexity of corticosteroid effects on ASDN function.

A modified DRIL procedure by flow reversal of an aborted distal cephalic vein for critical hand ischaemia

Treatment of dialysis access-related hand ischaemia with preservation of the access remains an issue. We report the case of a patient presenting critical hand ischaemia 2 years after proximalisation of a distal radio-cephalic fistula with preservation of the original access. After valvulotomy, the distal cephalic vein was used as in situ bypass and directly anastomosed to the distal brachial artery, providing a direct flow to the hand. This procedure relieved the hand ischaemia without sacrificing the functioning fistula. Six months later, the fistula and bypass were still patent, showing that flow reversal of a previous fistula can be an efficient strategy to correct dialysis access-related hand ischaemia in selected cases.